sp|Q9SY02|PP301_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750

Intron 1 GTGAGTCAAT ... TCTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	3	2	7
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A3	50	1	0	2
A4	100	0	4	4
A5	50	1	1	1
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A10	76	3	11	8

>TRINITY_DN42020_c6_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGAGATCCTTTTTGAGTTAGACCCTGATAATTCTGCAAATTATGTACTGTTGTCAAACATTTATGCAGTGGCTGGCAGGTGGGATGACATGGAAAATGTGAGAAAAAAGATGAATGATAGGAGGGTAAAAAAGAAAGCCTGGAAGCAGCTGGATTGAGATCAGTAACAAGCTGTATGCCTTTCGTGTTGAAGATAGATAA
CACCAGCAGTTGGAGAAAACATCTACAGATTTGGAGCGATCTTCAGGTCAATCACAAAGGCAGGGTATGTCCCCAACTCAAGACTTGTGTTGCGTCCCGGGGACGAGGAGTAGAAAGAACGGATTCTTTGCCATCATAACAAGAGGCTGGCCATTGTATTCGATTTTATCAACACATACCTGGACCACCTATACGATAAC
AAGAACCTTTGTTATTGTGGGGACTGCCACTGTCCAATCGATTCATCTCTAAGATTGTTAAGCAAAGTATTGCTATGAGAGATGCTGAACTGGATGGTTAGGGTTCAAAATATTGTTATGACAGATGCTGAACTGGATGGTTAGTGGTCTGAACCATCCTGTCCTGATAGGGTGATTGGGCTGCCAACGTGTGGCCCAGT
CAACGGTAAAAACCAAAAACAAAGTGGTAAAAAAAACCTTGAAGTTTCCCTCCCAACTCCCCAAAAACCTAAACATGAGCTTATAGACACTCCCTCTCCCTCTCTTTGCCTCACACGCTTCTCATAGTGAGCATTCAAAGAACTTGGTGCTGTAGCATTCACCGCAGTCTGGAACAAATTTGGAGCTGAGTTGGGGTAGA
TTTCAGTGTGAAATTTGTCTGCATATGCTCTTTGCTAATTTGCTATGAGATTGAAGAAAGTTCGTTGGTGAAATTTTGTGCCCATTTGAAGTATATTGGTGGAACAAATTCGGTTCCCATTGCCTTGAGTTACAAAGGTTTACAATTTGGACCCTGAGCCAAACTTGTGGCGCTTCTGGGTGTCCCATAGTCTTGTGGGA
GATTGATTCCTCGGATTGGGTCGTGATACCAACAAATTTTATGAAGGACAACTTCAAATGGATGGACTTGGAGCTGCTTCCACCTTCAGATGTGGGTGACATTGGTGTTGAGGAGGGCACCCTTGTAGCAGACCATAAGGGTGATCCAAAGGTTTGAATTGATGCTATTGTTGACGGTCTTGAAGGTTTCATCTTACATG
CTTGGGTGTTTATGTATTTTTTCTCAGAACTTTAATTTATGTATCTCAGAACTTATATCTTGATGTAATTTTGCTATTCACACCTTTACATCCAAT

