sp|Q9C8F1|IF5Y_ARATH ----> Probable eukaryotic translation initiation factor 5-1

Intron 1 GTGAGGAGAT ... TATGTGGCAG

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>TRINITY_DN115279_c6_g3_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

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ATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGGTAAGTTGGGTTCCCACTGTCCTTTTACTTAAGTTATTTAATGCAATAAGCGTGAAGGCTTTAAGCTTCCATTTCATGGTTTGTTTGGTGTTTTCTGTTCTTTGAGGGTTTGATCTTTCTTTTCTTTTTAAAGTGTAAATAGAGTTTTTCTTCGAATACGGACTGGGAATTGGGA
TATGTTTGTGGGTTATGAGCGATCGGTTGTGGGTTGCTCTCGTTTTTATCGCAGACTGAGAATTTTTTTCATCTTTGGTAAAAGCCTTGTGTCTGGTTTTTAGGGTTTGGTTCGGACTGTAAACAATGATTTTTGGTGTGGATGTTGCTTTAAAATAGAAACATTAACTGGGCTTGTTGGGATCTTATGTGGGTTGCTGT
TGCCTTTTTTGATTTCCGTCTAATAGTAGTTTTGCATTTGCTGTTATTGTTTGGGACACACACACATATATAAACAGACCCACACAGGTATTTATGTAGGACTTGATGTGAAATGTAGATGTGTTGTGAGTTTGGTGAGATCTGAGATAGTCTTGATGTTAATCCCCTTGTATAATTCCTCGTCTTTGTTAGGTCTTGTG
ATCTGGTTATATAAGCATCTATTCTGGGATAAATTCTGAAGGTGGGAACGCATTTGAAAGGGCATTTGATGGAGGTCTTTCCTTTAATTCTTTTGACCGGATTAGAGTATATTTGTATAGTTTCATCAGCTCCTCAGAGTTTTGGGAGCTTGGTCACAACAGATTATGGTTCAATTGATTTCCTATGAGGGTCATCTGTG
GATTTGTTCCCGAAGATAATATATGTCAAACCCCAAACAAGGCCTATCGGGATAAATAACTCATCAAGATGCAGAAACTAACTGAAAATGGAGACTCTAATCTGCATCTTGATGAGCTCTTTATCCTGGTAGGCCTTGTTTGGGATTTGGTATGATGGGATCTGAAGTTTCTTCAAAATGTACATTTGACGTGTTTTCCT
CTTTTGTTCCATGGTCTGATCATAGATACATGTTTTTCCACCCATCCAGAGGTTCTTTCAAAACTTACATTTGACGTCTTCCATGGTCTGATCATAGATATTTGTATATACATATTTTCTACCATCCTGAGATTCTTTCAAAATGTACATTTGACGTGGATTCTTCTTTTTTTTCCATGGTTTGATCATAAGATAACTGT
ATATATGTTTTTCTACCATTCAGAGTTTCTGGGACCCAGTTTATTATTCTGTTCAATGTATATTCTTGCAAAAGTGGGTGTAAAATTTGAAGAGTATCCAGAATTTTCTTCCTTCCATCTTAGATTTGAATAATTTTTCATTTTCTTTTCTTCCTCTCAGAGCTTTTGGGCCTGGATATAAATGGTTAAGTTAATAGGTT
TCTTGGAAATAAAAGATTTGATGGTTTAACTTTGATTAAAAATATATATTCAATAGATATTCTTCTTCTCTCCAACTTAGATATTTTTCTACCATTCAAAGTTTTGAGGATCTGGTTTATTGTTTTGGGTCAAGGTATATACTTCCAATTGTGGGTCTAATTTTAAGATGTGTACATTGATATTTTTCTTCCCTTTTTCT
TATATATATATATATATATATATGTAGCCGGAAGAGTTTCCAGAAACATGCCAGTTTTGTGGTGCAGACCACAGCATGAACAGCTCAACTCTCCATCAATCTCACCAGTGAACCAAGGCTCTGTTGGCCTTCTTTCTTATATTTGAGTGAATATTCATTTTTCTTCCCTTGGAGCTTTTGGGGCTTGGTTTTAAACTGTG
TTGTGTTATTGGCTTAATTGGAAAAATTATATTCAAGTAAATTTTCTTTCTTTTTTACCTCTCACTGTTTCAGAGCTTTTGTGGCCTGGTTTAAATTTTTATGTTCTTAGATCACTTGAAAAAAGGTTCATGCGTTGATGTTGATTCTTATTTTATTACTGTATGATAATTGTATTATATCTTCTTTCCTGCCATTCAGA
GTATGATAGTCATATATCTATTTTGTTTTCTGCCATTTGTAGTTTTTAGGTTGTTCTTTTCAAGGTATATTCTCCCAGACCTGGGTGTACAATTTCATTTTTGTCAATGATGTCAATTGATTTATCAGACTTTAACAGTGCATGCTATTATTTTCACACATGAGATATTGACAATAGAGAATGCATTTGCAATAGCATAA
TGGCTATCCTCTTTCTCTGCGAGGTCAATTGATCAATTTGTCCTTCAAACTACAACATAACTTCTTTGTTGTGTAGGTTTTCTATGGATTTTTGAAACACTACAGGATATAGTAAATATTTTTGCATTAGGATACCCTACCTCCCCACCAGGCTTGCCTGATCCAGTGACCAAAGCTTGTAAGTTTCAGAGAATTTCTTT
ATGATGATTCTGTAGTTCGTATAGGTTCCAACTATGTCACTACAATGAATTGAAGCGTTGTAAACCTAGAATATAACCATATAGTAGAGTGGCCAATTCGTTTCAGTTTTAATCAATGTGATAAATTTACCTGTATAATAAATTTAAACTTTTAATATTTATTCTTATTTTTTATTTTAGTTTTTTAATATCGAGTTTCT
TTAACTGATTTAACTATTGTTGTTGTTGTGTTGTTATCTTGCAGCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGGTACGTTCATTTTACTTTTATGTAGTTGTTCTTTGTTTGTTACAATATGGTTTATATGTACAAGTTAGTCGATAATACTTAGCATGACTGTAAAGGTGTTTTTTTCATATGTTAAATACATCCCTTGAAAGA
TGGCCAGCCAAAGATAGGAGATAATGCAACTCTTCCTTGAGAGTTCGTATCCCTGACATCTAATTGGGTCTAATGTCTTTGTCTTGTGTCAAGTTCATTGCATGATTCCTTATATTCTGTTTCCTATGTCTTTTGTTGTTTTAGGGTTATCTTATTCTTGAGTTGCTTGATACTATTATGGTATCTGATGGTTTGGTAAA
CTATGCAGCGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATCTTGACTTCTCAAGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTGGTTTTCATTGGAGG
TCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGTTATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACA
ATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGGTAGATAACAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGA
GGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAGCAAGGAGGGTTTGGGAGCTCTTGTTGAATATAATGAAAAGAAAATGTTTGATGTGAAATTAAAGGACATGAAGACTTCATTAACAACTCTGATTGCAGACAATGCTGATATTTCGGAAGTGAT
TGAAACTGTAAAGCAGCGCCATAAAGAGTCAAAGTTACCTGATATTGAAGTAGTGCGTATCTTATGGGATGCTATTATGGATGCTGTACAGTGGTCTGGCAAAAACCAGCAACAAAATTCAAATTTGGCATTGCGTCAAGTTAAGACATGGGCAAAACTCCTTGACAGTTTCTGTACAACCGCAAAACTGCAGTTGGAGA
TAATGTACAAGATACAAATTCAGTGTTACGAGGATGCTAAACTCATGAAACTGTTCCCAGAAATAGTAAGGTCTCTCTATGATGAGGATGTTCTTGCTGAAGATACCATTCTGATGTGGTTTCGCAAAGGCAGTAACCCAAAGGGCAGGCAAACTTTTGTGAAGTCACTGGAGCCTTTTGTGAAATGGTTGGAGGAAGCT
GAAGAAGAAGAATAATTTTACTTAGATTAGAAGCTTAGTTACGACTATATGATATATTGTGTTCAGTTGGTTTGTCAACTGTTTAATTACCAAATAAGTTTTACATTGACAATTTATGAGATCATAGTGCTACGGTTGTTATTAAGTTATGGTGTGCGAGCAGATATACTTTAATTGGATTCTGTTGGACTTTGCATTGC
CCAGAATTGTTGTTTCGTATCTATAGTTTCCCTTGTGATTTGATTAGTTTGTATGTCTATATGACAGTGACTTCATGTTTCCCTTGTGTGTCCTTGATCGTTACTGCCTAATTTTTTCTAGGAACACTATTTCTTGAGATATTTTAGAAGAGTCTTAGAAAAATATTAAAACTCGTACACCATAGACAAATGAGAGTTCA
AATTCATTCTTTTCTTCGATCAACGACTTTTTTTGCTATATAACCTTCTAAAGTTCTATGTACAAGGATTGAATAATCTGAATCTCATATGCAGTGTACTTAGAGACTTTATATGTATTTTTGGATGAAATATTGAATTCTTTAAGAAACGCTCGAAGGATTTATTTGTGTTGTCCGGCATTGCAAAACTTGGTCCGTTG
TTACCTGTACGTAGGTCTTCACTGCGCATGACCGTCTTAAAAATGGAACACGCCTGGTAATTGTGAGACTGGTACACTTTTTCTTAGAAACAGAACATAGAAAC

