sp|O04619|ADNT1_ARATH ----> Mitochondrial adenine nucleotide transporter ADNT1

Intron 1 GTTCAAAATC ... CTTTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.58	59	135	111
A2	62.98	72	133	112
A3	61.62	71	125	103
A4	62.06	70	123	106
A5	63.03	33	52.5	60
A6	67.6	106	234	208.5
A7	66.4	127	266	236
A8	66.67	73	147	145
A9	62.95	138	248	221
A10	67.32	138	298	270.5

>TRINITY_DN41300_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTCAAGTGACCTTTGTTTTGTCTTTTAATATTCAAGTCGACGGGAAACCGGCCCGTCAGGTGTAGAAAGCGACGGGAAACCATGAAAGTGACGTGGAATTGATTTTATCCAGGCAATGGAACTGAAATTCAGGTTCTGGCAAACTGACGACAATCCATCTTCTTCCTCCGCTTCTATCTGACGATCCCATTGATCTCTG
GGATCGGACCACGAGAGACGTAAGGCGTGAGATGAGAATACAGGCATATGATACCGTTAGTTAACAGAAATGGGCGGGGAGAAAGCTAAGTGACGGAATCGAGGAAGGCCGTCAATTAGGTTATAGGGTAGGCCATGTAAATGTAACATTATTTTGGTGGGGGAGGCTGGAGCCAAAGAAGAAAGCAATAAACAAAGGGA
AAGCCAGGTGAGCGGCCGCGTGTATGGTTCCAGTTCTTCGCGTCCGGACGAGGGATCGATCCCACGACGTTCCAGGAATAGAGAGGGGAAGCAAGATCGGAGGTGGGGGCGATTTTTGAAGCCGCCGACGTTGGCTGGACGGGTGTGCTTTTTAGGGTTGAGGGTTTAGGGGCGAGGGAGTGAGTGACTGGAATTGCGAT
TTTAATTTCAATGGCTTCCGATGATGTTGTGGGAGGGAGCAACACAGTCGCATTCCGCCAAGCTCCTCCGCTCTATGCAGAAAGCAAAGAAGCCGCGGTCTCAACGTTTGTGAATCTAGCCGAAGAGGCAAAGTTAGCAAGCGAAGGCGTGAAGGCCCCTGGACATGCTGTTCTTAGCGTCTGTAAATCACTAATTGCCG
GTGGCGTAGCAGGAGGAGTGTCACGTTCTGCTGTAGCCCCTTTAGAGCGACTTAAAATTCTACTTCAGGAAATGGTACCAATTGTGCAAGGATAGTACCGAATTCTGCAGTAAAATTTTACAGCTATGAACAGGCTTCGAGAGCAATTCTCTGGTTTTATAGGCAACAGACAGGAAACGAAGATGCAGAGCTAACACCAG
TTCTACGTTTAGGAGCTGGAGCATGTGCAGGCATAATTGCCATGTCTGCAACATACCCAATGGACATGGTTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGACAGAAAGCTCACCTTATCATTACCGTGGGATGTTCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGGGTGGTTGCCATCTGTTATT
GGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGACTGGTTAGTCAAATCCAGACCCTTTGGTTTAGTTGAGGGCACAGATTTGAGTGTGGCAACTAAATTGGCTTGTGGAGCAGCAGCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATACGGAGAAGAATGCAAATGGT
TGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGCAAACTGTAAGGAATGAAGGTTTTGGTGCATTGTACAGGGGTTTGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTGACATATGAATCCGTGAAGG
ATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGGAATAAACCTATCTTCATTATTGTTTATTGTGTAAAATGGAGCTGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACCATTAGATAGTAGAAGTTTT
AGATTGCCCGAAGATCAATAAATCTTGTAACGGAGACATTGGAGTTAGCACATTCCAGCAGTTTTGATATGCCGAGGAAACAGATAATTAGAATTTTAGTTGTTATTATGGTTACATTATCAAATTGGTCAATTATATTATCTCCTGGGCATTATGCCTACAGAGGAAATTCGTAAATGTTTTGTGTTGCCTCGGTTCAA
CTCTTTGTTTTAGGGCCCTATGCTGTTCTAGAGATTCTGCCTTCAGGTCTTTTTCGCTGATTATGATTCCTTTCTTTTGATGTATTACTTAATGAAGTATAATTGTAGCATGCTTTGTTTTTCCCAAGATCCAATCTTTTTTTCACCGTAGGTTACTTGCATTGCTAATTTAGTAATGCCATTATGTTCTAACCAAGTTG
TCTTTTAGGCCAAATGCTAAAATGATGTTGCCAAGGGCACAATTGTAGCAATACTTTTTTACCGAGGAATACATATTACTCTGGAACTAAGTTCTATCTATTTGTAGTGAGTTGCCTCTTAGGCAGTAAGTGGGAATGTACAATCTGTGCGTTGTTTCTCTTGGGCATTACTAGTGTTGTTACTAGAAACACTGGATTTG
TTTCAGGGTTTCAATTCATTTTGTCTCTTAAATTGATTGTTTTTTCCTGTTTTG