>TRINITY_DN42020_c6_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACATTTTGAGCCACAACAAATGGACCAATGTCTCGAACAATCATTAATTTCCTCATTTCTTACCCACGAAGATCCATGTTTCTAAAAGTAGTTGATGGATTCCATTAGGTGAAGGATGTGAAGCTTTTATTTGAGTTGTTGGACAGTGTGGTTATGGAGGTTGGGGTGGATAATGTTTTTCAAGTCATAACTAATAATGT
ATGAAACCGTGTTCTGGTGTGTAAAATGTTGGAGGAGAAACAGCTCACTATTTTCTAGACTTCATGCAGTGGATATTGCTTGGACATCATCTTGGGGTAGGTAAATGTGATTGGGGAAAGAGGTTTATGGAACATGCCAAAACCAACCAAATTCATCTACAACCACACATGGGTTCTAAGTTTGGTGTGACAATCAGAGT
GCCATCAAGCTCGCCAAAGATCCATTTCAACATCAGCACAGCAGACATGTTGAGCTACAGATGCACCTCATCCAAAAGCTTGTTCAGGATAACTCTTGAGGAAAAACCTAGGGGGGAGGGAGCTTGTTCGGCTAGCTATTACCTGATTTGCAATGTTCTTTATACATTGCAACCTCTTGTTGGCCATAAGAACAACTTGA
AGATTATGTTCTCTTAATCCAAAATGGATTTGAATTAAGCTTTCTTCCCAACTTTGTGAAAAGGGAATCCTTGGCAAAGTTTGAAGTCAACAATCAACTTGAAGATCAAAGGCCAAAAGTCAAAAGATGATGAAACAAATCATCTTGATGGTTGGCCTTCCAAGGTAGCATTATAGTAAACAACGCTTGCTTGATGCAAA
GACAACTGACGAGAGATGGAAAAATAAAACTCAAGAAGAAGAAGGGCAGTAACAGAAGACTGAGGACTTGGACTGAAGTCTGCTAAAAAATAAGAAGATGAAGGGGATTATGGACCTGTCCACGAAGAGCTAAGATTGTCTTCGAGTCAAAGCAATTTGCAAAATGCCACCAATGAGTAAGAATACAGGAGGTCTCTGTT
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CCGTCTACATTTTGAATCACTAGTAACAACTCTCCATTAATTGGTTGAATCACTGGCTTCAATTAATTGTTGTTGAATGCTGCACATAGCAAGCTACAACCATCGTTGAATGGGCTTTCCACTGTAACTAAATTCAATTGCATTAAGCCATGTGTTGGCATTTACTATAGCGCTAGAAGCTATTGTTGGAGTCATGGAGT
CTATACAAACATTTCTACAGCCCATTGCCCAATTGTTAGATCGCTGGACTAATTTAATGGCGTGCTAGTGTGTAAACCACATCCCTTGCAACTCGTTTTATGCTTGAGCTCTTTGCTGGATGATCCATAGTTCAAATACACTTTTGATTGGGTCATTGGCTAGGGTCGATGGTTTGGACTTTGTGTGTCCCTATAGGCTA
CATTCCATAGTTCGATGTTGCTCACACTTTTAATTCTATATGTGGAGAGCACTTTCAGCTAGATTTGTATGGGCAGAAATTCATATATCGGCTTAATTACTGTGTAATCACCGCTACAAGCATTGGCCAAAGATGGTTGATTTACTGCTGAGTTTGAGCAATCCATTACTGCAGAGTATGCCATTCCTGTTGGGCACATA
ATTGTAAAGGCAGAGTGGGCATCACCACCTTGGAGTTGTTTCTCACAATTGAGAATTGGCCTTGGCACCATAAACAAATAAACCAAGCAAATCAAGCCTTAAATCAAAGCTGAAAACAGAGTTTTCGTTCCAGGTAATGAACAATGCATTTAAGAAGCTTGATCCCAGATCCTGATCGTGGTTGCAATGATCAGCATAGA
GTGCCGTATACCTTATTAATTGCCATATATATATATATATAACACCAAAGCAAATCAAGCATTGAGCCCAAATCTGAACAGAGTCATTCATGCATGTTGGAGAAGAGCAAGGCACAAGAAGCTATGCAGTCTTCCTAACAGAGAAGCAATAATTTTAAATCTGCAGATGCTTCAGTGATGAGATGGACAGGCCATAGGCC
TACCATGATCATTCATGGTGATGAATTGGATACATCTTAGTGGAGTTGTAAGCCTAAAGGGCAAGAGAAAATTCACCAGGTTTATGACATTGCTTTTTGGTATAAAACAGGAGATAATCATGGCTACCGAGCCTCTTGTTAGAGTCTTGCTGGTGGTGGATGGGGATAAACTTACATTGGATTATATTTACAAGGCCATG
GATAAGGTCAAAGAGGTATTAAAGGAGGTTTGCACAAGAAAAAATTAAAAAACAAAATTATTTTCCTGTTTGGAGAATTATTGATGAGAGATGGAACAAGCAGCTCGATTGACCTCTACGTGCAATTGTTTATTTCTTAACCCAAAGTACCATTATACAAAAACCTTTTCAACATAATGGGAGGTAAAAGATGGATTGTA
TTGCTGCATAGAGCACATGGTCCCCAATAAGAAAGACCAAGATAACATACAACTCAAGCTTCGGGATTATAGTGAAAGTGTTTGTACTTTGGTAGAGAAATGGATATTTGACAAAGAGTCTAAAGCCAACTAGGTAAGCAATTTTAATGTTTCAAAGTTGTAAAGTTCATTATTCTAGATTCTAGAATCTAGAATTCTAA
TCTCAATTTATCATTGACTCATTTCTTTAACTCTGTCTTATCACAGTATATTGGTGGAACAAATTCGGTTCCCATTGCCTTGAGTTACAAAGGTTTACAATTTGGACCCTGAGCCAAACTTGTGGCGCTTCTGGGTgtgagtcaattggagtgtgtttgagcacatttacatgaagaagagaaagtgtttggaacaataa
caattgattgatttgatgttcatgtagtacaatctttggttgatgcacaatggttgagcaacacatctgttgcagGTCCCATAGTCTTGTGGGAGATTGATTCCTCGGATTGGGTCGTGATACCAACAAATTTTATGAAGGACAACTTCAAATGGATGGACTTGGAGCTGCTTCCACCTTCAGATGTGGGTGACATTGGT
GTTGAGGAGGGCACCCTTGTAGCAGACCATAAGGGTGATCCAAAGGTTTGAATTGATGCTATTGTTGACGGTCTTGAAGGTTTCATCTTACATGCTTGGGTGTTTATGTATTTTTTCTCAGAACTTTAATTTATGTATCTCAGAACTTATATCTTGATGTAATTTTGCTATTCACACCTTTACATCCAAT

