NA ----> NA

Intron 1 GTAGTCGACC ... CGAATCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.65	3.5	3.5	6
A2	87.84	2	12	16
A3	71.6	6.5	14.8	17.5
A4	50.45	5	2	8
A5	35.95	3	1.8	1.8
A6	63.05	30	50	53.5
A7	52.89	26	27.8	31.3
A8	60.11	22.8	33.3	36
A9	66.87	40	73	89.3
A10	55.79	31.5	42	38.3

>TRINITY_DN46154_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

GGTTAATTTAATACAATTAATGGCTTTTCCAATCGGTGGGGCATAATTTGAGTTAGGGATCCACGTGGAAACGTTGGTGGGCTAACCGAAAGGCACTACCATGGTTGGGGAAAGAAACGGTTCATTTTTCTTGGAGGAGTTTAACGTTTTCTTGGGGGTTCTTGGGTGGAGGAAAAGAAGGCAGTCGACCTCTTCTTCTG
TGGATGAAAAGAAGGCAGTCGACCTCTGCTTCTGTGGATGAAAATAAGTATACATTGGTTATATTATATATGGGATGACTGCGCAAGGCTTTGGTTGTATTGATGGCGCAGGGCTTAATCCTTGTGAACATAAACCTTTAAAACTCTGGTATGTTCCCTAGAGAATAGATGGTCAAGTCTGGAGTACAGGCTTGGCCTAG
CAGAGAACAACAACACAGCCATGTAAGTGGTTAGAACACGAGATGTGTTCAGGTAGGAGCACTACCTTATGCAGGAGCACTATAGTAACCACTAAGGCTCTGTGTGATTGGTTATAATGACGAGACTTAAAAATCACTATCCTATTTGTGGATCACCATGGCCAACTCAGGGGTGGCCTCTGGATGGACTGAGTAGAATT
TGTCGGAGAGCCTACGGTTGGGTGGAGCGTTGCATTGCCCTAAATAGTTCCCATTAATAATATTTGATGAATAATAATAAGATAAGATATATTATGCGATCTGTGGAAAAGCATCTAAGAGTTTTAGAGCATAAAGTTATAATTAGTAGTACTAATGATTGATACAAGTGTGATGAAGCCAGGTAGAAGAAAGAGGGGAG
AAAACTCTCTTTCAGTTATGTCATTTGGTAAGAAAAGTATGCTTAGTGAAACTAAGGTAATCTTTGATATATATCTCTTATCCTGATACTAGTAAAGAGGAAAGAGATAGGATTACTCAAATATTCTATCTTTAATAGTATCATGGTAATGTAAGAGAAGAGTATTTTCTTATGTCTAATGGTTGCACATGTATTGGAAA
TTATG

>TRINITY_DN46154_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGTTAATTTAATACAATTAATGGCTTTTCCAATCGGTGGGGCATAATTTGAGTTAGGGATCCACGTGGAAACGTTGGTGGGCTAACCGAAAGGCACTACCATGGTTGGGGAAAGAAACGGTTCATTTTTCTTGGAGGAGTTTAACGTTTTCTTGGGGGTTCTTGGGTGGAGGAAAAGAAGGCAGTCGACCTCTTCTTCTG
TGGATGAAAAGAAGGCAGTCGACCTCTGCTTCTGTGGATGAAAATAAGgtagtcgacctctattcctttgaatgaaaagaactcggtcgacctttgctcctgtgcgtgaagcactcaaccgaatctcagTATACATTGGTTATATTATATATGGGATGACTGCGCAAGGCTTTGGTTGTATTGATGGCGCAGGGCTTAAT
CCTTGTGAACATAAACCTTTAAAACTCTGGTATGTTCCCTAGAGAATAGATGGTCAAGTCTGGAGTACAGGCTTGGCCTAGCAGAGAACAACAACACAGCCATGTAAGTGGTTAGAACACGAGATGTGTTCAGGTAGGAGCACTACCTTATGCAGGAGCACTATAGTAACCACTAAGGCTCTGTGTGATTGGTTATAATG
ACGAGACTTAAAAATCACTATCCTATTTGTGGATCACCATGGCCAACTCAGGGGTGGCCTCTGGATGGACTGAGTAGAATTTGTCGGAGAGCCTACGGTTGGGTGGAGCGTTGCATTGCCCTAAATAGTTCCCATTAATAATATTTGATGAATAATAATAAGATAAGATATATTATGCGATCTGTGGAAAAGCATCTAAG
AGTTTTAGAGCATAAAGTTATAATTAGTAGTACTAATGATTGATACAAGTGTGATGAAGCCAGGTAGAAGAAAGAGGGGAGAAAACTCTCTTTCAGTTATGTCATTTGGTAAGAAAAGTATGCTTAGTGAAACTAAGGTAATCTTTGATATATATCTCTTATCCTGATACTAGTAAAGAGGAAAGAGATAGGATTACTCA
AATATTCTATCTTTAATAGTATCATGGTAATGTAAGAGAAGAGTATTTTCTTATGTCTAATGGTTGCACATGTATTGGAAATTATG

