sp|O65059|RS15_PICMA ----> Small ribosomal subunit protein uS19

Intron 1 GTATTCGAAA ... CATCTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.88	723	323	30
A2	32.02	762	359	23.5
A3	31.47	945	434	31.5
A4	27.95	647	251	22.5
A5	32.24	538	256	19.5
A6	29.28	8017	3319	207
A7	30.43	5440	2379	131
A8	28.44	3932	1563	130
A9	29.38	5267	2191	160
A10	31.36	4611	2107	99

>TRINITY_DN106316_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTATAGTGAGTCCTAGGTTTGGAACCGAGTCTACAGGCTCGACGAACCCTATTTTTTTGCACAAAACCCTAGCCCATAAATTAAAACCCCGACGATTTCATATGTTCGTTTCCAGTTGCGTGTGCTTAGGGTAAGTTGTTTGTGCAGTGTGTTTGCGGGAGCGGAGCAGAGGCGTCGTCTGTTGTTTCAGCTGCAGCCA
TGGCGGACCCGGATGTTGATGTCGGCCCAGTCCAGCCGAAGAAGAGAACGTTCAAGAAGTTCTCCTACCGGGGTGTTGATCTGGACGCCCTTTTGGACATGACCTCTGAAGAGCTAGTCAAGCTTTTCCACGCTCGTGCTCGAAGAAGGTTTCAACGAGGTTTGAAGAGGCAGCCAATGGCTTTGATCAAGAAGCTCCGT
AAAGCGAAACGGGAAGCTCCTGCAGGTGAGAAACCAGAGCCAGTTAGAACTCATCTCCGTAACATGATAATTGTTCCCGAGATGATTGGGAGCATTATTGGTGTTTACAATGGCAAGACCTTCAATCAGGTTGAAATCAAGCCTGAGATGATTGGACATTATCTAGCAGAGTTTTCAATTTCGTATAAGCCAGTGAAGCA
TGGAAGGCCCGGTATTGGTGCTACACACTCCTCTAGGTTTATTCCTCTGAAGTAGACCAGCTTGGCTCGTTTAATATGGATATGTAGTGGGGTATTTTTAATTGGTTCCGGCTCAGAAGTATAGGCACAGATTATTGGTTCCATGTTTACATATGCCTCCTTTCACAATGTTTAAATGAATTATTGAATAGTAATTTTCG
GTATATTGTTATTTTCAGTTAGCTAATGCATTATATTTTGTATACGTTGAACTATTTATTTTGATGAAAGTTCCATCCAGATATTGCTGGCCTGAAGTGCCCAGGCATTCTATTTTGGTTCAAATGTGTAGAAATAACGTAGAGATTGGGTGATGAGAATTGTGCTCTACTTCTCTGCTATCAAACAATCGTTTCAAAGT
TTGCCTTTAAGATATAGTCAACTACTTGATTTGGACAGTATTAAAGGTGTTTGCTTCAAGTATGGTTTTGCAGTTTTTTGATGAATATGGAGAAATAACATAGATATTAAGAATTGAGTTCTGAAGAGGATTTGACTGGTCAACTCAATTCATTTTAAATTGATATCTTTGAGGTTTTGACACTACTGAGGGTATTATTG
ATTGGTCCAAGTAATGATTTTGCAGTAATTCTAAGAAATATTTAAAAATGGGAAAAGGAAAATACTGGTGATTGTGGCGGATGCCTATTTTTGATATGAGGCACATTACATTGTTTATTGTTTAACGGCATTTGTCTTCAAAAGTTCACCGTCTTAGGTGAAACAGGTTACCTAATATTTTCAACTGAATTTGGC

