sp|Q9SJH7|CISY3_ARATH ----> Citrate synthase 3, peroxisomal

Intron 1 GTATAGCCAG ... TGCAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.81	23	1	4
A2	51.52	16	0	17
A3	44.9	27	9	22
A4	30.56	25	2	11
A5	41.67	14	1	10
A6	37.5	75	1	45
A7	35.62	47	0	26
A8	27.54	50	0	19
A9	31.03	60	0	27
A10	35.42	31	1	17

>TRINITY_DN110865_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CCCGAGACTCCTTCATATCACAGAAATCACTCTGTATACATTTTGTATGCCGCAATTCACTATATATACATTGTGTACACAACTCTGATCTACCATTCCAACTCTGAGCTATATTTCCCAATTCTGGTCATTTGGGACCGATTCGGAAGTCTTTTGGGTTTTACAGGGTGTCGTCAAGTTGCGATCTTGACGCGTTTTGG
GCACTTGGGTTCGATCTAATAATGGCGCCTGCGGAAGGTTTTAGCGAAAAATCGATGGCCCACAGCAGATTAGCAGTACTTTCCGGCCATTTATCGGTGTCCCCAGCGGGTTCTTCTTCGGGTATTGAGACTTGTACAGTATCAGTAAAGCCGTTGGGGGATCTAAGAGGTTCTCTGACTGTTCTCGATAACCGAACGGG
GAAGAAAATTGAAGTCGAAGTCAGCGAAGGAGGAACAGTCCGGGCCACTGATTTCAAAAAGTTAACTATAGGTGGGGATGACAAAGGGCTGAAGCTTTATGATCCAGGATACTTGAACACTGCTCCTGTCCGCTCATCAATTTCTTACATAGATGGAGATGAAGGAATCCTGCGATATAGAGGTTATCCAATTGAGGAGT
TAGCTGAGAAGAGCACTTATCTTGAGGTGGCTTATCTCTTATTGTATGGAAATTTGCCCTCTCAGTCTCAATTAGCAGATTGGGAATTCGCTGTTTCCCAACATTCAGCGGCACCCGAGGGAGTTATGGATATCATCCAAGCAATGCCTCATGACGCTCATCCGATGGGTATGCTTGTTAGTGCAATAAGTGCACTTTCT
ACATTTCATCCAGATGCCAATCCAGCCTTGAGGGGACAAGATCTTTACAATTCAAAATCAATTCGTGACAAGCAGATTGCACGTGTCTTGGGAAAGGTACCAACTATAGCAGCAGCTGCATACTTGAGAATGGCAGGGCGGCCACCTGTTTTGCCTTCCAGTAACCTTTCTTATTCAGAGAATTTTCTATATATGTTGGA
CTCACTGGGTGACAGGTCATATAAGCCTAATCCTCGACTAGCAAGAGTCCTTGATGTGCTTTTCATCTTGCATGCGGAGCATGAAATGAACTGTTCAACAGCTGCTGCACGACACCTTGCTTCCAGTGGTGTTGATGTCTATACAGCTCTTGCTGGGGCAACTGGTGCATTGTATGGTCCTTTACATGGAGGGGCAAATG
AGGCTGTTCTCAGAATGCTTAATGAAATTGGCACAGTTGACAACATTCCAGAGTTCATTGAGGGTGTTAAAAACAGGAAGAGAAAAATGTCTGGTTTTGGTCATCGAGTATACAAGAATTATGATCCCCGTGCCAAGGTCATTCGCAACTTAGCAGAAGAAGTGTTCTCTATTGTTGGACGTGATCCTTTGATTGAGGTG
GCTGTGGCGTTAGAGAGGGCTGCGCTTTCAGATGAGTACTTTATTAAAAGGAAGCTCTACCCAAATGTTGATTTTTATTCAGGCTTAATTTACAGAGCACTGGGTTTCCCAACTGAGTTCTTCCCAGTACTATTTGCCATTCCACGAATGGCTGGTTATCTTGCTCATTGGAAGGAGTCACTTGATGATCCAGATACAAA
