NA ----> NA

Intron 1 GTGAGGGGCC ... GTGGGCAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	2	1	0
A2	100	0	3	2
A3	100	0	3	6
A4	-1	0	0	0
A5	69.23	2	4	5
A6	51.72	21	21	24
A7	55.78	67	77	92
A8	44.07	132	73	135
A9	50.31	120	105	138
A10	46.41	112	90	104

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAGTTTCGAGTTTATAGATGAAAACAGATAGAGGAGCCGCGGAGGATTCGAATTTCAGAGCCGAGCCGAGTCAGAGCCGAGGAGAATGGAGGCGAGGGGCCGAGTCAGAGCTGAGGCGAACGGAGTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGCAGAGAGTA
GTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAAGGATAATTTGTAGGAATGGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATTAATAAAAG
TGCAT

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGAGTTTCGAGTTTATAGATGAAAACAGATAGAGGAGCCGCGGAGGATTCGAATTTCAGAGCCGAGCCGAGTCAGAGCCGAGGAGAATGGAGGCGAGGGGCCGAGTCAGAGCTGAGGCGAACGGAGgtgaggggccgagtcagagtcgagtggggccgagccgaacggaatttgtttgaatatctgtgaattgcattttc
tttctttttcttttgaattgaatatctgtaaatttctttttctttcttttgtttttttcaaatttgtttgtgatttgttttgttgtactgttcagtttcttatttggttatgtttttcaaatttgtctgtagatattttgtttaactgtttagtttcttatttggttatattttttttttccgttttttcgttttccttt
atgttttggctgtgggtttggtttgttatggtcgagaaagaagagcatcagatgagatgagaagagcatcagattagatcaggaatttaatgtgttaatttcacattccgccatgtatctcagagtgggcaaagTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGC
AGAGAGTAGTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAAGGATAATTTGTAGGAATGGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATT
AATAAAAGTGCAT

Intron 2 GTGAGGGGCC ... TTGTATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	2	1	1
A2	100	0	3	1
A3	100	0	3	5
A4	-1	0	0	0
A5	55.56	2	4	1
A6	40	21	21	7
A7	44.54	66	76	30
A8	31.43	132	73	48
A9	39.39	120	105	51
A10	33.92	112	90	25

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAGTTTCGAGTTTATAGATGAAAACAGATAGAGGAGCCGCGGAGGATTCGAATTTCAGAGCCGAGCCGAGTCAGAGCCGAGGAGAATGGAGGCGAGGGGCCGAGTCAGAGCTGAGGCGAACGGAGTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGCAGAGAGTA
GTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAAGGATAATTTGTAGGAATGGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATTAATAAAAG
TGCAT

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGAGTTTCGAGTTTATAGATGAAAACAGATAGAGGAGCCGCGGAGGATTCGAATTTCAGAGCCGAGCCGAGTCAGAGCCGAGGAGAATGGAGGCGAGGGGCCGAGTCAGAGCTGAGGCGAACGGAGgtgaggggccgagtcagagtcgagtggggccgagccgaacggaatttgtttgaatatctgtgaattgcattttc
tttctttttcttttgaattgaatatctgtaaatttctttttctttcttttgtttttttcaaatttgtttgtgatttgttttgttgtactgttcagtttcttatttggttatgtttttcaaatttgtctgtagatattttgtttaactgtttagtttcttatttggttatattttttttttccgttttttcgttttccttt
atgttttggctgtgggtttggtttgttatggtcgagaaagaagagcatcagatgagatgagaagagcatcagattagatcaggaatttaatgtgttaatttcacattccgccatgtatctcagagtgggcaaaggcaaagaccatgcgttaacgttggtatttatttttaaaatatattttcgtgatggtttgtattatt
ttgttttaatattttatgttttgtatccagTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGCAGAGAGTAGTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAA
GGATAATTTGTAGGAATGGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATTAATAAAAGTGCAT

Intron 3 GTAACGTTGG ... TTGTATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	100	0	1	0
A3	100	0	4	5.3
A4	-1	0	0	0
A5	42.86	4	5	1
A6	45.78	5	4	4.3
A7	56.81	16	19	21.3
A8	60.4	24.7	29	30.7
A9	59.74	18	14	26
A10	39.69	24.3	18	14.3

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTTGTCTTTTCCTTTTCTTTTATGTTTTGGGGTGTGGGTTTGATTTGTTATGGTCGAGAGAAGAGAAGAGCATCAGATGAGATCAGGACTTTAATGTGTTAATGTGTTAATTTCACATTCAGACCATGCGTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGCAGA
GAGTAGTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAAGGATAATTTGTAGGAATGGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATTAAT
AAAAGTGCAT

