NA ----> NA
Intron 1 GTCAGTATCA ... TGATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.53 | 15 | 31 | 15 |
| A2 | 64.29 | 5 | 8 | 10 |
| A3 | 50 | 18 | 33 | 3 |
| A4 | 83.33 | 2 | 12 | 8 |
| A5 | 64.71 | 3 | 4 | 7 |
| A6 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A7 | 46.67 | 4 | 6 | 1 |
| A8 | 73.33 | 2 | 11 | 0 |
| A9 | 42.86 | 2 | 3 | 0 |
| A10 | 50 | 3 | 6 | 0 |
>TRINITY_DN129402_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformATATCATTCATCTTTTGTTTTTTTATTATTTTAAATCATTACATTGTTTATGATAATATTGTTGTTCTCATATAATGGCTTGCAACTTCATTTATATACGATCTTTAGGTTTTCAATTTTGCAATCACGTTGATATCATTTTTTATTGACTTATTAATTTTTAGTTTTAAAAAAAATATTTAAATCTAAAAGTTATAGTA
GAGCGAGCTTTGTTAATTAGAATGAATTTTATATAATCAATAATTATAAAAAGTACATGTGCCTTAGCCACCTTACAATAAAAAAATGTATGTGGCTTTGCCACCTCCACACCCTTATCGTTACCCATGGACCACAATCCTCTTAATATAATGTTTTTATGTTTACTTGAAGTTATGGGTTTAGTTTTATATAAATATTT
AAAGTTTGATTGATTTTCAGGTTATTATTACAATCATTCTTTGTTTATGTTCGGCTCTATTATCAATAGATAATGAGTGATATTGATATGCAAAGGGTTTTTTTGTAAATTAACATTTAATTAAGTAGATGAGGTTTTATGGTAAATGTAAGTAAAGTTTTATATAAATATTTAAAATTTGATTAATTTTGAGGTCATCA
TTACAATCATTCTTTGTCTATGCTCTGCTCTATTATGAATAGAGAATGAGTGATATTGATATGCAAAAGTTTTTATACCAAATTAACATTTAATTAAGTAGGTGAGATTTTATGATAAATGTAAGTAAAGTTTTATATAAATATTTAAAATTTGATTGATTTTGAGGTTATTATTACAATCATTCTTTATTTATGTTCGA
CTCTATTATGAATAGACAATGAGTAATATTGATATGCAAAAGTTTTTATCGCAAATTAACATTTAATTAAATAGATGAAATTTTATGATAAATATAAAATAATTTACTGGTTGCTTTTTTTTTCAAATTAAACTTAATAAAGTTTTGTGGTGGATAAAAATAAAACTAGCTCGTAGCCCTAACTCAAGGTATATGAAGTT
TTATGATAGACGGAAGAGGTTTTAAAGTGGATGGGAGAAGAAATTTAGTTCACACCGTGAGTATTAATCTCTCGAGCTATGGAGTAAACTCTAATACATATATACATTCAACCATTTTCTCCTCTTAACAATAGAGGGATACATTCAATAGTTTTCTCACTTTTTTAACATTTGTTAAATGCTTTTCAAGTTAGCTAGGT
TAATTTGCATAGATGCTAGAATCTCATTTTTTTAACATTTATTAAATGCTTTTCAAGTTAATTAGGTTAATTTGCATAGATAATAGAAGATGGATAAGATGACATGGAGAATACCATCAATCCTCCCTCTTCCTTTTTAGGCCCACCTCCCTTCCACTTGGGATTGTGGATTCTCTTCCTTTTTGAGTCCTACCTCCCTT
CCACTTGGGATTGTGGATGGAGTGTGGAAATCTAGGTGGCTAGGTATATAAATATTTATATGGATTTGATCTTAAGAAAAAGTACAAATAGCTAGTTTGGGAGTGTGGAAATCTAGGTTGCTAGGTATGTAAATATTTATATGGATTTGATCGTAAGAAAAAGTACAAATAGCTAGTAGGAGTCGCCTTGATGTGATATA
