sp|F4JGZ1|MED16_ARATH ----> Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
Intron 1 GTTCAATAGA ... ATGGCACGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.53 | 79 | 117 | 106 |
| A2 | 54.33 | 66 | 89 | 68 |
| A3 | 59.87 | 60 | 108 | 71 |
| A4 | 62.11 | 54 | 99 | 78 |
| A5 | 55.17 | 26 | 36 | 28 |
| A6 | 55.93 | 169 | 231 | 198 |
| A7 | 53.44 | 308 | 381 | 326 |
| A8 | 53.07 | 313 | 386 | 322 |
| A9 | 52.24 | 245 | 285 | 251 |
| A10 | 53.57 | 182 | 237 | 183 |
>TRINITY_DN123732_c2_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoformCATCCAAATTGATCATAATCCCTCAGGGGACGACGACCCACATCATAATCTTCCAGGGGACGACGACCCACAACTGCAAACAACAATATCTTCCCCCCCTCCTCCTCAACAGCAGCAGAAAAGGGAAGAAGACGAGGAGGAGGATCGAGCCATGGCGGGCACGGTGTTTCATCTGTACCTGCACCAGACGCCGGACAATT
TACAGCAGAAGATGACCTTTCCAGAACTCTGCCGAAAGTTCAGTGCCGTTACATGGTGTGGAACGCTAAATGTAATAGCATGTGCTTCCGAGACATGTGCAAGACATCCAAGAGCTAAAGCGCAACCACTGTTCTGGATACCAATTCATATTATGAATCCAGAGCGCCCCACTGAGCACACCGTTTTCAATGTAACTGCA
GATTCTCCATGTGACTATGTGCAATTTATTGAGTGGTCTCCAGTATCCTGTCCACGTGCTTTGTTGATTGCAAATTTTAAAGGGAGAGTAAATGTCTGGAGTCAGCCTACTCAAGGTCCAGCTAATCTGGCACGGGCTGTGAATTGCTGGCATTGTGAACATGAATGGCGCCAAGACCGTGCTGTTGTAACAAAATGGCT
ATCAGGAATGTTTCCGTATCCGTTGATTACTATGGATTCAAGTGCTTCGACAAACTCTAAGTTATCGTTTGAGGAAAAGTATCTTCCACATCAATCTCAAACTTCAGCACGCTGGCCAAATTTTCTGTGTGTTTGTACAGTTTTTTCATCGGGTTCAGTCCAGCTTCATTGGTCTGAGTGGCCTGCTAGTGAGCCCAGCA
CATCACCAAAATGGTTTGCAACAAGCAAAGGAATTCTGGGAGCTGGGACAGATTGCATTATGACAGCTGATGCTATTATAACGAATACAGGTACAATGCTTATAGCTGGTGTTCCAATAGTGAATCCATCAACAGTTGTTGTTTGGGAGGTTATTCCTGCCCATGGAAGCAATCTGCAAGCAACAGTTAAGGTGAACACA
GGAATTGGTGTTCCACCATCTTTGAACCCTTCATCACGGGCAGGATTGGCATCCTTGGTAGCATATTTGCTCAGCTGGAAACAATACCTTTGTACGGAAGGGAAAAATCAACAATGCAAGCTTGATAAAGAGATGATGGAAGACATTTCACTACATTGTTCTCCAGTGTCTAATTTTTCTGCATACGTGAGTCCAGAGGC
AGCAGCTCAATCAGCTGCGACTACTACATGGGCCTTGGGAGTTTTGGCACTGGCATTTGATCCATCTCATGGAGGAACAGTCTTAGCGGTTGCAGTTGTTGAAGGCCAACATATGTCTCCTCAAAATCCTGACGAGGGGCCATCTCTAACTGGTTGGAGGGTGCAGCGGTGGGAAAGCTCACGTCAACAGGTTGCACTGC
ATCCCCTTTTTGAAAACTCTGATACAAATTTTGGTGGACAAGCACCAATGACGACAATCTGGAAGAACAAGGTAAATATGAGCATATCTCCAACTAAGAACTGCAAAGGTTCTCGATCCATTGCTACACCAGGAAATTCAAATGGCAGAATTAGTGACAAATTTAACTCTGACCTAGCTCATCAGCACAGTGACGTAAGG
ATACTAGCAAAAATTGTCTTTTCAAGTCATGGAGGGGAGGTTGCTTTTGCTTTTTGCTATGGCGATGTTCATTTATTCTCTGGCAGTAACTTTTCTCCCATAGATTACTACTGTGCCCCAGTCGGGGTTTCTGTTGCCCTACCGGCTTTCTCTTCTACTAGCTGTTGCCTTGCCTCAGTTTGGCATGATAACAGCAGGGA
