sp|Q9SKR2|SYT1_ARATH ----> Synaptotagmin-1
Intron 1 GTATGAGTCA ... GGTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
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| A5 | 53.33 | 7 | 12 | 4 |
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| A7 | 20.31 | 20.4 | 4 | 6.4 |
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| A9 | 30.63 | 16.8 | 9 | 5.6 |
| A10 | 22.96 | 18.6 | 2 | 9 |
>TRINITY_DN49030_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCCGTCTCAGAAGTGGTATTAAAAATTTCCCGTCATTTAAAATGCTGGATTTTATTTTTAACATTTAGAAAAAAAATGTATGATTTGATTAAAAATGTCATTAAAAGGGCTGAGGTTAAAATTGCCCGTCAAGTTGTCAACTTCATCCTGGAGATCGTGGCAGTCGTGGCAGTGGCACCGTGGCTGTGGGCCTGTGGCAGA
CTGGCAGTAGTGACTCGTGACTCCGCGTGAGTACAGTGGCAGCCTGGCATGAACCAGATTCAGAGGTTAATGGTTCCAAACTTCCTCTCCCGGTTCAAATACAACTGTGCAAGTTTGCAACATGGTTCAACTGGGACGGAATGGTTCATGGTTCAACTGCAACATGGTTCAGATTCAACATAAATTCTTTCATGTCATAT
TAAATGCCTTCTTATCAATACCAGCTAACTTGCCTAAATGCCAACTACCAACTTTACCAACTCCAAGCCTGCAGCGCGGCAACACTGCAGTCTGCGTCGATGCCCCATTGCCCCTGTCCGCCAAAGTTCATTGTTCACAATTTACAACTTCACTCTCCACTCAGAACTTGGAACTGGAAGTATAATTCCAGTTGTGCAGA
AAGAGCAAGCTGCAAGGGAATCAGGGATCATCCGTTATTGCGACTCTGCGAGTTGCGACTGTGAGTTTCAATGCCATCAGAGCTGCCGCATCTGTGGCTTCACCTCCACCGGCGGTCATAATGTTAAGCTCGGAGAGTCGGATGGTGGCGTCACGGCGTGCCTGAGATCATCGAAGACGCCATTACAAAGATAAGAAGTA
GCATGAGATAAATATTGAGCAGCCCATACAGCCATACTCGTTGCAGGAAACCCTATCTCAGATTGCAAAGATGGATATGGAAATTTGGGGGATTTAGTGTTGTTTCCCTGTAACCTGTGGCTGCACTCTCAGAAGTAAAAAACTGGGCAATTCTCTGAATTCAGGTATGTACCCAGTACCTACAGGCTGCTAGTGCTACC
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CCATTCTTCTCTGCCAAGACCCAACGGAATCGCACTCGCCACTCATTACATGACTGAGGAAGTTATCTCTGGAATATATGAACAGCAATCCCTGGAGGATGCCATGGAAGGGTGTGCGCCTTAGTGGCCACTGGATTGACATAGTCAATAACATTAAACCCTGGAAAGTTAGAACCTGCGGAAAGTATCCTTGGATTCCG
TTGAACTTGTATATCCAATTTAATGAAAATACAACACTTAAAGAGCTAGGAAAACTCTAAGGTGAGGTTCTATTCATGAAAATTGGAATGCTAATCTAGGAGTAATAAGAAATTTATGTTATCTAACCATGGGGACAGTGTGGTACCTAAAGGTAGGGAATTGAGTATGAAATTATGGGACTAGGAGTTAATGAATTATA
ATCCATGTGGACAGAGTATGGATTCAAGCCCATCTCGATTCCCCATGTTCTTCTTAAGGATTGTCAAAATTTCAGAATGCCAAAACCTTCTCACAAGTGTAGGCACTTAGCATAGTTGGTTAAGTGGTTTCTGCCTAGAGAGGAAGGAATGCTCTCCATTTGAGCCCTTCATTGGTGCCTCTACTCCTCTTAGTCTCTTC
