sp|Q9C5W6|14312_ARATH ----> 14-3-3-like protein GF14 iota

Intron 1 GTAAGTAGAA ... ATTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.6	440	71.2	94
A2	16.51	394.4	48.4	78
A3	17.48	373	58.4	79
A4	16.28	324	43.4	63
A5	15.69	215	25.2	40
A6	19.3	3194	332	764
A7	18.44	2282	272.2	516
A8	18.22	2810	314	626
A9	18.6	2486	245.2	568
A10	17.09	1562	170.6	322

>TRINITY_DN120714_c1_g7_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GCGGAATAAAATGAATACCGAGAAAGTGAGGCAGAGCCATGTTTTCATGGCCAAGTTAACTGAATAGGCCGAGCGTTACGATGGTAAGTTGGCTTATGGCTTATAACATCTCTGAATTCGGTCCTTGGTTGATTTTTTAATTGGCTAGGGTTTATATTAATAAAGGCTTAGTAATTGGATTAGGGTTTATATTATTATTG
GCGTGCTGCCAATTGGATCAGGGTTCAGGCATTCTAATGTGGCATTATCAGAGATGGTGCAGTCAATGAAGAATGTTGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATATAAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGAC
TCAAAGGGGAATGACCAGAATGTGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAGAATCTGCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGAGTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGG
AATTGAAAGGAAGGAGATTGCTGATCAATCTATGAAAGCTTATGAGACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTCCCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAACTTTTCAGTTTTCTACTATGAAATTCAGAACTCCCCTGAAAGAGCATGTCACTTGGCAAAACAAGCATTTGATGAAGCCATTGCAG
AGCTTGATACTCTCAGTGAAGAATCATACAAGGACAGCACATTAATAATGCAATTGCTGAGGGACAATCTTACATTATGGTCTTCTGATTTGCAAGAAGATGGAGGTGAAGATCAGCCTAAAGGAGAAGAGGCCAAGCTGGAAGAACCCTAATTTTGTCACAATGGCATTGCTTCAACAGCTTGATTGCTTTGAGGATTT
TTGATATTCTCTTGGCCATACTTCCTCAGTCTTTTGTTTTGTGTGGATTTGTATATTACCTTCATGCAATACAGTTGTTCCTGCATTGTGAGTTTATTCTAGAATAACATCCTTCATTGGTCCTTCCAAGTACATGAGCCCAAATAAAGTATTAATAGGTACGGTAATTGTTACTCCATTTGTGTTGCGTCTTCCCTGAA
AGATTTTCAGGTCCTTTTTATGTGTTTCTCTATAGCATATATCCTTGAGGAAAACTGCATCATTTTCTGGTGATGGCTATGAAGACACTCAGAACATTTTTTTTAATTTCAGTTTTGTTCTGGTTCTTTAGGTTAAGAATTGAATCTGCTTTACCAGAATCAAAGTTACGGAGAGCACAATTAGAACATTAAAATTGTTA
ACTGGTCAGTAAACGCCACGAGTTGGTCAGTTTACTTTGAAGTTGTCTTTTACAAATAGTTGGGTTGGAAGGTAACTTTTTCTTATGATTATAAATCTCAATTTCTTACTGTTGCCTTACCGAGGCTTTTCTAAATCCACTTTAACATCATTGCATAATCAATTAATGATGGAAATAGTAGGTTGGCTAGCTACCATAAA
AGTTGGTTTTTTTTATTATTATTCTGTTGCTGTGCTTGGAAATATATTTCTTTTGTTGGG