TTGCACTGTTCTGAAGATTCTACGTATTCTACCTCCTGCCAGTCAAAGTAGTCAATGGAAAGGTAATGCAGCGGCCTTGGAACGAGCTATAGCAGACAGATTTTGGTGGAGCCTCTCAGTTGGAGTTGATTGGTGGGATGCTGTTGGTTGTGCACAAAGTGCAGCAGAAGATGATATAGTGGCAATTAACAGGGTAATGG
CAGTACTGGATTCAGACTTCCATTTGCTACCTACAATCCAATATCGTCAACGATATGGTCCTGTTTTGGATAGAATAAAATGCAAATTACTTGAGGGCACAGTTGCTCAAGACATCAGGGGACTTGTTCTAGATATGCAAGCAAGGCTGTTGCTTAACATGTTAGGAAAGGGCATTGAGTCTGCTCTCATAAACCCTGCG
ACATTAATGATTGAGCCTTGGAAGGCCTCTACCATAACACAATTTGAAACTGATGCCATGGCGGTGGATCCAGCTCTTTTTCATATTATCCAGGCATTCGTTGATGCTATTCTTGATTTGGCTACCCATTTTCTTATACGTCTGTGGTACAATGCAAGCCTTCATGTTAGACTATCAGCCAATTCAGGAAGCAATCACAA
TATGGGTGCAAGTCCAACTTCTGGGGGGGTTTCTCCATCTTCTGGCCGAGGAGATCCAGGTGGAACAGGTAGTAACCCTGGAAATATACAAATGCAAGCAAGAGCCCAAGGTGCCATTGCCAAGATTAGCGGTAATGCAGAAGGAAGTCCATCCAAAACACCAAGTTCATTAAATTGGCATGCTCCTATGCTGACACATA
GTGTCAATATGGCAACTTTTCCAGAAACACCTGCTGCGAGATTAATTGGAGATTGCTATTTTCTTCATAGGTTATGCCAATTGTTATTATTCTGTTTTATTTTCTGCAGAAGACAGTTGCACTGTTCAAGTAGTTCGGAACAAAAGAATGCTGATGTGCAGTCAGGCAAGCCACAACCAGGTTTTGGAGGAAAAAACTTG
GGAGAATTAAATAAAGCTGCTTCTAGGCCCTCTTCTGCAATGCCAGATGTTAAAAGTGAAGGGGGCCAAAGTGTCAGGACTGGACAACTGATTCCTGGGTTCAAAGGACTATATGAAATTTCAAATGGTCGGACTATGCGCTTAGGGAATGGAAATGCTGTTCAACGGTATACAGCAGAAGAGGTAGAGGTTCTTTTTCT
TGCATTGGTGGACCTCTGCAAAATAACTGCAGGGTTAGAACACAATTTACCCAAGTCACAAGTTGTGGTTCCCAATGCAAGCATATCTCTGCATTACATAGATGGGCAGTATAAGGTTACACCGGAAGTGGTGGAGGCATCTCTTAAACCTCACATGAAGACTTTGCTTCAACAACGTGGTTCGGATGCTGCTGGCTTTT
TGCTTCGTGATTTAGAACTTCATCCTCCAGCAGAAGATTGGCATAAACGCAACATGTTTGGTGGACCTTGGTCTGATCATGGAGATCTCCAAACTTGCCTAGATGAACAGAATAAAAGCACAACCTTATCTGCTTTATCTCGCATCTCTGACATTTCAAGAGGGAAACATTCCAATGATTATCAGGGTGGGAAAGGATTG
TTTCCAAGAAAACGAAGGTTTTCGGAGAGGGATGCAGCATTTGGTGTGAAGACAACAGTAGGAACGGAAGCATTCTTGGGAATTATGGGATCCCGAAGGGATGTCATTACTGCATCATGGAAAAAAGTGTGTAAGGTGTGGGCGTCGGACCTCTGCATTGGCTTTGCCCGAGTCTTCAGCCTCAGCTAATCAGAACAATG
TTCCTGAATTATGGTGGATAGGAAGATGGGCCCATGGATGCCCTATGTGTGCTGGTCTCTGGGTTCGTGTAATCTAGTTACTAGTTTTGTACAAATCACTCAGGCATTACACAGCTCCTGTAAAATAGCTTCATGCCATTATCCCCCTAGCTACTGTAATAGCACTGGGCAGATTCTCACAAAGCCACTCCTGAAGAATC
AGTCTTTTATGCCAAATAACTTTATTTTTTGTCATAATTTTTTAAATTCGAATGTTGACCAAAGTTCGGATGTAAGTTTTGTAAACCTGCACATGCCAGAATGGCAGATCCTTTCATACAGAATTGAAAGATATCTCTGTTCAACTGCTAATGTTCAAGTGAAGATATATCTGGGTAGTTGTAATGTACTTATCTGGGTT
TCATTTCATTTCAATAGATAGCATAGAAGGGTTATAATTCAGGGTCCAGTCAGTATAGTTATCAGAATTGGAAGGATAACAGAAAGTGATGTATTCACTTGAAAATTAAAATATTCAGATGTGCTGAGCCATTTGAGGAAAGTTCTTGGAATTTCATTTGTATTTATGTGTGATCTCCATTTGTATTCATGGCCACTTGT
GACCAACGCTTTCTCCATGGGACTCGGAGTAGTCATTACTAGTAGCAAAATAATGTGTTCCTAGTAAAAGATCTGTTTCCCA
