NA ----> NA

Intron 1 GTAAATTCTC ... GTTTCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	1	2	0
A2	50	3	2	4
A3	50	3	3	3
A4	100	0	1	0
A5	100	0	1	0
A6	72.22	5	13	13
A7	60	7	10	11
A8	64.71	3	8	3
A9	66.67	1	3	1
A10	84.62	1	3	8

>TRINITY_DN34273_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTGGAGTTTGTGGGCAACCAAGCTTCAATCCTCGACTCGCCATGCTTGAACTGTATTAATTCACATAAAATTTAGGGGTTGGACTGCATTTGCATATTGAAGTTTTGGGTTGCAAGCCTCGACTGCATTTTGGTTGTTGAGGTTTTGGTTCACTACATTCTCCTAGGTTTTTTGGTGCGACAGCTTTGGAGTTGAAGGT
CGTGGGCGGGTAGGCTACAAGCCTCGGCCCGCCGTGTTTGAACCTACAATTAGGTCTTGAATTTTCCAATTTTGCCTGGATTGTTCAGAGTTGAGGGGAATTTGGAGTGTCCACAGGACGTACGTTGAAGTTGCTAGGTTCGAAGCTTAAGGTCAACACCTCGGCCTGACGTGCTTGAACCTGCGTTTTCCATTTAATGT
TTCGCATTAGAGTGTTGTGGTTTTGGGTTTCTTCCTAGAATTGTTTCGTGTGAAGGGGATTCAGGGTGTGGTCTGGTGTTCTCGTGCGAAGTTTGGGAGGAAAATTTGGTTTGCTTTTGTTGAGGCCTGCAAGCCTCGTCTCGCAGTGCTCAAGCGTGCACTTTGCATTTGGTGTTGAAGTTCCGGAGATTTCGGATATC
GGCTGGTAATCTCTTTCCAAGATTTAGTCGCTCGTCATTAGGGAGAGGTTTGAAGCTTGGGATGGTGTTGCATTGTGGGCATAATTGTCAAATTGTTACCACGGAGCGGTCAATTTTGCAGAGATGATTGGTCAATTTTACAATGGAGAGCATAGAGATGTCAATTGTATAGTGATGAGCCCTTTTCCATTGGGTCATTG
TTAACAAGTTTTTCCACTAGAACTTTAATCCCCTGTTTGGGAATTGTTTTCATGTTGCGATTTCATATATGTGTTGATGGGCATTTGGATATATGGTGGAAATCTTGTTCCTGGTGTTCTTTTGTTTTTTTGTATATCACCCTGATCTAGAACAGTCGATTTTACAATGATAAGTCGTTTTCCATTTGACGATAAGGGAA
ATTTTATTCATGTTTCGATTTCATGTGTTGATAGTCATTTAGATATATGATGGAAATCTTCTTCTTGGTTTTTTTTGTCACGATAATGTGCTTGAAGATGATATCACAACCAACCTGTTGAGCATGGTTCTCATTGATGAAAAGCCATTAGACAAAGGAGTAATAAAAGTTGATGACATGGCAAG