AATCATGAGGCCACAACAGTGGTACACTGGGGTATGGCTTCGGAACTATACCCCTCTGAACAAGAGGGAAGCTTCAGAGGAGGCTGACAAGCTTGGTCAAGTAGCTGTTTCTAATGCAACAAGAAGGCGCCGTGCTGGATTCATTGGATGATTATGTTTGCATTGGTGGCGAAATTTGTTGGCAGCTTAGATCATGAATT
TTTCGTTAGGTAGTATGGTGTCAGATTGATCAGTTTTTACTTTTTACTTGAAGAATGATCAACGCCTACAGATCCTTTTTGTTAGGCCATATAGAGGTCTGGCCTTTGCATCATATTTTCTTTGTGGCTGTCATGTAGTTTATCTACACACTATTATACAAAGAGTTCAAGAAGTTAAAAGTTGTAAGAACCATGCACTT
GCAATTCCTAATTTGCCAGGGTTACGCTCTTCAATAAATTTTCTGGCATTATGAAGAATAAATTCGTCATTGAGGCTCATTTAGGTAAGAAAGAGCCAACAATCTACTTTAAACATGTATATACAATGAAGTACCCTTGGCACGTGGAATTGTGTTTTCTTCAGCGTTTTCCACTCTCTATTATTCGGTTTACTCTGTAT
TGTGCTAGCTGTATGGTATCCAACCATCATAAAATTAGTATCTGCCTATGAAGTCTCTTGGTACAGCTTTTGG

>TRINITY_DN110865_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGACATCTTGCAAGCAAACCAGTTTCCTAGTAAGTGCATATTACATTAGGTAAAAATACTTTCCAATATTAAATCTCACCTTTTGTATTTTTCTTTGCAGTGGTGTTGATGTCTATACAGCTCTTGCTGGGGCAACTGGTGCATTGTATGGTCCTTTACATGGAGGGGCAAATGAGgtatagccaggttgctctagtcat
gcagactgtgcatgattaatgttctatgctgactaatgtttttatgcaatacagGCTGTTCTCAGAATGCTTAATGAAATTGGCACAGTTGACAACATTCCAGAGTTCATTGAGGGTGTTAAAAACAGGAAGAGAAAAATGTCTGGTTTTGGTCATCGAGTATACAAGAATTATGATCCCCGTGCCAAGGTCATTCGCAA
CTTAGCAGAAGAAGTGTTCTCTATTGTTGGACGTGATCCTTTGATTGAGGTGGCTGTGGCGTTAGAGAGGGCTGCGCTTTCAGATGAGTACTTTATTAAAAGGAAGCTCTACCCAAATGTTGATTTTTATTCAGGCTTAATTTACAGGTAGTAACTCTGATTCCTATAGTCTATTTCTTTCAAATAGATGTTTCTCACGT
AAACTCTAAAATATTTCTATAAGCTCTATATTCAAAACATTTGTGGCATCTGGAGTTCTTATGTGAAGCCAAGATAGATTCGAAAGCTGTGAGCTGGTTTATATGTCAACAATCATCTGTATATCATCATGTTCCTACAACTGACTTACTTGTACATCAGAGCACTGGGTTTCCCAACTG

Intron 2 GTTCTTAGGA ... CATTTGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.71	6	11	12
A2	22.22	14	6	2
A3	21.43	22	5	7
A4	13.04	10	1	2
A5	0	1	0	0
A6	18.52	66	11	19
A7	24.05	30	14	5
A8	21.82	43	10	14
A9	24.64	52	15	19
A10	32.08	18	7	10

>TRINITY_DN32923_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

