NA ----> NA

Intron 1 GTACGTTTTT ... CATATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.15	25	22.7	14
A2	51.52	16.3	14.7	20
A3	47.47	29.3	27	25
A4	52.7	14.7	14.7	18
A5	49.81	13.7	19.3	7
A6	50	1	2	0
A7	48.97	16.3	23	7
A8	71.6	3.7	12.7	4
A9	60.85	1.7	4	1
A10	45.91	13.7	14.7	8

>TRINITY_DN115020_c3_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

TTTCTACAAAAATTCTTGTAGTACCGAATTCTATCATTTTGACAAAAATTGCTCTACCAAATTCCGGCAAATCGAGAAGAGCTTGCAGAGACTCAATGACGGCTATAGAGCCTGATTTTATAGTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAACTTATAATTCTGTTCGATTCTGTGGCC
TTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACTGTAATTACCGTAAACACAAAAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGTAACAAGTTGGATCAGTTGGATTTGGTGAAATTTAATTTGATATAATTACAGGTTGTTTATGGGTT
TTTGAAGGTTCTAAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACCTTCGGGCAAAACCATTAAAAAACCCTAGGGCAAAACCAGGTCGGATCAGTTGGATTTGGTGAAATTTAATTTGATATAATTACAGGTTGTTTATGGGTTTTTGAAGGTTCTAAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACCCTAGGGCAAAATCATTCAGAAACCC
TAGGTCGAAACCTTAGGCGTAGAGAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGCTGGCACCCAATTTGATTAAAGATATCCTACAAGTACAGTCCATAATTGTGTTGGATAAAAACAAATTAAAACTTCCCGTTTAAATTTGGTCTGAAAATTGCGATTTCAGCAATCACAATGAGTGGTCTTAGACTAAAT
GCATGATTTTAAAACTACCTAAATTGCCAAAATCACGATTTGAGCAACAGAAATTGAGATTTAGATAATTTTTGATATGCCGGATTCTGACAACTTTTTGGTTGTTCCTTATACTGCTCCGTTTTTTCACCGAAAAATGTACTTTTTTTTAACTGATATTAAGTCGGCCCTACGCCGCCGGTCGTGTCGGTATTAAAGTG
ATTGTAGACGGGAGCAGTCAATATTGATTAAAGATATCAAAAGTGGAAGTGTGGAACAGTCGCTATTGCGTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCGGCGATTTTGGGATAAAAACCGGTTAAAATTCTTGCTGGAAATTGCTATTTTCACATTTTTGGGATTTTAGCAATTGGGATTGCCTCTTCTAGACTAATTACC
CAATTTTAAAACTACCCAGATCTCCGAAATTGCGATCTGAGCATTTTGAATTGCAATTTGGACAAAAATTGCTCTGCCGG

>TRINITY_DN115020_c3_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTTCTACAAAAATTCTTGTAGTACCGAATTCTATCATTTTGACAAAAATTGCTCTACCAAATTCCGGCAAATCGAGAAGAGCTTGCAGAGACTCAATGACGGCTATAGAGCCTGATTTTATAGTTTAGAACTTTAGTCTTTGTGATGTTCTGCGGGAGTCCAGCAAGATAAAACTTATAATTCTGTTCGATTCTGTGGCC
TTTTAGGTTTTTGTTCGAGGTTATGAGGATTTACAGCGACGGCCAAAGGCCAAAACCCTGAGGCAACATGAACAGAACTGTAATTACCGTAAACACAAAAAAATTCTCCAGAATTGCGCCGGAATTATCCTCGGTAACAAgtacgtttttaaggccttttatctcacgctcttaatttttttctgttttgttcatatgac
ttataatttccctgcatatatcagGTTGGATCAGTTGGATTTGGTGAAATTTAATTTGATATAATTACAGGTTGTTTATGGGTTTTTGAAGGTTCTAAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACCTTCGGGCAAAACCATTAAAAAACCCTAGGGCAAAACCAGGTCGGATCAGTTGGATTTGGTGAAATTTAATTTGATATA
ATTACAGGTTGTTTATGGGTTTTTGAAGGTTCTAAGTCGATTCAGAAACCCTCGAAACCCTAGGGCAAAATCATTCAGAAACCCTAGGTCGAAACCTTAGGCGTAGAGAAACAATGTCCTTGGCACTTATACAGCTATGCATGGGCTGGCACCCAATTTGATTAAAGATATCCTACAAGTACAGTCCATAATTGTGTTGG
ATAAAAACAAATTAAAACTTCCCGTTTAAATTTGGTCTGAAAATTGCGATTTCAGCAATCACAATGAGTGGTCTTAGACTAAATGCATGATTTTAAAACTACCTAAATTGCCAAAATCACGATTTGAGCAACAGAAATTGAGATTTAGATAATTTTTGATATGCCGGATTCTGACAACTTTTTGGTTGTTCCTTATACTG
CTCCGTTTTTTCACCGAAAAATGTACTTTTTTTTAACTGATATTAAGTCGGCCCTACGCCGCCGGTCGTGTCGGTATTAAAGTGATTGTAGACGGGAGCAGTCAATATTGATTAAAGATATCAAAAGTGGAAGTGTGGAACAGTCGCTATTGCGTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCGGCGATTTTGGGATAAAAA
CCGGTTAAAATTCTTGCTGGAAATTGCTATTTTCACATTTTTGGGATTTTAGCAATTGGGATTGCCTCTTCTAGACTAATTACCCAATTTTAAAACTACCCAGATCTCCGAAATTGCGATCTGAGCATTTTGAATTGCAATTTGGACAAAAATTGCTCTGCCGG