sp|Q8W4D8|DDL_ARATH ----> FHA domain-containing protein DDL
Intron 1 ATGGAAACCA ... TCCTCCTAAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 94.62 | 5 | 111 | 65 |
| A2 | 84.91 | 12 | 85 | 50 |
| A3 | 84.54 | 15 | 91 | 73 |
| A4 | 84.35 | 9 | 68 | 29 |
| A5 | 77.05 | 7 | 37 | 10 |
| A6 | 100 | 0 | 7 | 1 |
| A7 | 57.14 | 6 | 9 | 7 |
| A8 | 55.56 | 6 | 10 | 5 |
| A9 | 73.91 | 3 | 13 | 4 |
| A10 | 100 | 0 | 5 | 0 |
>TRINITY_DN45397_c1_g2_i10 from sample A8 / Example spliced isoformCTTCATTATTAAGATGTGGATTATTTTCTTATTGTCTATTTCTGCTATTTTTATGCTATATTGGGACTTGGTTGCATAACATTTGGTATCAAAGCTCTTTCTTCAGGACTGGTTTATTCAAAACAAGTCATCTCGGAATTTTCGCTATAATTTTGTTTCTACAAGGATTCAGAAAGCAAGATTAAAAACACATCTCCAAA
ACAAGTCGAGGTATCTGGTACAATTTTAAGATCCTGAAGCCGTATAGGTTCGGATATATTCGCTTTGAATCGAGAGTTTTTGACTGGTCCAAAAACTAGTCTCAAACAGGTGTTCTGGGGAAAAAGGTCATATCTGTGGCATGAAAGATCCAAATTGAGTGAGACCTGTTGCATCAGAAAGAAGACGGACCAAAGTGTCT
GTGGTAGTGTTTTCATCCTCAGATCTGAAATATTGGACACGTGGCAGACCGTACAATTTCGCTCTTTCGGAAAGACCAAAAATAAGAAGTGTTGGGAGATTTGCAATAACTTCTTATTGGTACATCAGAATTAGGTCAGACCTACGACATTGGAAAAATGACTCCTTAGGCTACATCAGGCCGAAGTTTCAGACCTAGAG
GAGCCAAAATTTTAAATTTACATTAGTTTCAAGTCGGCCCTAAAATAGTCTTCCAATCAGGGTTTGAAAAAAGGTACGCCATTTTAAATTTGAATAACTTTGAGTAGAAGGATCTAATTGTGGTGAAACATAGGGTGTGATACCTATTTGTATTGTTCATAATGCCACCAAAGGGAAGTGTAAAAACTCACACTCCACTC
AAACCACCTGAGGAGTCATCCCCAACGTACGATGAAAGGGAAGACCTATCTTTTCGAGTGTCCCAGTTGGAAGAGATGATTAAAGGATCTGTGAAAATAATTGATTTAGTTAATTTAGAGGGGAAGTTGATGAAACATATGGATAATAAGATGGAAGAAAATATGAAAGGTTTGATGGAACAAATGGAAAATATTGCTAA
TCTCATACAAAATTCAAAGCATACTCATTTTCTAGGTGATGACGTGTTCCATGATACTCAGGAGGATAAATATAAGGTTCATGTTGAAAAACATTCCATGAATAAGAATATTCCAAGAGGAAATGATTATCATAATGGAAATAATTAGGGATGGTCACCAAGGGGTACCCAACTTCCCAAGATTGACATGAGAAAGTTTG
ATGGCAATGATCCAATAACATGGATATTCTAGATGGAGCAGTTCTTTGATCTACACCATGTTCCAACTTTGCAGAAGGTAACTATTGCATCCTTATATTTAGAACCTGATCAATTTGTATGGTACCAATGGCTTTGTGACCGTAAAAAGGACTCTATTATCTCTTGGTCCATATTCACAAAAGAATTGATTGCACATTAT
GGGGATATAAATAGCAACACCTTCTTTAGCTAGTTGGTAAATCTCAAGCAAAAAGGCCCAGTTAGTGAGCACAACAAACAATTTCAGAAGATGAGTCTTAGAGTGAAGAATATTTTAGAAGATAATTTGTTGGATCTCTTTATTGGAACTTTGAAGGATCACATCCAACATGAGGTTCACCTTTGGGAACCTAAGTCCTT
GGAGCATGCATTTAGGGTGGCAAGAAAAGTTGAAAACAAAATTATGGCAACAAGGAAGTCTACCACTTACAACTATAAAGAAGGAAGTGTGGTCTCCATTCATCCACAACCTATAAGGTTGACACCACAACAACTAGAGGAAAAAAAAGCAAAAGGGATTTGTTACAGTTGTGATAGCAAATACAGTAAGGGCCATAAGT
GCATTGAGAAGAAACTATTTTACATAGATTGTGAAGCAGAGGAAGAAAATGAACAAGAAGCAACAAAAGAACAGGAACCGTCTCAAGATGAAGAAATAGAAGATACTACTTCCGGAGAGATTTCTCCCACCATATCTTGTCATGCATTGGCTGGAATTGGCACTCCTCAAACTCTTAAGATCGAAGGATATATCAAAAGG
AAAAATGTAACAGTGTTGATTGATTCTGGTAGTACTCATAATTTCATTCACTGTAAATAACCAAGGTTCTCAATTGCTTTGTATATCCAGCACTAGAGTTTTAAGTAATGATTGTAGATGGAGGAACTATCAATTGCTTAGGAAAATGCCATAATATCAATCTCACTATGGGGGATATGTATTGGATAGTCCAATGATTG
