sp|F4JTP5|STY46_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase STY46

Intron 1 GTATGATTTT ... CGTTCTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.95	66.7	4	31.5
A2	29.22	50.8	5	21
A3	21.63	66.9	4	19
A4	23.2	79.4	5	24
A5	29.21	23	0	9.5
A6	28.26	27.9	0	11
A7	22	70.6	0	20
A8	18.66	37.8	0	9
A9	22.02	69.7	0	21
A10	16.22	80	0	16

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i20 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGTCTTCCAGTTCCTTAATCGTCCTATCTCTTTTGTTGGACAACTCACATTCTTTTGTCTTGGAGCACAGGGAATTGTTGTCCTCAAGAACACATGCAGAAATCCCCCAGAGCCCAAATCTTCCCATTTTAGTTTGTCTTTTATATAATGGCTATTGAGTAACCTCCTTTCTTTCTATATCATGGCTATTGCCTTTCTC
CGGTACTACCTTTTTAACCCATAACGGTGGTCCTGCTTCACATCCTCGTTCATCTTCTCATTTTCTCACATGTCCTTTGTTGACTGCAAGCAGACCGTTTCCATTGAGTGGGCACTGACATATAGATGATATCTTATCTTACCCTGCAAGCCCGCCTGCAGTGTGGGGGCATTCTATGTACCTGAGGGGTGGGTTCGCTT
TCGTGTTCTTTCTTGGCTTTTTTCTTTTCTTTTTCTTTCTCAGATCTGGATCTGCAGTTGATTCCAATAGGAGTTGGGTGTGTGTGAGCAGGATAGCCAGAGAAATAAAAACATGTTGGAGTCGGAGAGAAACGAGAGCGAAGGAGAGAGTACATCTGCACCACTGAATCTTGGGAGGTGGAAGGAAGTTTACACAAGAC
TTGTTCAGATTCAGGATGAAGCAGTCAAGAATCCCAATTTTGCAGAAGAGCTACAAGCCCATTTTGACCGGTTACCTGCCAGGTATGCATTGGATGTGAATTTAGACAGGGCGGAAGAGGTTCTCATACATCAAAAACTACTTGAGCGTGCACTAATGCCAGAAAATCGACCTGTCTTCCATGTTCGTTTTTCAGAGCGT
ATAGTGGTTGGATCTGATGTAAATGAGGAGCAGCCGGGATTGGTGACAGATGTTGCTTCCTCGAGTTTAAATGAGGATCATCCAATTAGTCCTGAGCCCTCCTTGAAATTTAAAGACTTAGTTCTGGAAACTGGCGAAAATGTTTTAGATCTTGAAGACAACAGAAGCGTTCAGAATAGGTCCCTTGAAAGCCAAATGCA
GAAACCAATCCACGAAATAACGTTTTCAACAATTGACAAACCAAAGCTTCTCAGTCAGGTATCGTTTAAACATACTGGCAGGCTAAATCCTTAAATCTCTAG

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCCACCTTCATATCATTGTTCCCCTCCACCAACAGATTACTTGTCTAAATAGCACCAATTTCCAAAGGCTCAAAACTTAAAGGAGGAGCCGTGGACTTCTTAGATAGGACAATCCCTTTCCACAAACCAGTCCATCCACAACAGTCGAAGTAAACGAGCTTGCCGGGACTGCCCCTTACATGCGTTATGATTACGATCAA
ACCCTTCTTCATGCCGGGTAATACTTTCCACTTGGACGATTATGTCAGCTTCAGAAAGTGTGTCCTTGCTATAATTGACGAGAGGCTCGTACTGCCATTGGGCCTCCCTCAAGACATAACCAGGCCAATCCTACATAAGTGACATACCTACCCCGGATAAGCTGGTTTATATGGAGATAAGTTCTCCCATTTTTTTTTAT
ATTGTCATATATTGGAAGTCTGAAGATCATAGGAATTCAAATTCAAAAATGTCTCCAATGGGAACATGATTTATCATTCTGCCATAACTGTTCTAGCATCTTTTCTTCATTGTCGTTTATTGTTATGTTTGCAATGGTGATTTGCAGCGTATAGTGGTTGGATCTGATGTAAATGAGGAGCAGCCGGGATTGGTGACAGA
TGTTGCTTCCTCGAGTTTAAATGAgtatgattttgctgaacttttacactttctttttttattattcaaatttgcagcatagataattgcaatcaacaattaagcatcttaactcaataaatgtttggataaatagatatgagatatgttacatgtccatctgtgaagaaatttcatatattattgattttaacatgttg
