sp|Q0DYP5|C3H17_ORYSJ ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein 17

Intron 1 GTGATCTTAA ... ATATTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.5	12	6	4
A2	15.38	10.5	2	0.5
A3	3.57	13	0.5	0
A4	34.39	11	6	5
A5	11.54	10.5	1.5	0
A6	15.63	22	5	0
A7	10.29	27.5	3.5	0
A8	4.17	11	0.5	0
A9	5.77	24	1.5	0
A10	7.14	24.5	2	0

>TRINITY_DN130550_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTTTTGAGTTCTAATCCCGGGAATGCAAGGTGGGACTTTCATTTTGGCGTAAGAAGAAAGTTACGATGCGGGACAGAGCAGAGTTCAGTTGTTCGAATTTATATTCGCGTGAAACAAAGAATCCGAGGAGTTAGCCGGTCGACAACCTGAGGAATTTATTATCAGATTTTTTTTAATACTCCGAGAAGGTTCGGTCTCA
GCATTTCCTTTAATGCCTTTGTTTTTATTGACATCTCTGTTTATTTCAGTAGCAGACACGGGCCAAATCCAAATACCCTAACAACGCTTAATTCTTAGTCCACTAATTTGGCGGTAATTTGTTTTCTCTTTCCGTGCTCGATGGTTTAATGTCGATGAACGAAGCTGCTGTGTTTCTGGACTGCTCTCGGACGATTTTCA
GAGGGTGGTTTTTGAGATTTCCAGCGTTAAAATACTGGTTTTCAATGGGAAATCTGCCCATGATTTCCAACCTTAAATTGAAACTGTACATGGTTACATCGAGTTTATTTTTTCAAAAATAGAAATTTCTTATCATTCTCTAGGTGAAGATTACCATATCAGGTCCCTTCTTTGTTGGACACAGCAACACTAGAAATGTT
TGTTAGATGGGAAGCCGATAAAAAAGTCGGCTCTTTGATATTTAGTTTACATTTAAAGGCAGCGGAGCAGTTTTTTTTCATGAAGGGTTTGATATTTGAAGGCAGACAAACAGTTAGTTCGAAAGGATCGGGTGACAGTAACAGTTTGTGTGGTGGACAGGCTCGGGCTCGATTTCTTGTCAACCCAGACAGCTTCCGGG
AATTGAAAATTTGAAGAATTTGAACAAGCAGTTGCAGTCAATTTACAGGTTTTTGGCGTTAGGGTTTCCTGGCATTAGGGTTTCCTGGTATCGGGTAAAACCATGGACGTGGAAATCTCAGGGAAATCTACAGGAAACAAAAGAACATACACCCGTCTACCAAGATCTTCCCAAGTGTGCACGTTTTGGCAGGAGGGCAG
ATGCAATAGAGAATCATGCAATTTTCAGCATGTTGGAGAACCCGGGTCAGTCAAAAGGATTGGAGCATCTAATGGGTTTGCTCCAAAGAGATCATATAACGGATCGGATGAGAGGGAAGTGCAGGCAGCAGGACCTCCCGGAGGATCGAGAAGGAATACTTGGGGGAGAGGACGAGGTGGTAGAATCATATCCGACGAGA
GACAGAAGATTGCCGATAAAGTATGCAATTTTTGGCTTGGAGGCAATTGCAGGCATGGAGAGGAATGCAATTTTTTGCACTCCTTTGTTCTGGGTTCCGACGTCAAGTTCGTGACTCAGCTGCGTGGCCACGTTAAGGCTATTCGAGGGATTGCTTATCCTTCTGATTCAGGTAAGCTCTATTCTGGAGGCCAAGACAAG
AAGGTTATAGTGTGGGACTGCCAAACAGGGGAGGGTAGAGATATCCCATTAGATGATGAAGTTGGATGCGTCATGAGTGAAGGTCCATGGATTTTTGTTGGCCTCCCTAATGCCGTCAAGGCTTGGAATATTCTGACCTCAACAGAACTAAGTTTAGTTGGCCCCAGGGGACAAGTTCATGCCCTGGCTGTTGGTAATGG
AATGCTTTGGGCTGGAACGCATGATGGCAGTATATTGGCATGGAAGTTTAGTCCTATAACCAATACCTTTGAGCCTGCAGCTTCCCTTGCAGGGCATACACTACCTGTTGTCTCATTAGTCTCAGGAGCAGACAGACTTTACTCTGGTTCCATGGACAAGACAATAAGAGTATGTTTCTTTGCTTGCTGACTATTTTTAG
TTGATTATGATTTTGGGAAATTTGAAGGAACCATGTTATTCTTGTAAGTTCAGAAACTTCTGGCAAATTTTCACCACTGATAAAAAAATTCTGATAAAGATTTGGTGAAGTTTTTCTAAAATCTTTCAAATTATTATTATGTTTATATATGCTGTAAAAAGGTGATAAAATTTTCAAGAAAGTCAATTATAACCTATATA
ACTCTGGGCAACTATTTATTTTTAATTGATGAATCTCCTTAGGCAAAATTAGCCAAATGGTAATCCTAGCTGTAAAAAGTTTACCTCTCGTGATCAATATCCC