CTATTCCAATGGGGGGCGCTGATGTTGTCTTAGGAGTACAATGGTTACAATTATTGGGAACAATGGCTTTTAATTTTCAAAAGCTTTTCATGAAATTTTTATGGGAAGGAAAGGAATATGAGTTAAATGGTATCACATCAGACCTTACAGATACCCTTATGGACAAAAGAGTGAAATTGAGCGTATGGTTGACGAAATGT
TAGAGGCCAACATAATTAGGCATAGCCAAAGTTCTTACTCTGCACCAGTGGTAATGGTACAAAAGCCGGATGGATCATGGCGTATGTGTCTAGATTATAGAGAGCTCAACAAGATCACCATTAAAGATAAATTTCCCATTCCTGTCATCGATGAATTGTTAGATGAATTACATGGAGTAGTTTTCTTGACAAAGTTGGAT
CTTTGTTCCGGATGTCATCAGATTAGAATGAAGGAGGAAGACATTCCAAAAACAACATTCAGAACTCATGAAGCTCATTATGAATTTTTGGTCGTGCTATTTGGTCTCACGAATGCGCCTTCCACATTTCAAGGTTTGATGAATTCTATTTTCAAGCCTTTCCTTAGAAAATTTTTGCTTGTGTTCTTTGATGATATACT
AATCTATAGCAAGTCTTGGGAAGAACATGTTCAACATGTTGACAGGGTACTACAACTACTAAAGGAGCAACAACTATATGCAAAGCCTTCCAAATGTTTTTTTGGGGTAAAGGAGGTAGAATATTTGGGTCATATTTATCTCAGGAAGGTGTCAAGGTAGACCCCAACAAAATTAAAGCCATGATGGATTGGCCAATTCC
CAAAAACCTGAAGAATCTTTTAAGGGAGAAGCTCAAGCATTGACTGGAGAATTATGGCTTTCTAATTTTTAGTTTCTTGGGCAGGAGAGAGAAAGATAGCATTTATAGGAGAAGCAGGCAGCCGATCGGGAGCAGATTTTTCTGTGTAGGGGTACTGTATGGATTGTACGTGCAGGTTGTACGGACATGCCGTACAGCCA
CACGAACTTGTCAAACGGATCTGTAAAAGCCACACGGATATGTGTATGGAATCCGTAGTCATCTGGAATGCACTGTACGGATCTGTACAGTTGTATGGACTGTACAAGCCGTACAGAAGATTGCAGAGGCAGAATTTTCTGGGTTTTGCTGTGTTTTTCAGGGGCAGTTTTGCAGGTTGAAGTTCATCTTCTGTAAAGCA
GAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAATTTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTGGCTGA
AAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTTTCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTAGCTAT
GAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGA
>TRINITY_DN45397_c1_g2_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTTCATTATTAAGATGTGGATTATTTTCTTATTGTCTATTTCTGCTATTTTTATGCTATATTGGGACTTGGTTGCATAACATTTGGTATCAAAGCTCTTTCTTCAGGACTGGTTTATTCAAAACAAGTCATCTCGGAATTTTCGCTATAATTTTGTTTCTACAAGGATTCAGAAAGCAAGATTAAAAACACATCTCCAAA
ACAAGTCGAGGTATCTGGTACAATTTTAAGATCCTGAAGCCGTATAGGTTCGGATATATTCGCTTTGAATCGAGAGTTTTTGACTGGTCCAAAAACTAGTCTCAAACAGGTGTTCTGGGGAAAAAGGTCATATCTGTGGCATGAAAGATCCAAATTGAGTGAGACCTGTTGCATCAGAAAGAAGACGGACCAAAGTGTCT
GTGGTAGTGTTTTCATCCTCAGATCTGAAATATTGGACACGTGGCAGACCGTACAATTTCGCTCTTTCGGAAAGACCAAAAATAAGAAGTGTTGGGAGATTTGCAATAACTTCTTATTGGTACATCAGAATTAGGTCAGACCTACGACATTGGAAAAATGACTCCTTAGGCTACATCAGGCCGAAGTTTCAGACCTAGAG
GAGCCAAAATTTTAAATTTACATTAGTTTCAAGTCGGCCCTAAAATAGTCTTCCAATCAGGGTTTGAAAAAAGGTACGCCATTTTAAATTTGAATAACTTTGAGTAGAAGGATCTAATTGTGGTGAAACATAGGGTGTGATACCTATTTGTATTGTTCATAATGCCACCAAAGGGAAGTGTAAAAACTCACACTCCACTC
AAACCACCTGAGGAGTCATCCCCAACGTACGATGAAAGGGAAGACCTATCTTTTCGAGTGTCCCAGTTGGAAGAGATGATTAAAGGATCTGTGAAAATAATTGATTTAGTTAATTTAGAGGGGAAGTTGATGAAACATATGGATAATAAGATGGAAGAAAATATGAAAGGTTTGATGGAACAAATGGAAAATATTGCTAA
