sp|A9QM73|SMG7_ARATH ----> Nonsense-mediated mRNA decay factor SMG7

Intron 1 GTAAAACCAG ... AAGATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.79	21	33	41
A2	59.8	41	49	73
A3	59.83	24	30	41.5
A4	66.88	13	23	29.5
A5	69.8	8	11	26
A6	88.24	1	7	8
A7	41.33	11	6	9.5
A8	100	0	1	1
A9	67.95	4	7	10
A10	64.17	6	8	13.5

>TRINITY_DN44676_c0_g2_i10 from sample A9 / Example spliced isoform

GTATTTCAATAAGTTTGAAGTCCGCTTAGGTCAGGGAGAAGCATTCAATGGCAAAATCCTATACCATACCCACATCACCATTTTTATTATTATGCTCAAAATTTGCCTTTTTAACTGTTAGCGAGGCGTATTATGGCTGATTGGATATCAGTATCTCTACTTGAAGTTGACACTATTTGACATGAGGAGCCAGAGCTTAA
GGGCTTGAACAGCTATATATTTTAAATTTTTAATTAAGGTGGATGGATGGCGACCATGTCGAATGAAACTGAGGCAGTGCCTGGCTCTCAAGTCATTATACAACAGCGTTTTAACCAGGCCATAGAGCTAGAAAAACAACTGCGTGCTCTGATTGAATCCAAAGGTCCCTTGGGTGTCAATGTTCGAGACCTTCGCTGCA
AGATACGTGATAGTTATGAAGCTATCATTTTAGAGGACCATGATTTTGCAGAAAGTCATGATGTTGAACAAGCTCTTTGGAGGCTCCATTACAAGCAAATTGAAGAGTTTCGAACTAGAATTCGCAAGAGTATGGCTGCAACCACAGCTACCTCTTCAGGGCCAACTATTCCCATGCCTGGAGCTAAAAATATCACAAGA
AGTGAGCCTGTTCACAAGGTTTTGGCAAGTTTTAAGAGTTTCTTGTCTGAAGCAAAGGGGATTTACCATGAGTTGATTTTGAAGCTCAGGGCAAAGCATGGGCTTCCCCAGGACTTCTTCTCCACTGAAGAGATTAAATGTACTAACAATCAAAAGAGTGCTTCAGATTTGAAAAGATGTCAGTTATCATGCCATCGCTG
CTTGATTTATTTAGGTGATCTTGCTCGTTACAAAGAATTACATGGAGATGCAGATGGGAAAAACCATGATTGGTCAGTTGCT

>TRINITY_DN44676_c0_g2_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTATTTCAATAAGTTTGAAGTCCGCTTAGGTCAGGGAGAAGCATTCAATGGCAAAATCCTATACCATACCCACATCACCATTTTTATTATTATGCTCAAAATTTGCCTTTTTAACTGTTAGCGAGGCGTATTATGGCTGATTGGATATCAGTATCTCTACTTGAAGTTGACACTATTTGACATGAGGAGCCAGAGCTTAA
GGGCTTGAACAGgtaaaaccagggtatcaagggtttgatcgcagaagataacagCTATATATTTTAAATTTTTAATTAAGGTGGATGGATGGCGACCATGTCGAATGAAACTGAGGCAGTGCCTGGCTCTCAAGTCATTATACAACAGCGTTTTAACCAGGCCATAGAGCTAGAAAAACAACTGCGTGCTCTGATTGAAT
CCAAAGGTCCCTTGGGTGTCAATGTTCGAGACCTTCGCTGCAAGATACGTGATAGTTATGAAGCTATCATTTTAGAGGACCATGATTTTGCAGAAAGTCATGATGTTGAACAAGCTCTTTGGAGGCTCCATTACAAGCAAATTGAAGAGTTTCGAACTAGAATTCGCAAGAGTATGGCTGCAACCACAGCTACCTCTTCA
GGGCCAACTATTCCCATGCCTGGAGCTAAAAATATCACAAGAAGTGAGCCTGTTCACAAGGTTTTGGCAAGTTTTAAGAGTTTCTTGTCTGAAGCAAAGGGGATTTACCATGAGTTGATTTTGAAGCTCAGGGCAAAGCATGGGCTTCCCCAGGACTTCTTCTCCACTGAAGAGATTAAATGTACTAACAATCAAAAGAG
TGCTTCAGATTTGAAAAGATGTCAGTTATCATGCCATCGCTGCTTGATTTATTTAGGTGATCTTGCTCGTTACAAAGAATTACATGGAGATGCAGATGGGAAAAACCATGATTGGTCAGTTGCT

Intron 2 GTCAAGTTTA ... GGTCTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.58	51.3	47	23
A2	35.44	62.3	48	20
A3	33.19	51.3	30	21
A4	38.59	43	31	23
A5	23.38	47.7	22	7
A6	55.79	8.3	15	6
A7	56.39	14.3	24	13
A8	100	0	9	4
A9	52.76	14.3	21	11
A10	30.13	29	15	10

