sp|F4ILR7|DEXH1_ARATH ----> DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1

Intron 1 GTATGGCTTG ... TATTGTTCAG

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A5	0	1	0	0
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A9	23.08	30	5	13
A10	16.67	5	0	2

>TRINITY_DN115650_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TGGAAAGGAGATGAGTTCTTGAGATCTACTTTGAAAGTCATTGGAAAGAGCATTATACAGGCCACTTAAATTCAGACAAAACATCGGCTTTGGTATGTGAAAGTCCCTCTTTGGAATTAAGCAGGCGTGAAGGAGTAGCGAGCGACAATGAATCCGAAGGTCAAGTCAAAGCAGCAGGCTTCCTCACGACATGTTTACAA
GTCTGGAGCTGCAGGCTGTGGAGGGAAGGCATCCGCAGTTAATCCTAAGAACTCTGGTCAGGTCATTCAATGTATGTACTGTGATCGGACATTTAAGCAGGATGGACGGTACAAAGAGCACTTAAAGAACAAACATGCCAATGAGGACCTGGAGCAGGCACAATTGATAAACCTACATGGAACATCTTCTGCCTTGGAGT
CTGTTGGGGATGTGGCCCTCATCAGCTCACAAGGTCCTTCACAATCGTCTTATCCAGTCAAGACACCAAAGTCTTTACTGCATGAATGGTGTCAGAAAAATAAAAAACCAGCGCCAAGGTTCAAGCATGTGGAGGTCGTGGGAGGTTTCCACTGCAGAGTTGTTTTGCCAGATCCAAAGAAAAGTGAAGCTGATGTGATC
TTGTGGTATAGTGAAAAGGCTGTTCCAACAGCCCAAGAAGCACAACACCACGCTTCAGTCATGGCTCTCTATTATGTTATGGGTGATCGCAGGCTAGATCGTATCCTTCCATATGAATATCGAGAACAATGGCTTGAACTTGAGAGAGCTGCAGAAATTAAAAAATCATTTGCGAAAGTAAACTGTCCAAAACCAATATC
ACGTGCCTTTCCCTCGCGGGAAATTCAATCAGTTTTTATGAGTGAGAGTAATAGACAGTTAGTTGAAGGGCTCCTCCTTGATAAAAATGACAACATTGCAAAGGATGAAAGTGTGATATTTACTTCAGTTAATGGTTTCCCTTTGCAAGGCATTAAGTGTGGTAATGAGGTTGCAGAAATTGATGAGAAAGAAGGCAGTC
AACACAGTAATGATATAGGGGTGGTCGACAATAATAGATCCAGGCTAAAATGCAGTTTGAATGATAATGCTGAGTTAGAGAAAGGGTGTTGTCCAAACCAACCCTTGGGTCATGGTGCTCTTAGATTTAAAAATAAGGGTTTAGTAGAGAATACATCCAATACTCATACTGAAGACAAAACTAGATCCGAGTTGATAGGT
ATGGGGTTCAAGGAGCATTATGTTAGTGCTGCTCTAACAAAGTCAAATCAATTATCAACTTGTCTTGATTGGTTGATGCTGCATGTTCCTGAAAATCAGTTACCCTTTAAATTTGCTCCTAGGGCATCTAAAGCTTCAGTGCAAGTTTTGGTAAATAAAAATGAAGAAACTGTTAAGAATTTTCCTCTGGAAAATCAAAG
CATTGCAAGATTACTTGAGTATGGCTATGATCATCATCACTGCAAGCTTGCTCTATCAGAGGCTAATGGGGATGAAGATATAGCACTGCATAGATTATTTATGCAGGCTATGGAGAGAAAGTCATCTGACAATACTTTTATCAAACTTGACAAGAGCACAAATGAGCTTCATGAGTTGAGGTCTGAGGAGCTTGTGGCAT
TGCAGTCAATATTTGGAGAAGAAGCCATTTCCTTGTCCCTCTCTTTTTTCAAATTTAACATACAGCTCATGGAAACATCATCAATACCACTGGAGATGGAGGTGAAGGTGCTTCCTGGGACCCTTTATCCTTTTGAAATCCCAATTGTGGCATTCAAAAGCCCGAATCTGGCTTCCAAGTTTCTCCTAGAGCTTACCAGA
AACATTTATAAAAGAGCAGTAGAATTAGTTGGCAGGCAGATGATCTATGAACTATTTTGCTCGGCAACAGATGAGGCAAATTCCTTAATAATGAAATATAGAGTAGAAGTGCAATCTTCAGAAGAAATCATGACAGAGATAGTGGCACCAGCTTGTAGTAAGGAGGGAGCTGTTGAAACGTTTTCAACTAATACATGTAT