TCTCATACAAAATTCAAAGCATACTCATTTTCTAGGTGATGACGTGTTCCATGATACTCAGGAGGATAAATATAAGGTTCATGTTGAAAAACATTCCATGAATAAGAATATTCCAAGAGGAAATGATTATCATAATGGAAATAATTAGGGATGGTCACCAAGGGGTACCCAACTTCCCAAGATTGACATGAGAAAGTTTG
ATGGCAATGATCCAATAACATGGATATTCTAGATGGAGCAGTTCTTTGATCTACACCATGTTCCAACTTTGCAGAAGGTAACTATTGCATCCTTATATTTAGAACCTGATCAATTTGTATGGTACCAATGGCTTTGTGACCGTAAAAAGGACTCTATTATCTCTTGGTCCATATTCACAAAAGAATTGATTGCACATTAT
GGGGATATAAATAGCAACACCTTCTTTAGCTAGTTGGTAAATCTCAAGCAAAAAGGCCCAGTTAGTGAGCACAACAAACAATTTCAGAAGATGAGTCTTAGAGTGAAGAATATTTTAGAAGATAATTTGTTGGATCTCTTTATTGGAACTTTGAAGGATCACATCCAACATGAGGTTCACCTTTGGGAACCTAAGTCCTT
GGAGCATGCATTTAGGGTGGCAAGAAAAGTTGAAAACAAAATTATGGCAACAAGGAAGTCTACCACTTACAACTATAAAGAAGGAAGTGTGGTCTCCATTCATCCACAACCTATAAGGTTGACACCACAACAACTAGAGGAAAAAAAAGCAAAAGGGATTTGTTACAGTTGTGATAGCAAATACAGTAAGGGCCATAAGT
GCATTGAGAAGAAACTATTTTACATAGATTGTGAAGCAGAGGAAGAAAATGAACAAGAAGCAACAAAAGAACAGGAACCGTCTCAAGATGAAGAAATAGAAGATACTACTTCCGGAGAGATTTCTCCCACCATATCTTGTCATGCATTGGCTGGAATTGGCACTCCTCAAACTCTTAAGATCGAAGGATATATCAAAAGG
AAAAATGTAACAGTGTTGATTGATTCTGGTAGTACTCATAATTTCATTCACTGTAAATAACCAAGGTTCTCAATTGCTTTGTATATCCAGCACTAGAGTTTTAAGTAATGATTGTAGATGGAGGAACTATCAATTGCTTAGGAAAATGCCATAATATCAATCTCACTATGGGGGATATGTATTGGATAGTCCAATGATTG
CTATTCCAATGGGGGGCGCTGATGTTGTCTTAGGAGTACAATGGTTACAATTATTGGGAACAATGGCTTTTAATTTTCAAAAGCTTTTCATGAAATTTTTATGGGAAGGAAAGGAATATGAGTTAAATGGTATCACatggaaaccaagtaaggtgataagctctaatggtatgacaaaattgataaaaaaaaaggacatc
aaggtgtaattgcacaattatgctcattagatgttcaaacatctaagtctcctatttccccagatctccaaaaggtgattgataagcattccaggtatttgaagatattcccaaaggtcttccacctatttgagattttgatcattctattcacttaattccgggaagtgttcctcctaacATCAGACCTTACAGATACC
CTTATGGACAAAAGAGTGAAATTGAGCGTATGGTTGACGAAATGTTAGAGGCCAACATAATTAGGCATAGCCAAAGTTCTTACTCTGCACCAGTGGTAATGGTACAAAAGCCGGATGGATCATGGCGTATGTGTCTAGATTATAGAGAGCTCAACAAGATCACCATTAAAGATAAATTTCCCATTCCTGTCATCGATGAA
TTGTTAGATGAATTACATGGAGTAGTTTTCTTGACAAAGTTGGATCTTTGTTCCGGATGTCATCAGATTAGAATGAAGGAGGAAGACATTCCAAAAACAACATTCAGAACTCATGAAGCTCATTATGAATTTTTGGTCGTGCTATTTGGTCTCACGAATGCGCCTTCCACATTTCAAGGTTTGATGAATTCTATTTTCAA
GCCTTTCCTTAGAAAATTTTTGCTTGTGTTCTTTGATGATATACTAATCTATAGCAAGTCTTGGGAAGAACATGTTCAACATGTTGACAGGGTACTACAACTACTAAAGGAGCAACAACTATATGCAAAGCCTTCCAAATGTTTTTTTGGGGTAAAGGAGGTAGAATATTTGGGTCATATTTATCTCAGGAAGGTGTCAA
GGTAGACCCCAACAAAATTAAAGCCATGATGGATTGGCCAATTCCCAAAAACCTGAAGAATCTTTTAAGGGAGAAGCTCAAGCATTGACTGGAGAATTATGGCTTTCTAATTTTTAGTTTCTTGGGCAGGAGAGAGAAAGATAGCATTTATAGGAGAAGCAGGCAGCCGATCGGGAGCAGATTTTTCTGTGTAGGGGTAC
TGTATGGATTGTACGTGCAGGTTGTACGGACATGCCGTACAGCCACACGAACTTGTCAAACGGATCTGTAAAAGCCACACGGATATGTGTATGGAATCCGTAGTCATCTGGAATGCACTGTACGGATCTGTACAGTTGTATGGACTGTACAAGCCGTACAGAAGATTGCAGAGGCAGAATTTTCTGGGTTTTGCTGTGTT
