sp|Q9FR53|TOR_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase TOR

Intron 1 GTTCACATTG ... GTCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.25	33	1	15
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A8	-1	0	0	0
A9	50	1	0	1
A10	0	7	0	0

>TRINITY_DN122374_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAAAAACAAACACCTTTCGCACAACCATGATATTGAAAAACAATTTTAAATATTTTGTGTTTAGATGCTAAGTCACCAGCCTTTCTGGCCACTAGGTGGACAATTTGCTGGCCTGGGGTTTGTACCTCTCCTCTGTAAGTGCAGTGGTAGAAGTGTTGTATTATTATTGTCTTAGGCAAGGCAAAGGCAAAAATCTAGT
AGGGGGAGGAGGAGAACAGTGGGGATCATCGGCGTAGAAAGCAAGCAGCATGGCGACGGCGGGCGGGGCATCCATACGCTTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCA
GTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGACAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTAT
GAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAACACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGT
GCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTGCGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATG
GGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATATTGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATG
GAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCCTAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGC
TATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTGGTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTG
GTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCGTGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATA
TGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCCCTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGG
AGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCA
AAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCCAGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATG
AGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTGCTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAAC
AAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTACAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTA
CGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAG
TTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACT
TCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTC
TTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTG
CAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGG
CCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAA
ATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAG
GAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTC
TGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTG
AATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAA
CTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTGGCA
AGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCTATT
TAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACC
TGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTAC
AGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATT
CAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCTAAG
GAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGC
CCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGAT
CTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCA

>TRINITY_DN122374_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGgttcacattgttcacattgtaactatattttaacaaacggatttggtatttcaataggataatcttgcctattcaatcatgacaagaattttgttttggtatccttttgataactaacaaatttagtatgctccttatgtccttgcagATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCA
TCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTA
TTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCA
GAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCC
AAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTA
TTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCA
ACATTAGGTTGGTTAGCTTATTGAATTCTCTTTTATCTATTC

Intron 2 GTTCAAGATA ... TTTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.35	45	9	14
A2	26.76	26	8	11
A3	26.15	24	4	13
A4	19.05	34	5	11
A5	38.89	11	2	12
A6	21.74	9	0	5
A7	21.05	15	3	5
A8	23.08	10	2	4
A9	20	14	0	7
A10	23.08	10	0	6

>TRINITY_DN122374_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAAAAACAAACACCTTTCGCACAACCATGATATTGAAAAACAATTTTAAATATTTTGTGTTTAGATGCTAAGTCACCAGCCTTTCTGGCCACTAGGTGGACAATTTGCTGGCCTGGGGTTTGTACCTCTCCTCTGTAAGTGCAGTGGTAGAAGTGTTGTATTATTATTGTCTTAGGCAAGGCAAAGGCAAAAATCTAGT
AGGGGGAGGAGGAGAACAGTGGGGATCATCGGCGTAGAAAGCAAGCAGCATGGCGACGGCGGGCGGGGCATCCATACGCTTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCA
GTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGACAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTAT
GAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAACACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGT
GCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTGCGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATG
GGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATATTGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATG
GAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCCTAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGC
TATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTGGTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTG
GTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCGTGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATA
TGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCCCTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGG
AGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCA
AAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCCAGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATG
AGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTGCTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAAC
AAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTACAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTA
CGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAG
TTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACT
TCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTC
TTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTG
CAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGG
CCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAA
ATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAG
GAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTC
TGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTG
AATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAA
CTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTGGCA
AGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCTATT
TAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACC
TGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTAC
AGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATT
CAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCTAAG
GAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGC
CCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGAT
CTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCA

>TRINITY_DN122374_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAAAAACAAACACCTTTCGCACAACCATGATATTGAAAAACAATTTTAAATATTTTGTGTTTAGATGCTAAGTCACCAGCCTTTCTGGCCACTAGGTGGACAATTTGCTGGCCTGGGGTTTGTACCTCTCCTCTGTAAGTGCAGTGGTAGAAGTGTTGTATTATTATTGTCTTAGGCAAGGCAAAGGCAAAAATCTAGT
AGGGGGAGGAGGAGAACAGTGGGGATCATCGGCGTAGAAAGCAAGCAGCATGGCGACGGCGGGCGGGGCATCCATACGCTTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCA
GTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGACAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTAT
GAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAACACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGT
GCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTGCGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATG
GGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATATTGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATG
GAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCCTAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGC
TATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTGGTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTG
GTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCGTGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATA
TGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCCCTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGG
AGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCA
AAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCCAGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATG
AGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTGCTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAAC
AAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTACAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTA
CGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAG
TTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACT
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CCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAA
ATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAG
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TGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTG
AATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAA
CTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTGGCA
AGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCTATT
TAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACC
TGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTAC
AGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATT
CAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGgttcaagatattttagtt
tggaactgtgactataaaatatctgtagatactgatatgccaggatctattaaatttcttcgtttatattaattgctaatgagtttttttcacttgcaacctgtacaagaaatcttactttacaagaaatcttactttacaattgtttggcatattttctaatttctgacacccggctgcatcaggtaataaatggcttt
aatttttgatgcagGCTCAGCTGGTTTCTAAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTT
ATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGA
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Intron 3 GTTTGTTCCT ... GTTTTTTCAG