>TRINITY_DN123732_c2_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:AAAAGTTGGAGTTCAAATTAACAACAGTCACAGTCAATACATTTTCTGTAGCGACTGGAATCTCTTGTTTGAATTAATTGCATGATAATGGTGGCAGCCTAATGAAGTACAATCTCTGCAAGTATAAAAAGATTCTGAAATCTTTTCCATATTTAGGGGCTTTCTATTTTGAGTAGAGATTTTGTTTTGAAGTTATGTAT
GATTGAATAGTTTAACTTTTTCTGTATGTTGCTGCCAGGGATGTTTTATGCCCTGCATTGATTTTTTTTACATTATGCAATTTTGGAAAGTCGCGAGAAATGAACTCACTTCAATTATTAATGCCTGCTATTTGTTTTCAGTATCCGTTGATTACTATGGATTCAAGTGCTTCGACAAACTCTAAGTTATCGTTTGAGGA
AAAGTATCTTCCACATCAATCTCAAACTTCAGCACGCTGGCCAAATTTTCTGTGTGTTTGTACAGTTTTTTCATCGGGTTCAGTCCAGCTTCATTGGTCTGAGTGGCCTGCTAGTGAGCCCAGCACATCACCAAAATGGTTTGCAACAAGCAAAGGAATTCTGGGAGCTGGGACAGATTGCATTATGACAGCTGATGCTA
TTATAACGAATACAGGTACAATGCTTATAGCTGGTGTTCCAATAGTGAATCCATCAACAGTTGTTGTTTGGGAGGTTATTCCTGCCCATGGAAGCAATCTGCAAGCAACAGTTAAGGTGAACACAGGAATTGGTGTTCCACCATCTTTGAACCCTTCATCACGGGCAGGATTGGCATCCTTGGTAGCATATTTGCTCAGC
TGGAAACAATACCTTTGTACGGAAGGGAAAAATCAACAATGCAAGCTTGATAAAGAGATGATGGAAGACATTTCACTACATTGTTCTCCAGTGTCTAATTTTTCTGCATACGTGAGTCCAGAGGCAGCAGCTCAATCAGCTGCGACTACTACATGGGCCTTGGGAGTTTTGGCACTGGCATTTGATCCATCTCATGGAGG
AACAGTCTTAGCGGTTGCAGTTGTTGAAGGCCAACATATGTCTCCTCAAAATCCTGACGAGGGGCCATCTCTAACTGGTTGGAGGGTGCAGCGGTGGGAAAGCTCACGTCAACAGGTTGCACTGCATCCCCTTTTTGAAAACTCTGATACAAATTTTGGTGGACAAGCACCAATGACGACAATCTGGAAGAACAAGGTAA
ATATGAGCATATCTCCAACTAAGAACTGCAAAGGTTCTCGATCCATTGCTACACCAGGAAATTCAAATGGCAGAATTAGTGACAAATTTAACTCTGACCTAGCTCATCAGCACAGTGACGTAAGGATACTAGCAAAAATTGTCTTTTCAAGTCATGGAGGGGAGGTTGCTTTTGCTTTTTGCTATGGCGATGTTCATTTA
TTCTCTGGCAGTAACTTTTCTCCCATAGATTACTACTGTGCCCCAGTCGGGGTTTCTGTTGCCCTACCGGCTTTCTCTTCTACTAGCTGTTGCCTTGCCTCAGTTTGGCATGATAACAGCAGGGATTGCACTGTTCTGAAGATTCTACGTATTCTACCTCCTGCCAGTCAAAGTAGTCAATGGAAAGGTAATGCAGCGGC
CTTGGAACGAGCTATAGCAGACAGATTTTGGTGGAGCCTCTCAGTTGGAGTTGATTGGTGGGATGCTGTTGGTTGTGCACAAAGTGCAGCAGAAGATGATATAGTGGCAATTAACAGGGTAATGGCAGTACTGGATTCAGACTTCCATTTGCTACCTACAATCCAATATCGTCAACGATATGGTCCTGTTTTGGATAGAA
TAAAATGCAAATTACTTGAGGGCACAGTTGCTCAAGACATCAGGGGACTTGTTCTAGATATGCAAGCAAGGCTGTTGCTTAACATGTTAGGAAAGGGCATTGAGTCTGCTCTCATAAACCCTGCGACATTAATGATTGAGCCTTGGAAGGCCTCTACCATAACACAATTTGAAACTGATGCCATGGCGGTGGATCCAGCT
CTTTTTCATATTATCCAGGCATTCGTTGATGCTATTCTTGATTTGGCTACCCATTTTCTTATACGTCTGTGGTACAATGCAAGCCTTCATGTTAGACTATCAGCCAATTCAGGAAGCAATCACAATATGGGTGCAAGTCCAACTTCTGGGGGGGTTTCTCCATCTTCTGGCCGAGGAGATCCAGGTGGAACAGGTAGTAA
CCCTGGAAATATACAAATGCAAGCAAGAGCCCAAGGTGCCATTGCCAAGATTAGCGGTAATGCAGAAGGAAGTCCATCCAAAACACCAAGTTCATTAAATTGGCATGCTCCTATGCTGACACATAGTGTCAATATGGCAACTTTTCCAGAAACACCTGCTGCGAGATTAATTGGAGATTGCTATTTTCTTCATAGGTTAT