GGACAATTTCATGCCGCTTGAAATGTCTTGCACATCAGCTGTAACTTCATCCTACTGTCCTCCAGCGCTAAGACACAAACACTCTGATGGGAAATTATCAAGACATGCTGAAACTGTCAGTGTGTCACAGAGTTTTCACAGTGCTCAAGAAGATTACCACAACATTAGTTTGCGGATGAAAAAGGAATGGGACTACATTC
AAAGTTCTCCAGCACATTCAGAAATGTGTGCCACTAGGCAGAAGTTACCTGCCTTCAAGAAGAAGGAGCATGTTGTGGATGCAGTTAAGAACTCATCTGTGACAGTTATATGTGGGCAGACAGGATGTGGCAAAAGCACACAGGTGCCACAGTACCTTCTTGAGGATTATATTGACAGAGGCTTGGGATCTTTATGCAAT
ATTATTTGCACAGAACCACGACGAGTGTCTGCTATAGGTTTAGCAGATCGTGTTGCAAGAGAGAGGGGCGAAATGGCTGGAGAGACTGTTGGCTACTCTGTGCGATTGGAGAGTTGTCAGTCTTCTCGAACCAAGATTCTTTTCTGTACAACTGGTATTCTTCTTAGGCGAATGTTATCTGACCCAGATTTAAAAGATGT
CACGCATGTCATTGTTGATGAAGTTCATGAGAGAACTCTGGAAGGTGATCTGTTACTGCTGCTGCTTCAAGAGCATTTGAAGAGAGCTCAGAGTAAGCTTCGTCTAATTTTAATGTCAGCAACAGTGGAAGCTGAGTTCTTTGCATGCTATTTCAAGCAAACGCTAGAAAATGAAATTTCCATTGTCAACATTCCTGGAT
TTACCTTTCCTGTCCAAGAGGTATACTTAGAAGATGTCTTGGAACATACCGGTTATAAGATAGGTCGTAACTCTCCTTACAGAAATAAAAATCGGGGAACTGAAATGTTGCATGAAGGAAATGCCATTAGAGAAAAGGAACCCGATAGTTGGGAAACATGGATTGAAGATGAGGATAGAAACAACATACAATCTGCAAGT
CATTACAGTCAAACAACTCTTCAGACATTAAGCTTGTTGGACCAGAGCATTGTAAATTATGACTTGATTGAAGCTGTCATATTTTTAATCACTCAGCAAGGTTCACAAGAATTGCAGAAGTTGGGGCACTTCTCAGGTTCAGAATCCAAAAATAAAAATCCTCTTCTATCAAATGCACTACATTTAGGGACAACAGGTGC
AGTGCTTATTTTCTTACCTGGCATAGCCGAGATCCATAGATTACAGAGCCGCCTTAGGTCATCGAGTTGTCTTAGTGGTATAGGTATTTGGGTGTTAACTTTGCACAGTTCCATGTCTGGTGAGGAGCAGCGCCGTGTATTCCAGAAACCTCCCGAAGGCCATAGAAAAATTATATTGGCAACAAACATTGCTGAGACTA
GTATCACTATTGATGATGTCATATATGTTATTGATACGGGACGTCATAAAGAAATGAGTTATGACCATACCAAAGGTCTCTCATGCCTTCAGGAAACATGGATATCTAAAGCCAGTGCAAAACAAAGGCGTGGAAGAGCTGGTAGAGTTCAACCTGGATGTTGCTTCCGGTTATACAGCAGGCGACAGTTTCAGCAACTT
GCAGAACAGCAACTTCCTGAAATTTTGCGTGTTTCTCTTGACAGGCTATGCTTGAAGGTAAAAGCTTTTCTTGGTGGCCCACTTCAAGATACAACACAGAGAATGCTCACTTCTCCAAGCCCTGAGGTCATAAGGGCTTCAGTGAGTGGTCTGCTTTGTATTAATGCTTTGGATGACCAAGAGTGCATAACACCTCTTGG
GCGATATCTTGCACAAATGCCTGTTGATGCTCCTGTCGGAAAGATGCTCATATTTGGTTGCATATTGAAATGTCTTAATCCTATTCTTACGATTGCTGCAGCTCTAAGTGGTCGCTCTCCTTTTTTATCTCCAATAGATAAGCGTGAAGAAGCCAATGCTGCACGCCTTAATTTTGCAGGCAGTAGTAAGAGTGATCATT
TGGCCATTGTTTCTGCTTATGAGGGATGGAATGTTGCCCGACGAGATGGTTGGAAACAGGAAGTTGAATATTGTAATGCAAATTTCCTGTCAAGGGAATCTCTTGTTCAAATGGAAGCTAGCCGAACTGACTACCTGAAAATGCTTGCAGATATTGGTTTCTGTTCATGGTCAGGAAAGAGAGATTCAAGCTCTCTCCTA
AATGATTTGAATGTAAATTCATACAATGTTCGGGTTGTTAAATCAGTCATTTGTGCAGGATTTTATCCAAATATTGTCCGTGTACGTCATCCTGAGAAAAAATATATACAAACAGAGGGTGGAACTGTTGCCAAAGTAGCATCAGCTAATGAGCTCCGTTTTTTCACAGAGTCTGATGGGAGGGTATTCTTGCATCCCTC
