sp|Q7Y0Y8|HDAC1_ORYSJ ----> Histone deacetylase 1
Intron 1 GTTTGACTTG ... TTCTCGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.14 | 6 | 3 | 13 |
| A2 | 46.67 | 8 | 4 | 10 |
| A3 | 62.96 | 5 | 15 | 2 |
| A4 | 57.14 | 6 | 7 | 9 |
| A5 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A6 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A7 | 26.32 | 14 | 3 | 7 |
| A8 | 60 | 2 | 1 | 5 |
| A9 | 33.33 | 10 | 2 | 8 |
| A10 | 41.18 | 5 | 1 | 6 |
>TRINITY_DN40368_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformGGTGGGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCATACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGC
AGATGAACTTTATTTTTCTGAAAGGTTAGTATATTGAAGAAAGAGGAAGTGAGAATTCCAACAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGA
ATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAA
ATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAA
TGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGT
ATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATAC
ATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAA
CACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATT
TAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGGCATAATCTGGCAAATGATACTCACAACACCAGGATTAAACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAAAATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCATGGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGAT
CATTTTGCTTCTCCAATAAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGAGTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAGATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGTCAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTCACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTC
CATGTCGTCAGCAAGGCAGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAATGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTTCCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAGGCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAATCATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTT
GAAAATTCTATATCCTTTTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCATCTAATGTTATCCCCTTGTTCACAATGTGCTTGACATCAGTTTAGAAGCTAATTATACAGAGAATGCTAATTGGTGATTTACTTTATTCTACTGTACTGTGTTTGAAGATACTCAAAATTTACTAAAACAAATGGAATATTGACA
ACCTAGGAACATTATATCATATGTTGCTTTTCTTAGACTATAACACAGGCAACTTTAACGGGTGGCATTTGTCGAATAAGATCTATGGGGTCAATCTTGGAATAACCTAGAGTTCCGGCTTTTCTTGTCAAGGAAACTCAACTTATAATTACATTTCATGGTGACACTAACCATTCCCTTGTAAACCTGGAGTTTCTCAG
ATTGACGGGTGTAGAACAAATAAATTCTGTGATTTTGTTGGAAATTAGAGCTTCCACTTTTAAGTGCATCTGATGAACTCTCATCAGTGTTCCTGGTCACAAATGCAATAGTTCGTCTCGAAAAAATACCCATATAAATATGGGGTTATGGATCATCATCAGTCCGATATGTGAACTTCACCATCCCTCTTACATATGAA
GTTAACTTCATGTTTCATTCTTCAATGTGCACTTCCTTTTCTTCTCTCATACTTACATTTACATTACCTTCATTTCTCATCCTTCCATGTC
>TRINITY_DN40368_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGTGGGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCATACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGC
AGATGAACTTTATTTTTCTGAAAGGTTAGTATATTGAAGAAAGAGGAAGTGAGAATTCCAACAGgtttgacttgtgggttcagttataattcagttctggttttatcttaaagttttctcttttctggaaatatattttttctcatattcatagaatggctggttgctcctcttgcacagtctccatttaggtctttgtg
aagtgtatatatatatatatatatatatacacacacatatgttcaattgtagtggtcctgagccaaaattatatgctggtttagttcattaagagctattgtaagcaacgcagaagcttcgtattttaacacccacaaatggagcagagatgaatatataacaggatttcaatgcaagcactaggttagattatcatctg
agtcctattgaccaccttggtctgagaagatagtagaagatatagaaaaaatgaagtaaaaacctatgttatggtgtcttgttagctaaaattcttgactctaaacttatgcttctatttctcgatagTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCT
CTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCG
TTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAA
TTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCAC
AAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTT
GTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAAT
ACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGAT
GAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGGCATAATCTGGCAAATGATACTCACAACACCAGGATTAAACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAA
AATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCATGGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGATCATTTTGCTTCTCCAATAAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGAGTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAGATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGT
CAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTCACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTCCATGTCGTCAGCAAGGCAGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAATGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTTCCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAG
GCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAATCATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTTGAAAATTCTATATCCTTTTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCATCTAATGTTATCCCCTTGTTCACAATGTGCTTGACATCAGTTTAGAAGCTAATTATACAGAGAATGCTAATTGGTGATTTA
CTTTATTCTACTGTACTGTGTTTGAAGATACTCAAAATTTACTAAAACAAATGGAATATTGACAACCTAGGAACATTATATCATATGTTGCTTTTCTTAGACTATAACACAGGCAACTTTAACGGGTGGCATTTGTCGAATAAGATCTATGGGGTCAATCTTGGAATAACCTAGAGTTCCGGCTTTTCTTGTCAAGGAAA
CTCAACTTATAATTACATTTCATGGTGACACTAACCATTCCCTTGTAAACCTGGAGTTTCTCAGATTGACGGGTGTAGAACAAATAAATTCTGTGATTTTGTTGGAAATTAGAGCTTCCACTTTTAAGTGCATCTGATGAACTCTCATCAGTGTTCCTGGTCACAAATGCAATAGTTCGTCTCGAAAAAATACCCATATA
AATATGGGGTTATGGATCATCATCAGTCCGATATGTGAACTTCACCATCCCTCTTACATATGAAGTTAACTTCATGTTTCATTCTTCAATGTGCACTTCCTTTTCTTCTCTCATACTTACATTTACATTACCTTCATTTCTCATCCTTCCATGTC
Intron 2 GTATTCATCT ... TAATGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.63 | 53 | 12 | 19 |
| A2 | 25.45 | 41 | 16 | 12 |
| A3 | 27.12 | 43 | 9 | 23 |
| A4 | 31.25 | 22 | 7 | 13 |
| A5 | 25.49 | 19 | 6 | 7 |
| A6 | 23.57 | 60 | 17 | 20 |
| A7 | 22.84 | 76 | 16 | 29 |
| A8 | 25.86 | 86 | 28 | 32 |
| A9 | 24.09 | 52 | 10 | 23 |
| A10 | 26.61 | 40 | 7 | 22 |
>TRINITY_DN105209_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCCTACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATG
AACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAA
GAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTT
TTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCG
TGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACA
GTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTTAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGG
TACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAA
TATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGCG
TGTTTTGTATGTTGATATTG
>TRINITY_DN105209_c1_g1_i11 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGA
CAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTTAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTG
GGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGgtattcatcttgtctgaagtatgagtgcttatatttttcaaggatttaatctttgacattgtgatttcatgaggatttgttccctaatgcacagACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTT
TGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAA
GTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGCGTGTTTTGTATGTTGATATTG
Intron 3 GTTAGTATAT ... TTCTCGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 23 | 10 | 13 |
| A2 | 28 | 27 | 11 | 10 |
| A3 | 22.39 | 26 | 13 | 2 |
| A4 | 34.62 | 17 | 9 | 9 |
| A5 | 27.27 | 8 | 4 | 2 |
| A6 | 14.29 | 12 | 3 | 1 |
| A7 | 21.74 | 18 | 3 | 7 |
| A8 | 30.77 | 9 | 3 | 5 |
| A9 | 26.76 | 26 | 11 | 8 |
| A10 | 20 | 18 | 3 | 6 |
>TRINITY_DN105209_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCCTACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATG
AACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAA
GAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTT
TTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCG
TGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACA
GTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTTAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGG
TACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAA
TATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGCG
TGTTTTGTATGTTGATATTG
>TRINITY_DN105209_c1_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCCTACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATG
AACTTTATTTTTCTGAAAGgttagtatattgaagaaagaggaagtgagaattccaacaggtttgacttgtgggttcagttataattcagttctggttttatcttaaagttttctcttttctggaaatatattttttctcatattcatagaatggctggttgctcctcttgcacagtctccatttaggtctttgtgaagtg
