sp|O82804|ELF3_ARATH ----> Protein EARLY FLOWERING 3
Intron 1 GTGTGGACAT ... CACTGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.81 | 11.5 | 17 | 17 |
| A2 | 56.31 | 22.5 | 21 | 37 |
| A3 | 62.31 | 9 | 18 | 8 |
| A4 | 50.08 | 6.5 | 1 | 12 |
| A5 | 75.73 | 4.5 | 16 | 12 |
| A6 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 1 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN120271_c10_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCGCGAGAGACAGTAATGAGACCACTTTTCTCTACAAGCAGCACTGGGCAGCAGAAGATCTTTTCAGCTCAAGTTTTTGAACTTCACCGACTTCTGAAGGTCCAGAAACTGATAACTATCTCGTTGGACTTGCTGACTGAGGATAATGCGTATGAGAGTATGCCTGTTTGCACATCAGAGGAACAGTGTGTACATACTATC
AATCCCGAGATTGCCAAAATCATCCTCAGTCCATGGCTATCACAATTCTGAAATTGTATTAAATAAAGGAAAACTGGGTAGTAATGAAGCATTAACACATTCTAGCATACCATCTCAACCATCATCTGGTGGAAGTGTTCAACCGCTAGCCCATGATACAAAGGATTGGTTGAATTCTTCTCTAGTTGCCACTTTTGTTC
CTATCAGTTAGTGCATGGGGTTATCCTGTTCATGAACAAAATCTAGGTTCTATGCCTGTTATCATCCTCACCCATTCAACCAACTGGGAACTCCAGGGACAGTGTTGGGCATACCTTGTCCCTTGGAGGGAAATTCCACGAGTTCCAAATCTCCACGAATGTCAACATCAGTCTTAGCGTTCAGCTGAGTACCAAGGAAA
TGTCCAAGGGCATTTCTCAAAATAGTAATACTCTACTACAGAACCCATCCATCGAATCTTTCGAACAGACAATAGAGAATCCTATTATCTCTCTGAAGGAGGACTAAGTGTGGGAATGCGTCGAGGGAAGAATCTGGTTTGAAGCAAACGAAATACATAACATACCTTTCGGCT
>TRINITY_DN120271_c10_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGAGAATAGATATCAGAACATGGTGGAGCAAGCAGACATCGCCATCCTCGATATTCTCTTGATGGAAGGTCTCCAACTCATCAATATAGACAGATTTTAAACAAGGTGGGGGACAAGAGGCATTCCTGCCTAACCCCAATGGTACTTCAGATGCAATCCAAAACCTTGTTAGCTGTGCGAAGATGACCAAGGATTGACTC
ATATAGGCAAATAATGGCAATTAGTAGGGTCTCAGAGATGCGAATGTCTCTAAGCCTTTGGAATAGAGCCCCTCGAGGGACATAATCAAAAGCTTTTTGAAAATCTGCAAAGCTAGTAGACTTTTAAAGAGCGATGTTGTGCCTCCTCAATGATGGCCCAAAGGATAAAAATGTGGTCAATGGTTTGATGTGTGGGTCAA
AAACTTGCCTATCGTCTAGCTCTAAGATGTCTCCTCTCAATCTCTCCAAAACGCTTCATATGAAGGATTGTAGCATAGAGTTTAGAGAATGTGTGGCCCACCATGATTGTTTGATAATTGTTGGGATCTGATAATTGATAGAGAAAGGGGTTCTGTTCCTATTGTAGCAACTTTATATTCCATCACCAAGAACTACAAAG
GAGTAAGATACCATAGTAGATTAGGTTTGGGAAGAAGGTGATCTTGTAGTGGGATATTTCAAATATAGTGTCTGTCTACTCTTGGGAGTTATTATTTTTCTATGTATTGTGCATTGTAATTTTACGAATAAAAGAGAAAGGCATAATTCTTATTTCTTGTTGGAGTGTTTCCCTCACTAGTTTCTCTAGGGTCTATCTTG
TGTCCATGATGTTCTATGGTGTGATTTTACCATTGTAGTTATGTTTTGATTATCTCAGTGATTTTCCATAATGAAACCTTTATGCTTTTAATGTTATAATTTTATCATAGGCAATCACTGCACAATAGATTATAGTTTCACTGTGTTTGTAGTGGCATATTTAGATCCGTTGTGTGACGTTGTCCATTGGAATTTCCAAG
