sp|Q8GWV5|PUB3_ARATH ----> U-box domain-containing protein 3

Intron 1 GTATAATAAT ... AAAACGAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.57	29	61	21
A2	66.67	34	96	40
A3	54.74	43	72	32
A4	58.46	27	52	24
A5	57.89	12	27	6
A6	55.27	87	159	56
A7	57.09	62	108	57
A8	55.7	35	66	22
A9	62.15	74	175	68
A10	61.25	56	137	40

>TRINITY_DN35422_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GTGGGGGTGTTTGGTAAGCATCCGAGGGAAAATAATTGATATATATAATCTGTGGTGGGTGGTTGTGATTGTAGTTGTAAGGCGAGCCTGGTTTATTCTGTTTTTTTGTTTTGTCGTCAGGATGGCGAATGATGGAGATGAGAAGAAGAGCAGTAGCAGCATGGAGGAGATTGTGTGGTATGTGTTGAATGGAGGGGAAG
AAGTTAAAATCAGTGCTGCTAAGGAGATCCGTAGGATGACCAAGACATCTGCAAAGAACAGAGCTCGTTTGGCAGCTGCAGGAACAAAGTTACAATAATCAAGGCTGGTGTAATTGAGCCCCTTGTGGATCTTTTGAAGTCAGAAAATAACAACTTGAAGGAATTTGCTGCTGCAGCAACATTGACACTTTCAGCGTCTA
ATATCAACAAGCCAATTATTGGTCAGTCTGGGGCTACCCCATTGCTGATTGAAATGTTGACATCAAGTAGCCATCAAGGTAAGGTTGATGCAGTCATGGCGCTGTACAACCTTTCAACATACTCAGATAATTTAACAACTATCCTTTCTGTGGGGCCTGTGCCACCTTTGATAGCATTGCTCAAAGAGTGCAAGAAATGT
TCTAAAGTTGCTGAAAAAGTTAGTGCATTGTTGGAGTCTTTATCAGCTTTTGAAGAAGCAAGGACAAGTATAGCAATGGAGGAAGGAGGAATCCTTGCACTAGTGGAAGTGATTGAAGATGGATCTCTGCAGAGCCGGGAACATGCAGTGGGAGCTCTTCTAACAATGTGTCAAAGCAGTAGATGCAAGTATAGGGAGGC
TATCCTGAAAGAGGGAGTTATTCCAGGACTTCTTGAGCTCACCATTTATGGAACACCTAAAGCCCAGGAAAGGGCTCGTACCCTTTTGCCATTTCTAAGGGAATCTCCTTCCTGGACTCAAAATGGTTCGGCATCTGCTGTACTTGAGAATATTGTTTATGATATCGCTATACATGTTGATGGTGTGGATAAAGGAACTG
AAACTGCTAAAAAGATGCTTGCAGATATGGTTCAAGTGAGTGTGGAACAGAGAATGAGACATTTACCACAGACAGCACTTGTCTGCATCCCCTCAGATTTTTCTCGGTCTCATAACCTAGCGAAAGTGCCCTAGATCTAGTACATTTGCTCATTTTTGTACATCTAGTATATTTTCTCATTTTTGTACCAATAATGTACA
GATAGTATCTAAACTGAAGCTTTATCTATGAATTATTTTGCCAGTCCAGGCCATGTAGTGGTATCGAGTGACTGGTTAGGGATCTTACTGGGTCATTTACCAACATTTCTGAATAGTAATAAGGTATTTATTACATTTTTCCATTTTGAGCAGCCAGATGGAGGCCCTCCTTTTAAGAAAGGGCACAATGGTTGAACTGT
GTAACAAAACTATTTGTCATGAAGAATAGCAGAATCCAAGTGGGATCCTTTTTAGCTACAAAATTTAAACAAATTGATTGTATTTAGTTTCATTTATTTTGTTCTTAATGAGTATATTAGCTTAGAAGTAA

