NA ----> NA


Intron 1 GTATATACTC ... TGCCATTTAG

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>TRINITY_DN129975_c3_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTATTTGATAAGAGAAGAGTTGCTCTTTTTTCAGGAAACATACACGAACTTAAAAACCACTTAATTATTGAATATTATGCTATGAAACTGGATATAATGATTGATGTTATCAGTTAGAAATTAGAGCGAGGAAAACATTAGTTGCAATTTCAGTGAAAAAATCTTCTAATTGATGGCAAAGATTTCTCTAGTTTTTAAC
AAAACTGAAACTGTTATATAAAAAGTTTAATGGAAGAATGCATAGTAATGCTATTTTGAGTATTTTTAAATTTTCTAATGAAAAAAATAGTATTTTTCATCATGCTCTAGTAATTTTTTAGGTAAAGAAAGAAGATCAGTAATGACCACCACTAGGCACTAGTGAATTACCTGTGTAATAATAGGTATAATTGTACCCAT
ATTTAGAAAAAATGATGTCATTTTATACCTTTCTTTAGAATGATTGTAGCTAATTGCAGAATGTTAGCAGATATGGGTACAATACTTGTGTACAGTATGTGTGATGAAAGGCAACGGGGGTTTAATTTGCCCAATTTTGGACAGAGATAAGATGTTCTATAATTATTTGATAAGAGAAGAGTTGCTCTTTTTTCAGGAAA
CATACACGAACATAAAAGCCACTTAATTATTGAATATTATGCTATGAAACTGGATGAATCAATATAATAATTGATGTTATCAGTTAGAAATTAGAGGGAGGAAAACATTAGTTGCAAGTTCAGTAAAAAAATCTCTAATTGATGGTGAAGATTTCTCTAGTTTTAAACAAAACTAAAACTGTTATATAAAAAGTTTAATG
GAAGAATGCATAGTAATGCTATTTTGAGTATTTCTAAATTTTTCAATAGAAAAAATAGTATTTTTCAGAAGAGCAGTAATGACCACCCCTAGGCACTAATGAATTACCTGTAATTGCGTCAATAAGGCGCATTTCTACAGCTCGGGTGAGGGAGAAGTGTCTGTCTGTTCCATAAAAAAAATGCAGTGTGATGTAGCATA
GTGGAGCCTGCTTGGTGGGGGAAGTGTCGGTTTGTTCCATAATAATAAAAATAAAAATAAAAATACGTGCATTTGATTCCTCGTGGTGCTTTGGTGCTTTGTAGAACCGGAGTTAGATGGGTCTATCTTGGTAATAGGTATAATTGTACCCATATTTTTAAAAAATGATGTCATTTCATACCTTTCTTTAGAATGATTGT
AGCTAATTCCAAATTGATAGCAGATATGGGTACAAAACTTGTGTACAGTATGTGTGATGAAAGGCAGCGGGGGTTCAATTATTTCATTGAAATATCAAGTGGATGTTAATTAAGAATACTAGTAAATTATCTGCATGCATAATAGTAATAGCATTAATATTAATTTTTGGGCGGACTCAAAAATATGTTCCTATGCAGCT
GTCCTTATAGTGGACTTTAAAATGTTTAATCCACAGAAGTGAATGCGATATTTGTTATTGGATGCTAATCACCTACCTATTATGTATATAGCTTCATGTCATGGTTGCAAATATCCTAGCACCATAACAAATTCTTTTGAATATTCTAATCTCTCCAATTAATAAATTGGGATGTAAATTTGTTATCAATGCAGAAATCT
ATATGAGCAAATTGATGAGTAAGTTGAGCCTGTGTTGGTGTGATTTGCTCAACTTGTTAATATTTGTTAAATCAAAATTGTAACATTTTTCTTAGGTTCTAGGCAAAGGAGGATGACTACCAATCAATGATCACTGTCTCATGCAATCTGGTGAAAGTAATTAATAGCCTTTTAAGTTTTTGTAAAGGCAACAAGCTGAA