Intron 2 GTTATAATCA ... CAAACACAAG

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A8	74.57	14	41	9
A9	92	4	46	9
A10	81.02	6.5	25	15

>TRINITY_DN42020_c6_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

AGAGATCCTTTTTGAGTTAGACCCTGATAATTCTGCAAATTATGTACTGTTGTCAAACATTTATGCAGTGGCTGGCAGGTGGGATGACATGGAAAATGTGAGAAAAAAGATGAATGATAGGAGGGTAAAAAAGAAAGCCTGGAAGCAGCTGGATTGAGATCAGTAACAAGCTGTATGCCTTTCGTGTTGAAGATAGATAA
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AAGAACCTTTGTTATTGTGGGGACTGCCACTGTCCAATCGATTCATCTCTAAGATTGTTAAGCAAAGTATTGCTATGAGAGATGCTGAACTGGATGGTTAGGGTTCAAAATATTGTTATGACAGATGCTGAACTGGATGGTTAGTGGTCTGAACCATCCTGTCCTGATAGGGTGATTGGGCTGCCAACGTGTGGCCCAGT
CAACGGTAAAAACCAAAAACAAAGTGGTAAAAAAAACCTTGAAGTTTCCCTCCCAACTCCCCAAAAACCTAAACATGAGCTTATAGACACTCCCTCTCCCTCTCTTTGCCTCACACGCTTCTCATAGTGAGCATTCAAAGAACTTGGTGCTGTAGCATTCACCGCAGTCTGGAACAAATTTGGAGCTGAGTTGGGGTAGA
TTTCAGTGTGAAATTTGTCTGCATATGCTCTTTGCTAATTTGCTATGAGATTGAAGAAAGTTCGTTGGTGAAATTTTGTGCCCATTTGAAGTATATTGGTGGAACAAATTCGGTTCCCATTGCCTTGAGTTACAAAGGTTTACAATTTGGACCCTGAGCCAAACTTGTGGCGCTTCTGGGTGTGAGTCAATTGGAGTGTG
TTTGAGCACATTTACATGAAGAGAAAGTGTTTGGAACAATAACAATTGATTGATTTGATGTTCATGTAGTACAATCTTTGGTTGATGCACAATGGTTGAGCAACACATCTGTTGCAGGTCCCATAGTCTTGTGGGAGATTGATTCCTCGGATTGGGTCGTGATACCAACAAATTTTATGAAGGACAACTTCAAATGGATG
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GTAATTTTGCTATTCACACCTTTACATCCAAT