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTTTTCATTGGAGGTCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGTTATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTG
AGCTTTTTGAGGACAATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGGTAGATAACAGTCTTGATGATCTCATA
GCATTGCTGAAGCGAGGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAGgtgaggagattttttgtttgaaccaaactttaaagttgcatgtattttctgttgattgctgttaacatgtcttttgaactttttatgtggcagCAAGGAGGGTTTGGG
AGCTCTTGTTGAATATAATGAAAAGAAAATGTTTGATGTGAAATTAAAGGACATGAAGACTTCATTAACAACTCTGATTGCAGACAATGCTGATATTTCGGAAGTGATTGAAACTGTAAAGCAGCGCCATAAAGAGTCAAAGTTACCTGATATTGAAGTAGTGCGTATCTTATGGGATGCTATTATGGATGCTGTACAGT
GGTCTGGCAAAAACCAGCAACAAAATTCAAATTTGGCATTGCGTCAAGTTAAGACATGGGCAAAACTCCTTGACAGTTTCTGTACAACCGCAAAACTGCAGTTGGAGATAATGTACAAGATACAAATTCAGTGTTACGAGGATGCTAAACTCATGAAACTGTTCCCAGAAATAGTAAGGTCTCTCTATGATGAGGATGTT
CTTGCTGAAGATACCATTCTGATGTGGTTTCGCAAAGGCAGTAACCCAAAGGGCAGGCAAACTTTTGTGAAGTCACTGGAGCCTTTTGTGAAATGGTTGGAGGAAGCTGAAGAAGAAGAATAATTTTACTTAGATTAGAAGCTTAGTTACGACTATATGATATATTGTGTTCAGTTGGTTTGTCAACTGTTTAATTACCA
AATAAGTTTTACATTGACAATTTATGAGATCATAGTGCTACGGTTGTTATTAAGTTATGGTGTGCGAGCAGATATACTTTAATTGGATTCTGTTGGACTTTGCATTGCCCAGAATTGTTGTTTCGTATCTATAGTTTCCCTTGTGATTTGATTAGTTTGTATGTCTATATGACAGTGACTTCATGTTTCCCTTGTGTGTC
CTTGATCGTTACTGCCTAATTTTTTCTAGGAACACTATTTCTTGAGATATTTTAGAAGAGTCTTAGAAAAATATTAAAACTCGTACACCATAGACAAATGAGAGTTCAAATTCATTCTTTTCTTCGATCAACGACTTTTTTTGCTATATAACCTTCTAAAGTTCTATGTACAAGGATTGAATAATCTGAATCTCATATGC
AGTGTACTTAGAGACTTTATATGTATTTTTGGATGAAATATTGAATTCTTTAAGAAACGCTCGAAGGATTTATTTGTGTTGTCCGGCATTGCAAAACTTGGTCCGTTGTTACCTGTACGTAGGTCTTCACTGCGCATGACCGTCTTAAAAATGGAACACGCCTGGTAATTGTGAGACTGGTACACTTTTTCTTAGAAACA
GAACATAGAAAC

Intron 2 GTACGTTCAT ... AACTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.87	1110.8	44	242.2
A2	19.15	1116.7	44.8	245.4
A3	18.25	1593.4	72.4	328
A4	19.93	1055.4	51.2	241.5
A5	15.76	841.5	58.2	142.5
A6	21.38	2756.7	126.7	707.3
A7	20.7	3935.9	168.2	970.8
A8	21.29	1721.7	61.6	443.6
A9	19.82	3966.5	182.4	913.8
A10	20.43	3806.9	165.5	920.9

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTGGCGAGAACGAAGCGCATTGTCCGCTGAGCGAAACAATAAAAGGGAGCGAGGAGGCCTCAGTAGTCTTCTTTCAACGGCCGCGGATACCATCCAGTAGACCCTTGTAGCAATTTCAATTCTTCTGGTAGTTTTAATTCTGGTAGTTTTAAGGCGTCTGCTCTAGCCTTCGCAGCGCTCGTTCTCGTCAAGGTTTTTG
ATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGCGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATCTTGACTTCTCA
AGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTGGTTTTCATTGGAGGTCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGT
TATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACAATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGG
TAGATAACAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGAGGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAG

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGGCGAGAACGAAGCGCATTGTCCGCTGAGCGAAACAATAAAAGGGAGCGAGGAGGCCTCAGTAGTCTTCTTTCAACGGCCGCGGATACCATCCAGTAGACCCTTGTAGCAATTTCAATTCTTCTGGTAGTTTTAATTCTGGTAGTTTTAAGGCGTCTGCTCTAGCCTTCGCAGCGCTCGTTCTCGTCAAGGTTTTTG
ATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGGTAAGTTGGGTTCCCACTGTCCTTTTACTTAAGTTATTTAATGCAATAAGCGTGAAGGCTTTAAGCTTCCATTTCATGGTTTGTTTGGTGTTTTCTGTTCTTTGAGGGTTTGATCTTTCTTTTCTTTTTAAAGTGTAAATAGAGTTTTTCTTCGAATACGGACTGGGAATTGGGA
TATGTTTGTGGGTTATGAGCGATCGGTTGTGGGTTGCTCTCGTTTTTATCGCAGACTGAGAATTTTTTTCATCTTTGGTAAAAGCCTTGTGTCTGGTTTTTAGGGTTTGGTTCGGACTGTAAACAATGATTTTTGGTGTGGATGTTGCTTTAAAATAGAAACATTAACTGGGCTTGTTGGGATCTTATGTGGGTTGCTGT
TGCCTTTTTTGATTTCCGTCTAATAGTAGTTTTGCATTTGCTGTTATTGTTTGGGACACACACACATATATAAACAGACCCACACAGGTATTTATGTAGGACTTGATGTGAAATGTAGATGTGTTGTGAGTTTGGTGAGATCTGAGATAGTCTTGATGTTAATCCCCTTGTATAATTCCTCGTCTTTGTTAGGTCTTGTG
ATCTGGTTATATAAGCATCTATTCTGGGATAAATTCTGAAGGTGGGAACGCATTTGAAAGGGCATTTGATGGAGGTCTTTCCTTTAATTCTTTTGACCGGATTAGAGTATATTTGTATAGTTTCATCAGCTCCTCAGAGTTTTGGGAGCTTGGTCACAACAGATTATGGTTCAATTGATTTCCTATGAGGGTCATCTGTG
GATTTGTTCCCGAAGATAATATATGTCAAACCCCAAACAAGGCCTATCGGGATAAATAACTCATCAAGATGCAGAAACTAACTGAAAATGGAGACTCTAATCTGCATCTTGATGAGCTCTTTATCCTGGTAGGCCTTGTTTGGGATTTGGTATGATGGGATCTGAAGTTTCTTCAAAATGTACATTTGACGTGTTTTCCT
CTTTTGTTCCATGGTCTGATCATAGATACATGTTTTTCCACCCATCCAGAGGTTCTTTCAAAACTTACATTTGACGTCTTCCATGGTCTGATCATAGATATTTGTATATACATATTTTCTACCATCCTGAGATTCTTTCAAAATGTACATTTGACGTGGATTCTTCTTTTTTTTCCATGGTTTGATCATAAGATAACTGT
ATATATGTTTTTCTACCATTCAGAGTTTCTGGGACCCAGTTTATTATTCTGTTCAATGTATATTCTTGCAAAAGTGGGTGTAAAATTTGAAGAGTATCCAGAATTTTCTTCCTTCCATCTTAGATTTGAATAATTTTTCATTTTCTTTTCTTCCTCTCAGAGCTTTTGGGCCTGGATATAAATGGTTAAGTTAATAGGTT
TCTTGGAAATAAAAGATTTGATGGTTTAACTTTGATTAAAAATATATATTCAATAGATATTCTTCTTCTCTCCAACTTAGATATTTTTCTACCATTCAAAGTTTTGAGGATCTGGTTTATTGTTTTGGGTCAAGGTATATACTTCCAATTGTGGGTCTAATTTTAAGATGTGTACATTGATATTTTTCTTCCCTTTTTCT
TATATATATATATATATATATATGTAGCCGGAAGAGTTTCCAGAAACATGCCAGTTTTGTGGTGCAGACCACAGCATGAACAGCTCAACTCTCCATCAATCTCACCAGTGAACCAAGGCTCTGTTGGCCTTCTTTCTTATATTTGAGTGAATATTCATTTTTCTTCCCTTGGAGCTTTTGGGGCTTGGTTTTAAACTGTG
TTGTGTTATTGGCTTAATTGGAAAAATTATATTCAAGTAAATTTTCTTTCTTTTTTACCTCTCACTGTTTCAGAGCTTTTGTGGCCTGGTTTAAATTTTTATGTTCTTAGATCACTTGAAAAAAGGTTCATGCGTTGATGTTGATTCTTATTTTATTACTGTATGATAATTGTATTATATCTTCTTTCCTGCCATTCAGA
GTATGATAGTCATATATCTATTTTGTTTTCTGCCATTTGTAGTTTTTAGGTTGTTCTTTTCAAGGTATATTCTCCCAGACCTGGGTGTACAATTTCATTTTTGTCAATGATGTCAATTGATTTATCAGACTTTAACAGTGCATGCTATTATTTTCACACATGAGATATTGACAATAGAGAATGCATTTGCAATAGCATAA
TGGCTATCCTCTTTCTCTGCGAGGTCAATTGATCAATTTGTCCTTCAAACTACAACATAACTTCTTTGTTGTGTAGGTTTTCTATGGATTTTTGAAACACTACAGGATATAGTAAATATTTTTGCATTAGGATACCCTACCTCCCCACCAGGCTTGCCTGATCCAGTGACCAAAGCTTGTAAGTTTCAGAGAATTTCTTT
ATGATGATTCTGTAGTTCGTATAGGTTCCAACTATGTCACTACAATGAATTGAAGCGTTGTAAACCTAGAATATAACCATATAGTAGAGTGGCCAATTCGTTTCAGTTTTAATCAATGTGATAAATTTACCTGTATAATAAATTTAAACTTTTAATATTTATTCTTATTTTTTATTTTAGTTTTTTAATATCGAGTTTCT
TTAACTGATTTAACTATTGTTGTTGTTGTGTTGTTATCTTGCAGCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGgtacgttcattttacttttatgtagttgttctttgtttgttacaatatggtttatatgtacaagttagtcgataatacttagcatgactgtaaaggtgtttttttcatatgttaaatacatcccttgaaaga
tggccagccaaagataggagataatgcaactcttccttgagagttcgtatccctgacatctaattgggtctaatgtctttgtcttgtgtcaagttcattgcatgattccttatattctgtttcctatgtcttttgttgttttagggttatcttattcttgagttgcttgatactattatggtatctgatggtttggtaaa
ctatgcagCGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATCTTGACTTCTCAAGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTGGTTTTCATTGGAGG
TCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGTTATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACA
ATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGGTAGATAACAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGA
GGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAGCAAGGAGGGTTTGGGAGCTCTTGTTGAATATAATGAAAAGAAAATGTTTGATGTGAAATTAAAGGACATGAAGACTTCATTAACAACTCTGATTGCAGACAATGCTGATATTTCGGAAGTGAT
TGAAACTGTAAAGCAGCGCCATAAAGAGTCAAAGTTACCTGATATTGAAGTAGTGCGTATCTTATGGGATGCTATTATGGATGCTGTACAGTGGTCTGGCAAAAACCAGCAACAAAATTCAAATTTGGCATTGCGTCAAGTTAAGACATGGGCAAAACTCCTTGACAGTTTCTGTACAACCGCAAAACTGCAGTTGGAGA
TAATGTACAAGATACAAATTCAGTGTTACGAGGATGCTAAACTCATGAAACTGTTCCCAGAAATAGTAAGGTCTCTCTATGATGAGGATGTTCTTGCTGAAGATACCATTCTGATGTGGTTTCGCAAAGGCAGTAACCCAAAGGGCAGGCAAACTTTTGTGAAGTCACTGGAGCCTTTTGTGAAATGGTTGGAGGAAGCT
GAAGAAGAAGAATAATTTTACTTAGATTAGAAGCTTAGTTACGACTATATGATATATTGTGTTCAGTTGGTTTGTCAACTGTTTAATTACCAAATAAGTTTTACATTGACAATTTATGAGATCATAGTGCTACGGTTGTTATTAAGTTATGGTGTGCGAGCAGATATACTTTAATTGGATTCTGTTGGACTTTGCATTGC
CCAGAATTGTTGTTTCGTATCTATAGTTTCCCTTGTGATTTGATTAGTTTGTATGTCTATATGACAGTGACTTCATGTTTCCCTTGTGTGTCCTTGATCGTTACTGCCTAATTTTTTCTAGGAACACTATTTCTTGAGATATTTTAGAAGAGTCTTAGAAAAATATTAAAACTCGTACACCATAGACAAATGAGAGTTCA
AATTCATTCTTTTCTTCGATCAACGACTTTTTTTGCTATATAACCTTCTAAAGTTCTATGTACAAGGATTGAATAATCTGAATCTCATATGCAGTGTACTTAGAGACTTTATATGTATTTTTGGATGAAATATTGAATTCTTTAAGAAACGCTCGAAGGATTTATTTGTGTTGTCCGGCATTGCAAAACTTGGTCCGTTG
TTACCTGTACGTAGGTCTTCACTGCGCATGACCGTCTTAAAAATGGAACACGCCTGGTAATTGTGAGACTGGTACACTTTTTCTTAGAAACAGAACATAGAAAC