>TRINITY_DN120714_c1_g7_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGTTTTGGGCTTCTAAGAAGAAGCCACAACAATCAGTCACTGTTACCCTATGCTATGGATTTTTCCCTCGTTATTGTAGATGGGGAAAGAGGTAACCAGAAAGGAGAAAGTTCTCTGAATGAAGTAGTTGTTTTTCTGGAAGCCCTTTTCCGCAGAGTTAGTTTGTGTCTTGATTTTATCACTAGTTCTGTTTAACTTT
TAACCTTACTTTTCTAGACTGGCTTTAAATGTTATTAAAACAATGAATAATTGGATTTTGGTTGACAGGTGAAGATCAGCCTAAAGGAGAAGAGGCCAAGCTGGAAGAAgtaagtagaatgaatgtattcctgtaaatttctttttatattttgaggtacctgatttagtgtctcgtacatgttttagcgtcctttcata
tgtttgtaacctgttttcttgagctatacagtgttggagttgtgtatgtaaacaatttcttgtttacatgcgaatctgaagaactgacatcttttctgttgaccaatttttgcagCCCTAATTTTGTCACAATGGCATTGCTTCAACAGCTTGATTGCTTTGAGGATTTTTGATATTCTCTTGGCCATACTTCCTCAGTC
TTTTGTTTTGTGTGGATTTGTATATTACCTTCATGCAATACAGTTGTTCCTGCATTGTGAGTTTATTCTAGAATAACATCCTTCATTGGTCCTTCCAAGTACATGAGCCCAAATAAAGTATTAATAGGTACGGTAATTGTTACTCCATTTGTGTTGCGTCTTCCCTGAAAGATTTTCAGGTCCTTTTTATGTGTTTCTCT
ATAGCATATATCCTTGAGGAAAACTGCATCATTTTCTGGTGATGGCTATGAAGACACTCAGAACATTTTTTTTAATTTCAGTTTTGTTCTGGTTCTTTAGGTTAAGAATTGAATCTGCTTTACCAGAATCAAAGTTACGGAGAGCACAATTAGAACATTAAAATTGTTAACTGGTCAGTAAACGCCACGAGTTGGTCAGT
TTACTTTGAAGTTGTCTTTTACAAATAGTTGGGTTGGAAGGTAACTTTTTCTTATGATTATAAATCTCAATTTCTTACTGTTGCCTTACCGAGGCTTTTCTAAATCCACTTTAACATCATTGCATAATCAATTAATGATGGAAATAGTAGGTTGGCTAGCTACCATAAAAGTTGGTTTTTTTTATTATTATTCTGTTGCT
GTGCTTGGAAATATATTTCTTTTGTTGGG

Intron 2 GTAAGGTCAG ... TTTGCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.71	440	82	30.3
A2	19.73	415	102	26.7
A3	17.05	472	97	29
A4	18.87	374	87	27
A5	16.49	238	47	16.3
A6	15.53	2845	523	175.7
A7	13.91	2210	357	124.3
A8	14.01	2344	382	177.3
A9	14.62	2470	423	148.3
A10	13.7	1625	258	90.7