ATAAGGGCCATAATACTAACCATGTCAGTTTGGCTGAAGTGGAGGCCCACACTAAAATCACAAGAAAAATGGTCTATGATTGACATAACCAATAAAGGAAACGTGACGTGATATACTAAACATTTTCCAAAGTTTGTCCAAAAACCCGAGACTCCTTCATATCACAGAAATCACTCTGTATACATTTTGTATGCCGCAAT
TCACTATATATACATTGTGTACACAACTCTGATCTACCATTCCAACTCTGAGCTATATTTCCCAATTCTGGTCATTTGGGACCGATTCGGAAGTCTTTTGGGTTTTACAGGGTGTCGTCAAGTTGCGATCTTGACGCGTTTTGGGCACTTGGGTTCGATCTAATAATGGCGCCTGCGGAAGGTTTTAGCGAAAAATCGAT
GGCCCACAGCAGATTAGCAGTACTTTCCGGCCATTTATCGGTGTCCCCAGCGGGTTCTTCTTCGGGTATTGAGACTTGTACAGTATCAGTAAAGCCGTTGGGGGATCTAAGAGGTTCTCTGACTGTTCTCGATAACCGAACGGGGAAGAAAATTGAAGTCGAAGTCAGCGAAGGAGGAACAGTCCGGGCCACTGATTTCA
AAAAGTTAACTATAGGTGGGGATGACAAAGGGCTGAAGCTTTATGATCCAGGATACTTGAACACTGCTCCTGTCCGCTCATCAATTTCTTACATAGATGGAGATGAAGGAATCCTGCGATATAGAGGTTATCCAATTGAGGAGTTAGCTGAGAAGAGCACTTATCTTGAGGTGGCTTATCTCTTATTGTATGGAAATTTG
CCCTCTCAGTCTCAATTAGCAGATTGGGAATTCGCTGTTTCCCAACATTCAGCGGCACCCGAGGGAGTTATGGATATCATCCAAGCAATGCCTCATGACGCTCATCCGATGGGTATGCTTGTTAGTGCAATAAGTGCACTTTCTACATTTCATCCAGATGCCAATCCAGCCTTGAGGGGACAAGATCTTTACAATTCAAA
ATCAATTCGTGACAAGCAGATTGCACGTGTCTTGGGAAAGGTACCAACTATAGCAGCAGCTGCATACTTGAGAATGGCAGGGCGGCCACCTGTTTTGCCTTCCAGTAACCTTTCTTATTCAGAGAATTTTCTATATATGTTGGACTCACTGGGTGACAGGTCATATAAGCCTAATCCTCGACTAGCAAGAGTCCTTGATG
TGCTTTTCATCTTGCATGCGGAGCATGAAATGAACTGTTCAACAGCTGCTGCACGACACCTTGCTTCCAGTGGTGTTGATGTCTATACAGCTCTTGCTGGGGCAACTGGTGCATTGTATGGTCCTTTACATGGAGGGGCAAATGAGGCTGTTCTCAGAATGCTTAATGAAATTGGCACAGTTGACAACATTCCAGAGTTC
ATTGAGGGTGTTAAAAACAGGAAGAGAAAAATGTCTGGTTTTGGTCATCGAGTATACAAGAATTATGATCCCCGTGCCAAGGTCATTCGCAACTTAGCAGAAGAAGTGTTCTCTATTGTTGGACGTGATCCTTTGATTGAGGTGGCTGTGGCGTTAGAGAGGGCTGCGCTTTCAGATGAGTACTTTATTAAAAGGAAGCT
CTACCCAAATGTTGATTTTTATTCAGGCTTAATTTACAGAGCACTGGGTTTCCCAACTGAGTTCTTCCCAGTACTATTTGCCATTCCACGAATGGCTGGTTATCTTGCTCATTGGAAGGAGTCACTTGATGATCCAGATACAAAAATCATGAGGCCACAACAGTGGTACACTGGGGTATGGCTTCGGAACTATACCCCTC
TGAACAAGAGGGAAGCTTCAGAGGAGGCTGACAAGCTTGGTCAAGTAGCTGTTTCTAATGCAACAAGAAGGCGCCGTGCTGGATTCATTGGATGATTATGTTTGCATTGGTGGCGAAATTTGTTGGCAGCTTAGATCATGAATTTTTCGTTAGGTAGTATGGTGTCAGATTGATCAGTTTTTACTTTTTACTTGAAGAAT