Intron 3 GTTCGTATCC ... AACTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.89	234.5	22	243
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A4	51.22	230.5	9	242
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A10	50.48	907.5	1	925

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTGGCGAGAACGAAGCGCATTGTCCGCTGAGCGAAACAATAAAAGGGAGCGAGGAGGCCTCAGTAGTCTTCTTTCAACGGCCGCGGATACCATCCAGTAGACCCTTGTAGCAATTTCAATTCTTCTGGTAGTTTTAATTCTGGTAGTTTTAAGGCGTCTGCTCTAGCCTTCGCAGCGCTCGTTCTCGTCAAGGTTTTTG
ATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGGTAAGTTGGGTTCCCACTGTCCTTTTACTTAAGTTATTTAATGCAATAAGCGTGAAGGCTTTAAGCTTCCATTTCATGGTTTGTTTGGTGTTTTCTGTTCTTTGAGGGTTTGATCTTTCTTTTCTTTTTAAAGTGTAAATAGAGTTTTTCTTCGAATACGGACTGGGAATTGGGA
TATGTTTGTGGGTTATGAGCGATCGGTTGTGGGTTGCTCTCGTTTTTATCGCAGACTGAGAATTTTTTTCATCTTTGGTAAAAGCCTTGTGTCTGGTTTTTAGGGTTTGGTTCGGACTGTAAACAATGATTTTTGGTGTGGATGTTGCTTTAAAATAGAAACATTAACTGGGCTTGTTGGGATCTTATGTGGGTTGCTGT
TGCCTTTTTTGATTTCCGTCTAATAGTAGTTTTGCATTTGCTGTTATTGTTTGGGACACACACACATATATAAACAGACCCACACAGGTATTTATGTAGGACTTGATGTGAAATGTAGATGTGTTGTGAGTTTGGTGAGATCTGAGATAGTCTTGATGTTAATCCCCTTGTATAATTCCTCGTCTTTGTTAGGTCTTGTG
ATCTGGTTATATAAGCATCTATTCTGGGATAAATTCTGAAGGTGGGAACGCATTTGAAAGGGCATTTGATGGAGGTCTTTCCTTTAATTCTTTTGACCGGATTAGAGTATATTTGTATAGTTTCATCAGCTCCTCAGAGTTTTGGGAGCTTGGTCACAACAGATTATGGTTCAATTGATTTCCTATGAGGGTCATCTGTG
GATTTGTTCCCGAAGATAATATATGTCAAACCCCAAACAAGGCCTATCGGGATAAATAACTCATCAAGATGCAGAAACTAACTGAAAATGGAGACTCTAATCTGCATCTTGATGAGCTCTTTATCCTGGTAGGCCTTGTTTGGGATTTGGTATGATGGGATCTGAAGTTTCTTCAAAATGTACATTTGACGTGTTTTCCT
CTTTTGTTCCATGGTCTGATCATAGATACATGTTTTTCCACCCATCCAGAGGTTCTTTCAAAACTTACATTTGACGTCTTCCATGGTCTGATCATAGATATTTGTATATACATATTTTCTACCATCCTGAGATTCTTTCAAAATGTACATTTGACGTGGATTCTTCTTTTTTTTCCATGGTTTGATCATAAGATAACTGT
ATATATGTTTTTCTACCATTCAGAGTTTCTGGGACCCAGTTTATTATTCTGTTCAATGTATATTCTTGCAAAAGTGGGTGTAAAATTTGAAGAGTATCCAGAATTTTCTTCCTTCCATCTTAGATTTGAATAATTTTTCATTTTCTTTTCTTCCTCTCAGAGCTTTTGGGCCTGGATATAAATGGTTAAGTTAATAGGTT
TCTTGGAAATAAAAGATTTGATGGTTTAACTTTGATTAAAAATATATATTCAATAGATATTCTTCTTCTCTCCAACTTAGATATTTTTCTACCATTCAAAGTTTTGAGGATCTGGTTTATTGTTTTGGGTCAAGGTATATACTTCCAATTGTGGGTCTAATTTTAAGATGTGTACATTGATATTTTTCTTCCCTTTTTCT
TATATATATATATATATATATATGTAGCCGGAAGAGTTTCCAGAAACATGCCAGTTTTGTGGTGCAGACCACAGCATGAACAGCTCAACTCTCCATCAATCTCACCAGTGAACCAAGGCTCTGTTGGCCTTCTTTCTTATATTTGAGTGAATATTCATTTTTCTTCCCTTGGAGCTTTTGGGGCTTGGTTTTAAACTGTG
TTGTGTTATTGGCTTAATTGGAAAAATTATATTCAAGTAAATTTTCTTTCTTTTTTACCTCTCACTGTTTCAGAGCTTTTGTGGCCTGGTTTAAATTTTTATGTTCTTAGATCACTTGAAAAAAGGTTCATGCGTTGATGTTGATTCTTATTTTATTACTGTATGATAATTGTATTATATCTTCTTTCCTGCCATTCAGA
GTATGATAGTCATATATCTATTTTGTTTTCTGCCATTTGTAGTTTTTAGGTTGTTCTTTTCAAGGTATATTCTCCCAGACCTGGGTGTACAATTTCATTTTTGTCAATGATGTCAATTGATTTATCAGACTTTAACAGTGCATGCTATTATTTTCACACATGAGATATTGACAATAGAGAATGCATTTGCAATAGCATAA
TGGCTATCCTCTTTCTCTGCGAGGTCAATTGATCAATTTGTCCTTCAAACTACAACATAACTTCTTTGTTGTGTAGGTTTTCTATGGATTTTTGAAACACTACAGGATATAGTAAATATTTTTGCATTAGGATACCCTACCTCCCCACCAGGCTTGCCTGATCCAGTGACCAAAGCTTGTAAGTTTCAGAGAATTTCTTT
ATGATGATTCTGTAGTTCGTATAGGTTCCAACTATGTCACTACAATGAATTGAAGCGTTGTAAACCTAGAATATAACCATATAGTAGAGTGGCCAATTCGTTTCAGTTTTAATCAATGTGATAAATTTACCTGTATAATAAATTTAAACTTTTAATATTTATTCTTATTTTTTATTTTAGTTTTTTAATATCGAGTTTCT
TTAACTGATTTAACTATTGTTGTTGTTGTGTTGTTATCTTGCAGCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGGTACGTTCATTTTACTTTTATGTAGTTGTTCTTTGTTTGTTACAATATGGTTTATATGTACAAGTTAGTCGATAATACTTAGCATGACTGTAAAGGTGTTTTTTTCATATGTTAAATACATCCCTTGAAAGA
TGGCCAGCCAAAGATAGGAGATAATGCAACTCTTCCTTGAGACGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATCTTGACTTCTCAAGATACG
GTGATACCTTCTTTGAGGTGGTTTTCATTGGAGGTCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGTTATGCGA
CGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACAATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGGTAGATAA
CAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGAGGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAGCAAGGAGGGTTTGGGAGCTCTTGTTGAATATAATGAAAAGAAAATGTTTGATGTGAAATTAAAGGACATGAAGACTTCATTAACAACTC
TGATTGCAGACAATGCTGATATTTCGGAAGTGATTGAAACTGTAAAGCAGCGCCATAAAGAGTCAAAGTTACCTGATATTGAAGTAGTGCGTATCTTATGGGATGCTATTATGGATGCTGTACAGTGGTCTGGCAAAAACCAGCAACAAAATTCAAATTTGGCATTGCGTCAAGTTAAGACATGGGCAAAACTCCTTGAC
AGTTTCTGTACAACCGCAAAACTGCAGTTGGAGATAATGTACAAGATACAAATTCAGTGTTACGAGGATGCTAAACTCATGAAACTGTTCCCAGAAATAGTAAGGTCTCTCTATGATGAGGATGTTCTTGCTGAAGATACCATTCTGATGTGGTTTCGCAAAGGCAGTAACCCAAAGGGCAGGCAAACTTTTGTGAAGTC
ACTGGAGCCTTTTGTGAAATGGTTGGAGGAAGCTGAAGAAGAAGAATAATTTTACTTAGATTAGAAGCTTAGTTACGACTATATGATATATTGTGTTCAGTTGGTTTGTCAACTGTTTAATTACCAAATAAGTTTTACATTGACAATTTATGAGATCATAGTGCTACGGTTGTTATTAAGTTATGGTGTGCGAGCAGATA
TACTTTAATTGGATTCTGTTGGACTTTGCATTGCCCAGAATTGTTGTTTCGTATCTATAGTTTCCCTTGTGATTTGATTAGTTTGTATGTCTATATGACAGTGACTTCATGTTTCCCTTGTGTGTCCTTGATCGTTACTGCCTAATTTTTTCTAGGAACACTATTTCTTGAGATATTTTAGAAGAGTCTTAGAAAAATAT
TAAAACTCGTACACCATAGACAAATGAGAGTTCAAATTCATTCTTTTCTTCGATCAACGACTTTTTTTGCTATATAACCTTCTAAAGTTCTATGTACAAGGATTGAATAATCTGAATCTCATATGCAGTGTACTTAGAGACTTTATATGTATTTTTGGATGAAATATTGAATTCTTTAAGAAACGCTCGAAGGATTTATT
TGTGTTGTCCGGCATTGCAAAACTTGGTCCGTTGTTACCTGTACGTAGGTCTTCACTGCGCATGACCGTCTTAAAAATGGAACACGCCTGGTAATTGTGAGACTGGTACACTTTTTCTTAGAAACAGAACATAGAAAC