>TRINITY_DN41300_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTCAAGTGACCTTTGTTTTGTCTTTTAATATTCAAGTCGACGGGAAACCGGCCCGTCAGGTGTAGAAAGCGACGGGAAACCATGAAAGTGACGTGGAATTGATTTTATCCAGGCAATGGAACTGAAATTCAGGTTCTGGCAAACTGACGACAATCCATCTTCTTCCTCCGCTTCTATCTGACGATCCCATTGATCTCTG
GGATCGGACCACGAGAGACGTAAGGCGTGAGATGAGAATACAGGCATATGATACCGTTAGTTAACAGAAATGGGCGGGGAGAAAGCTAAGTGACGGAATCGAGGAAGGCCGTCAATTAGGTTATAGGGTAGGCCATGTAAATGTAACATTATTTTGGTGGGGGAGGCTGGAGCCAAAGAAGAAAGCAATAAACAAAGGGA
AAGCCAGGTGAGCGGCCGCGTGTATGGTTCCAGTTCTTCGCGTCCGGACGAGGGATCGATCCCACGACGTTCCAGGAATAGAGAGGGGAAGCAAGATCGGAGGTGGGGGCGATTTTTGAAGCCGCCGACGTTGGCTGGACGGGTGTGCTTTTTAGGGTTGAGGGTTTAGGGGCGAGGGAGTGAGTGACTGGAATTGCGAT
TTTAATTTCAATGGCTTCCGATGATGTTGTGGGAGGGAGCAACACAGTCGCATTCCGCCAAGCTCCTCCGCTCTATGCAGAAAGCAAAGAAGCCGCGGTCTCAACGTTTGTGAATCTAGCCGAAGAGGCAAAGTTAGCAAGCGAAGGCGTGAAGGCCCCTGGACATGCTGTTCTTAGCGTCTGTAAATCACTAATTGCCG
GTGGCGTAGCAGGAGGAGTGTCACGTTCTGCTGTAGCCCCTTTAGAGCGACTTAAAATTCTACTTCAGgttcaaaatcctcttcaccgcaaatataatggtacaattcaaggattacgctacatatggaatactgaaggaattcgtggcctttttaaagGAAATGGTACCAATTGTGCAAGGATAGTACCGAATTCTGCA
GTAAAATTTTACAGCTATGAACAGGCTTCGAGAGCAATTCTCTGGTTTTATAGGCAACAGACAGGAAACGAAGATGCAGAGCTAACACCAGTTCTACGTTTAGGAGCTGGAGCATGTGCAGGCATAATTGCCATGTCTGCAACATACCCAATGGACATGGTTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGACAGAAAGCTCACCTTA
TCATTACCGTGGGATGTTCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGGGTGGTTGCCATCTGTTATTGGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGACTGGTTAGTCAAATCCAGACCCTTTGGTTTAGTTGAGGGCACAGATTTGAGTGTGG
CAACTAAATTGGCTTGTGGAGCAGCAGCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATACGGAGAAGAATGCAAATGGTTGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGCAAACTGTAAGGAATGAAGGT
TTTGGTGCATTGTACAGGGGTTTGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTGACATATGAATCCGTGAAGGATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGGAATAAACCTATCTTCATTAT
TGTTTATTGTGTAAAATGGAGCTGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACCATTAGATAGTAGAAGTTTTAGATTGCCCGAAGATCAATAAATCTTGTAACGGAGACATTGGAGTTAGCACATTCCAGCAGTTTTGATATGCCGAGGAAACAGATAATTAGAATTTTAGTTGTTATTAT
GGTTACATTATCAAATTGGTCAATTATATTATCTCCTGGGCATTATGCCTACAGAGGAAATTCGTAAATGTTTTGTGTTGCCTCGGTTCAACTCTTTGTTTTAGGGCCCTATGCTGTTCTAGAGATTCTGCCTTCAGGTCTTTTTCGCTGATTATGATTCCTTTCTTTTGATGTATTACTTAATGAAGTATAATTGTAGC
ATGCTTTGTTTTTCCCAAGATCCAATCTTTTTTTCACCGTAGGTTACTTGCATTGCTAATTTAGTAATGCCATTATGTTCTAACCAAGTTGTCTTTTAGGCCAAATGCTAAAATGATGTTGCCAAGGGCACAATTGTAGCAATACTTTTTTACCGAGGAATACATATTACTCTGGAACTAAGTTCTATCTATTTGTAGTG
AGTTGCCTCTTAGGCAGTAAGTGGGAATGTACAATCTGTGCGTTGTTTCTCTTGGGCATTACTAGTGTTGTTACTAGAAACACTGGATTTGTTTCAGGGTTTCAATTCATTTTGTCTCTTAAATTGATTGTTTTTTCCTGTTTTG