TTTCAGGGGCAGTTTTGCAGGTTGAAGTTCATCTTCTGTAAAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAAT
TTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTGGCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTT
TCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTAGCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGACAGGTGGAGGAAGAAGAACCTG
ATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGCCTTACTTGATGGATCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGCCAAGAGTATAAAATAGGCGCTCCGATTAGGTAGTGGAACCTGCTTAGATGGATGCGA
ATTGGTTGGTGTCTCGCCAACAATATTGGTAATGAACGCAGGCTTGATTCGGATTGCTTGGCGATCTTTGCAATTTAAACCTCTAAATATATTCTATATTTGTATATAAGCCAAACTTCTTTTCAGCGTTAGTGATTGCATTAGAAGCCTATTTCTGTGAAAATTTCAGACCAGTATACAGTTATATTTTTTACTTACGG
ATGTACTTTTATATTTTTGACTTCTATTTTGAAGTAATGTTTGTTGCGAAATACCATTATAGAATGTTATTTTAAAACTTGCAACATCTATTACATATGGGT
Intron 2 GTAAGACTTC ... GTGGGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.79 | 24 | 4 | 5 |
| A2 | 17.07 | 17 | 7 | 0 |
| A3 | 4.35 | 11 | 1 | 0 |
| A4 | 7.69 | 6 | 0 | 1 |
| A5 | 0 | 8 | 0 | 0 |
| A6 | 2.4 | 61 | 0 | 3 |
| A7 | 5 | 95 | 4 | 6 |
| A8 | 3.41 | 99 | 5 | 2 |
| A9 | 3.23 | 90 | 6 | 0 |
| A10 | 3.82 | 63 | 2 | 3 |
>TRINITY_DN126337_c12_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAATTTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTG
GCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTTTCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTA
GCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGACAGGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGCCTTACTTGATGGA
TCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGCCAAGAGTATAAAATAGGCGCTCCGATTAGGTAGTGGAACCTGCTTAGATGGATGCGAATTGGTTGGTGTCTCGCCAACAATATTGGTAATGAACGCA
GGCTTGATTCGGATTGCTTGGCGATCTTTGCAATTTAAACCTCTAAATATATTCTATATTTGTATATAAGCCAAACTTCTTTTCAGCGTTAGTGATTGCATTAGAAGCCTATTTCTGTGAAAATTTCAGACCAGTATACAGTTATATTTTTTACTTACGGATGTACTTTTATATTTTTGACTTCTATTTTGAAGTAATGT
TTGTTGCGAAATACCC
>TRINITY_DN126337_c12_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAATTTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTG
GCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTTTCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTA
GCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGGTACTCTTCTATCAAAATGGGTTCTATATTTAAGATTCAGAGCTAGCTATCTTATCTGAAGGC
TATTTGGAGTTTCTGTAGCAACTTAAAAATTTATTTGTTATTTCATTTTATACAACTTTATAGCCTCTCTGTAGACAGGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGTAATGATGTGAAGATTTTGCATGTCTATTGCTGTTGGTGTGGTATTTGGGCTTTCTTTAACTCTTATGGTTGTTGAC
CATTAGGCCTTACTTGATGGATCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATgtaagacttcagtttgaaggctaagtgattgattttcctctttctttctaaaatagtgcaccttgtaatttcattctggcacaatttgccatctccatttgtttctatgactgcattgtaactcttttggtttcatgtttgtgttaaa
tctcatgaataatttttgtgggtgcagGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGGTATGATGGTAGTATTGTGGTGGC
Intron 3 GTACTCTTCT ... CTCTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 39 | 13 | 5.5 |
| A2 | 18.6 | 35 | 8 | 6 |
| A3 | 3.57 | 27 | 1 | 0.5 |
| A4 | 16.67 | 5 | 1 | 1 |
| A5 | 11.11 | 16 | 2 | 0.5 |
| A6 | 7.19 | 129 | 10 | 2.5 |
| A7 | 10.63 | 143 | 17 | 11 |
| A8 | 10.88 | 131 | 16 | 9.5 |
| A9 | 2.14 | 137 | 3 | 4.5 |
| A10 | 7 | 93 | 7 | 1 |
>TRINITY_DN126337_c12_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAATTTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTG
GCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTTTCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTA
GCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGACAGGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGCCTTACTTGATGGA
TCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGCCAAGAGTATAAAATAGGCGCTCCGATTAGGTAGTGGAACCTGCTTAGATGGATGCGAATTGGTTGGTGTCTCGCCAACAATATTGGTAATGAACGCA
GGCTTGATTCGGATTGCTTGGCGATCTTTGCAATTTAAACCTCTAAATATATTCTATATTTGTATATAAGCCAAACTTCTTTTCAGCGTTAGTGATTGCATTAGAAGCCTATTTCTGTGAAAATTTCAGACCAGTATACAGTTATATTTTTTACTTACGGATGTACTTTTATATTTTTGACTTCTATTTTGAAGTAATGT
TTGTTGCGAAATACCC
>TRINITY_DN126337_c12_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAATTTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTG
GCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTTTCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTA
GCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGgtactcttctatcaaaatgggttctatatttaagattcagagctagctatcttatctgaaggc
tatttggagtttctgtagcaacttaaaaatttatttgttatttcattttatacaactttatagcctctctgtagACAGGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGTAATGATGTGAAGATTTTGCATGTCTATTGCTGTTGGTGTGGTATTTGGGCTTTCTTTAACTCTTATGGTTGTTGAC
CATTAGGCCTTACTTGATGGATCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATGTAAGACTTCAGTTTGAAGGCTAAGTGATTGATTTTCCTCTTTCTTTCTAAAATAGTGCACCTTGTAATTTCATTCTGGCACAATTTGCCATCTCCATTTGTTTCTATGACTGCATTGTAACTCTTTTGGTTTCATGTTTGTGTTAAA
TCTCATGAATAATTTTTGTGGGTGCAGGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGGTATGATGGTAGTATTGTGGTGGC
Intron 4 GTAATGATGT ... TGACCATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.14 | 39 | 2 | 4 |
| A2 | 9.33 | 34 | 2 | 5 |
| A3 | 4 | 24 | 1 | 1 |
| A4 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| A5 | 3.7 | 13 | 1 | 0 |
| A6 | 0 | 128 | 0 | 0 |
| A7 | 3.29 | 147 | 5 | 5 |
| A8 | 1.79 | 137 | 2 | 3 |
| A9 | 3.38 | 143 | 3 | 7 |
