sp|Q8SAB7|SPK1_ARATH ----> Guanine nucleotide exchange factor SPIKE 1
Intron 1 GTTTGTCAGT ... TACCTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.25 | 95 | 64 | 12 |
| A2 | 42.86 | 60 | 45 | 3 |
| A3 | 40 | 69 | 46 | 6 |
| A4 | 26.67 | 88 | 32 | 4 |
| A5 | 35.56 | 29 | 16 | 0 |
| A6 | 93.75 | 12 | 180 | 0 |
| A7 | 94.32 | 10 | 166 | 0 |
| A8 | 96.43 | 8 | 216 | 0 |
| A9 | 96.1 | 8 | 197 | 0 |
| A10 | 88.28 | 17 | 128 | 0 |
>TRINITY_DN131768_c2_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoformATAATTATGTTGCTGTGATATGGAGTTTTTTTATTGGTGCTATCTAACTGAGGAATTATGAGAATGAGTTTTTTTATTGGTGCTATCTAACTGAGGAATTATGAGAATGACCCTTCTAATCTTCTCAAATTCCCAATTTTTATAGGAGAGGGAGTATTTAGAAGATGGGAAGCTTGTTTTCAAGTTGCGCTTGAGGTTGT
GCTCATCCTTATATCCAATGAATGAGCGGATTAGAGATTTTTTCCTGGAATATGATAGACATATTCTCCGGACAAGTCCTCCTTGGGGTTCTGAGCTTCTTGAGGCCATTAACAGCTTGAAAAATGTTGATTCGACTGCATTGCTGCAGTTTTTACAGCCCATCTTGAACATGCTTCTGCACCTCATTGGAGATGGTGGC
GAAACCCTTCAGGTAGCTGCCTTCCGTGCTATGGTTAACATTTTGACAAGGGTGCAACATGAGTCATCCGATGGAGCAGAACGAAATCGATTTCTCGTCCATTATGCGGACTATGCTTTTGATGACTTTGGTGGACGACAACCTCCAGTTTATCCAGGTCTATCGACTGTTTGGGGAAGCTTGGCTCGGAGCAAGGCGAA
AGGTTATCGTGTTGGCCCTGTTTATGACGATGTGCTATCCATGGCATGGGTATTTTTAGAGCTTATTGTAAAATCTATGGCATTGGAGCAAGCACGGCTCTTCTATAACAGCCTCCCTGCAGGAGAAGATATTCCACCATTGCAACTGAAGGAAGGTGTTTTCAGATGTATAGGACAGCTTTATGACTGCTTGCTAACAG
AAGTACATGAGCGCTGTAAGAAAGGACTGAGCTTGGCCAAGCGACTAAATAGCAGTCTAGCATTCTTTTGTTATGATCTCTTGTCAATCATAGAACCGCGGCAAGTTTTTGAATTGGTAGCACTATACATGGACAAATTCACGGGGGTTTGCCAGGCAGTTTTGCATGACTGCAAATTAACTTTTCTACAAATTATTTGT
GATCATGATCTTTTTGTAGAGATGCCTGGACGGGATCCTTCAGAGAGGAATTATCTATCTTCAGTTTTAATACAAGAGCTCTTCCTTACATGGGATCATGATGATGTGGCACAACGTTCTAAAGCGGCTCGTATCTTGGTGGTTCTCATGTGCAAGCATGAATTTGATGTGCGGTATCAGAAGCTGGAAGACAAGCTATA
TATTGCACAGCTTTACTTCCCCCTAATTGGACTGATTTTGGATGAGATGCCGGTATTTTACAACCTCAGTACAGTAGAGAAGCGTGAAGTTCTAATCTGTATCATACAGATAATTCGTAATTTGGATGATGCATCTCTTATTAAGGCATGGCAACAGAGTATTGCTAGAACAAGGCTATTTTTCAAGCTTCTGGAAGAAT
GTCTTGTCCTTTTTGAGCATAGAAAATCAGCTGACTCTATGGTCATTGGCAACTCTCGGAGTCCAGATGTGGAAGGGCCAGTTTCACCCAAGTACTCGGACAAACTCTCTCCAGCAATTAATAGTTATTTGACAGACGCGTCTCGACAAGAAATCAGACCACAGGTAACACCAGAGAGTGGGTACTTATGGCAAAGGTTG
AGCCCTCAGTTGAGTTCACCAAGTCAACCGTACTCGTTACGTGAGGCATTAGCTCAGGCACAATCATCCCGTATAGGAGCTTCCAGCAGAGCATTAAGGGAGAGTTTGCACCCAATATTTAGGCAGAAGTTGGAGCTTTGGGAGGAGAACATAAGTACAGCTGTCAGTCTCCAGATATTGGAGATAACTGAGAAGTTCTC
GCGAGCGGCTGCAGATCATAGTATTGGGACTGACTATGCAAAGCTTGACTGTATTACAGCTATATTCATGGCTTTTCTTTCCCGCAGCCAACCATTGGTCTTTTGGAAAGCTTTTTTCCCTGTATTTAATAGTCTGTTTAATCTTCATGGTGCAACACTGATGGCAAGGGAGAATGATCGCTTCTTGAAGCAGGTGGCAT