catctattaagttgacacagcttaatgggatgagtcatgctggtgatgggaggaaattgacaagcaagatttattatttatactgagcactgtttatttttcgttctgaagGGATCATCCAATTAGTCCTGAGCCCTCCTTGAAATTTAAAGACTTAGTTCTGGAAACTGGCGAAAATGTTTTAGATCTTGAAGACAACA
GAAGCGTTCAGAATAGGTCCCTTGAAAGCCAAATGCAGAAACCAATCCACGAAATAACGTTTTCAACAATTGACAAACCAAAGCTTCTCAGTCAGATATAGGGTTGAATATCCGTGAAGCACATGTGTTCAACACAAATGATGGCTACTCTCTGGATGTTTTTCTAGTAGATGGTTGGAGATCAAAGG

Intron 2 GTATGCATTG ... TTTTTCAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.47	58.5	80	49
A2	41.92	56.8	60	22
A3	36.94	79.4	72	21
A4	33.99	61.3	34	29
A5	56.02	13.8	22	13
A6	54.73	17	32	9
A7	46.78	66.1	61	55
A8	75.86	8	37	13
A9	57.62	36.8	64	36
A10	45.24	60.6	49	51

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAGAGGCATCTCCTGGATCATGGCACTTCGAGAATTTTGAAGATCACTGCGATAAACCTCCAGTTTTTTAACCGAATAAAAGGTGTCTTCCAGTTCCTTAATCGTCCTATCTCTTTTGTTGGACAACTCACATTCTTTTGTCTTGGAGCACAGGGAATTGTTGTCCTCAAGAACACATGCAGAAATCCCCCAGAGCCCA
AATCTTCCCATTTTAGTTTGTCTTTTATATAATGGCTATTGAGTAACCTCCTTTCTTTCTATATCATGGCTATTGCCTTTCTCCGGTACTACCTTTTTAACCCATAACGGTGGTCCTGCTTCACATCCTCGTTCATCTTCTCATTTTCTCACATGTCCTTTGTTGACTGCAAGCAGACCGTTTCCATTGAGTGGGCACTG
ACATATAGATGATATCTTATCTTACCCTGCAAGCCCGCCTGCAGTGTGGGGGCATTCTATGTACCTGAGGGGATAGCCAGAGAAATAAAAACATGTTGGAGTCGGAGAGAAACGAGAGCGAAGGAGAGAGTACATCTGCACCACTGAATCTTGGGAGGTGGAAGGAAGTTTACACAAGACTTGTTCAGATTCAGGATGAA
GCAGTCAAGAATCCCAATTTTGCAGAAGAGCTACAAGCCCATTTTGACCGGTTACCTGCCAGCGTATAGTGGTTGGATCTGATGTAAATGAGGAGCAGCCGGGATTGGTGACAGATGTTGCTTCCTCGAGTTTAAATGAGGATCATCCAATTAGTCCTGAGCCCTCCTTGAAATTTAAAGACTTAGTTCTGGAAACTGGC
GAAAATGTTTTAGATCTTGAAGACAACAGAAGCGTTCAGAATAGGTCCCTTGAAAGGTATTGCATTTATCACATAATGACTCTCTTTCAGCATATTTCCAAGGTTCACATTCATGTTTCTTTTACATTAATGATCTATGTAAGGTGAAATATAAACTCCATCCTTTAAACAGACAGAAGCCACTTGAAAGTTGAACCCAT
ATATCACTTTATGAATCCATTGATGGTAAGAATGGTGCCATTTCTATATAATCATTTTAAGTGAGGGCCCTCACTTGTATTTAAGGAAGAAATAAAAACCTTTTGAGGGATTCAAGATATTCAAGGTTACACCCTTCAAAGTGCATGTTCTACAGAAGATATAATGATACAAATCGCAAAAAAGTGCTGGAAGGGTTGGG
AAAGTGCTCTAGAGTCCAGATTATATTTTTCAGCAGTATTATAAAGAACTGTTCAACAACAGTAGTGCAGGATTCCATGTTGATTTAAATTGTAACAAAAGAAATCACGATGCAGTCTCCATTTTCCTCTATTTCCCAGTTGATATCTGATTTGCTAAAAGTCAGTCTTTGAAGGACATTGAAATGATTGGTTGAAAGGC
TAGGGTGTGAATCTGAGATAGATCATAGTGGGCAAGTTGATGGTAGTTTAATTTTCACAAGCATGAAGTGCCCTTTTTGATGTTATAATGAGCAATTAGCCTAGTACTTTTGTTATTGCTGTTTGTGTTCAAGTGACATAGTGATCATTACAATGTCCATGGTGTTTAAAACCGTTGATATGGTCTTCCATATTCATTTA