>TRINITY_DN121023_c3_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGCCACATCCCTAGGTATTATTGGATTCCTAGTTCACTGGCATGTCTCTGTTATGGGATTTCGTCCCATATTTATAAGGTGCCCTACGTGAGTATCCTATCCGGCAAAGTCTCGCTCTATCTTTCCTGGTCAGAATGCTCTGTCAAGCTTAAAAACCCAACCCACAGCGCCTTGGCCCTTTTGATATTTTGCAATTTTG
AGGGATCCTTTTATCGTCGGCTCTTCGCTGATGTTTTCTTTGTGAGTGGTACTTGCTGTGAGTTTCGATCTCAGTTCAGTTCGATTAGTTTAGCGGAAGAAAATGAATACCGAGAAAGAGAGGCAGGGCCATTGTTTCATGGCCAAGTTAGCCGAACAGGCCGAGCGTTACGATGAGATGGTGCAGTCAATGAAGAATGT
TGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATATAAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGACTCAAAGGGGAATGACCAGAATGTGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAGAATCT
GCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGAGTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGGAATTGAAAGGAAGGAGATTGCTGATCAATCTATGAAAGCTTATGAGACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTC
CCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAACTTTTCAGTTTTCTACTATGAAATTCAGAACTCCCCTGAAAGAGCATGTCACTTGGCAAAACAAGCATTTGATGAAGCCATTGCAGAGCTTGATACTCTCAGTGAAGAATCATACAAGGACAGCACATTAATAATGCAATTGCTGAGGGACAATCTTACATT
ATGGTCTTCTGATTTGCAAGAAGATGGAGGTCAGTTCAGAGATTGATTTTGAGATAGCACATTCACTTTACATGTTTGGAGTGAGAAATTAGGATGACCACAGAATTTCTAATTCAACTTGAGTTGGAATTTGGAACATGAGGTTGACTAGTGCTAGGACCTGTAATGACATTCAGTTACAGGATAACAAGCTATCAATT
ATTTTTAAATGCCTTCTACGTAATTAATTTTAATATAGTTTTTTATTAGAAGAAAACATGACATTTCATTGTATATATACAATTTTTTGATATGTATTTTTTTTAATATAAAAGTAGAATTAAAGGGAAAAATACATCAGATACTGTCCCAAACATGACATCTAACTTCTATTCATTGATAGCTATTGTAAGATTCTTGC
TCAAAGAAAATATATTGCAATTATGTTATGCATGATTGTTACAAGAGATAAAAAGAACCTATTCTTGTCTATCCTTTCAGGGAAATTTAGCAAACTACTATCCTTATAGTGGAACCACAGCCAATTTTAGTGCCATTCATTTTGTACACAAAATAGGCATCACTATGAACAAATGCACACAACAACATTAATTATTTGAC
TGTTTAATCTATTTGACATTATGATGCAACTTTGGCTAAAGAGTTACAAATAAAGCCAAACAACTTAATTTTCTTCAAGCTTGATGTTGAACATCTGAGAAAGTGCAATCCAAGAGTTTTATGGTCTTACGATATAATCAAGCCAGGTTGTAAGTTAAAGTGGCTTATACTTTAACCATAAAACATTTCAATATTAAAAT
AAGCTTCATTTTTCATTGCGAAGTCAGGACACACTTTCAAATGAATTACATCTTTCCGGCTAGAAATATAACTGGATATATCTCATGTTGATAAAATAGTACAAGCCCAACGTGATATCTCATTCAATAGTTCTTCACAATTTCTATGGTGGAGTTGTTAGAGTCAGGCATCTATTGGCTATATGAAATCCCTCGACACT
GAGAATTTTGCTATGTAGTTTGAATGCTAATTGAACAATGATATCTATCACAGTCTGGAATATAGTCAATGTAAATATTTTGTGTAATTGACTGAATGAGGATAGATTGCTCTTACTAGCTGTTATTATCATCAACCTCTACAACTGATTCTACAGCACCCACAGAGAATAACCCATAACTTCACTTTGAATTCAATGCT
ATAAAATAGTAATATTTTAAAATTCCATAAAAACAAGAACTTGATCATATCCTTAATGTGATTGTGTTATGGCAGTGACTTGGTTTAGTCTATTCCTCCAGGTTGTGATTATACTAATCTATTTTGGTGTTAAGTTTGAATGATAATTGAACAAGAGCCACAGGGTGGCAATGTCCCCGAAGTTGTTAATAACAGTTGCC
AACAGCTATTGCTTCAAGACAGAAGCTATAGAAATATAGGAATTTTGTGGAAAAAATGCTAATTTCGTCTAGAACAATTTGCTTAAACTTTTTATGGACAAAAGTCCCAATTTATTTTCTCGAGTCAATTGAATAGATGATAGCTTTAAGTCCTCTTTACACATTGGTTGTGCTATTTTTACACCGATAGGTGTTT

>TRINITY_DN121023_c3_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTGCCACATCCCTAGGTATTATTGGATTCCTAGTTCACTGGCATGTCTCTGTTATGGGATTTCGTCCCATATTTATAAGGTGCCCTACGTGAGTATCCTATCCGGCAAAGTCTCGCTCTATCTTTCCTGGTCAGAATGCTCTGTCAAGCTTAAAAACCCAACCCACAGCGCCTTGGCCCTTTTGATATTTTGCAATTTTG
AGGGATCCTTTTATCGTCGGCTCTTCGCTGATGTTTTCTTTGTGAGTGGTACTTGCTGTGAGTTTCGATCTCAGTTCAGTTCGATTAGTTTAGCGGAAGAAAATGAATACCGAGAAAGAGAGGCAGGGCCATTGTTTCATGGCCAAGTTAGCCGAACAGGCCGAGCGTTACGATGAGATGGTGCAGTCAATGAAGAATGT
TGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATATAAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGACTCAAAGGGGAATGACCAGAATGTGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAGAATCT
GCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGAGTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGGAATTGAAAGGAAGGAGATTGCTGATCAATCTATGAAAGCTTATGAGACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTC
CCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAACTTTTCAGTTTTCTACTATGAAATTCAGAACTCCCCTGAAAGgtaaggtcaggtagttgtttcatttatagttttggtaatagtaaatactttcttaggtttgctgatatctttacaaataaaatgctggaatgttgatccaaatttcggtaggatatttca
cactgttgaatcttgtgcctacatttgcatggtgatttcaactttgtagagtatacaagcaagtttaattgcttctaagttctaactgtccagtatgatacctaatttatggctggtttgctacagAGCATGTCACTTGGCAAAACA