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CAAGGAGGTTTTAACTTGGTCTCTCTAAGCAAGAATGCCTCTATTTCTCCAGTGAGGTTGTTTAAGGATGACCTCAACGATGCATCAAAGTAATTGGAGCTCAACTATTCTCCCAGGTAGGACTATTCATGGTCTAGAAGTTGGATTCTACCATGGTTCTACAAGTCTAGACAACAATGAATATGTTTTGTCTTCGGCTT
CAATGGGCTCTAACCAAAACTGTGATGCACCAATGTGACAGATTAATGACTACTAGTTAATAAATTGTTGTGTAATAGTTTGTGTGAAGGGTTGTTTTGTGGTTCATTTTTCAAGAAATTGAAGATATGGAAAAGGGGCATTGTTTTTGGGGTAGTATTGGCCTTCTCTTGACTATCTAGCTTTTGGAATTTGGCCCAGC
CTCCATGATAATCTCCTTGAACACTGCCTTGGTAACATTTCCAAATCTTCTTACTCACTTATGGGAAGAAGATGTTATGGAGAAAATTGACAACTCCCTAAGAAAGTTTATTAGATTTTAGAAACATGAGGAACAAGCCAAGTGTTTTTCCTTGTAAGAATGTGCATTGAATATAATTTGAGTAAATGATTGTTGGATAA
AGTCACCCTTAAATGTGATGGAATGCACTGGTCTAAACCATTAGGTGGCAATCATCTTGGAGATTCCCGAGGCTAAAACTTATGAGCTTTTGATCGTTGAAATCAGATCTAGGATCGTCTACTCGGTCAAATGCTGAGGATACAAATGTAACATATACCTTAAAACTAGTTTGTTACAAAATGGTACATGGAGTCCAAGT
ATCTTTCAACGTCCCAAAAAAAGCTTTCAATGTTCCATAGAAAGCTGCCTAAAGTGACAGCGTTTCCCAATGGGTTCAATTTGGATCGTAATAATTTTTTATAGACATTTCCATACCATTTCATTTCAAAATCTGTAGTATTGTAGTTATGTAATGTAATCATGACCTGTATGATTGGAATGCAGGAAATCTGAAATAAG
GGTTGACCTCCATTATGAGAAAGTTAACATTCTTGGTGAATTGATTGATAAACATTTTTTCGTGTAAATTTTTTTATTAATTGAGGTAAACTTTTTAGCTCTGCCTTATGGTTTTCCTTTCCAGATATATTTGTTTGCCTTTGGCTTTAAATTTGTAAAAGATTTTAGTAATTAATATGTAGGTATTTATATTTTAGAAT
GTGCTAGTTTATATGCCATCCACACGTTCTTACACTGCCATGTATATTCAAAGCTAACGTTATATACCTCAGGGTTCTCTGCATCACCTCAAGTTCGGTCGTCCATTGGCTCTCTAGTAGGTGACGTGAGTTAATAAGTACCCCTTTCTATTAACAGCAACAGGCTCTATCCTCTAGAAGTCAGTGCCTTGGTTGACTTG
TTTGTATGCTAAAACTAGCACAAGGCTGCGTGTCCGTCCATGCCAAAATAAACTGTAGACAACGCTTCAAAAACAACACCCTAATCTCGTGTTTGTATGCTGATTTGATACAAAAGAAAATAGTGATGATAAGATACCCAAATAAAGACTGATTTTGGAGAAAATTAGGCCCAAATAGTGATCAAAAGGTGCCCTCCATA
TGCTGATAGTAATTATGGACCAAAAGATAAGTGTTTAAAATAGTGATGTAAAATTAATAGCTATACTATTTAATATATCTTAACAATAGTTATTTGTTGTATGGGATGACATTAGAAAATGTTACTGAGTACCAAATGTATTAAAATTTAAAACTAAATCATGATCTCATAGTCTAAAAATTCTAAAATCCATATAGAAT
CTCAAGAAAGTGACAAAGTTTCTTTGAAGATCAAAGTGTGGAAATCCCATAAACCACATGTCCTAGGATTGAGTCTCGTTCTTCCAACTTTGGATGTGGCATCTCTTAATCTAAGTCAAAGACTAAAAGGTTTCAGCCCCTCCATAATATTTTGTATTTGATAATTCCTAAATGAATTTCTATCATTAATTTGTATTTTT
ATACTTTTCTTATTTCATTGATTGAATACAGGGATAAATTATTGAGAAATGTCACCTCTTGGTCGTCCTAAGAAAGATAAAAGACAGCTTTCGCTTGCTGATGCATTTGGTATTCCTCAATGCTCTAATCAACCATGCCACCGTGAAAATGAATTTTATGATCAGCCACTTGAAGACCATGAATCAAATAGTGTAGAACT