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TGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCC
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TGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCC
CTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTT
CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
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AAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGAT
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TGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAAT
TAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTAC
AAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACT
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AAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGA
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CAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACT
AATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTA
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GTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAAT
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TAAAACTCAATCTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATCTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACC
ATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTC
ATCCC

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TAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTG
GTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCG
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CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
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GCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTC
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TCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCTAAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTG
AGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTT
TTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAAT
CCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCACAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTC
CTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACTAATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGC
AGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTAACCGCCATAGgtttgttccttgccaatacttgtctgctgtttgtaatgattgttttcatatcattaaatttttaacaagttt
tcatttgttttttcagTGGTAAAATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGTGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTATTGCTTCTATGTTGGAATCTCTATTACTG

Intron 4 GTAGATACTG ... TTTGATGCAG

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A4	64.71	6	2	11
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A6	50	5	0	5
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A8	57.14	3	0	4
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A10	50	6	1	6

>TRINITY_DN110811_c0_g1_i18 from sample A5 / Example spliced isoform

AATGACTGCAGATGAAGTTGAACACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTC
GTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTGCGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCA
AGGTACAAGGAAGTTGCAGATATTGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGC
TCTTGGTGAAATGGCTGGAACCCTAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTT
CTGCTGGCCTGTCAGATACCTTGGTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTT
AGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCGTGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTT
TAATACAAGTCGAACTGGCTGCCCTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCAC
TCAATGATGAGGCATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGA
TTAGTGCTGCCATACATTGCTCCAGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGC
AGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTGCTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTC
ATAAGCGCAATCAACAGTCATTACAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTACGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTAT
CACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCT
GCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATG
TTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCAT
CCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTAT
TTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAG
AGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCA
AATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTAT
TGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAA
CATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAA
CATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGT
GCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTGGCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCT
GGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTTCCTATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGG
TTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTT
TGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTT
TGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGA
AGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGTTCAAGATATTTTAGTTTGGAACTGTGACTATAAAATATCTGCTCAGCTGGTTTCTAAGGAGCTCATCAGAGT
AGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGCCCATGAATGTTGTA
TGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGATCTCCAGTGGTTACA
ATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCACAAACTGCAGAGAAAGA
TCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACTAATAGCCAAAGTTGAAG
TCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTAACCGCCATAGTGGTAAA
ATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGTGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGTGTCATGGCAATGATGGA
GGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAATGGCCGTAAATGAATTGG
GTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTGGGTGGTGTCCTTTCTGG
TGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGGTAGAGACTGCACATGCTGATTTGGATCCTCAGGAGCTTTGTCAAAGATATTTAATGTGGTGTGTCCTCTTCAAACCATATTTGTGCCTGTTCTTTGTCCATGTATTTAAAACTCAAT
CTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATTTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACCATGTGGTTGAT
CTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTCATCCTTTGGTT
CTATACAGATGAATGGCGAATGATTCTGATTTTTATGGGTTGCCTCCTATTTTTATATTCTTGTGATGCTGC

>TRINITY_DN110811_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AATGACTGCAGATGAAGTTGAACACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTC
GTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTGCGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCA
AGGTACAAGGAAGTTGCAGATATTGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGC
TCTTGGTGAAATGGCTGGAACCCTAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTT
CTGCTGGCCTGTCAGATACCTTGGTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTT
AGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCGTGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTT
TAATACAAGTCGAACTGGCTGCCCTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCAC
TCAATGATGAGGCATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGA
TTAGTGCTGCCATACATTGCTCCAGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGC
AGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTGCTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTC
ATAAGCGCAATCAACAGTCATTACAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTACGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTAT
CACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCT
GCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATG
TTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCAT
CCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTAT
TTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAG
AGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCA
AATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTAT
TGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAA
CATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAA
CATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGT
GCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTGGCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCT
GGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTTCCTATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGG
TTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTT
TGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTT
TGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGA
AGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGTTCAAGATATTTTAGTTTGGAACTGTGACTATAAAATATCTgtagatactgatatgccaggatctattaaatt
tcttcgtttatattaattgctaatgagtttttttcacttgcaacctgtacaagaaatcttactttacaagaaatcttactttacaattgtttggcatattttctaatttctgacacccggctgcatcaggtaataaatggctttaatttttgatgcagGCTCAGCTGGTTTCTAAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTA
TTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCG
AAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTT
TTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCACAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATA
CAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACTAATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCA
TGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTAACCGCCATAGTGGTAAAATTTTACATA
TTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGTGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGTGTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTC
CATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAATGGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAA
TGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTGGGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGC
CATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGGTAGAGACTGCACATGCTGATTTGGATCCTCAGGAGCTTTGTCAAAGATATTTAATGTGGTGTGTCCTCTTCAAACCATATTTGTGCCTGTTCTTTGTCCATGTATTTAAAACTCAATCTGTAGAAAA
TTTCAGGTGTGTCGTCTATTTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACCATGTGGTTGATCTTGTACATA
GTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTCATCCTTTGGTTCTATACAGAT
GAATGGCGAATGATTCTGATTTTTATGGGTTGCCTCCTATTTTTATATTCTTGTGATGCTGC

