NA ----> NA

Intron 1 GTGGGTATCC ... TTTAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	14	7
A2	100	0	3	3
A3	100	0	3	3
A4	100	0	7	11
A5	100	0	4	0
A6	100	0	8	7
A7	66.04	9	15	20
A8	96.83	1	20	41
A9	100	0	18	14
A10	76.19	5	11	21

>TRINITY_DN49120_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGGATTGTGTAAAGTTCATGTGGCTCAGAATTTATACAAAAATTTATATTACTAAGCAAGAAACTGCGGTCTGTAGTCCCATCCTTTTAGATCTCTGCCAAATTTAAATGGGATCGTTCTTTTCTTTCAGATCTCTGTCGAATTTAAAATGGATCGCCTTGTATTTTTTTTTTGTGATCTCTGTCAAATCAAATGGATC
GCCCGATATCCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTTAAGCTGGATCGTTCTTTTCTTTCATATCTCTGTCGAATTTAAAATGGATCGCCTTGTATTTATTTTTTTGATCTCTGTCAAATCAAATGGATCGCCCTATATTCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTAAAACTGGATCGTTCTTTTCTTTTAGATCTCTGTCGAATTTA
AGTTGGATCGCCCCATATTTTTTTATCTCTGTCAATTAAATGGATCGCCTTATATTTTTTTATCTCTGCCGAATTAAAATGGATCGTCCTATTTTATTTCTTTAGATGTCTGTCATTTAAAAATGGATCGTGAATCCAGACTTTGCCAATGGAGACAGAGTTCTGGACTAGCCTACCGCATTAGATCTGGTTCATTTAAG
GGGAAAATTTACAGTCACAGCTAAAGGAATCTGATTCAGTAGATAATGCAACTTAATGGGACACGACCTCACAATGCGCATCCTCGATCACACCTTTGTCAAACTTCACGCCATCATAACTCCAACTCGTCGACTTGAACCTTCCTGGACACTCACCAATTCAATATTCAACAGTTGAATGCATGTATATCTAAACCACA
TGGAAAGAAATAGAAGGTGATCTTTCTTTTAAAGCTGTTAGATCTTGATCTTGATCTTGGAAAGGATTTTTAAACATATGAATCCATTTTATATGAATCTTTTTC

>TRINITY_DN49120_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGATCGCCCGATATCCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTTAAGCTGGATCGTTCTTTTCTTTCATATCTCTGTCGAATTTAAAATGGATCGCCTTGTATTTATTTTTTTGATCTCTGTCAAATCAAATGGATCGCCCTATATTCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTAAAACTGGATCGTTCTTTTCTTTTAGATCTCTGTCGA
ATTTAAGTTGGATCGCCCCATATTTTTTTATCTCTGTCAATTAAATGGATCGCCTTATATTTTTTTATCTCTGCCGAATTAAAATGGATCGTCTTATATTATTTCTTTAGATCTCTGTCATTTAAAAATGGATCATGAATCCAGACTTTGCCAATGGAGACAGAGTTCTGGACTAGCCTACCGCATTAGATCTGGTTCAT
TTAAGGGGAAAATTTACAGTCACGGCTAAAGGAATCTGATTCAGGTATTCTCCAGGAAGTCCATACGTCTAGGCTTGTACTTATTGGTTCAGACTTTGTCCATCCGTTTTACCTTGATATATATGCTCTGCCATCCATGAGCCTTCGATTTCATTTCCAGGGTTATCTCCAAGATCAAATCCTGTTTCTTTAATTAAAAA
CCATGTATTCAAAATTCTTGAAGGGAGAATGCGATACAGGTTCTCTGTATACACACAAAAAAAAAATCGATCGGTGTGTGTTATTCTCACACTTTTCTGTTTGCATCTTTGTGAACAGTAGATAATGCAACTTAATGGGACACGACCTCACAATGCGCATCCTCGATCACACCTTTGTCAAACTTCACGCCATCATAACT
CCAACTCgtgggtatcccatacttttattcattcattgtattgttgtagatctagacatccaaataatttgaaataccttttctccaacagacttgtatctaatttaacacagGTCGACTTGAACCTTCCTGGACACTCACCAATTCAATATTCAACAGTTGAATGCATGTATATCTAAACCACATGGAAAGAAATAGAA
GGTGATCTTTCTTTTAAAGCTGTTAGATCTTGATCTTGATCTTGGAAAGGATTTTTAAACATATGAATCCATTTTATATGAATCTTTTTC