Intron 2 GTTAGTCAAA ... TGTGGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.87	37	76	104
A2	74.47	24	59	81
A3	77.78	26	84	98
A4	59.09	27	36	42
A5	76.81	16	54	52
A6	75.11	140	404	441
A7	82.3	93	391	474
A8	73.86	123	301	394
A9	74.08	120	309	377
A10	76.26	78	233	268

>TRINITY_DN111409_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

TGACGACAATCCATCTTCTTCCTCCGCTTCTATCTGACGATCCCATTGATCTCTGGGATCGGACCACGAGAGACGTAAGGCGTGAGATGAGAATACAGGCATATGATACCGTTAGTTAACAGAAATGGGCGGGGAGAAAGCTAAGTGACGGAATCGAGGAAGGCCGTCAATTAGGTTATAGGGTAGGCCATGTAAATGTA
ACATTATTTTGGTGGGGGAGGCTGGAGCCAAAGAAGAAAGCAATAAACAAAGGGAAAGCCAGGTGAGCGGCCGCGTGTATGGTTCCAGTTCTTCGCGTCCGGACGAGGGATCGATCCCACGACGTTCCAGGAATAGAGAGGGGAAGCAAGATCGGAGGTGGGGGCGATTTTTGAAGCCGCCGACGTTGGCTGGACGGGTG
TGCTTTTTAGGGTTGAGGGTTTAGGGGCGAGGGAGTGAGTGACTGGAATTGCGATTTTAATTTCAATGGCTTCCGATGATGTTGTGGGAGGGAGCAACACAGTCGCATTCCGCCAAGCTCCTCCGCTCTATGCAGAAAGCAAAGAAGCCGCGGTCTCAACGTTTGTGAATCTAGCCGAAGAGGCAAAGTTAGCAAGCGAA
GGCGTGAAGGCCCCTGGACATGCTGTTCTTAGCGTCTGTAAATCACTAATTGCCGGTGGCGTAGCAGGAGGAGTGTCACGTTCTGCTGTAGCCCCTTTAGAGCGACTTAAAATTCTACTTCAGGTTCAAAATCCTCTTCACCGCAAATATAATGGTACAATTCAAGGATTACGCTATATATGGAATACTGAAGGAATTCG
TGGCCTTTTTAAAGGAAATGGTACCAATTGTGCAAGGATAGTACCGAATTCTGCAGTAAAATTTTACAGCTATGAACAGGCTTCGAGAGCAATTCTCTGGTTTTATAGGCAACAGACAGGAAACGAAGATGCAGAGCTAACACCAGTTCTACGTTTAGGAGCTGGAGCATGTGCAGGCATAATTGCCATGTCTGCAACAT
ACCCAATGGACATGGTTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGACAGAAAGCTCACCTTATCATTACCGTGGGATGTTCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGGGTGGTTGCCATCTGTTATTGGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGAC
TGCAGCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATACGGAGAAGAATGCAAATGGTTGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGCAAACTGTAAGGAATGAAGGTTTTGGTGCATTGTACAGGGGTT
TGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTGACATATGAATCCGTGAAGGATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGGAATAAACCTATCTTCATTATTGTTTATTGTGTAAAATGGAGC
TGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACCATTAGATAGTAGAAGTTTTAGATTGCCCGAAGATCAATAAATCTTGTAACGGAGACATTGGAGTTAGCACATTCCAGCAGTTTTGATATGCCGAGGAAACAGATAATTAGAATTTTAGTTGTTATTATGGTTACATTATCAAATTGGTCA
ATTATATTATCTCCTGGGCATTATGCCTACAGAGGAAATTCGTAAATGTTTTGTGTTGCCTCGGTTCAACTCTTTGTTTTAGGGCCCTATGCTGTTCTAGAGATTCTGCCTTCAGGTCTTTTTCGCTGATTATGATTCCTTTCTTTTGATGTATTACTTAATGAAGTATAATTGTAGCATGCTTTGTTTTTCCCAAGATC
CAATCTTTTTTTCACCG