TTCATCTACTTCGTCTTGCAGTATTCCGTAATGATTCCATCAGAAAGAGGGCTGTTGTTGGCCTTCAAATTCTTGTGAGGAATTCCTTCTACTATTTTCAGAATACTGCACGGTTGCGTGTTATGTTGACAATCACTTTGTCAGAATTGATGTCTGACATACAGAGCTCTTTAGAGGAAAGTGGGGAAGCCCGCCGTCTC
AGGAAGTCACTGGATGAAATGGCAATGGAAGATAGGAGTGGCGATCTTTTGAAAGGCTGCGGTCTTTCTGAGAATGCATTGGATGCTATCTCTGAGGGTTCTACGCAGAATCATTGGTCATGGTTAGAAGTCAAGCAATTGTCTGTAACTCTTCTTCGAGCTCTAGATGCAGGAATTGAACATGCTCTCCTGGGTCCTAT
GATGTCAATAGACAGATATGCTGCAGCAGAGAGTTTTCATAGACTTGCTTGGGCTTATGCACACGTTCCAGATCTGCATATTATGTGGCTTCTTCATTTATGTGATGCTCATCAAGAGATGCAGTCTTGGGCAGAAGCTGCACAGTGTGCTGTCGCTGTTGCTGGAGTCATCATGCAGGCATTGGTAGGACGAAATGATG
CTGTGTGGGGAAAGGAGCATGTAACAGCTTTGCGTAAGATTTGTCCAATGGTCAGTAGTGCAGTTATTGGGGAAGCATCAGCTGCAGAAGTTGAAGGATATGGGGCGTCAAAATTGACAGTTGACTCTGCTGTGAAATATCTACAGCTTGCAAATAAGCTATTTTCTCAGGCTGAACTTCATCACTTTTGTGCTAGCATT
CTTGAATTAATTATTCCAGTTTACAAAAGCAGAAGAGCATTTGGGCAGTTGGCTAAGTGCCATACTTCCCTTACAAACATTTATGAATCAATCCTTGGGCAGGAATCAAGTCCCATACCCTTTACAAATGCTACTTACTATAGAGTTGGGTTTTATGGGGACAACTTTGGAAAATTGCACAGGAAAGAATATATATACAG
GGAGGCTCGGGATGTACGATTAGGTGATATAATGGAGAAACTTAGTCATATTTATGAGTCAAAGTTGGATGGTAGCCGAACATTGCATGTAATTCCAGATTCTAGACAGGTAAATGCAGATGAACTGCAGCCTGGAGTTAGCTACCTGCAGATAACTTCAGTTGACCCAGTTATGGAAGATGAAGATTTAGACAGTAGAA
AAGAAAGGATCATTTCTCTTTCATCTGGAAGTTGTCGTGCTCGAGTTTTTGATCGCTTCCTGTTTGATACTCCATTTACTAAAAATGGAAAAACTCAAGGAGGGCTGGAAGACCAGTGGAAAAGACGCACTGTTCTGCAAACTGAGGGATCCTTTCCAGCCCTTGTAAATCGACTTTTAGTTTTGAAGTCAGACTCCCGT
GAGTTTTCTCCTATTGAAAATGCAATTGGAATGATAGAAACAAGGACTGCTGCACTAAGAAATGAACTAGAAGAACCTCGCAGCTCAGAAGGTGATCAGCTTCCCCGGTTGCAAAGTCTACAACGAATTCTTCAAGGCAGTGTTGCTGTGCAGGTAGCACAAGATTTTATATCAAAGATATTTCTCATCTTTTTAAATAA
CAGAATGCTAATTAGATGATTTGTTTTTCCAGTCATATTATAGAGGGCTAATTCAAACTTTTTGGTTGACAGGTAAATAGTGGTGTTCTAGGTGTTTGTACAGCATTCTTGTCTGGGGAACCTGCTACACGACTAAGGTCACAAGAGTTACAACAACTTATTGCTGCCCTGCTAGAATTCATGGCTGTGTGCAAACGAGC
AATCCGGGTTCACTCTAGGCTGATTGGAGAGGAGGACCAGGATTTCCACACACAACTTGTGAATGGGTTTCAGTCACTTACTGCTGAACTATCTCATTATATTCCGGCCATTCTCTCTGAGCTGTGATATATGACCTGTATTTTTCTTGTATTGCATCTGATAAATTTTGCTTGCTTGTATTCTTTACCCGCTCTTTTTT
ATAGGATGGCTTTAATGTTGCATTTGTGCAATGCATCCATCTTTAAAGCAGTTGTAAAATGGTGTATTATTTATCATTTTCTTGGTGTGTGTTTCACCAGAAAATACTTGTTTCTCACAGCTTGCAGTATATACATTTTTTACGGGTTTCATTATCCCTGCTCTTTGTAAAGTTTATTTACAGGAATGATGGAAAGGTTT
TATATTTGGTTTTCTGATTTTATCTCGGAGCAGTGAGTTTTTACCAGGATGTTGGATGTACTTGGATTTGGCAAAACCTCTGACACTTTTGGTTATACCTATGAACTTGTTGAGACTGTAGAAGTGGGGACACCACAGGCCAGTTAATTGTAATACATAAATGCACCTACCATTGGGCTTGGTCAGTTCATGGTATCATA