CAGTTTGCAAATAGACAAGTTTTTCCATTACCTAATTGCACATTTTCACGATTGGCTGTTAGAGAAGCACTTGTGGCATCAAAGTTGAAAGATATCAAGTAAGTTCAACTATATATTTTATTATGAGTTAAGAATAATTGAAAGCTAACATAATGACTAAAAGTATATTCTATGTCCAGCCCTATTCTCCACTGCTGTAT
TTTTGGTGGATTCCACACTCTTTGAGTTTGTAGTAAATACAATACAAATATTTTTGCTAGAAAGTCCACTTAATTCATCATTTGACAAAAGGCTTTGAGTTGGTTGATTCTTGTGAATTCTGTGAGAAATTTTAGCAGACAACCATGAACATGCAGGAGTAGTTTAGCTATGTTCAGATGATGGAGAGAGATGATTTGCC
TTGTCTAGCTCAAAATTATTCTACTACACGTGCGGCTTTTGAGCTGTCATGACACGACTCGTTCTCTTGATATCCTTTTGCCAGTTATGTACTTTAATAGGACTTCTGACTGAATCCAAATAACAGAGCATGCTTTGTGATCACATAGAAGACACTGAGGTTCCTTGTGGTCAGGGGTTTAAAAGAACGCTTCAAAAACT
TGTGAGGCAACATAAAAAAATTAACATTACAAATCACCCTTTTATCCCAGGAGAATCTTTATGAAGAGACCTGTTACCCAGTTGTCTGAAGGGTCCCCATGACCTGCATCTGAGAAGAAAGAAGGGACGGTCCTTGAACTGCAGTTGACAAAAAGGCCATTCTAGTGATAGATAGGAACACAATGTAACTTTTGTGGGAA
TGAAATAAAGCAAATTTAGCTGTGGGTGGCTCGACATTAAAAAGTCCTCAACCTTAGTTAAGAAGATAAAATAAAATAGAGATAATTTTATAATGTCCACAAGTCATTAAAATAATAGGTCAGTGGGACTAGAAAATACAGCAAATCACTAACATAATGTGGGAGTGCCACAGCTACTCCTGCAAGCTAAAAGGCAAAGA
GATACAAGTGAAAATGAAAGAAAAGAGAGTACCAAAGGGTTACCCAAGAGTGTAAAACCTAGAAAAGAGAGAGCACTACTCAGCAGTAGAAATAGAGGTAGATGTACAGGAGGGAGCAGAGCTAACTTTGTTCTCATTAATGGCTGTGAAAGTACAAAAGCTTGGGTGCTATCCTCATTGCCTTGTTCCAGATAATGTTT
ATCACCATTAAATACTATTTTGTTCATATGAAGAAAACAAATGTTGAAATGAGTTGCAAGCTCAATGTCAATACTCAACATGGCCTTACGATGGAATGGATGTGGTGTATCTATGAAGTGAAAGACCTTAGTTGCTCAACACTGTCCTTTAGGTCATATGGCTTTGAGGAGCTAATTTTATTATGCATCATGAAGGGGGA
AAAGAATTTGCCAACTAGATCAAATAGGTGTCGGACCTAGTTTCACAGCGGACCTACTTGGAGAACCTGAGGTGCATTCCAAAGAGTTCTGCGTGAGACCGCACCTTTAGCTTTTTAGTTCATTGGGAAAGGTTAGTATTTTATGTTAGTAGAGCCATCTCTTCTTGGATCTTTGAGCGATGCTAATAGAGAACTTCCTA
TGATTGTGCAACAAAGCTTCATAGCAACTTGATTCTTCTCAAGCTACATTAGACTTTTTGGAATTTTATAGTGGTCGAAGAGATTGGACAAGTCCCTTGATTCCATATAGCTGTGCAACAGTTTCCTTTGGTCAACTATTTTATTATTTATGGCTGAATTGCATTTTACTAAATGTTTCCATTCGTAGATTTAGATTAGA
GATGCTACCTGTCTCCAGCCTTTGGTCTTGTGTGGCATTGACATAATTTCCTGTCCACTCTATTGACTCTCTTGTTCGTAAGAGAAAATTGCAAGTTATGCATGTCACTCTATCTAGAGGATAATTTGCATGGTGCTTACCTTGATTACTGATTGCCTGGTCTTTCTGGTATTTACGCATAATATGTATAACGGTATAAC
TACCTTGTGTAAAGCAAAAAAACAATAACAAGAAAGGGATAGAAGGATCAAATAGACTCGGGTAAGGAATTTGAAACAATGTCCTGTTGGTGTATTTAATGTAATCTTTACTTGTGGTCCTGGTGGACATTAAATTCATTTATGTTGTTAGGTGGGATTTGTGGTCCCACATTGGTGGTTATTAGGTGGGCTTTGTGGTC
CCATGTTTATGGGTTTGGGGACAACCAACTAAACCCCACTACTATAATCTAGTCTTTGCCTTATTTGTAATCACATGAAGACACATTGAGCATGTTGTCGAGAGTAGAGTTTTCTACCCCATGAGGGGTATCTCACCAGATCCTGAGACAGTTCACATGACACAAGTAGACAATAGTTTTCCTCCAGATCCTGGCACAAG
