sp|P35685|RL7A1_ORYSJ ----> Large ribosomal subunit protein eL8z

Intron 1 GTAGGTACTT ... TCTACGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	96.64	4	23	115
A2	87.65	10	32	71
A3	96.2	3	19	76
A4	89.29	9	16	75
A5	66.67	11	29	22
A6	96.63	3	4	86
A7	96.94	3	7	95
A8	92.77	6	9	77
A9	98.63	1	2	72
A10	100	0	8	77

>TRINITY_DN124147_c2_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

TCAAATACCAAGGAATCATATTTGCGTTCACTTGTTAATTAGCATCGAAGTCCAATTGCATATAACCATCTTCCATCATTCTTCCTGTTTAATTTTTTTCATGTAATAGCTTTGGGACGGAGGCTAATTGAGGTATTTGAACATACACAGAATATTTAATTCGGTTTTATGTCTTGAGGGAACGTTGTATATTTTTTATT
TATTTAATTTTGTTGTTCTCAATATTATGTATTATGTTTCCAGTATATCTAAACACTTCCATTGTATATTGATTTAACAAATTTCCTCTATCTTTCGCGGTGGGGTTTTAACCATGTGACTGTTCTTATTATTATTATTAGATTTAATAATTTGGTCAAGTGTGTATATATATTTCATACTTTAGGTTATCCGATGCTTT
AGGTTATCCCACATGCTTTAGGTTATCCCACAGCCAATGATAGACCTCGTTTGGTCGGCACGGCAGGCGATTAGAGTATAGAAGAACGGTGGAACTCATAAAAAGTGGCAATGGGATATCCAATGTCTATCAACTTGGAGTGCATTAAAATGAAGCAATGGAAATTGAAGCTCAATCT

>TRINITY_DN124147_c2_g2_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TCAAATACCAAGGAATCATATTTGCGTTCACTTGTTAATTAGCATCGAAGTCCAATTGCATATAACCATCTTCCATCATTCTTCCTGTTTAATTTTTTTCATGTAATAGCTTTGGGACGGAGGCTAATTGAGGTATTTGAACATACACAGAATATTTAATTCGGTTTTATGTCTTGAGGGAACGTTGTATATTTTTTATT
TATTTAATTTTGTTGTTCTCAATATTATGTATTATGTTTCCAGTATATCTAAACACTTCCATTGTATATTGATTTAACAAATTTCCTCTATCTTTCGCGGTGGGGTTTTAACCATGTGACTGTTCTTATTATTATTATTAGATTTAATAATTTGGTCAAGTGTGTATATATATTTCATACTTTAGGTTATCCGATGCTTT
AGGTTATCCCACATGCTTTAGGTTATCCCACAGCCAATGATAGACCTCGTTTGGTCGGCACGGCAGGCGATTAGAGTATAGAAGAACGGTGGAACTCATAAAAAGTGGCAATGGGATATCCAATGTCTATCAAgtaggtactttctgagctcttcctttttattataattaattattttcattaattttagattctgcat
atttgttttttattataattaattatttttattaaatattttattctatgtactggtttgttctgatgtgtttagtttattattaatattttatagtttttttctaattttaatgataattgaagttatttgagttttctcataattaatttcaaacttatgtttaatttagtttttttcaaattgttttattttgtaat
tgtaaatattaagcttcactgatttaacagattttgtcttttaagttagtgggtctgaaaagctgaaaagctgccactccccaccatttccatttcttaaaaaaggcacccactcgctccatgctgcccgccaacggtcatctattccatctattgaaggaagccgctgcagacttcagacttggatcgttccatcttct
taactttttattttgttcagagtgatcttggattgatttcttttctccttaattcttgctccagcttgctgtattttatttgttttcatattattctgttattttcattttctttctggtgctggtcactttagatcttttcaggttgcttgtttaactctggttggattgaatatttctctgttttcttcaggtgcacc
gcattttgttttttcactttcttgatttcatatccatgatcattcactggcttgaccaaaatatctacggcagCTTGGAGTGCATTAAAATGAAGCAATGGAAATTGAAGCTCAATCTGTCCCTGAGGTGATAAAATTTTTTCCCAGGCCAATTATTTTTGTTCAAGATGCCATGCCATGCGATG