GCCAATTGTTATTATTCTGTTTTATTTTCTGCAGAAGACAGTTGCACTGTTCAAGTAGTTCGGAACAAAAGAATGCTGATGTGCAGTCAGGCAAGCCACAACCAGGTTTTGGAGGAAAAAACTTGGGAGAATTAAATAAAGCTGCTTCTAGGCCCTCTTCTGCAATGCCAGATGTTAAAAGTGAAGGGGGCCAAAGTGTC
AGGACTGGACAACTGATTCCTGGGTTCAAAGGACTATATGAAATTTCAAATGGTCGGACTATGCGCTTAGGGAATGGAAATGCTGTTCAACGGTATACAGCAGAAGAGGTAGAGGTTCTTTTTCTTGCATTGGTGGACCTCTGCAAAATAACTGCAGGGTTAGAACACAATTTACCCAAGTCACAAGTTGTGGTTCCCAA
TGCAAGCATATCTCTGCATTACATAGATGGGCAGTATAAGGTTACACCGGAAGTGGTGGAGGCATCTCTTAAACCTCACATGAAGACTTTGCTTCAACAACGTGGTTCGGATGCTGCTGGCTTTTTGCTTCGTGATTTAGAACTTCATCCTCCAGCAGAAGATTGGCATAAACGCAACATGTTTGGTGGACCTTGGTCTG
ATCATGGAGATCTCCAAACTTGCCTAGATGAACAGAATAAAAGCACAACCTTATCTGCTTTATCTCGCATCTCTGACATTTCAAGAGGGAAACATTCCAATGATTATCAGGGTGGGAAAGGATTGTTTCCAAGAAAACGAAGGTTTTCGGAGAGGGATGCAGCATTTGGTGTGAAGACAACAGTAGGAACGGAAGCATTC
TTGGGAATTATGGGATCCCGAAGGGATGTCATTACTGCATCATGGAAAAAAGgttcaatagacgtatggcacgagTGTGTAAGGTGTGGGCGTCGGACCTCTGCATTGGCTTTGCCCGAGTCTTCAGCCTCAGCTAATCAGAACAATGTTCCTGAATTATGGTGGATAGGAAGATGGGCCCATGGATGCCCTATGTGTGC
TGGTCTCTGGGTTCGTGTAATCTAGTTACTAGTTTTGTACAAATCACTCAGGCATTACACAGCTCCTGTAAAATAGCTTCATGCCATTATCCCCCTAGCTACTGTAATAGCACTGGGCAGATTCTCACAAAGCCACTCCTGAAGAATCAGTCTTTTATGCCAAATAACTTTATTTTTTGTCATAATTTTTTAAATTCGAA
TGTTGACCAAAGTTCGGATGTAAGTTTTGTAAACCTGCACATGCCAGAATGGCAGATCCTTTCATACAGAATTGAAAGATATCTCTGTTCAACTGCTAATGTTCAAGTGAAGATATATCTGGGTAGTTGTAATGTACTTATCTGGGTTTCATTTCATTTCAATAGATAGCATAGAAGGGTTATAATTCAGGGTCCAGTCA
GTATAGTTATCAGAATTGGAAGGATAACAGAAAGTGATGTATTCACTTGAAAATTAAAATATTCAGATGTGCTGAGCCATTTGAGGAAAGTTCTTGGAATTTCATTTGTATTTATGTGTGATCTCCATTTGTATTCATGGCCACTTGTGACCAACGCTTTCTCCATGGGACTCGGAGTAGTCATTACTAGTAGCAAAATA
ATGTGTTCCTAGTAAAAGATCTGTTTCCCA
Intron 2 GTGTTGTGAT ... TGTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.15 | 106 | 25 | 22 |
| A2 | 14.47 | 68 | 13 | 10 |
| A3 | 11.25 | 71 | 10 | 8 |
| A4 | 17.02 | 78 | 22 | 10 |
| A5 | 22.22 | 28 | 14 | 2 |
| A6 | 15.92 | 198 | 40 | 35 |
| A7 | 20 | 326 | 98 | 65 |
| A8 | 20.69 | 322 | 113 | 55 |
| A9 | 20.06 | 251 | 87 | 39 |
| A10 | 20.78 | 183 | 70 | 26 |
>TRINITY_DN123732_c2_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformCATCCAAATTGATCATAATCCCTCAGGGGACGACGACCCACATCATAATCTTCCAGGGGACGACGACCCACAACTGCAAACAACAATATCTTCCCCCCCTCCTCCTCAACAGCAGCAGAAAAGGGAAGAAGACGAGGAGGAGGATCGAGCCATGGCGGGCACGGTGTTTCATCTGTACCTGCACCAGACGCCGGACAATT