GTCCAAGAAGTAACTTTGCAATGACTTTCGTGTTTGCAGTCAACCCATAATAGTTAATGAGGACACTATTAAATCTCATGGCTGATATTCAGGTCACAGATATCTGAGTAGCTGTATGGTTGATGATTCATTCAGCTTGACATCTCTTCCGTGGTTGCTAGTTTGGGAGTACTTTTTTCAGTGATGTTATTGGGGTTACT
TCCGAAATAAGCAATTGTAATAACTGGGCAGGGTATTATTATTATTATTGATAAGTTTTATTTGCATCGTTTTTGGTTTCAAAATAAATATAGTTAACCATATTACAAAATCTCGGTATATCAATTGAAATTTGCTCAATATGTCCAAATGCCCCATGTCTATAAATATATATATATATGCAAAGCT
>TRINITY_DN131768_c2_g1_i20 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGAGAATGTAGGCACCTCAAAATTGCGAGTTATCTTTGAGCCTCAAGTTTCACCAGCTTAAAATAAAAGAATGAAAACTTTGTGTTTATATAATACTTACTTTTGCGAGTTGGAACATACAACTGTTTTTTTGGTTTCTCTTAAATATTCAGCAAGTTATTGAACTGTCTTCTTGGACATTTTACAGGTTGCGGTCAGAT
TTAATGTTGCCGATTCTGAGAGAGTTGGTACCTCACTATCTCCAAGAAACTGTCAAGGAGAGGGAGTATTTAGAAGATGGGAAGCTTGTTTTCAAGTTGCGCTTGAGGTTGTGCTCATCCTTATATCCAATGAATGAGCGGATTAGAGATTTTTTCCTGGAATATGATAGACATATTCTCCGGACAAGTCCTCCTTGGGG
TTCTGAGCTTCTTGAGGCCATTAACAGCTTGAAAAATGTTGATTCGACTGCATTGCTGCAGTTTTTACAGCCCATCTTGAACATGCTTCTGCACCTCATTGGAGATGGTGGCGAAACCCTTCAGgtttgtcagttctaggttggctatacatatttgtgtattttcaatatagttctgggtagaacttcatgcttattga
ttctggatatggcaaaatttatgcattgatgaactagaccctgcagttttatttgatgaatgaagagagacttgtattcatatcttaatatgaccgaaatgacaaaagtcctgaattgagatcaatggagaagagtgacacatgttttgcttataaatgaggcttgatttatatgattttagtcaatacagagcatattg
tgcaatttggttgtgttctgtaggttacctggttttgttttgacctctgacatgatgttcacatatttctttccatattgtgcaatttggttgtgttctgtaggttacctggttttgttttgacctctgacatgatgttcacatatttctttccatatttcgttctagtaaaaggcttccagatctcagcaaggtgggat
agttgaagcacataactttttttattattataaaactattgaattgagcaataaatgctgactatactgaaatacccagaaattcaagtcaacgagtcattattacaatgtatgtttctgttccaaaagaatgggagcctttataatatatatttaacatttctgtgttataatgtcttcatttttgtacctcacagGTA
GCTGCCTTCCGTGCTATGGTTAACATTTTGACAAGGTATCATTCACTTGATTCTCAACTTTCACTTTCA
Intron 2 GTTTTGTGTT ... TGGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.15 | 84 | 26.5 | 8 |
| A2 | 27.43 | 57 | 22 | 2 |
| A3 | 12.48 | 61 | 9.5 | 0 |
| A4 | 21.4 | 57 | 16.5 | 8 |
| A5 | 25.67 | 27 | 10 | 6 |
| A6 | 22.22 | 7 | 2 | 1 |
| A7 | 9.53 | 17 | 2 | 0 |
| A8 | 25 | 2 | 1 | 0 |
| A9 | 30.95 | 20 | 9 | 0 |
| A10 | 2.27 | 21 | 0.5 | 0 |
>TRINITY_DN131768_c2_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTTAATGCAGCTCTCTCTTCAAATTGTGTATATTTCTGAATTTCTGTGCATTTGTCCTGTTTTCACCTTAATGAAATCTTGAATAATTATTGCTTTAGTTTTGTCTGATATGTGATGTTATGTTATCATTTTTTTGTGTGTTCTGGTTGGTTTTACAAGGCACTGAGATCAACCGATTGGTGTTCATCTGCAATTGCCA