AATGTGTCATTTTAGGGGGACTGATGGTTAATTGAGCAGTCTAGACTTTGACAAGGTCTCTTATTGATGGCCAAGCTAGCAGGTAAAGAAATCGTTCTTTAATTTGATTAATTTTAATCAAATAGATATTGTTTTATATGCATTGACAAGATCACTCCGTTAAGATGAATATTTTAGATACAATATTTTATTATTATTCT
GTGCATTGCTTTACTCAATTTTTAGAAGGAACAGATGTTTCATTATTTATACTTCCTGTGCATTGAAGAACTAATACAAGTGAACTGTTGAGTTGTTGATGTACAGTTTCAGATTAAATTACTCCTGGTTCGCAGTAATTCAAGGTCAGGATATTATATTTCTTCTGTACTATATTTTATGTCAGGGCCATTCTTTGGCA
TTTTGTTGATCTTACTATGTATTCATTTATTTGTTAAAAACCATTATAACTGTATATCTGAAGCGATGCTGAGGAACGTGACTATGTTCTGCGTAGGAGGGGATTCATTAATCTTGGAACTGCGGTGATCATTCCCTGAGTGGGGATCCTGGGCGATTTGCTATCTGCTGCGACTGGCAAGATGCTAGGACACTAGAGCG
ATATAGCAACTGCTGTGATCGTTGCTGGGCGATTTCCTTTCTGCTTGCTTGCAGGATGGGTGTTTAATGGGGCGGATGTTGAGCTATTACGTTTTCTTGGTTCTGTGGGAATGATATTGCTATTGGGACGCGGGGAAGATCACTTGGACCGAAGACATTTGCTGGGAAGGTCTATCGTCTGGCACTGTGCCCATTGGACC
CTGCTTTTAGTTCAGTAAATTAGATTGGCCCAGTAGCTGGCAGCGGTGTGGTTCATTGATGGCGGTCCCGAGGAGTGAGGAGGCATTGTCTGACGATTTCCAGCCACGAACAGGGTTGTATGCCAAGGATGAATCCATTAAAAACCCTGTCAAGAAGGTCAAGGAACGTAAGAGACTGGATCAATTAGTGCTGGGGGTCG
ATGTTACGTTGGCAAAGGCCGTGGATTACACTCATACAGCGGTAGTAGGACATGTTAGAGGCAGGAGATTAGGCAGAGGCTTCCTTCAGCGTTGGGTGGCAGAGAAATGGCTTAACATCGCTCCATCTGCACCGGAGGTCCGTGTTTCGTCGAAAGGATGGTTCTCATTCATTTTCTTGAACAGCGGGGAGGTCAATGCA
GTGCTGGGTAAACATTGGTCGATGCTAGGAGTACCACTTGTTCTGAAACGATGGTCACCATTCTTCGATGCTAAAACTGAAAGAATAGCTAAAGAACCGTTGTGGGTTAAGCTGCCAGGTCTTCCCATGCATATGTGGAACGAGACCAGGTTTGCTGAGATCGGGAATTATCTTGGGGAATACGTGTACTCTGATTCCTC
CCATTTGCAAAATGGTGTCATCGCTGCCATGATCTCGGACACCTTGTAGCCTGCTGTCCCTTATCTTTTCGCAAAAGCAAGCCTCAGAATGTTGCTGAAAATGATGATGTAGCTGTCCCTGTGTTGAAAGTGGACTCACAGGTCGAGGTAGTGGAGGGGAGTGGGCCAGATATTGACGGGGGGGGACATCATGAATCTGT
GAAACATTTTGAGAATGATGGGGGAATAGAATCTATGGTTCAATTGCCATCATTGATGACATATGGACCGAATAAGAT


>TRINITY_DN129975_c3_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTCCTCCCATTTGCAAAATGgtatatactcggttgctaaaattttagtcaatctcgacattaggatggggctttctgctgaaattaaagtacattccaaggatggggattatgtacaaacactggactatgtgggcgtgccatttagGTGTCATCGCTGCCATGATCTCGGACACCTTGTAGCCTGCTGTCCCTTATCT