AAGTGTGAACTTTTCCATGGGTTCTTTTGAAAGCTCGTTTCTTGTTTTTACTGAGAAAGTGAAAACATCAAAGATCTTTATCAAGAACAGTACTATGGTACCTGCATATGGACTGCTACTTTTTGGAGGTGAAGTTAAGATAAAACATGAGAAACAAACGATCATGTTAGATAACTGGCTGGAATTTGAGGCCCCTGCAC
GCATTTCTGTTCTTATTAAAGAATTGCGCTCAATGGTGAATTCTTTGCTGACAGAAAAGATACGAGACCCAGCTTTGGATATATCTAGGAGCATGGTTGTGACTGCTCTTATGCAAATGCTGGTAACAGATGGTTGTTAAGTCTTGGAAGTTGGAACGGGATCAAAAAGTGCTGCTTCTGAAAAGATTTTTCATACAAAG
TGTTCCCGCAGGAAGCTATGCCATTTCCTTATACAACATCATCCTCAGTAAAGATCTTTGTTAGAGGTTGCTGTTCACATGGCTAGGGATAAGAAAAATGCATCTCATATTTGTTTGGAAATCTAAGATCCATCTGGGATACTTGTTTACGAATCTCTCCATGGAAATAAACAACTGCAATAATAGGGGATCTATTGCAT
AATAGTCCTATTATCAAAAGCGGATTAAAATCAGACTTATTGAGTGATTCAATTCTGCCGGAGAATATTGAAATAAAATGAATACCTTGAGGATCTTGTTTCAAATGTAAGGCAATTCTTTGTAAGAATTCAGATGTTGGCAACTTAAAACGTTCCATTGGGAATGACATAACACATTGGGAAAGATGGGTTTTTCTTTG
ACAGTGGGCCTGGCCTAGATAATGGACTTTAGACTTTGTATATTAGATATTACGATAAATGTTTGTTGTATACTGTGCAGTGATAATTTTCAATGCTAGTTGATCAAGCATAGTGTGAAGGGGTTAAACATATTTTGAAGAGGTCAATTCAGGTGGCTTAGTTGCAGCCCAGTGTCATGGCAATGATCTAAAATCTTAGA
ATAAGGATATGTGCAAACCTATCCGTCCTGCGTTGCACTAAGGAGTTTTTATGGTAAATGCCAAGATGATTTCTACAGAGCGGACAATCTCACTGGCCACTTTGGTTGAAGGTGATAATTGATTGAATTTGAATTTTGTTGTTGATAATCTATCATGTTGTAACTTCACAGATGATATCATTCTGATCAAGGGAAGATGG
AAGTCACAGATTGAAAGTATGAATTAAATATGATTTCAGCAATGGTACATATGGCTGAGTAATTACTATTGCATACTGAAGTGACGTGACCTCGCAAATTGAACTAGTTGCCTTTGGCTGGATTCACATATCAGGATCAACTCCCTTTATTAGGGTTGTGTAGAGGAAGTCTTGAATGGATGATGGGGCATTTTTGTAAC
GTGCCCTCAATTAAATGTGAGTACTTCATTTACAAGCATTCAAACATAAACCTCCATCTAGAATTCTTTCAAATTCAATGATTATTTTGAGTATTGTGTTCTATTTGACAAGCGTTGATCTTCTGTCATTAGTATCCATTTAAGCAATATTGGTAACAAATTCCTGAACCTGTAGGGAGTCAGATGTTTATTTTGTTATG
CAATTTAATAATGAGTATATACAGAGATTGCTTCCCCATAGAATGTTTGTT

>TRINITY_DN115650_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGGAAAGGAGATGAGTTCTTGAGATCTACTTTGAAAGTCATTGGAAAGAGCATTATACAGGCCACTTAAATTCAGACAAAACATCGGCTTTGGTATGTGAAAGTCCCTCTTTGGAATTAAGCAGGCGTGAAGGAGTAGCGAGCGACAATGAATCCGAAGGTCAAGTCAAAGCAGCAGGCTTCCTCACGACATGTTTACAA
GTCTGGAGCTGCAGGCTGTGGAGGGAAGGCATCCGCAGTTAATCCTAAGAACTCTGGTCAGGTCATTCAATGTATGTACTGTGATCGGACATTTAAGCAGGATGGACGGTACAAAGAGCACTTAAAGAACAAACATGCCAATGAGGACCTGGAGCAGGCACAATTGATAAACCTACATGGAACATCTTCTGCCTTGGAGT
CTGTTGGGGATGTGGCCCTCATCAGCTCACAAGGTCCTTCACAATCGTCTTATCCAGTCAAGACACCAAAGTCTTTACTGCATGAATGGTGTCAGAAAAATAAAAAACCAGCGCCAAGGTTCAAGCATGTGGAGGTCGTGGGAGGTTTCCACTGCAGAGTTGTTTTGCCAGATCCAAAGAAAAGTGAAGCTGATGTGATC
