sp|Q8L4P8|CKB11_ORYSJ ----> Cyclin-dependent kinase B1-1
Intron 1 GTAAGTTTCT ... TGAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.86 | 669 | 90 | 4 |
| A2 | 12.1 | 523 | 72 | 1 |
| A3 | 13.01 | 622 | 93 | 1 |
| A4 | 11.98 | 507 | 69 | 0 |
| A5 | 15.22 | 245 | 44 | 0 |
| A6 | 10.25 | 4272 | 488 | 2 |
| A7 | 10.71 | 4385.5 | 526 | 4 |
| A8 | 9.01 | 3617 | 358 | 5 |
| A9 | 10.14 | 5039.5 | 569 | 6 |
| A10 | 10.38 | 3877 | 449 | 3 |
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTC
GTGGTGTAATGCACAGGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGGTAAGTGTTTTCACCGCTTTTTTCCATATTGCTTCTGGGTTTTACGAATGTTTGGCCTTGCTGATTTATGAG
AGGAAGCTAATTGACTTAGGATGTTTGGACAGTTACCATAGGTCTACTGTTATATTTTCAGGATCCACATCTATTTGTAACCCTTACCTTCTAGCCAGGGCAGGTAATACCAGGTCCAATCCTTTGTTTGAAGGTTTGGTCTTTCAGGATCAACTGTTTGTGGAGTTAGTCGGACTAGTTATGAATTCACATTTTAGGAG
TTGATGCATAGCTTGACTGGGTTATCTAGTCCTCACTGATTTGGGATGGGTTTTGGAGTAGGTTTGGTTTTGGTTTACTAGTGTATAGAATGACTTTCAGCTATAAGGTAAGAGGTTTAGGGTGTTTGGACAGATACCATGGGCCTACTGTCAGTTCAGGAGTCAAGACCAGGTCCAACCCTATGTTTCAAGGTTTGGCC
TTTCAGGACCAACCCTGTGCAGAGCTTATCGGATTTCTTGGACAAATAGCATAAAATGTAATGCAATAAGTTTGGATTTACATTTTGGGGGTTGGTGTAGTGCTGAGTGGGTTATTTAAGTCTTTGTATATTACAATGGGATCCTTGAGATTCTTATCATGATCTTGCTAGGGTCCTTTATTCGTTGACAAAATTGTGGG
CTCTTGCTGCAGATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATCTGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGGTTAAGATTTGACCAAAAAAGAGA
TGCTCTATCTTTATTTACAGGCCTTCCTTTGCTGATGCACAACAACATTTTGCTCTAGCAATTTATTCTTTGCATGCAACAGGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGATTTGGAACCA
AGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGgtaagtttctctgcagtttctggatctccaactaaaactgacattt
gagtccactatgttgtcctatcaggccatataagctgtttaaatgaggaaacttcaatgttaggaggaatgcagtgtcctctgtttgagtcaaatcggccggtttaagttttgtagaaccccaattcatcgggtgtttgaatttcagtgctgcattgactttctattgattttagcttttctctcttgtgataatgggcc
tttttgggctgtgcttgttgtttggtgattataattttggatgaattgcagAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTCGTGGTGTAATGCACAGGTGCTCATATCTGTCTTTTCTTTGTATTGTTTTTGTCTGAAATGATTTTGCATACTATCAATGCTTTGCCTTCTTCCACTTACAGTG
CCAGTGATTTGGGAGTGCAGGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGGTAAGTGTTTTCACCGCTTTTTTCCATATTGCTTCTGGGTTTTACGAATGTTTGGCCTTGCTGATTTA
TGAGAGGAAGCTAATTGACTTAGGATGTTTGGACAGTTACCATAGGTCTACTGTTATATTTTCAGGATCCACATCTATTTGTAACCCTTACCTTCTAGCCAGGGCAGGTAATACCAGGTCCAATCCTTTGTTTGAAGGTTTGGTCTTTCAGGATCAACTGTTTGTGGAGTTAGTCGGACTAGTTATGAATTCACATTTTA