GATCAACGCCTACAGATCCTTTTTGTTAGGCCATATAGAGGTCTGGCCTTTGCATCATATTTTCTTTGTGGCTGTCATGTAGTTTATCTACACACTATTATACAAAGAGTTCAAGAAGTTAAAAGTTGTAAGAACCATGCACTTGCAATTCCTAATTTGCCAGGGTTACGCTCTTCAATAAATTTTCTGGCATTATGAAG
AATAAATTCGTCATTGAGGCTCATTTAGGTAAGAAAGAGCCAACAATCTACTTTAAACATGTATATACAATGAAGTACCCTTGGCACGTGGAATTGTGTTTTCTTCAGCGTTTTCCACTCTCTATTATTCGGTTTACTCTGTATTGTGCTAGCTGTATGGTATCCAACCATCATAAAATTAGTATCTGCCTATGCAGTCT
CTTGGTACAGCTTTTGGTTATAGTACTTCAAATATTGACAAATGATCTGTGTAAAACTGACCAATTTTTATTCAGAATGGCATGTCTGTGATGAATATCCTTTAAAAGATAAGTTTTTGAGATTTATGTTATTTGATTTAAAAGGTTGAATTGTAG

>TRINITY_DN32923_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGAAGCCAAGATAGATTCGAAAGCTGTGAGCTGGTTTATATGTCAACAATCATCTGTATATCATCATGTTCCTACAACTGACTTACTTGTACATCAGAGCACTGGGTTTCCCAACTGAGTTCTTCCCAGTACTATTTGCCATTCCACGAATGGCTGGTTATCTTGCTCATTGGAAGGAGTCACTTGATGATCCAGATAC
AAAAATCATGAGGCCACAACAGgttcttaggatctgttttttatttttggattgcattcacaatttatattcatgttttctgtccattgatgttttagattcagtttattaatgcatttgtatctttgtttcatttgaaagTGGTACACTGGGGTATGGCTTCGGAACTATACCCCTCTGAACAAGAGGGAAGCTTCAGA
GGAGGCTGACAAGCTTGGTCAAGTAGCTGTTTCTAATGCAACAAGAAGGCGCCGTGCTGGATTCATTGGATGATTATGTTTGCATTGGTGGCGAAATTTGTTGGCAGCTTAGATCATGAATTTTTCGTTAGGTAGTATGGTGTCAGATTGATCAGTTTTTACTTTTTACTTGAAGAATGATCAACGCCTACAGATCCTTT
TTGTTAGGCCATATAGAGGTCTGGCCTTTGCATCATATTTTCTTTGTGGCTGTCATGTAGTTTATCTACACACTATTATACAAAGAGTTCAAGAAGTTAAAAGTTGTAAGAACCATGCACTTGCAATTCCTAATTTGCCAGGGTTACGCTCTTCAATAAATTTTCTGGCATTATGAAGAATAAATTCGTCATTGAGGCTC
ATTTAGGTAAGAAAGAGCCAACAATCTACTTTAAACATGTATATACAATGAAGTACCCTTGGCACGTGGAATTGTGTTTTCTTCAGCGTTTTCCACTCTCTATTATTCGGTTTACTCTGTATTGTGCTAGCTGTATGGTATCCAACCATCATAAAATTAGTATCTGCCTATGCAGTCTCTTGGTACAGCTTTTGGTTATA
GTACTTCAAATATTGACAAATGATCTGTGTAAAACTGACCAATTTTTATTCAGAATGGCATGTCTGTGATGAATATCCTTTAAAAGATAAGTTTTTGAGATTTATGTTATTTGATTTAAAAGGTTGAATTGTAG

Intron 3 GTATATTCTA ... TGGTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.19	29.7	8	7
A2	17.66	16.3	3	4
A3	18.02	13.7	5	1
A4	5.79	16.3	2	0
A5	31.58	13	4	8
A6	17.68	44.3	17	2
A7	14.19	39.3	13	0
A8	10.84	24.7	4	2