Intron 5 GTAATATGTT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN133251_c0_g2_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCTTTCTGGCCACTAGGTGGACAATTTGCTGGCCTGGGGTTTGTACCTCTCCTCTGTAAGTGCAGTGGTAGAAGTGTTGTATTATTATTGTCTTAGGCAAGGCAAAGGCAAAAATCTAGTAGGGGGAGGAGGAGAACAGTGGGGATCATCGGCGTAGAAAGCAAGCAGCATGGCGACGGCGGGCGGGGCATCCATACGC
TTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCAGTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGA
CAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAAC
ACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTG
CGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATAT
TGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCC
TAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTG
GTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCG
TGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCC
CTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTT
CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
AGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTG
CTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTA
CAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTACGGTATCTGGTCTTATTTGTGTTCTTGCTTCAATTTTGTAAGTAACATTTCTCTTGCATTGCTGAACTGCATTATCCCA
TTTAGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGG
AAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGAT
ACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAA
CTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGC
TTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGA
TGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAAT
TAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTAC
AAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACT
TTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGG
GTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACT
GAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTG
GCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCT
ATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGA
ACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGT
TACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTC
ATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCT
AAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGA
GGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAG
GATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCA
CAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACT
AATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTA
ACCGCCATAGTGGTAAAATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGGGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGT
GTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAAT
GGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTG
GGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGACTGCACATGCTGATTTGGATCCTCAGGAGCTTTGTCAAAGATATTTAATGTGGTGTGTCCTCTTCAAACCATATTTGTGCCTGTTCTTTGTCCATGTATT
TAAAACTCAATCTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATCTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACC
ATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTC
ATCCC

>TRINITY_DN133251_c0_g2_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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TTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCAGTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGA
CAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAAC
ACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTG
CGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATAT
TGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCC
TAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTgtaatatgttatgaatgtctctttaggaaattctgcatctgtgagcctaacaaaaggattgcaaaaaccttatttatttttgaaatgggacttttttgcagATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCAT
GTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTGGTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACA
CCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCGTGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGC
AACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCCCTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTT
TTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGAC
TTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCCAGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGC
TAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTGCTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAA
ATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTACAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGAT
ACATCAGAGGACTATTATTCTACGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTT
GAAGGAGTTCATAACATGGAAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTC
GAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATC
AGACGTGCAGCCATTAAAACTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAA
AATTCTACAGCAGCATCGCTTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAA
AAAACTATAAAGTTAATGATGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTC
GTGAGTTGCTGGGCCCAATTAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTT
TGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGC
AACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCT
AGTGCTGCTTGGAACATGGGTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGC
TAGGAAATGCTTAGCCACTGAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCA
AGCGAAATGTTGAGGTTTGGCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCG
CCTCAAGTAATTTTTGCCTATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCG
AATATATCAAAAACTTGGAACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTC
AATATGTTGTTCAAGCTGTTACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCT
CAGATAATTGCAAGAATTCATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGA
TCAGGCTCAGCTGGTTTCTAAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCT
ATGGTCGAGAATTACAGGAGGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTA
CCGGGAACTTATCGTGCAGGATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACAC
TTTGTTGGCCAATGCACCACAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGG
ATTATGAACATTTGCCACTAATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACAT
CCAAGCAATCTTATGCTTAACCGCCATAGTGGTAAAATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGGGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCT
TAGAGCAAATAAGGACAGTGTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTC
GTGAAAGGGAACTTTTAATGGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAAC
TTGTGTCAGAGTTATGTTGGGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGACTGCACATGCTGATTTGGATCCTCAGGAGCTTTGTCAAAGATATTTAATGTGGTGTGTCCTCTTCAAACCATATTTGTGCC
TGTTCTTTGTCCATGTATTTAAAACTCAATCTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATCTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAA
TTGAAAGATGGTGGTAACCATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTT
GTAAATCATAGACCATGTCATCCC

Intron 6 GTATGTGAAT ... CTTCCTGTAG

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A9	0	2	0	0
A10	40	12	0	8

>TRINITY_DN109501_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

AGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCAGTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGACAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAG
GTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAACACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGT
TTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTGCGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGT
TTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATATTGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGA
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TAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTGGTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGC
TTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCGTGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCC
GTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCCCTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCAC
AGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGTATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTC
TGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCCAGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTG
ACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTCCTGTTAAACGTGAAGTTGCTGTTGCTACCCTTGGTCAGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGC
TTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTACAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCAT
TGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTACGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTAC
ATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTC
TGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGAT
GCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGT
TCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGA
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TTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTAAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGA
GAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCAT
GGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATG
GCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGA
ATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATC
GGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTGGCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACT
AGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTTCCTATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGT
TTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTC
CTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGG
TTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAG
TGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCTAAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAG
CTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAAT
TTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCATGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTT
CGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCACAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGC
TAGCC

