sp|P24805|TSJT1_TOBAC ----> Stem-specific protein TSJT1

Intron 1 GTAATTTGTT ... GTCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.96	250.8	37.5	147
A2	37.59	274	42.8	165
A3	31.71	308	69.3	143
A4	35.22	174.8	31.8	95
A5	40.58	131.8	20.5	90
A6	33.76	3088	458.3	1574
A7	33.96	1715	283.8	882
A8	31.79	1757	258	819
A9	32.52	1969.3	322	949
A10	32.77	1233.3	212.8	601

>TRINITY_DN97874_c1_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CGGCCTCATAGAAAACATCCATTAAAAGCAAGCAGCCAAGAAGAGTGTTGATCTCTGTCTTTATCTTCTCTACAAAAATTTTCTCGTGGTTTTGTTTTTGTTTCTGCTACAAGGTTTGTCTGTTCTAAGGTTGTTTCTGCCTCCAAAAATGCTGACGGTATTGAAGAGATCCGTGGCAAAAGGCCCTGAGGAATTGACGA
GCCCCCGTGTTGGGCTTGACCAGAGGAAAAATGGGATGGATTTGGTTCAATCTTTCGTTTCCGCTAATTCCGGAAGCGTTTGCATTAACCTTGGCGATGTCGGTGCTATGGCCTACACTCACTCGCGCCAGCCTCTCCTCACACCCAGATCTTTCGGAGTTGTAGATGACATATTCTGCATATTCGAAGGCCTCCTTGAT
AATGTAGCGGTGTTGAGACAACGACATGGTCTTAACAAATCTTCAAATGAAGTAGCCATTGTCATCGAGGCCTACAGGACTCTCAGAGATCGGGGCCCCTACCCTGCAGATCAGGTCGTCAGAGATCTGTCTGGGAAGTTTTCATTCGTTCTTTACGACTCCGCTTCGCAGGCTCTCTTCACCGCAGTTGATGCTGATGG
TTCAGTGCCCTTCTTTTGGGGCACTGCAGCCGATGGTTACCTTGTCCTATCAGATGAGCCAGATGTCCTTAAAGAAGGATGCGGGAAGTCTTTTGCTCCTTTTCCCCGAGGTTGTTTTTTCTCTACATCAGGTGGCTTGCAGAGCTTTGAACATCCGTTCAATAAGCTGATGCCAATGCCTCGTGTTGATAGTGATGGGG
AAATGTGTGGTGCTAACTTCAAAGTAGATGTGTATGCGAAGAAGCAGTCTAGCATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGATGTTAGGATCAGATGTTTATAGTATCAAGTAGATGTGCATGCGAAGAAGCAGTCTAACATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGG
GCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGAGGCTAGTGACGCGAACTGGGCAAATACATTTTAATATGATCAATTTGATGTCAGGATCAGATGTTACTGGTCATATGAGGTTTTAAGTGAAAGTTGGATTCATCTTTTCGTTCATGTTTCACTCATCTTTGCTTTTATAAAATTTCTTCAACCCAAAGAGTTTAAAAGTCT
CTTTGTTTAATAGTTGAAATTTTCTTGCACCTATCTATTAATTTTTGGAAACTGTTCTCAATGTATCGCTATACTTGAAATTTTACGGGGG

