sp|Q9SW70|SRP_VITRI ----> Stress-related protein

Intron 1 GTATTCCGAC ... TTTCCTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.39	70	15.6	9
A2	10.45	60	5.3	7
A3	12.15	94	12	13
A4	17.31	86	14.7	18
A5	12.5	35	2.6	5
A6	14.57	451.6	29.5	77
A7	14.55	364	31.1	62
A8	13.78	219	19.7	35
A9	17.46	331	36.5	70
A10	11.03	427.6	57.2	53

>TRINITY_DN122664_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGACGGTATTCTTTCTTTGTATTCTTTGCCCATCGCAGACCATTGCGATCGTTTATTTGGCACAGAGATCGATTCATCGACATACAATCTACAGTTACAGTTGGAGATTTCGATTCCCTTGAACTCTATCGTGATCCAGCCATGTCTTCAGAGTCAAATCCCGAGACGCTTAATTACCTGGGATTTTTCCAAGTTGCCGC
TCAGAAGGTAACGACCCGCCTCTCTGTTCTTTATGATTACGCGAAAGAGAATTCAGGGCCTCTAAAACAGGGGGTGGATGCCATGGAGGGAACTGTGAAGCTTATGGTAGGGCCCGTTTACCGTAAGATCGAGGGAAAGCCCTTCGAGATTTTGCTTCTCGCCGATAGAAAGGTTGGTGATGCGATCGGTAAGATTGACA
GTCATGTGCCTCCAACTCTCAAATCAAAGACTTCTGAACTCTATGGGGCGGTGAAAAAGGCACCCGAAGCTGCCAGGTCGGTTGTGACTGACATTCGGCAAGTCGGTGTAGTGGGAAAGACTAAGGAAGTGGCCAAGACTTTGTATGTCAAGTCTGAACCCTCAGCCAAGAACTTGTATAACAAGTATGAGCCTTTTGCA
GTGGAATTGTCCCTCGCGGCCTGGTACAAGCTGCGTCAGGTTCCTCTTGTTCCCAAAGTTGTCGAGGTGCTTATACCACCGAGTGCTTATTGTGTCGAGAAGTACAATTCTGGGGTTCATTATTTATCCGATGGGGAGTACTGGGTCGCGGCTTACCTTCCTGTGGTTCCTGTGGAGAAGATTAAAAATTCAGTCTACAA
GGAATTGGAAATTCAGGAAAAGAATGGATCCGAAATTAATGAAGTTAGTGAAATTCCGATAGATAATTCTACTGAAGAATGATACAGTTCAGTTGAGATCACCTTTGCTTCCTACTGTCTTGCTTAAAGTTTGAGAGATGGAATGGATTTGAAGGCGATTTAAGCTCAAGGGAGCGTGTAATGGGTTGGGGATTTGGCTT
TCTTTCGAAGTACAGAGCATATTATCTTGTACTTTGGTTGCTGTAAACTAGTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAACTAGAAGGTTGATCAGGGCTTACTATAAAATAATTTTTCAGCTGTGGTGTATGAATAAAGGTTGGGTTACTGCTTTTTGTATGGACACATTC
TAATCGTTATCATTTTCTATTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAA

>TRINITY_DN122664_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATGATGATCAGACGCTTAATTACCTGGGATTTTTCCAAGTTGCCGCTCAGAAGGTAACGACCCGCCTCTCTGTTCTTTATGATTACGCGAAAGAGAATTCAGGGCCTCTAAAACAGGGGGTGGATGCCATGGAGGGAACTGTGAAGCTTATGGTAGGGCCCGTTTACCGTAAGATCGAGGGAAAGCCCTTCGAGATTTTG
CTTCTCGCCGATAGAAAGgtattccgacctgcctctatcaaaccctaatttgtatgcttttaattttgccttgttttgcccctgcaatttcaacgaaaattatgcatttgtaatcttgttttacttcacctgatcagatcatgaagttcgattcgattgcattgcaaaccagaagtacaatttagggtttaatttgatat
gttttccattaatccagaagaagaaaaatctagggtttagtttaatttgttcttcataaaccagaagaaacgagaagatgagaaatctagggtttcatttgatttgtttgtctttaaatcaggccgttctgtaattttatgtgttgttttttccttaagGTTGGTGATGCGATCGGTAAGATTGACAGTCATGTGCCTCC
AACTCTCAAATCAAAGACTTCTGAACTCTATGGGGCGGTGAAAAAGGCACCCGAAGCTGCCAGGTCGGTTGTGACTGACATTCGGCAAGTCGGTGTAGTGGGAAAGACTAAGGAAGTGGCCAAGACTTTGTATGTCAAGTCTGAACCCTCAGCCAAGAACTTGTATAACAAGTATGAGCCTTTTGCAGTGGAATTGTCCC
TCGCGGCCTGGTACAAGCTGCGTCAGGTTCCTCTTGTTCCCAAAGTTGTCGAGGTGCTTATACCACCGAGTGCTTATTGTGTCGAGAAGTACAATTCTGGGGTTCATTATTTATCCGATGGGGAGTACTGGGTCGCGGCTTACCTTCCTGTGGTTCCTGTGGAGAAGATTAAAAATTCAGTCTACAAGGAATTGGAAATT
CAGGAAAAGAATGGATCCGAAATTAATGAAGTTAGTGAAATTCCGATAGATAATTCTACTGAAGAATGATACAGTTCAGTTGAGATCACCTTTGCTTCCTACTGTCTTGCTTAAAGTTTGAGAGATGGAATGGATTTGAAGGCGATTTAAGCTCAAGGGAGCGTGTAATGGGTTGGGGATTTGGCTTTCTTTCGAAGTAC
AGAGCATATTATCTTGTACTTTGGTTGCTGTAAACTAGTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAACTAGAAGGTTGATCAGGGCTTACTATAAAATAATTTTTCAGCTGTGGTGTATGAATAAAGGTTGGGTTACTGCTTTTTGTATGGACACATTCTAATCGTTATCAT
TTTCTATTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAA

Intron 2 GTTTGCCTAG ... TGATGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.9	54	0	8
A2	20.37	43	1	11
A3	22.78	61	0	18
A4	14.75	52	0	9
A5	19.05	17	0	4
A6	13.87	236	2	38
A7	17.42	218	0	46
A8	13.82	106	0	17
A9	14.62	146	0	25
A10	14.8	213	1	37

>TRINITY_DN48132_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGGGACGGTATTCTTTCTTTGTATTCTTTGCCCATCGCAGACCATTGCGATCGTTTATTTGGCACAGAGATCGATTCATCGACATACAATCTACAGTTACAGTTGGAGATTTCGATTCCCTTGAACTCTATCGTGATCCAGCCATGTCTTCAGAGTCAAATCCCGAGACGCTTAATTACCTGGGATTTTTCCAAGTTG
CCGCTCAGAAGGTAACGACCCGCCTCTCTGTTCTTTATGATTACGCGAAAGAGAATTCAGGGCCTCTAAAACAGGGGGTGGATGCCATGGAGGGAACTGTGAAGCTTATGGTAGGGCCCGTTTACCGTAAGATCGAGGGAAAGCCCTTCGAGATTTTGCTTCTCGCCGATAGAAAGGTTGGTGATGCGATCGGTAAGATT
GACAGTCATGTGCCTCCAACTCTCAAATCAAAGACTTCTGAACTCTATGGGGCGGTGAAAAAGGCACCCGAAGCTGCCAGGTCGGTTGTGACTGACATTCGGCAAGTCGGTGTAGTGGGAAAGACTAAGGAAGTGGCCAAGACTTTGTATGTCAAGTCTGAACCCTCAGCCAAGAACTTGTATAACAAGTATGAGCCTTT
TGCAGTGGAATTGTCCCTCGCGGCCTGGTACAAGCTGCGTCAGGTTCCTCTTGTTCCCAAAGTTGTCGAGGTGCTTATACCACCGAGTGCTTATTGTGTCGAGAAGTACAATTCTGGGGTTCATTATTTATCCGATGGGGAGTACTGGGTCGCGGCTTACCTTCCTGTGGTTCCTGTGGAGAAGATTAAAAATTCAGTCT
ACAAGGAATTGGAAATTCAGGAAAAGAATGGATCCGAAATTAATGAAGTTAGTGAAATTCCGATAGATAATTCTACTGAAGAATGATACAGTTCAGTTGAGATCACCTTTGCTTCCTACTGTCTTGCTTAAAGTTTGAGAGATGGAATGGATTTGAAGGCGATTTAAGCTCAAGGGAGCGTGTAATGGGTTGGGGATTTG
GCTTTCTTTCGAAGTACAGAGCATATTATCTTGTACTTTGGTTGCTGTAAACTAGTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAACTAGAAGGTTGATCAGGGCTTACTATAAAATAATTTTTCAGCTGTGGTGTATGAATAAAGGTTGGGTTACTGCTTTTTGTATGGACAC
ATTCTAATCGTTATCATTTTCTATTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAA

