sp|Q8VY57|ARL8A_ARATH ----> ADP-ribosylation factor-like protein 8a

Intron 1 GTAAGTAATT ... TGCATGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	26	6	7
A2	9.68	28	2	4
A3	14.29	24	4	4
A4	9.68	14	1	2
A5	29.73	26	15	7
A6	17.97	121	32	21
A7	17.07	102	24	18
A8	23.42	85	27	25
A9	17.33	124	32	20
A10	13.22	105	23	9

>TRINITY_DN30995_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GGTCCAACAAAATAGAAATAATGAAAGGATTGGTATGTATTTCAAATCCAGAGGAAAAGCAGGGAACAGTCTGTCATGACAAGGCAATCGTAGACCGGACTTCAAAGGAGATTCAATCCGGCTGACTAGAAATTTGAGATCCGTTCGTTTTGCTCTTTATTTTTGCAGTCGGTAAGCGAATAAAAACACAATACATTGTA
TCAGTTGCGAGGTTATATCCCTCGATTTAAGGACAGATTTGCTACTAATATCTAATATCGGCATCAATAATTTGTTCTGAGCCTCGGTCGGATCACAGCCACAGCCTCAGACACAGACATGGGGCTCTGGGACGCTTTCCTCAACTGGCTTCGAAGCTTGTTTTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCTTTAATAGGGCTCC
AGAATGCAGGAAAGACATCACTAGTAAATGTCATTGCGACTGGTGGTTATAGCGAAGACATGATTCCAACTGTTGGATTTAACATGCGAAAAGTTTGTAAGGGAAATGTAACAATAAAGTTGTGGGATCTTGGGGGTCAACCCCGGTTTCGTAGTATGTGGGAGCGATATTGCCGTGGAGTCTCTGCAATTGTATATGTT
GTGGATGCAGCAGACAAAGACAATATACCTATCTCCAAAAGTGAACTACATGATCTGCTGAACAAACCTTCTTTGCATGGGATTCCATTGCTGGTGCTTGGAAATAAAATTGATAAACCAGAAGCACTTTCAAAGCAGGCATTGCAAGACCAGATGGGTCTTGAGTCCATCACTGATAGAGAGGTTTGTTGTTACATGGT
CTCATGCAAGAACTCCACAAACATTGATGTCGTTATTGACTGGCTTGTAAAGCATTCTAAAACAAAGAGTTGAATGATCTATGGTGTTAGTTCAGATGTATTCTATCTTTTGGAGATTGATCCCTAAGCTCATTTATTGCGTAGCCTTGAATGTGACTTTTGGGTACTAAAGTTGATGGGAACTGTCAATTACTGAAGAG
TCGCAAGAGTACTTAATTCAGGCATTCAATATTTAACTTCATCCTGGTCTTGTGTTGTACATTTGAAATGCTATTGATTGAGGGTAGTGCTTACTCTGACGTTCTATGTAGTGGTTGGAGGTGTATTAGAAAAGGGTTCCTTCTGGGAATATCATGTATTGAAAGAGGGTGATATGCGAGTGTAGTTATGATTGTATTCA
TGTTGTTTCTAAGATTGACATTGCTGGTCCTAGACCAGTTGTTGTGATGGTATCTATTTACATTATTCGAACTGTTTGATGATGAGGCTCCTGGGGCTTTTGTCACATTTGTAATGCTCCCAAACAGTTGAACTATTGATATGCAACATTTTTCACATATAAAATGTCTTATTCTTTGGAAGTTTTAGTTAAA