TTGTGGTATAGTGAAAAGGCTGTTCCAACAGCCCAAGAAGCACAACACCACGCTTCAGTCATGGCTCTCTATTATGTTATGGGTGATCGCAGGCTAGATCGTATCCTTCCATATGAATATCGAGAACAATGGCTTGAACTTGAGAGAGCTGCAGAAATTAAAAAATCATTTGCGAAAGTAAACTGTCCAAAACCAATATC
ACGTGCCTTTCCCTCGCGGGAAATTCAATCAGTTTTTATGAGTGAGAGTAATAGACAGTTAGTTGAAGGGCTCCTCCTTGATAAAAATGACAACATTGCAAAGGATGAAAGTGTGATATTTACTTCAGTTAATGGTTTCCCTTTGCAAGGCATTAAGTGTGGTAATGAGGTTGCAGAAATTGATGAGAAAGAAGGCAGTC
AACACAGTAATGATATAGGGGTGGTCGACAATAATAGATCCAGGCTAAAATGCAGTTTGAATGATAATGCTGAGTTAGAGAAAGGGTGTTGTCCAAACCAACCCTTGGGTCATGGTGCTCTTAGATTTAAAAATAAGGGTTTAGTAGAGAATACATCCAATACTCATACTGAAGACAAAACTAGATCCGAGTTGATAGGT
ATGGGGTTCAAGGAGCATTATGTTAGTGCTGCTCTAACAAAGTCAAATCAATTATCAACTTGTCTTGATTGGTTGATGCTGCATGTTCCTGAAAATCAGTTACCCTTTAAATTTGCTCCTAGGGCATCTAAAGCTTCAGTGCAAGTTTTGGTAAATAAAAATGAAGAAACTGTTAAGAATTTTCCTCTGGAAAATCAAAG
CATTGCAAGATTACTTGAGTATGGCTATGATCATCATCACTGCAAGCTTGCTCTATCAGAGGCTAATGGGGATGAAGATATAGCACTGCATAGATTATTTATGCAGGCTATGGAGAGAAAGTCATCTGACAATACTTTTATCAAACTTGACAAGAGCACAAATGAGCTTCATGAGTTGAGGTCTGAGGAGCTTGTGGCAT
TGCAGTCAATATTTGGAGAAGAAGCCATTTCCTTGTCCCTCTCTTTTTTCAAATTTAACATACAGCTCATGGAAACATCATCAATACCACTGGAGATGGAGGTGAAGGTGCTTCCTGGGACCCTTTATCCTTTTGAAATCCCAATTGTGGCATTCAAAAGCCCGAATCTGGCTTCCAAGTTTCTCCTAGAGCTTACCAGA
AACATTTATAAAAGAGCAGTAGAATTAGTTGGCAGGCAGATGATCTATGAACTATTTTGCTCGGCAACAGATGAGGCAAATTCCTTAATAATGAAATATAGAGTAGAAGTGCAATCTTCAGAAGAAATCATGACAGAGATAGTGGCACCAGCTTGTAGTAAGGAGGGAGCTGTTGAAACGTTTTCAACTAATACATGTAT
GGACAATTTCATGCCGCTTGAAATGTCTTGCACATCAGCTGTAACTTCATCCTACTGTCCTCCAGCGCTAAGACACAAACACTCTGATGGGAAATTATCAAGACATGCTGAAACTGTCAGTGTGTCACAGAGTTTTCACAGTGCTCAAGAAGATTACCACAACATTAGTTTGCGGATGAAAAAGGAATGGGACTACATTC
AAAGTTCTCCAGCACATTCAGAAATGTGTGCCACTAGGCAGAAGTTACCTGCCTTCAAGAAGAAGGAGCATGTTGTGGATGCAGTTAAGAACTCATCTGTGACAGTTATATGTGGGCAGACAGGATGTGGCAAAAGCACACAGGTGCCACAGTACCTTCTTGAGGATTATATTGACAGAGGCTTGGGATCTTTATGCAAT
ATTATTTGCACAGAACCACGACGAGTGTCTGCTATAGGTTTAGCAGATCGTGTTGCAAGAGAGAGGGGCGAAATGGCTGGAGAGACTGTTGGCTACTCTGTGCGATTGGAGAGTTGTCAGTCTTCTCGAACCAAGATTCTTTTCTGTACAACTGGTATTCTTCTTAGGCGAATGTTATCTGACCCAGATTTAAAAGATGT
CACGCATGTCATTGTTGATGAAGTTCATGAGAGAACTCTGGAAGGTGATCTGTTACTGCTGCTGCTTCAAGAGCATTTGAAGAGAGCTCAGAGTAAGCTTCGTCTAATTTTAATGTCAGCAACAGTGGAAGCTGAGTTCTTTGCATGCTATTTCAAGCAAACGCTAGAAAATGAAATTTCCATTGTCAACATTCCTGGAT
TTACCTTTCCTGTCCAAGAGGTATACTTAGAAGATGTCTTGGAACATACCGGTTATAAGATAGGTCGTAACTCTCCTTACAGAAATAAAAATCGGGGAACTGAAATGTTGCATGAAGGAAATGCCATTAGAGAAAAGGAACCCGATAGTTGGGAAACATGGATTGAAGATGAGGATAGAAACAACATACAATCTGCAAGT