TTTCGCAAAAGCAAGCCTCAGAATGTTGCTGAAAATGATGATGTAGCTGTCCCTGTGTTGAAAGTGGACTCACAGGTCGAGGTAGTGGAGGGGAGTGGGCCAGATATTGACGGGGGGGGACATCATGAATCTGTGAAACATTTTGAGAATGATGGGGGAATAGAATCTATGGTTCAATTGCCATCATTGATGACATATGG
ACCGAATAAGAT




Intron 2 GTCAGGATAT ... ATATCTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A8-1000
A9-1000
A10-1000



>TRINITY_DN107895_c1_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform
TACTGAGGAATATTTGATCAGATTCAACGCAAAAAGAGGGGGACTGATGGTTAATTGAGCAGTCTAGACTTTGACAAGGTCTCTTATTGATGGCCAAGCTAGCAGGTAAAGAAATCGTTCTTTAATTTGATTAATTTTAATCAAATAGATATTGTTTTATATGCATTGACAAGATCACTCCGTTAAGATGAATATTTTAG
ATACAATATTTTATTATTATTCTGTGCATTGCTTTACTCAATTTTTAGAAGGAACAGATGTTTCATTATTTATACTTCCTGTGCATTGAAGAACTAATACAAGTGAACTGTTGAGTTGTTGATGTACAGTTTCAGATTAAATTACTCCTGGTTCGCAGTAATTCAAGCGATGCTGAGGAACGTGACTATGTTCTGCGTAG
GAGGGGATTCATTAATCTTGGAACTGCGGTGATCATTCCCTGAGTGGGGATCCTGGGCGATTTGCTATCTGCTGCGACTGGCAAGATGCTAGGACACTAGAGCGATATAGCAACTGCTGTGATCGTTGCTGGGCGATTTCCTTTCTGCTTGCTTGCAGGATGGGTGTTTAATGGGGCGGATGTTGAGCTATTACGTTTTC
TTGGTTCTGTGGGAATGATATTGCTATTGGGACGCGGGGAAGATCACTTGGACCGAAGACATTTGCTGGGAAGGTCTATCGTCTGGCACTGTGCCCATTGGACCCTGCTTTTAGTTCAGTAAATTAGATTGGCCCAGTAGCTGGCAGCGGTGTGGTTCATTGATGGCGGTCCCGAGGAGTGAGGAGGCATTGTCTGACGA
TTTCCAGCCACGAACAGGGTTGTATGCCAAGGATGAATCCATTAAAAACCCTGTCAAGAAGGTCAAGGAACGTAAGAGACTGGATCAATTAGTGCTGGGGGTCGATGTTACGTTGGCAAAGGCCGTGGATTACACTCATACAGCGGTAGTAGGACATGTTAGAGGCAGGAGATTAGGCAGAGGCTTCCTTCAGCGTTGGG
TGGCAGAGAAATGGCTTAACATCGCTCCATCTGCACCGGAGGTCCGTGTTTTGTCGAAAGGATGGTTCTCATTCATTTTCTTGAACAGCGGGGAGGTCAATGCAGTGCTGGGTAAACATTGGTCGATGCTAGGAGTACCACTTGTTCTGAAACGATGGTCACCATTCTTCGATGCTAAAACTGAAAGAATAGCTAAAGAA
CCGTTGTGGGTTAAGCTGCCAGGTCTTCCCATGCATATGTGGAACGAGACCAGGTTTGCTGAGATCGGGAATTATCTTGGGGAATACGTGTACTCTGATTCCTCCCATTTGCAAAATGGTGTCATCGCTGCCATGATCTCGGACACCTTGTAGCCTGCTGTCCCTTATCTTTTCGCAAAAGCAAGCCTCAGAATGTTGCT