TCTTGAAGAGGAACCGACATCAAAGAAGCCCAAGAGAGCATTTAATTCCAAATGGAAGACAAGATTTCCATGGGCTTATGTAATAAGAGATATTAATGGTGTTCAAAGGATTAAATGTTCATGGTGTGTAAAATTTAAAAGAGAAACTCCATTTGCTAAAGATGGAAGTACTACTCTTCAAGTCAGTGGTCTAACCGTCC
ATGCAAAATCAGAGGCTCATAAATTTGCCTCGCAACTTTTAGATGGAGAAAGAAAACGGAGTACTCTTCCAATTACTAAACATGTAGAGATAATGGTAGATGCAGAAAAGGAGAGAATTATATCAGTAATTGAAAACATGTATTTTATTGCAATACATGATTTACCATTAGAAGTATATAAGTCACTATGTGACTTGAAT
AGGTATAAAAACACTCCTTACATGCCTTTAACAGATGAATATTCAGCATATACAAACACAACATCTGGAAAAGAGTTTTTACAAGCTGCCAAAGAAGTATATTGGAAAAAGTTAAAAGATGAAATTTCCAACAGCCCATTTTACTCAATTTCAGTTGATGAAAGTACAGATCGGACTATGGTGCAGCGTTTGATCATGTA
TATCACATATTTGAAAAATGAAGGAAGAGGCCAATGTGTTACAAAATTCATACAATTGCTTCAAATTAAAGATGGCACATCATAGTCTATGTATGATGCTGTTACATCTCTTTTAGCAAAAATGGATCTATCCTTGTCAAAGCTAGTTGGGTTTGGATCTAATGGGGCTTCGGCAATGAGGGGTACTCGTGAAGGTTTAT
CTACTAAGCTTCGTCGACATGCTCCTCATTTAATAGATATCCACTGCATAGCTCATCGAGAAGCATTGGCAGCAAATGATGCTTCATCTTATTTTCCAGAGTTGCAAGATATAGAAAAGTTTGCAAACAAAGTTTATTCATGGCTTGGGAAGTCTGCCAAAAGACATGGAGAATTGAAAGAGCTTATGGATTCATTTCAA
ATCACAAGGTTAGAAGTGTTACAAATTCATCACATTAGGTGGCTGTCTAGAGGCAAAGTTATGGAAAGACTTGTGAAGCTCATGCCTGCTTTGTTAAGAGATTGGCAGTTAGGGGAGAAAAAAATGTATGAGCTGGCCACATTATTTCAAGTGCAGTTTTGCATTCATTTATTTGCAGATGTGCTTATTGAGTTAAATAA
GCTGAATCAAAAGTTCCAAGAAGATCATGTTGATATACATCCATTGGAACTACTTTGGATGTTACCATTAGCTTGCTTCATAAGCGATTTTTAAGAGGCACATTTGGGTTAGGAACAATGCACATGTCATCGTTTTTAAGTAAAACGCAACAAGGAACTCTTGAGTTTTCAGATTGCACAGGTGTGGTACATGTACATGC
ATTGAGGTTTGAAAGATTGCCCAAGTCACAAAGATCGGGGACACTTGATGATTGCATTATGTTGGGAAAAAGTTTTGTAATGAAGGTGATTGACTCTCTAAATGCGAGGTTCACAGATTTACCTATATTCAATGCAGCTAAGTTTTTTAGTCCTCGTAATTATTATGAGGATATGGATGATAGAGACCCCCAAACAAGAA
GATGGTTAACATGCTTATGTGAGAAATTTAGTGTTGGGGACTCATCTATTGTGGATAGTGTTAAATGTTTCGGTGAAATGGATGAATTTATTTGTACTATTTATAGATCATACCCCAAAAAGCATATGTTTGGAGCGTGGGATCTGTGTGGAGCTGAACATGAGTGGTTTGAAGGATTTCCATGTCTGATGCAGCTATGG
CAAATTATTCTTGTTATTCCAGCTAGCACAGCAGTATGTGAAAGAGGCTTCTCAAAATTAAGTCGAATAAAAAATGATGATAGATCAAGACTTTCTTTAGAAACATTGGATATGCTAATGTTTCTCTCTCTCTCTGCACCTCATGATCTGAATGAGGTAGATTGGAATGCTATTTATGATGTATGGAAGCATATGAAAGC