>TRINITY_DN130550_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGAAACATGTAACAGGGTAGAGATATCCCATTAGATGATGAAGTTGGATGCGTCATGAGTGAAGGTCCATGGATTTTTGTTGGCCTCCCTAATGCCGTCAAGgtgatcttaacagacttaggtttggaattgattcaatctgatttatcagggaacatgattatttttcttgcagtattcaagctaacgtagtggaaaa
ttatattcgcagGCTTGGAATATTCTGACCTCAACAGAACTAAGTTTAGTTGGCCCCAGGGGACAAGTTCATGCCCTGGCTGTTGGTAATGGAATGCTTTGGGCTGGAACGCATGTAAGGGTTTCGGTGGAATTAGAGTGTTTTAGTTGATTCTGTAATCATACACCTGATGTGTTCTGCCTTTTTATAATCAAGCACCT
GATTTGTTTTCCCTTTACAATCAACACTGATGTTTTTTTGCCTTTCAATCAACCGCATGATGTTTTTTTCCTTTATAATCATCTTCCTGTTCTGTTTTGACTTAATGAGCAAAAACTATGTGACGAGGGGTGATGTAAAAAATGCTAGATTATATAGTTGATCTCATTGTGATAAAATAGTTTGCAATATAATTATTTTT
TCTTCTTTCCG

Intron 2 GTTTAGGTCC ... TCCCATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.71	3.3	3	9.3
A2	44.36	5.7	7	2
A3	73.12	3	10	6.3
A4	62.43	2	4	2.7
A5	38.89	1.7	1	1
A6	41.67	7.7	2	8
A7	35.53	13.3	12	2.7
A8	45.44	14.7	14	10.3
A9	48.95	6.3	9	3
A10	30.16	13.3	9	2.3

>TRINITY_DN40380_c3_g2_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TAGATATGTATAGTTGATTTAATGATACAAGGAAGGCATGGTTTTCATAGGTTTGTTTCATGTTGTGTTTGTCTCTGGCCGTCAGCCATGGAAACCATCTCAAAGAAACCTCTCTAGCTGTCAGCCATGGAAATCATCTCAGAGAAGCCTCGAAGAGGAGTTAAAAGAAGCTCAACCTTCTACACCTCCTCCTACACCCA
CAACTGCAAAAGGGTTGGAGCTCCAAAGAGATGAAGAATACATGGACATAAGGAATAATAACATATGGGGAGAGGGTAGATTCAGAACAAGATTCAATGTCATTAGGATAAAGCATGCACTTAATGGCTTGCAGGAAATTGAAAGCACGCAGGAGACGACTCCAAATATTTGCACTCCCATGTTACTGGTGGTTCGATGT
CACTTTCTTGACTAAGCTAGTTGGCCACAATAACAAGGAACTGCAAAGCTCCAGTGAAGGTCCATGGATTTTTGTTGGCCTTCCTAATGTTTTCAGGGATTGGAATATTCCCATCTCGACAGAGCTATCTTTAGATGGCCCTTGGGGACAAGTGCAAGCTCTGGCTGTCACTGATCAAATGCTTTTGGTTGAAACACAGG
ATTGCACTATTATGGCTTGGAAGTTTAATCTTGCAGCCGATTCCCTTGTGGGGCATACACTGCCCGTTGTCTCAGTAGTCTCAGGTACAGACAGACTTTACTCTACTTCCATGGACCACACGATAAGAGTTTGGGACCTGAGAACTTTGGGATTTATACAAACCCTGAGAGATCATATGTCAGTTGTAATGTTTGTTCTT
TGTTGGGACCAGTTTCTCTTGCCATGCTCTTTAGATGGCATAGTGAAGGTGAGAAAGGTTACTGTCCATACTAGCAATCCTGTATTTGTAGCATGATGTGATGTTTATGCTAGTGAATTCCAAGCATGGGAGAGTTCTAGGCCCAAATGTCACCACAACCCTGCCTCTCAACTTCTTCGGGTAACTCCTAAACCCAAGGA
AGAGCCCTAAATGATACCGACAAACATCGCACATGCAAATACCTTTCCACAATCTTATAACTAGATCAGTTCCTTACATGGAGTCAAACAGTGTATGAAAAAGACAACCAGATCTAATTTAGGAGTTAATTCAGTTTCTATTCATTAATATCATCAAAGTAACAACAATTAAGCATAATCTGAAAAACAG

