NA ----> NA

Intron 1 GTATCTTTTA ... CACTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.97	48	53	85
A2	53.57	52	38	82
A3	48.89	46	38	50
A4	50.3	41	15	68
A5	59.46	15	13	31
A6	29.41	36	19	11
A7	24.73	35	8	15
A8	32.31	44	14	28
A9	20.39	41	13	8
A10	36.23	22	13	12

>TRINITY_DN107666_c1_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

TGCCACTGATGTTTATTGGCAAATTTAGTTGGGATTTGTCTGGCATCAAACAAGATAAGTGCTGTATAAAAGACACGATGATGTGGTCTTGAGACAGATTATATATGTTACTAGTCTGTCCCCCGTGGGTTTTTACTTTTTTATAGGCTCTTGCCAATTTGCTTTTGTAATTTACAAAGTGATGTAGCTACCAAGGATCT
TACTCCGTTGGGTGCGCTCGCGGGGTCGGTCCACAAATAATAAAATGATATTTTTTTGGGGGTTTTGGTGGGGGGCTTTACCCCTGCCTGTGTGTGTGTGTCTGTTTATGGTTTCTTGTTTGACGGTATGATTGTGTGATGTTTTTGCTACAGATGAGACTGATGGGGAAGATAACTCTTTGTCTGTTATTTATGCCATC
AAATTAAGCTGCTATTGGCATGAATTTTATTACCAACTTGGTTGCATATACAGCAAGGAATTGATTCTCCACACAGCATCCATTTATGATGAAGCTATTTCTGGGAGTTGGATTGGATTTGATCATTATTGGAATGAATGGAGACTTATTGATGCTGCTTGAAGCATTATATTTTCTCATCACTATAAGGAGCACTACAT
TGTCAAAGAGCACTCTGGCCAGTTAATTAACATCTCTGTGAGTACTGAGGAATATTTGATCAGATCCAACGTAAAAGAGAACTTCTGTTAATGACCATGTGAAACAGCAACACAGTTTGTGTATGCTTCATAGATAATCATCATGGACACAACCTTATTATGCATGGACAGGCACCTCTTGATTCTTGTGGAAAACAATA
TGCAAATAATGATGGAGGCTTATGGCAAGCAGTTTGGCGTCTTAATGATTTCTTGGGCAGCCTAGGATGTCTCCAACTTCTCAGAGATATTTCACTGTCATCAGTTTATGAGGGTGCTATCTTCATTGTGACAGAAGTGTCATATTTTCTTGGAGCATCTCATTTAGGCCAAATGCCTTTTAGAAATTATGCCACTGATG
TTTA

>TRINITY_DN107666_c1_g3_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGCCACTGATGTTTATTGGCAAATTTAGTTGGGATTTGTCTGGCATCAAACAAGATAAGTGCTGTATAAAAGACACGATGATGTGGTCTTGAGACAGATTATATATGTTACTAGTCTGTCCCCCGTGGGTTTTTACTTTTTTATAGGCTCTTGCCAATTTGCTTTTGTAATTTACAAAGTGATGTAGCTACCAAGGATCT
TACTCCGTTGGGTGCGCTCGCGGGGTCGGTCCACAAATAATAAAATGATATTTTTTTGGGGGTTTTGGTGGGGGGCTTTACCCCTGCCTGTGTGTGTGTGTCTGTTTATGGTTTCTTGTTTGACGGTATGATTGTGTGATGTTTTTGCTACAGATGAGACTGATGGGGAAGATAACTCTTTGTCTGTTATTTATGCCATC
AAATTAAGCTGCTATTGGCATGAATTTTATTACCAACTTGGTTGCATATACAGCAAGGAATTGATTCTCCACACAGCATCCATTTATGATGAAGCTATTTCTGGGAGTTGGATTGGATTTGATCATTATTGGAATGAATGGAGACTTATTGATGCTGCTTGAAGCATTATATTTTCTCATCACTATAAGGAGCACTACAT
TGTCAAAGAGCACTCTGGCCAGTTAATTAACATCTCTGTGAGTACTGAGGAATATTTGATCAGATCCAACGTAAAAGAGAACTTCTGTTAATGACCATGTGAAACAGCAACACAGTTTGTGTATGCTTCATAGATAATCATCATGGACACAACCTTATTATGCATGGACAGgtatcttttaaatttatataacgcagttt
gttttgaaataattcataatataaatataactcagtgaggaagcctattttaagtatttaatgtgctgctaggtgttttctcatcgttttatgcactgtgcagGCACCTCTTGATTCTTGTGGAAAACAATATGCAAATAATGATGGAGGCTTATGGCAAGCAGTTTGGCGTCTTAATGATTTCTTGGGCAGCCTAGGAT
GTCTCCAACTTCTCAGAGATATTTCACTGTCATCAGTTTATGAGGGTGCTATCTTCATTGTGACAGAAGTGTCATATTTTCTTGGAGCATCTCATTTAGGCCAAATGCCTTTTAGAAATTATGCCACTGATGTTTA

Intron 2 ATAAGTGATG ... GTTTTGTTAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.87	56	21	209
A2	82.01	59	24	269
A3	80.2	58	14	235
A4	81.54	48	13	212
A5	76.6	55	20	180
A6	79.81	21	15	83
A7	69.88	25	11	58
A8	81.03	11	23	47
A9	74.67	19	25	56
A10	73.44	17	3	47

