sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH ----> Putative ribonuclease H protein At1g65750

Intron 1 GTCAGTTAAG ... GCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56	11	20	8
A2	100	0	8	4
A3	64.71	3	9	2
A4	100	0	7	4
A5	63.64	8	23	5
A6	76.19	5	21	11
A7	76.47	6	18	21
A8	81.48	5	25	19
A9	80	3	8	16
A10	75	2	9	3

>TRINITY_DN42283_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

TGGTGGGAATCTTACGGCATCCCTGGCATATGATACTTTCTTTCCAACTCCTGTCGATCCTGAATGGTGGCATACTAAAGTGTGGAGCGGGCGAATTCCACAAAAGATCAAAATTTTAATATGGCTTGGGTTGGTTGGGAAATTATTATTCTGGGAAAATCTCCAGCGGCGTGGTTTTAGTGGTCCGAGTGTCTGTTCAC
TGTGTAACATGGAGGAAGACTCGGGCTGTCATTTATTTCTATTCTGTCCCTTCATTATTAAAGTGTGGGATGAAGTGCGGGTTTTGGAGGATGGACTTCCTGTTTGGACAGCCATTTCTTTGGCCGATGGCTTTCATAACTGGTTCAGGATCAGTCTCCGGTTGGTTGCATTAGCATGTATGGTTTTGGGGGAAGTTTGG
AAGGCTAGAAACCTGGCATTATTTGAAGGGAAATTTTTTCGATCGACATGGGTGGCAGGTAAAGCTTGGGCTGCTTATAAGGAGTTCTGGGAATCATCTAGGTGGCTGGTGACTCGCCTGTGATGGTGAATTGGGCTTTGGGAAGGACCAGGTGGCTGGTGACTCGCCTGGTCCTTTACATGTGATATCTCTTAAGCCTT
GGTTGAATCAGATCGAGTCATTTATCCAGGTATTGAAGGCCATACAGTTCATCCATATTCCTTGATTGGAAAATGACAAGGCAGATTTTATTTCAAAGCAGGCACTTTGTGAGGTGGAGGGTAGCCTTTTTTTATGAATTCTGGGATGCTGATGTTCTTCGGGATTCAGGCAGCTATTTTTTGTATGGACCTTGATTTAG
TTCGATGGTTAGTTGTTGGGTCTGGTGACTGTTGCTGCGGGTTGTCATGTCTCTTTTTTATCTTCCTTCATGGTTTGTATATCTTTTTTGTATGTCTTAGGGAACGTTTCTCTTTCTTGCACAAGGAGCTGGTTTCTTTTCTTCTTTGGGTGGCATTGATTTTGTAATGATTATGAAAGTTAGCTGTAATTCCTTCGTAT
ACTTAATATTAAAATATAGTTTTTATCGAGTGGA

>TRINITY_DN42283_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGGTGGGAATCTTACGGCATCCCTGGCATATGATACTTTCTTTCCAACTCCTGTCGATCCTGAATGGTGGCATACTAAAGTGTGGAGCGGGCGAATTCCACAAAAGATCAAAATTTTAATATGGCTTGGGTTGGTTGGGAAATTATTATTCTGGGAAAATCTCCAGCGGCGTGGTTTTAGTGGTCCGAGTGTCTGTTCAC
TGTGTAACATGGAGGAAGACTCGGGCTGTCATTTATTTCTATTCTGTCCCTTCATTATTAAAGTGTGGGATGAAGTGCGGGTTTTGGAGGATGGACTTCCTGTTTGGACAGCCATTTCTTTGGCCGATGGCTTTCATAACTGGTTCAGGATCAGTCTCCGGTTGGTTGCATTAGCATGTATGGTTTTGGGGGAAGTTTGG
AAGGCTAGAAACCTGGCATTATTTGAAGGGAAATTTTTTCGATCGACATGGGTGGCAGGTAAAGCTTGGGCTGCTTATAAGGAGTTCTGGGAATCATCTAGgtcagttaagaactctcagagtggtaagcttcctgcattttctttttctggtgcgtatggcatgttcgacggggcttcccattaattggattccaaatg
tggtactggtggttacatctttttttgaatgatcgctgtcattttaatatatggatgaatgtgggtatgggatcaaatacccggagtgaggtatgtgcactgtgggtattattatattttgttaattttcgatagctggagcttttgcagGTGGCTGGTGACTCGCCTGTGATGGTGAATTGGGCTTTGGGAAGGACCAG
GTGGCTGGTGACTCGCCTGGTCCTTTACATGTGATATCTCTTAAGCCTTGGTTGAATCAGATCGAGTCATTTATCCAGGTATTGAAGGCCATACAGTTCATCCATATTCCTTGATTGGAAAATGACAAGGCAGATTTTATTTCAAAGCAGGCACTTTGTGAGGTGGAGGGTAGCCTTTTTTTATGAATTCTGGGATGCTG
ATGTTCTTCGGGATTCAGGCAGCTATTTTTTGTATGGACCTTGATTTAGTTCGATGGTTAGTTGTTGGGTCTGGTGACTGTTGCTGCGGGTTGTCATGTCTCTTTTTTATCTTCCTTCATGGTTTGTATATCTTTTTTGTATGTCTTAGGGAACGTTTCTCTTTCTTGCACAAGGAGCTGGTTTCTTTTCTTCTTTGGGT
GGCATTGATTTTGTAATGATTATGAAAGTTAGCTGTAATTCCTTCGTATACTTAATATTAAAATATAGTTTTTATCGAGTGGA