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGGCGAGAACGAAGCGCATTGTCCGCTGAGCGAAACAATAAAAGGGAGCGAGGAGGCCTCAGTAGTCTTCTTTCAACGGCCGCGGATACCATCCAGTAGACCCTTGTAGCAATTTCAATTCTTCTGGTAGTTTTAATTCTGGTAGTTTTAAGGCGTCTGCTCTAGCCTTCGCAGCGCTCGTTCTCGTCAAGGTTTTTG
ATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGGTAAGTTGGGTTCCCACTGTCCTTTTACTTAAGTTATTTAATGCAATAAGCGTGAAGGCTTTAAGCTTCCATTTCATGGTTTGTTTGGTGTTTTCTGTTCTTTGAGGGTTTGATCTTTCTTTTCTTTTTAAAGTGTAAATAGAGTTTTTCTTCGAATACGGACTGGGAATTGGGA
TATGTTTGTGGGTTATGAGCGATCGGTTGTGGGTTGCTCTCGTTTTTATCGCAGACTGAGAATTTTTTTCATCTTTGGTAAAAGCCTTGTGTCTGGTTTTTAGGGTTTGGTTCGGACTGTAAACAATGATTTTTGGTGTGGATGTTGCTTTAAAATAGAAACATTAACTGGGCTTGTTGGGATCTTATGTGGGTTGCTGT
TGCCTTTTTTGATTTCCGTCTAATAGTAGTTTTGCATTTGCTGTTATTGTTTGGGACACACACACATATATAAACAGACCCACACAGGTATTTATGTAGGACTTGATGTGAAATGTAGATGTGTTGTGAGTTTGGTGAGATCTGAGATAGTCTTGATGTTAATCCCCTTGTATAATTCCTCGTCTTTGTTAGGTCTTGTG
ATCTGGTTATATAAGCATCTATTCTGGGATAAATTCTGAAGGTGGGAACGCATTTGAAAGGGCATTTGATGGAGGTCTTTCCTTTAATTCTTTTGACCGGATTAGAGTATATTTGTATAGTTTCATCAGCTCCTCAGAGTTTTGGGAGCTTGGTCACAACAGATTATGGTTCAATTGATTTCCTATGAGGGTCATCTGTG
GATTTGTTCCCGAAGATAATATATGTCAAACCCCAAACAAGGCCTATCGGGATAAATAACTCATCAAGATGCAGAAACTAACTGAAAATGGAGACTCTAATCTGCATCTTGATGAGCTCTTTATCCTGGTAGGCCTTGTTTGGGATTTGGTATGATGGGATCTGAAGTTTCTTCAAAATGTACATTTGACGTGTTTTCCT
CTTTTGTTCCATGGTCTGATCATAGATACATGTTTTTCCACCCATCCAGAGGTTCTTTCAAAACTTACATTTGACGTCTTCCATGGTCTGATCATAGATATTTGTATATACATATTTTCTACCATCCTGAGATTCTTTCAAAATGTACATTTGACGTGGATTCTTCTTTTTTTTCCATGGTTTGATCATAAGATAACTGT
ATATATGTTTTTCTACCATTCAGAGTTTCTGGGACCCAGTTTATTATTCTGTTCAATGTATATTCTTGCAAAAGTGGGTGTAAAATTTGAAGAGTATCCAGAATTTTCTTCCTTCCATCTTAGATTTGAATAATTTTTCATTTTCTTTTCTTCCTCTCAGAGCTTTTGGGCCTGGATATAAATGGTTAAGTTAATAGGTT
TCTTGGAAATAAAAGATTTGATGGTTTAACTTTGATTAAAAATATATATTCAATAGATATTCTTCTTCTCTCCAACTTAGATATTTTTCTACCATTCAAAGTTTTGAGGATCTGGTTTATTGTTTTGGGTCAAGGTATATACTTCCAATTGTGGGTCTAATTTTAAGATGTGTACATTGATATTTTTCTTCCCTTTTTCT
TATATATATATATATATATATATGTAGCCGGAAGAGTTTCCAGAAACATGCCAGTTTTGTGGTGCAGACCACAGCATGAACAGCTCAACTCTCCATCAATCTCACCAGTGAACCAAGGCTCTGTTGGCCTTCTTTCTTATATTTGAGTGAATATTCATTTTTCTTCCCTTGGAGCTTTTGGGGCTTGGTTTTAAACTGTG
TTGTGTTATTGGCTTAATTGGAAAAATTATATTCAAGTAAATTTTCTTTCTTTTTTACCTCTCACTGTTTCAGAGCTTTTGTGGCCTGGTTTAAATTTTTATGTTCTTAGATCACTTGAAAAAAGGTTCATGCGTTGATGTTGATTCTTATTTTATTACTGTATGATAATTGTATTATATCTTCTTTCCTGCCATTCAGA
GTATGATAGTCATATATCTATTTTGTTTTCTGCCATTTGTAGTTTTTAGGTTGTTCTTTTCAAGGTATATTCTCCCAGACCTGGGTGTACAATTTCATTTTTGTCAATGATGTCAATTGATTTATCAGACTTTAACAGTGCATGCTATTATTTTCACACATGAGATATTGACAATAGAGAATGCATTTGCAATAGCATAA
TGGCTATCCTCTTTCTCTGCGAGGTCAATTGATCAATTTGTCCTTCAAACTACAACATAACTTCTTTGTTGTGTAGGTTTTCTATGGATTTTTGAAACACTACAGGATATAGTAAATATTTTTGCATTAGGATACCCTACCTCCCCACCAGGCTTGCCTGATCCAGTGACCAAAGCTTGTAAGTTTCAGAGAATTTCTTT
ATGATGATTCTGTAGTTCGTATAGGTTCCAACTATGTCACTACAATGAATTGAAGCGTTGTAAACCTAGAATATAACCATATAGTAGAGTGGCCAATTCGTTTCAGTTTTAATCAATGTGATAAATTTACCTGTATAATAAATTTAAACTTTTAATATTTATTCTTATTTTTTATTTTAGTTTTTTAATATCGAGTTTCT
TTAACTGATTTAACTATTGTTGTTGTTGTGTTGTTATCTTGCAGCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGGTACGTTCATTTTACTTTTATGTAGTTGTTCTTTGTTTGTTACAATATGGTTTATATGTACAAGTTAGTCGATAATACTTAGCATGACTGTAAAGGTGTTTTTTTCATATGTTAAATACATCCCTTGAAAGA
TGGCCAGCCAAAGATAGGAGATAATGCAACTCTTCCTTGAGAgttcgtatccctgacatctaattgggtctaatgtctttgtcttgtgtcaagttcattgcatgattccttatattctgtttcctatgtcttttgttgttttagggttatcttattcttgagttgcttgatactattatggtatctgatggtttggtaaa
ctatgcagCGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATCTTGACTTCTCAAGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTGGTTTTCATTGGAGG
TCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGTTATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACA
ATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGGTAGATAACAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGA
GGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAGCAAGGAGGGTTTGGGAGCTCTTGTTGAATATAATGAAAAGAAAATGTTTGATGTGAAATTAAAGGACATGAAGACTTCATTAACAACTCTGATTGCAGACAATGCTGATATTTCGGAAGTGAT
TGAAACTGTAAAGCAGCGCCATAAAGAGTCAAAGTTACCTGATATTGAAGTAGTGCGTATCTTATGGGATGCTATTATGGATGCTGTACAGTGGTCTGGCAAAAACCAGCAACAAAATTCAAATTTGGCATTGCGTCAAGTTAAGACATGGGCAAAACTCCTTGACAGTTTCTGTACAACCGCAAAACTGCAGTTGGAGA
TAATGTACAAGATACAAATTCAGTGTTACGAGGATGCTAAACTCATGAAACTGTTCCCAGAAATAGTAAGGTCTCTCTATGATGAGGATGTTCTTGCTGAAGATACCATTCTGATGTGGTTTCGCAAAGGCAGTAACCCAAAGGGCAGGCAAACTTTTGTGAAGTCACTGGAGCCTTTTGTGAAATGGTTGGAGGAAGCT
GAAGAAGAAGAATAATTTTACTTAGATTAGAAGCTTAGTTACGACTATATGATATATTGTGTTCAGTTGGTTTGTCAACTGTTTAATTACCAAATAAGTTTTACATTGACAATTTATGAGATCATAGTGCTACGGTTGTTATTAAGTTATGGTGTGCGAGCAGATATACTTTAATTGGATTCTGTTGGACTTTGCATTGC
CCAGAATTGTTGTTTCGTATCTATAGTTTCCCTTGTGATTTGATTAGTTTGTATGTCTATATGACAGTGACTTCATGTTTCCCTTGTGTGTCCTTGATCGTTACTGCCTAATTTTTTCTAGGAACACTATTTCTTGAGATATTTTAGAAGAGTCTTAGAAAAATATTAAAACTCGTACACCATAGACAAATGAGAGTTCA
AATTCATTCTTTTCTTCGATCAACGACTTTTTTTGCTATATAACCTTCTAAAGTTCTATGTACAAGGATTGAATAATCTGAATCTCATATGCAGTGTACTTAGAGACTTTATATGTATTTTTGGATGAAATATTGAATTCTTTAAGAAACGCTCGAAGGATTTATTTGTGTTGTCCGGCATTGCAAAACTTGGTCCGTTG
TTACCTGTACGTAGGTCTTCACTGCGCATGACCGTCTTAAAAATGGAACACGCCTGGTAATTGTGAGACTGGTACACTTTTTCTTAGAAACAGAACATAGAAAC

