sp|Q9SY02|PP301_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750

Intron 1 GTATGCAAGC ... ACTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.71	1	9	3
A2	60	2	5	1
A3	46.67	4	3	4
A4	100	0	2	0
A5	60	1	3	0
A6	59.26	11	20	12
A7	76	6	23	15
A8	70.59	10	26	22
A9	67.44	7	17	12
A10	69.7	5	19	4

>TRINITY_DN44756_c4_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

AGCACTATGCCTGTTTGGTTGACCTTCTTGGACGTGCTGGGCACCTAGATGACGCTCATAAATTTATCAAAGATAAAGTGCCATTTGAACCCAATGCTTCAATTTGGGGGGCTTTGCTTGGCGCCTGCAGAATTCATGGCAATGTGAAGCTAGGAGAATTAGCAGCTGCACACCTGTTTGAGCTAGATCCCCAAAATTCT
GGCAATTATGTGATGTTAGCAAACATCTATGCAGCAGCTGGCAGGCGGGGAGATGCAGTAAAGGTGAGAAGAATGATGAGGGACAGAAGAATAAAGAAAGAACCTGGCTACAGTTGGATTCAAATCAAGAAGAGGGTATATACTTTTGTTGTGGGAGATAGATCACATCCTCAATCTGAGGAGATTTATGCAATGATAGA
TAACTTGACTTGTCAGATGAAGGAAATAGGGTATGTGCCAGACACAAACTTTGTGTTGCATAACATAGAGGAAGAGCAGAAGGAATATATTCTTTGTCATCACAGTGAAAAGCTGGCCATTGCCTTTGGGCTTATTAGCACACCCCAAGGGACACCTGTACGAATTGTAAAAAATCTTCGTGTCTGTGGTGACTGCCACA
CTGCCACCAAATTCATCTCCAAGATTGTTCAGAGGGAAATTGTAGTTAGGGACTCCAACCGATTTCATCATTTCAAGGATGGACTCTGTACCTGTGGAGATTATTGGTGATTCCCAGAAAATATTTAGAGCTGGTCATACCTAGAAAAATAAATCTTCAAAATCAGGTACAAAGAAGACATGGCATCCTTATAGTTATGG
GATGTTATGCAGTCTTGGATTCAATCAAATTTCAACATAATTTGGCCATCATACTTAGCTTTCCACTACTAATGTGGATTAGGTTAAGCAACTGGTGCATGGTGTTAGACCTATGAGAAATGCTTGCAGCGGTGTATTATCCATCATTGTTATGGTTATGTCAAATCAACAACAAATGGATTTTACCTAGGGCTTCTTTT
GACAAGTTGAGCATTGTTTTTAACCAACTTGGATGGTAAATACTAAAAATTCATTTCAATGGCAAATTTTGTAAGTAGGCCTAATGTACATATGCATTGAGGCAGAAGGCATAATGTAACCATTGGTGATGCAGGAGCATCAATGCTGAGTCAGCAATGTGATTGCGTGTTCACATGTTGTGGCTAGCAAGAGGACGAGC
TGTCCTGAAGTGGGAGAAAGCCTGTTTATTAAGTATTTTGAATAATTGCAAATATGTAACCAAATAGTATGTGTCAGTTTTTGAGAAGGTAGAGCATAGTGGCGAGTTGATACTCCCTACGTGGAGATCAAGCCAGTTAGCTAATTGGTTGTAGGATGATAGTGACTCCTCCAGTGATGGGGAGAGTGAGGTTGTTAGTT
TGTGTGGTTGTTCGGCCATTTTGTTTTTGGGGAGCCAAATGGATAAAAAGGGTAGAGCGGAATGAGAAGGAGGTTGGTCGTTTTGGTTGGGATGTAAATTTCTAGCTATCTGTTAGTACAATTAGAAGTTCTGTGTATTCGATTGGGTTACTGTACATCTTGAATGAAGAATGATCTGAGATTCTGTCAGATAGAGTTGT
GTGTAATTGTTGGCCTGATTTTTGTGTGAATGAGTCTCT