AATAAAAATGTGTTATTTTCTTCCATGTTATTTTTCAACACCATCTTTTTTAAGTTTGATGAATACCAGCAATGCTGTTGTTGGATGATTATTTGCCAGTTTATGTATGGTATTGGTCAAAGTTAATGGCTGGCCAATGTTTTTTCCTTAGTATTTAATAAATTAATACTCAAGTGAGGTGTCACAGTGTGGCTTACTGA
AAATATCTTGCATCTTATGAAGATATTAGTCATTTTAATCTCTGCAAGTCATTTCTTGGCTGACAGCTAAGAGAAAATCTAGAGCAGTGGCCTCATTTGAATGAGTTGGTGCAATGCTACAAGGCTGACTGGGTGAAAGATGAAAACAAATATGGCCATTATGAGAGTATACCATCCATATCATTTCAAAGCCAAATTTT
TGAAGGGCCAGATACTGATATAGAAACAGAGCTACGCCTGGCTAATAACAGGCAGGGGAGGAATGGAGATGCCACTGATGATGATGACCCTAGTACATCAGGAAGGCATTCATCTGATACAAGCTCATCAGATGGCACATTGACAAGGACCTTTCAAAAGCATTTTGGTGCCTCCCCCTTGCCTGCTTATGAACCTGTTT
TTGATTGGGAGAATGAGAGGTCCGACATCTTTGGACAGAGAACACCGGAAGTTCCACCAACTATATGTGGCAGTGGACTCAAGATATACATCAAGGCTTTATCTCTGGCCTTTCAAGCAGGTTTTGTTGAGCCTTTTTATGGTACAATATGTTTATATCATAGAGAAAGGAGAGAAAAACTGTCAGAGGACTTCTATTTC
CAGTTCTTACCCAATGAAATGCAAGATGGTATGGCACCCTTGCAACACCGTGCTATCTTTTCTTTGGACTCCCCATCTTCATCTGTTTGCCTACTTATTCAATTGGAAAAGCCTGCAACTGAAGAAGGAGGAGTGACACCATCAGTATACTCTCGCAAAGAACCTGTTCATTTGACAGAGCGGGAGAAGCAGAAGCTGCA
AGTATGGGCTAGAATGATGCCATACAGAGAATCTTTTGCTTGGGCTGTTGTTCCTTTGTTTGAGAGCAACATTGGTGGAGGCGTTGGTGGAATCGCCTCTCCAAGTAGCCCACTTGCCCCTAGTATATCAGGGTCGAGTTCACAGGAAAGTAACATTGACCTCATTGGGAGATCAGCATCAGATGGAAGGATGACCCATT
ATTCAAGCGGCTCTGCTGTAATTGTTGAGATACCCAACTTGAATAGAGTGAAAGAAAGCTACGTTGAGGAGTTGCTTCAGGATCCTAAAAGAAAGGTTCATAAACCAGTTAAAGGCAGTCTTAGGTTGGAAGTCGAAAAAGTTCAGGCCAGTCATCTTGACATAGACACTCTTTCTGAAACTGGTAGCCTCAGCAATGAT
TCGAATGATGCTGGTGAAAGACTTGGAGATACCGGGCCATTGAAAAGCATTGGAAATAGTACTGGCAGACCATCCAACGGTGGTGCGAAATGGAATCTCCATGAAGCAAGGGAAGTTGGCGGTAGCCGTTCAAATATCATTCAAGGAACGGTGCTGGAAAATGGCAGTGATGATTTCCGGGCTTTGGATTTTCGAGCATT
GACAAAGAACGAGCCCTTTTCTCAGCTGCTTCACTGTCTATTTGTGTATCCTTTAACGGTTAACTTAAGTAGAAAGCGCAATCTGTTCATTAAGGTTGAGTTGCGGAAGGACGATGTGGATATCCGTAAACATGCACTAGAGGTTATATATCCAAAAGATAAAGGCATGCCATCTCAGAAGTGGGCTCACACACAGGTTG
CTGTTGGTGCTCGAACAGCATGCTACCATGATGAGATTAAGCTTTGCCTTCCTGCTATTCTTACTCCCCAACATCATCTGCTCTTTACATTTTATCATGTTGATCTTCAAACAAAGCTCGAAGCTCCAAAGCCAGTTATTGTGGGATATGCTGCCCTTCCTCTGACTACTCATGTTCAGTTGCGGTCAGATTTAATGTTG
CCGATTCTGAGAGAGTTGGTACCTCACTATCTCCAAGAAACTGTCAAGGTATTGTCAAATATGTTCTCCGGAATTCCTGATATTTATGATCTCAAATGAAGTGCACCATAGTTATATCTATGAGATCAAAGCTATTTTTAATACTCTTATATGATTAAATGTTCGTATACAAATATGCTCTCCTTCAACCACTCGTTGAT
TTTTGAAA
>TRINITY_DN131768_c2_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTATCTTTAGTTCAGCATTTATTTTTGTTCATATTTACTCATCAAACATGCATTGATATTTTGTAACAAACCAACCTTTATGGTTTTATTTTCTATTTCCATTATTATTCCTGTTTTTATTTCAGAAATCTGTTTATTTTCATAGTATTGAAAGTTCAGAGATGTTTGTGCCATCCGTTGCTGGTTCATTTCTTTCAG