>TRINITY_DN106316_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTATAGTGAGTCCTAGGTTTGGAACCGAGTCTACAGGCTCGACGAACCCTATTTTTTTGCACAAAACCCTAGCCCATAAATTAAAACCCCGACGATTTCATATGTTCGTTTCCAGTTGCGTGTGCTTAGGGTAAGTTGTTTGTGCAGTGTGTTTGCGGGAGCGGAGCAGAGGCGTCGTCTGTTGTTTCAGCTGCAGCCA
TGGCGGACCCGGATGTTGATGTCGGCCCAGTCCAGCCGAAGAAGAGAACGTTCAAGAAGTTCTCCTACCGGGGTGTTGATCTGGACGCCCTTTTGGACATGACCTCTGAAGAGCTAGTCAAGCTTTTCCACGCTCGTGCTCGAAGAAGgtattcgaaacggaaatattccagatgtgctcttaatatttatttgaaggac
ctgtttggattgaaatttatttctgtgcatttatccatcttgaagGTTTCAACGAGGTTTGAAGAGGCAGCCAATGGCTTTGATCAAGAAGCTCCGTAAAGCGAAACGGGAAGCTCCTGCAGGTGAGAAACCAGAGCCAGTTAGAACTCATCTCCGTAACATGATAATTGTTCCCGAGATGATTGGGAGCATTATTGGTG
TTTACAATGGCAAGACCTTCAATCAGGTTGAAATCAAGCCTGAGATGATTGGACATTATCTAGCAGAGTTTTCAATTTCGTATAAGCCAGTGAAGCATGGAAGGCCCGGTATTGGTGCTACACACTCCTCTAGGTTTATTCCTCTGAAGTAGACCAGCTTGGCTCGTTTAATATGGATATGTAGTGGGGTATTTTTAATT
GGTTCCGGCTCAGAAGTATAGGCACAGATTATTGGTTCCATGTTTACATATGCCTCCTTTCACAATGTTTAAATGAATTATTGAATAGTAATTTTCGGTATATTGTTATTTTCAGTTAGCTAATGCATTATATTTTGTATACGTTGAACTATTTATTTTGATGAAAGTTCCATCCAGATATTGCTGGCCTGAAGTGCCCA
GGCATTCTATTTTGGTTCAAATGTGTAGAAATAACGTAGAGATTGGGTGATGAGAATTGTGCTCTACTTCTCTGCTATCAAACAATCGTTTCAAAGTTTGCCTTTAAGATATAGTCAACTACTTGATTTGGACAGTATTAAAGGTGTTTGCTTCAAGTATGGTTTTGCAGTTTTTTGATGAATATGGAGAAATAACATAG
ATATTAAGAATTGAGTTCTGAAGAGGATTTGACTGGTCAACTCAATTCATTTTAAATTGATATCTTTGAGGTTTTGACACTACTGAGGGTATTATTGATTGGTCCAAGTAATGATTTTGCAGTAATTCTAAGAAATATTTAAAAATGGGAAAAGGAAAATACTGGTGATTGTGGCGGATGCCTATTTTTGATATGAGGCA
CATTACATTGTTTATTGTTTAACGGCATTTGTCTTCAAAAGTTCACCGTCTTAGGTGAAACAGGTTACCTAATATTTTCAACTGAATTTGGC

Intron 2 GTGAGCTGCC ... GGATCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	1.8	709	13	58
A2	1.66	830	14	64
A3	3.53	956	35	57
A4	2.17	630	14	52.3
A5	1.92	563	11	48.3
A6	0.7	9400	66	645.3
A7	0.78	6136	48	446.3
A8	0.42	4079	17	300
A9	1.2	5909	72	385.3
A10	0.79	5159	41	358