>TRINITY_DN40380_c3_g2_i15 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAGATATGTATAGTTGATTTAATGATACAAGGAAGGCATGGTTTTCATAGGTTTGTTTCATGTTGTGTTTGTCTCTGGCCGTCAGCCATGGAAACCATCTCAAAGAAACCTCTCTAGCTGTCAGCCATGGAAATCATCTCAGAGAAGCCTCGAAGAGGAGTTAAAAGAAGCTCAACCTTCTACACCTCCTCCTACACCCA
CAACTGCAAAAGGGTTGGAGCTCCAAAGAGATGAAGAATACATGGACATAAGGAATAATAACATATGGGGAGAGGGTAGATTCAGAACAAGATTCAATGTCATTAGGATAAAGCATGCACTTAATGGCTTGCAGGAAATTGAAAGCACGCAGGAGACGACTCCAAATATTTGCACTCCCATGTTACTGGTGGTTCGATGT
CACTTTCTTGACTAAGCTAGTTGGCCACAATAACAAGgtttaggtccgggattggttatttctttgtttgcttgttttctcaacacatccattttataaatcaattccttcccatagcttattcgagggattgcttttccttcccatccagGAACTGCAAAGCTCCAGTGAAGGTCCATGGATTTTTGTTGGCCTTCCTA
ATGTTTTCAGGGATTGGAATATTCCCATCTCGACAGAGCTATCTTTAGATGGCCCTTGGGGACAAGTGCAAGCTCTGGCTGTCACTGATCAAATGCTTTTGGTTGAAACACAGGATTGCACTATTATGGCTTGGAAGTTTAATCTTGCAGCCGATTCCCTTGTGGGGCATACACTGCCCGTTGTCTCAGTAGTCTCAGGT
ACAGACAGACTTTACTCTACTTCCATGGACCACACGATAAGAGTAAGTTTCTTTGCTTCTTTCAATTACTCGTTTACACAACAAGAGAATTTATTTTCTTCCTTAAACTGGTTTACTTTAAAATAACAACAGTACATGGAATAAATACTTTCTTCCTTGCAAGCTTCTATGTTTTTCATGATGTTTGTGATTTCAGATGA
TTTTATATTTGACATTGTGTAAACAAATTCACAGGTTTGGGACCTGAGAACTTTGGGATTTATACAAACCCTGAGAGATCATATGTCAGTTGTAATGTTTGTTCTTTGTTGGGACCAGTTTCTCTTGCCATGCTCTTTAGATGGCATAGTGAAGGTGAGAAAGGTTACTGTCCATACTAGCAATCCTGTATTTGTAGCAT
GATGTGATGTTTATGCTAGTGAATTCCAAGCATGGGAGAGTTCTAGGCCCAAATGTCACCACAACCCTGCCTCTCAACTTCTTCGGGTAACTCCTAAACCCAAGGAAGAGCCCTAAATGATACCGACAAACATCGCACATGCAAATACCTTTCCACAATCTTATAACTAGATCAGTTCCTTACATGGAGTCAAACAGTGT
ATGAAAAAGACAACCAGATCTAATTTAGGAGTTAATTCAGTTTCTATTCATTAATATCATCAAAGTAACAACAATTAAGCATAATCTGAAAAACAG

Intron 3 GTAAGTTTCT ... AAATTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.76	13.5	8	5.1
A2	44.67	9.3	2	3.8
A3	-1	7.9	0	3.3
A4	-1	5.6	0	2.6
A5	18.13	5.5	1	3.6
A6	26.51	27.9	10	4.8
A7	20.61	31.4	6	9
A8	29.13	29.3	11	4.5
A9	35.05	51.9	26	8.5
A10	32.5	19.5	8	1.9