Intron 2 GTAAAGCTTG ... GCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	16	12
A2	100	0	10	5
A3	100	0	5	2
A4	100	0	8	6
A5	100	0	8	4
A6	100	0	8	9
A7	90.91	2	16	24
A8	92.73	2	26	25
A9	86.21	2	6	19
A10	81.82	1	6	3

>TRINITY_DN42551_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TTCGATCGACATGGGTGGCAGGTGGCTGGTGATTCGCCTGTGGTGGTGAATTGGGCTTTGGGTCGGGGTCCTTTACATGTGATATCTCTTAAGCCTTGGTTGAATCAGATCGAGTCATTTATCCAGGTATTGAAGGCCATACAGTTCATCCATATTCCTTGATTGGAAAATGACAAGGCAGATTTTATTTCAAAGCAGGC
ACTTTGTGAGGTGGAGGGTAGCCTTTTTTTATGAATTCTGGGATGCTGATGTTCTTCGGGATTCAGGCAGCTATTTTTTGTATGGACCTTGATTTAGTTCGATGGTTAGTTGTTGGGTCTGGTGACTGTTGCTGCGGGTTGTCATGTCTCTCTTTTATCTTCCTTCATGGTTTGTATATCCTTTTTGTATGTCTTATGGG
ACGTTTCTCTTTCTTGCACAAGGGGCTGGTTTCTTTTCTTCTTTGGGTGGCATTGATTTTGTAATGATTATGAAAGTTAGCTATAATTCCTTCATATACTTAATATTAAAGTATAGTTTTTATCGAGTGGAAAAAAAGGTCATTGTATCATTTTACATTTTACAATATATGCGCCACGCCCA