TACAGCAGAAGATGACCTTTCCAGAACTCTGCCGAAAGTTCAGTGCCGTTACATGGTGTGGAACGCTAAATGTAATAGCATGTGCTTCCGAGACATGTGCAAGACATCCAAGAGCTAAAGCGCAACCACTGTTCTGGATACCAATTCATATTATGAATCCAGAGCGCCCCACTGAGCACACCGTTTTCAATGTAACTGCA
GATTCTCCATGTGACTATGTGCAATTTATTGAGTGGTCTCCAGTATCCTGTCCACGTGCTTTGTTGATTGCAAATTTTAAAGGGAGAGTAAATGTCTGGAGTCAGCCTACTCAAGGTCCAGCTAATCTGGCACGGGCTGTGAATTGCTGGCATTGTGAACATGAATGGCGCCAAGACCGTGCTGTTGTAACAAAATGGCT
ATCAGGAATGTTTCCGTATCCGTTGATTACTATGGATTCAAGTGCTTCGACAAACTCTAAGTTATCGTTTGAGGAAAAGTATCTTCCACATCAATCTCAAACTTCAGCACGCTGGCCAAATTTTCTGTGTGTTTGTACAGTTTTTTCATCGGGTTCAGTCCAGCTTCATTGGTCTGAGTGGCCTGCTAGTGAGCCCAGCA
CATCACCAAAATGGTTTGCAACAAGCAAAGGAATTCTGGGAGCTGGGACAGATTGCATTATGACAGCTGATGCTATTATAACGAATACAGGTACAATGCTTATAGCTGGTGTTCCAATAGTGAATCCATCAACAGTTGTTGTTTGGGAGGTTATTCCTGCCCATGGAAGCAATCTGCAAGCAACAGTTAAGGTGAACACA
GGAATTGGTGTTCCACCATCTTTGAACCCTTCATCACGGGCAGGATTGGCATCCTTGGTAGCATATTTGCTCAGCTGGAAACAATACCTTTGTACGGAAGGGAAAAATCAACAATGCAAGCTTGATAAAGAGATGATGGAAGACATTTCACTACATTGTTCTCCAGTGTCTAATTTTTCTGCATACGTGAGTCCAGAGGC
AGCAGCTCAATCAGCTGCGACTACTACATGGGCCTTGGGAGTTTTGGCACTGGCATTTGATCCATCTCATGGAGGAACAGTCTTAGCGGTTGCAGTTGTTGAAGGCCAACATATGTCTCCTCAAAATCCTGACGAGGGGCCATCTCTAACTGGTTGGAGGGTGCAGCGGTGGGAAAGCTCACGTCAACAGGTTGCACTGC
ATCCCCTTTTTGAAAACTCTGATACAAATTTTGGTGGACAAGCACCAATGACGACAATCTGGAAGAACAAGGTAAATATGAGCATATCTCCAACTAAGAACTGCAAAGGTTCTCGATCCATTGCTACACCAGGAAATTCAAATGGCAGAATTAGTGACAAATTTAACTCTGACCTAGCTCATCAGCACAGTGACGTAAGG
ATACTAGCAAAAATTGTCTTTTCAAGTCATGGAGGGGAGGTTGCTTTTGCTTTTTGCTATGGCGATGTTCATTTATTCTCTGGCAGTAACTTTTCTCCCATAGATTACTACTGTGCCCCAGTCGGGGTTTCTGTTGCCCTACCGGCTTTCTCTTCTACTAGCTGTTGCCTTGCCTCAGTTTGGCATGATAACAGCAGGGA
TTGCACTGTTCTGAAGATTCTACGTATTCTACCTCCTGCCAGTCAAAGTAGTCAATGGAAAGGTAATGCAGCGGCCTTGGAACGAGCTATAGCAGACAGATTTTGGTGGAGCCTCTCAGTTGGAGTTGATTGGTGGGATGCTGTTGGTTGTGCACAAAGTGCAGCAGAAGATGATATAGTGGCAATTAACAGGGTAATGG
CAGTACTGGATTCAGACTTCCATTTGCTACCTACAATCCAATATCGTCAACGATATGGTCCTGTTTTGGATAGAATAAAATGCAAATTACTTGAGGGCACAGTTGCTCAAGACATCAGGGGACTTGTTCTAGATATGCAAGCAAGGCTGTTGCTTAACATGTTAGGAAAGGGCATTGAGTCTGCTCTCATAAACCCTGCG
ACATTAATGATTGAGCCTTGGAAGGCCTCTACCATAACACAATTTGAAACTGATGCCATGGCGGTGGATCCAGCTCTTTTTCATATTATCCAGGCATTCGTTGATGCTATTCTTGATTTGGCTACCCATTTTCTTATACGTCTGTGGTACAATGCAAGCCTTCATGTTAGACTATCAGCCAATTCAGGAAGCAATCACAA
TATGGGTGCAAGTCCAACTTCTGGGGGGGTTTCTCCATCTTCTGGCCGAGGAGATCCAGGTGGAACAGGTAGTAACCCTGGAAATATACAAATGCAAGCAAGAGCCCAAGGTGCCATTGCCAAGATTAGCGGTAATGCAGAAGGAAGTCCATCCAAAACACCAAGTTCATTAAATTGGCATGCTCCTATGCTGACACATA