>TRINITY_DN48132_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGTCTTCAGAGTCAAATCCCGAGgtttgcctagcttagaatttgtttttaactttttcatatcttctgtaatttttttgattgaatgcagtaccatggcttatggtttttttggccttggagaatgatgatcagACGCTTAATTACCTGGGATTTTTCCAAGTTGCCGCTCAGAAGGTAACGACCCGCCTCTCTGTTCTT
TATGATTACGCGAAAGAGAATTCAGGGCCTCTAAAACAGGGGGTGGATGCCATGGAGGGAACTGTGAAGCTTATGGTAGGGCCCGTTTACCGTAAGATCGAGGGAAAGCCCTTCGAGATTTTGCTTCTCGCCGATAGAAAGGTTGGTGATGCGATCGGTAAGATTGACAGTCATGTGCCTCCAACTCTCAAATCAAAGAC
TTCTGAACTCTATGGGGCGGTGAAAAAGGCACCCGAAGCTGCCAGGTCGGTTGTGACTGACATTCGGCAAGTCGGTGTAGTGGGAAAGACTAAGGAAGTGGCCAAGACTTTGTATGTCAAGTCTGAACCCTCAGCCAAGAACTTGTATAACAAGTATGAGCCTTTTGCAGTGGAATTGTCCCTCGCGGCCTGGTACAAGC
TGCGTCAGGTTCCTCTTGTTCCCAAAGTTGTCGAGGTGCTTATACCACCGAGTGCTTATTGTGTCGAGAAGTACAATTCTGGGGTTCATTATTTATCCGATGGGGAGTACTGGGTCGCGGCTTACCTTCCTGTGGTTCCTGTGGAGAAGATTAAAAATTCAGTCTACAAGGAATTGGAAATTCAGGAAAAGAATGGATCC
GAAATTAATGAAGTTAGTGAAATTCCGATAGATAATTCTACTGAAGAATGATACAGTTCAGTTGAGATCACCTTTGCTTCCTACTGTCTTGCTTAAAGTTTGAGAGATGGAATGGATTTGAAGGCGATTTAAGCTCAAGGGAGCGTGTAATGGGTTGGGGATTTGGCTTTCTTTCGAAGTACAGAGCATATTATCTTGTA
CTTTGGTTGCTGTAAACTAGTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAACTAGAAGGTTGATCAGGGCTTACTATAAAATAATTTTTCAGCTGTGGTGTATGAATAAAGGTTGGGTTACTGCTTTTTGTATGGACACATTCTAATCGTTATCATTTTCTATTGGTTTTCGGT
ATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAA

Intron 3 GTTTGCCTAG ... GGCCTTGGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.41	50	0	4
A2	16.67	40	1	8
A3	15.87	53	0	10
A4	7.84	47	0	4
A5	11.11	16	0	2
A6	9.72	223	2	24
A7	13.25	203	0	31
A8	8.77	104	0	10
A9	10.9	139	0	17
A10	8.84	196	1	19