Intron 2 GTATTCTCCA ... TTGTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	16
A2	100	0	4	5
A3	100	0	8	5
A4	100	0	9	3
A5	100	0	0	4
A6	83.33	1	6	4
A7	70	3	6	8
A8	92.31	1	8	16
A9	82.98	4	21	18
A10	33.33	1	0	1

>TRINITY_DN49120_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGGATTGTGTAAAGTTCATGTGGCTCAGAATTTATACAAAAATTTATATTACTAAGCAAGAAACTGCGGTCTGTAGTCCCATCCTTTTAGATCTCTGCCAAATTTAAATGGGATCGTTCTTTTCTTTCAGATCTCTGTCGAATTTAAAATGGATCGCCTTGTATTTTTTTTTTGTGATCTCTGTCAAATCAAATGGATC
GCCCGATATCCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTTAAGCTGGATCGTTCTTTTCTTTCATATCTCTGTCGAATTTAAAATGGATCGCCTTGTATTTATTTTTTTGATCTCTGTCAAATCAAATGGATCGCCCTATATTCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTAAAACTGGATCGTTCTTTTCTTTTAGATCTCTGTCGAATTTA
AGTTGGATCGCCCCATATTTTTTTATCTCTGTCAATTAAATGGATCGCCTTATATTTTTTTATCTCTGCCGAATTAAAATGGATCGTCCTATTTTATTTCTTTAGATGTCTGTCATTTAAAAATGGATCGTGAATCCAGACTTTGCCAATGGAGACAGAGTTCTGGACTAGCCTACCGCATTAGATCTGGTTCATTTAAG
GGGAAAATTTACAGTCACAGCTAAAGGAATCTGATTCAGTAGATAATGCAACTTAATGGGACACGACCTCACAATGCGCATCCTCGATCACACCTTTGTCAAACTTCACGCCATCATAACTCCAACTCGTCGACTTGAACCTTCCTGGACACTCACCAATTCAATATTCAACAGTTGAATGCATGTATATCTAAACCACA
TGGAAAGAAATAGAAGGTGATCTTTCTTTTAAAGCTGTTAGATCTTGATCTTGATCTTGGAAAGGATTTTTAAACATATGAATCCATTTTATATGAATCTTTTTC

>TRINITY_DN49120_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGATCGCCCGATATCCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTTAAGCTGGATCGTTCTTTTCTTTCATATCTCTGTCGAATTTAAAATGGATCGCCTTGTATTTATTTTTTTGATCTCTGTCAAATCAAATGGATCGCCCTATATTCTTTTAGATCTCTGCTAAATTTAAAACTGGATCGTTCTTTTCTTTTAGATCTCTGTCGA
ATTTAAGTTGGATCGCCCCATATTTTTTTATCTCTGTCAATTAAATGGATCGCCTTATATTTTTTTATCTCTGCCGAATTAAAATGGATCGTCTTATATTATTTCTTTAGATCTCTGTCATTTAAAAATGGATCATGAATCCAGACTTTGCCAATGGAGACAGAGTTCTGGACTAGCCTACCGCATTAGATCTGGTTCAT
TTAAGGGGAAAATTTACAGTCACGGCTAAAGGAATCTGATTCAGgtattctccaggaagtccatacgtctaggcttgtacttattggttcagactttgtccatccgttttaccttgatatatatgctctgccatccatgagccttcgatttcatttccagggttatctccaagatcaaatcctgtttctttaattaaaaa
ccatgtattcaaaattcttgaagggagaatgcgatacaggttctctgtatacacacaaaaaaaaaatcgatcggtgtgtgttattctcacacttttctgtttgcatctttgtgaacagTAGATAATGCAACTTAATGGGACACGACCTCACAATGCGCATCCTCGATCACACCTTTGTCAAACTTCACGCCATCATAACT
CCAACTCGTGGGTATCCCATACTTTTATTCATTCATTGTATTGTTGTAGATCTAGACATCCAAATAATTTGAAATACCTTTTCTCCAACAGACTTGTATCTAATTTAACACAGGTCGACTTGAACCTTCCTGGACACTCACCAATTCAATATTCAACAGTTGAATGCATGTATATCTAAACCACATGGAAAGAAATAGAA
GGTGATCTTTCTTTTAAAGCTGTTAGATCTTGATCTTGATCTTGGAAAGGATTTTTAAACATATGAATCCATTTTATATGAATCTTTTTC