GTGTCAATATGGCAACTTTTCCAGAAACACCTGCTGCGAGATTAATTGGAGATTGCTATTTTCTTCATAGGTTATGCCAATTGTTATTATTCTGTTTTATTTTCTGCAGAAGACAGTTGCACTGTTCAAGTAGTTCGGAACAAAAGAATGCTGATGTGCAGTCAGGCAAGCCACAACCAGGTTTTGGAGGAAAAAACTTG
GGAGAATTAAATAAAGCTGCTTCTAGGCCCTCTTCTGCAATGCCAGATGTTAAAAGTGAAGGGGGCCAAAGTGTCAGGACTGGACAACTGATTCCTGGGTTCAAAGGACTATATGAAATTTCAAATGGTCGGACTATGCGCTTAGGGAATGGAAATGCTGTTCAACGGTATACAGCAGAAGAGGTAGAGGTTCTTTTTCT
TGCATTGGTGGACCTCTGCAAAATAACTGCAGGGTTAGAACACAATTTACCCAAGTCACAAGTTGTGGTTCCCAATGCAAGCATATCTCTGCATTACATAGATGGGCAGTATAAGGTTACACCGGAAGTGGTGGAGGCATCTCTTAAACCTCACATGAAGACTTTGCTTCAACAACGTGGTTCGGATGCTGCTGGCTTTT
TGCTTCGTGATTTAGAACTTCATCCTCCAGCAGAAGATTGGCATAAACGCAACATGTTTGGTGGACCTTGGTCTGATCATGGAGATCTCCAAACTTGCCTAGATGAACAGAATAAAAGCACAACCTTATCTGCTTTATCTCGCATCTCTGACATTTCAAGAGGGAAACATTCCAATGATTATCAGGGTGGGAAAGGATTG
TTTCCAAGAAAACGAAGGTTTTCGGAGAGGGATGCAGCATTTGGTGTGAAGACAACAGTAGGAACGGAAGCATTCTTGGGAATTATGGGATCCCGAAGGGATGTCATTACTGCATCATGGAAAAAAGGTTCAATAGACGTATGGCACGAGTGTGTAAGGTGTGGGCGTCGGACCTCTGCATTGGCTTTGCCCGAGTCTTC
AGCCTCAGCTAATCAGAACAATGTTCCTGAATTATGGTGGATAGGAAGATGGGCCCATGGATGCCCTATGTGTGCTGGTCTCTGGGTTCGTGTAATCTAGTTACTAGTTTTGTACAAATCACTCAGGCATTACACAGCTCCTGTAAAATAGCTTCATGCCATTATCCCCCTAGCTACTGTAATAGCACTGGGCAGATTCT
CACAAAGCCACTCCTGAAGAATCAGTCTTTTATGCCAAATAACTTTATTTTTTGTCATAATTTTTTAAATTCGAATGTTGACCAAAGTTCGGATGTAAGTTTTGTAAACCTGCACATGCCAGAATGGCAGATCCTTTCATACAGAATTGAAAGATATCTCTGTTCAACTGCTAATGTTCAAGTGAAGATATATCTGGGTA
GTTGTAATGTACTTATCTGGGTTTCATTTCATTTCAATAGATAGCATAGAAGGGTTATAATTCAGGGTCCAGTCAGTATAGTTATCAGAATTGGAAGGATAACAGAAAGTGATGTATTCACTTGAAAATTAAAATATTCAGATGTGCTGAGCCATTTGAGGAAAGTTCTTGGAATTTCATTTGTATTTATGTGTGATCTC
CATTTGTATTCATGGCCACTTGTGACCAACGCTTTCTCCATGGGACTCGGAGTAGTCATTACTAGTAGCAAAATAATGTGTTCCTAGTAAAAGATCTGTTTCCCA
>TRINITY_DN123732_c2_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:CATCCAAATTGATCATAATCCCTCAGGGGACGACGACCCACATCATAATCTTCCAGGGGACGACGACCCACAACTGCAAACAACAATATCTTCCCCCCCTCCTCCTCAACAGCAGCAGAAAAGGGAAGAAGACGAGGAGGAGGATCGAGCCATGGCGGGCACGGTGTTTCATCTGTACCTGCACCAGACGCCGGACAATT
TACAGCAGAAGATGACCTTTCCAGAACTCTGCCGAAAGTTCAGTGCCGTTACATGGTGTGGAACGCTAAATGTAATAGCATGTGCTTCCGAGACATGTGCAAGACATCCAAGAGCTAAAGCGCAACCACTGTTCTGGATACCAATTCATATTATGAATCCAGAGCGCCCCACTGAGCACACCGTTTTCAATGTAACTGCA
GATTCTCCATGTGACTATGTGCAATTTATTGAGTGGTCTCCAGTATCCTGTCCACGTGCTTTGTTGATTGCAAATTTTAAAGGGAGAGTAAATGTCTGGAGTCAGCCTACTCAAGGTCCAGCTAATCTGGCACGGGCTGTGAATTGCTGGCATTGTGAACATGAATGGCGCCAAGACCGTGCTGTTGTAACAAAATGGCT