>TRINITY_DN111409_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCAAGTATAGATCTAATTTGGGAGGCACATTGGAAAGAAGGAATGTGCTTGTCCTCAAATTTGAGAATATTTATATTGTTATCTACTAAATATTGAAAGTCTTCTAGATATTGTATTGTTATCTACTATAATTATATTCTAGCATCTTTGGTTACTTTAAAAGTTTAAAGTGGCTCATTTTTTTCTGTTCCACAGGTTC
AAAATCCTCTTCACCGCAAATATAATGGTACAATTCAAGGATTACGCTATATATGGAATACTGAAGGAATTCGTGGCCTTTTTAAAGGAAATGGTACCAATTGTGCAAGGATAGTACCGAATTCTGCAGTAAAATTTTACAGCTATGAACAGGCTTCGAGAGCAATTCTCTGGTTTTATAGGCAACAGACAGGAAACGAA
GATGCAGAGCTAACACCAGTTCTACGTTTAGGAGCTGGAGCATGTGCAGGCATAATTGCCATGTCTGCAACATACCCAATGGACATGGTTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGACAGAAAGCTCACCTTATCATTACCGTGGGATGTTCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGG
GTGGTTGCCATCTGTTATTGGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGACTGgttagtcaaatccagaccctttggtttagttgagggcacagatttgagtgtggcaactaaattggcttgtggagcagCAGCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATAC
GGAGAAGAATGCAAATGGTTGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGCAAACTGTAAGGAATGAAGGTTTTGGTGCATTGTACAGGGGTTTGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTG
ACATATGAATCCGTGAAGGATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGGAATAAACCTATCTTCATTATTGTTTATTGTGTAAAATGGAGCTGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACC
ATTAGATAGTAGAAGTTTTAGATTGCCCGAAGATCAATAAATCTTGTAACGGAGACATTGGAGTTAGCACATTCCAGCAGTTTTGATATGCCGAGGAAACAGATAATTAGAATTTTAGTTGTTATTATGGTTACATTATCAAATTGGTCAATTATATTATCTCCTGGGCATTATGCCTACAGAGGAAATTCGTAAATGTT
TTGTGTTGCCTCGGTTCAACTCTTTGTTTTAGGGCCCTATGCTGTTCTAGAGATTCTGCCTTCAGGTCTTTTTCGCTGATTATGATTCCTTTCTTTTGATGTATTACTTAATGAAGTATAATTGTAGCATGCTTTGTTTTTCCCAAGATCCAATCTTTTTTTCACCG

Intron 3 GTTTGCCAAC ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.54	107	1	59
A2	32.69	105	2	51
A3	32.3	109	0	52
A4	31.11	93	2	42
A5	33.73	55	0	28
A6	27.35	263	0	99
A7	29.15	243	0	100
A8	28.03	190	0	74
A9	26.92	247	0	91
A10	28.78	240	0	97