Intron 3 GTAAGTTGGC ... GCATTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.52	630	5	82
A2	8.88	718	2.5	70
A3	8.37	766	2.2	70
A4	9.48	592	0.5	62
A5	10.1	454	2	51
A6	11.31	2525	0	322
A7	9.48	2522	0	264
A8	13.17	1259	0	191
A9	10.5	2429	0	285
A10	9.39	2095	0	217

>TRINITY_DN120714_c1_g7_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CTATTAGAAAACTGCTCTATATTTTAATATTTTTTACTTCAAACTGTGAGTCCACTGCCACATCCCTAGGTATTATTGGATTCCTAGTTCACTGGCATGTCTCTGTTATGGGATTTCGTCCCATATTTATAAGGTGCCCTACGTGAGTATCCTATCCGGCAAAGTCTCGCTCTATCTTTCCTGGTCAGAATGCTCTGTCA
AGCTTAAAAACCCAACCCACAGCGCCTTGGCCCTTTTGATATTTTGCAATTTTGAGGGATCCTTTTATCGTCGGCTCTTCGCTGATGTTTTCTTTGTGAGTGGTACTTGCTGTGAGTTTCGATCTCAGTTCAGTTCGATTAGTTTAGCGGAAGAAAATGAATACCGAGAAAGAGAGGCAGGGCCATTGTTTCATGGCCAA
GTTAGCCGAACAGGCCGAGCGTTACGATGAGATGGTGCAGTCAATGAAGAATGTTGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATATAAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGACTCAAAGGGGAATGACCAGAATG
TGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAGAATCTGCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGAGTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGGAATTGAAAGGAAGGAGATTGCT
GATCAATCTATGAAAGCTTATGAGACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTCCCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAACTTTTCAGTTTTCTACTATGAAATTCAGAACTCCCCTGAAAGAGCATGTCACTTGGCAAAACAAGCATTTGATGAAGCCATTGCAGAGCTTGATACTCTCAGTGAAGA
ATCATACAAGGACAGCACATTAATAATGCAATTGCTGAGGGACAATCTTACATTATGGTCTTCTGATTTGCAAGAAGATGGAGGTGAAGATCAGCCTAAAGGAGAAGAGGCCAAGCTGGAAGAACCCTAATTTTGTCACAATGGCATTGCTTCAACAGCTTGATTGCTTTGAGGATTTTTGATATTCTCTTGGCCATACT
TCCTCAGTCTTTTGTTTTGTGTGGATTTGTATATTACCTTCATGCAATACAGTTGTTCCTGCATTGTGAGTTTATTCTAGAATAACATCCTTCATTGGTCCTTCCAAGTACATGAGCCCAAATAAAGTATTAATAGGTACGGTAATTGTTACTCCATTTGTGTTGCGTCTTCCCTGAAAGATTTTCAGGTCCTTTTTATG
TGTTTCTCTATAGCATATATCCTTGAGGAAAACTGCATCATTTTCTGGTGATGGCTATGAAGACACTCAGAACATTTTTTTTAATTTCAGTTTTGTTCTGGTTCTTTAGGTTAAGAATTGAATCTGCTTTACCAGAATCAAAGTTACGGAGAGCACAATTAGAACATTAAAATTGTTAACTGGTCAGTAAACGCCACGAG
TTGGTCAGTTTACTTTGAAGTTGTCTTTTACAAATAGTTGGGTTGGAAGGTAACTTTTTCTTATGATTATAAATCTCAATTTCTTACTGTTGCCTTACCGAGGCTTTTCTAAATCCACTTTAACATCATTGCATAATCAATTAATGATGGAAATAGTAGGTTGGCTAGCTACCATAAAAGTTGGTTTTTTTTATTATTAT
TCTGTTGCTGTGCTTGGAAATATATTTCTTTTGTTGGG