| A10 | 0.95 | 104 | 1 | 1 |
>TRINITY_DN126337_c12_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAATTTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTG
GCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTTTCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTA
GCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGACAGGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGCCTTACTTGATGGA
TCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGCCAAGAGTATAAAATAGGCGCTCCGATTAGGTAGTGGAACCTGCTTAGATGGATGCGAATTGGTTGGTGTCTCGCCAACAATATTGGTAATGAACGCA
GGCTTGATTCGGATTGCTTGGCGATCTTTGCAATTTAAACCTCTAAATATATTCTATATTTGTATATAAGCCAAACTTCTTTTCAGCGTTAGTGATTGCATTAGAAGCCTATTTCTGTGAAAATTTCAGACCAGTATACAGTTATATTTTTTACTTACGGATGTACTTTTATATTTTTGACTTCTATTTTGAAGTAATGT
TTGTTGCGAAATACCC
>TRINITY_DN126337_c12_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAATTTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTG
GCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTTTCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTA
GCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGGTACTCTTCTATCAAAATGGGTTCTATATTTAAGATTCAGAGCTAGCTATCTTATCTGAAGGC
TATTTGGAGTTTCTGTAGCAACTTAAAAATTTATTTGTTATTTCATTTTATACAACTTTATAGCCTCTCTGTAGACAGGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGgtaatgatgtgaagattttgcatgtctattgctgttggtgtggtatttgggctttctttaactcttatggttgttgac
cattagGCCTTACTTGATGGATCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATGTAAGACTTCAGTTTGAAGGCTAAGTGATTGATTTTCCTCTTTCTTTCTAAAATAGTGCACCTTGTAATTTCATTCTGGCACAATTTGCCATCTCCATTTGTTTCTATGACTGCATTGTAACTCTTTTGGTTTCATGTTTGTGTTAAA
TCTCATGAATAATTTTTGTGGGTGCAGGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGGTATGATGGTAGTATTGTGGTGGC
Intron 5 GTACTCTTCT ... CTGTAGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.29 | 5 | 13 | 5 |
| A2 | 71.43 | 3 | 8 | 7 |
| A3 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A4 | 20 | 4 | 1 | 1 |
| A5 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A6 | 33.33 | 15 | 10 | 5 |
| A7 | 39.02 | 25 | 17 | 15 |
| A8 | 34.04 | 31 | 16 | 16 |
| A9 | 16.05 | 34 | 3 | 10 |
| A10 | 19.15 | 19 | 7 | 2 |
>TRINITY_DN45397_c1_g2_i4 from sample A8 / Example spliced isoformGAGTGAAAATCCTTCCCATGACTCGTTGGCTAAGATGAAAGCTACTGAAGAACCCCTAGAAAGCAAACAAAATGATAAGGTCAAACCTTCATTTGAACTGTCAGGGAAGCTTGCTGCAGCAACCAACAAAGTAACCAGTATAGCACTGTTATTCAATGAACCACCCGATGCTCGGAAGCCGACGATCAAATGGTGTCTCT
ATGTTCTGAAGGGTGGAGAGGCCCTCACTGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGCCTTACTTGATGGATCTGAGAAGCTCCAATGGCACACGCTTAAATGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTAT
TAAGTTTGGCAAATATAGCCAAGAGTATAAAATAGGCGCTCCGATTAGGTAGTGGAACCTGCTTAGATGGATGCGAATTGGTTGGTGTCTCGCCAACAATATTGGTAATGAACGCAGGCTTGATTCGGATTGCTTGGCGATCTTTGCAATTTAAACCTCTAAATATATTCTATATTTGTATATAAGCCAAACTTCTTTTC
AGCGTTAGTGATTGCATTAGAAGCCTATTTCTGTGAAAATTTCAGACCAGTATACAGTTATATTTTTTACTTACGGATGTACTTTTATATTTTTGACTTCTATTTTGAAGTAATGTTTGTTGCGAAATACCATTATAGAATGTTATTTTAAAACTTGCAACATCTATTACATATGGGT
>TRINITY_DN45397_c1_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTTCATTATTAAGATGTGGATTATTTTCTTATTGTCTATTTCTGCTATTTTTATGCTATATTGGGACTTGGTTGCATAACATTTGGTATCAAAGCTCTTTCTTCAGGACTGGTTTATTCAAAACAAGTCATCTCGGAATTTTCGCTATAATTTTGTTTCTACAAGGATTCAGAAAGCAAGATTAAAAACACATCTCCAAA
ACAAGTCGAGGTATCTGGTACAATTTTAAGATCCTGAAGCCGTATAGGTTCGGATATATTCGCTTTGAATCGAGAGTTTTTGACTGGTCCAAAAACTAGTCTCAAACAGGTGTTCTGGGGAAAAAGGTCATATCTGTGGCATGAAAGATCCAAATTGAGTGAGACCTGTTGCATCAGAAAGAAGACGGACCAAAGTGTCT
GTGGTAGTGTTTTCATCCTCAGATCTGAAATATTGGACACGTGGCAGACCGTACAATTTCGCTCTTTCGGAAAGACCAAAAATAAGAAGTGTTGGGAGATTTGCAATAACTTCTTATTGGTACATCAGAATTAGGTCAGACCTACGACATTGGAAAAATGACTCCTTAGGCTACATCAGGCCGAAGTTTCAGACCTAGAG
GAGCCAAAATTTTAAATTTACATTAGTTTCAAGTCGGCCCTAAAATAGTCTTCCAATCAGGGTTTGAAAAAAGGTACGCCATTTTAAATTTGAATAACTTTGAGTAGAAGGATCTAATTGTGGTGAAACATAGGGTGTGATACCTATTTGTATTGTTCATAATGCCACCAAAGGGAAGTGTAAAAACTCACACTCCACTC
AAACCACCTGAGGAGTCATCCCCAACGTACGATGAAAGGGAAGACCTATCTTTTCGAGTGTCCCAGTTGGAAGAGATGATTAAAGGATCTGTGAAAATAATTGATTTAGTTAATTTAGAGGGGAAGTTGATGAAACATATGGATAATAAGATGGAAGAAAATATGAAAGGTTTGATGGAACAAATGGAAAATATTGCTAA
TCTCATACAAAATTCAAAGCATACTCATTTTCTAGGTGATGACGTGTTCCATGATACTCAGGAGGATAAATATAAGGTTCATGTTGAAAAACATTCCATGAATAAGAATATTCCAAGAGGAAATGATTATCATAATGGAAATAATTAGGGATGGTCACCAAGGGGTACCCAACTTCCCAAGATTGACATGAGAAAGTTTG
ATGGCAATGATCCAATAACATGGATATTCTAGATGGAGCAGTTCTTTGATCTACACCATGTTCCAACTTTGCAGAAGGTAACTATTGCATCCTTATATTTAGAACCTGATCAATTTGTATGGTACCAATGGCTTTGTGACCGTAAAAAGGACTCTATTATCTCTTGGTCCATATTCACAAAAGAATTGATTGCACATTAT
GGGGATATAAATAGCAACACCTTCTTTAGCTAGTTGGTAAATCTCAAGCAAAAAGGCCCAGTTAGTGAGCACAACAAACAATTTCAGAAGATGAGTCTTAGAGTGAAGAATATTTTAGAAGATAATTTGTTGGATCTCTTTATTGGAACTTTGAAGGATCACATCCAACATGAGGTTCACCTTTGGGAACCTAAGTCCTT
GGAGCATGCATTTAGGGTGGCAAGAAAAGTTGAAAACAAAATTATGGCAACAAGGAAGTCTACCACTTACAACTATAAAGAAGGAAGTGTGGTCTCCATTCATCCACAACCTATAAGGTTGACACCACAACAACTAGAGGAAAAAAAAGCAAAAGGGATTTGTTACAGTTGTGATAGCAAATACAGTAAGGGCCATAAGT
GCATTGAGAAGAAACTATTTTACATAGATTGTGAAGCAGAGGAAGAAAATGAACAAGAAGCAACAAAAGAACAGGAACCGTCTCAAGATGAAGAAATAGAAGATACTACTTCCGGAGAGATTTCTCCCACCATATCTTGTCATGCATTGGCTGGAATTGGCACTCCTCAAACTCTTAAGATCGAAGGATATATCAAAAGG
AAAAATGTAACAGTGTTGATTGATTCTGGTAGTACTCATAATTTCATTCACTGTAAATAACCAAGGTTCTCAATTGCTTTGTATATCCAGCACTAGAGTTTTAAGTAATGATTGTAGATGGAGGAACTATCAATTGCTTAGGAAAATGCCATAATATCAATCTCACTATGGGGGATATGTATTGGATAGTCCAATGATTG
