sp|P92964|SRS31_ARATH ----> Serine/arginine-rich splicing factor RS31

Intron 1 GTGTGTATGG ... GTTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.5	29	4	11
A2	10	18	0	2
A3	10.71	25	0	3
A4	21.43	11	0	3
A5	20	4	0	1
A6	18.63	83	0	19
A7	23	77	0	23
A8	17.27	115	0	24
A9	18.63	83	0	19
A10	11.94	59	0	8

>TRINITY_DN48274_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGTAGGGCTACAAGTCCTATTTATGCAAGGCGTCCAGAGAGGCGCAGTCCTGACTATGGTAGGGCTACAAGTCCTATTTATGCAAGGCGTCCAGAGAAGCACAGTTCTGATTATGGCAGGGTTGCAAGTCCTGTTTATTCCAGCCGGCCACAGAGGAATAGTCCGGATTATGGCAGAGACGCAAGCCCTGTTTTTGAAC
GGGAACGCAGTCGATCACCAGTTAGGCGGTCAGGGCCAGCAATTGCATAGAATCATTCTTGAATCAGTCCAGCACGAGGCAACGGAGATTACATGATGAGGCAACGGAGTATTTCTCATGCTGGTGTGGTTTTCAGAAATTTACACCAAATCATTTGGTTTTTAACTGTGCATTGTTATTTGGCTGCTAATGTTGAGCAG
TCTTAATCATATTTTATTAATCAGTTTTTAGAAGAAAATACCACAAAGTTTGTGGTTTAACTTGTAAACTTCTGTCCAGGCAGTTCTTGACTATAACTTTTAATTTATTAAGTGATGGATAAGAAGCATGAAGGGTATTTTTTTCCCTCGGAAAAAAAATTGTAACAAAATTAATTTTCATTTGCGAACTCGTATTCCAC

>TRINITY_DN48274_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCTGTTTTTGAACGGGAACGCAGgtgtgtatggatcacatatatatctagaagttttactctaattactcatttaagggtttaactctgtttttctctttgttgtaacagTCGATCACCAGTTAGGCGGTCAGGGCCAGCAATTGCATAGAATCATTCTTGAATCAGTCCAGCACGAGGCAACGGAGATTACATGATGAG
GCAACGGAGTATTTCTCATGCTGGTGTGGTTTTCAGAAATTTACACCAAATCATTTGGTTTTTAACTGTGCATTGTTATTTGGCTGCTAATGTTGAGCAGTCTTAATCATATTTTATTAATCAGTTTTTAGAAGAAAATACCACAAAGTTTGTGGTTTAACTTGTAAACTTCTGTCCAGGCAGTTCTTGACTATAACTTT
TAATTTATTAAGTGATGGATAAGAAGCATGAAGGGTATTTTTTTCCCTCGGAAAAAAAATTGTAACAAAATTAATTTTCATTTGCGAACTCGTATTCCAC

Intron 2 GTTAGTCGAA ... TGTGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.69	161	27	47
A2	16.99	127	33	19
A3	17.78	111	28	20
A4	17.13	75	10	21
A5	22.42	64	29	8
A6	13.41	494	61	92
A7	12.95	548	91	72
A8	14.96	506	88	90
A9	15.66	447	81	85
A10	13.38	453	69	71