>TRINITY_DN120714_c1_g7_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCGGAATAAAATGAATACCGAGAAAGTGAGGCAGAGCCATGTTTTCATGGCCAAGTTAACTGAATAGGCCGAGCGTTACGATGgtaagttggcttatggcttataacatctctgaattcggtccttggttgattttttaattggctagggtttatattaataaaggcttagtaattggattagggtttatattattattg
gcgtgctgccaattggatcagggttcaggcattctaatgtggcattatcagAGATGGTGCAGTCAATGAAGAATGTTGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATATAAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGAC
TCAAAGGGGAATGACCAGAATGTGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAGAATCTGCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGAGTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGG
AATTGAAAGGAAGGAGATTGCTGATCAATCTATGAAAGCTTATGAGACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTCCCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAACTTTTCAGTTTTCTACTATGAAATTCAGAACTCCCCTGAAAGAGCATGTCACTTGGCAAAACAAGCATTTGATGAAGCCATTGCAG
AGCTTGATACTCTCAGTGAAGAATCATACAAGGACAGCACATTAATAATGCAATTGCTGAGGGACAATCTTACATTATGGTCTTCTGATTTGCAAGAAGATGGAGGTGAAGATCAGCCTAAAGGAGAAGAGGCCAAGCTGGAAGAACCCTAATTTTGTCACAATGGCATTGCTTCAACAGCTTGATTGCTTTGAGGATTT
TTGATATTCTCTTGGCCATACTTCCTCAGTCTTTTGTTTTGTGTGGATTTGTATATTACCTTCATGCAATACAGTTGTTCCTGCATTGTGAGTTTATTCTAGAATAACATCCTTCATTGGTCCTTCCAAGTACATGAGCCCAAATAAAGTATTAATAGGTACGGTAATTGTTACTCCATTTGTGTTGCGTCTTCCCTGAA
AGATTTTCAGGTCCTTTTTATGTGTTTCTCTATAGCATATATCCTTGAGGAAAACTGCATCATTTTCTGGTGATGGCTATGAAGACACTCAGAACATTTTTTTTAATTTCAGTTTTGTTCTGGTTCTTTAGGTTAAGAATTGAATCTGCTTTACCAGAATCAAAGTTACGGAGAGCACAATTAGAACATTAAAATTGTTA
ACTGGTCAGTAAACGCCACGAGTTGGTCAGTTTACTTTGAAGTTGTCTTTTACAAATAGTTGGGTTGGAAGGTAACTTTTTCTTATGATTATAAATCTCAATTTCTTACTGTTGCCTTACCGAGGCTTTTCTAAATCCACTTTAACATCATTGCATAATCAATTAATGATGGAAATAGTAGGTTGGCTAGCTACCATAAA
AGTTGGTTTTTTTTATTATTATTCTGTTGCTGTGCTTGGAAATATATTTCTTTTGTTGGG

Intron 4 GTGGAGATTG ... ATTATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.58	504	93	93
A2	17.29	483	105	97
A3	17.6	522	97	126
A4	17.3	423	99	78
A5	18.43	281	69	58
A6	16.08	3217	638	595
A7	16.54	2414	519	438
A8	15.87	2108	331	464
A9	15.48	2669	500	478
A10	16.79	1859	416	334