>TRINITY_DN101906_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GCTATAGTGAGTCCTAGGTTTGGAACCGAGTCTACAGGCTCGACGAACCCTATTTTTTTGCACAAAACCCTAGCCCATAAATTAAAACCCCGACGATTTCATATGTTCGTTTCCAGTTGCGTGTGCTTAGGGTAAGTTGTTTGTGCAGTGTGTTTGCGGGAGCGGAGCAGAGGCGTCGTCTGTTGTTTCAGCTGCAGCCA
TGGCGGACCCGGATGTTGATGTCGGCCCAGTCCAGCCGAAGAAGAGAACGTTCAAGAAGTTCTCCTACCGGGGTGTTGATCTGGACGCCCTTTTGGACATGACCTCTGAAGAGCTAGTCAAGCTTTTCCACGCTCGTGCTCGAAGAAGGTTTCAACGAGGTTTGAAGAGGCAGCCAATGGCTTTGATCAAGAAGCTCCGT
AAAGCGAAACGGGAAGCTCCTGCAGGTGAGAAACCAGAGCCAGTTAGAACTCATCTCCGTAACATGATAATTGTTCCCGAGATGATTGGGAGCATTATTGGTGTTTACAATGGCAAGACCTTCAATCAGGTTGAAATCAAGCCTGAGATGATTGGACATTATCTAGCAGAGTTTTCAATTTCGTATAAGCCAGTGAAGCA
TGGAAGGCCCGGTATTGGTGCTACACACTCCTCTAGGTTTATTCCTCTGAAGTAGACCAGCTTGGCTCGTTTAATATGGATATGTAGTGGGGTATTTTTAATTGGTTCCGGCTCAGAAGTATAGGCACAGATTATTGGTTCCATGTTTACATATGCCTCCTTTCACAATGTTTAAATGAATTATTGAATAGTAATTTTCG
GTATATTGTTATTTTCAGTTAGCTAATGCATTATATTTTGTATACGTTGAACTATTTATTTTGATGAAAGTTCCATCCAGATATTGCTGGCCTGAAGTGCCCAGGCATTTTATTTTGGTTCAAATGTGTAGAAATAACGTAGAGATTGGGTGATGAGAATTGTGCTCTACTTCTCTGCTATCAAACAATCGTTTCAAAGT
TTGCCTTTAAGATATAGTCAACTACTTGATTTGGACAGTATTAAAGGTGTTTGCTTCAAGTATGGTTTTGCAGTTTTTTGATGAATATGGAGAAATAACATAGATATTAAGAATTGAGTTCTGAAGAGGATTTGACTGGTCAACTCAATTCATTTTAAATTGATATCTTTGAGGTTTTGACACTACTGAGGGTATTATTG
ATTGGTCCAAGTAATGATTTTGCAGTAATTCTAAGAAATATTTAAAAATGGGAAAAGGAAAATACTGGTGATTGTGGCGGATGCCTATTTTTGATATGAGGCACATTACATTGTTTATTGTTTAACGGCATTTGTCTTCAAAAGTTCACCGTCTTAGGTGAAACAGGTTACCTAATATTTTCAACTGAATTTGGCCATGG
TATTTTAATGTTTATTTACTTTTTTT

>TRINITY_DN101906_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCTATAGTGAGTCCTAGGTTTGGAACCGAGTCTACAGGCTCGACGAACCCTATTTTTTTGCACAAAACCCTAGCCCATAAATTAAAACCCCGACGATTTCATATGTTCGTTTCCAGTTGCGTGTGCTTAGGGTAAGTTGTTTGTGCAGTGTGTTTGCGGGAGCGGAGCAGAGGCGTCGTCTGTTGTTTCAGCTGCAGCCA
TGgtgagctgccattgtctcaataagcatctgtttttctctcagatgatttaaatggagttcttctgcgcggtttaatatgtcattattcaatgtatttgctggctttcgtgttcacagtgtgagtacagtcgattctatttctgaaatctgcctttcctctgtctgtttttttggcttccatttggatctgtagGCGGA
CCCGGATGTTGATGTCGGCCCAGTCCAGCCGAAGAAGAGAACGTTCAAGAAGTTCTCCTACCGGGGTGTTGATCTGGACGCCCTTTTGGACATGACCTCTGAAGAGCTAGTCAAGCTTTTCCACGCTCGTGCTCGAAGAAGGTTTCAACGAGGTTTGAAGAGGCAGCCAATGGCTTTGATCAAGAAGCTCCGTAAAGCGG
TATGTAGTTAATCGTTTGCATGAGTTGAAATGCATGCTGGGAAAGATTTGTGAGTCTTTTTTTTCAGTTTGCAGCGTTTCCTAGGTACTGCTTTAAAACGCCCAAATTTCCATTCTTTTGTTTGGGTTTTATGTACAACAGTATTAGATTCACATACCGAGGAAGTTTGAGCAACAGATCTACATTTTAGGAAATCTGGG
AGCTTCAACACTTATAATGGATTTATCACTTCAAAAAATCGGTTGATTGCTTTCAAGAATACGGTTACACCCTAAAATTGTTAAGGATAAATCCATTGATCTCGTCGATGAGAAATTCTAGATATTTGTACTAACAGAAGATAGCGGGGGCAGATGAACAAGGGATGCCATATATATGGGCGGGGTAAACCCTATGGTAG
ATACTACAGCTCGAGGCATGATAATACCTTTTTATCAAAATCGTGCCTGTAGTCGGGCATGGATGCTGAGTACCCACTAAAATCTTGTCAGTTAGAACAAATGTGTAATCGCATGGGAAACCTTTTTGAGTATTTAATAGCAATATGTACTCGAGCATTTAAAATATGATATCCTTTAATTGCATTATATACGTTTCTGT
GTGTGTGTGTGAGAGAGAAGGGGATGGCCCACCGGTTTTAAGTTTTAACTGCCTTTATTATAATAACTTTCTGGTTGTGGGAAGTAGAGAAGTGTGGACACCTTTAATAGATTCCAAAACTAAGGCTATGTTCAGTTGCATAATATATTCGGGAGGACAAAATGATTAATATATTCTTATGTTCATAGCTGAGTCCACCT
GAAGATGTGCTACCCATCTCATCCTTTAATCTAGCTATTTGGGAGCTAGGAAAAGATTGCCTTATGTTTTGAGTACTAGTGCAGATTGAGGCCCAAATTCTACTACTTTGATGACCATACCTTGTGATTCCTTTTATCATATAAGAATGGGCTCGTTCTATCAGAATATATTTGCTCAACTTTTAACTGCATGCACTGGA
GTACCTTGCTAGTGGTAGGACTTAGAAACACGTGGGTACCTTCAATAGATAGCAAAACCAAGGTTATGTGCAATTGCTTAATATATTAGGCATAACAAAATGATTACTAGTATTTTTATGTTTATAGCTTGGAGTTCACTTGAAGATTTGCAACCACTCTTGGCTTTCAATATAGCTAACTATTATCTACTAAACTTCTC
TTTGTATTTAGTAGTGTTATTGATGTTTGGATTCTACTGTTTTGATAGTTATACCTTATGTTTTTCCTATATTATATAAGAATAGACTTGTTTGTTGGAATAGTCTTGTCTTGTTATTGTCTTGTTAGAATCTCCTAAACCCATAGTTCTTTTGTTCAAAGATCTAGTAACCTAGTTTG