TAGAAAGCCTCTTCCGCTAGTAAAATAGATTCATATCTAGCGTGATTTAAGATATAGTTTTGAAGAACACGAATGTAAGTTTAAACTTTATTATTCATAGTATAATATACAGTTGTTCCCAGGTAATCCAGCATTGTCTTTTGATGGTTCATTATTGAAGACAATTCTACAGCTAGTCTTTTATCATTGCAGTTTAGCAG
ATATAGTTGTGGCTCAGTGATTATCTTCTTGTATGAGCATATAATATATTGTAATGACAGGCTTGGTAGTTTACCTGCTGTTTATGGCAACCAAATCTATTTTTCCAAAAGTTGTTATATCAGTTGTTGGGAAGCAATTCTTTTGCCAAACCAAATCAATTCAAGCACAGACATAAGTATTGTTCACGAATCTTCATCTA
TATGTGAAGTTTGGCAAAATGAATTAACTTTGTAATTTGAATCTTGATGCTGGCATTCATAGTATCGATATGTTTGTCATTATTATATTGAATTGCTTATGGTTGATCTTTTGTGATTGGTCCCTTGTACTGACATATTTTGAATTTAATATTAACTTGCAGTGGCTTGTGATTTGATACGGTCATCCTAGAATTAATTT
GTTGGTTTTTGTTGTAATCATAGCTAATTATATTTTGTCATTGATACATTTGTATTATTCAAATCTACGATACAGGTTTCATGACTATAGCTGTCTATATTTTGTATCTGAGAACTCAGGATGTTTATGGTTGATGAACTGTTAATCTGTAATTTAGTTTCTCTTTGGTGATTTAAGAATTCATGTAAATAGTACACCTC
CATTCCAATTGTTTATATTATTCTGCATCTTGCAACTTTTTTGGATTACAAGATGTATCATCCCTGTGTTTGGTTCTTGAAGTGTAGTGATCCTCTTGATTATTATTCTTTTAAATTTCTGTCTTGATAGACATGCTCCAAGTTAGAGCAAGACTGCAGAGCATGAAACGTTTGGTGCATGGTCAATTGGGGTTCATCTT
GTAGTTAATGAGATCATCTATCATTGTTCACAAGGCCAATTTCTATCTAGTTGCATCATGTCTGCTTGAGAGTACATAGGTTCTACCATTCTGTTGCTTAGAACAAGGGGCTTGAACTAATTTTGAATCTTGGCTTAGCTGTGCTCCTTAGTCCTTACTATAATCATAGACTGAACATGATGCTATGCTGTAGAAGCACT
GTGATGGTGTCTTATCAATGCTCATAGGTCAAAGGATGGCATTGGAGAATACTATTTGACCCAAGGTCCAAATTCAGAGCCCTATATGCATGGTTGCCATAATGTCCTAATGGTTGATGGAAAACAATTACAGCAGGGCAGCTAAGGCTGGTCCAACATAATTGAAAAACGAGCACTTTAAAATGGGTCTGAAACTTATG
CTATTCTTGGTCATATTTACAGATTGAACTGGTGATGATATTGTAGGCTATAGTCTATAATATTATATTGATGTTCACCTCTCAATAATGTTGTAGCACTATGGTTATATATGAAATCTATTTTGCTGAAGTTCAAAATCTAGTATTGGATACTGAAAAATTTATACATTAATGAAAAATATAACCAAATGAGGTTATCA
GGGCAGAGCTAGGAGATGTTTTCTGTATTAGGAATTAAGGCCCTCAATTACTTTAAGAGCCCAGTGTAAGACAAATCGACGGTAGATGTGATTCTCAACTTTCAAGTTAGAAGGCATTGTCTTGGAAAATCCCTTAGACATTTTACATAATACTTTGATGGATGAATTTCTTCTTAGTAATTTAATTTTGATTTCATATC
ACAATGTGTGTGCATACATCTAAACTGCTTCTTGTTTGGAATAATTATTGTTATCCTAATTTGGATTGAAATGCATAGATAATTAAGGTAGAATCAAATTTCAACCTCTTGTGATAATTTTTTATTTCAATTTGTCTTTCACTACCAGAATTGACTAGAACCGACTGTAAACGCTTTCCAGATAAATTAATAAATATATT
TTTTATTTCAATTTGTCCTTCACTATCAGAATTGCAGATCCATCTTCGTGTAAACGCTTTCCAGATAAATTAATAAATATATTTTTTATTTCAATTTGTCCTTCACTATCAGAATTGCAGATCCATCTTCATGGAAGTATATATATTTTTTATTTCAATTTGTCTTTCACTACCAGAATTGCAGATCCATCTTCCTAGAA