tatatatatatatatatatacacacacatatgttcaattgtagtggtcctgagccaaaattatatgctggtttagttcattaagagctattgtaagcaacgcagaagcttcgtattttaacacccacaaatggagcagagatgaatatataacaggatttcaatgcaagcactaggttagattatcatctgagtcctatt
gaccaccttggtctgagaagatagtagaagatatagaaaaaatgaagtaaaaacctatgttatggtgtcttgttagctaaaattcttgactctaaacttatgcttctatttctcgatagTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCA
GGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGC
AGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGG
CTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGA
GACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGA
CAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTTAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGT
ACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATT
AGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGCGTGTTTTGTATGTTGATATTG
Intron 4 GTTAGTATAT ... TTCTCGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.33 | 19 | 6.3 | 13 |
| A2 | 30.69 | 23.8 | 8.3 | 10 |
| A3 | 12.02 | 19.5 | 11.3 | 2 |
| A4 | 39.2 | 14.8 | 8 | 9 |
| A5 | 31.67 | 6.3 | 3.3 | 2 |
| A6 | 14.1 | 9.5 | 2.3 | 1 |
| A7 | 31.94 | 15.8 | 2.3 | 7 |
| A8 | 40.67 | 7.8 | 2.5 | 5 |
| A9 | 28.76 | 22 | 8.3 | 8 |
| A10 | 32.39 | 14.8 | 2.3 | 6 |
>TRINITY_DN97366_c1_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoformGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCATACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATGAA
CTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGA
ATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTT
TGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTG
TTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGT
TTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTA
CACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATA
TTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACG
>TRINITY_DN97366_c1_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:GATGAACTTTATTTTTCTGAAAGgttagtatattgaagaaagaggaagtgagaattccaacaggtttgacttgtgggttcagttataattcagttctggttttatcttaaagttttctcttttctggaaatatattttttctcatattcatagaatggctggttgctcctcttgcacagtctccatttaggtctttgtga
agtgtatatatatatatatatatatatacacacacatatgttcaattgtagtggtcctgagccaaaattatatgctggtttagttcattaagagctattgtaagcaacgcagaagcttcgtattttaacacccacaaatggagcagagatgaatatataacaggatttcaatgcaagcactaggttagattatcatctga
gtcctattgaccaccttggtctgagaagatagtagaagatatagaaaaaatgaagtaaaaacctatgttatggtgtcttgttagctaaaattcttgactctaaacttatgcttctatttctcgatagTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTC
TTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGT
TTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAAT
TAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACA
AATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTG
TCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATA
CTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATG
AACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACG
Intron 5 GTTAGTATAT ... TTCTCGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.34 | 23 | 8 | 13 |
| A2 | 28 | 27 | 11 | 10 |
| A3 | 25 | 24 | 14 | 2 |
| A4 | 34.62 | 17 | 9 | 9 |
| A5 | 27.27 | 8 | 4 | 2 |
| A6 | 14.29 | 12 | 3 | 1 |
| A7 | 21.74 | 18 | 3 | 7 |
| A8 | 30.77 | 9 | 3 | 5 |
| A9 | 26.76 | 26 | 11 | 8 |
| A10 | 20 | 18 | 3 | 6 |
>TRINITY_DN113882_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCCTTGCCACATTAGTTAAAATGGTGCGTTTTACTCACGTGCCAAGTTAAGTATAAATATTATTAAAAAACTAAAGAAAAACCTAGAAAGTCAGTTTTTTTTTTAATTTTGTTCTTGGTGGGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTC
ACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCATACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATGAACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAG
GGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGA
GATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTC
AGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGGTGACTTTCTAAAACTTCCTATAATATAACTTCATTACTTTCTGCAAAATTTTCCATTAAAGAGAAACTTGCTGACAATCTA
GTTTTAGATCCACCACCTCTTTTTATGGTAATAACATGCTTTTTGATTTTTTGGTTAGAAAAATTTAGGTTAAAAATTTGCTGAAAGTTCAGTTATAAATATATCAATGTTTCCAATGCATCACAAACTTGCCAAAGAAGGTAGTGGTGGTCGTTCTAAAAGTCCTTAAATTTGGT