GCTACTACTTTTGGATCGTGAGACTTATCTCATACCAGATTCATTAGGTTTTCCAAATCCTTTGATTAATGATCTATTATGAGATTCTTTGCTTTGGCATCAGATGTTAGGAGAGAGGACTTTTGGGGGTGGTTGACAGTTTGACCTACACCCCCAGCCGTGCAATCCTCCTCCCCTACCCCTGCCTATATGGAGGTTTG
TTTTGTATTTTAGGGTTCTCAGCACTACTTGCATGTTTCTGCATTGCCACTCTGCTTCTCAGTTTCATGGTATTAGATCATTGATCTGATCTACATAGATAGTTTAGATTTACTTCATGCTTTTATATGCGGTTACAGGATTAGCCTTTGCACTCCCACTTGTATTCCACACTGTTGTACTTAGCAGTGCCTTTGACCTA
TTTGTGGTCAATAGTTGGACCTTAATAAAATTATCTCATCTATCTTATCTATTTCATGTCATGATTAATGATTGTTGGGTTTCTTATGATAATCAC

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAGAGGCATCTCCTGGATCATGGCACTTCGAGAATTTTGAAGATCACTGCGATAAACCTCCAGTTTTTTAACCGAATAAAAGACCGTTTCCATTGAGTGGGCACTGACATATAGATGATATCTTATCTTACCCTGCAAGCCCGCCTGCAGTGTGGGGGCATTCTATGTACCTGAGGGGATAGCCAGAGAAATAAAAACA
TGTTGGAGTCGGAGAGAAACGAGAGCGAAGGAGAGAGTACATCTGCACCACTGAATCTTGGGAGGTGGAAGGAAGTTTACACAAGACTTGTTCAGATTCAGGATGAAGCAGTCAAGAATCCCAATTTTGCAGAAGAGCTACAAGCCCATTTTGACCGGTTACCTGCCAGgtatgcattggatgtgaatttagacagggcg
gaagaggttctcatacatcaaaaactacttgagcgtgcactaatgccagaaaatcgacctgtcttccatgttcgtttttcagagCGTATAGTGGTTGGATCTGATGTAAATGAGGAGCAGCCGGGATTGGTGACAGATGTTGCTTCCTCGAGTTTAAATGAGGATCATCCAATTAGTCCTGAGCCCTCCTTGAAATTTAA
AGACTTAGTTCTGGAAACTGGCGAAAATGTTTTAGATCTTGAAGACAACAGAAGCGTTCAGAATAGGTCCCTTGAAAGCCAAATGCAGAAACCAATCCACGAAATAACGTTTTCAACAATTGACAAACCAAAGCTTCTCAGTCAGCTATCTTCTTTGCTTGCAGATATAGGGTTGAATATCCGTGAAGCACATGTGTTCA
ACACAAATGATGGCTACTCTCTGGATGTTTTTCTAGTAGATGGTTGGAGATCAAAGGATCAGTGAAGAGCCCAAGAGTTGCTGACTTCATGCCATGCTTTGGTCAGGATGAAAGCAGTTTGCATAAAGCGTTGGAGGATGCTGTTGCCAAGACAGAGGTAGAGCTTATTCTATCGAGTAGTTTCACTGAGAGAATTTGAT
TGATTCTACAAACTTTGTGAGTTGTTAGATTTATTTAAATGTTGATGCCTTCATTCTGCACTAAAGTAAATGATTGATGGAGAAATTATGGACATATTCCAGGGAACTGTTAAATTTTGAAAGAGATTTGTTTTGTGACACTGTAGTGTACAGAATAATGCTAGCGCTGTTCCCTTTCCCTCAAAATCCAGTTGTAGATC
AAGAAACATTGATCCATATTCAGGAATTCTACTAAATCAAATTTGCTGCAAGAGTTATAAGAAGCACTGTAAAGTTTAACATCTATGAAAAATACTGCAATGCTATCCTGGACCCTGCATACAATGCTTCTATGGCAAATGTTCAAAAATTTACTCTGATATTGCACTGAATGCACAAGCCAAGCGGACGAGAAAAAAAT
TGGAAATGATTATAAAGAAGAAATTGTTCATGTTCATGAAACCGAGTTGTAGGAAATGACACCTATTTTTTGATTATGCATTTTAGATTCAAAATAGAAAATTGTAATTTCCATTTGTGAGAGAGAAAATTAGAGTTTTCTGCTATGTTTTTAAATGTTTAAATTTTAAATAGTTTTTTTATTAATCATTTGAACAAGTC
TTTAAAGTTAATTATTAGATTAAAAATAGGCAGCAAGACAATGCATGCCTGTGTCAACTGGCCCCATTTTTAAGACATAATTGTGCTAGATGTGTGCATAATAATGTATTATTATCATCATGATCACAAAAATACAGGAGGTTGGGTGCACATACAAAAATAATGGCCATAAAAGCATACTAAAATACAACAATTATTCT