A9	13.47	35.3	5	6
A10	11.01	28.3	7	0

>TRINITY_DN114644_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTTCCAAAGTTTGTCCAAAAACCCGAGACTCCTTCATATCACAGAAATCACTCTGTATACATTTTGTATGCCGCAATTCACTATATATACATTGTGTACACAACTCTGATCTACCATTCCAACTCTGAGCTATATTTCCCAATTCTGGTCATTTGGGACCGATTCGGAAGTCTTTTGGGTTTTACAGGGTGTCGTCAA
GTTGCGATCTTGACGCGTTTTGGGCACTTGGGTTCGATCTAATAATGGCGCCTGCGGAAGGTTTTAGCGAAAAATCGATGGCCCACAGCAGATTAGCAGTACTTTCCGGCCATTTATCGGTGTCCCCAGCGGGTTCTTCTTCGGGTATTGAGACTTGTACAGTATCAGTAAAGCCGTTGGGGGATCTAAGAGGTTCTCTG
ACTGTTCTCGATAACCGAACGGGGAAGAAAATTGAAGTCGAAGTCAGCGAAGGAGGAACAGTCCGGGCCACTGATTTCAAAAAGTTAACTATAGGTGGGGATGACAAAGGGCTGAAGCTTTATGATCCAGGATACTTGAACACTGCTCCTGTCCGCTCATCAATTTCTTACATAGATGGAGATGAAGGAATCCTGCGATA
TAGAGGTTATCCAATTGAGGAGTTAGCTGAGAAGAGCACTTATCTTGAGGTGGCTTATCTCTTATTGTATGGAAATTTGCCCTCTCAGTCTCAATTAGCAGATTGGGAATTCGCTGTTTCCCAACATTCAGCGGCACCCGAGGGAGTTATGGATATCATCCAAGCAATGCCTCATGACGCTCATCCGATGGGTATGCTTG
TTAGTGCAATAAGTGCACTTTCTACATTTCATCCAGATGCCAATCCAGCCTTGAGGGGACAAGATCTTTACAATTCAAAATCAATTCGTGACAAGCAGATTGCACGTGTCTTGGGAAAGGTACCAACTATAGCAGCAGCTGCATACTTGAGAATGGCAGGGCGGCCACCTGTTTTGCCTTCCAGTAACCTTTCTTATTCA
GAGAATTTTCTATATATGTTGGACTCACTGGGTGACAGGTCATATAAGCCTAATCCTCGACTAGCAAGAGTCCTTGATGTGCTTTTCATCTTGCATGCGGAGCATGAAATGAACTGTTCAACAGCTGCTGCACGACACCTTGCTTCCAGTGGTGTTGATGTCTATACAGCTCTTGCTGGGGCAACTGGTGCATTGTATGG
TCCTTTACATGGAGGGGCAAATGAGGCTGTTCTCAGAATGCTTAATGAAATTGGCACAGTTGACAACATTCCAGAGTTCATTGAGGGTGTTAAAAACAGGAAGAGAAAAATGTCTGGTTTTGGTCATCGAGTATACAAGAATTATGATCCCCGTGCCAAGGTCATTCGCAACTTAGCAGAAGAAGTGTTCTCTATTGTTG
GACGTGATCCTTTGATTGAGGTGGCTGTGGCGTTAGAGAGGGCTGCGCTTTCAGATGAGTACTTTATTAAAAGGAAGCTCTACCCAAATGTTGATTTTTATTCAGGCTTAATTTACAGGTAGTAACTCTGATTCCTATAGTCTATTTCTTTCAAATAGATGTTTCTCACGTAAACTCTAAAATATTTCTATAAGCTCTAT
ATTCAAAACATTTGTGGCATCTGGAGTTCTTATGTGAAGCCAAGATAGATTCGAAAGCTGTGAGCTGGTTTATATGTCAACAATCATCTGTATATCATCATGTTCCTACAACTGACTTACTTGTACATCAGAGCACTGGGTTTCCCAACTGAGTTCTTCCCAGTACTATTTGCCATTCCACGAATGGCTGGTTATCTTGC