>TRINITY_DN42551_c1_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTCCCAGCAAGGCATGAGTAGACTTATCATCAGAGCTAAGACTGATAATCAGATTGCAGGGTTAAAAATCACCAAGAATTTCTCAGTTACCCACCAATTATTCGCAGATGATGTATTGCTGTTCGGTAAGGCATGTATCAGAGAATGGACAAATTTGAAAGGTATGATTGATCTGTTTAGCTCTACTTCTGGAATGATT
ATAAATGAGGTCAAATCGATCCTTCTGGAACATCAGCTTGATGAACAACTAAGGAGGGAGCTGCTTGTATTAATGCATTTCAAGATTAAGGCGTTGGAGGATGGTACGGTTTATCTGGGCTACTTCATTAAGCCGAATGCCTATCGAATTCTGGACCGGTCTTGGCTGTTGCAGAGATTTGACAAGAGGCTACATAAATG
GTGTTGGCGATGGTTGTTTATGGGTGGCCGTTTAACATTGGTTAAGTCAGCTCTGCAAAAAACATCGGGGTTTACTGGTTCTCTTTGTGCAAGGTACCAAAGTCTGTTTTATCGGCTATCCGGAGGAAAATCTTCACTTTTATCTGGCCCGGGCAGAATGTTCATAAATGGCACCTCGTGGAATGACAGAGATTGGCGTC
TCCCTATAATTGGGGGGCTGGGCAATTAAAAATATCAATTGTTTTTCTGCAGCGTTGCTTGCCAAGAGCTTATGGCGGGCTCTTTTGATGGATGGCCTTTGGGGATCGGTGGTAAGGGACAAATATTTACAGGGGCAATCGGTGTCGTCGTTTCTCCGGGGGGGTTGCAAGCTGATTAAAAATATATCAAATATATGGGC
TGGTCTCACTTCAACTGCTCCGATTCTAGCTGATTGGATGGCTTGGGAGGTGGGGAATGGTCGACAGATTTTGCTGGGAGCGGATCCTATTATGGGTGGGCCGAGTCAATACCAATTATCGTAGGAGCTGAGGTTTTTTCTGAACTCGAATGGTTATTATACTTTGTACCATGCTGCCCCGGTGGTGTTTTCAGGTAGCC
CATTGCAGGAATGGGTCAGCGCGTCACAACTGAGTTTAAATGGTACACTGGCTGGGGAATGGTCGCAGTATACACTTGCCTTAAAACGTGGGAACATTAGACTGTCAGCGGGTCCAGACTCATTGGTTTGGTCGAGAAATTCTTCTGGTGGGAATCTTACGGCATCCCTGGCATATGATACTTTCTTTCCAACTCCTGTC
GATCCTGAATGGTGGCATACTAAAGTGTGGAGCGGGCGAATTCCACAAAAGATCAAAATTTTAATATGGCTTGGTGGGAATCTTACGGCATCCCTGGCATATGATACTTTCTTTCCAACTCCTGTCGATCCTGAATGGTGGCATACTAAAGTGTGGAGCGGGCGAATTCCACAAAATATCAAAATTTTAATATGGCTCGG
GTTGGTTGGGAAATTATTATTCTGGGAAAATCTCCAGCGGCGTGGTTTTAGTGGTCCGATTGTCTGTTCACTGTGTAACATGGAGGAAGACTCGGGCTGTCATTTATTTCTATTCTGTCCCTTCATTATTAAAGTGTGGGATGAAGTGCGGGTTTTGGAGGATGGACTTCCTGTTTGGACAGCCATTTCTTTGGCCGATG
GCTTTCATAACTGGTTCAGGATCAGTCTCCGGTTGGTTGCATTAGCATGTATGGTTTTGGGGGAAGTTTGGAAGGCTAGAAACCTGGCATTATTTGAAGGGAAATTTTTTCGATCGACATGGGTGGCAGgtaaagcttgggctgcttataaggagttttgggaatcatctatgtggtactggtggttacatttttttgaa
tgatcgctgtcattttaatatatggatgaatgtgggtatgggatcaaatatccggagtgaggtatgtgtattgtgggcattattatattttgttaattttcgatagctggagcttttgcagGTGGCTGGTGATTCGCCTGTGGTGGTGAATTGGGCTTTGGGTCGGGGTCCTTTACATGTGATATCTCTTAAGCCTTGGT
TGAATCAGATCGAGTCATTTATCCAGGTATTGAAGGCCATACAGTTCATCCATATTCCTTGATTGGAAAATGACAAGGCAGATTTTATTTCAAAGCAGGCACTTTGTGAGGTGGAGGGTAGCCTTTTTTTATGAATTCTGGGATGCTGATGTTCTTCGGGATTCAGGCAGCTATTTTTTGTATGGACCTTGATTTAGTTC
GATGGTTAGTTGTTGGGTCTGGTGACTGTTGCTGCGGGTTGTCATGTCTCTCTTTTATCTTCCTTCATGGTTTGTATATCCTTTTTGTATGTCTTATGGGACGTTTCTCTTTCTTGCACAAGGGGCTGGTTTCTTTTCTTCTTTGGGTGGCATTGATTTTGTAATGATTATGAAAGTTAGCTATAATTCCTTCATATACT
TAATATTAAAGTATAGTTTTTATCGAGTGGAAAAAAAGGTCATTGTATCATTTTACATTTTACAATATATGCGCCACGCCCA