GAAAATGATGATGTAGCTGTCCCTGTGTTGAAAGTGGACTCACAGGTCGAGGTAGTGGAGGGGAGTGGGCCAGATATTGACGGGGGGGGACATCATGAATCTGTGGAACATTTTGAGAATGATGGGGGAATAGAATCTATGGTTCAATTGCCATCATTGATGACATCTGGACCGAAGAAGATTGGACGTGAGTCTCCTGC
TGTTGAGGGGGGCTCCTTGAGCTCTGTCACTCCGACTTCACTGGCCACTTTAATGCAGCAGGAGAGGTCCTCTCCTCGTCAGGATCCGACTGAGATACACACGGGTAAGTCACCTATCCAGCATCCATCCATTCTAGCTGATCCATTTGTATTAGGGGGGGGCTGCCATGGGTCTCCTCCTCGACAGGTTGACCACCTAC
ATCGGCCTGTTATGGGTAATGTCACGCCCTCTATTGATTCTATCTCACACTCTTCATGCTCCGAGGGCAAGCACATTCGATATGCTCTTCGCAGTAGGGAGATTACTGCAGACGGATCGGGGGGCAAGGGACTACCTGAGTTGGCCACTAGTGTTGAGGGGAAAGGACGGGGACGTAAATCCCATATGACTAAAGCTAAA
GAACGGGCGAAAGTGGATTTAGTGATGGGAACGCAATCGTCTATTGAGTGGGCACTTAGAGCAGTGATAGCCCAGGATGGGGATTGTTTATGAAGATTATGTCCTTCAATTGTCGTGGGTTGGCGAGCCCACTTAAAAAATCTTCCCTTCGTAGGCTGGTTGACCTTAATCAACCGGACATTATTATGCTGCAAGAAACT
TTGGGTGGCTGTGAGGATGTTGTTCGTACACTTGAAGCTTTGCTCCCTGGCTGGAAGTTTGTAGGTGTGGACGCCAGAGGGCGCTCTGGAGGGCTGGCTTCGGGGTGGAAGGTAACGAGCTGCAGATGTGATGGTACTTGGGGGATATCCTCTGGTCTTGGTTTGGAAGTTTGGGATGCTGAGATACGTCGGAGGATCAC
GGTACTCAATATTTATGGGCCCTACCTTAATAGGATGGGATTCTGGGACCACTTGTTAGAGATGGAGATATTTGATGGCAGGGAAGTGATATTGGGTGGGGACTTCAACCTCACTCTGGGGTCTTCTGAAGTTTGGGGGCCTCGGGCTGTTCCGGATTCCTTAGCAAACCATTTCATCAACGCATTTGTCAGAAAGGATC
TCCTTGATATCATACCATCCCAGCTTTCTCCCACTTGGAGGAATA


>TRINITY_DN107895_c1_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TAATAATAAAAATAAAATTAAAAATACGTGCATTTGATTCCTCGTGGTGCTTTGGTGCTTTGTAGAACCGGAGTTAGATGGGTCTATCTTGGTAATAGGTATAATTGTACCCATATTTTTAAAAAATGATGTCATTTCATACCTTTCTTTAGAATGATTGTAGCTAATTCCAAATTGATAGCAGATATGGGTACAAAACT
TGTGTACAGTATGTGTGATGAAAGGCAGCGGGGGTTCAATTATTTCATTGAAATATCAAGTGGATGTTAATTAAGAATACTAGTAAATTATCTGCATGCATAATAGTAATAGCATTAATATTAATTTTTGGGCGGACTCAAAAATATGTTCCTATGCAGCTGTCCTTATAGTGGACTTTAAAATGTTTAATCCACAGAAG
TGAATGCGATATTTGTTATTGGATGCTAATCACCTACCTATTATGTATATAGCTTCATGTCATGGTTGCAAATATCCTAGCACCATAACAAATTCTTTTGAATATTCTAATCTCTCCAATTAATAAATTGGGATGTAAATTTGTTATCAATGCAGAAATCTATATGAGCAAATTGATGAGTAAGTTGAGCCTGTGTTGGT