CATTACAGTCAAACAACTCTTCAGACATTAAGCTTGTTGGACCAGAGCATTGTAAATTATGACTTGATTGAAGCTGTCATATTTTTAATCACTCAGCAAGGTTCACAAGAATTGCAGAAGTTGGGGCACTTCTCAGGTTCAGAATCCAAAAATAAAAATCCTCTTCTATCAAATGCACTACATTTAGGGACAACAGGTGC
AGTGCTTATTTTCTTACCTGGCATAGCCGAGATCCATAGATTACAGAGCCGCCTTAGGTCATCGAGTTGTCTTAGTGGTATAGGTATTTGGGTGTTAACTTTGCACAGTTCCATGTCTGGTGAGGAGCAGCGCCGTGTATTCCAGAAACCTCCCGAAGGCCATAGAAAAATTATATTGGCAACAAACATTGCTGAGACTA
GTATCACTATTGATGATGTCATATATGTTATTGATACGGGACGTCATAAAGAAATGAGTTATGACCATACCAAAGGTCTCTCATGCCTTCAGGAAACATGGATATCTAAAGCCAGTGCAAAACAAAGGCGTGGAAGAGCTGGTAGAGTTCAACCTGGATGTTGCTTCCGGTTATACAGCAGGCGACAGTTTCAGCAACTT
GCAGAACAGCAACTTCCTGAAATTTTGCGTGTTTCTCTTGACAGGCTATGCTTGAAGGTAAAAGCTTTTCTTGGTGGCCCACTTCAAGATACAACACAGAGAATGCTCACTTCTCCAAGCCCTGAGGTCATAAGGGCTTCAGTGAGTGGTCTGCTTTGTATTAATGCTTTGGATGACCAAGAGTGCATAACACCTCTTGG
GCGATATCTTGCACAAATGCCTGTTGATGCTCCTGTCGGAAAGATGCTCATATTTGGTTGCATATTGAAATGTCTTAATCCTATTCTTACGATTGCTGCAGCTCTAAGTGGTCGCTCTCCTTTTTTATCTCCAATAGATAAGCGTGAAGAAGCCAATGCTGCACGCCTTAATTTTGCAGGCAGTAGTAAGAGTGATCATT
TGGCCATTGTTTCTGCTTATGAGGGATGGAATGTTGCCCGACGAGATGGTTGGAAACAGGAAGTTGAATATTGTAATGCAAATTTCCTGTCAAGGGAATCTCTTGTTCAAATGGAAGCTAGCCGAACTGACTACCTGAAAATGCTTGCAGATATTGGTTTCTGTTCATGGTCAGGAAAGAGAGATTCAAGCTCTCTCCTA
AATGATTTGAATGTAAATTCATACAATGTTCGGGTTGTTAAATCAGTCATTTGTGCAGGATTTTATCCAAATATTGTCCGTGTACGTCATCCTGAGAAAAAATATATACAAACAGAGGGTGGAACTGTTGCCAAAGTAGCATCAGCTAATGAGCTCCGTTTTTTCACAGAGTCTGATGGGAGGGTATTCTTGCATCCCTC
AAGTGTGAACTTTTCCATGGGTTCTTTTGAAAGCTCGTTTCTTGTTTTTACTGAGAAAGTGAAAACATCAAAGATCTTTATCAAGAACAGTACTATGGTACCTGCATATGGACTGCTACTTTTTGGAGGTGAAGTTAAGATAAAACATGAGAAACAAACGATCATGTTAGATAACTGGCTGGAATTTGAGGCCCCTGCAC
GCATTTCTGTTCTTATTAAAGAATTGCGCTCAATGGTGAATTCTTTGCTGACAGAAAAGATACGAGACCCAGCTTTGGATATATCTAGGAGCATGGTTGTGACTGCTCTTATGCAAATGCTGGTAACAGATGGTTGTTAAGTCTTGGAAGTTGGAACGGGATCAAAGTAAGGTTGCTCTTATCCAGCTGCTCTTATAAAT
GTTTATTGAGAAGAACGCTCATCTTTGATTTTCAGAAGTGCTGCTTCTGAAAAGATTTTTCATACAAAGTGTTCCCGCAGGAAGCTATGCCATTTCCTTATACAACATCATCCTCAGTAAAGATCTTTGTTAGAGgtatggcttgggaacaattaaaatcatgtttttctatgtgtctcattgaaataagcgtttctgaa
aggcttttaagcattatttggtttattttaaggttaatgttctattgttcagGTTGCTGTTCACATGGCTAGGGATAAGAAAAATGCATCTCATATTTGTTTGGAAATCTAAGATCCATCTGGGATACTTGTTTACGAATCTCTCCATGGAAATAAACAACTGCAATAATAGGGGATCTATTGCATAATAGTCCTATTAT
CAAAAGCGGATTAAAATCAGACTTATTGAGTGATTCAATTCTGCCGGAGAATATTGAAATAAAATGAATACCTTGAGGATCTTGTTTCAAATGTAAGGCAATTCTTTGTAAGAATTCAGATGTTGGCAACTTAAAACGTTCCATTGGGAATGACATAACACATTGGGAAAGATGGGTTTTTCTTTGACAGTGGGCCTGGC