>TRINITY_DN48132_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGGGACGGTATTCTTTCTTTGTATTCTTTGCCCATCGCAGACCATTGCGATCGTTTATTTGGCACAGAGATCGATTCATCGACATACAATCTACAGTTACAGTTGGAGATTTCGATTCCCTTGAACTCTATCGTGATCCAGCCATGTCTTCAGAGTCAAATCCCGAGAATGATGATCAGACGCTTAATTACCTGGGAT
TTTTCCAAGTTGCCGCTCAGAAGGTAACGACCCGCCTCTCTGTTCTTTATGATTACGCGAAAGAGAATTCAGGGCCTCTAAAACAGGGGGTGGATGCCATGGAGGGAACTGTGAAGCTTATGGTAGGGCCCGTTTACCGTAAGATCGAGGGAAAGCCCTTCGAGATTTTGCTTCTCGCCGATAGAAAGGTTGGTGATGCG
ATCGGTAAGATTGACAGTCATGTGCCTCCAACTCTCAAATCAAAGACTTCTGAACTCTATGGGGCGGTGAAAAAGGCACCCGAAGCTGCCAGGTCGGTTGTGACTGACATTCGGCAAGTCGGTGTAGTGGGAAAGACTAAGGAAGTGGCCAAGACTTTGTATGTCAAGTCTGAACCCTCAGCCAAGAACTTGTATAACAA
GTATGAGCCTTTTGCAGTGGAATTGTCCCTCGCGGCCTGGTACAAGCTGCGTCAGGTTCCTCTTGTTCCCAAAGTTGTCGAGGTGCTTATACCACCGAGTGCTTATTGTGTCGAGAAGTACAATTCTGGGGTTCATTATTTATCCGATGGGGAGTACTGGGTCGCGGCTTACCTTCCTGTGGTTCCTGTGGAGAAGATTA
AAAATTCAGTCTACAAGGAATTGGAAATTCAGGAAAAGAATGGATCCGAAATTAATGAAGTTAGTGAAATTCCGATAGATAATTCTACTGAAGAATGATACAGTTCAGTTGAGATCACCTTTGCTTCCTACTGTCTTGCTTAAAGTTTGAGAGATGGAATGGATTTGAAGGCGATTTAAGCTCAAGGGAGCGTGTAATGG
GTTGGGGATTTGGCTTTCTTTCGAAGTACAGAGCATATTATCTTGTACTTTGGTTGCTGTAAACTAGTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAACTAGAAGGTTGATCAGGGCTTACTATAAAATAATTTTTCAGCTGTGGTGTATGAATAAAGGTTGGGTTACTGCTTT
TTGTATGGACACATTCTAATCGTTATCATTTTCTATTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAA

>TRINITY_DN48132_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGTCTTCAGAGTCAAATCCCGAGgtttgcctagcttagaatttgtttttaactttttcatatcttctgtaatttttttgattgaatgcagtaccatggcttatggtttttttggccttggagAATGATGATCAGACGCTTAATTACCTGGGATTTTTCCAAGTTGCCGCTCAGAAGGTAACGACCCGCCTCTCTGTTCTT
TATGATTACGCGAAAGAGAATTCAGGGCCTCTAAAACAGGGGGTGGATGCCATGGAGGGAACTGTGAAGCTTATGGTAGGGCCCGTTTACCGTAAGATCGAGGGAAAGCCCTTCGAGATTTTGCTTCTCGCCGATAGAAAGGTTGGTGATGCGATCGGTAAGATTGACAGTCATGTGCCTCCAACTCTCAAATCAAAGAC
TTCTGAACTCTATGGGGCGGTGAAAAAGGCACCCGAAGCTGCCAGGTCGGTTGTGACTGACATTCGGCAAGTCGGTGTAGTGGGAAAGACTAAGGAAGTGGCCAAGACTTTGTATGTCAAGTCTGAACCCTCAGCCAAGAACTTGTATAACAAGTATGAGCCTTTTGCAGTGGAATTGTCCCTCGCGGCCTGGTACAAGC
TGCGTCAGGTTCCTCTTGTTCCCAAAGTTGTCGAGGTGCTTATACCACCGAGTGCTTATTGTGTCGAGAAGTACAATTCTGGGGTTCATTATTTATCCGATGGGGAGTACTGGGTCGCGGCTTACCTTCCTGTGGTTCCTGTGGAGAAGATTAAAAATTCAGTCTACAAGGAATTGGAAATTCAGGAAAAGAATGGATCC
GAAATTAATGAAGTTAGTGAAATTCCGATAGATAATTCTACTGAAGAATGATACAGTTCAGTTGAGATCACCTTTGCTTCCTACTGTCTTGCTTAAAGTTTGAGAGATGGAATGGATTTGAAGGCGATTTAAGCTCAAGGGAGCGTGTAATGGGTTGGGGATTTGGCTTTCTTTCGAAGTACAGAGCATATTATCTTGTA
CTTTGGTTGCTGTAAACTAGTGGTTTTCGGTATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAACTAGAAGGTTGATCAGGGCTTACTATAAAATAATTTTTCAGCTGTGGTGTATGAATAAAGGTTGGGTTACTGCTTTTTGTATGGACACATTCTAATCGTTATCATTTTCTATTGGTTTTCGGT
ATACTTTATTTTTGTTACTTCTGTATGTACTGCCCTGGTGAATGAA