>TRINITY_DN45147_c1_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGATTTCACAGGGATTAGATATGTATAGTTGATTTAATGATACAAGGAAGGCATGGTTTTCATAGGTTTGTTTCATGTTGTGTTTGTCTCTGGCCGTCAGCCATGGAAACCATCTCAAAGAAACCTCTCTAGCTGTCAGCCATGGAAATCATCTCAGAGAAGCCTCGAAGAGGAGTTAAAAGAAGCTCAACCTTCTACA
CCTCCTCCTACACCCACAACTGCAAAAGGGTTGGAGCTCCAAAGAGATGAAGAATACATGGACATAAGGAATAATAACATATGGGGAGAGGGTAGATTCAGAACAAGATTCAATGTCATTAGGATAAAGCATGCACTTAATGGCTTGCAGGAAATTGAAAGCACGCAGGAGACGACTCCAAATATTTGCACTCCCATGTT
ACTGGTGGTTCGATGTCACTTTCTTGACTAAGCTAGTTGGCCACAATAACAAGGTTTAGGAACTGCAAAGCTCCAGTGAAGGTCCATGGATTTTTGTTGGCCTTCCTAATGTTTTCAGGGCCCTAATGCCGTCAAGGCTTGGAATATTCTGACCTCAACAGAACTAAGTTTAGTTGGCCCCAGGGGACAAGTTCATGCCC
TGGCTGTTGGTAATGGAATGCTTTGGGCTGGAACGCATGATGGCAGTATATTGGCATGGAAGTTTAGTCCTATAACCAATACCTTTGAGCCTGCAGCTTCCCTTGCAGGGCATACACTACCTGTTGTCTCATTAGTCTCAGGAGCAGACAGACTTTACTCTGGTTCCATGGACAAGACAATAAGAATTGGAATATTCCCA
TCTCGACAGAGCTATCTTTAGATGGCCCTTGGGGACAAGTGCAAGCTCTGGCTGTCACTGATCAAATGCTTTTGGTTGAAACACAGGATTGCACTATTATGGCTTGGAAGTTTAATCTTGCAGCCGATTCCCTTGTGGGGCATACACTGCCCGTTGTCTCAGTAGTCTCAGGTACAGACAGACTTTACTCTACTTCCATG
GACCACACGATAAGAGTTTGGGATCTGGGAACTTTTCAATGTATACAGACCCTGAGAGATCACACGTCAGTTGTAATGTCTCTTCTATGCTGGGACCAATTTCTTTTGTCATGCTCTTTAGACAACACTGTGAAGGTCTGGGTTGCTACACCAAGTGGAGCCCTTGAAGTGACATATACTCATAATGAAGAACATGGTGT
TCTTGCGCTGTGTGGAATGAACGATGAACAAGCCAAGCCTGTTTTGCTTTGTTCTTGCAATGATAACACTGTGCGCCTTTATGACCTGCCATCGTTCAGTGAACGAGGTAGAATATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTCCAGATTGGACCTGGTGGATTATTTTTTACTGGTGATGGAATGGGTGAACTTAAAGTTT
GGAATTGGGCAACAACCCAGACACCCTGAGACAACCTATAAAATTTCTGTTGTAATCAGGGGCCTCATTAAATGCTACCACTCGTAAATCTCTCTAGGAATCCTTCACAAGGCAGTCAGGTGCAGAGTCTGGAGAAGTTGAAATTTCACGTCCTATATATTCAATTAAGCTACTCTAGTTAAACTGTATGAAGAGCTAAA
GTATATCAAGAGCTATGTAAGGGGGTAACATTAACAGCTGCAAGTGACGCATGCTTTATTTCCGTCAAGGAAATCAGTATTTTAAACTTTTATCAAGTAAACGAGTATCCGCGTTTCTATTTAATGCTCCATGCTGCATATAACGCCAAACATCAGCACTATTTCGAGTGCTAGTCATCCTAGTGCCCAGGATGAGGACA
CTTATATGTGGGGTTTTGTTTGATACATGCTCTCCGAATTGAAGAATAAACAGAGATTGATGTTTGTGAAAATCTGCACTTGGGTTTGTGTTTTCTCAGTGTACTGGATTCTTACTGGTATTTACCACAAAAACAAATAATCAAATTTGCTTAGAAGCAAATCTTTCCTCAGAAAATTTGTAAATCGTTTAAGTTCGTTG
GAATATCTTCCAGGCATATATGGGAAATACCCATTAATGTTTAGTCATTTGGAAAGTCTTTACACGATTATTTTTCCAGCTCGAATCATATTTACACGGAAAAGAATGCCATATTTTAACAAGGCCGATTTGAGTTATCC