GGAGTTGATGCATAGCTTGACTGGGTTATCTAGTCCTCACTGATTTGGGATGGGTTTTGGAGTAGGTTTGGTTTTGGTTTACTAGTGTATAGAATGACTTTCAGCTATAAGGTAAGAGGTTTAGGGTGTTTGGACAGATACCATGGGCCTACTGTCAGTTCAGGAGTCAAGACCAGGTCCAACCCTATGTTTCAAGGTTT
GGCCTTTCAGGACCAACCCTGTGCAGAGCTTATCGGATTTCTTGGACAAATAGCATAAAATGTAATGCAATAAGTTTGGATTTACATTTTGGGGGTTGGTGTAGTGCTGAGTGGGTTATTTAAGTCTTTGTATATTACAATGGGATCCTTGAGATTCTTATCATGATCTTGCTAGGGTCCTTTATTCGTTGACAAAATTG
TGGGCTCTTGCTGCAGATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATCTGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGGTTAAGATTTGACCAAAAAA
GAGATGCTCTATCTTTATTTACAGGCCTTCCTTTGCTGATGCACAACAACATTTTGCTCTAGCAATTTATTCTTTGCATGCAACAGGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGATTTGGA
ACCAAGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG
Intron 2 GTAAGTGTTT ... CTTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.95 | 479 | 20.5 | 65 |
| A2 | 8.66 | 401 | 19 | 38 |
| A3 | 6.51 | 503 | 12 | 35 |
| A4 | 12.53 | 405 | 14 | 58 |
| A5 | 7.17 | 233 | 9.5 | 18 |
| A6 | 7.61 | 3826 | 134 | 315 |
| A7 | 8.28 | 3878 | 147 | 350 |
| A8 | 8.25 | 3170 | 138 | 285 |
| A9 | 8.93 | 4212 | 215 | 413 |
| A10 | 7.97 | 3232 | 121 | 280 |
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTC
GTGGTGTAATGCACAGGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATC
TGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGA
TTTGGAACCAAGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGGTAAGTTTCTCTGCAGTTTCTGGATCTCCAACTAAAACTGACATTT
GAGTCCACTATGTTGTCCTATCAGGCCATATAAGCTGTTTAAATGAGGAAACTTCAATGTTAGGAGGAATGCAGTGTCCTCTGTTTGAGTCAAATCGGCCGGTTTAAGTTTTGTAGAACCCCAATTCATCGGGTGTTTGAATTTCAGTGCTGCATTGACTTTCTATTGATTTTAGCTTTTCTCTCTTGTGATAATGGGCC
TTTTTGGGCTGTGCTTGTTGTTTGGTGATTATAATTTTGGATGAATTGCAGAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTCGTGGTGTAATGCACAGGTGCTCATATCTGTCTTTTCTTTGTATTGTTTTTGTCTGAAATGATTTTGCATACTATCAATGCTTTGCCTTCTTCCACTTACAGTG
CCAGTGATTTGGGAGTGCAGGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGgtaagtgttttcaccgcttttttccatattgcttctgggttttacgaatgtttggccttgctgattta
tgagaggaagctaattgacttaggatgtttggacagttaccataggtctactgttatattttcaggatccacatctatttgtaacccttaccttctagccagggcaggtaataccaggtccaatcctttgtttgaaggtttggtctttcaggatcaactgtttgtggagttagtcggactagttatgaattcacatttta