GCAATAACAATGCGAGAAATTGACGGAGAAGAAACATAGGTGCTAGATAGTACCCATCCAGTCACTAGTATATGTTGATCATGCTATCTAGTATCATCAAATCACAATCCTTCTCTAACCAGACACTTGAAGGTCAGAGGACCCCAACTATCTGCAGTTCAATAACATTAAAGTAAGGAGTCATTAAATGAGTCTTAATG
TTTACGTCACATTATATGTTGAATATGTGCCCAATGCAATGTAATGTTAATGTTAAAGGTTAGGTGGCTTAACCAACCAACTAGGGGTGCTATAAATATTTGTCACTTATGGTGATTTAGAGTGTGAGAGATGTAATGTTGTTACATTATCGATAAAATCTCTCCTTTATTTTCTCCCCACTTTCTCTGCATCCTTTTCT
CCGACACAGTATTAGAGTACCATTTGCTCCATAAGGCAAAGTTTGACACATGAAAGTTATCCACTTTTAGAATAAAGAAAGACTCCATTAGAAGTTCAAAATAAATTCTGCTAATAAAAGCAAATTAAAGGTTGCAGTTTCCTTTTTCTTAAAAAGATAAGAAAAATAAGATAATTTTATTAATGTCCAAGTTATGACCA
CAAAAAGTAGGTCAGTGGGACTAAAAGAGTACGATCTATGTAATACAACTGGGAGTGC

Intron 3 GTGGGTTCGC ... GTGTGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.42	22.3	18	31
A2	47.26	23.5	17	25
A3	40.15	40.3	15	39
A4	40.05	28.5	13	25
A5	37.23	20.3	4	20
A6	36.73	16.5	6	13
A7	26.12	38.4	9	18
A8	19.38	20.9	4	6
A9	27.36	35.9	8	19
A10	34.37	37.3	7	32

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAGAGGCATCTCCTGGATCATGGCACTTCGAGAATTTTGAAGATCACTGCGATAAACCTCCAGTTTTTTAACCGAATAAAAGGTGTCTTCCAGTTCCTTAATCGTCCTATCTCTTTTGTTGGACAACTCACATTCTTTTGTCTTGGAGCACAGGGAATTGTTGTCCTCAAGAACACATGCAGAAATCCCCCAGAGCCCA
AATCTTCCCATTTTAGTTTGTCTTTTATATAATGGCTATTGAGTAACCTCCTTTCTTTCTATATCATGGCTATTGCCTTTCTCCGGTACTACCTTTTTAACCCATAACGGTGGTCCTGCTTCACATCCTCGTTCATCTTCTCATTTTCTCACATGTCCTTTGTTGACTGCAAGCAGACCGTTTCCATTGAGTGGGCACTG
ACATATAGATGATATCTTATCTTACCCTGCAAGCCCGCCTGCAGTGTGGGGGCATTCTATGTACCTGAGGGGATAGCCAGAGAAATAAAAACATGTTGGAGTCGGAGAGAAACGAGAGCGAAGGAGAGAGTACATCTGCACCACTGAATCTTGGGAGGTGGAAGGAAGTTTACACAAGACTTGTTCAGATTCAGGATGAA
GCAGTCAAGAATCCCAATTTTGCAGAAGAGCTACAAGCCCATTTTGACCGGTTACCTGCCAGGTATGCATTGGATGTGAATTTAGACAGGGCGGAAGAGGTTCTCATACATCAAAAACTACTTGAGCGTGCACTAATGCCAGAAAATCGACCTGTCTTCCATGTTCGTTTTTCAGAGCGTATAGTGGTTGGATCTGATGT
AAATGAGGAGCAGCCGGGATTGGTGACAGATGTTGCTTCCTCGAGTTTAAATGAGGATCATCCAATTAGTCCTGAGCCCTCCTTGAAATTTAAAGACTTAGTTCTGGAAACTGGCGAAAATGTTTTAGATCTTGAAGACAACAGAAGCGTTCAGAATAGGTCCCTTGAAAGCCAAATGCAGAAACCAATCCACGAAATAA
CGTTTTCAACAATTGACAAACCAAAGCTTCTCAGTCAGCTATCTTCTTTGCTTGCAGATATAGGGTTGAATATCCGTGAAGCACATGTGTTCAACACAAATGATGGCTACTCTCTGGATGTTTTTCTAGTAGATGGTTGGAGATCAAAGGATCAGTGAAGAGCCCAAGAGTTGCTGACTTCATGCCATGCTTTGGTCAGG
ATGAAAGCAGTTTGCATAAAGCGTTGGAGGATGCTGTTGCCAAGACAGAGGTAGAGCTTATTCTATCGAGTAGTTTCACTGAGAGAATTTGATTGATTCTACAAACTTTGTGAGTTGTTAGATTTATTTAAATGTTGATGCCTTCATTCTGCACTAAAGTAAATGATTGATGGAGAAATTATGGACATATTCCAGGGAAC