>TRINITY_DN44756_c4_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

AGCACTATGCCTGTTTGGTTGACCTTCTTGGACGTGCTGGGCACCTAGATGACGCTCATAAATTTATCAAAGATAAAGTGCCATTTGAACCCAATGCTTCAATTTGGGGGGCTTTGCTTGGCGCCTGCAGAATTCATGGCAATGTGAAGCTAGGAGAATTAGCAGCTGCACACCTGTTTGAGCTAGATCCCCAAAATTCT
GGCAATTATGTGATGTTAGCAAACATCTATGCAGCAGCTGGCAGGCGGGGAGATGCAGTAAAGGTGAGAAGAATGATGAGGGACAGAAGAATAAAGAAAGAACCTGGCTACAGTTGGATTCAAATCAAGAAGAGGGTATATACTTTTGTTGTGGGAGATAGATCACATCCTCAATCTGAGGAGATTTATGCAATGATAGA
TAACTTGACTTGTCAGATGAAGGAAATAGGGTATGTGCCAGACACAAACTTTGTGTTGCATAACATAGAGGAAGAGCAGAAGGAATATATTCTTTGTCATCACAGTGAAAAGCTGGCCATTGCCTTTGGGCTTATTAGCACACCCCAAGGGACACCTGTACGAATTGTAAAAAATCTTCGTGTCTGTGGTGACTGCCACA
CTGCCACCAAATTCATCTCCAAGATTGTTCAGAGGGAAATTGTAGTTAGGGACTCCAACCGATTTCATCATTTCAAGGATGGACTCTGTACCTGTGGAGATTATTGGTGATTCCCAGAAAATATTTAGAGCTGGTCATACCTAGgtatgcaagctatatggttattaatatatttggccttatggatattctttgtgaca
tttggaacaagattaaagtaccttaattaaggattgactggcactgtttcagAAAAATAAATCTTCAAAATCAGGTACAAAGAAGACATGGCATCCTTATAGTTATGGGATGTTATGCAGTCTTGGATTCAATCAAATTTCAACATAATTTGGCCATCATACTTAGCTTTCCACTACTAATGTGGATTAGGTTAAGCAAC
TGGTGCATGGTGTTAGACCTATGAGAAATGCTTGCAGCGGTGTATTATCCATCATTGTTATGGTTATGTCAAATCAACAACAAATGGATTTTACCTAGGGCTTCTTTTGACAAGTTGAGCATTGTTTTTAACCAACTTGGATGGTAAATACTAAAAATTCATTTCAATGGCAAATTTTGTAAGTAGGCCTAATGTACATA
TGCATTGAGGCAGAAGGCATAATGTAACCATTGGTGATGCAGGAGCATCAATGCTGAGTCAGCAATGTGATTGCGTGTTCACATGTTGTGGCTAGCAAGAGGACGAGCTGTCCTGAAGTGGGAGAAAGCCTGTTTATTAAGTATTTTGAATAATTGCAAATATGTAACCAAATAGTATGTGTCAGTTTTTGAGAAGGTAG
AGCATAGTGGCGAGTTGATACTCCCTACGTGGAGATCAAGCCAGTTAGCTAATTGGTTGTAGGATGATAGTGACTCCTCCAGTGATGGGGAGAGTGAGGTTGTTAGTTTGTGTGGTTGTTCGGCCATTTTGTTTTTGGGGAGCCAAATGGATAAAAAGGGTAGAGCGGAATGAGAAGGAGGTTGGTCGTTTTGGTTGGGA
TGTAAATTTCTAGCTATCTGTTAGTACAATTAGAAGTTCTGTGTATTCGATTGGGTTACTGTACATCTTGAATGAAGAATGATCTGAGATTCTGTCAGATAGAGTTGTGTGTAATTGTTGGCCTGATTTTTGTGTGAATGAGTCTCT