ggagttgatgcatagcttgactgggttatctagtcctcactgatttgggatgggttttggagtaggtttggttttggtttactagtgtatagaatgactttcagctataaggtaagaggtttagggtgtttggacagataccatgggcctactgtcagttcaggagtcaagaccaggtccaaccctatgtttcaaggttt
ggcctttcaggaccaaccctgtgcagagcttatcggatttcttggacaaatagcataaaatgtaatgcaataagtttggatttacattttgggggttggtgtagtgctgagtgggttatttaagtctttgtatattacaatgggatccttgagattcttatcatgatcttgctagggtcctttattcgttgacaaaattg
tgggctcttgctgcagATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATCTGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGGTTAAGATTTGACCAAAAAA
GAGATGCTCTATCTTTATTTACAGGCCTTCCTTTGCTGATGCACAACAACATTTTGCTCTAGCAATTTATTCTTTGCATGCAACAGGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGATTTGGA
ACCAAGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG
Intron 3 GTGCTCATAT ... GGGAGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.66 | 476.5 | 4 | 13 |
| A2 | 4.79 | 458.5 | 3 | 23 |
| A3 | 2.24 | 395 | 5 | 9 |
| A4 | 1.65 | 359.5 | 0 | 6 |
| A5 | 4 | 168.5 | 2 | 7 |
| A6 | 1.94 | 3437 | 2 | 68 |
| A7 | 2.29 | 3566 | 7 | 83 |
| A8 | 2.87 | 2985.5 | 9 | 88 |
| A9 | 3.57 | 4097.5 | 4 | 151 |
| A10 | 1.8 | 3226 | 8 | 59 |
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTC
GTGGTGTAATGCACAGGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGGTAAGTGTTTTCACCGCTTTTTTCCATATTGCTTCTGGGTTTTACGAATGTTTGGCCTTGCTGATTTATGAG
AGGAAGCTAATTGACTTAGGATGTTTGGACAGTTACCATAGGTCTACTGTTATATTTTCAGGATCCACATCTATTTGTAACCCTTACCTTCTAGCCAGGGCAGGTAATACCAGGTCCAATCCTTTGTTTGAAGGTTTGGTCTTTCAGGATCAACTGTTTGTGGAGTTAGTCGGACTAGTTATGAATTCACATTTTAGGAG
TTGATGCATAGCTTGACTGGGTTATCTAGTCCTCACTGATTTGGGATGGGTTTTGGAGTAGGTTTGGTTTTGGTTTACTAGTGTATAGAATGACTTTCAGCTATAAGGTAAGAGGTTTAGGGTGTTTGGACAGATACCATGGGCCTACTGTCAGTTCAGGAGTCAAGACCAGGTCCAACCCTATGTTTCAAGGTTTGGCC
TTTCAGGACCAACCCTGTGCAGAGCTTATCGGATTTCTTGGACAAATAGCATAAAATGTAATGCAATAAGTTTGGATTTACATTTTGGGGGTTGGTGTAGTGCTGAGTGGGTTATTTAAGTCTTTGTATATTACAATGGGATCCTTGAGATTCTTATCATGATCTTGCTAGGGTCCTTTATTCGTTGACAAAATTGTGGG
CTCTTGCTGCAGATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATCTGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGGTTAAGATTTGACCAAAAAAGAGA
TGCTCTATCTTTATTTACAGGCCTTCCTTTGCTGATGCACAACAACATTTTGCTCTAGCAATTTATTCTTTGCATGCAACAGGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGATTTGGAACCA
AGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGGTAAGTTTCTCTGCAGTTTCTGGATCTCCAACTAAAACTGACATTT