>TRINITY_DN34273_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTGGAGTTTGTGGGCAACCAAGCTTCAATCCTCGACTCGCCATGCTTGAACTGTATTAATTCACATAAAATTTAGGGGTTGGACTGCATTTGCATATTGAAGTTTTGGGTTGCAAGCCTCGACTGCATTTTGGTTGTTGAGGTTTTGGTTCACTACATTCTCCTAGGTTTTTTGGTGCGACAGCTTTGGAGTTGAAGGT
CGTGGGCGGGTAGGCTACAAGCCTCGGCCCGCCGTGTTTGAACCTACAATTAGGTCTTGAATTTTCCAATTTTGCCTGCCTGGATTGTTCAGAGTTGAGGGGAATTTGGAGTGTCCACAGGACGTACGTTGAAGTTGCTAGGTTCGAAGCTTAAGGTCAACACCTCGGCCTGACGTGCTTGAACCTGCGTTTTCCATTTA
ATGTTTCGCATTAGAGTGTTGTGGTTTTGGGTTTCTTCCTAGAATTGTTTCGTGTGAAGGGGATTCAGGGTGTGGTCTGGTGTTCTCGTGCGAAGTTTGGGAGGAAAATTTGGTTTGCTTTTGTTGAGGCCTGCAAGCCTCGTCTCGCAGTGCTCAAGCGTGCACTTTGCATTTGGTGTTGAAGTTTCGGGGATTTCGGA
TATCGGCTGGTAATCTCTTTCCAAGATTTAGTCGCTCGTCATTAGGGAGgtaaattctctttggttttgttcattgtagattttagagtcgataatggcaaatttgatagattttctgcctctgttagttttccaatgaaccgaggtaccaaaaatacaagggatatctcagatggtggtctccaaaattttgtgcatat
gcaaatttgcagtgaatttatgaaaattggaggtaggctcatgttcatgagaatccaaattatgtttctgtagAGGTTTGAAGCTTGGGATGGTGTTGCATTGTGGGCATAATTGTCAAATTGTTACCACGGAGCGGTCAATTTTGCAGAGATGATTGGTCAATTTTACAATGGAGAGCATAGAGATGTCAATTGTATAG
TGATGAGCCCTTTTCCATTGGGTCATTGTTAACAAGTTTTTCCACTAGAACTTTAATCCCCTGTTTGGGAATTGTTTTCATGTTGCGATTTCATATATGTGTTGATGGGCATTTGGATATATGGTGGAAATCTTGTTCCTGGTGTTCTTTTGTTTTTTTGTATATCACCCTGATCTAGAACAGTCGATTTTACAATGATA
AGTCGTTTTCCATTTGACGATAAGGGAAATTTTATTCATGTTTCGATTTCATGTGTTGATAGTCATTTAGATATATGATGGAAATCTTCTTCTTGGTTTTTTTTGTCACGATAATGTGCTTGAAGATGATATCACAACCAACCTGTTGAGCATGGTTCTCATTGATGAAAAGCCATTAGACAAAGGAGTAATAAAAGTTG
ATGACATGGCAAG

Intron 2 GTAAATTCTC ... GATATCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	2	2	0
A2	66.67	1	2	2
A3	63.64	2	3	4
A4	100	0	1	1
A5	100	0	1	0
A6	62.5	6	13	7
A7	47.62	11	10	10
A8	66.67	3	8	4
A9	55.56	2	3	2
A10	47.37	5	3	6

>TRINITY_DN39851_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GGTGGTTGATGTGAAACAGCGCAGGGGTGCCATTCAACACTTCGCATGTTGACGTCGAGCAGGTTTAATTGATTGTAGGTAAATATTAATTGTGTTTTGTCCCTTCGGGTTTGGAATTGGAGTTTGTGGGCAACCAAGCTTCAATCCTCGACTCGCCATATGCTTGAACTGTATTAATTCACATAAAATTTAGGGGTTGG
ACTGCATTTGCATATTGAAGTTTTGGGTTGCAAGCCTCGACTGCATTTTGGTTGTTGAGGTTTTGGTTCACTACATTCTCCTAGGTTTTTTGGTGCGACAGCTTTGGAGTTGAAGGTCGTGGGCGGGTAGGCTACAAGCCTCGGCCCGCCGTGTTTGAACCTACAATTAGGTCTTGAATTTTCCAATTTTGCCTGCCTGG
ATTGTTCAGAGTTGAGGGGAATTTGGAGTGTCCACAGGACGTACGTTGAAGTTGCTAGGTTCGAAGCTTAAGGTCAACACCTCGGCCTGACGTGCTTGAACCTGCGTTTTCCATTTAATGTTTCGCATTAGAGTGTTGTGGTTTTGGGTTTCTTCCTAGAATTGTTTCGTGTGAAGGGGATTCAGGGTGTGGTCTGGTGT
TCTCGTGCGAAGTTTGGGAGGAAAATTTGGTTTGCTTTTGTTGAGGCCTGCAAGCCTCGTCTCGCAGTGCTCAAGCGTGCACTTTGCATTTGGTGTTGAAGTTTCGGGGATTTCGGATATCGGCTGGTAATCTCTTTCCAAGATTTAGTCGCTCGTCATTAGGGAGATGGTGGTCTCCAAAATTTTGTGCATATGCAAAT
TTGCAGTGAATTTATGAAAATTGGAGGTAGGCTCATGTTCATGAGAATCCAAATTATGTTTCTGTGGAGGTTTGAAGCTTGGGATGGTGTTGCATTGTGGGCATAATTGTCAAATTGTTACCAAAGAGCGATCAATTTTGCAGAGATGATTGATCAATTTTACAATGGAGAGCATAGAGATGTCAATTGTATAGTGATGA
GCCCTTTTCCATTGGGTCATTGTTACCAAGTTTTTCCACTAGAACTTTAATCCCCTGTTTGGGAATTGTTTTCATGTTACGATTTCATATATGTGTTGATGGGCATTTGGATATATGGTGGAAATCTTGTTCCTGGTGTTCTTTTGTTTTTTTGTATATCACCCTGATCTAGAACAGTCGATTTTACAATGATAAGTCGT
TTTCCCTTGGACGATCAGGGAAATTTTATTCATGTTTCGATTTCATGTGTTGATAGTCATTTAGATATATGATGGAAATCTTCTTCTTGGTTTTTTTTGTCACGATAATGTGCTTGAAGATGATATCACGACCAACCTGTTGAGCATGGTTGTCATTGATGAGAAGCCATTAAACAAAGGAGTAATAAAAGTTGATGACA
TGGCAAGGACATG