Intron 3 GTAACAAGTT ... GTCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.65	383	70	83
A2	15.5	379	77	62
A3	15.03	373	63	69
A4	17.95	256	49	63
A5	14.18	239	44	35
A6	15.91	5477	1081	991
A7	15.37	3337	674	538
A8	15.69	3519	645	665
A9	15.88	3618	705	661
A10	14.85	2574	486	412

>TRINITY_DN96950_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CTATTTTTTTGCACAAAACCCTAGCCCATAAATTAAAACCCCGACGATTTCATATGTTCGTTTCCAGTTGCGTGTGCTTAGGGTAAGTTGTTTGTGCAGTGTGTTTGCGGGAGCGGAGCAGAGGCGTCGTCTGTTGTTTCAGCTGCAGCCATGGCGGACCCGGATGTTGATGTCGGCCCAGTCCAGCCGAAGAAGAGAAC
GTTCAAGAAGTTCTCCTACCGGGGTGTTGATCTGGACGCCCTTTTGGACATGACCTCTGAAGAGCTAGTCAAGCTTTTCCACGCTCGTGCTCGAAGAAGGTTTCAACGAGGTTTGAAGAGGCAGCCAATGGCTTTGATCAAGAAGCTCCGTAAAGCGAAACGGGAAGCTCCTGCAGGTGAGAAACCAGAGCCAGTTAGAA
CTCATCTCCGTAACATGATAATTGTTCCCGAGATGATTGGGAGCATTATTGGTGTTTACAATGGCAAGACCTTCAATCAGGTTGAAATCAAGCCTGAGATGATTGGACATTATCTAGCAGAGTTTTCAATTTCGTATAAGCCAGTGAAGCATGGAAGGCCCGGTATTGGTGCTACACACTCCTCTAGGTTTATTCCTCTG
AAGTAGACCAGCTTGGCTCGTTTAATATGGATATGTAGTGGGGTATTTTTAATTGGTTCCGGCTCAGAAGTATAGGCACAGATTATTGGTTCCATGTTTACATATGCCTCCTTTCACAATGTTTAAATGAATTATTGAATAGTAATTTTCGGTATATTGTTATTTTCAGTTAGCTAATGCATTATATTTTGTATACGTTG
AACTATTTATTTTGATGAAAGTTCCATCCAGATATTGCTGGCCTGAAGTGCCCAGGCATTTTATTTTGGTTCAAATGTGTAGAAATAACGTAGAGATTGGGTGATGAGAATTGTGCTCTACTTCTCTGCTATCAAACAATCGTTTCAAAGTTTGCCTTTAAGATATAGTCAACTACTTGATTTGGACAGTATTAAAGGTG
TTTGCTTCAAGTATGGTTTTGCAGTTTTTTGATGAATATGGAGAAATAACATAGATATTAAGAATTGAGTTCTGAAGAGGATTTGACTGGTCAACTCAATTCATTTTAAATTGATATCTTTGAGGTTTTGACACTACTGAGGGTATTATTGATTGGTCCAAGTAATGATTTTGCAGTAATTCTAAGAAATATTTAAAAAT
GGGAAAAGGAAAATACTGGTGATTGTGGCGGATGCCTATTTTTGATATGAGGCACATTACATTGTTTATTGTTTAACGGCATTTGTCTTCAAAAGTTCACCGTCTTAGGTGAAACAGGTTA