GTGATTTGCTCAACTTGTTAATATTTGTTAAATCAAAATTGTAACATTTTTCTTAGGTTCTAGGCAAAGGAGGATGACTACCAATCAATGATCACTGTCTCATGCAATCTGGTGAAAGTAATTAATAGCCTTTTAAGTTTTTGTAAAGGCAACAAGCTGAAAATGTGTCATTTTAGGGGGACTGATGGTTAATTGAGCAG
TCTAGACTTTGACAAGGTCTCTTATTGATGGCCAAGCTAGCAGGTAAAGAAATCGTTCTTTAATTTGATTAATTTTAATCAAATAGATATTGTTTTATATGCATTGACAAGATCACTCCGTTAAGATGAATATTTTAGATACAATATTTTATTATTATTCTGTGCATTGCTTTACTCAATTTTTAGAAGGAACAGATGTT
TCATTATTTATACTTCCTGTGCATTGAAGAACTAATACAAGTGAACTGTTGAGTTGTTGATGTACAGTTTCAGATTAAATTACTCCTGGTTCGCAGTAATTCAAGgtcaggatattatatttcttctgtactatattttatgtcagggccattctttggcattttgttgatcttactatgtattcatttatttgttaaaa
accattataactgtatatctgaag
CGATGCTGAGGAACGTGACTATGTTCTGCGTAGGAGGGGATTCATTAATCTTGGAACTGCGGTGATCATTCCCTGAGTGGGGATCCTGGGCGATTTGCTATCTGCTGCGACTGGCAAGATGCTAGGACACTAGAGCGATATAGCAACTGCTGTGATCGTTGCTGGGCGATTTCCTT
TCTGCTTGCTTGCAGGATGGGTGTTTAATGGGGCGGATGTTGAGCTATTACGTTTTCTTGGTTCTGTGGGAATGATATTGCTATTGGGACGCGGGGAAGATCACTTGGACCGAAGACATTTGCTGGGAAGGTCTATCGTCTGGCACTGTGCCCATTGGACCCTGCTTTTAGTTCAGTAAATTAGATTGGCCCAGTAGCTG
GCAGCGGTGTGGTTCATTGATGGCGGTCCCGAGGAGTGAGGAGGCATTGTCTGACGATTTCCAGCCACGAACAGGGTTGTATGCCAAGGATGAATCCATTAAAAACCCTGTCAAGAAGGTCAAGGAACGTAAGAGACTGGATCAATTAGTGCTGGGGGTCGATGTTACGTTGGCAAAGGCCGTGGATTACACTCATACAG
CGGTAGTAGGACATGTTAGAGGCAGGAGATTAGGCAGAGGCTTCCTTCAGCGTTGGGTGGCAGAGAAATGGCTTAACATCGCTCCATCTGCACCGGAGGTCCGTGTTTTGTCGAAAGGATGGTTCTCATTCATTTTCTTGAACAGCGGGGAGGTCAATGCAGTGCTGGGTAAACATTGGTCGATGCTAGGAGTACCACTT
GTTCTGAAACGATGGTCACCATTCTTCGATGCTAAAACTGAAAGAATAGCTAAAGAACCGTTGTGGGTTAAGCTGCCAGGTCTTCCCATGCATATGTGGAACGAGACCAGGTTTGCTGAGATCGGGAATTATCTTGGGGAATACGTGTACTCTGATTCCTCCCATTTGCAAAATGGTGTCATCGCTGCCATGATCTCGGA
CACCTTGTAGCCTGCTGTCCCTTATCTTTTCGCAAAAGCAAGCCTCAGAATGTTGCTGAAAATGATGATGTAGCTGTCCCTGTGTTGAAAGTGGACTCACAGGTCGAGGTAGTGGAGGGGAGTGGGCCAGATATTGACGGGGGGGGACATCATGAATCTGTGGAACATTTTGAGAATGATGGGGGAATAGAATCTATGGT
