sp|Q0WQX7|RBL1_ARATH ----> RHOMBOID-like protein 1

Intron 1 GTAGGCAGAA ... GTCTCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.39	31	7	13
A2	30.77	9	1	7
A3	22.64	41	13	11
A4	21.05	30	4	12
A5	17.95	16	1	6
A6	16.85	74	5	25
A7	20.75	147	21	56
A8	17.31	86	7	29
A9	17.91	82.5	7	29
A10	20.52	91	13	34

>TRINITY_DN116927_c4_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCGGAGGGAAAGGAAGGAGGGCAGAGGAATAAGCGCATTTTGGCCTGACCAAGCAAAGATTGGCGTGTCCATTGCAATATCAAACGACCAACTTTTTTATTTTTTTAAAAGAAGGCGAAAGGCCGGAACGTCTGAAAATTGAAACAGAAATTCATAGAATTAGTCCCATATTGAACTTGGTCGAGGAGATATGGGGAAG
CATGTGCAAGAGGACCACGTGGATATTGATATAGAAGGGTCGATGACCAGGAGGCGAGGGGACAAAACCATCAACCCAACAACTCGGGAGGAAGAGGAGCCATCCTCTACTCCCATTGCCATCCCATACATGGAATTGCAGCCTTCCAAGAAACGGAGGTCATGGATGGTTCCTCTCTTTGTGGCAGCCAACACCGTTAT
ACTACTTGTGACAATGGTGGTCAATGACTGCCCAAAGAATTCAGGGACACCTAGCAAGTGCATCCCCAGATTTCTAGGCAGGCTTTCCTTCCAGCCTCTCAAGGAGAATCCCTTGTTTGGGCCCTCAGCCACCACCTTAGAAAAAATGGGTGGTCTTGAGTGGAGTAAGGTTGTGCAGCAACATCAGGGATGGCGGCTTA
TCACATGTATTTGGCTACATGCAGGAGTGGTCCATCTACTTGCCAATATGCTAGGACTTGTTTTCATTGGAGTTCGCCTTGAACAAGAATTTGGTTTCTTAAGGATTGGCATACTATACCTACTTTCTGGTTTTGGAGGCAGCTTGTTATCAGCTCTTTTTATTGAGAATAGCATATCCGTTGGGGCATCTGGTGCTCTT
TTTGGGTTGCTAGGAGCTATGCTTTCAGAGCTTCTTACAAACTGGACAATTTATGCCAATAAGTGTGCAGCATTGGCGACGCTTATTTTCATCATTGTTGTAAACTTGGCTGTTGGAGTACTACCGCATGTAGACAATTTTGCACATATTGGAGGATTTATGTCTGGATTCCTACTTGGGTTTGTGTTTCTAATACGCCC
TCAATTTGGATGGGTCAATCGTAAGAAATTTCCTCCAGGATATGAGTTGGATGCATCTGTCAAATCTAAGCACAATGCATATCAATATGCATTGTGGCTTATCGCATTAATTCTGCTAATTGTTGGATATACTGTTGGATTGATTGTGCTCCTCCGTGGTGTAAATGCAAATGATCACTGTAGTTGGTGCCATTATTTAA
GTTGTGTACCAACTGGCAAGTGGAGTTGCAAAGACAAAGCAATTTCTTGTTTGTCATCACAAAGTGACAGCGAATTGACATTGACGTGCCAAACTAATGGCAAGACTAAGATCTATCCATTTGGTAATGTATCTGATGACAGAATACGAGAGCTTTGTTCCCAAGTCTGCAGTTAACATAGTATAGTTTCCTTCTGTTGT
TAATGGGTAGAAGCTTCTTTGCAGAAGTAAAAAATCATTATATAGAGGTGAGAATAAATTAGTTATGGAGCTGACAACAGGATGGTTGTAAGGCCATCTATGTTCCTTATTTTTATATCACCAGATCATCTCCGTGAAAGGTTTTAACCTCCAAGTTTCCCTTGTATATCATTTTTGAGAACTGATAGCTAGCTGCATCT
