NA ----> NA

Intron 1 GTGAGATAAC ... TGTTTCCGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.76	16	10	17
A2	36.84	54	32	31
A3	37.74	33	20	20
A4	48.48	17	14	18
A5	30	7	3	3
A6	30.73	62	34	21
A7	36.96	58	32	36
A8	27.56	46	20	15
A9	29.55	62	31	21
A10	56.88	47	54	70

>TRINITY_DN34969_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GCCGGGAATGCCGTAGTCACGCCGGACATGAGCAGGTCAGAGGTCAGGCGTTCGATTCGGTTCGAATCACGTGACGAGGTCGAATAAAGAGACAAAACGATTCCGGAGGATAAATTTAAGCAGTACCTAATTGAAGGGTTTTGTGTTTCGGAGGTGAAATAACGTGAGGATAAATTTAAGCAGTAATGGAAGGGTTTTGT
ATTTCGGACGTGAAATAACGTGGACGCTTGGTCGAAACATTCGAGTCGTCCTTTTTTCTGTGCAACTCGTCAAAATTGAAGCGGACTCAAGGGCGTTGGAGATTTGAGCTTCAGAATGGCAGGGGGTTACAGAAGTCTTCCAACCAGTAATCTCTTGGGGTCTGTACCGGCTGCAGTGGACACATATCATAAAGCCTCAC
AACTTGAAGAAGAAAATTTACAGATATTTCCACCCAATAATGCTCAAGATGGAATGTGGGGATATCGACCTCCAATTGATGGCGATGATCCATATGCTCAACCTGGTGCAGGAGATGAAGGCATTGAACAGTCACAAAGTGTATGGAAAGGAATTTTTAGCATTGAAACATATAGGCCTTACTTCAACATAGAAACATAT
GATGTCATAGACAGAACTATGTGCACATTATATCCCCACCGTGGGGACTTTTGTGAAACGGTTCAACATAATCCTGACATGTATGGGCCTCTTTGGATTTCCACAACTCTTGTATTTGCAGTAACGGCATTGGGAAATTATGCTTCCTATTTACAGAGTGAACATAAAACTGACTGGTATTATGACATTAATTATATGAG
CTGGGCTGCGTGCTTGATTTATGGATACCTCTGTTTGGTACCCCTTGGATTTTATTTCCTACTCCGTTACTGGGGCATATCAACACCCTTGGTGCAGCTTTGGTGTCTTTATGGATATTCTCTGTTTATTTTCATTCCAGCTTCGATTCTGTTGATCTTCCCAACTGAGTTTTTAAGATGGACTGTTATTGCTCTCGCTG
GCTTAGTGACAGCAAGCTTTGTAGCATTGAATATGCGATCTTGCATGAGTGGGAGTGACAAATGGATGACAGCAGGTGTAAGCGCTTTTTTAATACAAATATGCTTGGCTCTTGTGATTAAGCTTTGTTTCTTTGTGTAAATGGAAGAGATTTACTTGACAATATAGGTTAATATGCGTAGTAGCGATTATTTAGTAACG
CTAAGATGTTTAACTCTGTTTCGAGGCACTTTCTAAAATATATTCAAGGAGTATCATGGAAAGAAAGTGACATATAATTAAATACATGCATGCCTGTGGGGATTTACACATTGCTTCTGCTCTAACCTGTTTCTTAAACATGTAGTAGATATGGATGTGGAAAACTTACCCCGACTTGTTTTTTAAGGGAATTTGTTTTT
TTGTATTCGCAATGTTATAATGGG

