NA ----> NA

Intron 1 GTAACAAGTC ... TTGGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	846	846	5
A2	50.15	1003	1009	5
A3	50.04	1300	1302	4
A4	50	982	982	10
A5	50.04	2886	2891	1
A6	61.43	27	43	14
A7	66.67	7	14	8
A8	45.45	18	15	13
A9	56.25	14	18	1
A10	71.43	2	5	5

>TRINITY_DN41793_c0_g4_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TATGAGGCTCTCTATTTCACACATTCCGAGATTGCAATTGGAGTAAGTACTGAAACCCTAACCCAAACCCTAACCAAGCCCTTTATTTGCAGGGCTTTGAAAACAGATCTTGTAAGTGTTGAACGGTGCTCGCTCTTTTCAAATCTACTCTCTCTCGGTGTGTGTATGGAAGGACATGAAGAAAAATCATCGCATTTCTG
ATGCAATTATCTTCGTATATTTGCTTGATGATACCTGCACGTCAGTCTGATCCTTCTCCATTTTTAAGCCTTCACATTCCTTCCTTTGTTCTATGAAAAGATTGTTATGTATTCAGTTTTTGCCGCGAGGCGCTAAGCTTATCGACGGTCGAGTGCTAAGAAAGTATTGTTCTCAGTTCTCAACATAATCGTAAGCAATA
TCAAATTTATAGCCGGCCCTGCTTATAGCTTCCTTCATTGCTATGTTGAAAGGGTGAGAAGCATGGCCGACGCGGTGCTTTTTGAAGAACGGATTTGAAAGGGTTTCAGTTTCAGGGTTCTACGCTGTTTATTTTTTTTGTTAGTGTTATTGTGCCGTGCAAGGGTTCGTACATGTAGCCGTGATTTCAATCTTGTAGGG
TTTAGTCTTTCATTTAAGGTATATTTGCTATTTGGGTTCCATCGTTACGGTTGTTGGACTCGTAAGGCTTCCACACGTATGGTTGATATCAAGCTTTTCGAGTTTATGGTCTTCATTGCTAGGGTTATGTGCTTTGTATGCTTCCGATCATTTCTCTATTGAAGGGTAACAATTCTACGAAATTTATTATGGTTATTACA
AACGAATCTTACTGAGACTCTTTTCTGTGTTTTCCCCTTTTTTGAAACATAGATCTATTAATGTTGTG

>TRINITY_DN41793_c0_g4_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TATGAGGCTCTCTATTTCACACATTCCGAGATTGCAATTGGAGTAAGTACTGAAACCCTAACCCAAACCCTAACCAAGCCCTTTATTTGCAGGGCTTTGAAAACAGATCTTGTAAGTGTTGAACGGTGCTCGCTCTTTTCAAATCTACTCTCTCTCGGTGTGTGTATGGAAGGACATGAAGAAAAATCATCGCATTTCTG
ATGCAATTATCTTCGTATATTTGCTTGATGATACCTGCACGTCAGTCTGATCCTTCTCCATTTTTAAGCCTTCACATTCCTTCCTTTGTTCTATGAAAAGATTGTTATGTATTCAGTTTTTGCCGCGAGGCGCTAAGCTTATCGACGGTCGAGTGCTAAGAAAGTATTGTTCTCAGTTCTCAACATAATCGTAAGCAATA
TCAAATTTATAGCCGGCCCTGCTTATAGCTTCCTTCATTGCTATGTTGAAAGGGTGAGAAGCATGGCCGgtaacaagtctgcccctctttatttcaatttttaattatctttgggtattacagcacaatctgtgttaagtaactacttgtcttttgcccctggtttggttttagACGCGGTGCTTTTTGAAGAACGGATT
TGAAAGGGTTTCAGTTTCAGGGTTCTACGCTGTTTATTTTTTTTGTTAGTGTTATTGTGCCGTGCAAGGGTTCGTACATGTAGCCGTGATTTCAATCTTGTAGGGTTTAGTCTTTCATTTAAGGTATATTTGCTATTTGGGTTCCATCGTTACGGTTGTTGGACTCGTAAGGCTTCCACACGTATGGTTGATATCAAGCT
TTTCGAGTTTATGGTCTTCATTGCTAGGGTTATGTGCTTTGTATGCTTCCGATCATTTCTCTATTGAAGGGTAACAATTCTACGAAATTTATTATGGTTATTACAAACGAATCTTACTGAGACTCTTTTCTGTGTTTTCCCCTTTTTTGAAACATAGATCTATTAATGTTGTG