TCAATTGCCATCATTGATGACATCTGGACCGAAGAAGATTGGACGTGAGTCTCCTGCTGTTGAGGGGGGCTCCTTGAGCTCTGTCACTCCGACTTCACTGGCCACTTTAATGCAGCAGGAGAGGTCCTCTCCTCGTCAGGATCCGACTGAGATACACACGGGTAAGTCACCTATCCAGCATCCATCCATTCTAGCTGATC
CATTTGTATTAGGGGGGGGCTGCCATGGGTCTCCTCCTCGACAGGTTGACCACCTACATCGGCCTGTTATGGGTAATGTCACGCCCTCTATTGATTCTATCTCACACTCTTCATGCTCCGAGGGCAAGCACATTCGATATGCTCTTCGCAGTAGGGAGATTACTGCAGACGGATCGGGGGGCAAGGGACTACCTGAGTTG
GCCACTAGTGTTGAGGGGAAAGGACGGGGACGTAAATCCCATATGACTAAAGCTAAAGAACGGGCGAAAGTGGATTTAGTGATGGGAACGCAATCGTCTATTGAGTGGGCACTTAGAGCAGTGATAGCCCAGGATGGGGATTGTTTATGAAGATTATGTCCTTCAATTGTCGTGGGTTGGCGAGCCCACTTAAAAAATCT
TCCCTTCGTAGGCTGGTTGACCTTAATCAACCGGACATTATTATGCTGCAAGAAACTTTGGGTGGCTGTGAGGATGTTGTTCGTACACTTGAAGCTTTGCTCCCTGGCTGGAAGTTTGTAGGTGTGGACGCCAGAGGGCGCTCTGGAGGGCTGGCTTCGGGGTGGAAGGTAACGAGCTGCAGATGTGATGGTACTTGGGG
GATATCCTCTGGTCTTGGTTTGGAAGTTTGGGATGCTGAGATACGTCGGAGGATCACGGTACTCAATATTTATGGGCCCTACCTTAATAGGATGGGATTCTGGGACCACTTGTTAGAGATGGAGATATTTGATGTCAGGGACCAATCCTTTGACAAGGTTGAACCCTTGACCTTGACTTGCGTTGGTTTCTCAACGCTTC
CTTTCGTTACTGTTTGTGTATAAATTTTGATGGATAATATAAATGGTTTTGCAAAGATCAAAGTATAATTTGAAATACAATTTCAGAGAGATTGCTCTTAGCATTTTCGTTATTTTTGTAATGAATGGATTTTGATACAAGCTACCAGTGTTTTATGGCAAAGCCCGTCTCTATTGGCAAAAGATTGTGATGTTCGTTTT
TAAGAGTCGTTTCAAACATTGAATGTGAGGCAAAGTTGGAAACCCTACCATAACTTGTTTATAGTGTTAAAGGTTTACTTGTGGAAAACTAAGGGTTTCGAACTCCGAACCTGTTATGTATTTAAGATTTATTTTGATAGCTTATAAAATTATTATGTGGATTAGGGTGAGTCGAGACTTGAACCCTGCACACCTGTGCT
TTAGAAAACTTATAAAGGCTGTGTTTATAATTTTATGAAAGCATGGACCGGTTTGGGTGAACCCTTACGGGTATCGAACCCCGATCTTGCATTATATTATTGTTTTTGGAAAAGAATGCAATGTTATTAAAGTATTACCGGTTGTGGATTATGAGCAGGGTTTTCAACCTTGGAATGGTCGATAGACTCTTTAGAGTTAC
TATTTGCTTAGTTAATCGTAGTATATTTTAATGGGTAAATTAAATGGTAATTTTTTTGAAAGTGCATTATTATTCAGTGTGTTTCCAAGATTTATGTGTAAGTATTTACGTGAATAAATATGATGAAACGAAGCTTGATATTCATAGTTAAAATTAGTGGAGAAGTATGTAAAAGATTACTCTTTCAGTACAAGATAAAT
TTATGGTTTTTCATTTGGTTTTAAAATATATCCAACCTGTATTATGGAATTACGATACTATTAGGGTTTTGCATCATCAATTGTTTATAAAAAGAGTTAAATTTAATCTAAATGTAAACTAGATTTAAGATTGTTAATTCTGTATGAAACAATTGAGATGCTAAGTAATGTTGTTCGATATATAGGGTGATTCCTGAAAT
TTTGCCTACCA