>TRINITY_DN45147_c1_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGATTTCACAGGGATTAGATATGTATAGTTGATTTAATGATACAAGGAAGGCATGGTTTTCATAGGTTTGTTTCATGTTGTGTTTGTCTCTGGCCGTCAGCCATGGAAACCATCTCAAAGAAACCTCTCTAGCTGTCAGCCATGGAAATCATCTCAGAGAAGCCTCGAAGAGGAGTTAAAAGAAGCTCAACCTTCTACA
CCTCCTCCTACACCCACAACTGCAAAAGGGTTGGAGCTCCAAAGAGATGAAGAATACATGGACATAAGGAATAATAACATATGGGGAGAGGGTAGATTCAGAACAAGATTCAATGTCATTAGGATAAAGCATGCACTTAATGGCTTGCAGGAAATTGAAAGCACGCAGGAGACGACTCCAAATATTTGCACTCCCATGTT
ACTGGTGGTTCGATGTCACTTTCTTGACTAAGCTAGTTGGCCACAATAACAAGGATTGGAATATTCCCATCTCGACAGAGCTATCTTTAGATGGCCCTTGGGGACAAGTGCAAGCTCTGGCTGTCACTGATCAAATGCTTTTGGTTGAAACACAGGATTGCACTATTATGGCTTGGAAGTTTAATCTTGCAGCCGATTCC
CTTGTGGGGCATACACTGCCCGTTGTCTCAGTAGTCTCAGGTACAGACAGACTTTACTCTACTTCCATGGACCACACGATAAGAgtaagtttctttgcttctttcaattactcgtttacacaacaagagaatttattttcttccttaaactggtttactttaaaataacaacagtacatggaataaatactttcttcctt
gcaagcttctatgtttttcatgatgtttgtgatttcagatgattttatatttgacattgtgtaaacaaattcacagGTTTGGGATCTGGGAACTTTTCAATGTATACAGACCCTGAGAGATCACACGTCAGTTGTAATGTCTCTTCTATGCTGGGACCAATTTCTTTTGTCATGCTCTTTAGACAACACTGTGAAGGTCT
GGGTTGCTACACCAAGTGGAGCCCTTGAAGTGACATATACTCATAATGAAGAACATGGTGTTCTTGCGCTGTGTGGAATGAACGATGAACAAGCCAAGCCTGTTTTGCTTTGTTCTTGCAATGATAACACTGTGCGCCTTTATGACCTGCCATCGTTCAGTGAACGAGGTAGAATATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCA
TTCCAGATTGGACCTGGTGGATTATTTTTTACTGGTGATGGAATGGGTGAACTTAAAGTTTGGAATTGGGCAACAACCCAGACACCCTGAGACAACCTATAAAATTTCTGTTGTAATCAGGGGCCTCATTAAATGCTACCACTCGTAAATCTCTCTAGGAATCCTTCACAAGGCAGTCAGGTGCAGAGTCTGGAGAAGTT
GAAATTTCACGTCCTATATATTCAATTAAGCTACTCTAGTTAAACTGTATGAAGAGCTAAAGTATATCAAGAGCTATGTAAGGGGGTAACATTAACAGCTGCAAGTGACGCATGCTTTATTTCCGTCAAGGAAATCAGTATTTTAAACTTTTATCAAGTAAACGAGTATCCGCGTTTCTATTTAATGCTCCATGCTGCAT
ATAACGCCAAACATCAGCACTATTTCGAGTGCTAGTCATCCTAGTGCCCAGGATGAGGACACTTATATGTGGGGTTTTGTTTGATACATGCTCTCCGAATTGAAGAATAAACAGAGATTGATGTTTGTGAAAATCTGCACTTGGGTTTGTGTTTTCTCAGTGTACTGGATTCTTACTGGTATTTACCACAAAAACAAATA
ATCAAATTTGCTTAGAAGCAAATCTTTCCTCAGAAAATTTGTAAATCGTTTAAGTTCGTTGGAATATCTTCCAGGCATATATGGGAAATACCCATTAATGTTTAGTCATTTGGAAAGTCTTTACACGATTATTTTTCCAGCTCGAATCATATTTACACGGAAAAGAATGCCATATTTTAACAAGGCCGATTTGAGTTATC
C