Intron 4 GTTATAATTA ... ATTTATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	4	4	14
A2	80	4	4	16
A3	100	0	3	3
A4	100	0	0	6
A5	85.71	1	4	6
A6	-1	0	0	0
A7	100	0	0	1
A8	60	2	0	3
A9	100	0	0	1
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGTATTGGTTTTTGACTGTATCTTCAATAAAGGCTTGAATTGCAGTAGGAGTACTGCAGAGGCTGAGTGGCATCACTTGAAATTGGAAGTGGCCTTGATGAATGCTAGATGGAGTCTTCTCTTGCTGTTCGAGCTGTATTGGTTTTTGACTGTCTTTAATAAAGGTGGTTTTCATTGGAGGTCGCACACAACCGGGTA
CCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGTTATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACAATGAAAGGAAAAAGCTT
GCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGGTAGATAACAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGAGGGAAGATAGAAGATAA
TCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAG

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTGTATTGGTTTTTGACTGTATCTTCAATAAAGgttataattattttttatgaagcttgagctgtgctaaagtatatattacaagattcaaatgctcaagatgctttgtgaatattctatatacaaggatatcatcaaagaaaactatgccaaagttgcaaatatacttaccaaatatcttatttattaagGCTTGAAT
TGCAGTAGGAGTACTGCAGAGGCTGAGTGGCATCACTTGAAATTGGAAGTGGCCTTGATGAATGCTAGATGGAGTCTTCTCTTGCTGTTCGAGCTGTATTGGTTTTTGACTGTCTTTAATAAAGGTTATAATATTTTTGTAACATGTGGTTTGTACATAATATTATGTATGTTGAAGCATAGGGAACTTATTATTTATAG
TGATCGAATTAAGTGCTCTATAATCATTACAGGGTGTACGAACCATTCCATTTCCTTGCCAAGATAACATTGACAACACAATACTTCTTACTAGGAGTTATCCTCCCAACTTCTGAGTGCTTCTCCACAAGCCTTTCAATCTCAGACTTTCAAAAGTGATCATATCGATGGGAGTTATCCTCCCAACTTCCGAGTGCTTC
TCCACAAGCCTTTCAATCTCAGACTTCTAAAAGTGATCATATCGTTGGGAAATGAACCACTATGGGACCTTTAATGGGGTCCAATAGCATGTTCCATGCCAGTCTGATGGGTGTTGTGCACACATCCTGAAAAACTGTTATACTTGTGGAGTAAGGTGGATAGCCTTGAGTGTAAATTTGCTGACAAGGAGTTGCTTTCA
TATAGTACAAGTGAGCTGTGAATCCAAAGTGGCTAGCTCTTTGGGAGTGGCTTCATGATCATCTTTGTGGAAGGAAATGGATCTCTCCTGGTGGTTGGTGGAGTAGGTACATATGGAAATACGCCATTGATACTGAAAACATTTACTCCAACATTTGTGAGTCTTTTTGATGGTAAGGGTACCCCCTTGTGCTTAACACC
TTCACACTTAATGGTAAATGCTGATGAGTAAGTGTTCAAAAATATCTAGGTGGTTGCCCAAATGCTTAACCTGTTCTCATCAAGACTGTTAAGTGTGCTACCATGATCAACTATAACAGTTACCCTTCAATTTTTTAATATGGGCATAATACTTGAAGGTATCAAGTGTACCCCAACCAGGGATTGGT