GTATTTGTATTTCTATTGGAGGTTTGGATGGATCTTTGGCAGATCAGTTGGGGAACGAGATTCAAAAGGTTTGCAAGGCGTTTTACTAGAAATTCTATTGTGGGTCAAAAATCCTGATTATGACAGAGTATGAATATATTATCTATCATGTTTCTTTGTTTTTCCATTCAAGTGTCCTTATTCATTAGATTAATTAAAAC
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AGAGACAAGACCCTACGGCCATGGGTGATGCAGAACTACATAGCGGATGGGAAAGAC
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AAGAGCAAGCTGCAAGGGAATCAGGGATCATCCGTTATTGCGACTCTGCGAGTTGCGACTGTGAGTTTCAATGCCATCAGAGCTGCCGCATCTGTGGCTTCACCTCCACCGGCGGTCATAATGTTAAGCTCGGAGAGTCGGATGGTGGCGTCACGGCGTGCCTGAGATCATCGAAGACGCCATTACAAAGATAAGAAGTA
GCATGAGATAAATATTGAGCAGCCCATACAGCCATACTCGTTGCAGGAAACCCTATCTCAGATTGCAAAGATGGATATGGAAATTTGGGGGATTTAGTGTTGTTTCCCTGTAACCTGTGGCTGCACTCTCAGAAGTAAAAAACTGGGCAATTCTCTGAATTCAGGTATGTACCCAGTACCTACAGGCTGCTAGTGCTACC
AGTGCAATGTGCCAGTAAAATGACAAATAATGCCTAATTTCCTTCATTGTTTGAGAAATTTCCTTGCATAAAACCTCAAATTTCCTATTGTTGCCTTATTCAAATTTATAATGTTTTTTTTATATATATTTGTAATTCTCAGTTTTAACAAATCCTTCTACTAACGTTGGAGGCAATGCTTGCAAGTTGCAAACTTGCAA
CCATTCTTCTCTGCCAAGACCCAACGGAATCGCACTCGCCACTCATTACATGACTGAGGAAGTTATCTCTGGAATATATGAACAGCAATCCCTGGAGGATGCCATGGAAGGGTGTGCGCCTTAGTGGCCACTGGATTGACATAGTCAATAACATTAAACCCTGGAAAGTTAGAACCTGCGGAAAGTATCCTTGGATTCCG
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CAATGGGCTCTAACCAAAACTGTGATGCACCAATGTGACAGATTAATGACTACTAGTTAATAAATTGTTGTGTAATAGTTTGTGTGAAGGGTTGTTTTGTGGTTCATTTTTCAAGAAATTGAAGATATGGAAAAGGGGCATTGTTTTTGGGGTAGTATTGGCCTTCTCTTGACTATCTAGCTTTTGGAATTTGGCCCAGC
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AGTCACCCTTAAATGTGATGGAATGCACTGGTCTAAACCATTAGGTGGCAATCATCTTGGAGATTCCCGAGGCTAAAACTTATGAGCTTTTGATCGTTGAAATCAGATCTAGGATCGTCTACTCGGTCAAATGCTGAGGATACAAATGTAACATATACCTTAAAACTAGTTTGTTACAAAATGGTACATGGAGTCCAAGT
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TGCTGATAGTAATTATGGACCAAAAGATAAGTGTTTAAAATAGTGATGTAAAATTAATAGCTATACTATTTAATATATCTTAACAATAGTTATTTGTTGTATGGGATGACATTAGAAAATGTTACTGAGTACCAAATGTATTAAAATTTAAAACTAAATCATGATCTCATAGTCTAAAAATTCTAAAATCCATATAGAAT
CTCAAGAAAGTGACAAAGTTTCTTTGAAGATCAAAGTGTGGAAATCCCATAAACCACATGTCCTAGGATTGAGTCTCGTTCTTCCAACTTTGGATGTGGCATCTCTTAATCTAAGTCAAAGACTAAAAGGTTTCAGCCCCTCCATAATATTTTGTATTTGATAATTCCTAAATGAATTTCTATCATTAATTTGTATTTTT