Intron 2 GTAGGTACTT ... TCTACGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	96.55	4	23	112
A2	87.5	10	32	70
A3	96.05	3	19	73
A4	89.41	9	16	76
A5	64.52	11	29	20
A6	95.59	3	4	65
A7	96	3	7	72
A8	90.48	6	9	57
A9	98.15	1	2	53
A10	100	0	8	62

>TRINITY_DN124147_c2_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

TCAAATACCAAGGAATCATATTTGCGTTCACTTGTTAATTAGCATCGAAGTCCAATTGCATATAACCATCTTCCATCATTCTTCCTGTTTAATTTTTTTCATGTAATAGCTTTGGGACGGAGGCTAATTGAGGTATTTGAACATACACAGAATATTTAATTCGGTTTTATGTCTTGAGGGAACGTTGTATATTTTTTATT
TATTTAATTTTGTTGTTCTCAATATTATGTATTATGTTTCCAGTATATCTAAACACTTCCATTGTATATTGATTTAACAAATTTCCTCTATCTTTCGCGGTGGGGTTTTAACCATGTGACTGTTCTTATTATTATTATTAGATTTAATAATTTGGTCAAGTGTGTATATATATTTCATACTTTAGGTTATCCGATGCTTT
AGGTTATCCCACATGCTTTAGGTTATCCCACAGCCAATGATAGACCTCGTTTGGTCGGCACGGCAGGCGATTAGAGTATAGAAGAACGGTGGAACTCATAAAAAGTGGCAATGGGATATCCAATGTCTATCAACTTGGAGTGCATTAAAATGAAGCAATGGAAATTGAAGCTCAATCT