>TRINITY_DN44676_c0_g2_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

AGATAAGATATTCAGTGCACTATTACAGAGGCCGTGTTTTACATGACAGCTTGGAGAATATGTTACTTGTTGAAAAACATTATCTGAAAGAGGGTGATTAGTTTGAAGTCTTTTTCTTTAAGCTTGGAAAAGTATATGTTTGAAAAACTTAAGATCATGCATCTTTAATTCAAATTCAGTATTCAGGATTCTTGCTGCTG
CTACTTTATCATGATCAAATACCTTAATGTTTTTAGGGACAGTGACATGACAAAGTTGGATAATGTTTTGTTTTAACACTGAGAAAATTTGTAACAAGTAGTCTTTGAAGTGATAGACTGAAAAAAGTCTCCCTTGGCATGCTATCGCTGCAATTCACTAACCTAATATGCTTATCGAAAGTGTCCTTAAGCTCTATCTT
CCGCTCGCTACCTAATTGAGTGGCAGGGATCTGGATGTATTTATACTCTGGAAGGCATTCTTCCAGTGGTGGTGTTCAATGTTTCTAGCAACTACTGTGGGATATGAAGAGAATTAACGATATCACCTGCATGCTATTTCTGTGCATTTGGATGGGGACATTGCAGACTGTTCTGTTTTTAGCCACAGAAAGAATCAGTC
TGCACATTTGGATTGGAGTTGTGTTCTTGCATTTCGTGTGGCAATCATGTATTAATGAATTATGCGGGTTGTGCATTGTGATATGGGTTCTAGGGAACATTGTTTCTGCCATTCATGTCCAATTGTGAAGAAATACCAATTTGTCCATTTGATGAGAATATGTTCCTTCTAGCACTGAGGTTTAAGAGTTAAACAAACCC
AAAGTGCGAGTCCTAATAGAAATTTCAAAGAAGTTTATATCTAACAATGCCAACAATTACATGCATTCTGAAGATTGATGGAAATTTCGCAGATATCTCAAGGGCATAGTACTCACAAGCTATGTGTTGATGTGTTTCGCAGCTATATATTTTAATTTTTTTATTAAGGTGGATGGATGGCGACCATGTCGAATGAAACT
GAGGCAGTGCCTGGCTCTCAAGTCATTATACAACAGCGTTTTAACCAGGCCATAGAGCTAGAAAAACAACTGCGTGCTCTGATTGAATCCAAAGGTCCCTTGGGTGTCAATGTTCGAGACCTTCGCTGCAAGATACGTGATAGTTATGAAGCTATCATTTTAGAGGACCATGATTTTGCAGAAAGTCATGATGTTGAACA
AGCTCTTTGGAGGCTCCATTACAAGCAAATTGAAGAGTTTCGAACTAGAATTCGCAAGAGTATGGCTGCAACCACAGCTACCTCTTCAGGGCCAACTATTCCCATGCCTGGAGCTAAAAATATCACAAGAAGTGAGCCTGTTCACAAGGTTTTGGCAAGTTTTAAGAGTTTCTTGTCTGAAGCAAAGGGGATTTACCATG
AGTTGATTTTGAAGCTCAGGGCAAAGCATGGGCTTCCCCAGGACTTCTTCTCCACTGAAGAGATTAAATGTACTAACAATCAAAAGAGTGCTTCAGATTTGAAAAGATGTCAGTTATCATGCCATCGCTGCTTGATTTATTTAGGTGATCTTGCTCGTTACAAAGAATTACATGGAGATGCAGATGGGAAAAACCATGAT
TGGTCAGTTGCT

>TRINITY_DN44676_c0_g2_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTATTTCAATAAGTTTGAAGTCCGCTTAGGTCAGGGAGAAGCATTCAATGGCAAAATCCTATACCATACCCACATCACCATTTTTATTATTATGCTCAAAATTTGCCTTTTTAACTGTTAGCGAGGCGTATTATGGCTGATTGGATATCAGTATCTCTACTTGAAGTTGACACTATTTGACATGAGGAGCCAGAGCTTAA
GGGCTTGAACAGGTAAAACCAGGGTATCAAGGGTTTGATCGCAGAAGATAACAGCTATATATTTTAAATTTTTAATTAAGGTGGATGGATGGCGACCATGTCGAATGAAACTGAGGCAGTGCCTGGCTCTCAAGTCATTATACAACAGCGTTTTAACCAGgtcaagtttaaaattagtgttcctgttcttatgttttgtt
ggcatgtcttttctttcctttttgcatggttttattttctggttacagtgttgtttattcactcagcagagtgccagaaatcattgttgtttcagtcatggttgattccctcagctgatcatgggtaaataatagacatcagttgcagtttcacagatgagtcttttggcgaacaataactgatagtctattgactataa
ccagctgtgtgaatcctgattttaccaatccaaggatagtgaatgacttcaattttttggtcttgtagGCCATAGAGCTAGAAAAACAACTGCGTGCTCTGATTGAATCCAAAGGTCCCTTGGGTGTCAATGTTCGAGACCTTCGCTGCAAGATACGTGATAGTTATGAAGCTATCATTTTAGAGGACCATGATTTTGCA
GAAAGTCATGATGTTGAACAAGCTCTTTGGAGGCTCCATTACAAGCAAATTGAAGAGTTTCGAACTAGAATTCGCAAGAGTATGGCTGCAACCACAGCTACCTCTTCAGGGCCAACTATTCCCATGCCTGGAGCTAAAAATATCACAAGAAGTGAGCCTGTTCACAAGGTTTTGGCAAGTTTTAAGAGTTTCTTGTCTGA
AGCAAAGGGGATTTACCATGAGTTGATTTTGAAGCTCAGGGCAAAGCATGGGCTTCCCCAGGACTTCTTCTCCACTGAAGAGATTAAATGTACTAACAATCAAAAGAGTGCTTCAGATTTGAAAAGATGTCAGTTATCATGCCATCGCTGCTTGATTTATTTAGGTGATCTTGCTCGTTACAAAGAATTACATGGAGATG
CAGATGGGAAAAACCATGATTGGTCAGTTGCT