ATGAGCTACAATTGCTATAATATTTTTAGTTTATTCTATGCAGCATTTTGGTGCCTCCCCCTTGCCTGCTTATGAACCTGTTTTTGATTGGGAGAATGAGAGGTCCGACATCTTTGGACAGAGAACACCGGAAGTTCCACCAACTATATGTGGCAGgttttgtgtttacttgatgtagtggcaatatgaacttgtcttca
ctttcacacaaaggcattctttatgctaatttttcaaacagtaactgatatctttaaattgccatgccattgctgtttcttccatattttttgatataatattagtatctgaatggttttcagTGGACTCAAGATATACATCAAGGCTTTATCTCTGGCCTTTCAAGCAGGTTTTGTTGGTGAGTTCAATGAGTAAATTA
GCCATTCGTCTCTCAGAGATTCATTAACTATGTAACAAAGCATGAAATGTAGAGATTGATTAGAACACATCATTCATTTGCAGCATACATGTTTTACTATTTCAAGTCGATATATTATCTTCAAAAGTGGTTTGCATGATATTGAAACTCTCATCCTAATACACATAGACATGTCTATATGTATGTCTTTTGTTCCAACC
ATTTGAGGGGATTCATATGTTGGAGAATGAGGTCCTTTGTCACATCAACTAAAGGACAAACTTCTAATATGTGGTGTTCCTACGAGAGATTTACTTTCGCAGATGATAAGAACTTTTATTTTAGGAAACTGATTGAAGTTTTCTGCCTCTTGTCAGAGCCTTTTTATGGTACAATATGTTTATATCATAGAGAAAGGAGA
GAAAAACTGTCAGAGGACTTCTATTTCCAGTTCTTACCCAATGAAATGCAAGATGGTATGGCACCCTTGCAACACCGTGCTATCTTTTCTTTGGACTCCCCATCTTCATCTGTTTGCCTACTTATTCAATTGGAAAAGCCTGCAACTGAAGAAGGAGGAGTGACACCATCAGTATACTCTCGCAAAGAACCTGTTCATTT
GACAGAGCGGGAGAAGCAGAAGCTGCAAGTATGGGCTAGAATGATGCCATACAGAGAATCTTTTGCTTGGGCTGTTGTTCCTTTGTTTGAGAGCAACATTGGTGGAGGCGTTGGTGGAATCGCCTCTCCAAGTAGCCCACTTGCCCCTAGTATATCAGGGTCGAGTTCACAGGAAAGTAACATTGACCTCATTGGGAGAT
CAGCATCAGATGGAAGGATGACCCATTATTCAAGCGGCTCTGCTGTAATTGTTGAGATACCCAACTTGAATAGAGTGAAAGAAAGCTACGTTGAGGAGTTGCTTCAGGATCCTAAAAGAAAGGTTCATAAACCAGTTAAAGGCAGTCTTAGGTTGGAAGTCGAAAAAGTTCAGGCCAGTCATCTTGACATAGACACTCTT
TCTGAAACTGGTAGCCTCAGCAATGATTCGAATGATGCTGGTGAAAGACTTGGAGATACCGGGCCATTGAAAAGCATTGGAAATAGTACTGGCAGACCATCCAACGGTGGTGCGAAATGGAATCTCCATGAAGCAAGGGAAGTTGGCGGTAGCCGTTCAAATATCATTCAAGGAACGGTGCTGGAAAATGGCAGTGATGA
TTTCCGGGCTTTGGATTTTCGAGCATTGACAAAGAACGAGCCCTTTTCTCAGCTGCTTCACTGTCTATTTGTGTATCCTTTAACGGTTAACTTAAGTAGAAAGCGCAATCTGTTCATTAAGGTTGAGTTGCGGAAGGACGATGTGGATATCCGTAAACATGCACTAGAGGTTATATATCCAAAAGATAAAGGCATGCCAT
CTCAGAAGTGGGCTCACACACAGGTTGCTGTTGGTGCTCGAACAGCATGCTACCATGATGAGATTAAGCTTTGCCTTCCTGCTATTCTTACTCCCCAACATCATCTGCTCTTTACATTTTATCATGTTGATCTTCAAACAAAGCTCGAAGCTCCAAAGCCAGTTATTGTGGGATATGCTGCCCTTCCTCTGACTACTCAT
GTTCAGTTGCGGTCAGATTTAATGTTGCCGATTCTGAGAGAGTTGGTACCTCACTATCTCCAAGAAACTGTCAAGGTATTGTCAAATATGTTCTCCGGAATTCCTGATATTTATGATCTCAAATGAAGTGCACCATAGTTATATCTATGAGATCAAAGCTATTTTTAATACTCTTATATGATTAAATGTTCGTATACAAA
TATGCTCTCCTTCAACCACTCGTTGATTTTTGAAA
Intron 3 GTGAGTTCAA ... CTCTTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.84 | 46 | 3 | 28 |
| A2 | 29.69 | 35.5 | 7 | 14 |
| A3 | 24.04 | 53.3 | 0 | 15 |
| A4 | 33.95 | 34.5 | 5 | 17 |
| A5 | 28.08 | 20.8 | 3 | 7 |
