NA ----> NA

Intron 1 GTACTTAATT ... TTTTTGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.37	181	737	1217
A2	83.19	118	463	705
A3	82.11	148	545	814
A4	83.28	155	618	926
A5	82.8	56	203	336
A6	76.61	29	87	103
A7	73.33	136	319	429
A8	72.57	141	294	452
A9	74.78	87	244	272
A10	73.1	83	180	271

>TRINITY_DN45143_c2_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GTGGAGGTAAAGGAAGGTAACTGGAGTTTCAACACATCAACAAAACTTGCCTCTAATTGAGTATAGTATCAAATATGCGACTTTTCGTATTTGCATAAGATTTTCAATGGTTGGGGAAATTAAGGCTTCTCCAGACGATCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTTGGTAAAGGTGAAGATTGTGGTGGTAAAGAAAT
GTGGTGGTTCATTGATAAAAAAAGTATTGAAATTTCTATGTGAGAGATTGTAGTATACTTTGCAGAAGCAGAGGCATTGGGTGTTCTTGGTTGTCCATGGATGCTTTTTGGTGTTGCAAAGCTGGAGTCTGTGCTTGTTATTTCTCTTTGTTTGTTTTCTTTTTGTTATTGTTGTTTGTATCTTTTGCTATTGTTGTTTT
ATTGTTTTTTCTATTACTCTGGGTGTTATTTTTTTGCATTTTTTAGCATGGCCATGCTAATTTGTGGTTTGGTATTTTGTTTTTTTTTCTTTGCTTTCTCATTGTTTTTTTCTTATCTTTGTGA

>TRINITY_DN45143_c2_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTGGAGGTAAAGGAAGGTAACTGGAGTTTCAACACATCAACAAAACTTGCCTCTAATTGAGTATAGTATCAAATATGCGACTTTTCGTATTTGCATAAGATgtacttaattatggataagatttttgggctttgcttaatatttctcataatatatttcaagtatttgtataatatttatcatgaaattttttggtctcg
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GAGGCATTGGGTGTTCTTGGTTGTCCATGGATGCTTTTTGGTGTTGCAAAGCTGGAGTCTGTGCTTGTTATTTCTCTTTGTTTGTTTTCTTTTTGTTATTGTTGTTTGTATCTTTTGCTATTGTTGTTTTATTGTTTTTTCTATTACTCTGGGTGTTATTTTTTTGCATTTTTTAGCATGGCCATGCTAATTTGTGGTTT
GGTATTTTGTTTTTTTTTCTTTGCTTTCTCATTGTTTTTTTCTTATCTTTGTGA