Intron 2 GTAAATACTA ... GGTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.82	1	2	7
A2	50	2	2	2
A3	57.89	4	2	9
A4	60	1	0	3
A5	-1	0	0	0
A6	62.03	15	21	28
A7	71.43	10	27	23
A8	64.29	20	45	27
A9	71.43	9	22	23
A10	67.74	5	7	14

>TRINITY_DN43363_c8_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GTAAATATATCAAAGATAAAGTGCCATTTGAACCCAATGCTTCAATTTGGGGGGCTTTGCTTGGCGCCTGCAGAATTCATGGCAATGTGAAGCTAGGAGAATTAGCAGCTGCACACCTGTTTGAGCTAGATCCCCAAAATTCTGGCAATTATGTGATGTTAGCAAACATCTATGCAGCAGCTGGCAGGCGGGGAGATGCA
GTAAAGGTGAGAAGAATGATGAGGGACAGAAGAATAAAGAAAGAACCTGGCTACAGTTGGATTCAAATCAAGAAGAGGGTATATACTTTTGTTGTGGGAGATAGATCACATCCTCAATCTGAGGAGATTTATGCAATGATAGATAACTTGACTTGTCAGATGAAGGAAATAGGGTATGTGCCAGACACAAACTTTGTGTT
GCATAACATAGAGGAAGAGCAGAAGGAATATATTCTTTGTCATCACAGTGAAAAGCTGGCCATTGCCTTTGGGCTTATTAGCACACCCCAAGGGACACCTGTACGAATTGTAAAAAATCTTCGTGTCTGTGGTGACTGCCACACTGCCACCAAATTCATCTCCAAGATTGTTCAGAGGGAAATTGTAGTTAGGGACTCCA
ACCGATTTCATCATTTCAAGGATGGACTCTGTACCTGTGGAGATTATTGGTGATTCCCAGAAAATATTTAGAGCTGGTCATACCTAGGTATGCAAGCTATATGGTTATTAATATATTTGGCCTTATGGATATTCTTTGTGACATTTGGAACAAGATTAAAGTACCTTAATTAAGGATTGACTGGCACTGTTTCAGAAAAA
TAAATCTTCAAAATCAGGTACAAAGAAGACATGGCATCCTTATAGTTATGGGATGTTATGCAGTCTTGGATTCAATCAAATTTCAACATAATTTGGCCATCATACTTAGCTTTCCACTACTAATGTGGATTAGGTTAAGCAACTGGTGCATGGTGTTAGACCTATGAGAAATGCTTGCAGCGGTGTATTATCCATCATTG
TTATGGTTATGTCAAATCAACAACAAAGGGATTTTACCTAGGGCTTCTTTTGACAAGTTGAGCATTGTTTTTAACCAACTTGGATGGAGCATCAATGCTGAGTCAGCAATGTGATTGCGTGTTCACATGTTGTGGCTAGCAAGAGGACGAGCTGTCCTGAAGTGGGAGAAAGCCTGTTTATTAAGTATTTTGAATAATTG
CAAATATGTAACCAAATAGTATGTGTCAGTTTTTGAGAAGGTAGAGCATAGTGGCGAGTTGATACTCCCTACGTGGAGATCAAGCCAGTTAGCTAATTGGTTGTAGGATGATAGTGACTCCTCCAGTGATGGGGAGAGTGAGGTTGTTAGTTTGTGTGGTTGTTCGGCCATTTTGTTTTTGGGGAGCCAAATGGATAAAA
AGGGTAGAGCGGAATGAGAAGGAGGTTGGTCGTTTTGGTTGGGATGTAAATTTCTAGCTATCTGTTAGTACAATTAGAAGTTCTGTGTATTCGATTGGGTTACTGTACATCTTGAATGAAGAATGATCTGAGATTCTGTCAGATAGAGTTGTGTGTAATTGTTGGCCTGATTTTTGTGTGAATGAGTC