>TRINITY_DN109501_c0_g1_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TACTCTAGAAATTTTTGGTGgtatgtgaatgtggtttatctattctttttgtaacatatgattgacatggaaggaagttaaggaaactgttaagaggggaaggctaacatatgtctaccttcctgtagGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATG
CATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGGTTCACATTGTAACTATATTTTAACAAACGGATTTGGTATTTCAATAGGATAATCTTGCCTATTCA

Intron 7 GTATCTGGTC ... TCCCATTTAG

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>TRINITY_DN133251_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

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CAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAAC
ACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTG
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TGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCC
TAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTG
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TGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCC
CTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTT
CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
AGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTG
CTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTA
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TATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTT
GGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTA
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AAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATT
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ATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTT
GCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGTTTGTGATATTTAGTATCTTTTGTTTTTGGTTATCTTATGTGCTTAACAGTGCCTATTCAGAGGACCATTGTTGATCAGTCATGATTGAATTAAGTAGCCTCTAGT
TTTTGACGGTTCCACATTTACTAATTCCTTGATTTATTAATTCAATTGTTTTAGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAG
AGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTG
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TCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCAT
TGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAA
GATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCG
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TGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGAGGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACA
CTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAA
GGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCACAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATA
GAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACTAATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTAT
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GGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGTGTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATA
GCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAATGGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCT
GGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTGGGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGACTGCACATGCTGATTTGGATC
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TACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACCATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTG
TAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTCATCCC

>TRINITY_DN133251_c0_g2_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCTTTCTGGCCACTAGGTGGACAATTTGCTGGCCTGGGGTTTGTACCTCTCCTCTGTAAGTGCAGTGGTAGAAGTGTTGTATTATTATTGTCTTAGGCAAGGCAAAGGCAAAAATCTAGTAGGGGGAGGAGGAGAACAGTGGGGATCATCGGCGTAGAAAGCAAGCAGCATGGCGACGGCGGGCGGGGCATCCATACGC
TTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCAGTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGA
CAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAAC
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CGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATAT
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CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
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CTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTA
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tttagGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGG
AAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGAT
ACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAA
CTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGC
TTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGA
TGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAAT
TAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTAC
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TTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGG
GTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACT
GAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTG
GCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCT
ATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGA
ACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGT
TACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTC
ATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCT
AAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGA
GGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAG
GATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCA
CAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACT
AATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTA
ACCGCCATAGTGGTAAAATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGGGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGT
GTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAAT
GGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTG
GGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGACTGCACATGCTGATTTGGATCCTCAGGAGCTTTGTCAAAGATATTTAATGTGGTGTGTCCTCTTCAAACCATATTTGTGCCTGTTCTTTGTCCATGTATT
TAAAACTCAATCTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATCTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACC
ATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTC
ATCCC

Intron 8 GTGAAGCCAT ... ATTTTTGCAG

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>TRINITY_DN133251_c0_g2_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

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TTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCAGTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGA
CAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAAC
ACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTG
CGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATAT
TGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCC
TAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTG
GTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCG
TGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCC
CTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTT
CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
AGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTG
CTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTA
CAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTACGGTATCTGGTCTTATTTGTGTTCTTGCTTCAATTTTGTAAGTAACATTTCTCTTGCATTGCTGAACTGCATTATCCCA
TTTAGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGG
AAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGAT
ACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAA
CTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGC
TTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGA
TGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAAT
TAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTAC
AAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACT
TTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGG
GTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACT
GAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTG
GCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCT
ATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGA
ACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGT
TACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTC
ATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCT
AAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGA
GGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAG
GATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCA
CAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACT
AATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTA
ACCGCCATAGTGGTAAAATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGGGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGT
GTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAAT
GGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTG
GGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGACTGCACATGCTGATTTGGATCCTCAGGAGCTTTGTCAAAGATATTTAATGTGGTGTGTCCTCTTCAAACCATATTTGTGCCTGTTCTTTGTCCATGTATT
TAAAACTCAATCTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATCTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACC
ATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTC
ATCCC

>TRINITY_DN133251_c0_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTGACATTCTTTAAATTATAAGATTTATTTTGTAATCCACATGCGGAAGAAATAATCTTATCAGTATCAGTGTAAAATCCAAGATATTGCTAAGCTGTTGTATATTTTTTATTATTCCACAGCATATATGCACACAATCCAGCGGTTGCATTAACTGACTGTGGGGTGATTCTATAATTCTTATCCCTCAAAAAACACA
TCTGCAATGGTTTATTGATCTTTTAGTTGGCCTTGGCACATCTTCATTTTATTTCATTTTGCAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGgtgaagccatgtgcttttagtggtattttcctttggt
gttgtctgagatgataattaggagctgattcatgtctttttcttgaattcttaaagaatataatcttattatatgatgtatttttgcagCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTA
GTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACT
TTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGG
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CTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACA
GCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTC
GACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTG
GGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGA
ACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGG

Intron 9 GTTCACATTG ... GTCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.67	33	9	15
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>TRINITY_DN133251_c0_g2_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCTTTCTGGCCACTAGGTGGACAATTTGCTGGCCTGGGGTTTGTACCTCTCCTCTGTAAGTGCAGTGGTAGAAGTGTTGTATTATTATTGTCTTAGGCAAGGCAAAGGCAAAAATCTAGTAGGGGGAGGAGGAGAACAGTGGGGATCATCGGCGTAGAAAGCAAGCAGCATGGCGACGGCGGGCGGGGCATCCATACGC
TTCGGCGGAGGGGTCGATACGCTTCGCCGGATCCTTGCAGACCTCTGCACGCGAGGCAAACCAAAGGAGGGTTCGGCAATGTTGCTGAGAAAACATGTTGAAGAGGAGGCACGGGATCTCAGTGGAGAGGCATTTACCCGTTTTATGGATCAATTATATGATCGAATTTCTGCCCTGATGATGAGCAATGATGTTACTGA
CAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAAC
ACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTG
CGTGCTTGTCTCTGTGTTATTGAGAAGCGTGAGACTAGATGGCGGGTGCAATGGTACTACCGCATGTTTGAAGCAACTCAAGACGGGCTTGGAAAGAATGCTAGTCACCACAGCATACATGGGTCATTGCTTGCTGTGGGTGAGCTTCTAAGGAATACGGGAGAATTTATGATGTCAAGGTACAAGGAAGTTGCAGATAT
TGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCC
TAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTG
GTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCG
TGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCC
CTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTT
CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
AGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTG
CTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTA
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TTTAGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGG
AAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGAT
ACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAA
CTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGC
TTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCCAGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGA
TGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAAT
TAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTAC
AAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACT
TTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGG
GTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACT
GAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTG
GCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCT
ATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGA
ACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGT
TACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTC
ATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCT
AAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGA
GGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAG
GATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCA
CAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACT
AATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTA
ACCGCCATAGTGGTAAAATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGGGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGT
GTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAAT
GGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTG
GGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGACTGCACATGCTGATTTGGATCCTCAGGAGCTTTGTCAAAGATATTTAATGTGGTGTGTCCTCTTCAAACCATATTTGTGCCTGTTCTTTGTCCATGTATT
TAAAACTCAATCTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATCTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACC
ATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTC
ATCCC

>TRINITY_DN133251_c0_g2_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGC
TGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAACTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGgttc
acattgtaactatattttaacaaacggatttggtatttcaataggataatcttgcctattcaatcatgacaagaattttgttttggtatccttttgataactaacaaatttagtatgctccttatgtccttgcagATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGA
ACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGAAAGTGACACGCC
AGCTACCTGGTGATGTCATCAGTGATCCATTGAATGATGTGGAAAATGACCTTCGTGATGAAGGGCTTGAGATTCAAAGGCAGGCAAAAAACTATAAAGTTAATGATGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAA
GAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAATTAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAA
TTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTC
ACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCT
CGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGG

Intron 10 GTTTGTGATA ... ATTGTTTTAG

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>TRINITY_DN133251_c0_g2_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

