sp|P25804|CYSP_PEA ----> Cysteine proteinase 15A

Intron 1 GTACTCCACA ... TTGAAAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	8	5	15
A2	42.86	2	2	1
A3	100	0	8	4
A4	100	0	4	1
A5	100	0	0	2
A6	76	9	28	29
A7	73.17	11	35	25
A8	78.49	10	40	33
A9	57.04	19.3	27.3	24
A10	66.67	7	12	16

>TRINITY_DN39395_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTTCCCATAAGTTACCTAAGTTGCTAAATCATACCGTAAAGGGTGATCTCAAATTCATCTGTGTACCGTTTTGGAATAATTCGATGTCGTCTTCATAATGTCTGCCTGGTAGTGAGCTAGTGCTGAGAAACCTCGAGCCTAGTGCTGAGAAGCCTCCTCTGCCTTCTATACAGTGCTCACCCGGTTTTGATCCTGTGTC
TCTGTGAATCGTTACTGTCTACTTCAGATTCTCCACTCAATTCGGAGCCTGCTGCCGATAAATCTTTGGTTCCTTTGAGTCCTTTTAATAGCTTTGAATTTCTTTCTGCTCAGTATTTCAGAGAGCCTGATAAAAATTGCAGAACATGTTCACTGTTATTAGGATGGTTTGGGCAGGAATTGCCTCAGTGTTTGTAGATA
ATTTATTTTCAAAATGGGTGGCGAGTCAAGACAACAATTCAAAGAAGAGTTTTGAATTTAAAACACTTACGGCCTCCCATTAATCTAGGAGGAGTTGCTAAGTACCCAGTCTGAAAATCTGACATCGTGCAAGCTTGCATAAGGGTTATTTTTCTTTTCAATTGAATTTTTCTATTTATGAAATTAAATCTGTACTTGCA
GCTTGTTTTGAAGAGTTGTTCCTATGGCATAACCGGCAGTGAATGGCTCTGATTGCAGTTTCTGGATGAGAGACATGGCCAAAATGCGTGCGGTATCTGCAAGCTACGAACAAGAGGAAACTGTTCGATTCGCTAAAGTTGGTACGCAGTTCTCTCCAAATCCAATGGAGAATGGACCTCTATCAGGTTTGACAAGAACA
AAATTTCCAATTTCAATGTTGTTTCTATTGATGAAGATAAAATTGCTGCAAATTTGCTGAAGAATGGACCCTATATCAGGCAAATTGACATAAAGGGAAATTTTTGGAATTCTTTTACCTCAATCCAAGTGATTACATTTGGATTGCTTAATAAATCAAAGGCTTGGCATGGTATGGTGATTTACTTCTCGAGTTTATAC
GCTTCTGGCTGCATAAAACTGCAATATAGAACCCTGGTCTCTTATATGATTTGTCCCTAGTAATGATCCCGGAGTTCAATCAGAATTCAACATTGGCATTTGTCCTACTCTCAATATTTGTTGTCGGATATCTCGAGCTTTGTGCATGTCAAAGAATCTGGACTGGTAAAAATAGAAAAAATTATGGGCTGATAACTTGG
GTGCTATTAGTAAGACTTTATCCAAGCACAACTTGGCTGCTGAATTGACATGGTGCTTAAAAAGTAGATATTTTGGATCACGTTAATGTAGAGTTGGAATTTGTAACTCCCAACAAATCAATAAAAAATATTTACATATACAAAAACAGAAAAGGGTTATACTTTCA

>TRINITY_DN39395_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTTCCCATAAGTTACCTAAGTTGCTAAATCATACCGTAAAGGGTGATCTCAAATTCATCTGTGTACCGTTTTGGAATAATTCGATGTCGTCTTCATAATGTCTGCCTGGTAGTGAGCTAGTGCTGAGAAACCTCGAGCCTAGTGCTGAGAAGCCTCCTCTGCCTTCTATACAGTGCTCACCCGGTTTTGATCCTGTGTC
TCTGTGAATCGTTACTGTCTACTTCAGATTCTCCACTCAATTCGGAGCCTGCTGCCGATAAATCTTTGGTTCCTTTGAGTCCTTTTAATAGCTTTGAATTTCTTTCTGCTCAGTATTTCAGAGAGCCTGATAAAAATTGCAGAACATGTTCACTGTTATTAGGATGGTTTGGGCAGGAATTGCCTCAGTGTTTGTAGATA
ATTTATTTTCAAAATGGGTGGCGAGTCAAGACAACAATTCAAAGAAGAGTTTTGAATTTAAAACACTTACGGCCTCCCATTAATCTAGGAGGAGTTGCTAAGTACCCAGTCTGAAAATCTGACATCGTGCAAGCTTGCATAAGGTTTCTGGATGAGAGACATGGCCAAAATGCGTGCGGTATCTGCAAGCTACGAACAAG
AGGAAACTGTTCGATTCGCTAAAGTTGGTACGCAGTTCTCTCCAAATCCAATGGAGAATGGACCTCTATCAGGTTTGACAAGAACAAAATTTCCAATTTCAATGTTGTTTCTATTGATGAAGATAAAATTGCTGCAAATTTGCTGAAGAATGGACCCTATATCAGgtactccacaatctgcatgtatttcattctcagtt
tcttaaagcaagatcacatttatatggcaaaatacttatgcaatttaataactgtcttccactgccattgaaaaaagGCAAATTGACATAAAGGGAAATTTTTGGAATTCTTTTACCTCAATCCAAGTGATTACATTTGGATTGCTTAATAAATCAAAGGCTTGGCATGGTATGGTGATTTACTTCTCGAGTTTATACGC
TTCTGGCTGCATAAAACTGCAATATAGAACCCTGGTCTCTTATATGATTTGTCCCTAGTAATGATCCCGGAGTTCAATCAGAATTCAACATTGGCATTTGTCCTACTCTCAATATTTGTTGTCGGATATCTCGAGCTTTGTGCATGTCAAAGAATCTGGACTGGTAAAAATAGAAAAAATTATGGGCTGATAACTTGGGT
GCTATTAGTAAGACTTTATCCAAGCACAACTTGGCTGCTGAATTGACATGGTGCTTAAAAAGTAGATATTTTGGATCACGTTAATGTAGAGTTGGAATTTGTAACTCCCAACAAATCAATAAAAAATATTTACATATACAAAAACAGAAAAGGGTTATACTTTCA