>TRINITY_DN35422_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTGGGGGTGTTTGGTAAGCATCCGAGGGAAAATAATTGATATATATAATCTGTGGTGGGTGGTTGTGATTGTAGTTGTAAGGCGAGCCTGGTTTATTCTGTTTTTTTGTTTTGTCGTCAGGATGGCGAATGATGGAGATGAGAAGAAGAGCAGTAGCAGCATGGAGGAGATTGTGTGGTATGTGTTGAATGGAGGGGAAG
AAGTTAAAATCAGTGCTGCTAAGGAGATCCGTAGGATGACCAAGACATCTGCAAAGAACAGAGCTCGTTTGGCAGCTGCAGgtataataattccactggtatcgatgctccagtctgctaatatggaggccaaggaggccgctgtcttggcccttcttaacctcgctgtaaaaaacgagagGAACAAAGTTACAATAATC
AAGGCTGGTGTAATTGAGCCCCTTGTGGATCTTTTGAAGTCAGAAAATAACAACTTGAAGGAATTTGCTGCTGCAGCAACATTGACACTTTCAGCGTCTAATATCAACAAGCCAATTATTGGTCAGTCTGGGGCTACCCCATTGCTGATTGAAATGTTGACATCAAGTAGCCATCAAGGTAAGGTTGATGCAGTCATGGC
GCTGTACAACCTTTCAACATACTCAGATAATTTAACAACTATCCTTTCTGTGGGGCCTGTGCCACCTTTGATAGCATTGCTCAAAGAGTGCAAGAAATGTTCTAAAGTTGCTGAAAAAGTTAGTGCATTGTTGGAGTCTTTATCAGCTTTTGAAGAAGCAAGGACAAGTATAGCAATGGAGGAAGGAGGAATCCTTGCAC
TAGTGGAAGTGATTGAAGATGGATCTCTGCAGAGCCGGGAACATGCAGTGGGAGCTCTTCTAACAATGTGTCAAAGCAGTAGATGCAAGTATAGGGAGGCTATCCTGAAAGAGGGAGTTATTCCAGGACTTCTTGAGCTCACCATTTATGGAACACCTAAAGCCCAGGAAAGGGCTCGTACCCTTTTGCCATTTCTAAGG
GAATCTCCTTCCTGGACTCAAAATGGTTCGGCATCTGCTGTACTTGAGAATATTGTTTATGATATCGCTATACATGTTGATGGTGTGGATAAAGGAACTGAAACTGCTAAAAAGATGCTTGCAGATATGGTTCAAGTGAGTGTGGAACAGAGAATGAGACATTTACCACAGACAGCACTTGTCTGCATCCCCTCAGATTT
TTCTCGGTCTCATAACCTAGCGAAAGTGCCCTAGATCTAGTACATTTGCTCATTTTTGTACATCTAGTATATTTTCTCATTTTTGTACCAATAATGTACAGATAGTATCTAAACTGAAGCTTTATCTATGAATTATTTTGCCAGTCCAGGCCATGTAGTGGTATCGAGTGACTGGTTAGGGATCTTACTGGGTCATTTAC
CAACATTTCTGAATAGTAATAAGGTATTTATTACATTTTTCCATTTTGAGCAGCCAGATGGAGGCCCTCCTTTTAAGAAAGGGCACAATGGTTGAACTGTGTAACAAAACTATTTGTCATGAAGAATAGCAGAATCCAAGTGGGATCCTTTTTAGCTACAAAATTTAAACAAATTGATTGTATTTAGTTTCATTTATTTT
GTTCTTAATGAGTATATTAGCTTAGAAGTAA

Intron 2 GTAAGCATCC ... TTGTCGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	26
A2	97.06	1	1	33
A3	100	0	4	41
A4	100	0	6	28
A5	100	0	0	20
A6	100	0	2	75
A7	98.41	1	5	62
A8	100	0	3	34
A9	100	0	2	60
A10	97.37	2	4	74

>TRINITY_DN40932_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CACGCCTCTGCAGCACATAGATGCTAGGAAGGAGGGGATTCCCGCTGCCTGCGCTGCTTGACGATTGAAAAATCGAAGAATGCGAGATGCGCAGTTGTTAATGGTGGTTGCAGAGGATAAGGCCTAATAAAAAAAAATTATTATATTAAAAAAGATCTGAGAGTCGTTTGAGGTAGTCGTTGTGGGGGTGTTTGGATGGC