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CAAATTGGGCGCCTTACGAGCCATCGATGTGTTGATAGATGTAAAATTAGGGGAGAGTGCCTCTAAGGTCTCAAGGTTCTCCAGTAATATGCGTTATCTATTTGAAGAAAAACATGATTATGAAGTTCTGATACTTGGAAGCAAGGTTCTGGGTCATCTTGCCAGAGCTGGGGGAGCAATGACTGCAGATGAAGTTGAAC
ACCAGGTCAAGAATGCTTTGGAGTGGCTCAAAGGTGAAAGAATAGAGTATCGCCGTTTTGCAGCTGTTTTGATTTTGAAAGAAATGGCTGAGAATGCACCAACAGTATTTAATGTCCATGTGCCTGTATTTGTGGATGCTGTGTGGGTTGCACTTCGGGATCCATCAGTGGCTGTTCGTGAACGAGCTGTAGAGGCTTTG
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TGTTTTTAAATATCGTGAGCACAAGGATCGGCTTGTGCGGAAGAGCATTACATCACTACTACCCCGAATTGCTCATTTTTTACGTGATCGTTTTGTCACATCTTATCTTAAGATATGTATGGAACATATTCTGTCAGTGCTCCGCACTCCAGCAGAACGTGCAAGTGGATTTATTGCTCTTGGTGAAATGGCTGGAACCC
TAGATGGAGAGTTGATACACTATTTGCCGACAATTACGTCACTTATACGTGATGCTATTTCTCCACGTAGGGGTAAGCCTTCTATGGAAGCGCTCGCATGTATAGGAAGTTTTGCAAAAGCTATGGGTCCTGCGATGGAAACTCATATACGGAGCTCCTTATTGGATATCATGTTTTCTGCTGGCCTGTCAGATACCTTG
GTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCG
TGCATTGAAAACACTAGCCAACTTCAATTTCAAGGGTCATGAACTTCTTGAATTTGCAAGGGATGCCGTGGTTCCATACTTGGAGGATGAAGATGGTGCAACACGAAGGGATGCTGCAATATGTTGTTGTAAGCTAGTGGAGAATTCCTTTTTCTCTGGATCTATATCTCCACAGTTTAATACAAGTCGAACTGGCTGCC
CTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTT
CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
AGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTG
CTGTTGCTACTCTTGGTCAGGTTGTTCAGAGTACAGGTTATGTTGTTTCTCCCTATACTGAATACCCATCACTGCTAGGCTTGCTTCTAAGGTTGCTAAATGGAGAGCTAGCTTGGTCAACAAGAAGGGAGGTTTTGAAGGTGCTTGGAATCATGGGGGCATTGGATCCTCACATTCATAAGCGCAATCAACAGTCATTA
CAAGGTTCTCATGGTGAAGGTACTCGTGCCGCATCAGAGTGTGGTCAGCACATACAGACCATGGAAGATTTGCTAATGGATCATTGGCAATTAATTGATACATCAGAGGACTATTATTCTACGGTATCTGGTCTTATTTGTGTTCTTGCTTCAATTTTGTAAGTAACATTTCTCTTGCATTGCTGAACTGCATTATCCCA
TTTAGGTTGCTATCAGCTCGCTAATGCGGATACTGCGAGATCCATCTCTCTCAAGTTATCACCAAAAGGTTGTGGATTCACTTATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGG
AAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTTGGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGAT
ACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTAGAAATTTTTGGTGGTACCTTAGATGAACACATGCATTTGCTTCTGCCTGCACTTGTTCGACTTTTTAGACCAGATGCTTCAGATGCATCTGTGGAAATCAGACGTGCAGCCATTAAAA
CTCTTACAAAGCTTATTCCTCGTGTGCAGATATCAGGCCATGTATCGGCATTGGTCCATCCTTTAAAACTTGTACTTGATGGGAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGC
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TGGCCGACTACGAACAGCCTGGGAGGCTTCTCAACGAAGTACCAAGGAAGATTGGGCAGAGTGGATGCGCCATTTTAGCATTGAGCTTTTGAAAGAATCTCCATCACCAGCTTTACGTACTTGTGCTCGACTAGCACAATTACAGCCATCTGTAGGAAGAGAACTATTTGCAGCAGGTTTCGTGAGTTGCTGGGCCCAAT
TAAATGAAGCATACCAACAACAGCTAGTTCGGAGCCTTGAGATGGCATTTTCTTCTCCAAATATTCCTCCTGAGATCCTAGCTACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTAC
AAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCAATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACT
TTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTTGCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGG
GTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAGAGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACT
GAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTGCTACAGGAGGACGACAGGCATTGATCCGTAAAATGTGGATTGATCGGATACAAGGAACCAAGCGAAATGTTGAGGTTTG
GCAAGCGTTACTAGCTGTTCGTGCATTAGTTCTTCCACCGACAGAGGACATAGACACCTGGTTGAAATTTGCTTCTCTTTGCCGGAAAAGTGGTCGTATTAGTCAAGGTCGTTCCACCTTGGTCAGGCTGTTGCAGTATGATCCAGAATTTGCTCCTATAAAAACTAGATTCTCAGGTCCGCCTCAAGTAATTTTTGCCT
ATTTAAAGTATCGGTGGTCTCTTGGAGAAGATGCTAAACGAAAGGAAGCATTTCATCGGTTGCAAGATTTGTCAGTTGAGCTAGCCGGACATGCACATTCATCAGGGTCTATCTATATATATCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGA
ACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCATTGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGT
TACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAAGATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTC
ATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCGTAGAGCTGCTGCTCAAGAAGTTGTTGACAAAGTGCGGCAACATAGTGGTGTTCTGGTGGATCAGGCTCAGCTGGTTTCT
AAGGAGCTCATCAGAGTAGCTATACTATTGCATGAAATGTGGCATGAAGCATTGGAAGAAGCTAGTCGTTTATATTTTGGTGAGCGTAATGTAGAGGGAATGTTGAACGTGCTCGAACCACTGCATGGGATGCTAGAGGAGGGCCCGACTACATTGAATGAAGTAGCTTTTATTCAGGCCTATGGTCGAGAATTACAGGA
GGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGGCATGGGATCTATATTATCATGTTTTCAAGCGCATAAACAAACAACTTCTTAGTCTTAACACACTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAG
GATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAAGGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCA
CAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATAGAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACT
AATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTATACTCGCAGCTTGGCTGTCATGAGCATGGTGGGGTATCTTTTGGGGTTAGGTGATAGACATCCAAGCAATCTTATGCTTA
ACCGCCATAGTGGTAAAATTTTACATATTGATTTTGGAGATTGCTTTGAAGCTTCCATGAACCGGGAAAAGTTTCCAGAAAAGGTGCCATTCCGGTTAACTAGGATGCTTGTAAAAGCTATGGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGT
GTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATAGCGAAGAGTCAATGCCAGCTCGAGACCATCATTCTCCTTTGCATCCCCAACGAGGAGTTCGTGAAAGGGAACTTTTAAT
GGCCGTAAATGAATTGGGTGATGCAAATGAAGTCCTTAATGAACGAGCTGTGATAGTTATGGCTCGCATGAGTAACAAGCTTACTGGGAGAGATTTTCCTTCAGGTGCTGAAGTAGAACCTGGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTG
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TAAAACTCAATCTGTAGAAAATTTCAGGTGTGTCGTCTATCTTACAAAGGACCCATCTGTATCTAATGTTAGTGGCATAAAAATCTCAGCCTCCTGTTGTATAATGAGATGGTAAATTGTGTACAGTGGTCTTGGTGAAAGTATGTAACAAGGCCTTATTTTGTATAGAGGTGAACCAAAATTGAAAGATGGTGGTAACC
ATGTGGTTGATCTTGTACATAGTATGACACATTTCTATTCATCAACTAAATTGATTTTTCATTTGCTTGTGAAAATGAAAAATCATGTCTCTTTATGACTCAGCTGTATCTTCTGTGACTGTAAGTTTGACATTTTACTTCGCGTTGTGTACTTGTTGATGCTAAATTGTAAATATTCTTTGTAAATCATAGACCATGTC
ATCCC