Intron 4 GTTTGGGACC ... CATAGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	3	9	6
A2	33.33	1	1	0
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	71.43	1	3	2
A6	63.64	12	26	16
A7	56.76	8	16	5
A8	43.28	19	21	8
A9	57.78	19	38	14
A10	41.94	9	12	1

>TRINITY_DN45147_c1_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCTGCGTATTCTTGGTTTCCTTATTTGCTCTGAAACCGTATTCATGGTATCTTTATTTGCGCTGCATATTCTTGGTTTGGTTGTTCTTGCTTTTCTTATGTGCTCTGTATATTCTCAGTTTCCTTATTTGCTCCGCATATTCATTTGTTCAGGTTGTTTCCTTATTGTTTGCTCCGTTTCTTGGTTTCTTTGTTTTGGT
AGGTTTAGGTCCGGGATTGGTTATTTCTTTGTTTGCTTGTTTTCTCAACACATCCATTTTATAAATCAATTCCTTCCCATAGCTTATTCGAGGGATTGCTTTTCCTTCCCATCCAGGAACTGCAAAGCTCCAGTGAAGGATTGGAATATTCCCATCTCGACAGAGCTATCTTTAGATGGCCCTTGGGGACAAGTGCAAGC
TCTGGCTGTCACTGATCAAATGCTTTTGGTTGAAACACAGGATTGCACTATTATGGCTTGGAAGTTTAATCTTGCAGCCGATTCCCTTGTGGGGCATACACTGCCCGTTGTCTCAGTAGTCTCAGGTACAGACAGACTTTACTCTACTTCCATGGACCACACGATAAGAGTTCCATAAACAAGGTAGAGCATTCTCAAGG
AACGAGGTGCGAGTATTTGAGATTGGATCTGGTGGATTACTTTTCACAGGTGATGGAATGGATGAACTTAAAGTATAGAAATGGGCTACCCAGACACCCTGAGAGGCCGAGATAGCTTGTAAAACACCTAATGTAATCAACGGCCTCAAGTTGAAATGATACTGTGAGACTTGTGTTGCAATCAATTGCCTCAAGTTGAA
ATGCTACTGTGAAACTTGTGTTGCAATCAATTGCCTCAAGTTGAAATGCTACTGTGAAACATCAGTTGTAATCATTGGCCTTAAGTTGAAAAGCTACAGTGATCACCCCTTCATGTAAAATTGACTCTTGCTCATATATCATACATGCGCAGCTCCG

>TRINITY_DN45147_c1_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGATTTCACAGGGATTAGATATGTATAGTTGATTTAATGATACAAGGAAGGCATGGTTTTCATAGGTTTGTTTCATGTTGTGTTTGTCTCTGGCCGTCAGCCATGGAAACCATCTCAAAGAAACCTCTCTAGCTGTCAGCCATGGAAATCATCTCAGAGAAGCCTCGAAGAGGAGTTAAAAGAAGCTCAACCTTCTACA
CCTCCTCCTACACCCACAACTGCAAAAGGGTTGGAGCTCCAAAGAGATGAAGAATACATGGACATAAGGAATAATAACATATGGGGAGAGGGTAGATTCAGAACAAGATTCAATGTCATTAGGATAAAGCATGCACTTAATGGCTTGCAGGAAATTGAAAGCACGCAGGAGACGACTCCAAATATTTGCACTCCCATGTT
ACTGGTGGTTCGATGTCACTTTCTTGACTAAGCTAGTTGGCCACAATAACAAGGATTGGAATATTCCCATCTCGACAGAGCTATCTTTAGATGGCCCTTGGGGACAAGTGCAAGCTCTGGCTGTCACTGATCAAATGCTTTTGGTTGAAACACAGGATTGCACTATTATGGCTTGGAAGTTTAATCTTGCAGCCGATTCC
CTTGTGGGGCATACACTGCCCGTTGTCTCAGTAGTCTCAGGTACAGACAGACTTTACTCTACTTCCATGGACCACACGATAAGAgtttgggacctgagaactttgcgatttatacaaaccctgagagatcatatgtcagttgtaatgtttgttctttgttgggaccagtttctcttgccatgctctttagatggcatagt
gaagGTTCCATAAACAAGGTAGAGCATTCTCAAGGAACGAGGTGCGAGTATTTGAGATTGGATCTGGTGGATTACTTTTCACAGGTGATGGAATGGATGAACTTAAAGTATAGAAATGGGCTACCCAGACACCCTGAGAGGCCGAGATAGCTTGTAAAACACCTAATGTAATCAACGGCCTCAAGTTGAAATGATACTGT
GAGACTTGTGTTGCAATCAATTGCCTCAAGTTGAAATGCTACTGTGAAACTTGTGTTGCAATCAATTGCCTCAAGTTGAAATGCTACTGTGAAACATCAGTTGTAATCATTGGCCTTAAGTTGAAAAGCTACAGTGATCACCCCTTCATGTAAAATTGACTCTTGCTCATATATCATACATGCGCAGCTCCG