| A6 | 9.37 | 10 | 1 | 1 |
| A7 | 42.22 | 14.8 | 0 | 8 |
| A8 | 62.5 | 1.5 | 0 | 2 |
| A9 | 15.07 | 12.8 | 0 | 2 |
| A10 | 21.26 | 20.5 | 0 | 5 |
>TRINITY_DN131768_c2_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTTAATGCAGCTCTCTCTTCAAATTGTGTATATTTCTGAATTTCTGTGCATTTGTCCTGTTTTCACCTTAATGAAATCTTGAATAATTATTGCTTTAGTTTTGTCTGATATGTGATGTTATGTTATCATTTTTTTGTGTGTTCTGGTTGGTTTTACAAGGCACTGAGATCAACCGATTGGTGTTCATCTGCAATTGCCA
AATAAAAATGTGTTATTTTCTTCCATGTTATTTTTCAACACCATCTTTTTTAAGTTTGATGAATACCAGCAATGCTGTTGTTGGATGATTATTTGCCAGTTTATGTATGGTATTGGTCAAAGTTAATGGCTGGCCAATGTTTTTTCCTTAGTATTTAATAAATTAATACTCAAGTGAGGTGTCACAGTGTGGCTTACTGA
AAATATCTTGCATCTTATGAAGATATTAGTCATTTTAATCTCTGCAAGTCATTTCTTGGCTGACAGCTAAGAGAAAATCTAGAGCAGTGGCCTCATTTGAATGAGTTGGTGCAATGCTACAAGGCTGACTGGGTGAAAGATGAAAACAAATATGGCCATTATGAGAGTATACCATCCATATCATTTCAAAGCCAAATTTT
TGAAGGGCCAGATACTGATATAGAAACAGAGCTACGCCTGGCTAATAACAGGCAGGGGAGGAATGGAGATGCCACTGATGATGATGACCCTAGTACATCAGGAAGGCATTCATCTGATACAAGCTCATCAGATGGCACATTGACAAGGACCTTTCAAAAGCATTTTGGTGCCTCCCCCTTGCCTGCTTATGAACCTGTTT
TTGATTGGGAGAATGAGAGGTCCGACATCTTTGGACAGAGAACACCGGAAGTTCCACCAACTATATGTGGCAGTGGACTCAAGATATACATCAAGGCTTTATCTCTGGCCTTTCAAGCAGGTTTTGTTGAGCCTTTTTATGGTACAATATGTTTATATCATAGAGAAAGGAGAGAAAAACTGTCAGAGGACTTCTATTTC
CAGTTCTTACCCAATGAAATGCAAGATGGTATGGCACCCTTGCAACACCGTGCTATCTTTTCTTTGGACTCCCCATCTTCATCTGTTTGCCTACTTATTCAATTGGAAAAGCCTGCAACTGAAGAAGGAGGAGTGACACCATCAGTATACTCTCGCAAAGAACCTGTTCATTTGACAGAGCGGGAGAAGCAGAAGCTGCA
AGTATGGGCTAGAATGATGCCATACAGAGAATCTTTTGCTTGGGCTGTTGTTCCTTTGTTTGAGAGCAACATTGGTGGAGGCGTTGGTGGAATCGCCTCTCCAAGTAGCCCACTTGCCCCTAGTATATCAGGGTCGAGTTCACAGGAAAGTAACATTGACCTCATTGGGAGATCAGCATCAGATGGAAGGATGACCCATT
ATTCAAGCGGCTCTGCTGTAATTGTTGAGATACCCAACTTGAATAGAGTGAAAGAAAGCTACGTTGAGGAGTTGCTTCAGGATCCTAAAAGAAAGGTTCATAAACCAGTTAAAGGCAGTCTTAGGTTGGAAGTCGAAAAAGTTCAGGCCAGTCATCTTGACATAGACACTCTTTCTGAAACTGGTAGCCTCAGCAATGAT
TCGAATGATGCTGGTGAAAGACTTGGAGATACCGGGCCATTGAAAAGCATTGGAAATAGTACTGGCAGACCATCCAACGGTGGTGCGAAATGGAATCTCCATGAAGCAAGGGAAGTTGGCGGTAGCCGTTCAAATATCATTCAAGGAACGGTGCTGGAAAATGGCAGTGATGATTTCCGGGCTTTGGATTTTCGAGCATT
GACAAAGAACGAGCCCTTTTCTCAGCTGCTTCACTGTCTATTTGTGTATCCTTTAACGGTTAACTTAAGTAGAAAGCGCAATCTGTTCATTAAGGTTGAGTTGCGGAAGGACGATGTGGATATCCGTAAACATGCACTAGAGGTTATATATCCAAAAGATAAAGGCATGCCATCTCAGAAGTGGGCTCACACACAGGTTG
CTGTTGGTGCTCGAACAGCATGCTACCATGATGAGATTAAGCTTTGCCTTCCTGCTATTCTTACTCCCCAACATCATCTGCTCTTTACATTTTATCATGTTGATCTTCAAACAAAGCTCGAAGCTCCAAAGCCAGTTATTGTGGGATATGCTGCCCTTCCTCTGACTACTCATGTTCAGTTGCGGTCAGATTTAATGTTG