>TRINITY_DN48274_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTATTTGTGATAAACTTTGACCCATACAACACCAGAACCAGGGACCTGGAAAGGCATTTTGAACCCTATGGTAAGGTGGTGAATGTGAGGATTAGAAGGAATTTCGCATTTGTTCATTTTGAATCACAAGAAGAAGCAACGAAAGCTTTCGACTCTACTCATATGAGCACAATATTAGATAGGGTGATCACAGTGGAAT
ATGCTCAACGTGAGGATGGCAATAGAAGAAATGGACGTTCCAGTCCCATTCGAGGAGGAGGTCGGTATGGCAGATCTGCTGAGGATCGTGGACGTGATCGGTCGGCAAGTCCTATATATGGGAGGCGTGCAATGAGGGGCAGTCCTGATTATGGTAGGGCTCCGAGTCCTATTTATTCAAGGCGTGCAGAGAGGCGCAGT
CCTGACTACGGTAGGGCTCCAAGTCCTATATATGCAAGGCGTGCAGAGAGGCGCAGTCCTGTTTATTCCAGCCGCCCCCAAAAGAATAGTCCGGATTATGGCAGAGATGCAAGCCCTATTCATGAACGGGACCGCAGTCGATCACCGGTGAGGCGGTCAGGGCCTTCAATCATGTAGAATCATTCTTGACGTCCGTCTAA
CTAGAGACAGGGAAGACTATGTTCAGAAATAATTAAATGGAGTATTTCTCTTGTTCAAGTGCCTTCTAGAAATTTAATTTTTTTGTTAACTGTGTTGTTATTTCGCTGCTAAGGCTGCTTAGCCCTGATGATATTATTCTAAGCAGTTTTTAGAAGTTGAAATCTTTGTTGTTCAACTTGTAAATTGCTGTTCGCGCTGT
AAGTTTGACGCACGCTGACTATGATCATTTAATTTGTTTACGACGGATAAGGAGCATGCATGGTATTAATGGACAGAAGTTTGTTGTGTACAGAGAATGTACCGTATCAATGGCTGGAAGTTGGATATATACTTATATTGATTTCTTTTTCGGAATTTCTAGATTTGTTGGTCACTACAAATATTTTTCAAAATTTCTAT
ATTTATGGTGTATACAAATCTGTAGCTTGATTATCAATGGCTGTATTTGGGCGACCTGTTTGTGTTTTGCTTTTAGTTGCTGCAGGATATAAAATATTTCTTACTAGGCTATGCAGGAGCATTTTGATTTCTGCGCCAGATCAATAAGTAGATGATATTTAAGTCAATGAATTATTTGGTAATTTAACAGTACTTGAAAT
TTAGGGGAGCGTTGAGGAAGATTGCATTAAGAATGTCTGATCAATCCCTGGA

>TRINITY_DN48274_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTATTTGTGATAAACTTTGACCCATACAACACCAGAACCAGGGACCTGGAAAGGCATTTTGAACCCTATGGTAAGGTGGTGAATGTGAGGATTAGAAGGAATTTCGCATTTGTTCATTTTGAATCACAAGAAGAAGCAACGAAAGCTTTCGACTCTACTCATATGAGgttagtcgaagttttcttatttgcaattcttg
taacttcctttccaaatgcaatgacgaatgtctccttcttattaaatctaaaattgtatgtgacgtttgtaccttgtactcgacttattgcatgggacaggattccgagtgttatttttgaagttccgcttagctggggaaatattaactagtccaaatgcggttttttatgttgctgatcttttattcatttctgtgat
tcagCACAATATTAGATAGGGTGATCACAGTGGAATATGCTCAACGTGAGGATGGCAATAGAAGAAATGGACGTTCCAGTCCCATTCGAGGAGGAGGTCGGTATGGCAGATCTGCTGAGGATCGTGGACGTGATCGGTCGGCAAGTCCTATATATGGGAGGCGTGCAATGAGGGGCAGTCCTGATTATGGTAGGGCTCCG
AGTCCTATTTATTCAAGGCGTGCAGAGAGGCGCAGTCCTGACTACGGTAGGGCTCCAAGTCCTATATATGCAAGGCGTGCAGAGAGGCGCAGTCCTGTTTATTCCAGCCGCCCCCAAAAGAATAGTCCGGATTATGGCAGAGATGCAAGCCCTATTCATGAACGGGACCGCAGTCGATCACCGGTGAGGCGGTCAGGGCC
TTCAATCATGTAGAATCATTCTTGACGTCCGTCTAACTAGAGACAGGGAAGACTATGTTCAGAAATAATTAAATGGAGTATTTCTCTTGTTCAAGTGCCTTCTAGAAATTTAATTTTTTTGTTAACTGTGTTGTTATTTCGCTGCTAAGGCTGCTTAGCCCTGATGATATTATTCTAAGCAGTTTTTAGAAGTTGAAATC
TTTGTTGTTCAACTTGTAAATTGCTGTTCGCGCTGTAAGTTTGACGCACGCTGACTATGATCATTTAATTTGTTTACGACGGATAAGGAGCATGCATGGTATTAATGGACAGAAGTTTGTTGTGTACAGAGAATGTACCGTATCAATGGCTGGAAGTTGGATATATACTTATATTGATTTCTTTTTCGGAATTTCTAGAT
TTGTTGGTCACTACAAATATTTTTCAAAATTTCTATATTTATGGTGTATACAAATCTGTAGCTTGATTATCAATGGCTGTATTTGGGCGACCTGTTTGTGTTTTGCTTTTAGTTGCTGCAGGATATAAAATATTTCTTACTAGGCTATGCAGGAGCATTTTGATTTCTGCGCCAGATCAATAAGTAGATGATATTTAAGT
CAATGAATTATTTGGTAATTTAACAGTACTTGAAATTTAGGGGAGCGTTGAGGAAGATTGCATTAAGAATGTCTGATCAATCCCTGGA