NA ----> NA

Intron 1 GTACGTTTTA ... TTGTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.78	90.7	172	209
A2	64.11	75.3	138	131
A3	58.7	95	133	136
A4	64.52	94.3	150	193
A5	65.98	30	44	72
A6	22.92	123.3	36	36
A7	16.38	417	77	84
A8	14.77	475	81	81
A9	14.29	306.3	53	48
A10	13.28	420	56	71

>TRINITY_DN41817_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

AGCCGGACAATTATTCGGCCGAACAATTATTCGGCCGAACCATTATTCGGCCGAATAATTGGTCGGCCGAATACTGTTTTTGCATAAAAGCCCAGCCTCAACTGCCATTTGGCATTCTCCGCTGGAAATACCTGGACCCCGGAAGCGGGCCCATAGTTGTTTTTCGCCACCCTCCGTCGTTGACACTTGTGACAACGACG
TTGTTGCTTCACCCCTATCGCTTCTCGTTCGTCTGTTGTTGATGCACTCCTATCGCTTCTCGTTCGTCCGCTGCTTGCTCGTCTTTTGTTGCTGCCTGATCATGTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGCTTTCGGTGGTGAGGGTGCCGGACGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGG
ATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACATGGATCCAACGGCTACCAGCGTAAGTAATTATTTTCTGCTGAATTTGGTTTTCGAATTTGAAGTTTGATGTCTATATAGTCTCTCTGTCTGTAACGATTTAATGAAATGTGCTTTGTTGGTAGGATTGTTCGTTTGTTTTTGCGGT
GCTGTTAATGGTGTGTCGTTGGTGTTGCGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGGAAATATTTGCTGTTTGGGGAGTTGGTGGTCTGAACCACCGAGGCTTCGTGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAGTTTTCTAGAATGTTAAATGCACATAATTTTCGAGTCTCGAGTAGTCAAAATG
AAGAGCAACCTAGTCAAAATGAAGAGCGTTTTGGAGAGGTTTCTTTAGATTCCAACTTTTTAGATGATTTACCATCTCTTGGGAGAGACCATTTGGAAATTGGGGGTGAAGATGTGGG

>TRINITY_DN41817_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AATGAAATGTGCTTTGTTGGTAGGATTGTTCGTTTGTTTTTGCGGTGCTGTTAATGGTGTGTCGTTGGTGTTGCGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGgtacgttttattgttgagttgtgttgttttgattttgttatcctatttttatagtctttagttgccaacataatttggtgttgtgtgaagGAA
ATATTTGCTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCGTGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAG

Intron 2 GTAAGTAATT ... TTGTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.03	84	250	205
A2	79.32	73	313	247
A3	78.04	75	297	236
A4	81.74	62	292	263
A5	81.57	20	94	83
A6	45.49	139	133	99
A7	36.74	415	297	185
A8	44.45	393	369	260
A9	26.08	326	116	114
A10	29.04	413	194	144

>TRINITY_DN41817_c0_g1_i16 from sample A8 / Example spliced isoform

CTGCTTTCGGTGGTGAGGGTGCCGGACGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGGATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACGTGGAGCCAACGGCTACCAGCGATTGTTCGTTTGTTTTTGTGGAGCTGTTAACGGGGTGTCGTTGGTGTTGTGGTTTTCACGCAGGATTG
ACAGTTAAAGTGAAGGAAATATTTGCTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCGTGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAG

>TRINITY_DN41817_c0_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AGCCGGACAATTATTCGGCCGAACAATTATTCGGCCGAACCATTATTCGGCCGAATAATTGGTCGGCCGAATACTGTTTTTGCATAAAAGCCCAGCCTCAACTGCCATTTGGCATTCTCCGCTGGAAATACCTGGACCCCGGAAGCGGGCCCATAGTTGTTTTTCGCCACCCTCCGTCGTTGACACTTGTGACAACGACG
TTGTTGCTTCACCCCTATCGCTTCTCGTTCGTCTGTTGTTGATGCACTCCTATCGCTTCTCGTTCGTCCGCTGCTTGCTCGTCTTTTGTTGCTGCCTGATCATGTGCCTGCTCTGTTGTTGTTTCCTGTCGCGGCTGTGGAAGCTGCTTTCGGTGGTGAGGGTGCCGGACGGATCTGTAAGTGACGAGGGTGCTGGGTGG
ATGCTGTGTTCATCGACGGGGGTGCTGCGTGGATCTGTGCCCGGCGTAACGACATGGATCCAACGGCTACCAGCgtaagtaattattttctgctgaatttggttttcgaatttgaagtttgatgtctatatagtctctctgtctgtaacgatttgatgaaatgtactttgttggcagGATTGTTCGTTTGTTTTTGTGGA
GCTGTTAACGGGGTGTCGTTGGTGTTGTGGTTTTCACGCAGGATTGACAGTTAAAGTGAAGGTACGTTTTATTGTTGAGGTGTTTTTTTTTTATTTTGTTATCCTATTCTTATAGTCTTTAGTTGCCAACATAATTTGGTGTTGCGTGAAGGAAATATTTGTTGTTTGGAGAGTTGGTGGTCTGAACCGCCGAGGCTTCG
TGGATTGACAGTCTTTTCGCTAGCTGTTTGGGTTACAGTTTTCTAGAATGTTAAATGCACATAATTTTCGAGTCTCGAGTAGTCAAAATGAAGAGTGTTTTGGAGAGGTTTCTTTAGATTCCAACTTTTTAGATGATTTACCATCTCTTGGGAGAGACCATTTGGAAATTG