CTAGATAATGGACTTTAGACTTTGTATATTAGATATTACGATAAATGTTTGTTGTATACTGTGCAGTGATAATTTTCAATGCTAGTTGATCAAGCATAGTGTGAAGGGGTTAAACATATTTTGAAGAGGTCAATTCAGGTGGCTTAGTTGCAGCCCAGTGTCATGGCAATGATCTAAAATCTTAGAATAAGGATATGTGC
AAACCTATCCGTCCTGCGTTGCACTAAGGAGTTTTTATGGTAAATGCCAAGATGATTTCTACAGAGCGGACAATCTCACTGGCCACTTTGGTTGAAGGTGATAATTGATTGAATTTGAATTTTGTTGTTGATAATCTATCATGTTGTAACTTCACAGATGATATCATTCTGATCAAGGGAAGATGGAAGTCACAGATTGA
AAGTATGAATTAAATATGATTTCAGCAATGGTACATATGGCTGAGTAATTACTATTGCATACTGAAGTGACGTGACCTCGCAAATTGAACTAGTTGCCTTTGGCTGGATTCACATATCAGGATCAACTCCCTTTATTAGGGTTGTGTAGAGGAAGTCTTGAATGGATGATGGGGCATTTTTGTAACGTGCCCTCAATTAA
ATGTGAGTACTTCATTTACAAGCATTCAAACATAAACCTCCATCTAGAATTCTTTCAAATTCAATGATTATTTTGAGTATTGTGTTCTATTTGACAAGCGTTGATCTTCTGTCATTAGTATCCATTTAAGCAATATTGGTAACAAATTCCTGAACCTGTAGGGAGTCAGATGTTTATTTTGTTATGCAATTTAATAATGA
GTATATACAGAGATTGCTTCCCCATAGAATGTTTGTT

Intron 2 GTAAGGTTGC ... TGATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.52	8	7	10
A2	63.64	6	8	13
A3	63.16	7	7	17
A4	53.85	3	5	2
A5	100	0	2	2
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A9	57.14	9	11	13
A10	80	2	10	6

>TRINITY_DN115650_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TGGAAAGGAGATGAGTTCTTGAGATCTACTTTGAAAGTCATTGGAAAGAGCATTATACAGGCCACTTAAATTCAGACAAAACATCGGCTTTGGTATGTGAAAGTCCCTCTTTGGAATTAAGCAGGCGTGAAGGAGTAGCGAGCGACAATGAATCCGAAGGTCAAGTCAAAGCAGCAGGCTTCCTCACGACATGTTTACAA
GTCTGGAGCTGCAGGCTGTGGAGGGAAGGCATCCGCAGTTAATCCTAAGAACTCTGGTCAGGTCATTCAATGTATGTACTGTGATCGGACATTTAAGCAGGATGGACGGTACAAAGAGCACTTAAAGAACAAACATGCCAATGAGGACCTGGAGCAGGCACAATTGATAAACCTACATGGAACATCTTCTGCCTTGGAGT
CTGTTGGGGATGTGGCCCTCATCAGCTCACAAGGTCCTTCACAATCGTCTTATCCAGTCAAGACACCAAAGTCTTTACTGCATGAATGGTGTCAGAAAAATAAAAAACCAGCGCCAAGGTTCAAGCATGTGGAGGTCGTGGGAGGTTTCCACTGCAGAGTTGTTTTGCCAGATCCAAAGAAAAGTGAAGCTGATGTGATC
TTGTGGTATAGTGAAAAGGCTGTTCCAACAGCCCAAGAAGCACAACACCACGCTTCAGTCATGGCTCTCTATTATGTTATGGGTGATCGCAGGCTAGATCGTATCCTTCCATATGAATATCGAGAACAATGGCTTGAACTTGAGAGAGCTGCAGAAATTAAAAAATCATTTGCGAAAGTAAACTGTCCAAAACCAATATC
ACGTGCCTTTCCCTCGCGGGAAATTCAATCAGTTTTTATGAGTGAGAGTAATAGACAGTTAGTTGAAGGGCTCCTCCTTGATAAAAATGACAACATTGCAAAGGATGAAAGTGTGATATTTACTTCAGTTAATGGTTTCCCTTTGCAAGGCATTAAGTGTGGTAATGAGGTTGCAGAAATTGATGAGAAAGAAGGCAGTC
AACACAGTAATGATATAGGGGTGGTCGACAATAATAGATCCAGGCTAAAATGCAGTTTGAATGATAATGCTGAGTTAGAGAAAGGGTGTTGTCCAAACCAACCCTTGGGTCATGGTGCTCTTAGATTTAAAAATAAGGGTTTAGTAGAGAATACATCCAATACTCATACTGAAGACAAAACTAGATCCGAGTTGATAGGT