TCATTGGAAGGAGTCACTTGATGATCCAGATACAAAAATCATGAGGCCACAACAGTGGTACACTGGGGTATGGCTTCGGAACTATACCCCTCTGAACAAGAGGGAAGCTTCAGAGGAGGCTGACAAGCTTGGTCAAGTAGCTGTTTCTAATGCAACAAGAAGGCGCCGTGCTGGATTCATTGGATGATTATGTTTGCATT
GGTGGCGAAATTTGTTGGCAGCTTAGATCATGAATTTTTCGTTAGGTAGTATGGTGTCAGATTGATCAGTTTTTACTTTTTACTTGAAGAATGATCAACGCCTACAGATCCTTTTTGTTAGGCCATATAGAGGTCTGGCCTTTGCATCATATTTTCTTTGTGGCTGTCATGTAGTTTATCTACACACTATTATACAAAGA
GTTCAAGAAGTTAAAAGTTGTAAGAACCATGCACTTGCAATTCCTAATTTGCCAGGGTTACGCTCTTCAATAAATTTTCTGGCATTATGAAGAATAAATTCGTCATTGAGGCTCATTTAGGTAAGAAAGAGCCAACAATCTACTTTAAACATGTATATACAATGAAGTACCCTTGGCACGTGGAATTGTGTC

>TRINITY_DN114644_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTCCAAAGTTTGTCCAAAAACCCGAGACTCCTTCATATCACAGAAATCACTCTGTATACATTTTGTATGCCGCAATTCACTATATATACATTGTGTACACAACTCTGATCTACCATTCCAACTCTGAGCTATATTTCCCAATTCTGGTCATTTGGGACCGATTCGGAAGTCTTTTGGGTTTTACAGGGTGTCGTCAA
GTTGCGATCTTGACGCGTTTTGGGCACTTGGGTTCGATCTAATAATGGCGCCTGCGGAAGGTTTTAGCGAAAAATCGATGGCCCACAGCAGATTAGCAGTACTTTCCGGCCATTTATCGGTGTCCCCAGCGGGTTCTTCTTCGGGTATTGAGACTTGTACAGTATCAGTAAAGCCGTTGGGGGATCTAAGAGGTTCTCTG
ACTGTTCTCGATAACCGAACGGGGAAGAAAATTGAAGTCGAAGTCAGCGAAGGAGGAACAGTCCGGGCCACTGATTTCAAAAAGTTAACTATAGGTGGGGATGACAAAGGGCTGAAGCTTTATGATCCAGGATACTTGAACACTGCTCCTGTCCGCTCATCAATTTCTTACATAGATGGAGATGAAGGAATCCTGCGATA
TAGAGGTTATCCAATTGAGGAGTTAGCTGAGAAGAGCACTTATCTTGAGGTGGCTTATCTCTTATTGTATGGAAATTTGCCCTCTCAGTCTCAATTAGCAGATTGGGAATTCGCTGTTTCCCAACATTCAGCGGCACCCGAGGGAGTTATGgtatattctactattaataaaatcttccttttcagtccatttgatgtga
acattgagtttctgttcatccgatttacatattgttaattggcttttttcactctttgttgtgaagtcgacatttgttatgacgctcatcttttcaatttgcacatttatcgcctcagcagctttgatgtagattataatgttgatgttcttattctgcctcttgagtgggattttaattttggtctgcagGATATCATC
CAAGCAATGCCTCATGACGCTCATCCGATGGGTATGCTTGTTAGTGCAATAAGTGCACTTTCTACATTTCATCCAGATGCCAATCCAGCCTTGAGGGTATGCTAGAAGCTTCAAAATATCTTTCTGCTAGATATTTATGGTATTTTTTAACAGATAAATTCACTACCTGAAAATGTTAATGGGAGAAAGGCATTTAACAA
GGCTGGTCATCCTAAGCCTTCACCTATTTGGTATGCTTTAGGAATAGAAATCAATAGATTTTGTATGCACATGTTTAAGGTTCC

Intron 4 GTAGTAACTC ... TGTACATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28	18	7	2.2