ATACTTTTCTTATTTCATTGATTGAATACAGGGATAAATTATTGAGAAATGTCACCTCTTGGTCGTCCTAAGAAAGATAAAAGACAGCTTTCGCTTGCTGATGCATTTGGTATTCCTCAATGCTCTAATCAACCATGCCACCGTGAAAATGAATTTTATGATCAGCCACTTGAAGACCATGAATCAAATAGTGTAGAACT
TCTTGAAGAGGAACCGACATCAAAGAAGCCCAAGAGAGCATTTAATTCCAAATGGAAGACAAGATTTCCATGGGCTTATGTAATAAGAGATATTAATGGTGTTCAAAGGATTAAATGTTCATGGTGTGTAAAATTTAAAAGAGAAACTCCATTTGCTAAAGATGGAAGTACTACTCTTCAAGTCAGTGGTCTAACCGTCC
ATGCAAAATCAGAGGCTCATAAATTTGCCTCGCAACTTTTAGATGGAGAAAGAAAACGGAGTACTCTTCCAATTACTAAACATGTAGAGATAATGGTAGATGCAGAAAAGGAGAGAATTATATCAGTAATTGAAAACATGTATTTTATTGCAATACATGATTTACCATTAGAAGTATATAAGTCACTATGTGACTTGAAT
AGGTATAAAAACACTCCTTACATGCCTTTAACAGATGAATATTCAGCATATACAAACACAACATCTGGAAAAGAGTTTTTACAAGCTGCCAAAGAAGTATATTGGAAAAAGTTAAAAGATGAAATTTCCAACAGCCCATTTTACTCAATTTCAGTTGATGAAAGTACAGATCGGACTATGGTGCAGCGTTTGATCATGTA
TATCACATATTTGAAAAATGAAGGAAGAGGCCAATGTGTTACAAAATTCATACAATTGCTTCAAATTAAAGATGGCACATCATAGTCTATGTATGATGCTGTTACATCTCTTTTAGCAAAAATGGATCTATCCTTGTCAAAGCTAGTTGGGTTTGGATCTAATGGGGCTTCGGCAATGAGGGGTACTCGTGAAGGTTTAT
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GCTGAATCAAAAGTTCCAAGAAGATCATGTTGATATACATCCATTGGAACTACTTTGGATGTTACCATTAGCTTGCTTCATAAGCGATTTTTAAGAGGCACATTTGGGTTAGGAACAATGCACATGTCATCGTTTTTAAGTAAAACGCAACAAGGAACTCTTGAGTTTTCAGATTGCACAGGTGTGGTACATGTACATGC
ATTGAGGTTTGAAAGATTGCCCAAGTCACAAAGATCGGGGACACTTGATGATTGCATTATGTTGGGAAAAAGTTTTGTAATGAAGGTGATTGACTCTCTAAATGCGAGGTTCACAGATTTACCTATATTCAATGCAGCTAAGTTTTTTAGTCCTCGTAATTATTATGAGGATATGGATGATAGAGACCCCCAAACAAGAA
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CAAATTATTCTTGTTATTCCAGCTAGCACAGCAGTATGTGAAAGAGGCTTCTCAAAATTAAGTCGAATAAAAAATGATGATAGATCAAGACTTTCTTTAGAAACATTGGATATGCTAATGTTTCTCTCTCTCTCTGCACCTCATGATCTGAATGAGGTAGATTGGAATGCTATTTATGATGTATGGAAGCATATGAAAGC
TAGAAAGCCTCTTCCGCTAGTAAAATAGATTCATATCTAGCGTGATTTAAGATATAGTTTTGAAGAACACGAATGTAAGTTTAAACTTTATTATTCATAGTATAATATACAGTTGTTCCCAGGTAATCCAGCATTGTCTTTTGATGGTTCATTATTGAAGACAATTCTACAGCTAGTCTTTTATCATTGCAGTTTAGCAG
ATATAGTTGTGGCTCAGTGATTATCTTCTTGTATGAGCATATAATATATTGTAATGACAGGCTTGGTAGTTTACCTGCTGTTTATGGCAACCAAATCTATTTTTCCAAAAGTTGTTATATCAGTTGTTGGGAAGCAATTCTTTTGCCAAACCAAATCAATTCAAGCACAGACATAAGTATTGTTCACGAATCTTCATCTA