>TRINITY_DN30995_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGTCCAACAAAATAGAAATAATGAAAGGATTGGTATGTATTTCAAATCCAGAGGAAAAGCAGGGAACAGTCTGTCATGACAAGGCAATCGTAGACCGGACTTCAAAGGAGATTCAATCCGGCTGACTAGAAATTTGAGATCCGTTCGTTTTGCTCTTTATTTTTGCAGTCGGTAAGCGAATAAAAACACAATACATTGTA
TCAGTTGCGAGGTTATATCCCTCGATTTAAGGACAGATTTGCTACTAATATCTAATATCGGCATCAATAATTTGTTCTGAGCCTCGGTCGGATCACAGCCACAGCCTCAGACACAGACATGGGGCTCTGGGACGCTTTCCTCAACTGGCTTCGAAGCTTGTTTTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCTTTAATAGGGCTCC
AGAATGCAGGAAAGACATCACTAGTAAATGTCATTGCGACTGGTGGTTATAGCGAAGACATGATTCCAACTgtaagtaattgttattatttttgtagcatttcatggttttatattatgcatatgtgatttgatattttctaaatgcatgccagGTTGGATTTAACATGCGAAAAGTTTGTAAGGGAAATGTAACAATAA
AGTTGTGGGATCTTGGGGGTCAACCCCGGTTTCGTAGTATGTGGGAGCGATATTGCCGTGGAGTCTCTGCAATTGTATATGTTGTGGATGCAGCAGACAAAGACAATATACCTATCTCCAAAAGTGAACTACATGATCTGCTGAACAAACCTTCTTTGCATGGGATTCCATTGCTGGTGCTTGGAAATAAAATTGATAAA
CCAGAAGCACTTTCAAAGCAGGCATTGCAAGACCAGATGGGTCTTGAGTCCATCACTGATAGAGAGGTTTGTTGTTACATGGTCTCATGCAAGAACTCCACAAACATTGATGTCGTTATTGACTGGCTTGTAAAGCATTCTAAAACAAAGAGTTGAATGATCTATGGTGTTAGTTCAGATGTATTCTATCTTTTGGAGAT
TGATCCCTAAGCTCATTTATTGCGTAGCCTTGAATGTGACTTTTGGGTACTAAAGTTGATGGGAACTGTCAATTACTGAAGAGTCGCAAGAGTACTTAATTCAGGCATTCAATATTTAACTTCATCCTGGTCTTGTGTTGTACATTTGAAATGCTATTGATTGAGGGTAGTGCTTACTCTGACGTTCTATGTAGTGGTTG
GAGGTGTATTAGAAAAGGGTTCCTTCTGGGAATATCATGTATTGAAAGAGGGTGATATGCGAGTGTAGTTATGATTGTATTCATGTTGTTTCTAAGATTGACATTGCTGGTCCTAGACCAGTTGTTGTGATGGTATCTATTTACATTATTCGAACTGTTTGATGATGAGGCTCCTGGGGCTTTTGTCACATTTGTAATGC
TCCCAAACAGTTGAACTATTGATATGCAACATTTTTCACATATAAAATGTCTTATTCTTTGGAAGTTTTAGTTAAA

Intron 2 GTCAGTACTC ... TGGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.56	38	6	7
A2	22.22	35	4	10
A3	17.07	34	3	7
A4	18.18	27	0	6
A5	16.22	31	0	6
A6	17.42	147	1	31
A7	14.72	139	0	24
A8	17.29	110	0	23
A9	11.48	162	0	21
A10	20	156	0	39