Intron 2 GTGAGAAGCA ... TTGGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63	813.5	1378	5
A2	61.81	1002	1616	5
A3	61.55	1340	2135	4
A4	61.63	986	1578	10
A5	61.14	2761.5	4324	1
A6	74.66	18.5	54.5	14
A7	76.19	5	16	8
A8	57.14	12	16	13
A9	90.91	2	20	1
A10	66.67	3	6	5

>TRINITY_DN47063_c0_g5_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CGAGATTGCAATTGGAGTAAGTACTGAAACCCTAACCCAAACCCTAACCAAGCCCTTTATTTGCAGGGCTTTGAAAACAGATCTTGTAAGTGTTGAACGGTGCTCGCTCTTTTAAAATCTACTCTCTCTCGGTGTGTGTATGGAAGGACATGAAGAAAAATCATCGCATTTCTGATGCAATTATCTTCGTATATTTGCCT
GATGATACCTGCACGTCAGTCTGATCCTTCTCCATTTTTAAGCCTTCACATTCCTTCCTTTGTTCTATGAAAAGATTGTTATGTATTCAGTTTTTGCCGCGAGGCGCTAAGCTTATCGACGGTCGAGTGCTAAGAAAGTATTGTTCTCAGTTCTCAACATAATCGTAAGCAATATCAAATTTATAGCCGGCCCTGCTTAT
AGCTTCCTTCATTGCTATGTTGAAAGGACGCGGTGCTTTTTGAAGAACGGATTTGAAAGGGTTTCAGTTTCAGGGTTCTACGCTGTTTATTTTTTTTGTTAGTGTTATTGTGCCGTGCAAGGGTTCGTACATGTAGCCGTGATTTCAATCTTGTAGGGTTTAGTCTTTCATTTAAGGTATATTTGCTATTTGGGTTCCAT
CGTTACGGTTGTTGGACTCGTAAGGCTTCCACACGTATGGTTGATATCAAGCTTTTCGAGTTTATGGTCTTCATTGCTAGGGTTATGTGCTTTGTATGCTTCCGATCATTTCTCTATTGAAGGGTAACAATTCTACGAAATTTATTATGGTTATTACAAACGAA

>TRINITY_DN47063_c0_g5_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGAGATTGCAATTGGAGTAAGTACTGAAACCCTAACCCAAACCCTAACCAAGCCCTTTATTTGCAGGGCTTTGAAAACAGATCTTGTAAGTGTTGAACGGTGCTCGCTCTTTTAAAATCTACTCTCTCTCGGTGTGTGTATGGAAGGACATGAAGAAAAATCATCGCATTTCTGATGCAATTATCTTCGTATATTTGCCT
GATGATACCTGCACGTCAGTCTGATCCTTCTCCATTTTTAAGCCTTCACATTCCTTCCTTTGTTCTATGAAAAGATTGTTATGTATTCAGTTTTTGCCGCGAGGCGCTAAGCTTATCGACGGTCGAGTGCTAAGAAAGTATTGTTCTCAGTTCTCAACATAATCGTAAGCAATATCAAATTTATAGCCGGCCCTGCTTAT
AGCTTCCTTCATTGCTATGTTGAAAGGgtgagaagcatggccggtaacaagtctgcccctctttatttcaatttttaattatctttgggtattacagcacaatctgtgttaagtaactacttgtcttttgcccctggtttggttttagACGCGGTGCTTTTTGAAGAACGGATTTGAAAGGGTTTCAGTTTCAGGGTTCT
ACGCTGTTTATTTTTTTTGTTAGTGTTATTGTGCCGTGCAAGGGTTCGTACATGTAGCCGTGATTTCAATCTTGTAGGGTTTAGTCTTTCATTTAAGGTATATTTGCTATTTGGGTTCCATCGTTACGGTTGTTGGACTCGTAAGGCTTCCACACGTATGGTTGATATCAAGCTTTTCGAGTTTATGGTCTTCATTGCTA
GGGTTATGTGCTTTGTATGCTTCCGATCATTTCTCTATTGAAGGGTAACAATTCTACGAAATTTATTATGGTTATTACAAACGAA