TGTTAAATTTTGAAAGAGATTTGTTTTGTGACACTGTAGTGTACAGAATAATGCTAGCGCTGTTCCCTTTCCCTCAAAATCCAGTTGTAGATCAAGAAACATTGATCCATATTCAGGAATTCTACTAAATCAAATTTGCTGCAAGAGTTATAAGAAGCACTGTAAAGTTTAACATCTATGAAAAATACTGCAATGCTATC
CTGGACCCTGCATACAATGCTTCTATGGCAAATGTTCAAAAATTTACTCTGATATTGCACTGAATGCACAAGCCAAGCGGACGAGAAAAAAATTGGAAATGATTATAAAGAAGAAATTGTTCATGTTCATGAAACCGAGTTGTAGGAAATGACACCTATTTTTTGATTATGCATTTTAGATTCAAAATAGAAAATTGTAA
TTTCCATTTGTGAGAGAGAAAATTAGAGTTTTCTGCTATGTTTTTAAATGTTTAAATTTTAAATAGTTTTTTTATTAATCATTTGAACAAGTCTTTAAAGTTAATTATTAGATTAAAAATAGGCAGCAAGACAATGCATGCCTGTGTCAACTGGCCCCATTTTTAAGACATAATTGTGCTAGATGTGTGCATAATAATGT
ATTATTATCATCATGATCACAAAAATACAGGAGGTTGGGTGCACATACAAAAATAATGGCCATAAAAGCATACTAAAATACAACAATTATTCTGCAATAACAATGCGAGAAATTGACGGAGAAGAAACATAGGTGCTAGATAGTACCCATCCAGTCACTAGTATATGTTGATCATGCTATCTAGTATCATCAAATCACAA
TCCTTCTCTAACCAGACACTTGAAGGTCAGAGGACCCCAACTATCTGCAGTTCAATAACATTAAAGTAAGGAGTCATTAAATGAGTCTTAATGTTTACGTCACATTATATGTTGAATATGTGCCCAATGCAATGTAATGTTAATGTTAAAGGTTAGGTGGCTTAACCAACCAACTAGGGGTGCTATAAATATTTGTCACT
TATGGTGATTTAGAGTGTGAGAGATGTAATGTTGTTACATTATCGATAAAATCTCTCCTTTATTTTCTCCCCACTTTCTCTGCATCCTTTTCTCCGACACAGTATTAGAGTACCATTTGCTCCATAAGGCAAAGTTTGACACATGAAAGTTATCCACTTTTAGAATAAAGAAAGACTCCATTAGAAGTTCAAAATAAATT
CTGCTAATAAAAGCAAATTAAAGGTTGCAGTTTCCTTTTTCTTAAAAAGATAAGAAAAATAAGATAATTTTATTAATGTCCAAGTTATGACCACAAAAAGTAGGTCAGTGGGACTAAAAGAGTACGATCTATGTAATACAACTGGGAGTGC

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTGTCTTCCAGTTCCTTAATCGTCCTATCTCTTTTGTTGGACAACTCACATTCTTTTGTCTTGGAGCACAGGGAATTGTTGTCCTCAAGAACACATGCAGAAATCCCCCAGAGCCCAAATCTTCCCATTTTAGTTTGTCTTTTATATAATGGCTATTGAGTAACCTCCTTTCTTTCTATATCATGGCTATTGCCTTTCTC
CGGTACTACCTTTTTAACCCATAACGGTGGTCCTGCTTCACATCCTCGTTCATCTTCTCATTTTCTCACATGTCCTTTGTTGACTGCAAGCAGACCGTTTCCATTGAGTGGGCACTGACATATAGATGATATCTTATCTTACCCTGCAAGCCCGCCTGCAGTGTGGGGGCATTCTATGTACCTGAGGGgtgggttcgctt
tcgtgttctttcttggcttttttcttttctttttctttctcagatctggatctgcagttgattccaataggagttgggtgtgtgtgagcagGATAGCCAGAGAAATAAAAACATGTTGGAGTCGGAGAGAAACGAGAGCGAAGGAGAGAGTACATCTGCACCACTGAATCTTGGGAGGTGGAAGGAAGTTTACACAAGAC
TTGTTCAGATTCAGGATGAAGCAGTCAAGAATCCCAATTTTGCAGAAGAGCTACAAGCCCATTTTGACCGGTTACCTGCCAGCGTATAGTGGTTGGATCTGATGTAAATGAGGAGCAGCCGGGATTGGTGACAGATGTTGCTTCCTCGAGTTTAAATGAGGATCATCCAATTAGTCCTGAGCCCTCCTTGAAATTTAAAG
ACTTAGTTCTGGAAACTGGCGAAAATGTTTTAGATCTTGAAGACAACAGAAGCGTTCAGAATAGGTCCCTTGAAAGGTATTGCATTTATCACATAATGACTCTCTTTCAGCATATTTCCAAGGTTCACATTCATGTTTCTTTTACATTAATGATCTATGTAAGGTGAAATATAAACTCCATCCTTTAAACAGACAGAAGC