Intron 5 GTTCGGTCTC ... TGGTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.15	14	20	6
A2	48.48	17	12	20
A3	55	9	12	10
A4	60.61	13	23	17
A5	77.78	1	5	2
A6	44.83	8	4	9
A7	47.7	9.3	10	7
A8	100	0	1	7
A9	54.17	11	10	16
A10	33.33	11	3	8

>TRINITY_DN93478_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

TCCCGGGAATGCAAGGTGGGACTTTCATTTTGGCGTAAGAAGAAAGTTACGATGCGGGACAGAGCAGAGTTCAGTTGTTCGAATTTATATTCGCGTGAAACAAAGAATCCGAGGAGTTAGCCGGTCGACAACCTGAGGAATTTATTATCAGATTTTTTTTAATACTCCGAGAAGGCTCGGGCTCGATTTCTTGTCAACCC
AGACAGCTTCCGGGAATTGAAAATTTGAAGAATTTGAACAAGCAGTTGCAGTCAATTTACAGGTTTTTGGCGTTAGGGTTTCCTGGCATTAGGGTTTCCTGGTATCGGGTAAAACCATGGACGTGGAAATCTCAGGGAAATCTACAGGAAACAAAAGAACATACACCCGTCTACCAAGATCTTCCCAAGTGTGCACGTTT
TGGCAGGAGGGCAGATGCAATAGAGAATCATGCAATTTTCAGCATGTTGGAGAACCCGGGTCAGTCAAAAGGATTGGAGCATCTAATGGGTTTGCTCCAAAGAGATCATATAACGGATCGGATGAGAGGGAAATGCAGGCAGCAGGACCTCCCGGAGGATCGAGAAGGAATACTTGGGGGAGAGGACGAGGTGGTAGAAT
CATATCCGACGAGAGACAGAAGATTGCCGATAAAGTATGCAATTTTTGGCTTGGAGGCAATTGCAGGCATGGAGAGGAATGCAATTTTTTGCACTCCTTTGTTCTGGGTTCCGACGTCAAGTTCGTGACTCAGCTGCGTGGCCACGTTAAGGCTATTCGAGGGATTGCTTATCCTTCTGATTCAGGTAAGCTCTATTCTG
GAGGCCAAGACAAGAAGGTTATAGTGTGGGACTGCCAAACAGGGGAGGGTAGAGATATCCCATTAGATGATGAAGTTGGATGCGTCATGAGTGAAGGTCCATGGATTTTTGTTGGCCTCCCTAATGCCGTCAAGGCTTGGAATATTCTGACCTCAACAGAACTAAGTTTAGTTGGCCCCAGGGGACAAGTTCATGCCCTG
GCTGTTGGTAATGGAATGCTTTGGGCTGGAACGCATGTAAGGGT