>TRINITY_DN109414_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

AGACCTACCTTCTTGACTCATGTCCATCCAAGTTTTGCATTTAGATTCAAAACACTGATTGCCGTATTACCTGTAATTGTTTTTTACTTTATACATTTGTTCATTTTTAGTTGAATATGTTGGCTTTTCATATGCAGCCTTTTTCATCAGAAAGATAGGAAGATGCTGTATCTGCCTGACTCATGCACATTTTTTTTTTC
AGGTCACGTTCTGCTGTAGCCCCTTTAGAGCGACTTAAAATTCTACTTCAGGTTCAAAATCCTCTTCACCGCAAATATAATGGTACAATTCAAGGATTACGCTATATATGGAATACTGAAGGAATTCGTGGCCTTTTTAAAGGAAATGGTACCAATTGTGCAAGGATAGTACCGAATTCTGCAGTAAAATTTTACAGCTA
TGAACAGGCTTCGAGAGCAATTCTCTGGTTTTATAGGCAACAGACAGGAAACGAAGATGCAGAGCTAACACCAGTTCTACGTTTAGGAGCTGGAGCATGTGCAGGCATAATTGCCATGTCTGCAACATACCCAATGGACATGGTTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGACAGAAAGCTCACCTTATCATTACCGTGGGATGT
TCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGGGTGGTTGCCATCTGTTATTGGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGACTGGTTAGTCAAATCCAGACCCTTTGGTTTAGTTGAGGGCACAGATTTGAGTGTGGCAACTAAATTGGCTTGT
GGAGCAGCAGCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATACGGAGAAGAATGCAAATGGTTGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGCAAACTGTAAGGAATGAAGGTTTTGGTGCATTGTACAG
GGGTTTGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTGACATATGAATCCGTGAAGGATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGGAATAAACCTATCTTCATTATTGTTTATTGTGTAAAAT
GGAGCTGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACCATTAGATAGTAGAAGTTTTAGATTGCCCGAAGATCAATAAATCTTGTAACGGAGACATTGGAGTTAGCACATTCCAGCAGTTTTGATATGCCGAGGAAACAGATAATTAGAATTTTAGTTGTTATTATGGTTACATTATCAAATT
GGTCAATTATATTATCTCCTGGGCATTATGCCTACAGAGGAAATTCGTAAATGTTTTGTGTTGCCTCGGTTCAACTCTTTGTTTTAGGGCCCTATGCTGTTCTAGAGATTCTGCCTTCAGGTCTTTTTCGCTGATTATGATTCCTTTCTTTTGATGTATTACTTAATGAAGTATAATTGTAGCATGC

>TRINITY_DN109414_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGgtttgccaacaatgaaactatgttcttgttatgttgcggggtttaaatttttaatattttaagagaccttctagcaaaagtggtgcttatctttgtcctcaaggtgtgcatatcttgcaaaatttttcactagccacagtgaaagtatctgcaattactcatgggtggttttatttg
cagACAGAAAGCTCACCTTATCATTACCGTGGGATGTTCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGGGTGGTTGCCATCTGTTATTGGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGACTGGTTAGTCAAATCCAGACCCTTTGGTTTAGTTGA
GGGCACAGATTTGAGTGTGGCAACTAAATTGGCTTGTGGAGCAGCAGCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATACGGAGAAGAATGCAAATGGTTGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGC
AAACTGTAAGGAATGAAGGTTTTGGTGCATTGTACAGGGGTTTGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTGACATATGAATCCGTGAAGGATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGG
AATAAACCTATCTTCATTATTGTTTATTGTGTAAAATGGAGCTGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACCATTAGATAGTAGAAGTTTTAGATTGCCCGAAGATCAATAAATCTTGTAACGGAGACATTGGAGTTAGCACATTCCAGCAGTTTTGATATGCCGAGGAAACAGATAATT
AGAATTTTAGTTGTTATTATGGTTACATTATCAAATTGGTCAATTATATTATCTCCTGGGCATTATGCCTACAGAGGAAATTCGTAAATGTTTTGTGTTGCCTCGGTTCAACTCTTTGTTTTAGGGCCCTATGCTGTTCTAGAGATTCTGCCTTCAGGTCTTTTTCGCTGATTATGATTCCTTTCTTTTGATGTATTACT
TAATGAAGTATAATTGTAGCATGC

Intron 4 GTTAGTCAAA ... GGAGCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.28	33	76	105
A2	71.14	29	59	84
A3	78.95	24	84	96
A4	61.9	24	36	42
A5	76.47	16	54	50
A6	74.1	148	404	443
A7	80.77	105	391	491
A8	73.08	130	301	405
A9	74.19	120	309	381
A10	74.92	83	233	263