>TRINITY_DN107666_c1_g3_i9 from sample A4 / Example spliced isoform

TGCCACTGATGTTTATTGGCAAATTTAGTTGGGATTTGTCTGGCATCAAACAAGAGATGAGACTGATGAGGGAGATAACTCTGTCTGTTGTTTATGTCATCAAATTAAGTTGCTATTGGCATGACTTTTGTTACCAACTTGGTTGCATATACAGCAAGGAATTAATTCTTCACACAGCATCCGTTTTTGATGAAGCTATT
TATGGGAGTTGGATTGGATTTGATCATTATTGGAATAAACAGACTTATTGATGCTGCTTGAAGCATTATATTTTCTCATCACTATAAGGAGCACTACATTGTCAAAGAGCACTCTGGCCAGTTAATATCTACAAGAACTTAGCTTTCTTTCCAACCAACCTTACAGCTGGAGGATTAACATCTCTGTGACTACTGAGGAA
TATTTGATCAGATTCAACGCAAAAAGAGGTGGGTGGTTGTTTTCAATTGCTTTGGACAGTATTTTGTTATTATAAGTAACGCAGCTCAGATAATGGTCATGCTAACAAGAATATTGCTGCTGATTAGATAAAGTAAACGATAGATAATGGCCATTGTGGCTAGTGTAATCAACGTGGCTGATTATTTTGGGGCCTTGGGC
TAAACATAGTAGCATCTTTGAGAATATTTTTGCTGTCTTAGACAATGCTTTTGCTGTTCTATTTTGTAGGATTAGGTTTTAGGATGAGGACTTAAGGTGTAATATTTTTGTGTAATTAGGTGCTAGATTAAAGAATATTATTATGTAACTAATTATCTGCCTGTTTAAAGAGTCATTATTTATCAATTTCCGAGGCTGAA
TTGCTGTTGCAGGCTTCATTTAAAAAAAAATCAGATCGGTTGCTAGAGGTCAAGCTGTAAGATGGGATGTGGGATGAGTTATGTTATGATATATAGTTTAAAAATGTAAACAGACAGAGGGTTATAGAAAGCGGTTTAGTGTGACCTAAAGGTTAATAATATTGATGGAAAATTCAGAGGCTAACATTGGCTTTTTGGGC
CTAAAGTGGCTCATTGATTGATAATGAAGATGTGCCCAATTTTGGACAGAGATAAGATGTTTTATAATTATTTGATAAGAGAAGAGTTGCTCTTTTTTCAGGAAACATACACCAACATACAAACCACTTAATTATTGAATATTATGCTATGAAACTGGATGAATCAATATAATGATTGATGTTATTAGTTAGAAATTAGG
GTTATAGAAAGTGGGTTAGTGACCTAAAGGTTAATAATATTGATGGAAAATTCAGAGGCTAACATTGGCTATTTGGGCCTAAAGTGGCTCATTGATTGATAATGAAGATATGCCCAATTTTTTACAGAGATAAGATGTTTTATAATTATAAATTATAATATTATTTGATAAGAGAAGAGTTGCTCTTTTTTCAGGAAACA
TACACGAACATAAAAGCCACTTAATTATTGAATATTATGCTATGAAACTGGATGAATCAATATAATGATTGATGTTATCAGTTAGAAATTAGGGTTATAGAAAGCGGGTTAGTGACCTAAAGGTTAATAATATTGATGGGAAATTCAGAGGCTAACATTGGCTATTTGGGCCTAAAGTGGCTCATTGATTGATAATGAAG
ATGTGCCCAATTTTGGACAGAGATAAGATGTTTTATAATTATATTTGATAAGGGAAGAGTTGCTCTTTTTTCAGGAAACATACACGAACTTAAAAACCACTTAATTATTGAATATTATGCTATGAAACTGGATGAATCAATATAAT

>TRINITY_DN107666_c1_g3_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGCCACTGATGTTTATTGGCAAATTTAGTTGGGATTTGTCTGGCATCAAACAAGataagtgatgtataaaagactagatgatgtggccttgagacagtttatatatgttatgtctgtaccctgtgtttttttttaaggctcttgcctatttgcttttgtaatttacaaattgatgtagctaccaaggatcttactccgtt
gggtgcgctcgcggggtcggtccacagataataaaatgagtgttttttgggttttggtggggggctttacccctgcctgtgtgtgtgtgtgtgttgtgatttcttgtttgacggtgtgattgtgatgttttgttacAGATGAGACTGATGAGGGAGATAACTCTGTCTGTTGTTTATGTCATCAAATTAAGTTGCTATTG
GCATGACTTTTGTTACCAACTTGGTTGCATATACAGCAAGGAATTAATTCTTCACACAGCATCCGTTTTTGATGAAGCTATTTATGGGAGTTGGATTGGATTTGATCATTATTGGAATAAACAGACTTATTGATGCTGCTTGAAGCATTATATTTTCTCATCACTATAAGGAGCACTACATTGTCAAAGAGCACTCTGGC
CAGTTAATATCTACAAGAACTTAGCTTTCTTTCCAACCAACCTTACAGCTGGAGGATTAACATCTCTGTGACTACTGAGGAATATTTGATCAGATTCAACGCAAAAAGAGTCCAGCTTGCTATCTTTGAAGT