>TRINITY_DN43363_c8_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTAAATATATCAAAGATAAAGTGCCATTTGAACCCAATGCTTCAATTTGGGGGGCTTTGCTTGGCGCCTGCAGAATTCATGGCAATGTGAAGCTAGGAGAATTAGCAGCTGCACACCTGTTTGAGCTAGATCCCCAAAATTCTGGCAATTATGTGATGTTAGCAAACATCTATGCAGCAGCTGGCAGGCGGGGAGATGCA
GTAAAGGTGAGAAGAATGATGAGGGACAGAAGAATAAAGAAAGAACCTGGCTACAGTTGGATTCAAATCAAGAAGAGGGTATATACTTTTGTTGTGGGAGATAGATCACATCCTCAATCTGAGGAGATTTATGCAATGATAGATAACTTGACTTGTCAGATGAAGGAAATAGGGTATGTGCCAGACACAAACTTTGTGTT
GCATAACATAGAGGAAGAGCAGAAGGAATATATTCTTTGTCATCACAGTGAAAAGCTGGCCATTGCCTTTGGGCTTATTAGCACACCCCAAGGGACACCTGTACGAATTGTAAAAAATCTTCGTGTCTGTGGTGACTGCCACACTGCCACCAAATTCATCTCCAAGATTGTTCAGAGGGAAATTGTAGTTAGGGACTCCA
ACCGATTTCATCATTTCAAGGATGGACTCTGTACCTGTGGAGATTATTGGTGATTCCCAGAAAATATTTAGAGCTGGTCATACCTAGGTATGCAAGCTATATGGTTATTAATATATTTGGCCTTATGGATATTCTTTGTGACATTTGGAACAAGATTAAAGTACCTTAATTAAGGATTGACTGGCACTGTTTCAGAAAAA
TAAATCTTCAAAATCAGGTACAAAGAAGACATGGCATCCTTATAGTTATGGGATGTTATGCAGTCTTGGATTCAATCAAATTTCAACATAATTTGGCCATCATACTTAGCTTTCCACTACTAATGTGGATTAGGTTAAGCAACTGGTGCATGGTGTTAGACCTATGAGAAATGCTTGCAGCGGTGTATTATCCATCATTG
TTATGGTTATGTCAAATCAACAACAAAGGGATTTTACCTAGGGCTTCTTTTGACAAGTTGAGCATTGTTTTTAACCAACTTGGATGgtaaatactaaaaattcatttcaatggcaaattttgtaagtaggcctaatgtacatatgcattgaggcagaaggcataatgtaaccattggtgatgcagGAGCATCAATGCTGA
GTCAGCAATGTGATTGCGTGTTCACATGTTGTGGCTAGCAAGAGGACGAGCTGTCCTGAAGTGGGAGAAAGCCTGTTTATTAAGTATTTTGAATAATTGCAAATATGTAACCAAATAGTATGTGTCAGTTTTTGAGAAGGTAGAGCATAGTGGCGAGTTGATACTCCCTACGTGGAGATCAAGCCAGTTAGCTAATTGGT
TGTAGGATGATAGTGACTCCTCCAGTGATGGGGAGAGTGAGGTTGTTAGTTTGTGTGGTTGTTCGGCCATTTTGTTTTTGGGGAGCCAAATGGATAAAAAGGGTAGAGCGGAATGAGAAGGAGGTTGGTCGTTTTGGTTGGGATGTAAATTTCTAGCTATCTGTTAGTACAATTAGAAGTTCTGTGTATTCGATTGGGTT
ACTGTACATCTTGAATGAAGAATGATCTGAGATTCTGTCAGATAGAGTTGTGTGTAATTGTTGGCCTGATTTTTGTGTGAATGAGTC