>TRINITY_DN41300_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTCAAGTGACCTTTGTTTTGTCTTTTAATATTCAAGTCGACGGGAAACCGGCCCGTCAGGTGTAGAAAGCGACGGGAAACCATGAAAGTGACGTGGAATTGATTTTATCCAGGCAATGGAACTGAAATTCAGGTTCTGGCAAACTGACGACAATCCATCTTCTTCCTCCGCTTCTATCTGACGATCCCATTGATCTCTG
GGATCGGACCACGAGAGACGTAAGGCGTGAGATGAGAATACAGGCATATGATACCGTTAGTTAACAGAAATGGGCGGGGAGAAAGCTAAGTGACGGAATCGAGGAAGGCCGTCAATTAGGTTATAGGGTAGGCCATGTAAATGTAACATTATTTTGGTGGGGGAGGCTGGAGCCAAAGAAGAAAGCAATAAACAAAGGGA
AAGCCAGGTGAGCGGCCGCGTGTATGGTTCCAGTTCTTCGCGTCCGGACGAGGGATCGATCCCACGACGTTCCAGGAATAGAGAGGGGAAGCAAGATCGGAGGTGGGGGCGATTTTTGAAGCCGCCGACGTTGGCTGGACGGGTGTGCTTTTTAGGGTTGAGGGTTTAGGGGCGAGGGAGTGAGTGACTGGAATTGCGAT
TTTAATTTCAATGGCTTCCGATGATGTTGTGGGAGGGAGCAACACAGTCGCATTCCGCCAAGCTCCTCCGCTCTATGCAGAAAGCAAAGAAGCCGCGGTCTCAACGTTTGTGAATCTAGCCGAAGAGGCAAAGTTAGCAAGCGAAGGCGTGAAGGCCCCTGGACATGCTGTTCTTAGCGTCTGTAAATCACTAATTGCCG
GTGGCGTAGCAGGAGGAGTGTCACGTTCTGCTGTAGCCCCTTTAGAGCGACTTAAAATTCTACTTCAGGTTCAAAATCCTCTTCACCGCAAATATAATGGTACAATTCAAGGATTACGCTACATATGGAATACTGAAGGAATTCGTGGCCTTTTTAAAGGAAATGGTACCAATTGTGCAAGGATAGTACCGAATTCTGCA
GTAAAATTTTACAGCTATGAACAGGCTTCGAGAGCAATTCTCTGGTTTTATAGGCAACAGACAGGAAACGAAGATGCAGAGCTAACACCAGTTCTACGTTTAGGAGCTGGAGCATGTGCAGGCATAATTGCCATGTCTGCAACATACCCAATGGACATGGTTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGACAGAAAGCTCACCTTA
TCATTACCGTGGGATGTTCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGGGTGGTTGCCATCTGTTATTGGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGACTGCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATACGGAGAAGA
ATGCAAATGGTTGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGCAAACTGTAAGGAATGAAGGTTTTGGTGCATTGTACAGGGGTTTGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTGACATATGA
ATCCGTGAAGGATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGGAATAAACCTATCTTCATTATTGTTTATTGTGTAAAATGGAGCTGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACCATTAGATA
GTAGAAGTTTTAGATTGCCCGAAGATCAATAAATCTTGTAACGGAGACATTGGAGTTAGCACATTCCAGCAGTTTTGATATGCCGAGGAAACAGATAATTAGAATTTTAGTTGTTATTATGGTTACATTATCAAATTGGTCAATTATATTATCTCCTGGGCATTATGCCTACAGAGGAAATTCGTAAATGTTTTGTGTTG
CCTCGGTTCAACTCTTTGTTTTAGGGCCCTATGCTGTTCTAGAGATTCTGCCTTCAGGTCTTTTTCGCTGATTATGATTCCTTTCTTTTGATGTATTACTTAATGAAGTATAATTGTAGCATGCTTTGTTTTTCCCAAGATCCAATCTTTTTTTCACCGTAGGTTACTTGCATTGCTAATTTAGTAATGCCATTATGTTC
TAACCAAGTTGTCTTTTAGGCCAAATGCTAAAATGATGTTGCCAAGGGCACAATTGTAGCAATACTTTTTTACCGAGGAATACATATTACTCTGGAACTAAGTTCTATCTATTTGTAGTGAGTTGCCTCTTAGGCAGTAAGTGGGAATGTACAATCTGTGCGTTGTTTCTCTTGGGCATTACTAGTGTTGTTACTAGAAA
CACTGGATTTGTTTCAGGGTTTCAATTCATTTTGTCTCTTAAATTGATTGTTTTTTCCTGTTTTG