TATGTGAAGTTTGGCAAAATGAATTAACTTTGTAATTTGAATCTTGATGCTGGCATTCATAGTATCGATATGTTTGTCATTATTATATTGAATTGCTTATGGTTGATCTTTTGTGATTGGTCCCTTGTACTGACATATTTTGAATTTAATATTAACTTGCAGTGGCTTGTGATTTGATACGGTCATCCTAGAATTAATTT
GTTGGTTTTTGTTGTAATCATAGCTAATTATATTTTGTCATTGATACATTTGTATTATTCAAATCTACGATACAGGTTTCATGACTATAGCTGTCTATATTTTGTATCTGAGAACTCAGGATGTTTATGGTTGATGAACTGTTAATCTGTAATTTAGTTTCTCTTTGGTGATTTAAGAATTCATGTAAATAGTACACCTC
CATTCCAATTGTTTATATTATTCTGCATCTTGCAACTTTTTTGGATTACAAGATGTATCATCCCTGTGTTTGGTTCTTGAAGTGTAGTGATCCTCTTGATTATTATTCTTTTAAATTTCTGTCTTGATAGACATGCTCCAAGTTAGAGCAAGACTGCAGAGCATGAAACGTTTGGTGCATGGTCAATTGGGGTTCATCTT
GTAGTTAATGAGATCATCTATCATTGTTCACAAGGCCAATTTCTATCTAGTTGCATCATGTCTGCTTGAGAGTACATAGGTTCTACCATTCTGTTGCTTAGAACAAGGGGCTTGAACTAATTTTGAATCTTGGCTTAGCTGTGCTCCTTAGTCCTTACTATAATCATAGACTGAACATGATGCTATGCTGTAGAAGCACT
GTGATGGTGTCTTATCAATGCTCATAGGTCAAAGGATGGCATTGGAGAATACTATTTGACCCAAGGTCCAAATTCAGAGCCCTATATGCATGGTTGCCATAATGTCCTAATGGTTGATGGAAAACAATTACAGCAGGGCAGCTAAGGCTGGTCCAACATAATTGAAAAACGAGCACTTTAAAATGGGTCTGAAACTTATG
CTATTCTTGGTCATATTTACAGATTGAACTGGTGATGATATTGTAGGCTATAGTCTATAATATTATATTGATGTTCACCTCTCAATAATGTTGTAGCACTATGGTTATATATGAAATCTATTTTGCTGAAGTTCAAAATCTAGTATTGGATACTGAAAAATTTATACATTAATGAAAAATATAACCAAATGAGGTTATCA
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ACAATGTGTGTGCATACATCTAAACTGCTTCTTGTTTGGAATAATTATTGTTATCCTAATTTGGATTGAAATGCATAGATAATTAAGGTAGAATCAAATTTCAACCTCTTGTGATAATTTTTTATTTCAATTTGTCTTTCACTACCAGAATTGACTAGAACCGACTGTAAACGCTTTCCAGATAAATTAATAAATATATT
TTTTATTTCAATTTGTCCTTCACTATCAGAATTGCAGATCCATCTTCGTGTAAACGCTTTCCAGATAAATTAATAAATATATTTTTTATTTCAATTTGTCCTTCACTATCAGAATTGCAGATCCATCTTCATGGAAGTATATATATTTTTTATTTCAATTTGTCTTTCACTACCAGAATCGACTAGAACCGACTGTAAAC
GCTTGCAGATCCATCTTCCTAGAAGTATTTGTATTTCTATTGGAGGTTTGGATGGATCTTTGGCAGATCAGTTGGGGAACGAGATTCAAAAGGTTTGCAAGGCGTTTTACTAGAAATTCTATTGTGGGTCAAAAATCCTGATTATGACAGAGTATGAATATATTATCTATCATGTTTCTTTGTTTTTCCATTCAAGTGTC
CTTATTCATTAGATTAATTAAAACAGAGTACAAATTCCTATAAACCCTGTTTATAACTCAAATTGTGAACTTTGGTATGCTGGTTATTTATTGTTTCTTTTGAACCCTTGCTATTGTGCAGGTTAATTGGATAAATAGGTTCATCTATGAGATGTGGCCTTATCTTGATAAGgtatgagtcatgacagagttgtagggtt
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TAAACACCGAGGTTTGGTCGCTGTCAGAGACAAGACCCTACGGCCATGGGTGATGCAGAACTACATAGCGGATGGGAAAGAC