GAGTAGGAAAGTGAGTTTTGTCTTATGAATTGAAGATTATTATATTGAGAGTGATGTTAATTTGTAGAGATTTCTTCCTCTAATTTTTAAATTAATTGCTTACTCGGTCACCTGCCTGCCTTATTCAAACTCATTCGCTGTGAGCTGAAGCGAACAGAGGAGCCTATAGTCGTGAAATGAAAGTGTCGAAAGACGAATAC
AAATTATGCCATTTTCTCTGTTGTCGCAGCACTGAATAGGCTTCTTAATGTTCGTATCTCTCTATGAATGCTTCTGACACTGTGTTTGGTTTGTTTGGAGTTCACCGAGATCTCATGAAATGACACGGAGAATATCAGCAAGTACGCAATTGGCCATAGATTTTTCTCTTTAAAATATAACCAAATGAGTTAATTAGTTA
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AATACGATCAATCCTGTTGGTACCTTATGCGGTCTTCGGCCTTAGCCACCAGGTACGCGGTACGCTGTCTACCCTTCATTCTTTGGAATTTATTTTAAAGAAAACGATGAACCAGTTATTTTAGCTTCATTTTTTGTTTAAAAAAAATAGAGAAAACAATGAACCAGATATTTTAGCTTCATTTTCTGTTAAAAAAATAA
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TTATGTGATATAGTGTATACGAGTG
>TRINITY_DN129402_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATATCATTCATCTTTTGTTTTTTTATTATTTTAAATCATTACATTGTTTATGATAATATTGTTGTTCTCATATAATGGCTTGCAACTTCATTTATATACGATCTTTAGGTTTTCAATTTTGCAATCACGTTGATATCATTTTTTATTGACTTATTAATTTTTAGTTTTAAAAAAAATATTTAAATCTAAAAGTTATAGTA
GAGCGAGCTTTGTTAATTAGAATGAATTTTATATAATCAATAATTATAAAAAGTACATGTGCCTTAGCCACCTTACAATAAAAAAATGTATGTGGCTTTGCCACCTCCACACCCTTATCGTTACCCATGGACCACAATCCTCTTAATATAATGTTTTTATGTTTACTTGAAGTTATGGGTTTAGTTTTATATAAATATTT
AAAGTTTGATTGATTTTCAGGTTATTATTACAATCATTCTTTGTTTATGTTCGGCTCTATTATCAATAGATAATGAGTGATATTGATATGCAAAGGGTTTTTTTGTAAATTAACATTTAATTAAGTAGATGAGGTTTTATGGTAAATGTAAGTAAAGTTTTATATAAATATTTAAAATTTGATTAATTTTGAGGTCATCA
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CTCTATTATGAATAGACAATGAGTAATATTGATATGCAAAAGTTTTTATCGCAAATTAACATTTAATTAAATAGATGAAATTTTATGATAAATATAAAATAATTTACTGGTTGCTTTTTTTTTCAAATTAAACTTAATAAAGTTTTGTGGTGGATAAAAATAAAACTAGCTCGTAGCCCTAACTCAAGGTATATGAAGTT
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TAATTTGCATAGATGCTAGAATCTCATTTTTTTAACATTTATTAAATGCTTTTCAAGTTAATTAGGTTAATTTGCATAGATAATAGAAGATGGATAAGATGACATGGAGAATACCATCAATCCTCCCTCTTCCTTTTTAGGCCCACCTCCCTTCCACTTGGGATTGTGGATTCTCTTCCTTTTTGAGTCCTACCTCCCTT