A2	18.18	27	6	2.5
A3	17.14	29	6	3.2
A4	28	18	7	3.9
A5	30	7	3	1.3
A6	12.04	95	13	5.5
A7	11.48	54	7	5.1
A8	19.32	71	17	5.7
A9	17.2	77	16	4.5
A10	16.36	46	9	2.7

>TRINITY_DN114644_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTCTTTTTAAGGCATAGCGCTCCAAACCGTTTTGGGACATCTTGCAAGCAAACCAGTTTCCTAGTAAGTGCATATTACATTAGGTAAAAATACTTTCCAATATTAAATCTCACCTTTTGTATTTTTCTTTGCAGTGGTGTTGATGTCTATACAGCTCTTGCTGGGGCAACTGGTGCATTGTATGGTCCTTTACATGGA
GGGGCAAATGAGGCTGTTCTCAGAATGCTTAATGAAATTGGCACAGTTGACAACATTCCAGAGTTCATTGAGGGTGTTAAAAACAGGAAGAGAAAAATGTCTGGTTTTGGTCATCGAGTATACAAGAATTATGATCCCCGTGCCAAGGTCATTCGCAACTTAGCAGAAGAAGTGTTCTCTATTGTTGGACGTGATCCTTT
GATTGAGGTGGCTGTGGCGTTAGAGAGGGCTGCGCTTTCAGATGAGTACTTTATTAAAAGGAAGCTCTACCCAAATGTTGATTTTTATTCAGGCTTAATTTACAGAGCACTGGGTTTCCCAACTGAGTTCTTCCCAGTACTATTTGCCATTCCACGAATGGCTGGTTATCTTGCTCATTGGAAGGAGTCACTTGATGATC
CAGATACAAAAATCATGAGGCCACAACAGTGGTACACTGGGGTATGGCTTCGGAACTATACCCCTCTGAACAAGAGGGAAGCTTCAGAGGAGGCTGACAAGCTTGGTCAAGTAGCTGTTTCTAATGCAACAAGAAGGCGCCGTGCTGGATTCATTGGATGATTATGTTTGCATTGGTGGCGAAATTTGTTGGCAGCTTAG
ATCATGAATTTTTCGTTAGGTAGTATGGTGTCAGATTGATCAGTTTTTACTTTTTACTTGAAGAATGATCAACGCCTACAGATCCTTTTTGTTAGGCCATATAGAGGTCTGGCCTTTGCATCATATTTTCTTTGTGGCTGTCATGTAGTTTATCTACACACTATTATACAAAGAGTTCAAGAAGTTAAAAGTTGTAAGAA
CCATGCACTTGCAATTCCTAATTTGCCAGGGTTACGCTCTTCAATAAATTTTCTGGCATTATGAAGAATAAATTCGTCATTGAGGCTCATTTAGGTAAGAAAGAGCCAACAATCTACTTTAAACATGTATATACAATGAAGTACCCTTGGCACGTGGAATTGTGTC

>TRINITY_DN114644_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTCCAAAGTTTGTCCAAAAACCCGAGACTCCTTCATATCACAGAAATCACTCTGTATACATTTTGTATGCCGCAATTCACTATATATACATTGTGTACACAACTCTGATCTACCATTCCAACTCTGAGCTATATTTCCCAATTCTGGTCATTTGGGACCGATTCGGAAGTCTTTTGGGTTTTACAGGGTGTCGTCAA
GTTGCGATCTTGACGCGTTTTGGGCACTTGGGTTCGATCTAATAATGGCGCCTGCGGAAGGTTTTAGCGAAAAATCGATGGCCCACAGCAGATTAGCAGTACTTTCCGGCCATTTATCGGTGTCCCCAGCGGGTTCTTCTTCGGGTATTGAGACTTGTACAGTATCAGTAAAGCCGTTGGGGGATCTAAGAGGTTCTCTG