Intron 2 GTATGAATAT ... TATTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 92.69 | 4 | 66 | 35.5 |
| A2 | 69.35 | 11 | 31 | 19 |
| A3 | 81.16 | 8 | 45 | 24 |
| A4 | 89.33 | 4 | 47 | 20 |
| A5 | 88.24 | 1 | 14 | 1 |
| A6 | 79.72 | 4 | 22 | 9.5 |
| A7 | 78.16 | 5 | 26 | 10 |
| A8 | 70.09 | 15 | 41 | 29.5 |
| A9 | 77.42 | 4 | 16 | 11.5 |
| A10 | 53.22 | 6 | 9 | 5 |
>TRINITY_DN42549_c4_g3_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGCCAATTAGGGTTGCTGATATTGCCTGGATTGGACCGTAACTCTTCTGAATCTTGTGAGCTTGATTACTTTTGGAAGAACAGGCTGAGGGAGATGGGTTTTTTTACTACTCTATTGAGTTTCATTGGTTTTGGACTTGGCATTTCCACTGGACTCGTTATTGGCTATTTCATGTTTATTTATTTCGAGCCCAGTGAGGTG
CAGAAACCAATAAGCAGATCAGTTGGGGAACGAGATTCAAAAGGTTTGCAAGGCGTTTTACTAGAAATTCTATTGTGGGTCAAAAATCCTGATTATGACAGAGTTAATTGGATAAATAGGTTCATCTATGAGATGTGGCCTTATCTTGATAAGAAATGAGGAGGGGGCCGGGGGGTTATGTAAACACCGAGGTTTGGTCG
CTGTCAGAGACAAGACCCTACGGCCATGGGTGATGCAGAACTACATAGCGGATGGGAAAGACAAT
>TRINITY_DN42549_c4_g3_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTTCACTATCAGAATTGCAGATCCATCTTCATGGAAGTATATATATTTTTTATTTCAATTTGTCTTTCACTACCAGAATTGCAGATCCATCTTCCTAGAAGTATTTGTATTTCTATTGGAGGTTTGGATGGATCTTTGGCAGATCAGTTGGGGAACGAGATTCAAAAGGTTTGCAAGGCGTTTTACTAGAAATTCTATTG
TGGGTCAAAAATCCTGATTATGACAGAgtatgaatatattatctatcatgtttctttgtttttccattcaagtgtccttattcattagattaattaaaacagagtacaaattcctataaaccctgtttataactcaaattgtgaactttggtatgctggttatttattgtttcttctgaacccttgctattgtgcagGTT
AATTGGATAAATAGGTTCATCTATGAGATGTGGCCTTATCTTGATAAGGTATGAGTCATGACAGAGTTGTAGGGTTCGAGCTTTCTTTGTTTTCTGGGTACTTCTTAGTGTCTCTCCAATTTGATGAAATATTGAACTAAGGGGATGAGCTCCATAAATAATATCAGCCTTTAAAATTTGAATTATGTGAGGAATTGTGT
TCTTCATATTCATGTTATAACTTTCGTTTATTTTCAAGCAATCTGAATTTTCAGGTCTCTCTTTGAATCCACATATACATTGTGTCTCTATGTTTGGAGATGGGGTGGATTTTGCATGTGACTGATCACAAAAACTGTATTTTTGCCATTTATGTTAATTGTAAAATATCACTTTGTTAAATTACAAAACTAGTATTTTT
GGCGTTATGTTGGCTGTAGTTACACCAGTTGTAGTATTTTTTAGTGCCTGAAATTTAATTGAAATGCAATATTTTTTTAGTACATTTTTTTTTATGAAGTGTGCAATCAATTTAATATTTTCATTTGAAATGTTAGATTTTTGTAAGCCATTCATCGCCGAAGGGCAGCATGAATATATAACCTGCAATCTGAAATTAAG
ACCAGCCCTTCAAATTTGATCCCTGACCCTATGTCCAAGGGTGATGCAGAAATGAGGAGGGGGCCGGGGGGTTATGTAAACACCGAGGTTTGGTCGCTGTCAGAGACAAGACCCTACGGCCATGGGTGATGCAGAACTACATAGCGGATGGGAAAGACAAT