CCACTTGGGATTGTGGATGGAGTGTGGAAATCTAGGTGGCTAGGTATATAAATATTTATATGGATTTGATCTTAAGAAAAAGTACAAATAGCTAGTTTGGGAGTGTGGAAATCTAGGTTGCTAGGTATGTAAATATTTATATGGATTTGATCGTAAGAAAAAGTACAAATAGCTAGTAGGAGTCGCCTTGATGTGATATA
GAGTAGGAAAGTGAGTTTTGTCTTATGAATTGAAGATTATTATATTGAGAGTGATGTTAATTTGTAGAGATTTCTTCCTCTAATTTTTAAATTAATTGCTTACTCGGTCACCTGCCTGCCTTATTCAAACTCATTCGCTGTGAGCTGAAGCGAACAGAGGAGCCTATAGTCGTGAAATGAAAGTGTCGAAAGACGAATAC
AAATTATGCCATTTTCTCTGTTGTCGCAGCACTGAATAGGCTTCTTAATGTTCGTATCTCTCTATGAATGCTTCTGACACTGTGTTTGGTTTGTTTGGAGTTCACCGAGATCTCATGAAATGACACGGAGAATATCAGCAAGTACGCAATTGGCCATAGATTTTTCTCTTTAAAATATAACCAAATGAGTTAATTAGTTA
AGTTTCGTGGTATTTGTCTAGTGTGTTGTATGTGTGAAATTGAAAGAGCTTGGAGGTTGAATTTGATTTGCATCTGAATCTGCTTGCTACGAAGAAAATTAAGCTGAGAATTGGGATTTGAATCAACTCATCACCTTGGAGTTGGCTTCTTCATGCATTTCATGTATTCTAGgtcagtatcataatttcttgtttagttt
ttccttccaattatcatattcattctttggctctaccattttcttagtttttgagtgttagctgattgaatatttctctcatcatctttctgacgaagtgtgaggttgatttgcagTTTACCAAGATGGTGGAATGGCATGGAGAATACGATCAATCCTGTTGGTACCTTATGCGGTCTTCGGCCTTAGCCACCAGGTAC
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GAGAAAACATTAGCTTCATTTTCTGTTTAAAAAAAAGAGAAAACAATTAACCAGTCAAGATGATTATAATTGTTAAGAAACACAAAATAGATTACTAGTAGAAATGAGGCTTGGTTGCTCCTCTGACCAGCTAGCACGGAGCCCTTATGTGATATAGTGTATACGAGTG
Intron 2 GTACACATTC ... TGATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.39 | 13 | 20 | 11 |
| A2 | 84 | 2 | 12 | 9 |
| A3 | 51.35 | 9 | 13 | 6 |
| A4 | 54.55 | 10 | 13 | 11 |
| A5 | 83.33 | 1 | 4 | 6 |
| A6 | 20 | 6 | 3 | 0 |
| A7 | 76.47 | 2 | 12 | 1 |
| A8 | 100 | 0 | 14 | 1 |
| A9 | 84.62 | 1 | 9 | 2 |
| A10 | 36.84 | 6 | 7 | 0 |
>TRINITY_DN129402_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGTGATATTGATATGCAAAGGTTTTTATCGCAAATTAATATTTAATTAAGTAGATGAGGTTTTATGATGAATGTAAGATAATTTACTAATTACGTTTTTTTTTTCAAATTAAACTTAATGAGGTTTTATGGTGGATAGAAATAAAACTAGCCCGTAGCCCTAACTCAAGGTATATGAAGTTTTATGATAGACGGAAGAGGT
TTTAAAGTGGATGGGAGAAGAAATTTAGTTCACACCGTGAGTATTAATCTCTCGAGCTATGGAGTAAACTCTAATACATATATACATTCAACCATTTTCTCCTCTTAACAATAGAGGGATACATTCAATAGTTTTCTCACTTTTTTAACATTTGTTAAATGCTTTTCAAGTTAGCTAGGTTAATTTGCATAGATGCTAGA