Intron 2 GTTATTTTTC ... CTGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.45	6	5	1
A2	23.53	13	4	6.3
A3	83.33	2	10	6.6
A4	25	3	1	0
A5	25	6	2	0
A6	18.52	22	5	4.4
A7	35.42	31	17	9.9
A8	41.18	20	14	16.5
A9	23.08	20	6	3.5
A10	20	16	4	5.3

>TRINITY_DN100705_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTAAATCATACCGTAAAGGGTGATCTCAAATTCATCTGTGTACCGTTTTGGAATAATTCGATGTCGTCTTCATAATGTCTGCCTGGTAGTGAGCTAGTGCTGAGAAACCTCGAGCCTAGTGCTGAGAAGCCTCCTCTGCCTTCTATACAGTGCTCACCCGGTTTTGATCCTGTGTCTCTGTGAATCGTTACTGTCTACT
TCAGATTCTCCACTCAATTCGGAGCCTGCTGCCGATAAATCTTTGGTTCCTTTGAGTCCTTTTAATAGCTTTGAATTTCTTTCTGCTCAGTATTTCAGAGAGCCTGATAAAAATTGCAGAACATGTTCACTGTTATTAGGATGGTTTGGGCAGGAATTGCCTCAGTGTTTGTAGATAATTTATTTTCAAAATGGGTGGCG
AGTCAAGACAACAATTCAAAGAAGAGTTTTGAATTTAAAACACTTACGGCCTCCCATTAATCTAGGAGGAGTTGCTAAGTACCCAGTCTGAAAATCTGACATCGTGCAAGCTTGCATAAGGTTTCTGGATGAGAGACATGGCCAAAATGCGTGCGGTATCTGCAAGCTACGAACAAGAGGAAACTGTTCGATTCGCTAAA
GTTGGTACGCAGTTCTCTCCAAATCCAATGGAGAATGGACCTCTATCAGGTTTGACAAGAACAAAATTTCCAATTTCAATGTTGTTTCTATTGATGAAGATAAAATTGCTGCAAATTTGCTGAAGAATGGACCCTATATCAGGTACTCCACAATCTGCATGTATTTCATTCTCAGTTTCTTAAAGCAAGATCACATTTAT
ATGGCAAAATACTTATGCAATTTAATAACTGTCTTCCACTGCCATTGAAAAAAGGCAAATTGACATAAAGGGAAATTTTTGGAATTCTTTTACCTCAATCCAAGTGATTACATTTGGATTGCTTAATAAATCAAAGGCTTGGCATGGTATGGTGATTTACTTCTCGAGTTTATACGCTTCTGGCTGCATAAAACTGCAAT
ATAGAACCCTGGTCTCTTATATGATTTGTCCCTAGTAATGATCCCGGAGTTCAATCAGAATTCAACATTGGCATTTGTCCTACTCTCAATATTTGTTGTCGGATATCTCGAGCTTTGTGCATGTCAAAGAATCTGGACTGGTAAAAATAGAAAAAATTATGGGCTGATAACTTGGGTGCTATTAGTAAGACTTTATCCAA
GCACAACTTGGCTGCTGAATTGACATGGTGCTTAAAAAGTAGATATTTTGGATCACGTTAATGTAGAGTTGGAATTTGTAACTCCCAACAAATCAATAAAAAATATTTACATATACAAAAACAGAAAAGGGTTATACTTTCATTGTTAAAGTAGGTATGTATATCCATGGAAAGTCTTATAGAGGAAGCTCTGGATCCGT
TGGCT

>TRINITY_DN100705_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTAAATCATACCGTAAAGGGTGATCTCAAATTCATCTGTGTACCGTTTTGGAATAATTCGATGTCGTCTTCATAATGTCTGCCTGGTAGTGAGCTAGTGCTGAGAAACCTCGAGCCTAGTGCTGAGAAGCCTCCTCTGCCTTCTATACAGTGCTCACCCGGTTTTGATCCTGTGTCTCTGTGAATCGTTACTGTCTACT
TCAGATTCTCCACTCAATTCGGAGCCTGCTGCCGATAAATCTTTGGTTCCTTTGAGTCCTTTTAATAGCTTTGAATTTCTTTCTGCTCAGTATTTCAGAGAGCCTGATAAAAATTGCAGAACATGTTCACTGTTATTAGGATGGTTTGGGCAGGAATTGCCTCAGTGTTTGTAGATAATTTATTTTCAAAATGGGTGGCG
AGTCAAGACAACAATTCAAAGAAGAGTTTTGAATTTAAAACACTTACGGCCTCCCATTAATCTAGGAGGAGTTGCTAAGTACCCAGTCTGAAAATCTGACATCGTGCAAGCTTGCATAAGGgttatttttcttttcaattgaatttttctatttatgaaattaaatctgtacttgcagcttgttttgaagagttgttcct
atggcataaccggcagtgaatggctctgattgcagTTTCTGGATGAGAGACATG