>TRINITY_DN96950_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTATTTTTTTGCACAAAACCCTAGCCCATAAATTAAAACCCCGACGATTTCATATGTTCGTTTCCAGTTGCGTGTGCTTAGGGTAAGTTGTTTGTGCAGTGTGTTTGCGGGAGCGGAGCAGAGGCGTCGTCTGTTGTTTCAGCTGCAGCCATGGCGGACCCGGATGTTGATGTCGGCCCAGTCCAGCCGAAGAAGAGAAC
GTTCAAGAAGTTCTCCTACCGGGGTGTTGATCTGGACGCCCTTTTGGACATGACCTCTGAAGAGCTAGTCAAGCTTTTCCACGCTCGTGCTCGAAGAAGGTTTCAACGAGGTTTGAAGAGGCAGCCAATGGCTTTGATCAAGAAGCTCCGTAAAGCGAAACGGGAAGCTCCTGCAGGTGAGAAACCAGAGCCAGTTAGAA
CTCATCTCCGTAACATGATAATTGTTCCCGAGATGATTGGGAGCATTATTGGTGTTTACAATGGCAAGACCTTCAATCAGGTTGAAATCAAGgtaacaagttagcctattagatgccgtgaatatggaaactgtcctggcttgtgtgatgtgatctttcatttttagcaatgaaaaagatgctgattcttgtgctgttgt
catttcagCCTGAGATGATTGGACATTATCTAGCAGAGTTTTCAATTTCGTATAAGCCAGTGAAGCATGGAAGGCCCGGTATTGGTGCTACACACTCCTCTAGGTTTATTCCTCTGAAGTAGACCAGCTTGGCTCGTTTAATATGGATATGTAGTGGGGTATTTTTAATTGGTTCCGGCTCAGAAGTATAGGCACAGATT
ATTGGTTCCATGTTTACATATGCCTCCTTTCACAATGTTTAAATGAATTATTGAATAGTAATTTTCGGTATATTGTTATTTTCAGTTAGCTAATGCATTATATTTTGTATACGTTGAACTATTTATTTTGATGAAAGTTCCATCCAGATATTGCTGGCCTGAAGTGCCCAGGCATTTTATTTTGGTTCAAATGTGTAGAA
ATAACGTAGAGATTGGGTGATGAGAATTGTGCTCTACTTCTCTGCTATCAAACAATCGTTTCAAAGTTTGCCTTTAAGATATAGTCAACTACTTGATTTGGACAGTATTAAAGGTGTTTGCTTCAAGTATGGTTTTGCAGTTTTTTGATGAATATGGAGAAATAACATAGATATTAAGAATTGAGTTCTGAAGAGGATTT
GACTGGTCAACTCAATTCATTTTAAATTGATATCTTTGAGGTTTTGACACTACTGAGGGTATTATTGATTGGTCCAAGTAATGATTTTGCAGTAATTCTAAGAAATATTTAAAAATGGGAAAAGGAAAATACTGGTGATTGTGGCGGATGCCTATTTTTGATATGAGGCACATTACATTGTTTATTGTTTAACGGCATTT
GTCTTCAAAAGTTCACCGTCTTAGGTGAAACAGGTTA