NA ----> NA
Intron 1 GCTCATAGTA ... ATGTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.81 | 8 | 32 | 5 |
| A2 | 76.92 | 3 | 14 | 6 |
| A3 | 92.31 | 1 | 20 | 4 |
| A4 | 77.78 | 6 | 39 | 3 |
| A5 | 86.67 | 1 | 9 | 4 |
| A6 | 41.18 | 10 | 4 | 10 |
| A7 | 48 | 13 | 1 | 23 |
| A8 | 55.22 | 15 | 5 | 32 |
| A9 | 50.72 | 17 | 5 | 30 |
| A10 | 42.03 | 20 | 3 | 26 |
>TRINITY_DN41919_c1_g2_i1 from sample A9 / Example spliced isoformATCTTATTTTTTAACTAGAACAAATACTCCAAAATTACCGCCCTCGTCTCTATTAATATCATCTCAAAACCCTTCAAACCGCTTTATTCAGAATTCATATCTCTTCTTCTTCTTATAACCCTAACACAATCCTGAATTTGAAGTTCCTGGAACTGCTTGCATCCATATCTGGCACATGCCGATCCGGTGCTTTGCCGATC
AAGGCGGTGGGGGTAAAGATGTTGGAAACTATCCAAGAAGAAAAAAAAGGCGGCGACTGTAGAGAGCCATGTGGAATGGGTGGAGTCGGGAAGAAGTCGGTTGAATCCATGGAGCAAATTAAGAAAGGAATGGGACCACGGACTGCCTTCCAAAGGAAGGATTAAATATGTCACCTGGAAGTTGGCTCTTGTGGGAAAAT
CAGTATGGTACTCTTGCAGAATTCAACCCAGGACCTTTTATGTGAGAATTTGATGAACTCAGTCTAAAATGTGAAGTGGATGATGGCCATATTTTTCTTTCTTTTCAATAACTTTTTGGATAATATAGTAGATGAACTTTGGTTGAGAAAAGTTTATATGGAAGACTGCATAAGGAAATTTATTAACAACATACTTTGAC
AAATTGGTATTTGGGACAGTTTGGAATCTGGTTCGTTTTTTTGGGTTTTTTTCCTATAAAAATCAGACAGGACTGTGAGATGGTTTTATGTGTAAGGATGGATCACTATTATGAGTGGAATTTAGAAGTTTTTTTTGCTAGTATTTTCC
>TRINITY_DN41919_c1_g2_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATCTTATTTTTTAACTAGAACAAATACTCCAAAATTACCGCCCTCGTCTCTATTAATATCATCTCAAAACCCTTCAAACCGCTTTATTCAGAATTCATATCTCTTCTTCTTCTTATAACCCTAACACAATCCTGAATTTGAAGTTCCTGGAACTGCTTGCATCCATATCTGGCACATGCCGATCCGGTGCTTTGCCGATC
AAGGCGGTGGGGGTAAAGATGTTGGAAACTATCCAAGAAGAAAAAAAAGGCGGCGACTGTAGAGAGCCATGTGGAATGGGTGGAGTCGGGAAGAAGTCGGTTGAATCCATGGAGCAAATTAgctcatagtagatatcaagtggaagactgaatggcatttccagacatgaaaaaggaagttcaaaacagtaaacattgaa
caatgaacaagatagttgatttggcttcctcaagccatgtcatcagtgtcctcaggatcaatgtcatcaacatcactaaggtcctctgtcagtaagctctctagataggcatcgctggagtagtgagcatggagcactagcagtgagaaatggagtgccgcgcaggtttaggtaaggggtaagttcccacataacatgtg
tttcagtgttttaatttttaatttttaaaattttaaacttcaaacattgcaaatagaccccccccgaccggcgagctaaggtaaattgacttttaatatatcatgtaaagaagatgttgcttttaattacattattggatttgattatccaaatttgatatagtgagaaatgtggtatattaggaattattgaattatta
taataacgatagataggatgaaattaatagtcttgaaaaaagaaaacactttccatgggtatcttgcaagaagattgcagtaccagaagcaatggatggctgggggaataaaacatattcatttatttgctagagctctagctaccaaccaagggtatgcggatacttatggaagggagaggagatctatggtgcaatgt
ggtgagacaaaaatacattgaacctatctatggaaatcggaatactggatcagatcccttataaagtcttatcataatgtctcagtgatttggaaggttattgtgttcattctccccttggttgggaattggttggtgagtaaagtggggtgtggaactagagtgatattgggtgatgacccttgggtagggtgtaatca
aaatttgaagctaccaagagttgtggttgaggattttagggccaaggatttcgtagaactatgtgaaatagttgatccaataccgtcaaccattatgagacaagaatggattgcggcaaaaaggatatgttttaatagtgcagaaggtcaaatttggtatggttttgtcaatctttaaaccgtaaatgagtcatatgaga
ataaaagatgaggaacattgtttaatttggtataggaatcctgtgtgtggaggttatactccaaaactgggttataaagttcttagggaggtggatatgcctgaggaacagtgttggtggtataaagaatttttttttatgtggttggttatcagccaaaaggttcctacctggggtgtcatgcaaaataagagttggaa
ggggccttagctattcccactctgcaaggatgcagaggagtatatacaccatttacttatttattgtccatacataggtgcaatatggaaggacattcaagttatagctggtatcaggaattgttgggggggtcaaaatgtggtggaagcactaactagttggagccaaaatcacgtgacaaagaagattagagctatgc
cattcattgtggcatggggaatctgaacagtgaagaaatcaggcctttttgaaggtagtttccctccttaccaactccgtgcctctcaaagtttagctatacgtcaacattttaagtaggattcttctattaaagttttaaactagccagagatatgaagcctaaaatccttgacaaagaaaggtgcatgggcctatttt
gaaggtgttgcacagggaaacccttctctgggtggatcatggggggattgtatatctttctgacaatcagtggtacaagttagaagcgagattggttaggtgctcaaaaaacaaagctggattgttgaccttgaaattgatctcaaagttggaagctgataaaggagtacaaaaaattcaaatcatgggggattccttac
ttgttattgagtggatgaagggggtgagagccctagaaaatatctagctaagggccatctttgaagatgtacagaacataaaaattcctttgctgatgtctctttcatgcatgtttacagAGAAAGGAATGGGACCACGGACTGCCTTCCAAAGGAAGGATTAAATATGTCACCTGGAAGTTGGCTCTTGTGGGAAAATC
AGTATGGTACTCTTGCAGAATTCAACCCAGGACCTTTTATGTGAGAATTTGATGAACTCAGTCTAAAATGTGAAGTGGATGATGGCCATATTTTTCTTTCTTTTCAATAACTTTTTGGATAATATAGTAGATGAACTTTGGTTGAGAAAAGTTTATATGGAAGACTGCATAAGGAAATTTATTAACAACATACTTTGACA
AATTGGTATTTGGGACAGTTTGGAATCTGGTTCGTTTTTTTGGGTTTTTTTCCTATAAAAATCAGACAGGACTGTGAGATGGTTTTATGTGTAAGGATGGATCACTATTATGAGTGGAATTTAGAAGTTTTTTTTGCTAGTATTTTCC