>TRINITY_DN39851_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGTGGTTGATGTGAAACAGCGCAGGGGTGCCATTCAACACTTCGCATGTTGACGTCGAGCAGGTTTAATTGATTGTAGGTAAATATTAATTGTGTTTTGTCCCTTCGGGTTTGGAATTGGAGTTTGTGGGCAACCAAGCTTCAATCCTCGACTCGCCATATGCTTGAACTGTATTAATTCACATAAAATTTAGGGGTTGG
ACTGCATTTGCATATTGAAGTTTTGGGTTGCAAGCCTCGACTGCATTTTGGTTGTTGAGGTTTTGGTTCACTACATTCTCCTAGGTTTTTTGGTGCGACAGCTTTGGAGTTGAAGGTCGTGGGCGGGTAGGCTACAAGCCTCGGCCCGCCGTGTTTGAACCTACAATTAGGTCTTGAATTTTCCAATTTTGCCTGCCTGG
ATTGTTCAGAGTTGAGGGGAATTTGGAGTGTCCACAGGACGTACGTTGAAGTTGCTAGGTTCGAAGCTTAAGGTCAACACCTCGGCCTGACGTGCTTGAACCTGCGTTTTCCATTTAATGTTTCGCATTAGAGTGTTGTGGTTTTGGGTTTCTTCCTAGAATTGTTTCGTGTGAAGGGGATTCAGGGTGTGGTCTGGTGT
TCTCGTGCGAAGTTTGGGAGGAAAATTTGGTTTGCTTTTGTTGAGGCCTGCAAGCCTCGTCTCGCAGTGCTCAAGCGTGCACTTTGCATTTGGTGTTGAAGTTTCGGGGATTTCGGATATCGGCTGGTAATCTCTTTCCAAGATTTAGTCGCTCGTCATTAGGGAGgtaaattctctttggttttgttcattgtagattt
tagagtcgataatggcaaatttgatagattttctgcctctgttagttttccaatgaaccgaggtaccaaaaatacaagggatatctcagATGGTGGTCTCCAAAATTTTGTGCATATGCAAATTTGCAGTGAATTTATGAAAATTGGAGGTAGGCTCATGTTCATGAGAATCCAAATTATGTTTCTGTGGAGGTTTGAAG
CTTGGGATGGTGTTGCATTGTGGGCATAATTGTCAAATTGTTACCAAAGAGCGATCAATTTTGCAGAGATGATTGATCAATTTTACAATGGAGAGCATAGAGATGTCAATTGTATAGTGATGAGCCCTTTTCCATTGGGTCATTGTTACCAAGTTTTTCCACTAGAACTTTAATCCCCTGTTTGGGAATTGTTTTCATGT
TACGATTTCATATATGTGTTGATGGGCATTTGGATATATGGTGGAAATCTTGTTCCTGGTGTTCTTTTGTTTTTTTGTATATCACCCTGATCTAGAACAGTCGATTTTACAATGATAAGTCGTTTTCCCTTGGACGATCAGGGAAATTTTATTCATGTTTCGATTTCATGTGTTGATAGTCATTTAGATATATGATGGAA
ATCTTCTTCTTGGTTTTTTTTGTCACGATAATGTGCTTGAAGATGATATCACGACCAACCTGTTGAGCATGGTTGTCATTGATGAGAAGCCATTAAACAAAGGAGTAATAAAAGTTGATGACATGGCAAGGACATG