NA ----> NA

Intron 1 GTATAAAACC ... TCTTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.69	26.7	54	81
A2	74.71	11	31	34
A3	78.51	15.3	51	61
A4	73.42	14.7	38	43
A5	74.07	7	13	27
A6	63.46	205	369	343
A7	64.61	173.3	302	331
A8	62.49	140	243	223.3
A9	64.46	202.7	375	360.3
A10	63.93	154	276	270

>TRINITY_DN40716_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCGGGGCAACCTAAAAAAATCAAATGTCAAACTTTCCATTTTTTCTCAAAATTATGTTTAATTGCTCCACCAACTCCCAACTAGATTTCGTGAATCCGAATGCTAATAAATACATGAAGCAGTCCAGTAAAAGTAAACTGGCACTGGTTGGATTCTCGGCAGATGCCGAACGGACACCTCCTCGACCTGGCACAAATCA
AGCTTCGTAAGCTCCGTCAAATATCGATACACGCCAAATGCTCTTAACGAATTTCACGCCTCACTCTCGCTTCTTCCCATTTCCAGATCACAATTCGTCAGCACAGTGGAATTGCCGTACCATACTCTGGAATTCGCGGCTCTCCTTTCTCCATCTCGAGGCCAATTTCAATAAAAAGCCCCAAAAATTCTTCCAATGTT
TTGAAGCCGAAGATCGTTCGATCCGTAGAGGGCGATGGTGCTGCTACAGCCCCAGCAATTGACGAAGCGATTCCTATTGAAAAGAGATATCCTGCATTTCCAGCTATCCTTGATATCAACCAAATTCGAAATATTTTACCCCATAGATTTCCATTTCTGCTTGTTGATCGAGTGGTGGAGTACAACCCTGGTGTGTCAGT
TGTTGCCATCAAGAATGTGACGATAAACGATAATTTTTTCCCTGGCCACTTCCCTGAGAGACCAATTATGCCGGGAGTTCTTATGGTCGAGGCGATGGCACAGGTCGGAGGTCTTTTGATGTTGCAACCTGAAGTGGGTGGTTCCCGTGAGAACTTTTTTTTCGCAGGAGTTGACAAGGTGAGGTTTAGAAAACCTGTTA
TAGCAGGAGACACGTTGGTTATGCGCATGAATCTGGTGAAGTTACAAAAACGTTTTGGCATTGCAAGGATGGAAGGGAAGGCTTATGTTGGCGGAGAAGTTGTTTGTGAGGGTGAATTTATGATGGCCATTGGTAGTAGTGAATAATGTATTTTCTCTCTAGAAAAAACAGTTCCATCCAATTTTTTAGGATGATGCAAA
TTTTTATTTATGCAATATGGAGTTCTAAGATTATCCTTCATTTTTTCCATTCTCTTTTCTCAAAGATGGGTGAATTTGTCATATGGAGTGTTACCCAAGCAAACCTTTGGTATATCAATGATATTGTTTCTGGGAGAACTATAATGCACTATTCTTATCCACAAATTAGGGGCCTCTATAGGTCAGAGGGAGAAGTGAGC
ATGCTTGGTGTGAGTGCGAGATTAATTGGATCTGTATTGAGGTTTCTGAAACTATGGGATTTATGTGATTTTCATTATGTTCTATTAAATTGGTGATATTACTATAAGTGAGGATGCCCTTTGAATGTTGATTATTTTTAGCCTTGATCCTGTTGCTTTTGTTATTTGTACGAGATATGTGGACATGTTGTAGATCAGGA
TTCAGGGGAAATCAGTTGACATGGAGCTTCTAGTGAAGAGCAGTCTATGCAAGGTGTGAACTTAAGTAGGTCTATTTTCAGTTATTGGAGACTCAGACAGCACATGATTTAAATATTCTGTTGGAAAATTAGAATAGTAGGGACTCCAGATTTGCACTTCAATTGGATATATGCGTGTATAGTATCTACCATTTTTAATG
ACATAAATTATATTTCTTGAATCCTCATCAAATAAACAAGAATATATGTATGGCCAAGAAGGCAAACGTAGTTATACTGTGGATCCATCATCACCTTAACTCGTACATATTTGCTGTGGTCTCTTGTTCAGCATAGCGCACACTGTCACTGATTTGGTGTCTGCATGTTTGAGTTGTAACTAAAAGGGTTGTTTAACTCA
AAGAGTTCTGGGAATTGTTGAGTTGATGATTAATAGTTTA

>TRINITY_DN40716_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCGGGGCAACCTAAAAAAATCAAATGTCAAACTTTCCATTTTTTCTCAAAATTATGTTTAATTGCTCCACCAACTCCCAACTAGATTTCGTGAATCCGAATGCTAATAAATACATGAAGCAGTCCAGTAAAAGTAAACTGGCACTGGTTGGATTCTCGGCAGATGCCGAACGGACACCTCCTCGGCCTTGCACAAATCA
AGCTTCGTAAGCTCCGTCAAATATCGATACACGCCAAATGCTCTTAACGAATTTCACGCCTCACTCTCGCTTCTTCCCATTTCCAGATCAgtataaaaccaaaacatcatagaatagaatatatatagtattttcatcgttttcggccaaattttagatctcgatggaagccatggccgctgcaacgatggccactctaa
atgtaaagcaaacccctttttcttctctttcttcttcagCAATTCGTCAGCACAGTGGAATTGCCGTACCATACTCTGGAATTCGCGGCTCTCCTTTCTCCATCTCGAGGCCAATTTCAATAAAAAGCCCCAAAAATTCTTCCAATGTTTTGAAGCCGAAGATCGTTCGATCCGTAGAGGGCGATGGTGCTGCTACAGCC
CCAGCAATTGACGAAGCGATTCCTATTGAAAAGAGATATCCTGCATTTCCAGCTATCCTTGATATCAACCAAATTCGAAATATTTTACCCCATAGATTTCCATTTCTGCTTGTTGATCGAGTGGTGGAGTACAACCCTGGTGTGTCAGTTGTTGCCATCAAGAATGTGACGATAAACGATAATTTTTTCCCTGGCCACTT
CCCTGAGAGACCAATTATGCCGGGAGTTCTTATGGTTGAGGTAATTCTTGTCTAGTTGTTTTAATTCTTTTCATGAATGATAAAATCTTTTACATCCTGCTTTATAACTCTTAAATATAGCAACTATGTTAGTTGGGTCAGTAGGGAAGAACATGATTTCAACCTAGTTTTAC