ACTGTTCTCGATAACCGAACGGGGAAGAAAATTGAAGTCGAAGTCAGCGAAGGAGGAACAGTCCGGGCCACTGATTTCAAAAAGTTAACTATAGGTGGGGATGACAAAGGGCTGAAGCTTTATGATCCAGGATACTTGAACACTGCTCCTGTCCGCTCATCAATTTCTTACATAGATGGAGATGAAGGAATCCTGCGATA
TAGAGGTTATCCAATTGAGGAGTTAGCTGAGAAGAGCACTTATCTTGAGGTGGCTTATCTCTTATTGTATGGAAATTTGCCCTCTCAGTCTCAATTAGCAGATTGGGAATTCGCTGTTTCCCAACATTCAGCGGCACCCGAGGGAGTTATGGATATCATCCAAGCAATGCCTCATGACGCTCATCCGATGGGTATGCTTG
TTAGTGCAATAAGTGCACTTTCTACATTTCATCCAGATGCCAATCCAGCCTTGAGGGGACAAGATCTTTACAATTCAAAATCAATTCGTGACAAGCAGATTGCACGTGTCTTGGGAAAGGTACCAACTATAGCAGCAGCTGCATACTTGAGAATGGCAGGGCGGCCACCTGTTTTGCCTTCCAGTAACCTTTCTTATTCA
GAGAATTTTCTATATATGTTGGACTCACTGGGTGACAGGTCATATAAGCCTAATCCTCGACTAGCAAGAGTCCTTGATGTGCTTTTCATCTTGCATGCGGAGCATGAAATGAACTGTTCAACAGCTGCTGCACGACACCTTGCTTCCAGTGGTGTTGATGTCTATACAGCTCTTGCTGGGGCAACTGGTGCATTGTATGG
TCCTTTACATGGAGGGGCAAATGAGGCTGTTCTCAGAATGCTTAATGAAATTGGCACAGTTGACAACATTCCAGAGTTCATTGAGGGTGTTAAAAACAGGAAGAGAAAAATGTCTGGTTTTGGTCATCGAGTATACAAGAATTATGATCCCCGTGCCAAGGTCATTCGCAACTTAGCAGAAGAAGTGTTCTCTATTGTTG
GACGTGATCCTTTGATTGAGGTGGCTGTGGCGTTAGAGAGGGCTGCGCTTTCAGATGAGTACTTTATTAAAAGGAAGCTCTACCCAAATGTTGATTTTTATTCAGGCTTAATTTACAGgtagtaactctgattcctatagtctatttctttcaaatagatgtttctcacgtaaactctaaaatatttctataagctctat
attcaaaacatttgtggcatctggagttcttatgtgaagccaagatagattcgaaagctgtgagctggtttatatgtcaacaatcatctgtatatcatcatgttcctacaactgacttacttgtacatcagAGCACTGGGTTTCCCAACTGAGTTCTTCCCAGTACTATTTGCCATTCCACGAATGGCTGGTTATCTTGC
TCATTGGAAGGAGTCACTTGATGATCCAGATACAAAAATCATGAGGCCACAACAGTGGTACACTGGGGTATGGCTTCGGAACTATACCCCTCTGAACAAGAGGGAAGCTTCAGAGGAGGCTGACAAGCTTGGTCAAGTAGCTGTTTCTAATGCAACAAGAAGGCGCCGTGCTGGATTCATTGGATGATTATGTTTGCATT
GGTGGCGAAATTTGTTGGCAGCTTAGATCATGAATTTTTCGTTAGGTAGTATGGTGTCAGATTGATCAGTTTTTACTTTTTACTTGAAGAATGATCAACGCCTACAGATCCTTTTTGTTAGGCCATATAGAGGTCTGGCCTTTGCATCATATTTTCTTTGTGGCTGTCATGTAGTTTATCTACACACTATTATACAAAGA
GTTCAAGAAGTTAAAAGTTGTAAGAACCATGCACTTGCAATTCCTAATTTGCCAGGGTTACGCTCTTCAATAAATTTTCTGGCATTATGAAGAATAAATTCGTCATTGAGGCTCATTTAGGTAAGAAAGAGCCAACAATCTACTTTAAACATGTATATACAATGAAGTACCCTTGGCACGTGGAATTGTGTC