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTGTCTTTTCCTTTTCTTTTATGTTTTGGGGTGTGGGTTTGATTTGTTATGGTCGAGAGAAGAGAAGAGCATCAGATGAGATCAGGACTTTAATGTGTTAATGTGTTAATTTCACATTCAGACCATGCGgtaacgttggtttttatttttaaaatatattttcgtgatggtttgtattattttgttttaatattttat
gttttgtatccagTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGCAGAGAGTAGTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAAGGATAATTTGTAGGAAT
GGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATTAATAAAAGTGCAT

Intron 4 GCAAAGACCA ... TTGTATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	1
A2	50	2	3	1
A3	52	6	8	5
A4	-1	0	0	0
A5	33.33	5	4	1
A6	21.31	24	6	7
A7	27.56	92	40	30
A8	25.62	135	45	48
A9	27.75	138	55	51
A10	24.64	104	43	25

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAGTTTCGAGTTTATAGATGAAAACAGATAGAGGAGCCGCGGAGGATTCGAATTTCAGAGCCGAGCCGAGTCAGAGCCGAGGAGAATGGAGGCGAGGGGCCGAGTCAGAGCTGAGGCGAACGGAGGTGAGGGGCCGAGTCAGAGTCGAGTGGGGCCGAGCCGAACGGAATTTGTTTGAATATCTGTGAATTGCATTTTC
TTTCTTTTTCTTTTGAATTGAATATCTGTAAATTTCTTTTTCTTTCTTTTGTTTTTTTCAAATTTGTTTGTGATTTGTTTTGTTGTACTGTTCAGTTTCTTATTTGGTTATGTTTTTCAAATTTGTCTGTAGATATTTTGTTTAACTGTTTAGTTTCTTATTTGGTTATATTTTTTTTTTCCGTTTTTTCGTTTTCCTTT
ATGTTTTGGCTGTGGGTTTGGTTTGTTATGGTCGAGAAAGAAGAGCATCAGATGAGATGAGAAGAGCATCAGATTAGATCAGGAATTTAATGTGTTAATTTCACATTCCGCCATGTATCTCAGAGTGGGCAAAGTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGC
AGAGAGTAGTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAAGGATAATTTGTAGGAATGGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATT
AATAAAAGTGCAT

>TRINITY_DN44111_c0_g3_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGAGTTTCGAGTTTATAGATGAAAACAGATAGAGGAGCCGCGGAGGATTCGAATTTCAGAGCCGAGCCGAGTCAGAGCCGAGGAGAATGGAGGCGAGGGGCCGAGTCAGAGCTGAGGCGAACGGAGGTGAGGGGCCGAGTCAGAGTCGAGTGGGGCCGAGCCGAACGGAATTTGTTTGAATATCTGTGAATTGCATTTTC
TTTCTTTTTCTTTTGAATTGAATATCTGTAAATTTCTTTTTCTTTCTTTTGTTTTTTTCAAATTTGTTTGTGATTTGTTTTGTTGTACTGTTCAGTTTCTTATTTGGTTATGTTTTTCAAATTTGTCTGTAGATATTTTGTTTAACTGTTTAGTTTCTTATTTGGTTATATTTTTTTTTTCCGTTTTTTCGTTTTCCTTT
ATGTTTTGGCTGTGGGTTTGGTTTGTTATGGTCGAGAAAGAAGAGCATCAGATGAGATGAGAAGAGCATCAGATTAGATCAGGAATTTAATGTGTTAATTTCACATTCCGCCATGTATCTCAGAGTGGGCAAAGgcaaagaccatgcgttaacgttggtatttatttttaaaatatattttcgtgatggtttgtattatt
ttgttttaatattttatgttttgtatccagTGAATATGCTGCAGTTGATGCCCATATATGCAGCTGCATTTTAGAGCCGTGGAATTTCAGAGATGCAGAGAGTAGTTAAAGGGAGTGGAGGATGTTTTAACAAATAGCCAAGATGTAAAGTAAGATGGAAAATGCTTTAACAAAAAGCGTCATGTGAAAAAGAAGGCTAA
GGATAATTTGTAGGAATGGATGAGAATGCAATTTCATTTTTTAAATTGTAAATTGTATAACTATTTTTTTTAATGTAACCTCAAGGCCTATATATTAATAAAAGTGCAT