ATGGGGTTCAAGGAGCATTATGTTAGTGCTGCTCTAACAAAGTCAAATCAATTATCAACTTGTCTTGATTGGTTGATGCTGCATGTTCCTGAAAATCAGTTACCCTTTAAATTTGCTCCTAGGGCATCTAAAGCTTCAGTGCAAGTTTTGGTAAATAAAAATGAAGAAACTGTTAAGAATTTTCCTCTGGAAAATCAAAG
CATTGCAAGATTACTTGAGTATGGCTATGATCATCATCACTGCAAGCTTGCTCTATCAGAGGCTAATGGGGATGAAGATATAGCACTGCATAGATTATTTATGCAGGCTATGGAGAGAAAGTCATCTGACAATACTTTTATCAAACTTGACAAGAGCACAAATGAGCTTCATGAGTTGAGGTCTGAGGAGCTTGTGGCAT
TGCAGTCAATATTTGGAGAAGAAGCCATTTCCTTGTCCCTCTCTTTTTTCAAATTTAACATACAGCTCATGGAAACATCATCAATACCACTGGAGATGGAGGTGAAGGTGCTTCCTGGGACCCTTTATCCTTTTGAAATCCCAATTGTGGCATTCAAAAGCCCGAATCTGGCTTCCAAGTTTCTCCTAGAGCTTACCAGA
AACATTTATAAAAGAGCAGTAGAATTAGTTGGCAGGCAGATGATCTATGAACTATTTTGCTCGGCAACAGATGAGGCAAATTCCTTAATAATGAAATATAGAGTAGAAGTGCAATCTTCAGAAGAAATCATGACAGAGATAGTGGCACCAGCTTGTAGTAAGGAGGGAGCTGTTGAAACGTTTTCAACTAATACATGTAT
GGACAATTTCATGCCGCTTGAAATGTCTTGCACATCAGCTGTAACTTCATCCTACTGTCCTCCAGCGCTAAGACACAAACACTCTGATGGGAAATTATCAAGACATGCTGAAACTGTCAGTGTGTCACAGAGTTTTCACAGTGCTCAAGAAGATTACCACAACATTAGTTTGCGGATGAAAAAGGAATGGGACTACATTC
AAAGTTCTCCAGCACATTCAGAAATGTGTGCCACTAGGCAGAAGTTACCTGCCTTCAAGAAGAAGGAGCATGTTGTGGATGCAGTTAAGAACTCATCTGTGACAGTTATATGTGGGCAGACAGGATGTGGCAAAAGCACACAGGTGCCACAGTACCTTCTTGAGGATTATATTGACAGAGGCTTGGGATCTTTATGCAAT
ATTATTTGCACAGAACCACGACGAGTGTCTGCTATAGGTTTAGCAGATCGTGTTGCAAGAGAGAGGGGCGAAATGGCTGGAGAGACTGTTGGCTACTCTGTGCGATTGGAGAGTTGTCAGTCTTCTCGAACCAAGATTCTTTTCTGTACAACTGGTATTCTTCTTAGGCGAATGTTATCTGACCCAGATTTAAAAGATGT
CACGCATGTCATTGTTGATGAAGTTCATGAGAGAACTCTGGAAGGTGATCTGTTACTGCTGCTGCTTCAAGAGCATTTGAAGAGAGCTCAGAGTAAGCTTCGTCTAATTTTAATGTCAGCAACAGTGGAAGCTGAGTTCTTTGCATGCTATTTCAAGCAAACGCTAGAAAATGAAATTTCCATTGTCAACATTCCTGGAT
TTACCTTTCCTGTCCAAGAGGTATACTTAGAAGATGTCTTGGAACATACCGGTTATAAGATAGGTCGTAACTCTCCTTACAGAAATAAAAATCGGGGAACTGAAATGTTGCATGAAGGAAATGCCATTAGAGAAAAGGAACCCGATAGTTGGGAAACATGGATTGAAGATGAGGATAGAAACAACATACAATCTGCAAGT
CATTACAGTCAAACAACTCTTCAGACATTAAGCTTGTTGGACCAGAGCATTGTAAATTATGACTTGATTGAAGCTGTCATATTTTTAATCACTCAGCAAGGTTCACAAGAATTGCAGAAGTTGGGGCACTTCTCAGGTTCAGAATCCAAAAATAAAAATCCTCTTCTATCAAATGCACTACATTTAGGGACAACAGGTGC
AGTGCTTATTTTCTTACCTGGCATAGCCGAGATCCATAGATTACAGAGCCGCCTTAGGTCATCGAGTTGTCTTAGTGGTATAGGTATTTGGGTGTTAACTTTGCACAGTTCCATGTCTGGTGAGGAGCAGCGCCGTGTATTCCAGAAACCTCCCGAAGGCCATAGAAAAATTATATTGGCAACAAACATTGCTGAGACTA