ATCAGGAATGTTTCCGTATCCGTTGATTACTATGGATTCAAGTGCTTCGACAAACTCTAAGTTATCGTTTGAGGAAAAGTATCTTCCACATCAATCTCAAACTTCAGCACGCTGGCCAAATTTTCTGTGTGTTTGTACAGTTTTTTCATCGGGTTCAGTCCAGCTTCATTGGTCTGAGTGGCCTGCTAGTGAGCCCAGCA
CATCACCAAAATGGTTTGCAACAAGCAAAGGAATTCTGGGAGCTGGGACAGATTGCATTATGACAGCTGATGCTATTATAACGAATACAGGTACAATGCTTATAGCTGGTGTTCCAATAGTGAATCCATCAACAGTTGTTGTTTGGGAGGTTATTCCTGCCCATGGAAGCAATCTGCAAGCAACAGTTAAGGTGAACACA
GGAATTGGTGTTCCACCATCTTTGAACCCTTCATCACGGGCAGGATTGGCATCCTTGGTAGCATATTTGCTCAGCTGGAAACAATACCTTTGTACGGAAGGGAAAAATCAACAATGCAAGCTTGATAAAGAGATGATGGAAGACATTTCACTACATTGTTCTCCAGTGTCTAATTTTTCTGCATACGTGAGTCCAGAGGC
AGCAGCTCAATCAGCTGCGACTACTACATGGGCCTTGGGAGTTTTGGCACTGGCATTTGATCCATCTCATGGAGGAACAGTCTTAGCGGTTGCAGTTGTTGAAGGCCAACATATGTCTCCTCAAAATCCTGACGAGGGGCCATCTCTAACTGGTTGGAGGGTGCAGCGGTGGGAAAGCTCACGTCAACAGGTTGCACTGC
ATCCCCTTTTTGAAAACTCTGATACAAATTTTGGTGGACAAGCACCAATGACGACAATCTGGAAGAACAAGGTAAATATGAGCATATCTCCAACTAAGAACTGCAAAGGTTCTCGATCCATTGCTACACCAGGAAATTCAAATGGCAGAATTAGTGACAAATTTAACTCTGACCTAGCTCATCAGCACAGTGACGTAAGG
ATACTAGCAAAAATTGTCTTTTCAAGTCATGGAGGGGAGGTTGCTTTTGCTTTTTGCTATGGCGATGTTCATTTATTCTCTGGCAGTAACTTTTCTCCCATAGATTACTACTGTGCCCCAGTCGGGGTTTCTGTTGCCCTACCGGCTTTCTCTTCTACTAGCTGTTGCCTTGCCTCAGTTTGGCATGATAACAGCAGGGA
TTGCACTGTTCTGAAGATTCTACGTATTCTACCTCCTGCCAGTCAAAGTAGTCAATGGAAAGGTAATGCAGCGGCCTTGGAACGAGCTATAGCAGACAGATTTTGGTGGAGCCTCTCAGTTGGAGTTGATTGGTGGGATGCTGTTGGTTGTGCACAAAGTGCAGCAGAAGATGATATAGTGGCAATTAACAGGGTAATGG
CAGTACTGGATTCAGACTTCCATTTGCTACCTACAATCCAATATCGTCAACGATATGGTCCTGTTTTGGATAGAATAAAATGCAAATTACTTGAGGGCACAGTTGCTCAAGACATCAGGGGACTTGTTCTAGATATGCAAGCAAGGCTGTTGCTTAACATGTTAGGAAAGGGCATTGAGTCTGCTCTCATAAACCCTGCG
ACATTAATGATTGAGCCTTGGAAGGCCTCTACCATAACACAATTTGAAACTGATGCCATGGCGGTGGATCCAGCTCTTTTTCATATTATCCAGGCATTCGTTGATGCTATTCTTGATTTGGCTACCCATTTTCTTATACGTCTGTGGTACAATGCAAGCCTTCATGTTAGACTATCAGCCAATTCAGGAAGCAATCACAA
TATGGGTGCAAGTCCAACTTCTGGGGGGGTTTCTCCATCTTCTGGCCGAGGAGATCCAGGTGGAACAGGTAGTAACCCTGGAAATATACAAATGCAAGCAAGAGCCCAAGGTGCCATTGCCAAGATTAGCGGTAATGCAGAAGGAAGTCCATCCAAAACACCAAGTTCATTAAATTGGCATGCTCCTATGCTGACACATA
GTGTCAATATGGCAACTTTTCCAGAAACACCTGCTGCGAGATTAATTGGAGATTGCTATTTTCTTCATAGGTTATGCCAATTGTTATTATTCTGTTTTATTTTCTGCAGAAGACAGTTGCACTGTTCAAGTAGTTCGGAACAAAAGAATGCTGATGTGCAGTCAGGCAAGCCACAACCAGGTTTTGGAGGAAAAAACTTG
GGAGAATTAAATAAAGCTGCTTCTAGGCCCTCTTCTGCAATGCCAGATGTTAAAAGTGAAGGGGGCCAAAGTGTCAGGACTGGACAACTGATTCCTGGGTTCAAAGGACTATATGAAATTTCAAATGGTCGGACTATGCGCTTAGGGAATGGAAATGCTGTTCAACGGTATACAGCAGAAGAGGTAGAGGTTCTTTTTCT