>TRINITY_DN97874_c1_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AATGGATTATTTCTCCCATGGACTTTATTTTATTTGGATTGGGAGAAATAAGGGGGAGAGAGAGTTATTTAGAATCAGATGGGTAACTGACACCTTTTCCCTGAAAAGTCTGCTCATATCATCAATCATAAACCACGTTTCCAAATCCCCCATAAAAGAATAGTGCTCTAAGTATTTGAACAGATCTTGCTCTCATGAAA
AATATTAAGCATTCATTGAAATTTTGACCCAATTTCTTTTTCTATTTGCTAGGATGCTGATGGTTCAGTGCCCTTCTTTTGGGGCACTGCAGCCGATGGTTACCTTGTCCTATCAGATGAGCCAGATGTCCTTAAAGAAGGATGCGGGAAGTCTTTTGCTCCTTTTCCCCGAGgtaatttgttttctagctatctgacac
atcaagtgaaacagaataatggctatagagcttcttatgtaatattgcttgttgcatttgtctttgcagGTTGTTTTTTCTCTACATCAGGTGGCTTGCAGAGCTTTGAACATCCGTTCAATAAGCTGATGCCAATGCCTCGTGTTGATAGTGATGGGGAAATGTGTGGTGCTAACTTCAAAGTAGATGTGTATGCGAAG
AAGCAGTCTAGCATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGATGTTAGGATCAGATGTTTATAGTATCAAGTAGATGTGCATGCGAAGAAGCAGTCTAACATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGAGGCTAGTGACGC
GAACTGGGCAAATACATTTTAATATGATCAATTTGATGTCAGGATCAGATGTTACTGGTCATATGAGGTTTTAAGTGAAAGTTGGATTCATCTTTTCGTTCATGTTTCACTCATCTTTGCTTTTATAAAATTTCTTCAACCCAAAGAGTTTAAAAGTCTCTTTGTTTAATAGTTGAAATTTTCTTGCACCTATCTATTAA
TTTTTGGAAACTGTTCTCAATGTATCGCTATACTTGAAATTTTACGGGGG

Intron 2 GTGAGTATCA ... ATGCTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.31	6	2	23
A2	86.11	5	3	31
A3	93.02	3	7	40
A4	75	2	0	6
A5	80	3	2	12
A6	79.07	36	35	136
A7	75.31	40	22	122
A8	69.66	44	13	101
A9	81.45	46	40	202
A10	78.77	45	30	167

>TRINITY_DN47420_c0_g2_i14 from sample A10 / Example spliced isoform

GCGGGGGCAAGTTGGCAACCATTCTTAAAATCCGTGCAGAGCTTATCCAAAATAATCCAACGTCATTGTCAGCCATATTATCCAGTGTCTGTGTCAGCTTGACTGGACCAGATTGTCATTGTAAGTGCATACATGGCCCACACCGAGGTGGCGTGGTTATCCAATTAGCTGACCGTTGGATTAGCGGATAAATAATAACA
TGCCCGGCCATGAAACGCATGCATACAGCAATCCATTCAACTGAACGCCGGTCGTCTCCTATTGAAGAGATCCGTGGCACAAGGCCCTCAGGAATTGACGAGCCCCCATGTTGAGGCTCACCCGAGGAAAAATGGCATCGATTTGGTTCACTCTTTCGTCTCTGCCAATCCTGGAACTGTCTGCATTAACCTTGGCGATG
TCGGTGCCATGGCCTTTACTCAGTCGAGCCAGCCTCTCTTCACACCCAGATCTTTGGGAGTTGTAGATGACATATTCTGCATATTCGAAGGCCTCCTTGATAATGTAGCGGTGTTGAGACAACGACATGGTCTTAACAAATCTTCAAATGAAGTAGCCATTGTCATCGAGGCCTACAGGACTCTCAGAGATCGGGGCCCC
TACCCTGCAGATCAGGTCGTCAGAGATCTGTCTGGGAAGTTTTCATTCGTTCTTTACGACTCCGCTTCCCAGGCTCTCTTCACCGCAGTTGATGCTGATGGTTCAGTGCCCTTCTTTTGGGGCACTGCAGCCGATGGTTACCTTGTCCTATCAGATGAGCCAGATGTCCTTAAAGAAGGATGCGGGAAGTCTTTTGCTCC
TTTTCCCCGAGGTTGTTTTTTCTCTACATCAGGTGGCTTGCAGAGCTTTGAACATCCGTTCAATAAGCTGATGCCAATGCCTCGTGTTGATAGTGATGGGGAAATGTGTGGTGCTAACTTCAAAGTAGATGTGTATGCGAAGAAGCAGTCTAGCATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAAT
ATGATCAATTTGATGTTAGGATCAGATGTTTATAGTATCAAGTAGATGTGCATGCGAAGAAGCAGTCTAACATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGAGGCTAGTGACGCGAACTGGGCAAATACATTTTAATATGATCAATTTGATGTCAGGATCAGATGTTACTGG
TCATATGAGGTTTTAAGTGAAAGTTGGATTCATCTTTTCGTTCATGTTTCACTCATCTTTGCTTTTATAAAATTTCTTCAACCCAAAGAGTTTAAAAGTCTCTTTGTTTAATAGTTGAAATTTTCTTGCACCTATCTATTAATTTTTGGAAACTGTTCTCAATGTATCGCTATACTTGAAATTTTACGGGGTCTTAGTTT
TCATACACCCATATTTTAATTTTTGGAATCTGTTCACAATGTATCGCTATAAGATAGAGCCTTGTATATCTGTTTTCATTGTTGTACTTGAATAGACTAATAACTTGGTATCTATCTCAAGAGTAGGATCAGATGTTTATAGTATCAAGTAGATGTGCATGCGAAGAAGCAGTCTAACATGCCTAGAGTGGCTAGTGACG
CTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGA

>TRINITY_DN47420_c0_g2_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GCGGGGGCAAGTTGGCAACCATTCTTAAAATCCGTGCAGAGCTTATCCAAAATAATCCAACGTCATTGTCAGCCATATTATCCAGTGTCTGTGTCAGCTTGACTGGACCAGATTGTCATTGTAAGTGCATACATGGCCCACACCGAGGTGGCGTGGTTATCCAATTAGCTGACCGTTGGATTAGCGGATAAATAATAACA
TGCCCGGCCATGAAACGCATGCATACAGCAATCCATTCAACTGAACGCCGGTCGTCTCCgtgagtatcaagaaagctgttctgtgtcttatcttctctctaaacatcgtcgcgtcgcatagtttagttttgttttcgtttctccgaccagttagtttggatttaaggttgtttcaactgaaaatgctgacagTATTGAAG
AGATCCGTGGCACAAGGCCCTCAGGAATTGACGAGCCCCCATGTTGAGGCTCACCCGAGGAAAAATGGCATCGATTTGGTTCACTCTTTCGTCTCTGCCAATCCTGGAACTGTCTGCATTAACCTTGGCGATGTCGGTGCCATGGCCTTTACTCAGTCGAGCCAGCCTCTCTTCACACCCAGATCTTTGGGAGTTGTAGA
TGACATATTCTGCATATTCGAAGGCCTCCTTGATAATGTAGCGGTGTTGAGACAACGACATGGTCTTAACAAATCTTCAAATGAAGTAGCCATTGTCATCGAGGCCTACAGGACTCTCAGAGATCGGGGCCCCTACCCTGCAGATCAGGTCGTCAGAGATCTGTCTGGGAAGTTTTCATTCGTTCTTTACGACTCCGCTT
CCCAGGCTCTCTTCACCGCAGTTGATGCTGATGGTTCAGTGCCCTTCTTTTGGGGCACTGCAGCCGATGGTTACCTTGTCCTATCAGATGAGCCAGATGTCCTTAAAGAAGGATGCGGGAAGTCTTTTGCTCCTTTTCCCCGAGGTTGTTTTTTCTCTACATCAGGTGGCTTGCAGAGCTTTGAACATCCGTTCAATAAG
CTGATGCCAATGCCTCGTGTTGATAGTGATGGGGAAATGTGTGGTGCTAACTTCAAAGTAGATGTGTATGCGAAGAAGCAGTCTAGCATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGATGTTAGGATCAGATGTTTATAGTATCAAGTAGATGTGCATGCGAAGAAGCAGTC
TAACATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGAGGCTAGTGACGCGAACTGGGCAAATACATTTTAATATGATCAATTTGATGTCAGGATCAGATGTTACTGGTCATATGAGGTTTTAAGTGAAAGTTGGATTCATCTTTTCGTTCATGTTTCACTCATCTTTGCTTTTA
TAAAATTTCTTCAACCCAAAGAGTTTAAAAGTCTCTTTGTTTAATAGTTGAAATTTTCTTGCACCTATCTATTAATTTTTGGAAACTGTTCTCAATGTATCGCTATACTTGAAATTTTACGGGGTCTTAGTTTTCATACACCCATATTTTAATTTTTGGAATCTGTTCACAATGTATCGCTATAAGATAGAGCCTTGTAT
ATCTGTTTTCATTGTTGTACTTGAATAGACTAATAACTTGGTATCTATCTCAAGAGTAGGATCAGATGTTTATAGTATCAAGTAGATGTGCATGCGAAGAAGCAGTCTAACATGCCTAGAGTGGCTAGTGACGCTAACTGGGCAAATAAATTTTAATATGATCAATTTGA