>TRINITY_DN42020_c6_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

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tggtggcatctagttggaacaatagtaactaccctccatttggcagattgcaagagggagatttgtattagtgattagcggacagtggacaaacacaagTATATTGGTGGAACAAATTCGGTTCCCATTGCCTTGAGTTACAAAGGTTTACAATTTGGACCCTGAGCCAAACTTGTGGCGCTTCTGGGTGTGAGTCAATT
GGAGTGTGTTTGAGCACATTTACATGAAGA

Intron 3 GTGAGTCAAT ... TCTGTTGCAG

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A1	57.14	3	1	7
A2	75	1	2	4
A3	50	1	0	2
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A5	50	1	1	1
A6	58.33	10	10	18
A7	76	3	12	7
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A9	60	9	5	22
A10	76	3	11	8

>TRINITY_DN42020_c6_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGAGATCCTTTTTGAGTTAGACCCTGATAATTCTGCAAATTATGTACTGTTGTCAAACATTTATGCAGTGGCTGGCAGGTGGGATGACATGGAAAATGTGAGAAAAAAGATGAATGATAGGAGGGTAAAAAAGAAAGCCTGGAAGCAGCTGGATTGAGATCAGTAACAAGCTGTATGCCTTTCGTGTTGAAGATAGATAA
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CTTGGGTGTTTATGTATTTTTTCTCAGAACTTTAATTTATGTATCTCAGAACTTATATCTTGATGTAATTTTGCTATTCACACCTTTACATCCAAT

>TRINITY_DN42020_c6_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGAGATCCTTTTTGAGTTAGACCCTGATAATTCTGCAAATTATGTACTGTTGTCAAACATTTATGCAGTGGCTGGCAGGTGGGATGACATGGAAAATGTGAGAAAAAAGATGAATGATAGGAGGGTAAAAAAGAAAGCCTGGAAGCAGCTGGATTGAGATCAGTAACAAGCTGTATGCCTTTCGTGTTGAAGATAGATAA
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TTTCAGTGTGAAATTTGTCTGCATATGCTCTTTGCTAATTTGCTATGAGATTGAAGAAAGTTCGTTGGTGAAATTTTGTGCCCATTTGAAGTATATTGGTGGAACAAATTCGGTTCCCATTGCCTTGAGTTACAAAGGTTTACAATTTGGACCCTGAGCCAAACTTGTGGCGCTTCTGGGTgtgagtcaattggagtgtg
tttgagcacatttacatgaagagaaagtgtttggaacaataacaattgattgatttgatgttcatgtagtacaatctttggttgatgcacaatggttgagcaacacatctgttgcagGTCCCATAGTCTTGTGGGAGATTGATTCCTCGGATTGGGTCGTGATACCAACAAATTTTATGAAGGACAACTTCAAATGGATG
GACTTGGAGCTGCTTCCACCTTCAGATGTGGGTGACATTGGTGTTGAGGAGGGCACCCTTGTAGCAGACCATAAGGGTGATCCAAAGGTTTGAATTGATGCTATTGTTGACGGTCTTGAAGGTTTCATCTTACATGCTTGGGTGTTTATGTATTTTTTCTCAGAACTTTAATTTATGTATCTCAGAACTTATATCTTGAT
GTAATTTTGCTATTCACACCTTTACATCCAAT