>TRINITY_DN124147_c2_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TCAAATACCAAGGAATCATATTTGCGTTCACTTGTTAATTAGCATCGAAGTCCAATTGCATATAACCATCTTCCATCATTCTTCCTGTTTAATTTTTTTCATGTAATAGCTTTGGGACGGAGGCTAATTGAGGTATTTGAACATACACAGAATATTTAATTCGGTTTTATGTCTTGAGGGAACGTTGTATATTTTTTATT
TATTTAATTTTGTTGTTCTCAATATTATGTATTATGTTTCCAGTATATCTAAACACTTCCATTGTATATTGATTTAACAAATTTCCTCTATCTTTCGCGGTGGGGTTTTAACCATGTGACTGTTCTTATTATTATTATTAGATTTAATAATTTGGTCAAGTGTGTATATATATTTCATACTTTAGGTTATCCGATGCTTT
AGGTTATCCCACATGCTTTAGGTTATCCCACAGCCAATGATAGACCTCGTTTGGTCGGCACGGCAGGCGATTAGAGTATAGAAGAACGGTGGAACTCATAAAAAGTGGCAATGGGATATCCAATGTCTATCAAgtaggtactttctgagctcttcctttttattataattaattattttcattaattttagattctgcat
atttgttttttattataattaattatttttattaaatattttattctatgtactggtttgttctgatgtgtttagtttattattaatattttatagtttttttctaattttaatgataattgaagttatttgagttttctcataattaatttcaaacttatgtttaatttagtttttttcaaattgttttattttgtaat
tgtaaatattaagcttcactgatttaacagattttgtcttttaagttagtgggtctgaaaagctgaaaagctgccactccccaccatttccatttcttaaaaaaggcacccactcgctccatgctgcccgccaacggtcatctattccatctattgaaggaagccgctgcagacttcagacttggatcgttccatcttct
taactttttattttgttcagactgatcttggattgattttttttctccttaattcttgctccagcttgctgtattttatttgttttcatattattctgttattttcattttctttcttgtgctggtcactttagatctttcaggttacttgtttaactctggttggattgtatatttctctgttttctttcgatgcactg
gattttattttttaactttcttgatttcatatccatgatcattcactggcttgaccaaaatatctacgtcagCTTGGAGTGCATTAAAATGAAGCAATGGAAATTGAAGCTCAATCTGTCCCTGAGATGATACAAATTTTTCCCAGGTAATATTCTGATTTTTCTGTCCACTGAAAGCAAATATTAGTTTAATTTGGCCA
CCTCTTAAAATGTCTTTATGTCTTCTAATATTAAATATGTCTAACAGATTTCATGGCTATCATTCAAGATTAGGTGAAGCTAGTTGGCTAACCGTCAGTTTTTGTTTCAAAGCTTTTACTGCAAACTATTGACTTTCATCTGATTTATTAGTAAAGCAAATAAATAAATCTTACCACTTTAGTTTGGGTTCTCTGATCTA
ACAGTAAATTAAATAATTATATTATATGGATAAATTGCATAATGAAAATTTAAACAAACATTTATTATTATTTGTAAAGCAATCCTTTTGAATCTTATTGCAAACTAATGCTCCTTTTGAATCCTACGAGGTAGGTGCATTGTTTTGTTCTTCTATATGGATATTCAGAATTTGACCAAAAATCGACACTCTTCCCTCTA
ATGTATTCTGAGGTGCATTGTTTTGTTCTTCTATATGGATATTCAGAATTTGACGAAAAATCGGCACTCTTCCCTCTAATGTATTCCGAGGTAAAATCATTCTCATTTTGTATTTTAGTTGTAAATTAAATAACGAAGGTTTAAGAAAATCTTTCTTTGTTTTGCTTTTCTTGCAAGGCCGACAAATCATGTGATTTATG
CTTTTTAATTAAATAACTAAAGTTTTAAAGAGATTTTTCTTCGCCTTTTTTACTTATTTTTAGTAAAGTAACCATTTATTTCCTTAAAAATAAATGTTTAATTATTTAGGTTTCTTGCAAATATCTGTTTTTCTACACATTTTTACTGTAATTTAAAAATTTAGAGAGTAATTTGTTATTAAACTTCTGATTACCGTGTT
CTTTACGGTCACCGGTTAGATTACCAGAAAAAAGGCGTTCTGAATAAATCTCAGCGTCATTCATCTCAACATTATTTAATTGTATTTGTGGCGGCGTCAACGTCGTAGGCTCGATTCTAAATTCAATTCGATTCTCCGTAGAGTGACAGTTCAGTCTATTGGAGGCTCCTTCTTTCCATTAAATCACTTACCGCAATGAT
TCTTTCGACAAACTTCCATTCTGTTTTAACAACTCACCCAGAGCGCTTATAATGGTTTCCCATATGGGCGGTAACTTTTAGTAATTGACCTTGGTTCGAAGGGATCCAGAAATTCCAAATATTGCAAAAGGCATCCATGAAAATAATTATTAAATCATGGGATCCAACAGTTAAATAAAAAAAAACTCTGCCTTCAATTC
TTATTCTGCCCTAAATAAATAAAAAAATTAATCTTATCCGTATATCCAACTATCCATGTTAAGGGTTCTATTCCCTTCCAATTTTGTCCTCCAATAAAACATTACATTTACATTTCACATTGTGATCAGTATATAATGGTCTTTATTTCTTTCATTACATTATTTTATTGCTTCTATTATTGTTCTAAATTTATTAGCTC
CAACTTTAAACTATTCTCAGTTTGATAAACTATATCTTAAATTATAAAATTGCTTTATAATCTTTTCAGAACTCTTGTCATCTAAATATTAAATATTTTTGGGAATTCACTATATTCTATTCTCTTTCTCTCCACGAATGATCAGAGTGTCTTTCTCTCCGTGATGGGATGGGATGGAAATGCCGCGGGTTGTTTTCAAT
AGGTTGACTTCACTAAAACAAAACCTGCATCTTTTTCTTTTTTTATTTATCTATATTAAGTTTATTTATTTATAAACTTAGAATTATCATGATATTAAACTTAGAAGCATAATATGTTTTGTCCAGACTCCAACGAGGTCGGGAAATGAAAATCATTTAGCAGTAGATCACGCAGACAATAGTATTCCCACTCAGATCTA
CTTGAACGCACTCCTTCGCTGAAAACGATGAGAATTATAGGAGTAGGGAGTATGATGACGTTGAGAAGTATAGGAGTAGGGAGTATGATGACGATGAGAGAGAGTTGAGACGTGCAGGAGTAGGCAGTTTTTTTTTATTTTTTTATTTTTAATAAAATTTCAAATATTTATGTTTAGAA