>TRINITY_DN113882_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCTTGCCACATTAGTTAAAATGGTGCGTTTTACTCACGTGCCAAGTTAAGTATAAATATTATTAAAAAACTAAAGAAAAACCTAGAAAGTCAGTTTTTTTTTTAATTTTGTTCTTGGTGGGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTC
ACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCATACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATGAACTTTATTTTTCTGAAAGgttagtatattgaagaaagaggaagtgagaattccaacaggtttgacttgtgggttcagtt
ataattcagttctggttttatcttaaagttttctcttttctggaaatatattttttctcatattcatagaatggctggttgctcctcttgcacagtctccatttaggtctttgtgaagtgtatatatatatatatatatatatatatacacacacatatgttcaattgtagtggtcctgagccaaaattatatgctggtt
tagttcattaagagctattgtaagcaacgcagaagcttcgtattttaacacccacaaatggagcagagatgaatatataacaggatttcaatgcaagcactaggttagattatcatctgagtcctattgaccaccttggtctgagaagatagtagaagatatagaaaaaatgaagtaaaaacctatgttatggtgtcttg
ttagctaaaattcttgactctaaacttatgcttctatttctcgatagTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAA
GGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACG
ATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCA
TTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTC
CCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTTAATGT
GCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGG
ATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCAT
GATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGGCATAATCTGGCAAATGATACTCACAACACCAGGATTAAACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAAAATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCATGGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGATCATTTTGCTTCTCCAAT
AAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGAGTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAGATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGTCAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTCACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTCCATGTCGTCAGCAAGGC
AGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAATGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTTCCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAGGCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAATCATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTTGAAAATTCTATATCCTT
TTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCATCTAATGTTATCCCCTTGTTCACAATGTGCTTGACATCAGTTTAGAAGCTAATTATACAGAGAATG
Intron 6 GTTAGTATAT ... TTCTCGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.33 | 23 | 4.5 | 13 |
| A2 | 23.09 | 27 | 6.5 | 10 |
| A3 | 21.12 | 24 | 11 | 2 |
| A4 | 32.62 | 17 | 7.5 | 9 |
| A5 | 21.53 | 8 | 2.5 | 2 |
| A6 | 9.14 | 12 | 1.5 | 1 |
| A7 | 20.87 | 18 | 2.5 | 7 |
| A8 | 27.89 | 9 | 2 | 5 |
| A9 | 20.05 | 26 | 5.5 | 8 |
| A10 | 17.14 | 18 | 1.5 | 6 |
>TRINITY_DN113007_c7_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformTGGGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCATACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAG
ATGAACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCA
TAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCC
GTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAA
GCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATG
ACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGT
GGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGA
AAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGTTGAGATTTATGTAGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGG
AAGGTGCATTTCCACGGTATGTTTGAACTTTGATAGGCTCTGTGTCAATGCTACATTAGCATTCTATATTTGGATGCTTTAAACAAATTGGCTTGTGGAATTATATTCCTTTTTATACCATTTACAACTACAGAAGGTTGAATATTTCTGTAATCTCATGATTGGGCTACAAGAAGCAATCAATGGCCATAATCTGGCAA
ATGATACTCACAACACCAGGATTAAACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAAAATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCATGGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGATCATTTTGCTTCTCCAATAAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGA
GTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAGATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGTCAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTCACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTCCATGTCGTCAGCAAGGCAGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAA
TGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTTCCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAGGCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAATCATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTTGAAAATTCTATATCCTTTTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCGC
>TRINITY_DN113007_c7_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACTGTTTCGGGTAGGTGATGTAAAGTGGTTAGGCTTGTTGGGCTGTTAAGAAAAATGACAAGCAGATCATGGAAGGCTTGTTTTGAAAACTGTGATGAATTGACTTGATGGGTGTTTTTCAGACTCAAATTCTGTTGAGGATTCAAGCAAATTTTTAATAGTTTTCTCATGTTTTTTTGGGCAGATGGCAGATGAACTTT
ATTTTTCTGAAAGgttagtatattgaagaaagaggaagtgagaattccaacaggtttgacttgtgggttcagttataattcagttctggttttatcttaaagttttctcttttctggaaatatattttttctcatattcatagaatggctggttgctcctcttgcacagtctccatttaggtctttgtgaagtgtatata
tatatatatatatatacacacacatatgttcaattgtagtggtcctgagccaaaattatatgctggtttagttcattaagagctattgtaagcaacgcagaagcttcgtattttaacacccacaaatggagcagagatgaatatataacaggatttcaatgcaagcactaggttagattatcatctgagtcctattgacc
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CGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGAT
GATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGG
GGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACT
ATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGG
CTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTT
TGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTTCGTGAGTCCTGAAGCTCCAAAATTGATTTACCTCTTGAAGAATTGATGGTATACAATATAGGAAATTTTCATTATTTCAATATGTGCTTCTATATATTTAGCTGTTTGGGGC
Intron 7 GTACACATAT ... ATTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.03 | 27 | 6.5 | 1 |
| A2 | 25.59 | 29 | 13.3 | 7 |
| A3 | 4.76 | 10 | 0 | 1 |
| A4 | 23.95 | 23 | 6.5 | 8 |
| A5 | 13.63 | 9 | 3 | 0 |
| A6 | 16.68 | 24 | 6.5 | 3.3 |
| A7 | 11.01 | 52 | 12.3 | 1 |
| A8 | 9.5 | 54 | 7.5 | 4 |
| A9 | 15.4 | 44 | 8.3 | 8 |
| A10 | 13.41 | 35 | 8 | 3 |
>TRINITY_DN113007_c7_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformTGGGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCATACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAG
ATGAACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCA
TAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCC
GTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAA
GCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATG
ACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGT
GGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGA
AAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGTTGAGATTTATGTAGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGG
AAGGTGCATTTCCACGGTATGTTTGAACTTTGATAGGCTCTGTGTCAATGCTACATTAGCATTCTATATTTGGATGCTTTAAACAAATTGGCTTGTGGAATTATATTCCTTTTTATACCATTTACAACTACAGAAGGTTGAATATTTCTGTAATCTCATGATTGGGCTACAAGAAGCAATCAATGGCCATAATCTGGCAA
ATGATACTCACAACACCAGGATTAAACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAAAATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCATGGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGATCATTTTGCTTCTCCAATAAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGA
GTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAGATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGTCAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTCACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTCCATGTCGTCAGCAAGGCAGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAA
TGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTTCCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAGGCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAATCATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTTGAAAATTCTATATCCTTTTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCGC
>TRINITY_DN113007_c7_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGGGCATTCTGCAGAGTAGGACTTAAATTCAATTTTTCTTAAGGTTGTAGTAGTTGCACAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGgtacacatatatctgtatctttattatttaaaattttactagcccgac
taattttatatcttgttataatgtacaaacactgtttctcaatttttgtagTTGAGATTTATGTAGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGGTATGTTTG
AACTTTGATAGGCTCTGTGTCAATGCTACATTAGCATTCTATATTTGGATGCTTTAAACAAATTGGCTTGTGGAATTATATTCCTTTTTATACCATTTACAACTACAGAAGGTTGAATATTTCTGTAATCTCATGATTGGGCTACAAGAAGCAATCAATGGCCATAATCTGGCAAATGATACTCACAACACCAGGATTAA
ACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAAAATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCATGGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGATCATTTTGCTTCTCCAATAAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGAGTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAG
ATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGTCAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTCACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTCCATGTCGTCAGCAAGGCAGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAATGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTT
CCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAGGCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAATCATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTTGAAAATTCTATATCCTTTTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCGC
Intron 8 GTTAGTATAT ... ATTCCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.7 | 16.6 | 7.8 | 6 |
| A2 | 32.89 | 21.8 | 12 | 8 |
| A3 | 37.02 | 17.2 | 10.6 | 5 |
| A4 | 29.26 | 13.2 | 3.4 | 6.4 |
| A5 | 46.36 | 5.2 | 4 | 2 |
| A6 | 28.57 | 8 | 3 | 1 |
| A7 | 45.83 | 14.4 | 9 | 14 |
| A8 | 24.24 | 7 | 2 | 2 |
| A9 | 38.79 | 19.6 | 12 | 10 |
| A10 | 28.68 | 12.8 | 3 | 5 |
>TRINITY_DN41114_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformTGTTTTTCAGACTCAAATTCTGTTGAGGATTCAAGCAAATTTTTAATAGTTTTCTCATGTTTTTTTGGGCAGATGGCAGATGAACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAG
AGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATT
TTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACG
CTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACA
GGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAA
CCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACA
CTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGAT
GGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGGCATAATCTGGCAAATGATACTCACAACACCAGGATTAAACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAAAATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCAT
GGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGATCATTTTGCTTCTCCAATAAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGAGTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAGATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGTCAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTC
ACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTCCATGTCGTCAGCAAGGCAGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAATGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTTCCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAGGCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAAT
CATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTTGAAAATTCTATATCCTTTTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCATCTAATGTTATCCCCTTGTTCACAATGTGCTTGACATCAGTTTAGAAGCTAATTATACAGAGAATGCTAATTGGTGATTTACTTTATTCCACTGTACTGTGTTTGAAG
ATACTCAAAATTTACTAAAACAAATGGAATATTGACAACCTAGGAACATTATATCATATGTTGCATTTCTTAGACTATAACACAGGCAACTTTAACGGGTGGCATTTGTCGAATAAGATCTATGGGGTCAATCTTGGAATAACCTAGAGTTCCGGCTTTTCTTGTCAAGGAAACTCAACTTATAATTACATTTCATGGTG
ACACTAACCATTCCCTTGTAAACCTGGAGTTTCTCAGATTGACGGGTGTAGAACAAATAAATTCTGTGATTTTGTTGGAAATTAGAGCTTCCACTTTTAAGTGCATCTGATGAACTCTCATCAGTGTTCCTGGTCACAAATGCAATAGTTCGTCTCGGAATAATACCCATATAAATATGGGGTTATGGATCATCATCAGT
CCGATATGTGAACTTCAC
>TRINITY_DN41114_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCCTACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGA
TGAACTTTATTTTTCTGAAAGgttagtatattgaagaaagaggaagtgagaattccaacagTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATT
ATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAAGAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATG
AAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTTTTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGA
CATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCGTGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATT
ATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACAGTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATG
AGGTCATTCAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGGTACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACAC
GAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAATATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAA
AGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGGCATAATCTGGCAAATGATACTCACAACACCAGGATTAAACTAGAAGGTGTTGGTACAGAAGGTCTTGATATGGCTGCTGAAACAGAGTCAAAAATTAATGACGAGCCCTTTGAAGCCATGGACTATGAAAGTGGAGAGGAGGATTTACAGCGTGATCAT
TTTGCTTCTCCAATAAATGCTTCTCAAGCAAGTGATCCCCATATTTTGACAGGAGTTCAAACTCAGTTGCAACCAACAGATACTATAAAGACCATAGAGCAAGGTGACAATGCTCCAGGAATATTACCACCGTCAATTCCAACTGTAAGCACCAGCACTCACCCAACTTCGATTAGCTGGACATCGTCTTTGAACTCCAT
GTCGTCAGCAAGGCAGGTTTCCATTTCAGGACCAAATCCTCTTCCAGGGCCAAATGCATCTGGTCTACAATTTCCAGTTCCAACTTCTAATTCACCTGTAAGGCAAGGTGCGTCTTATTCTATAACTGTACAGGCCCCAGACAAGCAAGGATTGCAAAATCATATTAAGGGACCTCAAAATACACCAGGGAATTCTTGAA
AATTCTATATCCTTTTGCAATTTAAAACACAGGTTTCCCTGTATAATTATCATCTAATGTTATCCCCTTGTTCACAATGTGCTTGACATCAGTTTAGAAGCTAATTATACAGAGAATGCTAATTGGTGATTTACTTTATTCCACTGTACTGTGTTTGAAGATACTCAAAATTTACTAAAACAAATGGAATATTGACAACC
TAGGAACATTATATCATATGTTGCATTTCTTAGACTATAACACAGGCAACTTTAACGGGTGGCATTTGTCGAATAAGATCTATGGGGTCAATCTTGGAATAACCTAGAGTTCCGGCTTTTCTTGTCAAGGAAACTCAACTTATAATTACATTTCATGGTGACACTAACCATTCCCTTGTAAACCTGGAGTTTCTCAGATT
GACGGGTGTAGAACAAATAAATTCTGTGATTTTGTTGGAAATTAGAGCTTCCACTTTTAAGTGCATCTGATGAACTCTCATCAGTGTTCCTGGTCACAAATGCAATAGTTCGTCTCGGAATAATACCCATATAAATATGGGGTTATGGATCATCATCAGTCCGATATGTGAACTTCAC
Intron 9 GTACACATAT ... ATTTATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.54 | 35 | 8 | 9 |
| A2 | 29.11 | 35.1 | 14.9 | 14 |
| A3 | 8.89 | 10.3 | 0 | 2 |
| A4 | 26.83 | 30 | 7 | 15 |
| A5 | 21.49 | 9.1 | 4 | 1 |
| A6 | 22.5 | 31 | 8 | 10 |
| A7 | 18.95 | 62 | 16 | 13 |
| A8 | 16.97 | 62.6 | 10.6 | 15 |
| A9 | 22.45 | 57 | 11 | 22 |
| A10 | 22.87 | 44.6 | 9.4 | 17 |
>TRINITY_DN105209_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCCTACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATG
AACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAA
GAATGACACATGCCCTCCTTGTTCAGTATGGTTTGCATAAAGAAATGCAGATTCTTAAGCCCTACCCTGCGAGAGATAGAGATCTCTGCCGTTTCCATGCAGATGATTATGTAGCATTTTTACGAGCAATAACCCCGGAGACAATACAGGATCAAATGAAGGCGTTGAAACGATTTAATGTCGGGGACGATTGCCCCGTT
TTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCG
TGTTTTGTATGTTGATATTGACATTCACCATGGTGATGGAGTTGAGGAGGCTTTCTACACAACTGACAGGGTTATGACAGTATCATTTCACAAATTTGGAGACTATTTCCCTGGGACAGGTGACATTAGAGACATTGGGTGTGGGAAAGGGAAGTATTATGCTGTAAATGTCCCTTTGGATGATGGAATTGATGATGACA
GTTTTCAATCTCTGTTTAAACCTATTATTAAACAAGTGATGTCGGTTTATGCTCCCGAGGCAGTTGTTCTTCAGTGTGGAGCTGATTCTTTGTCTGGAGACAGGCTAGGCTGCTTTAACCTTTCTGTGAAAGGGCATGCAGAGTGTGTTCGATACATGAGGTCATTTAATGTGCCACTTCTGCTGTTAGGCGGTGGTGGG
TACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAA
TATTAAGTCGTTGCCATGTGCACCGAGTGCTCAATTCCAAGTGCAGCCTCCAGATACTGATTTCCCTGAGCCGGAAGAAGAGGATTATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGCG
TGTTTTGTATGTTGATATTG
>TRINITY_DN105209_c1_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTGCATTATGTGAAAAAGGGGATATATGAGGTGTGCGGAGTTTAAGAAAATCGTATCAGCAGTCTGCATCTTCCTGCTTCACATCAATCTGCTTACATCAATCAATCCCAACAAGAAATTTGGGGAGAAGGGCAGTTCAAATATAGCATGTCCTACTCTCACTGTATAATCTTCGTGTCTGCAGTTTTTGATGGCAGATG
AACTTTATTTTTCTGAAAGTTTTTGAGAACACAAGGAATTAGCGGGTGTTTATGAAGAAGAGGTTCCAGGATGGAGATAGGGGGCAATTCTCTTCCATCAGGACCGGATGGAGTGAAGAGGAAGGTGGCATATTTTTATGATCCAGAGGTGGGGAATTATTACTATGGACAAGGTCATCCGATGAAGCCTCATCGCATAA
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TTTGATGGCTTGTACCAATACTGCCAAACTTATGCTGGTGGGTCTGTCGGGGGTGCTGTGAAACTTAATCATAAACTCTCAGACATTGCAATTAATTGGGCTGGGGGTCTTCATCACGCTAAAAAATGTGAGGCATCCGGATTTTGCTATGTGAATGACATTGTGCTGGCCATTCTGGAGCTCTTGAAATATCATAAGCG
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TACACAGTTCGTAATGTTGCTCGTTGTTGGTGCTATGAGACAGGGGTTGCTGTTGGTGTGGAGATTGATGACAAAATGCCTCAACATGAATACTACGAGTACTTTGGACCAGATTACACTGTCCATGTTGCTCCAAGTAATATGGAAAATAAAAACACGAGGCCAATGCTGGATAAAATTAGGTCCAAAATACTTGAAAA
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ATGATGAACGCATTAGAAGTCATAAATGGGATGGAGCAAGTTGTGATTCTGAGTCAGAGAATGATGATTTAAAGCGTCGTAATCATGATGTGGAGGAAGGTGCATTTCCACGCGTGTTTTGTATGTTGATATTG