>TRINITY_DN109693_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CAGTTGCGAGGTTATATCCCTCGATTTAAGGACAGATTTGCTACTAATATCTAATATCGGCATCAATAATTTGTTCTGAGCCTCGGTCGGATCACAGCCACAGCCTCAGACACAGACATGGGGCTCTGGGACGCTTTCCTCAACTGGCTTCGAAGCTTGTTTTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCTTTAATAGGGCTCCA
GAATGCAGGAAAGACATCACTAGTAAATGTCATTGCGACTGGTGGTTATAGCGAAGACATGATTCCAACTGTTGGATTTAACATGCGAAAAGTTTGTAAGGGAAATGTAACAATAAAGTTGTGGGATCTTGGGGGTCAACCCCGGTTTCGTAGTATGTGGGAGCGATATTGCCGTGGAGTCTCTGCAATTGTATATGTTG
TGGATGCAGCAGACAAAGACAATATACCTATCTCCAAAAGTGAACTACATGATCTGCTGAACAAACCTTCTTTGCATGGGATTCCATTGCTGGTGCTTGGAAATAAAATTGATAAACCAGAAGCACTTTCAAAGCAGGCATTGCAAGACCAGATGGGTCTTGAGTCCATCACTGATAGAGAGGTTTGTTGTTACATGGTC
TCATGCAAGAACTCCACAAACATTGATGTCGTTATTGACTGGCTTGTAAAGCATTCTAAAACAAAGAGTTGAATGATCTATGGTGTTAGTTCAGATGTATTCTATCTTTTGGAGATTGATCCCTAAGCTCATTTATTGCGTAGCCTTGAATGTGACTTTTGGGTACTAAAGTTGATGGGAACTGTCAATTACTGAAGAGT
CGCAAGAGTACTTAATTCAGGCATTCAATATTTAACTTCATCCTGGTCTTGTGTTGTACATTTGAAATGCTATTGATTGAGGGTAGTGCTTACTCTGACGTTCTATGTAGTGGTTGGAGGTGTATTAGAAAAGGGTTCCTTCTGGGAATATCATGTATTGAAAGAGGGTGATATGCGAGTGTAGTTATGATTGTATTCAT
GTTGTTTCTAAGATTGACATTGCTGGTCCTAGACCAGTTGTTGTGATGGTATCTATTTACATTATTCGAACTGTTTGATGATGAGGCTCCTGGGGCTTTTGTCACATTTGTAATGCTCCCAAACAGTTGAACTATTGATATGCAACATTTTTCACATATAAAATGTCTTATTCTTTGGAAGTTTTAGTTACTGTTGTACT
TTTTGGCTATAAACTATGAAGTGATTTGTCACATTTGTAATGCTCCC

>TRINITY_DN109693_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATAATTACTTTTGCATCATAAGACTAAAATGCTTCTACTCATGTAGCTTGTTTTTCAAGCAAGAAATGGAGCTTTCTTTAATAGGGCTCCAGAATGCAGGAAAGACATCACTAGTAAATGTCATTGCGgtcagtactcttatttctagcaaaacctttgaaatgagcttttgaaaaataaattcttagtgtctccagaa
gtagatttctgtcggtttttattttttttctttatccttgtgtcatttcttgactacacttttcctgactatactcttggtttgcagACTGGTGGTTATAGCGAAGACATGATTCCAACTGTTGGATTTAACATGCGAAAAGTTTGTAAGGGAAATGTAACAATAAAGTTGTGGGATCTTGGGGGTCAACCCCGGTTTCG
TAGTATGTGGGAGCGATATTGCCGTGGAGTCTCTGCAATTGTATATGTTGTGGATGCAGCAGACAAAGACAATATACCTATCTCCAAAAGTGAACTACATGATCTGCTGAACAAACCTTCTTTGCATGGGATTCCATTGCTGGTGCTTGGAAATAAAATTGATAAACCAGAAGCACTTTCAAAGCAGGCATTGCAAGACC
AGATGGGTCTTGAGTCCATCACTGATAGAGAGGTTTGTTGTTACATGGTCTCATGCAAGAACTCCACAAACATTGATGTCGTTATTGACTGGCTTGTAAAGCATTCTAAAACAAAGAGTTGAATGATCTATGGTGTTAGTTCAGATGTATTCTATCTTTTGGAGATTGATCCCTAAGCTCATTTATTGCGTAGCCTTGAA
TGTGACTTTTGGGTACTAAAGTTGATGGGAACTGTCAATTACTGAAGAGTCGCAAGAGTACTTAATTCAGGCATTCAATATTTAACTTCATCCTGGTCTTGTGTTGTACATTTGAAATGCTATTGATTGAGGGTAGTGCTTACTCTGACGTTCTATGTAGTGGTTGGAGGTGTATTAGAAAAGGGTTCCTTCTGGGAATA
TCATGTATTGAAAGAGGGTGATATGCGAGTGTAGTTATGATTGTATTCATGTTGTTTCTAAGATTGACATTGCTGGTCCTAGACCAGTTGTTGTGATGGTATCTATTTACATTATTCGAACTGTTTGATGATGAGGCTCCTGGGGCTTTTGTCACATTTGTAATGCTCCCAAACAGTTGAACTATTGATATGCAACATTT
TTCACATATAAAATGTCTTATTCTTTGGAAGTTTTAGTTACTGTTGTACTTTTTGGCTATAAACTATGAAGTGATTTGTCACATTTGTAATGCTCCC