CTATTCCAATGGGGGGCGCTGATGTTGTCTTAGGAGTACAATGGTTACAATTATTGGGAACAATGGCTTTTAATTTTCAAAAGCTTTTCATGAAATTTTTATGGGAAGGAAAGGAATATGAGTTAAATGGTATCACATGGAAACCAAGTAAGGTGATAAGCTCTAATGGTATGACAAAATTGATAAAAAAAAAGGACATC
AAGGTGTAATTGCACAATTATGCTCATTAGATGTTCAAACATCTAAGTCTCCTATTTCCCCAGATCTCCAAAAGGTGATTGATAAGCATTCCAGGTATTTGAAGATATTCCCAAAGGTCTTCCACCTATTTGAGATTTTGATCATTCTATTCACTTAATTCCGGGAAGTGTTCCTCCTAACATCAGACCTTACAGATACC
CTTATGGACAAAAGAGTGAAATTGAGCGTATGGTTGACGAAATGTTAGAGGCCAACATAATTAGGCATAGCCAAAGTTCTTACTCTGCACCAGTGGTAATGGTACAAAAGCCGGATGGATCATGGCGTATGTGTCTAGATTATAGAGAGCTCAACAAGATCACCATTAAAGATAAATTTCCCATTCCTGTCATCGATGAA
TTGTTAGATGAATTACATGGAGTAGTTTTCTTGACAAAGTTGGATCTTTGTTCCGGATGTCATCAGATTAGAATGAAGGAGGAAGACATTCCAAAAACAACATTCAGAACTCATGAAGCTCATTATGAATTTTTGGTCGTGCTATTTGGTCTCACGAATGCGCCTTCCACATTTCAAGGTTTGATGAATTCTATTTTCAA
GCCTTTCCTTAGAAAATTTTTGCTTGTGTTCTTTGATGATATACTAATCTATAGCAAGTCTTGGGAAGAACATGTTCAACATGTTGACAGGGTACTACAACTACTAAAGGAGCAACAACTATATGCAAAGCCTTCCAAATGTTTTTTTGGGGTAAAGGAGGTAGAATATTTGGGTCATATTTATCTCAGGAAGGTGTCAA
GGTAGACCCCAACAAAATTAAAGCCATGATGGATTGGCCAATTCCCAAAAACCTGAAGAATCTTTTAAGGGAGAAGCTCAAGCATTGACTGGAGAATTATGGCTTTCTAATTTTTAGTTTCTTGGGCAGGAGAGAGAAAGATAGCATTTATAGGAGAAGCAGGCAGCCGATCGGGAGCAGATTTTTCTGTGTAGGGGTAC
TGTATGGATTGTACGTGCAGGTTGTACGGACATGCCGTACAGCCACACGAACTTGTCAAACGGATCTGTAAAAGCCACACGGATATGTGTATGGAATCCGTAGTCATCTGGAATGCACTGTACGGATCTGTACAGTTGTATGGACTGTACAAGCCGTACAGAAGATTGCAGAGGCAGAATTTTCTGGGTTTTGCTGTGTT
TTTCAGGGGCAGTTTTGCAGGTTGAAGTTCATCTTCTGTAAAGCAGAATTTGCCAAGGTTGCTGTGTAATTTTTCAAGACCATTTTCTTAGTAAGGGAGCCCTTGTAATCTTGAAATTTATTTAATGAAAAGTTGATTCTGAAGGGTGTAAATCTGTATGTGTTTTTGTGGTCTGTTTCCTATTTTGCACCGGCTGTAAT
TTTTTGTTAATAGATCTCAGCACTGTAAAATAATCAGTTGGCTGAAAATTAAATTTTAAGCAAGGAAAAACTAGGAATTGTTTTATCTAGGCCTGAGATCAGAAAAATTAACAGTCAGTACCCCTCTAGTTAAGCCTAGAACAGTGGAATGAAACTGATCTGCATCTTTATCCTTTTCAGTTTGTTTTTCGTTTTCATTT
TCATTTCTGCACTGGAGCATTCATGAAGGTCTCTAACCTAGCTATGAATGGATGATGTCTAGAGACTATTTATATTAATCGTCAAAGCTGTTATTTGTTTGGAAGAGAAAGGAGTGTGGCAGATGTTTTAATTGATCATTCCTCATGCAGTAAACAGCATGCTGTTATCCAATTCAGgtactcttctatcaaaatgggtt
ctatatttaagattcagagctagctatcttatctgaaggctatttggagtttctgtagcaacttaaaaatttatttgttatttcattttatacaactttatagcctctctgtagacagGTGGAGGAAGAAGAACCTGATGGCACAGTATCGAAGCGAGTAAGGCCTTACTTGATGGATCTGAGAAGCTCCAATGGCACAC
GCTTAAATGATAATCGTCTTAAACCCCAACATTATTATGAACTATCTGTAAAAGATACTATTAAGTTTGGCAAATATAGCCAAGAGTATAAAATAGGCGCTCCGATTAGGTAGTGGAACCTGCTTAGATGGATGCGAATTGGTTGGTGTCTCGCCAACAATATTGGTAATGAACGCAGGCTTGATTCGGATTGCTTGGCG
ATCTTTGCAATTTAAACCTCTAAATATATTCTATATTTGTATATAAGCCAAACTTCTTTTCAGCGTTAGTGATTGCATTAGAAGCCTATTTCTGTGAAAATTTCAGACCAGTATACAGTTATATTTTTTACTTACGGATGTACTTTTATATTTTTGACTTCTATTTTGAAGTAATGTTTGTTGCGAAATACCATTATAGA
ATGTTATTTTAAAACTTGCAACATCTATTACATATGGGT