Intron 5 GTACGTTCAT ... CCCTTGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.09	5	4	23
A2	90	2	3	16
A3	81.82	2	4	9
A4	90.91	1	5	9
A5	94.65	1.5	8	25
A6	-1	1	0	0
A7	83.34	0.5	0	2
A8	100	0	0	1
A9	76.69	3.5	0	11
A10	75	0.5	0	1

>TRINITY_DN116964_c1_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CGAAGGAGAGACCCACTCTTGGATGGCCAGCCAAAGATAGGAGATAATGCAACTCTTCCTTGAGACGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGC
AGATCTTGACTTCTCAAGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTTAGAATTTGTTTTTTATGTCTATTTTGGGCTATGACGGGTGTTAATTGCATTGGAGCCTATGTTGGTGAAGATGTGAATATTGTCTTCAAGGCTAGATTTTATTTTTTAGTTGGACATCTTTACCTTTCGGGCTGTATATGGTCAGTTGCTTCCATTC
TGACTTCATCTTGAAATTAAAATTCTGCTATTCTTGATTGTGTAAAAAATTAATTTTGATGAACCATCAATGTAATTTTTTATGATCAATCGTACCCATAGTTATCGGATTCAGCCCTAGACCTAACCGCACTCAAATCGGATTCTTTTGAATTGGATTCTCAGATTCTTCCACCTCGTTTTGACTAATCTAAAGCTGTT
TACGTAGGATAATTAGGGTTAATTAGGGTTAGGGTTCTGAATCCCCGATTCCTAATT

>TRINITY_DN116964_c1_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGgtacgttcattttacttttatgtagttgttctttgtttgttacaatatagtttatatgtacaagttagtcgataatacttagcatgactgtaaaggtgtttttttcatatgttaaatacatcccttgaaagATGGCCAGCCAAAGATAGGAGATAATGCAACTCTTCCTTGAGAGTT
CGTATCCCTGACATCTAATTGGGTCTAATGTCTTTGTCTTGTGTCAAGTTCATTGCATGATTCCTTATATTCTGTTTCCTATGTCTTTTGTTGTTTTAGGGTTATCTTATTCTTGAGTTGCTTGATACTATTATGGTATCTGATGGTTTGGTAAACTATGCAGCGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCA
GCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATCTTGACTTCTCAAGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTTAGAATTTGTTTTTTATGTCTATTTTGGGCTATGACGGGTGTTAATTGCATTGGAGCCTA
TGTTGGTGAAGATGTGAATATTGTCTTCAAGGCTAGATTTTATTTTTTAGTTGGACATCTTTACCTTTCGGGCTGTATATGGTCAGTTGCTTCCATTCTGACTTCATCTTGAAATTAAAATTCTGCTATTCTTGATTGTGTAAAAAATTAATTTTGATGAACCATCAATGTAATTTTTTATGATCAATCGTACCCATAGT
TATCGGATTCAGCCCTAGACCTAACCGCACTCAAATCGGATTCTTTTGAATTGGATTCTCAGATTCTTCCACCTCGTTTTGACTAATCTAAAGCTGTTTACGTAGGATAATTAGGGTTAATTAGGGTTAGGGTTCTGAATCCCCGATTCCTAATT

Intron 6 GTATTAACAG ... GCATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.09	853.6	0	176
A2	15.41	867.3	1	158
A3	16.21	909.4	5	176
A4	14.96	505.7	1	89
A5	13.82	368.1	1	59
A6	20.62	8077.4	1	2098
A7	17.83	6841	0	1485
A8	21.27	10711.6	2	2893
A9	18.25	7831.7	0	1749
A10	15.25	4314	0	776

>TRINITY_DN121947_c3_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAGGGCTGGGGCTGGCGAGAACGAAGCGCATTGTCCGCTGAGCGAAACAATAAAAGGGAGCGAGGAGGCCTCAGTAGTCTTCTTTCAACGGCCGCGGATACCATCCAGTAGACCCTTGTAGCAATTTCAATTCTTCTGGTAGTTTTAATTCTGGTAGTTTTAAGGCGTCTGCTCTAGCCTTCGCAGCGCTCGTTCTCGT
CAAGGTTTTTGATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGCGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATC
TTGACTTCTCAAGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTGGTTTTCATTGGAGGTCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAAC
CTTGAAAATGTTATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACAATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAA
GGAGTATTTGGTAGATAACAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGAGGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAGCAAGGAGGGTTTGGGAGCTCTTGTTGAATATAATGAAAAGAAAATGTTTGATGTGAAATTAAAGGACATGA
AGACTTCATTAACAACTCTGATTGCAGACAATGCTGATATTTCGGAAGTGATTGAAACTGTAAAGCAGCGCCATAAAGAGTCAAAGTTACCTGATATTGAAGTAGTGCGTATCTTATGGGATGCTATTATGGATGCTGTACAGTGGTCTGGCAAAAACCAGCAACAAAATTCAAATTTGGCATTGCGTCAAGTTAAGACA
TGGGCAAAACTCCTTGACAGTTTCTGTACAACCGCAAAACTGCAGTTGGAGATAATGTACAAGATACAAATTCAGTGTTACGAGGATGCTAAACTCATGAAACTGTTCCCAGAAATAGTAAGGTCTCTCTATGATGAGGATGTTCTTGCTGAAGATACCATTCTGATGTGGTTTCGCAAAGGCAGTAACCCAAAGGGCAG


GCAAACTTTTGTGAAGTCACTGGAGCCTTTTGTGAAATGGTTGGAGGAAGCTGAAGAAGAAGAATAATTTTACTTAGATTAGAAGCTTAGTTACGACTATATGATATATTGTGTTCAGTTGGTTTGTCAACTGTTTAATTACCAAATAAGTTTTACATTGACAATTTATGAGATCATAGTGCTACGGTTGTTATTAAGTT
ATGGTGTGCGAGCAGATATACTTTAATTGGATTCTGTTGGACTTTGCATTGCCCAGAATTGTTGTTTCGTATCTATAGTTTCCCTTGTGATTTGATTAGTTTGTATGTCTATATGACAGTGACTTCATGTTTCCCTTGTGTGTCCTTGATCGTTACTGCCTAATTTTTTCTAGGAACACTATTTCTTGAGATATTTTAGA
AGAGTCTTAGAAAAATATTAAAACTCGT

>TRINITY_DN121947_c3_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAGGCAGTAACCCAAAGGGCAGgtattaacagcctggcatgcttttattctttgtttcttttaccacttcattattgggtaatgcaattaatttggttttagacaaattttaattggtatgatttggaaaattttggactctattaaaatgagatttcaatggcttgaataagcaactcttcggattctgtaaagcttgt
tcttttattatagtttgatttgttgtcagggtgaaaatctgatgtaatttggggcatttgcagGCAAACTTTTGTGAAGTCACTGGAGCCTTTTGTGAAATGGTTGGAGGAAGCTGAAGAAGAAGAATAATTTTACTTAGATTAGAAGCTTAGTTACGACTATATGATATATTGTGTTCAGTTGGTTTGTCAACTGTTTA
ATTACCAAATAAGTTTTACATTGACAATTTATGAGATCATAGTGCTACGGTTGTTATTAAGTTATGGTGTGCGAGCAGATATACTTTAATTGGATTCTGTTGGACTTTGCATTGCCCAGAATTGTTGTTTCGTATCTATAGTTTCCCTTGTGATTTGATTAGTTTGTATGTCTATATGACAGTGACTTCATGTTTCCCTT
GTGTGTCCTTGATCGTTACTGCCTAATTTTTTCTAGGAACACTATTTCTTGAGATATTTTAGAAGAGTCTTAGAAAAATATTAAAACTCGT