ATCTCATTTTTTTAACATTTATTAAATGCTTTTCAAGTTAATTAGGTTAATTTGCATAGATAATAGAAGATGGATAAGATGACATGGAGAATACCATCAATCCTCCCTCTTCCTTTTTAGGCCCACCTCCCTTCCACTTGGGATTGTGGATTCTCTTCCTTTTTGAGTCCTACCTCCCTTCCACTTGGGATTGTGGATGG
AGTGTGGAAATCTAGGTGGCTAGGTATATAAATATTTATATGGATTTGATCTTAAGAAAAAGTACAAATAGCTAGTTTGGGAGTGTGGAAATCTAGGTTGCTAGGTATGTAAATATTTATATGGATTTGATCGTAAGAAAAAGTACAAATAGCTAGTAGGAGTCGCCTTGATGTGATATAGAGTAGGAAAGTGAGTTTTG
TCTTATTAATTGAAGGTTATTATATTGAGAGTGATGTTAATTTGTAGAGATTTCTTCCTGTAAATTTTAAATTAATTGCTTACTCGGTCACCTGCCTGCCTTATTCAAACTCATTCGCTGTGAGCTGAAGCGAACAGAGGAGCCTATAGTCGTGAAATGAAAGTGTCTCGAAAGACGAATACAAATTATGCCATTTTCTC
TGTTGTCGCAGCACTGAATAGGCTTCTTAATGTTCGTATCTCTCTATGAATGCTTCTGACACTGTGTTAAGTTTGTTTGGAGTCACCGAGATCTCATGAAATGACACGGAGAATATCAGCAAGTACGCAATTGGCCATAGATTTTTCTCTTTAAAATATAACCAAAAGAATTAATTAGTTAAGTTTCGTGGTATTTGTCT
AGTGTGTTGTATGTGTGAAATTGAAAGAGCTTGGAGGTTGAATTTGATTTGCATCTGAATCTGCTTGCTACGAAGAAAATTAAGCTGAGAATTGGGATTTGAATCAACTCATCACCTTGGACTTGGCTTCTTCATGCATTTCATGTATTCTAGGTGTATTCTAGGTCAGTATCATAATTTCTTGTTTTGTTTTTCCTTCC
AATTATTATATTCATACTTTGGCTCTGCTCTACGCAAGAAATGAGAGATGAAACTTAGTTTGTAGCGAGACGCATCATCTCTGTGTGTTGAAGAGAAAAGAAGAGAAGAGCTGTGAATTGAAGCCTTTAGCAAGACAGTTTACCGAGATGGTGGGATGGCATGGAGAATACGATCAATCCTTCCTTATTTGGAGTTGGTA
TCTTATGTCGTCTTCGGCCTTAGCCACCAGGTACGCGGTACGCTGTCTACCCTTCATTTTTTGGAATTTATTTTAGAGAATATAATGAACCAGTTAATTTAGCTTCATTTTCTGTTAAAAAAATAATTGCTTCATTTTCTGTTAAAAAAATAGAGAAAACATTAGCTTCTGTTAAAAAAATAGAGAAAACATTAGCTTCA
TTTTCTGTTTAAGAAAAAAGAGAAAACAATTAACCAGTCAAGATGATTATAATTGTTAAGAAACACAAAATAGATTGCTAGTAGAAATGAGGCTTGGTTGCTCCTCTGACCAGCTAGCACGGAGCCCTTATGTGATATAGTGTATACGAGTGAGCGAGGGTTTTCGTTTTTTAAGATTTCTAAAACTCGTCTTTTCCCCT
TCTCATCAATTGCTTGTTTACGAGATGCCGCGGTCCAAATATGAACCAGTTATTGTAGCTTCATTTTCTGTTAAAAAAAATAGAGAAAACATTAGCTTCATTTTATGTTTAAAAAATACAGAAAACATTAGTTTATTTTCTGTTAAAAAAAACACAGAAAACAATTTGACCAGTTAGGGCAAGATGATTATAATTGTTAA
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GCTTCATTAGGTCCATTTTCTGTTAAAAAAAATACAGAAAACATTAGCTTCATTTCTGTTCAAAAATACAGAAAACAAATAACCAGTTAAGTTTAGGGCAAGATGATTATAATTGTTAAGATCATCAATTGCTTGTTTACTAGATGCCGCGGTCCAAATTTGAACCCAACACCAGTTACCGTCCTTTTGTTTTTACTGAC
G