>TRINITY_DN101201_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TGAATACCGAGAAAGAGAGGCAGAGCCATGTTTTCATGTCCAAGTTAACTGAATAGGCCGAGCGTTACGATGGTAAGTTGGCTTATGGATTATAACATCTCTGAATTCGGTCCTTGGTTGATTTTTTAATTGGCTAGGGTTTATATTAATAAAGGCTTAGTAATTGGATTAGGGTTTATATTATTATTGGCGTGCTGCCA
ATTGGATCAGGGTTCAGGCATTCTAATGTGGCATTATCAGAGATGGTGCAGTCAATGAAGAATGTTGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATATAAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGACTCAAAGGGGAA
TGACCAGAATGTGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAGAATCTGCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGAGTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGGAATTGAAAGGA
AGGAGATTGCTGATCAATCTATGAAAGCTTATGAGACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTCCCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAACTTTTCAGTTTTCTACTATGAAATTCAGAACTCCCCTGAAAGAGCATGTCACTTGGCAAAACAAGCATTTGATGAAGCCATTGCAGAGCTTGATACT
CTCAGTGAAGAATCATACAAGGACAGCACATTAATAATGCAATTGCTGAGGGACAATCTTACATTATGGTCTTCTGATTTGCAAGAAGATGGAGGTGAAGATCAGCCTAAAGGAGAAGAGGCCAAGCTGGAAGAACCCTAATTTTGTCACAATGGCATTGCTTCAACAGCTTGATTGCTTTGAGGATTTTTGATATTCTC
TTGGCCATACTTCCTCAGTCTTTTGTTTTGTGTGGATTTGTATATTACCTTCATGCAATACAGTTGTTCCTGCATTGTGAGTTTATTCTAGAATAACATCCTTCATTGGTCCTTCCAAGTACATGAGCCCAAATAAAGTATTAATAGGTACGGTAATTGTTACTCCATTTGTGTTGCGTCTTCCCTGAAAGATTTTCAGG
TCCTTTTTATGTGTTTCTCTATAGCATATATCCTTGAGGAAAACTGCATCATTTTCTGGTGATGGCTATGAAGACACTCAGAACATTTTTTTTAATTTCAGTTTTGTTCTGGTTCTTTAGGTTAAGAATTGAATCTGCTTTACCAGAATCAAAGTTACGGAGAGCACAATTAGAACATTAAAATTGTTAACTGGTCAGTA
AACGCCACGAGTTGGTCAGTTTACTTTGAAGTTGTCTTTTACAAATAGTTGGGTTGGAAGGTAACTTTTTCTTATGATTATAAATCTCAATTTCTTACTGTTGCCTTACCGAGGCTTTTCTAAATCCACTTTAACATCATTGCATAATCAATTAATGATGGAAATAGTAGGTTGGCTAGCTACCATAAAAGTTGGTTTTT
TTTATTATTATTCTGTTGCTGTGCTTGGAAATATATTTCTTTTGTTGGGATAGGATTTGTAGGTTTTGTTTAACTATCATGTTAAGTTTTCTATTTGTAGATGTAATCAGGTAACACAAACATTTGTGGGG

>TRINITY_DN101201_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTCCACTGCCACATCCCTAGGTATTATTGGATTCCTAGTTCACTGGCATGTCTCTGTTATGGGATTTCGTCCCATATTTATAAGGTGCCCTACGTGAGTATCCTATCCGGCAAAGTCTCGCTCTATCTTTCCTGGTCAGAATGCTCTGTCAAGCTTAAAAACCCAACCCACAGCGCCTTGGCCCTTTTGATATTTTGCAA
TTTTGAGGGATCCTTTTATCGTCGGCTCTTCGCTGATGTTTTCTTTGTGAGTGGTACTTGCTGTGAGTTTCGATCTCAGTTCAGTTCGATTAGTTTAGCGGAAGAAAATGAATACCGAGAAAGAGAGGCAGGGCCATTGTTTCATGGCCAAGTTAGCCGAACAGGCCGAGCGTTACGATGAGATGGTGCAGTCAATGAAG
AATGTTGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATATAAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGACTCAAAGGGGAATGACCAGAATGTGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAG
AATCTGCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGAGTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGGAATTGAAAGGAAGGAGATTGCTGATCAATCTATGAAAGCTTATGAGgtggagattgaaaaatatataatat
tacaaaatatgcttcaatatgtttgtatggttgtacttggctgaaataataaaacaaaaggtcttcaataatatctaataaaaggtaggtgtttttggatagcttaataaggttaatttgtattattgcagACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTCCCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAAC
TTTTCAGTTTTCTACTATGAAATTCAGAACTCCCCTGAAAGAGCATGTCACTTGGCAAAACAAGCATTTGATGAAGCCATTGCAGAGCTTGATACTCTCAGTGAAGAATCATACAAGGACAGCACATTAATAATGCAATTGCTGAGGGACAATCTTACATTATGGTCTTCTGATTTGCAAGAAGATGGAGGTGAAGATCA
GCCTAAAGGAGAAGAGGCCAAGCTGGAAGAACCCTAATTTTGTCACAATGGCATTGCTTCAACAGCTTGATTGCTTTGAGGATTTTTGATATTCTCTTGGCCATACTTCCTCAGTCTTTTGTTTTGTGTGGATTTGTATATTACCTTCATGCAATACAGTTGTTCCTGCATTGTGAGTTTATTCTAGAATAACATCCTTC
ATTGGTCCTTCCAAGTACATGAGCCCAAATAAAGTATTAATAGGTACGGTAATTGTTACTCCATTTGTGTTGCGTCTTCCCTGAAAGATTTTCAGGTCCTTTTTATGTGTTTCTCTATAGCATATATCCTTGAGGAAAACTGCATCATTTTCTGGTGATGGCTATGAAGACACTCAGAACATTTTTTTTAATTTCAGTTT
TGTTCTGGTTCTTTAGGTTAAGAATTGAATCTGCTTTACCAGAATCAAAGTTACGGAGAGCACAATTAGAACATTAAAATTGTTAACTGGTCAGTAAACGCCACGAGTTGGTCAGTTTACTTTGAAGTTGTCTTTTACAAATAGTTGGGTTGGAAGGTAACTTTTTCTTATGATTATAAATCTCAATTTCTTACTGTTGC
CTTACCGAGGCTTTTCTAAATCCACTTTAACATCATTGCATAATCAATTAATGATGGAAATAGTAGGTTGGCTAGCTACCATAAAAGTTGGTTTTTTTTATTATTATTCTGTTGCTGTGCTTGGAAATATATTTCTTTTGTTGGGATAGGATTTGTAGGTTTTGTTTAACTATCATGTTAAGTTTTCTATTTGTAGATGT
AATCAGGTAACACAAACATTTGTGGGG