Intron 7 GTAAGTTGGG ... TATCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.83	1212	228	5
A2	16.3	1258	245	8
A3	16.37	1829	358	3
A4	19.1	1220	288	5
A5	21.64	1043	288	8
A6	21	3295	876	0
A7	19.89	4738	1176	0
A8	18.11	1904	421	0
A9	18.53	4644	1056	0
A10	19.05	4507	1060.7	0

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTGGCGAGAACGAAGCGCATTGTCCGCTGAGCGAAACAATAAAAGGGAGCGAGGAGGCCTCAGTAGTCTTCTTTCAACGGCCGCGGATACCATCCAGTAGACCCTTGTAGCAATTTCAATTCTTCTGGTAGTTTTAATTCTGGTAGTTTTAAGGCGTCTGCTCTAGCCTTCGCAGCGCTCGTTCTCGTCAAGGTTTTTG
ATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGCGGTGCGCGGATTAAGACCCGCAAGCGGAATATAGCAGCTCCCCTAGACCCCACAACATTTGCGGATGCAGTGGTCCAAATCTACCTCGAGCATGAGGGTGACTTGGAACTTGTTGCCAAGAGCATTGAATCCGCAGATCTTGACTTCTCA
AGATACGGTGATACCTTCTTTGAGGTGGTTTTCATTGGAGGTCGCACACAACCGGGTACCATAAAACCTGAAGAAGGGGATCGGCATCCTAATGCTGTTTTGAATTGTGAACCTTCAAGGCAGAATATCTTGCCATCTGTTCTGTATATACAGAAGATACTTCGCAGGAGGCCTTTCCTCATCAAGAACCTTGAAAATGT
TATGCGACGGTTTTTGCAGTCCCTTGAGCTTTTTGAGGACAATGAAAGGAAAAAGCTTGCAATTTTTACTGCACTCACATTCTCTCAGAAATTATCTGGGCTTCCACCAGAAACCGTTTTTCAGCCTCTGCTTAAAGACAACCTTGTTTCCAAGGGAATTGTGCTTTCATTCATCACAGATTTTTTTAAGGAGTACTTGG
TAGATAACAGTCTTGATGATCTCATAGCATTGCTGAAGCGAGGGAAGATAGAAGATAATCTTCTTGATTTGTTCCCAATTCAAAAGCGCACTACTGAAGCTTTTGCAGAACACTTCAG

>TRINITY_DN115279_c6_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTGGCGAGAACGAAGCGCATTGTCCGCTGAGCGAAACAATAAAAGGGAGCGAGGAGGCCTCAGTAGTCTTCTTTCAACGGCCGCGGATACCATCCAGTAGACCCTTGTAGCAATTTCAATTCTTCTGGTAGTTTTAATTCTGGTAGTTTTAAGGCGTCTGCTCTAGCCTTCGCAGCGCTCGTTCTCGTCAAGGTTTTTG
ATCTTTCCCAGTCGTGGTTTATGAGgtaagttgggttcccactgtccttttacttaagttatttaatgcaataagcgtgaaggctttaagcttccatttcatggtttgtttggtgttttctgttctttgagggtttgatctttcttttctttttaaagtgtaaatagagtttttcttcgaatacggactgggaattggga
tatgtttgtgggttatgagcgatcggttgtgggttgctctcgtttttatcgcagactgagaatttttttcatctttggtaaaagccttgtgtctggtttttagggtttggttcggactgtaaacaatgatttttggtgtggatgttgctttaaaatagaaacattaactgggcttgttgggatcttatgtgggttgctgt
tgccttttttgatttccgtctaatagtagttttgcatttgctgttattgtttgggacacacacacatatataaacagacccacacaggtatttatgtaggacttgatgtgaaatgtagatgtgttgtgagtttggtgagatctgagatagtcttgatgttaatccccttgtataattcctcgtctttgttaggtcttgtg
atctggttatataagcatctattctgggataaattctgaaggtgggaacgcatttgaaagggcatttgatggaggtctttcctttaattcttttgaccggattagagtatatttgtatagtttcatcagctcctcagagttttgggagcttggtcacaacagattatggttcaattgatttcctatgagggtcatctgtg
gatttgttcccgaagataatatatgtcaaaccccaaacaaggcctatcgggataaataactcatcaagatgcagaaactaactgaaaatggagactctaatctgcatcttgatgagctctttatcctggtaggccttgtttgggatttggtatgatgggatctgaagtttcttcaaaatgtacatttgacgtgttttcct
cttttgttccatggtctgatcatagatacatgtttttccacccatccagaggttctttcaaaacttacatttgacgtcttccatggtctgatcatagatatttgtatatacatattttctaccatcctgagattctttcaaaatgtacatttgacgtggattcttcttttttttccatggtttgatcataagataactgt
atatatgtttttctaccattcagagtttctgggacccagtttattattctgttcaatgtatattcttgcaaaagtgggtgtaaaatttgaagagtatccagaattttcttccttccatcttagatttgaataatttttcattttcttttcttcctctcagagcttttgggcctggatataaatggttaagttaataggtt
tcttggaaataaaagatttgatggtttaactttgattaaaaatatatattcaatagatattcttcttctctccaacttagatatttttctaccattcaaagttttgaggatctggtttattgttttgggtcaaggtatatacttccaattgtgggtctaattttaagatgtgtacattgatatttttcttccctttttct
tatatatatatatatatatatatgtagccggaagagtttccagaaacatgccagttttgtggtgcagaccacagcatgaacagctcaactctccatcaatctcaccagtgaaccaaggctctgttggccttctttcttatatttgagtgaatattcatttttcttcccttggagcttttggggcttggttttaaactgtg
ttgtgttattggcttaattggaaaaattatattcaagtaaattttctttcttttttacctctcactgtttcagagcttttgtggcctggtttaaatttttatgttcttagatcacttgaaaaaaggttcatgcgttgatgttgattcttattttattactgtatgataattgtattatatcttctttcctgccattcaga
gtatgatagtcatatatctattttgttttctgccatttgtagtttttaggttgttcttttcaaggtatattctcccagacctgggtgtacaatttcatttttgtcaatgatgtcaattgatttatcagactttaacagtgcatgctattattttcacacatgagatattgacaatagagaatgcatttgcaatagcataa
tggctatcctctttctctgcgaggtcaattgatcaatttgtccttcaaactacaacataacttctttgttgtgtaggttttctatggatttttgaaacactacaggatatagtaaatatttttgcattaggataccctacctccccaccaggcttgcctgatccagtgaccaaagcttgtaagtttcagagaatttcttt
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ttaactgatttaactattgttgttgttgtgttgttatcttgcagCTCGAAGGAGAGACCCACTCTTGGGTACGTTCATTTTACTTTTATGTAGTTGTTCTTTGTTTGTTACAATATGGTTTATATGTACAAGTTAGTCGATAATACTTAGCATGACTGTAAAGGTGTTTTTTTCATATGTTAAATACATCCCTTGAAAGA
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Intron 8 GTAAGTTGGG ... TATCTTGCAG

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>TRINITY_DN100609_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

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>TRINITY_DN100609_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

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