CACTTGAAAGTTGAACCCATATATCACTTTATGAATCCATTGATGGTAAGAATGGTGCCATTTCTATATAATCATTTTAAGTGAGGGCCCTCACTTGTATTTAAGGAAGAAATAAAAACCTTTTGAGGGATTCAAGATATTCAAGGTTACACCCTTCAAAGTGCATGTTCTACAGAAGATATAATGATACAAATCGCAAA
AAAGTGCTGGAAGGGTTGGGAAAGTGCTCTAGAGTCCAGATTATATTTTTCAGCAGTATTATAAAGAACTGTTCAACAACAGTAGTGCAGGATTCCATGTTGATTTAAATTGTAACAAAAGAAATCACGATGCAGTCTCCATTTTCCTCTATTTCCCAGTTGATATCTGATTTGCTAAAAGTCAGTCTTTGAAGGACATT
GAAATGATTGGTTGAAAGGCTAGGGTGTGAATCTGAGATAGATCATAGTGGGCAAGTTGATGGTAGTTTAATTTTCACAAGCATGAAGTGCCCTTTTTGATGTTATAATGAGCAATTAGCCTAGTACTTTTGTTATTGCTGTTTGTGTTCAAGTGACATAGTGATCATTACAATGTCCATGGTGTTTAAAACCGTTGATA
TGGTCTTCCATATTCATTTACAGTTTGCAAATAGACAAGTTTTTCCATTACCTAATTGCACATTTTCACGATTGGCTGTTAGAGAAGCACTTGTGGCATCAAAGTTGAAAGATATCAAGTAAGTTCAACTATATATTTTATTATGAGTTAAGAATAATTGAAAGCTAACATAATGACTAAAAGTATATTCTATGTCCAGC
CCTATTCTCCACTGCTGTATTTTTGGTGGATTCCACACTCTTTGAGTTTGTAGTAAATACAATACAAATATTTTTGCTAGAAAGTCCACTTAATTCATCATTTGACAAAAGGCTTTGAGTTGGTTGATTCTTGTGAATTCTGTGAGAAATTTTAGCAGACAACCATGAACATGCAGGAGTAGTTTAGCTATGTTCAGATG
ATGGAGAGAGATGATTTGCCTTGTCTAGCTCAAAATTATTCTACTACACGTGCGGCTTTTGAGCTGTCATGACACGACTCGTTCTCTTGATATCCTTTTGCCAGTTATGTACTTTAATAGGACTTCTGACTGAATCCAAATAACAGAGCATGCTTTGTGATCACATAGAAGACACTGAGGTTCCTTGTGGTCAGGGGTTT
AAAAGAACGCTTCAAAAACTTGTGAGGCAACATAAAAAAATTAACATTACAAATCACCCTTTTATCCCAGGAGAATCTTTATGAAGAGACCTGTTACCCAGTTGTCTGAAGGGTCCCCATGACCTGCATCTGAGAAGAAAGAAGGGACGGTCCTTGAACTGCAGTTGACAAAAAGGCCATTCTAGTGATAGATAGGAACA
CAATGTAACTTTTGTGGGAATGAAATAAAGCAAATTTAGCTGTGGGTGGCTCGACATTAAAAAGTCCTCAACCTTAGTTAAGAAGATAAAATAAAATAGAGATAATTTTATAATGTCCACAAGTCATTAAAATAATAGGTCAGTGGGACTAGAAAATACAGCAAATCACTAACATAATGTGGGAGTGCCACAGCTACTCC
TGCAAGCTAAAAGGCAAAGAGATACAAGTGAAAATGAAAGAAAAGAGAGTACCAAAGGGTTACCCAAGAGTGTAAAACCTAGAAAAGAGAGAGCACTACTCAGCAGTAGAAATAGAGGTAGATGTACAGGAGGGAGCAGAGCTAACTTTGTTCTCATTAATGGCTGTGAAAGTACAAAAGCTTGGGTGCTATCCTCATTG
CCTTGTTCCAGATAATGTTTATCACCATTAAATACTATTTTGTTCATATGAAGAAAACAAATGTTGAAATGAGTTGCAAGCTCAATGTCAATACTCAACATGGCCTTACGATGGAATGGATGTGGTGTATCTATGAAGTGAAAGACCTTAGTTGCTCAACACTGTCCTTTAGGTCATATGGCTTTGAGGAGCTAATTTTA
TTATGCATCATGAAGGGGGAAAAGAATTTGCCAACTAGATCAAATAGGTGTCGGACCTAGTTTCACAGCGGACCTACTTGGAGAACCTGAGGTGCATTCCAAAGAGTTCTGCGTGAGACCGCACCTTTAGCTTTTTAGTTCATTGGGAAAGGTTAGTATTTTATGTTAGTAGAGCCATCTCTTCTTGGATCTTTGAGCGA