TACTTTTTTTTTGTCTGGGATTTTTGCCACCAAAATTGCATCTAGTCTTCTGATGTGACCCCTTTTCAACTTTTATCTTTACTTTGGGAAAACCTTGTATGGGGAAGAATTTGGTAGCCAAAGATAATGTTCAGCTAGTCATATACATATGAAAGAAAAAGGTTACAGTATGCTACCAAAATTGCATCTAATCTTCTGAT
GTGACCCCTTTCACACTTTTATCTTTACTTTGGGAAAACCTTGTATGGGGAAGAATTTGGTAGCCAAAGATGATGTTCAGCTAGTCATACATATGAAAGAAAAAGGTTAGTGATTAATACTGGTGACTTTGGGGAGAGCCTTACTAAGCTGGATAATTGTTCATGGGATCATCTATTCAGAGTGAGATGCATTAAGCACT
CCATGTATGGTTGTCGTTACTCCTTGTTGCTTGCAGTTACCGATCAATAGTCCTAAGAAGGCAGAGAGCTTATTTGATAAGCCCAGGGGGAAGTATAAGCAGGAAAGAAAGAAGCAGTCCGAGAGCCAGTGTCCTTGCCCTCCCTCTGGTCAAGCGAGCGATTTATCCTTGCACATTAAAAATCCAATTGATCCCACAGA
GTTAGATCCATATTTGGTAGACCCGATTCGAGTGCCAATAGCAGTGGATCTAGATCCAGAGCTATCATTTTTGGAGCCAGCATCTTAGCCAATTAATTTCGAGAGTCATCAGTTGCAGTTGGTCTAGTTATAAAGCCAAAAGCCTAGGCGGCGGAGTAAGTAGTTGATCTGCCGTAATAAGTTGTTGATCCATTGCAAAT
TGATACCCAGCGTCATGCTTTTTAGTTCAATAGTAATCACTTTGCCCAAATATATATGCAGCTACCATTTTACCCATTGATCCACCAATAGCATAAGACCAACCTATTTTGGCCAGTGATTTAATAGTAGTGACTTTGGAGAGAGCCTTACCAAGCTGCACAATTGCTGCATGGGTTCATTACAATAGTATTGCCCACTT
GATATGAGCAACAATATCTTAAGATGTGCATATGGGATCCTCTATTGATGGCGAGATGCATTAAGCACTCCCTGTATTGCTGTCGTTACTCCTTGTTCCTTGGAGTCCCATTGACCTATTTTGGTCATATGTAAACATTAATATATTTTATTTTCATTTCAAAACAATTGTGTTAGTCCT

>TRINITY_DN116927_c4_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GACATGTTATGCTAGCTAATTATATAGAGTAGTTATGCTTGTTTTATTGGTTGTTTTGCATTTAAGAAATGAATGTTTGCATATTGCTAATTGCTGTCTATTTTCATGTTATAACAGTAAGGATTGGCATACTATACCTACTTTCTGGTTTTGGAGGCAGCTTGTTATCAGCTCTTTTTATTGAGAATAGCATATCCGTT
GGGGCATCTGGTGCTCTTTTTGGGTTGCTAGGAGCTATGCTTTCAGAGCTTCTTACAAACTGGACAATTTATGCCAATAAGgtaggcagaaggttttatcttttgtggtttttgccgtagaagaatgttttattaacctttcactcttaacataaaatctgaccttggaaaaactgtgcctaaccatatggcatttgtct
ctgtagTGTGCAGCATTGGCGACGCTTATTTTCATCATTGTTGTAAACTTGGCTGTTGGAGTACTACCGCATGTAGACAATTTTGCACATATTGGAGGATTTATGTCTGGATTCCTACTTGGGTTTGTGTTTCTAATACGCCCTCAATTTGGATGGGTCAATCGTAAGAAATTTCCTCCAGGATATGAGTTGGATGCATC
TGTCAAATCTAAGCACAATGCATATCAATATGCATTGTGGCTTATCGCATTAATTCTGCTAATTGTTGG