GAATGATGGAGG

>TRINITY_DN40932_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CACGCCTCTGCAGCACATAGATGCTAGGAAGGAGGGGATTCCCGCTGCCTGCGCTGCTTGACGATTGAAAAATCGAAGAATGCGAGATGCGCAGTTGTTAATGGTGGTTGCAGAGGATAAGGCCTAATAAAAAAAAATTATTATATTAAAAAAGATCTGAGAGTCGTTTGAGGTAGTCGTTGTGGGGGTGTTTGgtaagc
atccgagggaaaataattgatatatataatctgtggtgggtggttgtgattgtagttgtaaggcgagcctggtttattctgtttttttgttttgtcgtcagGATGGCGAATGATGGAGATGAGAAGAAGAGCAGTAGCAGCATGGAGGAGATTGTGTGGTATGTGTTGAATGGAGGGGAAGAAGTTAAAATCAGTGCTGC
TAAGGAGATCCGTAGGATGACCAAGACATCTGCAAAGAACAGAGCTCGTTTGGCAGCTGCAGGTATAATAATTCCACTGGTATCGATGCTCCAGTCTGCTAATATGGAGGCCAAGGAGGCCGCTGTCTTGGCCCTTCTTAACCTCGCTGTAAAAAACGAGAGGAACAAAGTTACAATAATCAAGGCTGGTGTAATTGAGC
CCCTTGTGGATCTTTTGAAGTCAGAAAATAACAACTTGAAGGAATTTGCTGCTGCAGCAACATTGACACTTTCAGCGTCTAATATCAACAAGCCAATTATTGGTCAGTCTGGGGCTACCCCATTGCTGATTGAAATGTTGACATCAAGTAGCCATCAAGGTAAGGTTGATGCAGTCATGGCGCTGTACAACCTTTCAACA
TACTCAGATAATTTAACAACTATCCTTTCTGTGGGGCCTGTGCCACCTTTGATAGCATTGCTCAAAGAGTGCAAGAAATGTTCTAAAGTTGCTGAAAAAGTTAGTGCATTGTTGGAGTCTTTATCAGCTTTTGAAGAAGCAAGGACAAGTATAGCAATGGAGGAAGGAGGAATCCTTGCACTAGTGGAAGTGATTGAAGA
TGGATCTCTGCAGAGCCGGGAACATGCAGTGGGAGCTCTTCTAACAATGTGTCAAAGCAGTAGATGCAAGTATAGGGAGGCTATCCTGAAAGAGGGAGTTATTCCAGGACTTCTTGAGCTCACCATTTATGGAACACCTAAAGCCCAGGAAAGGGCTCGTACCCTTTTGCCATTTCTAAGGGAATCTCCTTCCTGGACTC
AAAATGGTTCGGCATCTGCTGTACTTGAGAATATTGTTTATGATATCGCTATACATGTTGATGGTGTGGATAAAGGAACTGAAACTGCTAAAAAGATGCTTGCAGATATGGTTCAAGTGAGTGTGGAACAGAGAATGAGACATTTACCACAGACAGCACTTGTCTGCATCCCCTCAGATTTTTCTCGGTCTCATAACCTA
GCGAAAGTGCCCTAGATCTAGTACATTTGCTCATTTTTGTACATCTAGTATATTTTCTCATTTTTGTACCAATAATGTACAGATAGTATCTAAACTGAAGCTTTATCTATGAATTATTTTGCCAGTCCAGGCCATGTAGTGGTATCGAGTGACTGGTTAGGGATCTTACTGGGTCATTTACCAACATTTCTGAATAGTAA
TAAGGTATTTATTACATTTTTCCATTTTGAGCAGCCAGATGGAGGCCCTCCTTTTAAGAAAGGGCACAATGGTTGAACTGTGTAACAAAACTATTTGTCATGAAGAATAGCAGAATCCAAGTGGGATCCTTTTTAGCT