TGCTAATAGAGAACTTCCTATGATTGTGCAACAAAGCTTCATAGCAACTTGATTCTTCTCAAGCTACATTAGACTTTTTGGAATTTTATAGTGGTCGAAGAGATTGGACAAGTCCCTTGATTCCATATAGCTGTGCAACAGTTTCCTTTGGTCAACTATTTTATTATTTATGGCTGAATTGCATTTTACTAAATGTTTCC
ATTCGTAGATTTAGATTAGAGATGCTACCTGTCTCCAGCCTTTGGTCTTGTGTGGCATTGACATAATTTCCTGTCCACTCTATTGACTCTCTTGTTCGTAAGAGAAAATTGCAAGTTATGCATGTCACTCTATCTAGAGGATAATTTGCATGGTGCTTACCTTGATTACTGATTGCCTGGTCTTTCTGGTATTTACGCAT
AATATGTATAACGGTATAACTACCTTGTGTAAAGCAAAAAAACAATAACAAGAAAGGGATAGAAGGATCAAATAGACTCGGGTAAGGAATTTGAAACAATGTCCTGTTGGTGTATTTAATGTAATCTTTACTTGTGGTCCTGGTGGACATTAAATTCATTTATGTTGTTAGGTGGGATTTGTGGTCCCACATTGGTGGTT
ATTAGGTGGGCTTTGTGGTCCCATGTTTATGGGTTTGGGGACAACCAACTAAACCCCACTACTATAATCTAGTCTTTGCCTTATTTGTAATCACATGAAGACACATTGAGCATGTTGTCGAGAGTAGAGTTTTCTACCCCATGAGGGGTATCTCACCAGATCCTGAGACAGTTCACATGACACAAGTAGACAATAGTTTT
CCTCCAGATCCTGGCACAAGGCTACTACTTTTGGATCGTGAGACTTATCTCATACCAGATTCATTAGGTTTTCCAAATCCTTTGATTAATGATCTATTATGAGATTCTTTGCTTTGGCATCAGATGTTAGGAGAGAGGACTTTTGGGGGTGGTTGACAGTTTGACCTACACCCCCAGCCGTGCAATCCTCCTCCCCTACC
CCTGCCTATATGGAGGTTTGTTTTGTATTTTAGGGTTCTCAGCACTACTTGCATGTTTCTGCATTGCCACTCTGCTTCTCAGTTTCATGGTATTAGATCATTGATCTGATCTACATAGATAGTTTAGATTTACTTCATGCTTTTATATGCGGTTACAGGATTAGCCTTTGCACTCCCACTTGTATTCCACACTGTTGTAC
TTAGCAGTGCCTTTGACCTATTTGTGGTCAATAGTTGGACCTTAATAAAATTATCTCATCTATCTTATCTATTTCATGTCATGATTAATGATTGTTGGGTTTCTTATGATAATCAC

Intron 4 GTGTCTTCCA ... CTGCAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.92	6	5	35
A2	81.48	5	10	34
A3	90	3	24	30
A4	76.47	6	10	29
A5	100	0	12	13
A6	90.48	1	4	15
A7	83.33	5	19	31
A8	78.57	3	2	20
A9	63.93	11	12	27
A10	72.41	4	2	19

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAGAGGCATCTCCTGGATCATGGCACTTCGAGAATTTTGAAGATCACTGCGATAAACCTCCAGTTTTTTAACCGAATAAAAGACCGTTTCCATTGAGTGGGCACTGACATATAGATGATATCTTATCTTACCCTGCAAGCCCGCCTGCAGTGTGGGGGCATTCTATGTACCTGAGGGGATAGCCAGAGAAATAAAAACA
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CAC

>TRINITY_DN131334_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAGAGGCATCTCCTGGATCATGGCACTTCGAGAATTTTGAAGATCACTGCGATAAACCTCCAGTTTTTTAACCGAATAAAAGgtgtcttccagttccttaatcgtcctatctcttttgttggacaactcacattcttttgtcttggagcacagggaattgttgtcctcaagaacacatgcagaaatcccccagagccca
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GCAGTCAAGAATCCCAATTTTGCAGAAGAGCTACAAGCCCATTTTGACCGGTTACCTGCCAGGTATGCATTGGATGTGAATTTAGACAGGGCGGAAGAGGTTCTCATACATCAAAAACTACTTGAGCGTGCACTAATGCCAGAAAATCGACCTGTCTTCCATGTTCGTTTTTCAGAGCGTATAGTGGTTGGATCTGATGT
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