sp|Q8LSN3|FYPP_PEA ----> Phytochrome-associated serine/threonine-protein phosphatase

Intron 1 GTAAGTTTCC ... TGAAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.73	24	3	4
A2	15.79	24	4	5
A3	22.22	35	11	9
A4	11.63	19	3	2
A5	21.74	9	5	0
A6	20	100	33	17
A7	15.17	123	21	23
A8	17.14	87	22	14
A9	18.4	102	23	23
A10	16.78	119	34	14

>TRINITY_DN33816_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CACAAACTTGATAATTTGATAGCGAGGGGACGCCACTTTTTACTTTATCACGTTATTTTAAACAGAAAAACTTGAATAGCACTGAAAGGTCTCCACTTCCATTCATCCTCTGCAATCCGACAGAGATCAATCAGATCTGGACCTTCGGCCGCGGGTTGCTGGAAATCTGGATTTCTTTGCTCTCAGTCATCCGGAATTCA
TCAGTGATGGAATTGGACCTATGGCTTGAGAAGGTTAGAGGCGGGGAGAATCTCACAGAGGACGAACTCAAGCTTCTCTGCGATTATGTGAAGGAAATACTGGTGGAGGAATCTAATGTACAGCCTGTTCATAGTCCGGTGACAGTGTGTGGAGATATCCATGGACAATTTCATGATCTAATGAAACTTTTCCAGACAGG
AGGTCAGGTGCCGGATACAAATTATATATTTATGGGAGATTTTGTTGATAGAGGATACAACAGCATTGAAGTATTCACGATTCTTTTATTATTAAAAGCAAGATATCCAGCTCATATAACTCTTTTGCGTGGGAATCATGAAAGCAGGCAGATAACTCAGGTCTATGGATTTTATGATGAGTGCCAGCGGAAGTATGGGA
ATGCAAATGCATGGCGTTTTTGCACTGATGTATTTGATTACCTCACACTGTCAGCAATCATTGATAGACAGGTCCTTTGCGTCCATGGGGGTCTTTCCCCTGACATCCGGGCAATTGATCAGATCAGAGTAATTGACAGGAATTGTGAAATACCACATGAAGGGCCCTTCTGTGATTTGATGTGGAGTGATCCAGAAGAT
ATTGATACTTGGGCAGTTAGTCCTCGTGGTGCTGGATGGCTTTTTGGGAGCAGAGTAACTTCCGAGTTCAATCACATTAATGACTTGGAACTTGTATGCCGAGCACATCAACTGGTGCAGGAAGGCCTGAAGTACATGTTTGAAGACAAAAGCTTAGTAACGGTTTGGTCAGCACCAAATTACTGCTACCGATGTGGCAA
TGTAGCTTCAATTTTGAGCTTTAATGAAAACATGGAAAGGGATGTGAAATTCTTCACCGAAACAGAGGAGAACAATTCTATGATGGGTCCACGGACTGCCGGTGCATATTTTTTATAGAAAAAAATATAAATTTGGTTGGTGCGTCGTATCATATTTGTAAATGGTGCTGCATGCATTTTTCAGTTGTAAAGTATACAGA
CGGAAATTATGCATCTTCCTGTGTGTTATAAAACCCGGCAAATTATTGGGATTCTTGATATGAATTTACTCAGTTTTGTACTTCAAGTTGTTTGATAATGCAGATCTTGGTGGATAGATAATTGTATGTTAAGTTCTTTGAAATGCTAGGATTCTTGAGCTTTGTCAATAAAAACGTGT