CCGATTCTGAGAGAGTTGGTACCTCACTATCTCCAAGAAACTGTCAAGGTATTGTCAAATATGTTCTCCGGAATTCCTGATATTTATGATCTCAAATGAAGTGCACCATAGTTATATCTATGAGATCAAAGCTATTTTTAATACTCTTATATGATTAAATGTTCGTATACAAATATGCTCTCCTTCAACCACTCGTTGAT
TTTTGAAA
>TRINITY_DN131768_c2_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTATCTTTAGTTCAGCATTTATTTTTGTTCATATTTACTCATCAAACATGCATTGATATTTTGTAACAAACCAACCTTTATGGTTTTATTTTCTATTTCCATTATTATTCCTGTTTTTATTTCAGAAATCTGTTTATTTTCATAGTATTGAAAGTTCAGAGATGTTTGTGCCATCCGTTGCTGGTTCATTTCTTTCAG
ATGAGCTACAATTGCTATAATATTTTTAGTTTATTCTATGCAGCATTTTGGTGCCTCCCCCTTGCCTGCTTATGAACCTGTTTTTGATTGGGAGAATGAGAGGTCCGACATCTTTGGACAGAGAACACCGGAAGTTCCACCAACTATATGTGGCAGGTTTTGTGTTTACTTGATGTAGTGGCAATATGAACTTGTCTTCA
CTTTCACACAAAGGCATTCTTTATGCTAATTTTTCAAACAGTAACTGATATCTTTAAATTGCCATGCCATTGCTGTTTCTTCCATATTTTTTGATATAATATTAGTATCTGAATGGTTTTCAGTGGACTCAAGATATACATCAAGGCTTTATCTCTGGCCTTTCAAGCAGGTTTTGTTGgtgagttcaatgagtaaatta
gccattcgtctctcagagattcattaactatgtaacaaagcatgaaatgtagagattgattagaacacatcattcatttgcagcatacatgttttactatttcaagtcgatatattatcttcaaaagtggtttgcatgatattgaaactctcatcctaatacacatagacatgtctatatgtatgtcttttgttccaacc
atttgaggggattcatatgttggagaatgaggtcctttgtcacatcaactaaaggacaaacttctaatatgtggtgttcctacgagagatttactttcgcagatgataagaacttttattttaggaaactgattgaagttttctgcctcttgtcagAGCCTTTTTATGGTACAATATGTTTATATCATAGAGAAAGGAGA
GAAAAACTGTCAGAGGACTTCTATTTCCAGTTCTTACCCAATGAAATGCAAGATGGTATGGCACCCTTGCAACACCGTGCTATCTTTTCTTTGGACTCCCCATCTTCATCTGTTTGCCTACTTATTCAATTGGAAAAGCCTGCAACTGAAGAAGGAGGAGTGACACCATCAGTATACTCTCGCAAAGAACCTGTTCATTT
GACAGAGCGGGAGAAGCAGAAGCTGCAAGTATGGGCTAGAATGATGCCATACAGAGAATCTTTTGCTTGGGCTGTTGTTCCTTTGTTTGAGAGCAACATTGGTGGAGGCGTTGGTGGAATCGCCTCTCCAAGTAGCCCACTTGCCCCTAGTATATCAGGGTCGAGTTCACAGGAAAGTAACATTGACCTCATTGGGAGAT
CAGCATCAGATGGAAGGATGACCCATTATTCAAGCGGCTCTGCTGTAATTGTTGAGATACCCAACTTGAATAGAGTGAAAGAAAGCTACGTTGAGGAGTTGCTTCAGGATCCTAAAAGAAAGGTTCATAAACCAGTTAAAGGCAGTCTTAGGTTGGAAGTCGAAAAAGTTCAGGCCAGTCATCTTGACATAGACACTCTT
TCTGAAACTGGTAGCCTCAGCAATGATTCGAATGATGCTGGTGAAAGACTTGGAGATACCGGGCCATTGAAAAGCATTGGAAATAGTACTGGCAGACCATCCAACGGTGGTGCGAAATGGAATCTCCATGAAGCAAGGGAAGTTGGCGGTAGCCGTTCAAATATCATTCAAGGAACGGTGCTGGAAAATGGCAGTGATGA
TTTCCGGGCTTTGGATTTTCGAGCATTGACAAAGAACGAGCCCTTTTCTCAGCTGCTTCACTGTCTATTTGTGTATCCTTTAACGGTTAACTTAAGTAGAAAGCGCAATCTGTTCATTAAGGTTGAGTTGCGGAAGGACGATGTGGATATCCGTAAACATGCACTAGAGGTTATATATCCAAAAGATAAAGGCATGCCAT
CTCAGAAGTGGGCTCACACACAGGTTGCTGTTGGTGCTCGAACAGCATGCTACCATGATGAGATTAAGCTTTGCCTTCCTGCTATTCTTACTCCCCAACATCATCTGCTCTTTACATTTTATCATGTTGATCTTCAAACAAAGCTCGAAGCTCCAAAGCCAGTTATTGTGGGATATGCTGCCCTTCCTCTGACTACTCAT