Intron 5 GTTATCATAG ... AAAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.07	82	3	79
A2	52.11	68	9	74
A3	50.35	70	1	71
A4	49.17	61	3	59
A5	47.96	51	6	47
A6	49.69	322	0	318
A7	48.44	264	1	248
A8	48.38	191	0	179
A9	48.37	285	0	267
A10	47.71	217	6	198

>TRINITY_DN38342_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTTAAATGGCTAGGGTTTATATTAATAAAGGCTTAGTAATTGGATTAGGGTTTATATTATTATTGGCGTGCTTCCAATTGGATCAGGGTTCAGGCATTCTAATGTGGCATTATCAGAGATGGTGCAGTCAATGAAGAATGTTGCCAAATTGGATCTGGACCTGTCTGTGGAGGAAAGAAACTTGCTTTCTGTTGGATAT
AAGAATGTTATTGGTGCCAGGCGAGCATCATGGCGGATTATGTCCTCCATTGAGCAGAAAGAAGACTCAAAGGGGAATGACCAGAATGTGAAAAGGATAAGGGATTACCGACAAAAGGTGGAGGATGAACTGTTTAGAATCTGCAATGACATTTTATCAATTATTGATGATCATCTCCTTCCTTCTTCTACTTCAGGAGA
GTCCACAGTTTTTTACTACAAGATGAAAGGTGATTACTACCGATATCTTGCAGAATTTAAGTCTGGAATTGAAAGGAAGGAGATTGCTGATCAATCTATGAAAGCTTATGAGACTGCTTCAAATACAGCAGCTACAGATCTCCCTCCCACTCATCCAATCAGGCTTGGCTTAGCACTGAACTTTTCAGTTTTCTACTATG
AAATTCAGAACTCCCCTGAAAGAGCATGTCACTTGGCAAAACAAGCATTTGATGAAGCCATTGCAGAGCTTGATACTCTCAGTGAAGAATCATACAAGGACAGCACATTAATAATGCAATTGCTGAGGGACAATCTTACATTATGGTCTTCTGATTTGCAAGAAGATGGAGGTCAGTTCAGAGATTGATTTTGAGATAGC
ACATTCACTTTACATGTTTGGAGTGAGAAATTAGGATGACCACAGAATTTCTAATTCAACTTGAGTTGGAATTTGGAACATGAGGTTGACTAGTGCTAGGACCTGTAATGACATTCAGTTACAGGATAACAAGCTATCAATTATTTTTAAATGCCTTCTACGTAATTAATTTTAATATAGTTTTTTATTAGAAGAAAACA
TGACATTTCATTGTATATATACAATTTTTTGATATGTATTTTTTTTAATATAAAAGTAGAATTAAAGGGAAG

>TRINITY_DN38342_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTAAATGGCTAGGGTTTATATTAATAAAGGCTTAGTAATTGGATTAGGGTTTATATTATTATTGGCGTGCTTCCAATTGGATCAGGGTTCAGGCATTCTAATGTGGCATTATCAGgttatcataggatttgtattattgtttgggcattaggctgctgatacctttctgggctgggttctgatttatttttgtgagtt
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