>TRINITY_DN129402_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACATGGAGAATACCATCAATCCTTCCTCTTCCTTTTTAGTCACACCTCCCTTCCATTTGGGATTGTGGATCCTCTTCCTTTTTGAGTTCTACCTCCTTTCCATTTGAGATTGTGGATGGAGTGTGAAAATCTAGGTGGCTAGGAATGTAAATATTTATATGGATTTGATCGTAAGAAAAAGTACAAATAGCTAGTAGGAG
TCGCCTTGATGTGATATAGAGTAGGAAAGTGAGTTTTGTCTTATTAATTGAAGGTTATTATATTGAGAGTGATGTTAATTTGTAGAGATTTCTTCCTGTAAATTTTAAATTAATTGCTTACTCGGTCACCTGCCTGCCTTATTCAAACTCATTCGCTGTGAGCTGAAGCGAACAGAGGAGCCTATAGTCGTGAAATGAAA
GTGTCTCGAAAGACGAATACAAATTATGCCATTTTCTCTGTTGTCGCAGCACTGAATAGGCTTCTTAATGTTCGTATCTCTCTATGAATGCTTCTGACACTGTGTTAAGTTTGTTTGGAGTCACCGAGATCTCATGAAATGACACGGAGAATATCAGCAAGTACGCAATTGGCCATAGATTTTTCTCTTTAAAATATAAC
CAAAAGAATTAATTAGTTAAGTTTCGTGGTATTTGTCTAGTGTGTTGTATGTGTGAAATTGAAAGAGCTTGGAGGTTGAATTTGATTTGCATCTGAATCTGCTTGCTACGAAGAAAATTAAGCTGAGAATTGGGATTTGAATCAACTCATCACCTTGGACTTGGCTTCTTCATGCATTTCATGTATTCTAGGTGTATTCT
AGGTCAGTATCATAATTTCTTGTTTTGTTTTTCCTTCCAATTATTATATTCATACTTTGGCTCTGCTCTACGCAAGAAATGAGAGATGAAACTTAGTTTGTAGCGAGACGCATCATCTCTGTGTGTTGAAGAGAAAAGAAGAGAAGAGCTGTGAATTGAAGCCTTTAGCAAGACAGgtacacattctaccattttcttgt
ttagtattagctgattgaatatttctgtcctaatctttctgacgaagtgttaggttgatttgcagTTTACCGAGATGGTGGGATGGCATGGAGAATACGATCAATCCTTCCTTATTTGGAGTTGGTATCTTATGTCGTCTTCGGCCTTAGCCACCAGGTACGCGGTACGCTGTCTACCCTTCATTTTTTGGAATTTATTT
TAGAGAATATAATGAACCAGTTAATTTAGCTTCATTTTCTGTTAAAAAAATAATTGCTTCATTTTCTGTTAAAAAAATAGAGAAAACATTAGCTTCTGTTAAAAAAATAGAGAAAACATTAGCTTCATTTTCTGTTTAAGAAAAAAGAGAAAACAATTAACCAGTCAAGATGATTATAATTGTTAAGAAACACAAAATAG
ATTGCTAGTAGAAATGAGGCTTGGTTGCTCCTCTGACCAGCTAGCACGGAGCCCTTATGTGATATAGTGTATACGAGTGAGCGAGGGTTTTCGTTTTTTAAGATTTCTAAAACTCGTCTTTTCCCCTTCTCATCAATTGCTTGTTTACGAGATGCCGCGGTCCAAATATGAACCAGTTATTGTAGCTTCATTTTCTGTTA
AAAAAAATAGAGAAAACATTAGCTTCATTTTATGTTTAAAAAATACAGAAAACATTAGTTTATTTTCTGTTAAAAAAAACACAGAAAACAATTTGACCAGTTAGGGCAAGATGATTATAATTGTTAAGAAACACAAAATAGCTTACTAATAGCAATGAGGCTTTGTTGCTGCTCTGGCTTTGACCAGCTAGCACGGAGCC
CTCATGTGATATAGTGTATACGAGTGAGCGAGGGTTTTCGTTTTTTAAGATTTCTAAAACTCGTCTTTTCCCCTTCTCATCAATTGCTTGTTTACTAGATGCCGCGGTCCAAATTTGAACCCAACACCAGTTACCGTCCTTTTGTTTTTACTGACG