sp|Q9SMH4|RAA2_CHLRE ----> Trans-splicing factor Raa2, chloroplastic
Intron 1 GTACGTTGTT ... TCTTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 2 | 6 | 2 |
| A2 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A3 | 71.43 | 3 | 15 | 0 |
| A4 | 100 | 0 | 4 | 0 |
| A5 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A6 | 33.33 | 7 | 2 | 5 |
| A7 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A8 | 63.64 | 2 | 6 | 1 |
| A9 | 44.83 | 8 | 6 | 7 |
| A10 | 50 | 2 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i3 from sample A9 / Example spliced isoformCAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
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CAGTTATGATTGAACTCCATGTATTATATGAAAAAAAACATGCCATAAAATCATAGTGGGAAGATGTTGTAATTTTGCTCGGACG
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
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CATTGTGGTGGTCCGATTGTTCCAGTTCTTAATAGTAAGATGTTTTAAAAAAAAATATGATTTAAATATTTTTATTGAATTCATTTTTATTGATAGATTAATTTATATGTGAACATTAAAATTTGTTTTCGATATTAACATTTTATTACAGAAAAGAAAGAAGTTAAAAGTCATTTAAAAGATTGCGCGGCTAGCAGGAA
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Intron 2 GTACGTTGTT ... TCTTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 2 | 8 | 2 |
| A2 | 75 | 1 | 3 | 0 |
| A3 | 85 | 3 | 17 | 0 |
| A4 | 100 | 0 | 3 | 0 |
| A5 | 80 | 1 | 4 | 1 |
| A6 | 22.22 | 7 | 2 | 5 |
| A7 | 80 | 1 | 4 | 1 |
| A8 | 88.24 | 2 | 15 | 1 |
| A9 | 50 | 8 | 8 | 7 |
| A10 | 50 | 2 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i3 from sample A9 / Example spliced isoformCAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
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CAGTTATGATTGAACTCCATGTATTATATGAAAAAAAACATGCCATAAAATCATAGTGGGAAGATGTTGTAATTTTGCTCGGACG
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
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CATTGTGGTGGTCCGATTGTTCCAGTTCTTAATAAAAAGAAAGAAGTTAAAAGTCATTTAAAAGATTGCGCGGCTAGCAGGAAGAGTAAAATCGAATGATGGAATCAAACACTGGATCATCTTCAACAGgtacgttgtttgttttattttagctttagctttagtaggaagagttgcttttctgagtaagagggaaattc
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tttcccgtgcccaattaaggtcaataaaatctcttatgattattggaaccagttttcatttataaaatagatttagaatttatttatttaattaattataccttataaattaaggtataagattgttggaaccatttttcaattataaaattgaattttaatttattaactcaattaatattactccatggaactagtat
atccttaccaacaatgagcgtggatgatggaatcaaacactggatcatcttcaacagTACTTCATCAATCATTGTCTGGATTGTTGTTCTCTCTACATGTCCATACTGATAGCGATTATCGCCTTACCGTATTTTACATAATTTTAAGGGTAATTTCTAATGGTTATGAGACCAAGATGGACACAGAAAAATTGAAAAAT
ATAAGACATTTCAGTTATGATTGAACTCCATGTATTATATGAAAAAAAACATGCCATAAAATCATAGTGGGAAGATGTTGTAATTTTGCTCGGACG
Intron 3 GTACGTTGTT ... TCTTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A2 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A3 | 66.67 | 3 | 12 | 0 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A6 | 26.32 | 7 | 0 | 5 |
| A7 | 60 | 1 | 2 | 1 |
| A8 | 69.23 | 2 | 8 | 1 |
| A9 | 40.74 | 8 | 4 | 7 |
| A10 | 50 | 2 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i3 from sample A9 / Example spliced isoformCAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
AAAGAGAGAAGAATTAATGGACATGGAGTGTGCCTTGTTTGTCCAATTAGTCATTCGAGTCAATTCCAGGTTCACATGCATTTCGGCTTAAACAAGGTGACATGGAGTTGATCATTCAAGATATAGTGCCTTTGCTGCTATGGGATTCAAAGGGACTGGGGAGGGCTATTTATGATCGCCGTAGATTCGATCTGTTCCTT