>TRINITY_DN133251_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCTTTCTGGCCACTAGGTGGACAATTTGCTGGCCTGGGGTTTGTACCTCTCCTCTGTAAGTGCAGTGGTAGAAGTGTTGTATTATTATTGTCTTAGGCAAGGCAAAGGCAAAAATCTAGTAGGGGGAGGAGGAGAACAGTGGGGATCATCGGCGTAGAAAGCAAGCAGCATGGCGACGGCGGGCGGGGCATCCATACGC
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GTGCAAGCCCTTGATCAGATAGCTTCTAGTCTACCTTCATTACTGCCAACAATACAAGAGCGGTTGCTTGACTGCATATCTGTAGTGTTGTCCAAGACACCATATCGAACAACAAGGCCTGGTGGATCAGTAGTTCGCTCTAACACTGTCATCAATCCGCATCAAGTTTTGGATGTTAGTGGTCCTGCTCTGGTACAGCG
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CTGGTGGGGGAAGGCGGCGCCTTCTTGTTGAAGAAATTATAGAGAAGCTGCTTCTTGCAGCTGTCACAGATCCAGATGTTGGTGTGCGGAAGTCAGTTTTTCTTTCTTTGCATGCTAATGGAGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTT
CGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCAAAAGCAGGGAAGAAAGTGCAAAGTTATTAGGTTGCCTGATCAGGGCATGTGAAAGATTAGTGCTGCCATACATTGCTCC
AGCCCACAAGGCTTTGGTAGCTAAACTAAGTGAAGGCACAGGAGTCAATGCCAATAATGGAGTTGTGACTGGGGTGCTTGCAACTGTAGGGGAACTTGCTAGGGTGGGTGGCTGTGCAATGAGGCCTTACGTCAATGAGTTGATGCCATTGATTGTAGAGGCGCTACTAGATGGAGCAGCTGCTGTTAAACGTGAAGTTG
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TATGTTTATTTTCAAGTCTATGGGGCTTGCGTGTGTTCCTTATCTTCCAAAGGTCTTACCAGACCTTTTCTACATAGTTCGTACATGTGAAGAAGGTTTGAAGGAGTTCATAACATGGAAGTTAGGAACCTTAGTTTCTATTGTACGCCAGCATATACGTAAATATTTACCAGATCTGCTTGCACTTATCTCTGAACTTT
GGTCCTCTTTTAGTTTACCAGCTTCAAGCCGCCCTGCACATGGCTCTCCAATCCTACATTTAGTGGAGCAACTTTGCATAGCTCTGAATGATGAGTTTCGAGCATATCTACCAAAGATACTTCCTTGCTGTATTCAGGTTTTAAGTGATGCTGAACGCTCTGGGGATTACAGCTATGTTCCTGCTATTCTGCATACTCTA
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GAATGCAGATGAACTCAGAAAGGATGCCGTTGATGCTATCTGTGCATTAGCTCAAGCATTGGGTGATGACTTTACCATTTTTGTTCCATCTACTCGGAAAATTCTACAGCAGCATCGCTTGCAGCATAAAGATTTTGATGATATTGAAGCTCGCCTACTTAGACGAGAACCACTTATTTTGGATCTAGGTGGTATTCAGA
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TACACTTCTCAATTTGGCAGAATACATGGAGCATAATGAGAAACGTCTGCCTATTGATATTCGACTCCTTGGTGCCCTTGCTGAGAAGTGTCGAGCTTTTGCAAAAGCTTTGCATTACAAGGAAATGGAATTTGAAGGGGCACACAACAAAAAGATGGAAGCCAATGCAGTAACTATTGTTGAATCCCTGATACACATCA
ATAATCAGCTTCACCAGCATGAGGCTGCTGTTGGGATATTAACCTACGCACAAAAATACCTGGGTGTTCAATTAAAGGAATCATGGTACGAAAAGTTGCAACGTTGGGAAGAAGCACTTTCTGCATATACTTTCAAGGCAGTTCAAGCACCAAGTCCACATCTCGTCCTGGAGGCAACATTAGGGCGGATGCGATGCCTT
GCTGCTTTAGCTCGCTGGGAAGAACTGAGTAACCTTTGTAAAGAGTATTGGACTCCAGCTGAACAAGCTGCACGACTGGAAATGGCCCCAATGgtttgtgatatttagtatcttttgtttttggttatcttatgtgcttaacagtgcctattcagaggaccattgttgatcagtcatgattgaattaagtagcctctagt
ttttgacggttccacatttactaattccttgatttattaattcaattgttttagGCTGCTAGTGCTGCTTGGAACATGGGTGAATGGGATCAGATGGCAGAATATGTATCTAAGCTGGATGATGGTGATGAAACAAAACATCGAATGTTAGGGAATACTTCTGGCAGTGGTGATGGTAGTAGCAATGGAGCATTCTTTAG