>TRINITY_DN34969_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCCGGGAATGCCGTAGTCACGCCGGACATGAGCAGGTCAGAGGTCAGGCGTTCGATTCGGTTCGAATCACGTGACGAGGTCGAATAAAGAGACAAAACGATTCCGGAGGATAAATTTAAGCAGTACCTAATTGAAGGGTTTTGTGTTTCGGAGgtgagataacgtgaggataaatttaagcagtaattgaagggttttgt
gtttccgagGTGAAATAACGTGAGGATAAATTTAAGCAGTAATTGAAGGGTTTTGTGTTTCCGAGGTGAAATAACGTGAGGATAAGGAAGGGTTTTGTATTTCGGACGTGAAATAACGTGGACGCTTGGTCGAAACATTCGAGTCGTCCTTTTTTCTGTGCAACTCGTCAAAATTGAAGCGGACTCAAGGGCGTTGGAGA
TTTGAGCTTCAGAATGGCAGGGGGTTACAGAAGTCTTCCAACCAGTAATCTCTTGGGGTCTGTACCGAAGAAAATTTACAGATATTTCCACCCAATAATGCTCAAGATGGAATGTGGGGATATCGACCTCCAATTGATGGCGATGATCCATATGCTCAACCTGGTGCAGGAGATGAAGGCATTGAACAGTCACAAAGTGT
ATGGAAAGGAATTTTTAGCATTGAAACATATAGGCCTTACTTCAACATAGAAACATATGATGTCATAGACAGAACTATGTGCACATTATATCCCCACCGTGGGGACTTTTGTGAAACGGTTCAACATAATCCTGACATGTATGGGCCTCTTTGGATTTCCACAACTCTTGTATTTGCAGTAACGGCATTGGGAAATTATG
CTTCCTATTTACAGAGTGAACATAAAACTGACTGGTATTATGACATTAATTATATGAGCTGGGCTGCGTGCTTGATTTATGGATACCTCTGTTTGGTACCCCTTGGATTTTATTTCCTACTCCGTTACTGGGGCATATCAACACCCTTGGTGCAGCTTTGGTGTCTTTATGGATATTCTCTGTTTATTTTCATTCCAGCT
TCGATTCTGTTGATCTTCCCAACTGAGTTTTTAAGATGGACTGTTATTGCTCTCGCTGGCTTAGTGACAGCAAGCTTTGTAGCATTGAATATGCGATCTTGCATGAGTGGGAGTGACAAATGGATGACAGCAGGTGTAAGCGCTTTTTTAATACAAATATGCTTGGCTCTTGTGATTAAGCTTTGTTTCTTTGTGTAAAT
GGAAGAGATTTACTTGACAATATAGGTTAATATGCGTAGTAGCGATTATTTAGTAACGCTAAGATGTTTAACTCTGTTTCGAGGCACTTTCTAAAATATATTCAAGGAGTATCATGGAAAGAAAGTGACATATAATTAAATACATGCATGCCTGTGGGGATTTACACATTGCTTCTGCTCTAACCTGTTTCTTAAACATG
TAGTAGATATGGATGTGGAAAACTTACCCCGACTTGTTTTTTAAGGGAATTTGTTTTTTTGTATTCGCAATGTTATAATGGG

Intron 2 GCTGCAGTGG ... CAACTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.33	8	23	21
A2	46.15	7	5	7
A3	38.73	13.3	9.8	7
A4	52	6	7	6
A5	47.83	6	3	8
A6	68.85	28	57.8	66
A7	71.1	25	50	73
A8	66.04	18	34	36
A9	72.37	21	50	60
A10	77.2	12	39	42.3

>TRINITY_DN92390_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GAGGTCAGGCGTTCGATTCGGTTCGAATCACGTGACGAGGTCGAATAAAGAGACAAAACGATTCCGGAGGATAAATTTAAGCAGTACCTAATTGAAGGGTTTTGTGTTTCGGAGGTGAGATAACGTGAGGATAAATTTAAGCAGTAATTGAAGGGTTTTGTGTTTCGGAGGTGAAATAACGTGAGGATAAATTTAAGCAG
TAATGGAAGGGTTTTGTATTTCGGACGTGAAATAACGTGGACGCTTGGTCGAAACATTCGAGTCGTCCTTTTTTCTGTGCAACTCGTCAAAATTGAAGCGGACTCAAGGGCGTTGGAGATTTGAGCTTCAGAATGGCAGGGGGTTACAGAAGTCTTCCAACCAGTAATCTCTTGGGGTCTGTACCGAAGAAAATTTACAG
ATATTTCCACCCAATAATGCTCAAGATGGAATGTGGGGATATCGACCTCCAATTGATGGCGATGATCCATATGCTCAACCTGGTGCAGGAGATGAAGGCATTGAACAGTCACAAAGTGTATGGAAAGGAATTTTTAGCATTGAAACATATAGGCCTTACTTCAACATAGAAACATATGATGTCATAGACAGAACTATGTG
CACATTATATCCCCACCGTGGGGACTTTTGTGAAACGGTTCAACATAATCCTGACATGTATGGGCCTCTTTGGATTTCCACAACTCTTGTATTTGCAGTAACGGCATTGGGAAATTATGCTTCCTATTTACAGAGTGAACATAAAACTGACTGGTATTATGACATTAATTATATGAGCTGGGCTGCGTGCTTGATTTATG
GATACCTCTGTTTGGTACCCCTTGGATTTTATTTCCTACTCCGTTACTGGGGCATATCAACACCCTTGGTGCAGCTTTGGTGTCTTTATGGATATTCTCTGTTTATTTTCATTCCAGCTTCGATTCTGTTGATCTTCCCAACTGAGTTTTTAAGATGGACTGTTATTGCTCTCGCTGGCTTAGTGACAGCAAGCTTTGTA
GCATTGAATATGCGATCTTGCATGAGTGGGAGTGACAAATGGATGACAGCAGGTGTAAGCGCTTTTTTAATACAAATATGCTTGGCTCTTGTGATTAAGCTTTGTTTCTTTGTGTAAATGGAAGAGATTTACTTGACAATATAGGTTAATATGCGTAGTAGCGATTATTTAGTAACGCTAAGATGTTTAACTCTGTTTCG
AGGCACTTTCTAAAATATATTCAAGGAGTATCATGGAAAGAAAGTGACATATAATTAAATACATGCATGCCTGTGGGGATTTACACATTGCTTCTGCTCTAACCTGTTTCTTAAACATGTAGTAGATATGGATGTGGAAAACTTACCCCGACTTGTTTTTTAAGGG