Intron 2 GTGCGTGAAG ... CGAATCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.55	5	5	7
A2	69.57	7	16	16
A3	68.97	9	20	20
A4	47.06	9	7	9
A5	45.45	3	2	3
A6	66.48	30	58	61
A7	54.89	30	35	38
A8	58.62	30	44	41
A9	67.02	47	95	96
A10	66.43	24	52	43

>TRINITY_DN46154_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAGGCAGTCGACCTTTGCTTCTATGGATGAAAATAAGGTAGTCGACCTCTATTCCTTTGAATGAAAAGAACTCGGTCGACCTTTGCTCCTTATACATTGGTTATATTATATATGGGATGACTGCGCAAGGCTTTGGTTGTATTGATGGCGCAGGGCTTAATCCTTGTGAACATAAACCTTTAAAACTCTGGTATGTTCC
CTAGAGAATAGATGGTCAAGTCTGGAGTACAGGCTTGGCCTAGCAGAGAACAACAACACAGCCATGTAAGTGGTTAGAACACGAGATGTGTTCAGGTAGGAGCACTACCTTATGCAGGAGCACTATAGTAACCACTAAGGCTCTGTGTGATTGGTTATAATGACGAGACTTAAAAATCACTATCCTATTTGTGGATCACC
ATGGCCAACTCAGGGGTGGCCTCTGGATGGACTGAGTAGAATTTGTCGGAGAGCCTACGGTTGGGTGGAGCGTTGCATTGCCCTAAATAGTTCCCATTAATAATATTTGATGAATAATAATAAGATAAGATATATTATGCGATCTGTGGAAAAGCATCTAAGAGTTTTAGAGCATAAAGTTATAATTAGTAGTACTAATG
ATTGATACAAGTGTGATGAAGCCAGGTAGAAGAAAGAGGGGAGAAAACTCTCTTTCAGTTATGTCATTTGGTAAGAAAAGTATGCTTAGTGAAACTAAGGTAATCTTTGATATATATCTCTTATCCTGATACTAGTAAAGAGGAAAGAGATAGGATTACTCAAATATTCTATCTTTAATAGTATCATGGTAATGTAAGAG
AAGAGTATTTTCTTATGTCTAATGGTTGCACATGTATTGGAAATTATG

>TRINITY_DN46154_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGTTAATTTAATACAATTAATGGCTTTTCCAATCGGTGGGGCATAATTTGAGTTAGGGATCCACGTGGAAACGTTGGTGGGCTAACCGAAAGGCACTACCATGGTTGGGGAAAGAAACGGTTCATTTTTCTTGGAGGAGTTTAACGTTTTCTTGGGGGTTCTTGGGTGGAGGAAAAGAAGGCAGTCGACCTCTTCTTCTG
TGGATGAAAAGAAGGCAGTCGACCTCTGCTTCTGTGGATGAAAATAAGGTAGTCGACCTCTATTCCTTTGAATGAAAAGAACTCGGTCGACCTTTGCTCCTgtgcgtgaagcactcaaccgaatctcagTATACATTGGTTATATTATATATGGGATGACTGCGCAAGGCTTTGGTTGTATTGATGGCGCAGGGCTTAAT
CCTTGTGAACATAAACCTTTAAAACTCTGGTATGTTCCCTAGAGAATAGATGGTCAAGTCTGGAGTACAGGCTTGGCCTAGCAGAGAACAACAACACAGCCATGTAAGTGGTTAGAACACGAGATGTGTTCAGGTAGGAGCACTACCTTATGCAGGAGCACTATAGTAACCACTAAGGCTCTGTGTGATTGGTTATAATG
ACGAGACTTAAAAATCACTATCCTATTTGTGGATCACCATGGCCAACTCAGGGGTGGCCTCTGGATGGACTGAGTAGAATTTGTCGGAGAGCCTACGGTTGGGTGGAGCGTTGCATTGCCCTAAATAGTTCCCATTAATAATATTTGATGAATAATAATAAGATAAGATATATTATGCGATCTGTGGAAAAGCATCTAAG
AGTTTTAGAGCATAAAGTTATAATTAGTAGTACTAATGATTGATACAAGTGTGATGAAGCCAGGTAGAAGAAAGAGGGGAGAAAACTCTCTTTCAGTTATGTCATTTGGTAAGAAAAGTATGCTTAGTGAAACTAAGGTAATCTTTGATATATATCTCTTATCCTGATACTAGTAAAGAGGAAAGAGATAGGATTACTCA
AATATTCTATCTTTAATAGTATCATGGTAATGTAAGAGAAGAGTATTTTCTTATGTCTAATGGTTGCACATGTATTGGAAATTATG