CATTGTGGTGGTCCGATTGTTCCAGTTCTTAATAGTAAGATGTTTTAAAAAAAAATATGATTTAAATATTTTTATTGAATTCATTTTTATTGATAGATTAATTTATATGTGAACATTAAAATTTGTTTTCGATATTAACATTTTATTACAGAAAAGAAAGAAGTTAAAAGTCATTTAAAAGATTGCGCGGCTAGCAGGAA
GAGTAAAATCGAATGATGGAATCAAACACTGGATCATCTTCAACAGTACTTCATCAATCATTGTCTGGATTGTTGTTCTCTCTACATGTCCATACTGATAGCGATTATCGCCTTACCGTATTTTACATAATTTTAAGGGTAATTTCTAATGGTTATGAGACCAAGATGGACACAGAAAAATTGAAAAATATAAGACATTT
CAGTTATGATTGAACTCCATGTATTATATGAAAAAAAACATGCCATAAAATCATAGTGGGAAGATGTTGTAATTTTGCTCGGACG
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
AAAGAGAGAAGAATTAATGGACATGGAGTGTGCCTTGTTTGTCCAATTAGTCATTCGAGTCAATTCCAGGTTCACATGCATTTCGGCTTAAACAAGGTGACATGGAGTTGATCATTCAAGATATAGTGCCTTTGCTGCTATGGGATTCAAAGGGACTGGGGAGGGCTATTTATGATCGCCGTAGATTCGATCTGTTCCTT
CATTGTGGTGGTCCGATTGTTCCAGTTCTTAATAAAAAGAAAGAAGTTAAAAGTCATTTAAAAGATTGCGCGGCTAGCAGGAAGAGTAAAATCGAATGATGGAATCAAACACTGGATCATCTTCAACAGgtacgttgtttgttttattttagctttagctatgatggaatcaaacactggatcatcttcaacagTACTTC
ATCAATCATTGTCTGGATTGTTGTTCTCTCTACATGTCCATACTGATAGCGATTATCGCCTTACCGTATTTTACATAATTTTAAGGGTAATTTCTAATGGTTATGAGACCAAGATGGACACAGAAAAATTGAAAAATATAAGACATTTCAGTTATGATTGAACTCCATGTATTATATGAAAAAAAACATGCCATAAAATC
ATAGTGGGAAGATGTTGTAATTTTGCTCGGACG
Intron 4 GTAAGATGTT ... TTTATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 90.7 | 2 | 16 | 23 |
| A2 | 66.67 | 6 | 9 | 15 |
| A3 | 65.22 | 8 | 8 | 22 |
| A4 | 91.3 | 1 | 10 | 11 |
| A5 | 88.24 | 1 | 7 | 8 |
| A6 | 71.43 | 2 | 4 | 6 |
| A7 | 50.94 | 13 | 12 | 15 |
| A8 | 41.67 | 21 | 17 | 13 |
| A9 | 60 | 6 | 7 | 11 |
| A10 | 42.86 | 6 | 4 | 5 |
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i1 from sample A9 / Example spliced isoformCAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
AAAGAGAGAAGAATTAATGGACATGGAGTGTGCCTTGTTTGTCCAATTAGTCATTCGAGTCAATTCCAGGTTCACATGCATTTCGGCTTAAACAAGGTGACATGGAGTTGATCATTCAAGATATAGTGCCTTTGCTGCTATGGGATTCAAAGGGACTGGGGAGGGCTATTTATGATCGCCGTAGATTCGATCTGTTCCTT
CATTGTGGTGGTCCGATTGTTCCAGTTCTTAATAAAAAGAAAGAAGTTAAAAGTCATTTAAAAGATTGCGCGGCTAGCAGGAAGAGTAAAATCGAATGATGGAATCAAACACTGGATCATCTTCAACAGGTACGTTGTTTGTTTTATTTTAGCTTTAGCTATGATGGAATCAAACACTGGATCATCTTCAACAGTACTTC
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ATAGTGGGAAGATGTTGTAATTTTGCTCGGACG
>TRINITY_DN42299_c5_g3_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAAACTTCACAAATAAGTAAATGGAAGACCCGTTGCAACTCTTTGGAACATGGGCTAAATCCAAGGGCCAAACCTACTGCAAAAGAGCAAGCAGAAGCAAGACAGTGAGAGAGGATGAAGAGAACCCTGCCTTAACCCAGAACTCCAATCCAGAACTCCAATGTACCAAAGCGACGGAAGTTAACGCTTGTTGCAAACCA
AAAGAGAGAAGAATTAATGGACATGGAGTGTGCCTTGTTTGTCCAATTAGTCATTCGAGTCAATTCCAGGTTCACATGCATTTCGGCTTAAACAAGGTGACATGGAGTTGATCATTCAAGATATAGTGCCTTTGCTGCTATGGGATTCAAAGGGACTGGGGAGGGCTATTTATGATCGCCGTAGATTCGATCTGTTCCTT
CATTGTGGTGGTCCGATTGTTCCAGTTCTTAATAgtaagatgttttaaaaaaaaatatgatttaaatatttttattgaattcatttttattgatagattaatttatatgtgaacattaaaatttgttttcgatattaacattttattacagAAAAGAAAGAAGTTAAAAGTCATTTAAAAGATTGCGCGGCTAGCAGGAA
GAGTAAAATCGAATGATGGAATCAAACACTGGATCATCTTCAACAGGTACGTTGTTTGTTTTATTTTAGCTTTAGCTAGCAGGAAGAGTAAAATCGAATGATGGAATCAAACACTGGATCATCTTCAACAGTACTTCATCAATCATTGTCTGGATTGTTGTTCTCTCTACATGTCCATACTGATAGCGATTATCGCCTTA
CCGTATTTTACATAATTTTAAGGGTAATTTCTAATGGTTATGAGACCAAGATGGACACAGAAAAATTGAAAAATATAAGACATTTCAGTTATGATTGAACTCCATGTATTATATGAAAAAAAACATGCCATAAAATCATAGTGGGAAGATGTTGTAATTTTGCTCGGACG