>TRINITY_DN41300_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTCAAGTGACCTTTGTTTTGTCTTTTAATATTCAAGTCGACGGGAAACCGGCCCGTCAGGTGTAGAAAGCGACGGGAAACCATGAAAGTGACGTGGAATTGATTTTATCCAGGCAATGGAACTGAAATTCAGGTTCTGGCAAACTGACGACAATCCATCTTCTTCCTCCGCTTCTATCTGACGATCCCATTGATCTCTG
GGATCGGACCACGAGAGACGTAAGGCGTGAGATGAGAATACAGGCATATGATACCGTTAGTTAACAGAAATGGGCGGGGAGAAAGCTAAGTGACGGAATCGAGGAAGGCCGTCAATTAGGTTATAGGGTAGGCCATGTAAATGTAACATTATTTTGGTGGGGGAGGCTGGAGCCAAAGAAGAAAGCAATAAACAAAGGGA
AAGCCAGGTGAGCGGCCGCGTGTATGGTTCCAGTTCTTCGCGTCCGGACGAGGGATCGATCCCACGACGTTCCAGGAATAGAGAGGGGAAGCAAGATCGGAGGTGGGGGCGATTTTTGAAGCCGCCGACGTTGGCTGGACGGGTGTGCTTTTTAGGGTTGAGGGTTTAGGGGCGAGGGAGTGAGTGACTGGAATTGCGAT
TTTAATTTCAATGGCTTCCGATGATGTTGTGGGAGGGAGCAACACAGTCGCATTCCGCCAAGCTCCTCCGCTCTATGCAGAAAGCAAAGAAGCCGCGGTCTCAACGTTTGTGAATCTAGCCGAAGAGGCAAAGTTAGCAAGCGAAGGCGTGAAGGCCCCTGGACATGCTGTTCTTAGCGTCTGTAAATCACTAATTGCCG
GTGGCGTAGCAGGAGGAGTGTCACGTTCTGCTGTAGCCCCTTTAGAGCGACTTAAAATTCTACTTCAGGAAATGGTACCAATTGTGCAAGGATAGTACCGAATTCTGCAGTAAAATTTTACAGCTATGAACAGGCTTCGAGAGCAATTCTCTGGTTTTATAGGCAACAGACAGGAAACGAAGATGCAGAGCTAACACCAG
TTCTACGTTTAGGAGCTGGAGCATGTGCAGGCATAATTGCCATGTCTGCAACATACCCAATGGACATGGTTCGGGGAAGGTTAACTGTACAGACAGAAAGCTCACCTTATCATTACCGTGGGATGTTCCATGCATTGTCAACTGTCTTGCGTGAGGAAGGTCCAAGAGCTTTATACAAAGGGTGGTTGCCATCTGTTATT
GGAGTGGTTCCGTATGTCGGGCTGAATTTTGCAGTCTACGAGTCTCTGAAGGACTGgttagtcaaatccagaccctttggtttagttgagggcacagatttgagtgtggcaactaaattggcttgtggagcagcagCAGGAACTGTTGGACAAACAGTAGCTTACCCTCTTGATGTAATACGGAGAAGAATGCAAATGGT
TGGGTGGAAAGATGCAGCTCCTATTGTAACTGGAGATGGGAGAAGCAAAGCACCTCTTCAATACTCTGGTATGGTCGATGCTTTCAGGCAAACTGTAAGGAATGAAGGTTTTGGTGCATTGTACAGGGGTTTGGTTCCAAATTCAGTGAAGGTGGTGCCATCAATCGCAATTGCTTTTGTGACATATGAATCCGTGAAGG
ATCTTCTCGGTGTGGAAATGAGAATTTCAGATTGAATAATTTTCTTTTCACGTGGTGATATTTGGAGAGTTCTTTGATTTGTTCCAAGGAATAAACCTATCTTCATTATTGTTTATTGTGTAAAATGGAGCTGTTATCTTTCTTGATGGCTATATCTAAATCTTTGAAGGCATATCCAACCATTAGATAGTAGAAGTTTT
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