>TRINITY_DN33816_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CACAAACTTGATAATTTGATAGCGAGGGGACGCCACTTTTTACTTTATCACGTTATTTTAAACAGAAAAACTTGAATAGCACTGAAAGGTCTCCACTTCCATTCATCCTCTGCAATCCGACAGAGATCAATCAGATCTGGACCTTCGGCCGCGGGTTGCTGGAAATCTGGATTTCTTTGCTCTCAGTCATCCGGAATTCA
TCAGTGATGGAATTGGACCTATGGCTTGAGAAGGTTAGAGGCGGGGAGAATCTCACAGAGGACGAACTCAAGCTTCTCTGCGATTATGTGAAGGAAATACTGGTGGAGGAATCTAATGTACAGCCTGTTCATAGTCCGGTGACAGTGTGTGGAGATATCCATGGACAATTTCATGATCTAATGAAACTTTTCCAGACAGG
AGGTCAGGTGCCGGATACAAATTATATATTTATGGGAGATTTTGTTGATAGAGGATACAACAGCATTGAAGTATTCACGATTCTTTTATTATTAAAAGCAAGATATCCAGCTCATATAACTCTTTTGCGTGGGAATCATGAAAGCAGGCAGATAACTCAGGTCTATGGATTTTATGATGAGTGCCAGCGGAAGTATGGGA
ATGCAAATGCATGGCGTTTTTGCACTGATGTATTTGATTACCTCACACTGTCAGCAATCATTGATAGACAGgtaagtttccacatcattcaattttccccagagttcagaggagttttacaagactgcaaacgatgtcatctctgatgttatatttaaaaaaatgccaaatcccgtcatcatcatatcaataattgatat
cttgcctcaacttgcaacatcattgtttcttatagtgcatgaacattattcgatcctcttccaagatgactgctttctaaggaaggtggtcagataaaggggtggataatgttgtgaaggaaataattttgtcttaaacatctgctggctattgaaatttagGTCCTTTGCGTCCATGGGGGTCTTTCCCCTGACATCCG
GGCAATTGATCAGATCAGAGTAATTGACAGGAATTGTGAAATACCACATGAAGGGCCCTTCTGTGATTTGATGTGGAGTGATCCAGAAGATATTGATACTTGGGCAGTTAGTCCTCGTGGTGCTGGATGGCTTTTTGGGAGCAGAGTAACTTCCGAGTTCAATCACATTAATGACTTGGAACTTGTATGCCGAGCACATC
AACTGGTGCAGGAAGGCCTGAAGTACATGTTTGAAGACAAAAGCTTAGTAACGGTTTGGTCAGCACCAAATTACTGCTACCGATGTGGCAATGTAGCTTCAATTTTGAGCTTTAATGAAAACATGGAAAGGGATGTGAAATTCTTCACCGAAACAGAGGAGAACAATTCTATGATGGGTCCACGGACTGCCGGTGCATAT
TTTTTATAGAAAAAAATATAAATTTGGTTGGTGCGTCGTATCATATTTGTAAATGGTGCTGCATGCATTTTTCAGTTGTAAAGTATACAGACGGAAATTATGCATCTTCCTGTGTGTTATAAAACCCGGCAAATTATTGGGATTCTTGATATGAATTTACTCAGTTTTGTACTTCAAGTTGTTTGATAATGCAGATCTTG
GTGGATAGATAATTGTATGTTAAGTTCTTTGAAATGCTAGGATTCTTGAGCTTTGTCAATAAAAACGTGT

Intron 2 GTTAGTATAA ... ATTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.14	25.2	0	12
A2	0	13	0	0
A3	32.93	25.2	0.6	12
A4	51.17	7.4	0	6
A5	38	5.4	0.6	3
A6	24.87	87.8	0.6	28
A7	17.27	79	0	15
A8	25.72	59	5.4	19
A9	24.84	95.2	0	30
A10	25	69	1.2	21