GTTCAGTTGCGGTCAGATTTAATGTTGCCGATTCTGAGAGAGTTGGTACCTCACTATCTCCAAGAAACTGTCAAGGTATTGTCAAATATGTTCTCCGGAATTCCTGATATTTATGATCTCAAATGAAGTGCACCATAGTTATATCTATGAGATCAAAGCTATTTTTAATACTCTTATATGATTAAATGTTCGTATACAAA
TATGCTCTCCTTCAACCACTCGTTGATTTTTGAAA
Intron 4 GTAGCACAAG ... TGGTTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.85 | 79 | 19 | 39 |
| A2 | 24.29 | 53 | 18 | 16 |
| A3 | 22.29 | 61 | 13 | 22 |
| A4 | 26.17 | 55 | 19 | 20 |
| A5 | 24.53 | 20 | 8 | 5 |
| A6 | 22.5 | 93 | 18 | 36 |
| A7 | 19.76 | 67 | 9 | 24 |
| A8 | 20.63 | 100 | 24 | 28 |
| A9 | 18.73 | 102 | 11 | 36 |
| A10 | 16.22 | 62 | 8 | 16 |
>TRINITY_DN131768_c2_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTATGAATAACTACCTAACTTGCAGCAGAGATCAAATGAATGGGGTTGGGCATTAAACCATATGCAGAGTTGAAAACTTGAAACCGGGTTGGGGAACACTAGATTTTTAGAAAGTAAAGGGTACAATTAATGTTCATAAGTCCCTATTACAAAGTGCATATACAAAACTATTTAAAAAAATGAAGGGGATCATTAAGT
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>TRINITY_DN131768_c2_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATAATTATGTTGCTGTGATATGGAGTTTTTTTATTGGTGCTATCTAACTGAGGAATTATGAGAATGAGTTTTTTTATTGGTGCTATCTAACTGAGGAATTATGAGAATGACCCTTCTAATCTTCTCAAATTCCCAATTTTTATAGGAGAGGGAGTATTTAGAAGATGGGAAGCTTGTTTTCAAGTTGCGCTTGAGGTTGT
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TATTGCACAGCTTTACTTCCCCCTAATTGGACTGATTTTGGATGAGATGCCGGTATTTTACAACCTCAGTACAGTAGAGAAGCGTGAAGTTCTAATCTGTATCATACAGATAATTCGTAATTTGGATGATGCATCTCTTATTAAGGCATGGCAACAGAGTATTGCTAGAACAAGGCTATTTTTCAAGCTTCTGGAAGAAT
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GCGAGCGGCTGCAGATCATAGTATTGGGACTGACTATGCAAAGCTTGACTGTATTACAGCTATATTCATGGCTTTTCTTTCCCGCAGCCAACCATTGGTCTTTTGGAAAGCTTTTTTCCCTGTATTTAATAGTCTGTTTAATCTTCATGGTGCAACACTGATGGCAAGGGAGAATGATCGCTTCTTGAAGCAGGTGGCAT
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AAGAAAGGATCATTTCTCTTTCATCTGGAAGTTGTCGTGCTCGAGTTTTTGATCGCTTCCTGTTTGATACTCCATTTACTAAAAATGGAAAAACTCAAGGAGGGCTGGAAGACCAGTGGAAAAGACGCACTGTTCTGCAAACTGAGGGATCCTTTCCAGCCCTTGTAAATCGACTTTTAGTTTTGAAGTCAGACTCCCGT
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ATAGGATGGCTTTAATGTTGCATTTGTGCAATGCATCCATCTTTAAAGCAGTTGTAAAATGGTGTATTATTTATCATTTTCTTGGTGTGTGTTTCACCAGAAAATACTTGTTTCTCACAGCTTGCAGTATATACATTTTTTACGGGTTTCATTATCCCTGCTCTTTGTAAAGTTTATTTACAGGAATGATGGAAAGGTTT
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TCCGAAATAAGCAATTGTAATAACTGGGCAGGGTATTATTATTATTATTGATAAGTTTTATTTGCATCGTTTTTGGTTTCAAAATAAATATAGTTAACCATATTACAAAATCTCGGTATATCAATTGAAATTTGCTCAATATGTCCAAATGCCCCATGTCTATAAATATATATATATATGCAAAGCT