Intron 3 GTGCACCGCA ... TCTACGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.77	16	135	118
A2	82.52	18	96	74
A3	82.2	17	82	75
A4	83.7	15	76	78
A5	93.75	2	39	21
A6	82.88	19	94	90
A7	91.18	9	89	97
A8	84.54	15	83	81
A9	83.43	14	70	71
A10	89.69	10	91	83

>TRINITY_DN116374_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

TTTATTTTGTAATTGTAAATATTAAGCTTCACTGATTTAACAGATTTTGTCTTTTAAGTTAGTGGGTCTGAAAAGCTGAAAAGCTGCCACTCCCCACCATTTCCATTTCTTAAAAAAGGCACCCACTCGCTCCATGCTGCCCGCCAACGGTCATCTATTCCATCTATTGAAGGAAGCCGCTGCAGACTTCAGACTTGGAT
CGTTCCATCTTCTTAACTTTTTATTTTGTTCAGAGTGATCTTGGATTGATTTCTTTTCTCCTTATTTCTTGTTCCAGCTTGCTGTATTTTATTTGTTTTCATATTATTCTGTTATTTTCATTTTCTTTCTGGTGCTGGTCACTTTAGATCTTTTCAGGTTGCTTGTTTAACTCTGGTTGGATTGAATATTTCTCTGTTTT

CTTCAGGTTGGAGTGCATTAAAATGAAGCAATGGAAATTGAAGCTCAATCCTGTCCCTGAGGTGTTAAAAAATTTTCCCAGGCCAATTATTTTTGTTCAAGATGCCATGCCATGCGATGGACTTAA

>TRINITY_DN116374_c0_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTTATTTTGTAATTGTAAATATTAAGCTTCACTGATTTAACAGATTTTGTCTTTTAAGTTAGTGGGTCTGAAAAGCTGAAAAGCTGCCACTCCCCACCATTTCCATTTCTTAAAAAAGGCACCCACTCGCTCCATGCTGCCCGCCAACGGTCATCTATTCCATCTATTGAAGGAAGCCGCTGCAGACTTCAGACTTGGAT
CGTTCCATCTTCTTAACTTTTTATTTTGTTCAGAGTGATCTTGGATTGATTTCTTTTCTCCTTATTTCTTGTTCCAGCTTGCTGTATTTTATTTGTTTTCATATTATTCTGTTATTTTCATTTTCTTTCTGGTGCTGGTCACTTTAGATCTTTTCAGGTTGCTTGTTTAACTCTGGTTGGATTGAATATTTCTCTGTTTT

CTTCAGgtgcaccgcattttgttttttcactttcttgatttcatatccatgatcatccactggcttgaccaaaatatctacggcagGTTGGAGTGCATTAAAATGAAGCAATGGAAATTGAAGCTCAATCCTGTCCCTGAGGTGTTAAAAAATTTTCCCAGGCCAATTATTTTTGTTCAAGATGCCATGCCATGCGATGG
ACTTAA