GTATCACTATTGATGATGTCATATATGTTATTGATACGGGACGTCATAAAGAAATGAGTTATGACCATACCAAAGGTCTCTCATGCCTTCAGGAAACATGGATATCTAAAGCCAGTGCAAAACAAAGGCGTGGAAGAGCTGGTAGAGTTCAACCTGGATGTTGCTTCCGGTTATACAGCAGGCGACAGTTTCAGCAACTT
GCAGAACAGCAACTTCCTGAAATTTTGCGTGTTTCTCTTGACAGGCTATGCTTGAAGGTAAAAGCTTTTCTTGGTGGCCCACTTCAAGATACAACACAGAGAATGCTCACTTCTCCAAGCCCTGAGGTCATAAGGGCTTCAGTGAGTGGTCTGCTTTGTATTAATGCTTTGGATGACCAAGAGTGCATAACACCTCTTGG
GCGATATCTTGCACAAATGCCTGTTGATGCTCCTGTCGGAAAGATGCTCATATTTGGTTGCATATTGAAATGTCTTAATCCTATTCTTACGATTGCTGCAGCTCTAAGTGGTCGCTCTCCTTTTTTATCTCCAATAGATAAGCGTGAAGAAGCCAATGCTGCACGCCTTAATTTTGCAGGCAGTAGTAAGAGTGATCATT
TGGCCATTGTTTCTGCTTATGAGGGATGGAATGTTGCCCGACGAGATGGTTGGAAACAGGAAGTTGAATATTGTAATGCAAATTTCCTGTCAAGGGAATCTCTTGTTCAAATGGAAGCTAGCCGAACTGACTACCTGAAAATGCTTGCAGATATTGGTTTCTGTTCATGGTCAGGAAAGAGAGATTCAAGCTCTCTCCTA
AATGATTTGAATGTAAATTCATACAATGTTCGGGTTGTTAAATCAGTCATTTGTGCAGGATTTTATCCAAATATTGTCCGTGTACGTCATCCTGAGAAAAAATATATACAAACAGAGGGTGGAACTGTTGCCAAAGTAGCATCAGCTAATGAGCTCCGTTTTTTCACAGAGTCTGATGGGAGGGTATTCTTGCATCCCTC
AAGTGTGAACTTTTCCATGGGTTCTTTTGAAAGCTCGTTTCTTGTTTTTACTGAGAAAGTGAAAACATCAAAGATCTTTATCAAGAACAGTACTATGGTACCTGCATATGGACTGCTACTTTTTGGAGGTGAAGTTAAGATAAAACATGAGAAACAAACGATCATGTTAGATAACTGGCTGGAATTTGAGGCCCCTGCAC
GCATTTCTGTTCTTATTAAAGAATTGCGCTCAATGGTGAATTCTTTGCTGACAGAAAAGATACGAGACCCAGCTTTGGATATATCTAGGAGCATGGTTGTGACTGCTCTTATGCAAATGCTGGTAACAGATGGTTGTTAAGTCTTGGAAGTTGGAACGGGATCAAAAAGTGCTGCTTCTGAAAAGATTTTTCATACAAAG
TGTTCCCGCAGGAAGCTATGCCATTTCCTTATACAACATCATCCTCAGTAAAGATCTTTGTTAGAGGTTGCTGTTCACATGGCTAGGGATAAGAAAAATGCATCTCATATTTGTTTGGAAATCTAAGATCCATCTGGGATACTTGTTTACGAATCTCTCCATGGAAATAAACAACTGCAATAATAGGGGATCTATTGCAT
AATAGTCCTATTATCAAAAGCGGATTAAAATCAGACTTATTGAGTGATTCAATTCTGCCGGAGAATATTGAAATAAAATGAATACCTTGAGGATCTTGTTTCAAATGTAAGGCAATTCTTTGTAAGAATTCAGATGTTGGCAACTTAAAACGTTCCATTGGGAATGACATAACACATTGGGAAAGATGGGTTTTTCTTTG
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>TRINITY_DN115650_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

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AAACCTATCCGTCCTGCGTTGCACTAAGGAGTTTTTATGGTAAATGCCAAGATGATTTCTACAGAGCGGACAATCTCACTGGCCACTTTGGTTGAAGGTGATAATTGATTGAATTTGAATTTTGTTGTTGATAATCTATCATGTTGTAACTTCACAGATGATATCATTCTGATCAAGGGAAGATGGAAGTCACAGATTGA
AAGTATGAATTAAATATGATTTCAGCAATGGTACATATGGCTGAGTAATTACTATTGCATACTGAAGTGACGTGACCTCGCAAATTGAACTAGTTGCCTTTGGCTGGATTCACATATCAGGATCAACTCCCTTTATTAGGGTTGTGTAGAGGAAGTCTTGAATGGATGATGGGGCATTTTTGTAACGTGCCCTCAATTAA
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