Intron 2 GTAAGGAGAT ... TTTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.55	42	0	2
A2	10	27	0	3
A3	21.74	18	0	5
A4	29.41	12	1	5
A5	13.79	25	0	4
A6	17.78	148	0	32
A7	12.22	158	0	22
A8	22.6	113	0	33
A9	21.29	122	0	33
A10	18.75	130	0	30

>TRINITY_DN39733_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GGCAAATTTAAAAGCCAAGCTTGCATGCTGACTTTAAGCTTTCAAAGTTCACACGGAAGTGAACATGTCGGTCTGAAGGTCAATAAAAACTTTTTGAAGTGATCTCTGGTAATGGGACTGCGAGTGAAAATTTGTAAAGGTCGATGCAGAACCACCATGGCTGTGATGCCTGTTCTTCAATAATGTGGTCATAAAGACTT
GTGATTATTATTCTTTGGATTGGATGTCATTCAAAGCCTAAATCTCTCACACGGAAGCATTGTTTGTTGATAATTTAAAGGGCGATTCCTTGCTTGCGGAGGGAAAGGAAGGAGGGCAGAGGAATAAGCGCATTTTGGCCTGACCAAGCAAAGATTGGCGTGTCCATTGCAATATCAAACGACCAACTTTTTTATTTTTT
TAAAAGAAGGCGAAAGGCCGGAACGTCTGAAAATTGAAACAGAAATTCATAGAATTAGTCCCATATTGAACTTGGTCGAGGAGATATGGGGAAGCATGTGCAAGAGGACCACGTGGATATTGATATAGAAGGGTCGATGACCAGGAGGCGAGGGGACAAAACCATCAACCCAACAACTCGGGAGGAAGAGGAGCCATCCT
CTACTCCCATTGCCATCCCATACATGGAATTGCAGCCTTCCAAGAAACGGAGGTCATGGATGGTTCCTCTCTTTGTGGCAGCCAACACCGTTATACTACTTGTGACAATGGTGGTCAATGACTGCCCAAAGAATTCAGGGACACCTAGCAAGTGCATCCCCAGATTTCTAGGCAGGCTTTCCTTCCAGCCTCTCAAGGAG
AATCCCTTGTTTGGGCCCTCAGCCACCACCTTAGAAAAAATGGGTGGTCTTGAGTGGAGTAAGGTTGTGCAGCAACATCAGGGATGGCGGCTTATCACATGTATTTGGCTACATGCAGGAGTGGTCCATCTACTTGCCAATATGCTAGGACTTGTTTTCATTGGAGTTCGCCTTGAACAAGAATTTGGTTTCTTAAGGAT
TGGCATACTATACCTACTTTCTGGTTTTGGAGGCAGCTTGTTATCAGCTCTTTTTATTGAGAATAGCATATCCGTTGGGGCATCTGGTGCTCTTTTTGGGTTGCTAGGAGCTATGCTTTCAGAGCTTCTTACAAACTGGACAATTTATGCCAATAAGTGTGCAGCATTGGCGACGCTTATTTTCATCATTGTTGTAAACT
TGGCTGTTGGAGTACTACCGCATGTAGACAATTTTGCACATATTGGAGGATTTATGTCTGGATTCCTACTTGGGTTTGTGTTTCTAATACGCCCTCAATTTGGATGGGTCAATCGTAAGAAATTTCCTCCAGGATATGAGTTGGATGCATCTGTCAAATCTAAGCACAATGCATATCAATATGCATTGTGGCTTATCGCA
TTAATTCTGCTAATTGTTGGATATACTGTTGGATTGATTGTGCTCCTCCGTGGTGTAAATGCAAATGATCACTGTAGTTGGTGCCATTATTTAAGTTGTGTACCAACTGGCAAGTGGAGTTGCAAAGACAAAGCAATTTCTTGTTTGTCATCACAAAGTGACAGCGAATTGACATTGACGTGCCAAACTAATGGCAAGAC