>TRINITY_DN92390_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAGGTCAGGCGTTCGATTCGGTTCGAATCACGTGACGAGGTCGAATAAAGAGACAAAACGATTCCGGAGGATAAATTTAAGCAGTACCTAATTGAAGGGTTTTGTGTTTCGGAGGTGAGATAACGTGAGGATAAATTTAAGCAGTAATTGAAGGGTTTTGTGTTTCGGAGGTGAAATAACGTGAGGATAAATTTAAGCAG
TAATGGAAGGGTTTTGTATTTCGGACGTGAAATAACGTGGACGCTTGGTCGAAACATTCGAGTCGTCCTTTTTTCTGTGCAACTCGTCAAAATTGAAGCGGACTCAAGGGCGTTGGAGATTTGAGCTTCAGAATGGCAGGGGGTTACAGAAGTCTTCCAACCAGTAATCTCTTGGGGTCTGTACCGgctgcagtggacac
atatcataaagcctcacaacttgaagAAGAAAATTTACAGATATTTCCACCCAATAATGCTCAAGATGGAATGTGGGGATATCGACCTCCAATTGATGGCGATGATCCATATGCTCAACCTGGTGCAGGAGATGAAGGCATTGAACAGTCACAAAGTGTATGGAAAGGAATTTTTAGCATTGAAACATATAGGCCTTACT
TCAACATAGAAACATATGATGTCATAGACAGAACTATGTGCACATTATATCCCCACCGTGGGGACTTTTGTGAAACGGTTCAACATAATCCTGACATGTATGGGCCTCTTTGGATTTCCACAACTCTTGTATTTGCAGTAACGGCATTGGGAAATTATGCTTCCTATTTACAGAGTGAACATAAAACTGACTGGTATTAT
GACATTAATTATATGAGCTGGGCTGCGTGCTTGATTTATGGATACCTCTGTTTGGTACCCCTTGGATTTTATTTCCTACTCCGTTACTGGGGCATATCAACACCCTTGGTGCAGCTTTGGTGTCTTTATGGATATTCTCTGTTTATTTTCATTCCAGCTTCGATTCTGTTGATCTTCCCAACTGAGTTTTTAAGATGGAC
TGTTATTGCTCTCGCTGGCTTAGTGACAGCAAGCTTTGTAGCATTGAATATGCGATCTTGCATGAGTGGGAGTGACAAATGGATGACAGCAGGTGTAAGCGCTTTTTTAATACAAATATGCTTGGCTCTTGTGATTAAGCTTTGTTTCTTTGTGTAAATGGAAGAGATTTACTTGACAATATAGGTTAATATGCGTAGTA
GCGATTATTTAGTAACGCTAAGATGTTTAACTCTGTTTCGAGGCACTTTCTAAAATATATTCAAGGAGTATCATGGAAAGAAAGTGACATATAATTAAATACATGCATGCCTGTGGGGATTTACACATTGCTTCTGCTCTAACCTGTTTCTTAAACATGTAGTAGATATGGATGTGGAAAACTTACCCCGACTTGTTTTT
TAAGGG