>TRINITY_DN39412_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTCGAAGTAAACAGTAGCCCACACAAATTTGATAATTTGATAGCGAGGGGACGCCACTTTTTACTTTATCACGTTATTTTAAACAGAAAAACTTGAATAGCACTGAAAGGTCTCCACTTCCATTCATCCTCTGCAATCCGACAGAGATCAATCAGATCTGGACCTTCGGCCGCGGGTTGCTGGAAATCTGGATTTCTTT
GCTCTCAGTCATCCGGAATTCATCAGTGATGGAATTGGACCTATGGCTTGAGAAGGTTAGAGGCGGGGAGAATCTCACAGAGGACGAACTCAAGCTTCTCTGCGATTATGTGAAGGAAATACTGGTGGAGGAATCTAATGTACAGCCTGTTCATAGTCCGGTGACAGTGTGTGGAGATATCCATGGACAATTTCATGATC
TAATGAAACTTTTCCAGACAGGAGGTCAGGTGCCGGATACAAATTATATATTTATGGGAGATTTTGTTGATAGAGGATACAACAGCATTGAAGTATTCACGATTCTTTTATTATTAAAAGCAAGATATCCAGCTCATATAACTCTTTTGCGTGGGAATCATGAAAGCAGGCAGATAACTCAGGTCTATGGATTTTATGAT
GAGTGCCAGCGGAAGTATGGGAATGCAAATGCATGGCGTTTTTGCACTGATGTATTTGATTACCTCACACTGTCAGCAATCATTGATAGACAGGTCCTTTGCGTCCATGGGGGTCTTTCCCCTGACATCCGGGCAATTGATCAGATCAGAGTAATTGACAGGAATTGTGAAATACCACATGAAGGGCCCTTCTGTGATTT
GATGTGGAGTGATCCAGAAGATATTGATACTTGGGCAGTTAGTCCTCGTGGTGCTGGATGGCTTTTTGGGAGCAGAGTAACTTCCGAGTTCAATCACATTAATGACTTGGAACTTGTATGCCGAGCACATCAACTGGTGCAGGAAGGCCTGAAGTACATGTTTGAAGACAAAAGCTTAGTAACGGTTTGGTCAGCACCAA
ATTACTGCTACCGATGTGGCAATGTAGCTTCAATTTTGAGCTTTAATGAAAACATGGTATGTTGCAACTATTTGATCTTGTGCAAATATTGTCTGCGGTTTGATTACTGCTTTTTTACATACATACTTGATTTGTTGTCTTTTGAATGCAGGAAAGGGAT

>TRINITY_DN39412_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAGGTGGTCAGATAAAGGGGTGGATAATGTTGTGAAGGAAATAATTTTGTCTTAAACATCTGCTGGCTATTGAAATTTAGGTCCTTTGCGTCCATGGGGGTCTTTCCCCTGACATCCGGGCAATTGATCAGgttagtataagagtttcctcagaaggctttgtaatcataacattttggagaaagaagttttggttgaa
ctagccgatattagaattggaaggccagtttatgatattatatctttgtgatctcatttttccagATCAGAGTAATTGACAGGAATTGTGAAATACCACATGAAGGGCCCTTCTGTGATTTGATGTGGAGTGATCCAGAAGATATTGATACTTGGGCAGTTAGTCCTCGTGGTGCTGGATGGCTTTTTGGGAGCAGAGTA
ACTTCCGAGTTCAATCACATTAATGACTTGGAACTTGTATGCCGAGCACATCAACTGGTGCAGGAAGGCCTGAAGTACATGTTTGAAGACAAAAGCTTAGTAACGGTTTGGTCAGCACCAAATTACTGCTACCGATGTGGCAATGTAGCTTCAATTTTGAGCTTTAATGAAAACATGGAAAGGGATGTGAAATTCTTCAC
CGAAACAGAGGAGAACAATTCTATGATGGGTCCACGGACTGCCGGTGCATATTTTTTATAGAAAAAAATATAAATTTGGTTGGTGCGTCGTATCATATTTGTAAATGGTGCTGCATGCATTTTTCAGTTGTAAAGTATACAGACGGAAATTATGCATCTTCCTGTGTGTTATAAAACCCGGCAAATTATTGGGATTCTTG
ATATGAATTTACTCAGTTTTGTACTTCAAGTTGTTTGATAATGCAGATCTTGGTGGATAGATAATTGTATGTTAAGTTCTTTGAAATGCTAGG