TAAGATCTATCCATTTGGTAATGTATCTGATGACAGAATACGAGAGCTTTGTTCCCAAGTCTGCAGTTAACATAGTATAGTTTCCTTCTGTTGTTAATGGGTAGAAGCTTCTTTGCAGAAGTAAAAAATCATTATATAGAGGTGAGAATAAATTAGTTATGGAGCTGACAACAGGATGGTTGTAAGGCCATCTATGTTCC
TTATTTTTATATCACCAGATCATCTCCGTGAAAGGTTTTAACCTCCAAGTTTCCCTTGTATATCATTTTTGAGAACTGATAGCTAGCTGCATCTTACTTTTTTTTTGTCTGGGATTTTTGCCACCAAAATTGCATCTAGTCTTCTGATGTGACCCCTTTTCAACTTTTATCTTTACTTTGGGAAAACCTTGTATGGGGAA
GAATTTGGTAGCCAAAGATAATGTTCAGCTAGTCATATACATATGAAAGAAAAAGGTTACAGTATGCTACCAAAATTGCATCTAATCTTCTGATGTGACCCCTTTCACACTTTTATCTTTACTTTGGGAAAACCTTGTATGGGGAAGAATTTGGTAGCCAAAGATGATGTTCAGCTAGTCATACATATGAGAGAAAAAGG
TTACAGTGATTTAATAGTAGTGACTTTGGAGAGAGCCTTACCAAGCTGCACAATTGCTGCATGGGTTCATTACAATAGTATTGCCCACTTGATATGAGCAACAATATCTTAAGATGTGCATATGGGATCCTCTATTGATGGCGAGATGCATTAAGCACTCCCTGTATTGCTGTCGTTACTCCTTGTTCCTTGGAGTCCCA
TTGACCTATTTTGGTCATATGTAAACATTAATATATTTTATTTTCATTTCAAAACAATTGTGTTAGTCCTATCTAATTCAAGTGAAAAAAACATGTCAAATTTTGAGCATTCACTTTTGATGATGATGCAAGAACCAATAAATCGATTCACATTAACG

>TRINITY_DN39733_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAGACAAAGCAATTTCTTGTTTGgtaaggagatgccaaaacttctaaaatgttctgttcttaaatttattttaaccttctgtcagtttattacaatattacagttgatattcttacatagtcataactgtactttgttgcagTCATCACAAAGTGACAGCGAATTGACATTGACGTGCCAAACTAATGGCAAGACTAAGA
TCTATCCATTTGGTAATGTATCTGATGACAGAATACGAGAGCTTTGTTCCCAAGTCTGCAGTTAACATAGTATAGTTTCCTTCTGTTGTTAATGGGTAGAAGCTTCTTTGCAGAAGTAAAAAATCATTATATAGAGGTGAGAATAAATTAGTTATGGAGCTGACAACAGGATGGTTGTAAGGCCATCTATGTTCCTTATT
TTTATATCACCAGATCATCTCCGTGAAAGGTTTTAACCTCCAAGTTTCCCTTGTATATCATTTTTGAGAACTGATAGCTAGCTGCATCTTACTTTTTTTTTGTCTGGGATTTTTGCCACCAAAATTGCATCTAGTCTTCTGATGTGACCCCTTTTCAACTTTTATCTTTACTTTGGGAAAACCTTGTATGGGGAAGAATT
TGGTAGCCAAAGATAATGTTCAGCTAGTCATATACATATGAAAGAAAAAGGTTACAGTATGCTACCAAAATTGCATCTAATCTTCTGATGTGACCCCTTTCACACTTTTATCTTTACTTTGGGAAAACCTTGTATGGGGAAGAATTTGGTAGCCAAAGATGATGTTCAGCTAGTCATACATATGAGAGAAAAAGGTTACA
GTGATTTAATAGTAGTGACTTTGGAGAGAGCCTTACCAAGCTGCACAATTGCTGCATGGGTTCATTACAATAGTATTGCCCACTTGATATGAGCAACAATATCTTAAGATGTGCATATGGGATCCTCTATTGATGGCGAGATGCATTAAGCACTCCCTGTATTGCTGTCGTTACTCCTTGTTCCTTGGAGTCCCATTGAC
CTATTTTGGTCATATGTAAACATTAA