AGCTGTTCTTTTGGTTCGACGTGCCAAGTATGATGAAGCTCGGGAATTTGTGGAGCGAGCTAGGAAATGCTTAGCCACTGAACTTGCTGCTTTGGTACTTGAGAGCTACGATCGTGCTTATAATAACATGGTTCGTGTGCAGCAGTTGGCAGAGTTGGAAGAGGTCATAGATTATTACACAATGCCCACTGCCAATATTG
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TCCCACAGCAACATCAGGCTCTATTAGCTCTTCGAGTTCAGGAGTTTCTCTCCTTGCTCGAATATATCAAAAACTTGGAACCTGGCAGTGGGCACTAACGTCTGTATTGGATGAAGACTCCATACATGAGATTCTTTTTGCATATCAAAATGCCACGGAAATTTCTAAAAAATGGTCAAAAGCATGGCACAAGTGGGCAT
TGTTTAATACTGCAGTGATGTCCCATTTCACTCTGAAAGGCCTTCCTGCTGTGGCCAGTCAATATGTTGTTCAAGCTGTTACAGGATATTTTCGGTCAATAGCATTTGGTGCAAATACAAAGGGGGGAGATGATAGTTTGCAGGATATTCTTCGACTGCTTACGTTATGGTTCAACCATGGGGCTACTGCTGAAGTGCAA
GATGCTTTGCAAGAAGGTTTTCAATATGTTAATATTGATACATGGTTGGTAGTATTGCCTCAGATAATTGCAAGAATTCATTCAAACATTCCAGCTGTAAGAGAATTGATTCAGTCACTTTTGGTGCGAATTGGAAGAAGCCACCCACAGGCTCTAATGTATCCATTGTTGGTTGCATGCAAATCTATAAGTAATCTGCG
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CTAGAATTGCAGTTTGTTTCTCCAGAATTACTTTCTGCTTGTAATTTGGAACTAGCTGTACCGGGAACTTATCGTGCAGGATCTCCAGTGGTTACAATAGTGGGTTTTGCACCACAGCTAACTGTCATAACATCAAAGCAACGCCCCCGAAAGTTGACAATCCATGGAAGTAATGGTGAGGATCATGCTTTCTTGCTCAA
GGGTCACGAAGATCTGCGACAAGATGAGCGTGTCATGCAGCTGTTCGGTCTAGTCAACACTTTGTTGGCCAATGCACCACAAACTGCAGAGAAAGATCTCTCTATACAACGCTATTCTGTGATTCCGTTGTCTCCAAATAGTGGTTTGATAGGTTGGGTTCCTAATTGTGATACCCTCCATCAGCTTATTCGTGAATATA
GAGATGTGAGAAAGATATTTGTGAATTTGGAACATCGCTTGATGCTAGCCTTTGCTCCGGATTATGAACATTTGCCACTAATAGCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGCATGCACTGGATAGTACTGAGGGCAATGATTTGGCCAAGGTCCTCTGGCTAAAGAGCAGAACATCTGAAATTTGGCTTGACCGCCGGACAAATTAT
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GGAAGTCAGTGGTATCGAAGGAAATTTTATATCAACTTGTGAAAATGTCATGCGGGTCCTTAGAGCAAATAAGGACAGTGTCATGGCAATGATGGAGGCTTTTGTCCATGATCCTTTGATAAACTGGAGACTTTTTAACCTCAATGAAGTTCCTGGCATGTCAAATCTTGCTAGCACGCATGTACAGACAGTTGTAAATA
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GGATTGACAGTTAAAAGCCAAGTACATAAGTTAATTGCTCAAGCAAGATCACATGAGAACTTGTGTCAGAGTTATGTTGGGTGGTGTCCTTTCTGGTGATCTAAGCCATATCGGCTTGCCTAGTGGTTGTTGTCAACTGAAGGAAATTCATCAGAATGCAAAATGTTTTGCCATGGAGACTGCACATGCTGATTTGGATC
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>TRINITY_DN122374_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

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AGGTTTTGATGAATTTTTGGCACAAGCTGACAGTTTGCGTGCAATATTTGTTGCACTCAATGATGAGGCATTTGAGGTTCGGGAGCTTGCTATATCGATGGCTGGCAGATTATCAGAAAGGAATCCAGCGTATGTCCTTCCTGCTCTGCGGCGCCACCTCGTACAGCTATTGACTGACTTGGAACAGAGTGCAGATAGCA
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>TRINITY_DN122374_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

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GGCCCATGAATGTTGTATGAAATATCGAAGAACTGGAAAAGAAGCCGAGCTCACTCAGgtatttgagataaaagttctttgtaatgagtttaacgtactttaattatctaatatttttgttctcccttgcagGCATGGGATCTATATTATCA