NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTTGTT ... AATTATAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	4	0	2
A2	-1	0	0	0
A3	0	1	0	0
A4	14.29	6	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	30	7	0	3
A7	18.92	30	0	7
A8	12.5	28	2	4
A9	20	40	1	10
A10	16.22	31	4	6

>TRINITY_DN41356_c2_g8_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGAGGCATGGTAAATGAGACAAAAAAAAGCAAAGGCACGCTAAGGAGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCAAATTCTTCAAAAGCAAGGGTGAAGGGAAGCTCATGGCAATGGAGGAGGGATTCACACCAAGATCATTGTAAATGTAGGGGCTTTAATAGGAGAAGAATAAATATCACATCAGCTAAAAGACATTGTAG
GGAGCATGGACACGTTGAAGGGGAGCATGAATATCGTCCATTGGAAAGGCCCCCATGGAAAATCTCCTTGAGAATGTGGTTGAACAAGCGTCGGAGGAACATGGAGCAAATATTGAAGATCAAGTTAATGATCATATGGAAGAAGATGAGCATGCTAATAACACAGTTGAAGGTGATGTTATAAATACATTGATCCATTG
CACATTTAATGTTAGAATGGATGATGACCAAGATGACAAATTTGATGATGTTCATGATTTACCACTACTTGACAAGCCTGCATACAAAATCCTTTATGAAGGATCCAACACAACTCTTCTCTCTGCTATATTGTGGATAGTAAACTTGAAGGTTATGAATGGTTTTTCAAACACATTGGTCACACTAACGTTAAGGTATG
TAATATATTTCATCACATATACATGATGATAAAGGTGATATTTTTCCTCTATTTTTATTGTTAGTTCATCGGTAAAATTAATAAGGATGAAATATGTACCATTAATATTCTTTATAT

>TRINITY_DN41356_c2_g8_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGAAAAGAAAGGGTGATGGGAAATGTTATTGTCCTTGCAGTAAATGTAGGGGCTTTAATAGGAGAAGAATAAATATCACATCAGCTAAAAGACATTGTAGGGAGCATGGACACGTTGAAGGGGAGCATGAATATCGTCCATTGgtaagttgttaattatatgtctttatattggtagcttttgtaaatgtatgtattat
tttaatatttgttatatattcactaatatattttgatggtttgtaattataaagGAAAGGCCCCCATGGAAAATCTCCTTGAGAATGTGGTTGAACAAGCGTCGGAGGAACATGGAGCAAATATTGAAGATCAAGTTAATGATCATATGGAAGAAGATGAGCATGCTAATAACACAGTTGAAGGTGATGTTATAAATACA
TTGATCCATTGCACATTTAATGTTAGAATGGATGATGACCAAGATGACAAATTTGATGATGTTCATGATTTACCACTACTTGACAAGCCTGCATACAAAATCCTTTATGAAGGATCCAACACAACTCTTCTCTCTGCTATATTGTGGATAGTAAACTTGAAGGTTATGAATGGTTTTTCAAACACATTGGTCACACTAAC
GTTAAGGTATGTAATATATTTCATCACATATACATGATGATAAAGGTGATATTTTTCCTCTATTTTTATTGTTAGTTCATCGGTAAAATTAATAAGGATGAAATATGTACCATTAATATTCTTTATAT

Intron 2 GTAAGTTGTT ... AATTATAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	4	0	2
A2	-1	0	0	0
A3	0	1	0	0
A4	14.29	6	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	30	7	0	3
A7	18.92	30	0	7
A8	12.5	28	2	4
A9	20	40	1	10
A10	16.22	31	4	6

>TRINITY_DN41609_c1_g5_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

GCCGAAATGAGACAAAAAAAAGCAAAGGCACGCTAAGGAGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCAAATTCTTCAAAAGCAAGGGTGAAGGGAAGCTCATGGCAATGGAGGAGGGATTCACACCAAGATCATTGTAAATGTAGGGGCTTTAATAGGAGAAGAATAAATATCACATCAGCTAAAAGACATTGTAGGGAGCATG
GACACGTTGAAGGGGAGCATGAATATCGTCCATTGGAAAGGCCCCCATGGAAAATCTCCTTGAGAATGTGGTTGAACAAGCGTCGGAGGAACATGGAGCAAATATTGAAGATCAAGTTAATGATCATATGGAAGAAGATGAGCATGCTAATAACACAGTTGAAGGTGATGTTATAAATACATTGATCCATTGCACATTTA
ATGTTAGAATGGATGATGACCAAGATGACAAATTTGATGATGTTCATGATTTACCACTACTTGACAAGCCTGCATACAAAATCCTTTATGAAGGATCCAACACAACTCTTCTCTCTGCTATATTGTGGATAGTAAACTTGAAGGTTATGAATGGTTTTTCAAACACATTGGTCACACTAACGTTAAGGTATGTAATATAT
TTCATCACATATACATGATGATAAAGGTGATATTTTTCCTCTATTTTTATTGTTAGTTCATCGGTAAAATTAATAAGGATGAAATATGTACCATTAATATTCTTTATATTTACCAGTTTTTGTTGTTGTTGCT

>TRINITY_DN41609_c1_g5_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGGAAATGTTATTGTCCTTGCAGTAAATGTAGGGGCTTTAATAGGAGAAGAATAAATATCACATCAGCTAAAAGACATTGTAGGGAGCATGGACACGTTGAAGGGGAGCATGAATATCGTCCATTGgtaagttgttaattatatgtctttatattggtagcttttgtaaatgtatgtattattttaatatttgttatata
ttcactatattttgatggtttgtaattataaagGAAAGGCCCCCATGGAAAATCTCCTTGAGAATGTGGTTGAACAAGCGTCGGAGGAACATGGAGCAAATATTGAAGATCAAGTTAATGATCATATGGAAGAAGATGAGCATGCTAATAACACAGTTGAAGGTGATGTTATAAATACATTGATCCATTGCACATTTAAT
GTTAGAATGGATGATGACCAAGATGACAAATTTGATGATGTTCATGATTTACCACTACTTGACAAGCCTGCATACAAAATCCTTTATGAAGGATCCAACACAACTCTTCTCTCTGCTATATTGTGGATAGTAAACTTGAAGGTTATGAATGGTTTTTCAAACACATTGGTCACACTAACGTTAAGGTATGTAATATATTT
CATCACATATACATGATGATAAAGGTGATATTTTTCCTCTATTTTTATTGTTAGTTCATCGGTAAAATTAATAAGGATGAAATATGTACCATTAATATTCTTTATATTTACCAGTTTTTGTTGTTGTTGCT