GAGTCCACTATGTTGTCCTATCAGGCCATATAAGCTGTTTAAATGAGGAAACTTCAATGTTAGGAGGAATGCAGTGTCCTCTGTTTGAGTCAAATCGGCCGGTTTAAGTTTTGTAGAACCCCAATTCATCGGGTGTTTGAATTTCAGTGCTGCATTGACTTTCTATTGATTTTAGCTTTTCTCTCTTGTGATAATGGGCC
TTTTTGGGCTGTGCTTGTTGTTTGGTGATTATAATTTTGGATGAATTGCAGAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTCGTGGTGTAATGCACAGgtgctcatatctgtcttttctttgtattgtttttgtctgaaatgattttgcatactatcaatgctttgccttcttccacttacagtg
ccagtgatttgggagtgcagGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGGTAAGTGTTTTCACCGCTTTTTTCCATATTGCTTCTGGGTTTTACGAATGTTTGGCCTTGCTGATTTA
TGAGAGGAAGCTAATTGACTTAGGATGTTTGGACAGTTACCATAGGTCTACTGTTATATTTTCAGGATCCACATCTATTTGTAACCCTTACCTTCTAGCCAGGGCAGGTAATACCAGGTCCAATCCTTTGTTTGAAGGTTTGGTCTTTCAGGATCAACTGTTTGTGGAGTTAGTCGGACTAGTTATGAATTCACATTTTA
GGAGTTGATGCATAGCTTGACTGGGTTATCTAGTCCTCACTGATTTGGGATGGGTTTTGGAGTAGGTTTGGTTTTGGTTTACTAGTGTATAGAATGACTTTCAGCTATAAGGTAAGAGGTTTAGGGTGTTTGGACAGATACCATGGGCCTACTGTCAGTTCAGGAGTCAAGACCAGGTCCAACCCTATGTTTCAAGGTTT
GGCCTTTCAGGACCAACCCTGTGCAGAGCTTATCGGATTTCTTGGACAAATAGCATAAAATGTAATGCAATAAGTTTGGATTTACATTTTGGGGGTTGGTGTAGTGCTGAGTGGGTTATTTAAGTCTTTGTATATTACAATGGGATCCTTGAGATTCTTATCATGATCTTGCTAGGGTCCTTTATTCGTTGACAAAATTG
TGGGCTCTTGCTGCAGATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATCTGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGGTTAAGATTTGACCAAAAAA
GAGATGCTCTATCTTTATTTACAGGCCTTCCTTTGCTGATGCACAACAACATTTTGCTCTAGCAATTTATTCTTTGCATGCAACAGGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGATTTGGA
ACCAAGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG
Intron 4 GTTAAGATTT ... CATGCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.13 | 147 | 12 | 14 |
| A2 | 10.15 | 177 | 8 | 32 |
| A3 | 11.22 | 182 | 19 | 27 |
| A4 | 10.8 | 157 | 8 | 30 |
| A5 | 13.51 | 128 | 16 | 24 |
| A6 | 10.64 | 2193 | 148 | 374 |
| A7 | 9.91 | 1918 | 128 | 294 |
| A8 | 12.18 | 1947 | 186 | 354 |
| A9 | 11.66 | 2287 | 201 | 403 |
| A10 | 11.2 | 1527 | 143 | 242 |
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoformGCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTC
GTGGTGTAATGCACAGGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATC
TGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGA
TTTGGAACCAAGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG
>TRINITY_DN42486_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCAAGCCCTTTTCATTAATTTAAAAAGCAAAGCAAGCAAGAATTGGGCGGAATTCATGCAAGTCCAACGGTCAGAAAATTCAAAATAACCGTTGGAGGCAAAGCCAATCTAGGGCCACATTTCACTTATATATGCCCTCTGGTTCGTCTCAAGCCCTTAGAATCCTGTCGTCTGCGATTTTTGTTGTCTGTTATTTTGCT
CTGTGAGCTGGAACAATGGATGCTTATGAGAAAATGGAGAAGGTGGGAGAAGGAACCTATGGGAAGGTGTACAAGGCCAAGGATAAGAACACAGGGCAATTGGTCGCCCTTAAGAAAACGAGGCTGGAGTGTGACGATGAAGGAATTCCTCCCACCGCTCTCCGTGAGATTTCCCTTCTGCAGATGCTTTCTCAGGATAT
CCACATTGTCAGGCTGTTGGATGTGGAACACACTGAGAACAAGGATGGGAAGCCCCTTCTGTACTTAGTTTTTGAATTCATGGACTCTGATCTCAAGAAGTATATCGATGGTTATCGCCGAAGCCACACAAAAATGCCTCCCAAGATTATCAAGGTAAGTTTCTCTGCAGTTTCTGGATCTCCAACTAAAACTGACATTT
GAGTCCACTATGTTGTCCTATCAGGCCATATAAGCTGTTTAAATGAGGAAACTTCAATGTTAGGAGGAATGCAGTGTCCTCTGTTTGAGTCAAATCGGCCGGTTTAAGTTTTGTAGAACCCCAATTCATCGGGTGTTTGAATTTCAGTGCTGCATTGACTTTCTATTGATTTTAGCTTTTCTCTCTTGTGATAATGGGCC
TTTTTGGGCTGTGCTTGTTGTTTGGTGATTATAATTTTGGATGAATTGCAGAGCTTCATGTACCAGTTGTGCCAGGGGGTTGCTTACTGCCACAGTCGTGGTGTAATGCACAGGTGCTCATATCTGTCTTTTCTTTGTATTGTTTTTGTCTGAAATGATTTTGCATACTATCAATGCTTTGCCTTCTTCCACTTACAGTG
CCAGTGATTTGGGAGTGCAGGGACTTGAAACCTCACAACTTACTGGTGGATAAGCAAAGGGGGGTTATAAAAATAGCAGATCTTGGCCTGGGAAGGGCATTTACAGTACCTATAAAGAAGTATACACATGAGGTAAGTGTTTTCACCGCTTTTTTCCATATTGCTTCTGGGTTTTACGAATGTTTGGCCTTGCTGATTTA
TGAGAGGAAGCTAATTGACTTAGGATGTTTGGACAGTTACCATAGGTCTACTGTTATATTTTCAGGATCCACATCTATTTGTAACCCTTACCTTCTAGCCAGGGCAGGTAATACCAGGTCCAATCCTTTGTTTGAAGGTTTGGTCTTTCAGGATCAACTGTTTGTGGAGTTAGTCGGACTAGTTATGAATTCACATTTTA
GGAGTTGATGCATAGCTTGACTGGGTTATCTAGTCCTCACTGATTTGGGATGGGTTTTGGAGTAGGTTTGGTTTTGGTTTACTAGTGTATAGAATGACTTTCAGCTATAAGGTAAGAGGTTTAGGGTGTTTGGACAGATACCATGGGCCTACTGTCAGTTCAGGAGTCAAGACCAGGTCCAACCCTATGTTTCAAGGTTT
GGCCTTTCAGGACCAACCCTGTGCAGAGCTTATCGGATTTCTTGGACAAATAGCATAAAATGTAATGCAATAAGTTTGGATTTACATTTTGGGGGTTGGTGTAGTGCTGAGTGGGTTATTTAAGTCTTTGTATATTACAATGGGATCCTTGAGATTCTTATCATGATCTTGCTAGGGTCCTTTATTCGTTGACAAAATTG
TGGGCTCTTGCTGCAGATTGTGACCCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTTCTCTTGGGAGCTACTCACTACTCTACACCTGTAGACATCTGGTCCGTTGGATGTATATTTGCTGAAATGTCCAGAATGCAAGCCCTTTTTATTGGAGAATCCGAAGTACAACAACTTTTTAAGATTTTCAGgttaagatttgaccaaaaaa
gagatgctctatctttatttacaggccttcctttgctgatgcacaacaacattttgctctagcaatttattctttgcatgcaacagGTTGCTAGGAACTCCTAATGAAGAAATCTGGCCTGGAGTGACTAAATTGAAGGACTGGCATATCTATCCTCAATGGAAACCTCAAGATATAAGCAGTGCTGTTCCAGATTTGGA
ACCAAGCGGTTTAGACCTGTTGTCTG