TGCATTGGTGGACCTCTGCAAAATAACTGCAGGGTTAGAACACAATTTACCCAAGTCACAAGTTGTGGTTCCCAATGCAAGCATATCTCTGCATTACATAGATGGGCAGTATAAGGTTACACCGGAAGTGGTGGAGGCATCTCTTAAACCTCACATGAAGACTTTGCTTCAACAACGTGGTTCGGATGCTGCTGGCTTTT
TGCTTCGTGATTTAGAACTTCATCCTCCAGCAGAAGATTGGCATAAACGCAACATGTTTGGTGGACCTTGGTCTGATCATGGAGATCTCCAAACTTGCCTAGATGAACAGAATAAAAGCACAACCTTATCTGCTTTATCTCGCATCTCTGACATTTCAAGAGGGAAACATTCCAATGATTATCAGGGTGGGAAAGGATTG
TTTCCAAGAAAACGAAGGTTTTCGGAGAGGGATGCAGCATTTGGTGTGAAGACAACAGTAGGAACGGAAGCATTCTTGGGAATTATGGGATCCCGAAGGGATGTCATTACTGCATCATGGAAAAAAGGTTCAATAGACGTATGGCACGAGgtgttgtgatctgaccaaattttcactgtatttatgattgtgcatttcct
ttccattctttaatatttattgactgcattatatgcatcattgtgtgtgtttgtgtatactcaagatgcacatgcacagaaatgttatgcctcaaggtttattatgttgtgctgcagTGTGTAAGGTGTGGGCGTCGGACCTCTGCATTGGCTTTGCCCGAGTCTTCAGCCTCAGCTAATCAGAACAATGTTCCTGAATT
ATGGTGGATAGGAAGATGGGCCCATGGATGCCCTATGTGTGCTGGTCTCTGGGTTCGTGTAATCTAGTTACTAGTTTTGTACAAATCACTCAGGCATTACACAGCTCCTGTAAAATAGCTTCATGCCATTATCCCCCTAGCTACTGTAATAGCACTGGGCAGATTCTCACAAAGCCACTCCTGAAGAATCAGTCTTTTAT
GCCAAATAACTTTATTTTTTGTCATAATTTTTTAAATTCGAATGTTGACCAAAGTTCGGATGTAAGTTTTGTAAACCTGCACATGCCAGAATGGCAGATCCTTTCATACAGAATTGAAAGATATCTCTGTTCAACTGCTAATGTTCAAGTGAAGATATATCTGGGTAGTTGTAATGTACTTATCTGGGTTTCATTTCATT
TCAATAGATAGCATAGAAGGGTTATAATTCAGGGTCCAGTCAGTATAGTTATCAGAATTGGAAGGATAACAGAAAGTGATGTATTCACTTGAAAATTAAAATATTCAGATGTGCTGAGCCATTTGAGGAAAGTTCTTGGAATTTCATTTGTATTTATGTGTGATCTCCATTTGTATTCATGGCCACTTGTGACCAACGCT
TTCTCCATGGGACTCGGAGTAGTCATTACTAGTAGCAAAATAATGTGTTCCTAGTAAAAGATCTGTTTCCCA
Intron 3 GTTCAATAGA ... TGTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.77 | 79 | 44 | 22 |
| A2 | 37.74 | 66 | 40 | 10 |
| A3 | 44.44 | 60 | 48 | 8 |
| A4 | 46.53 | 54 | 47 | 10 |
| A5 | 46.94 | 26 | 23 | 2 |
| A6 | 35 | 169 | 91 | 35 |
| A7 | 37.65 | 308 | 186 | 65 |
| A8 | 40.15 | 313 | 210 | 55 |
| A9 | 36.53 | 245 | 141 | 39 |
| A10 | 42.04 | 182 | 132 | 26 |
>TRINITY_DN123732_c2_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoformCATCCAAATTGATCATAATCCCTCAGGGGACGACGACCCACATCATAATCTTCCAGGGGACGACGACCCACAACTGCAAACAACAATATCTTCCCCCCCTCCTCCTCAACAGCAGCAGAAAAGGGAAGAAGACGAGGAGGAGGATCGAGCCATGGCGGGCACGGTGTTTCATCTGTACCTGCACCAGACGCCGGACAATT
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>TRINITY_DN123732_c2_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:CATCCAAATTGATCATAATCCCTCAGGGGACGACGACCCACATCATAATCTTCCAGGGGACGACGACCCACAACTGCAAACAACAATATCTTCCCCCCCTCCTCCTCAACAGCAGCAGAAAAGGGAAGAAGACGAGGAGGAGGATCGAGCCATGGCGGGCACGGTGTTTCATCTGTACCTGCACCAGACGCCGGACAATT
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