>TRINITY_DN93478_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TCCCGGGAATGCAAGGTGGGACTTTCATTTTGGCGTAAGAAGAAAGTTACGATGCGGGACAGAGCAGAGTTCAGTTGTTCGAATTTATATTCGCGTGAAACAAAGAATCCGAGGAGTTAGCCGGTCGACAACCTGAGGAATTTATTATCAGATTTTTTTTAATACTCCGAGAAGgttcggtctcagcatttcctttaatg
cctttgtttttattgacatctctgtttatttcagtagcagacacgggccaaatccaaataccctaacaacgcttaattcttagtccactaatttggcggtaatttgttttctctttccgtgctcgatggtttaatgtcgatgaacgaagctgctgtgtttctggactgctctcggacgattttcagagggtggtttttga
gatttccagcgttaaaatactggttttcaatgggaaatctgcccatgatttccaaccttaaattgaaactgtacatggttacatcgagtttattttttcaaaaatagaaatttcttatcattctctaggtgaagattaccatatcaggtcccttctttgttggacacagcaacactagaaatgtttgttagatgggaagc
cgataaaaaagtcggctctttgatatttagtttacatttaaaggcagcggagcagttttttttcatgaagggtttgatatttgaaggcagacaaacagttagttcgaaaggatcgggtgacagtaacagtttgtgtggtggacagGCTCGGGCTCGATTTCTTGTCAACCCAGACAGCTTCCGGGAATTGAAAATTTGAA
GAATTTGAACAAGCAGTTGCAGTCAATTTACAGGTTTTTGGCGTTAGGGTTTCCTGGCATTAGGGTTTCCTGCTATCCGGTAAAACCATGGACGTGGAAATCTCAGGGAAATCTACAGGAAACAAAAGAACATACACCCGTCTACCAAGATCTTCCCAAGTGTGCACGTTTTGGCAGGAGGGCAGATGCAATAGAGAATC
ATGCAATTTTCAGCATGTTGGAGAACCCGGGTCAGTCAAAAGGATTGGAGCATCTAATGGGTTTGCTCCAAAGAGATCATATAACGGATCGGATGAGAGGGAAATGCAGGCAGCAGGACCTCCCGGAGGATCGAGAAGGAATACTTGGGGGAGAGGACGAGGTGGTAGAATCATATCCGACGAGAGACAGAAGATTGCCG
ATAAAGTATGCAATTTTTGGCTTGGAGGCAATTGCAGGCATGGAGAGGAATGCAATTTTTTGCACTCCTTTGTTCTGGGTTCCGACGTCAAGTTCGTGACTCAGCTGCGTGGCCACGTTAAGGCTATTCGAGGGATTGCTTATCCTTCTGATTCAGGTAAGCTCTATTCTGGAGGCCAAGACAAGAAGGTTATAGTGTGG
GACTGCCAAACAGGGGAGGGTAGAGATATCCCATTAGATGATGAAGTTGGATGCGTCATGAGTGAAGGTCCATGGATTTTTGTTGGCCTCCCTAATGCCGTCAAGGTGATCTTAACAGACTTAGGTTTGGAATTGATTCAATCTGATTTATCAGGGAACATGATTATTTTTCTTGCAGTATTCAAGCTAACGTAGTGGAA
AATTATATTCGCAGGCTTGGAATATTCTGACCTCAACAGAACTAAGTTTAGTTGGCCCCAGGGGACAAGTTCATGCCCTGGCTGTTGGTAATGGAATGCTTTGGGCTGGAACGCATGTAAGGGT

Intron 6 GTTTAGGTCC ... TCCAGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.15	7	3	10
A2	33.33	9	7	2
A3	61.9	4	10	3
A4	50	3	4	2
A5	33.33	2	1	1
A6	21.13	28	2	13
A7	29.82	20	12	5
A8	29.11	28	14	9
A9	27.27	16	9	3
A10	31.25	11	9	1

>TRINITY_DN45147_c1_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGATTTCACAGGGATTAGATATGTATAGTTGATTTAATGATACAAGGAAGGCATGGTTTTCATAGGTTTGTTTCATGTTGTGTTTGTCTCTGGCCGTCAGCCATGGAAACCATCTCAAAGAAACCTCTCTAGCTGTCAGCCATGGAAATCATCTCAGAGAAGCCTCGAAGAGGAGTTAAAAGAAGCTCAACCTTCTACA
CCTCCTCCTACACCCACAACTGCAAAAGGGTTGGAGCTCCAAAGAGATGAAGAATACATGGACATAAGGAATAATAACATATGGGGAGAGGGTAGATTCAGAACAAGATTCAATGTCATTAGGATAAAGCATGCACTTAATGGCTTGCAGGAAATTGAAAGCACGCAGGAGACGACTCCAAATATTTGCACTCCCATGTT
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>TRINITY_DN45147_c1_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGATTTCACAGGGATTAGATATGTATAGTTGATTTAATGATACAAGGAAGGCATGGTTTTCATAGGTTTGTTTCATGTTGTGTTTGTCTCTGGCCGTCAGCCATGGAAACCATCTCAAAGAAACCTCTCTAGCTGTCAGCCATGGAAATCATCTCAGAGAAGCCTCGAAGAGGAGTTAAAAGAAGCTCAACCTTCTACA
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