GCAAATTGTAGGTCAAATAAGCATTATAATAATCTCTCTTAATGTTTTAATTAGGTCGTGGGAATAAAACAATGATCAATAGCTATCAACAAAGAGTCCTTTAGAACCATGGCCTCCACGAAAACAAATTAAACCTTGACACGACCCTCTTTAGAATTGGTGAAACAAGCATAGGTTTCTCCAAATAAGCATATGGATAA
TTTACAGTAGGAACTCAAATCCCACAATGTTGTAAGAAAACAATCTAAAACAATGATATAGTAGATGATACAAAGTGTGCCAAAGTTTAAAGCGATCCCATGAAGATGCCAATAAGGCAAGAATCTTGTATGGCAACAAGATTGCTTCAAGCAAGCAACCAAAGAATATGACCATGCATTTAACATGGTCGAAAGGATCA
ACAAGTGCTCTCCAAACACCACATTGCGACAAGATGGTCTTCCCATCAATAGAATGCACATGTGCCAAAGCAAAGCAACACATAAATGCTGCAAAAAAAATACTATGAAGAAGACTTCTGTTATGGTTAATCAATAAAAAAGAATGATGAGGACTATATCATTGGCAATGAACCAAACAAGTTGATTTGAATCCCTCAAA
TTTGTGTTTATTATTGTCTATGATTAATCATCAATCTACATGCAATAAGTTTTCATAGTGCACATCGATGCAAAGTCTTGTGATCTACGCTTATTAATTGTTGTTTTGTAAGAACTGTTATCATACCATTATGTGGCAATTAAAATGTCACCCCTTCAATGTAGAGTGAAAATGCCTCCTCTCTCTATCATGAGGATTTC
TATATTGATTGAGCAAAAGGTGTAGTGTCTAGTTCCCATGAATCGGTATTAGATTCAAGTTGCCATAGAAGAATCATCAAATGATCTAGGATTTGGTGCTTGCAAAACAAAAATGGTTGAGAGATACAGTCGAACAATGAACTTGTTCACGATGCTTCACACAACTCAATTACAAAACTAGAATTGCTTTCAAAGTAAGT
GTTAATTTTTGTAAATCAAGCCTCAAATTCACATTTAGTATTTCTAAGTTCACATACTTCTTGGACAAGGTTCTTATTGGGGTCATTCAATGTTTGGATGACTTTTTCTCTTTGGCTAAGTGCAAAAGCAAAGGATTGTGATCAATGTTTAATTCTTGATACTCGTCAAAGAGTCTTGTGTTATCACCTTAAAGTAAAAC
AACTTTCTCACAAAGTTGGGTAATGGTGTCGTGCAATGTATTGACTTCAACATGATGCAAGTTATGATTATCCATTTGGGAAATATTTTGCACACTAAGATTAAACGAATCACATCACTTTGTATAAGTGGCTTCGTTACGAAGTTGGGTGATTCTCACAAAGAAACAATATCATTAAAATCTTGAGCATTAGAATTCTA
TGATAGAGAAACCTACTTATTAAGTTTGTCCATGGTGTCCTATATAGATGCGATGCACTTGTCATGATGTTTCTATAGAAATATTTTTTTTCCATCAAGATCATCCATGAAAAAAAATATAAAGAGAACTTACCACTGCCAATATGGTAGGGTTATGTTGCTAGGTGTCTCGGCGAGGTGCATGAAGTGCAAGTGTGGTA
GGGTTATGTTGCTAGGTGTCTCGGCGAGGTGCATGAAGTGCAAGTGTTGTCGAGGAAAAAATTCCCCTAAAGGGAAATACTAAGTGTTTTTTATTTTTATTTTACATCACAATCTATTAACAACAATGAAATAATCTTCAACATATCAAAGGTTGGGGATTATCAATATCTCTATGTTGATACAATGTTGAAGTTAGAAT
AAAAACATGTATAGATAATAGAAGATGTATCCGTGTATCGCATATATATTTGATACATAAGTATATCAATGAATAACATTAAGAGTAATATACATAATGTATACAAACAGAATAAAGTTTCATATAAATAGGCATAAGGTTTAAATCAACGACCATTAACACTTAAACCATGGTAGCATTAAGATTAACGACCCCAAACA
AAACCATGGGACCATTAAAGCTATCTTGCTAATTATCAATGTGCTTTATAATTTAGCATTAAGAGTCATAAATAATTATAAATAAACCATGAAGGACTAGAAAGTTAAGATTAATGACCATAGCAACAACAAAAATCTTTTTTCTTCCACACCCCCTCAGTTTGTAGTTTGGTTTTGGTTTTGTAGGATTGTGGGATTGA
TGTTTAGGAGTTTTACTTTAAAGAATTTAATGAAGAAGAATTTAAGGAAGCATATGTTGATCATGAGCTTAGTCACATGATTATCACATGGGATTTTTTAAACAGGGGGCATTGTTTGGGTTGGGTTGAATAATGTTTTAAAAACAAGTGAAACTACATAGATGAAAGTTGGTATGTAAGCAATACAAGTTAAGTACTTA
AAAAAAGAGTGGAATTTTAACGGAGAAACAAGTCAAATTAAGTAGAAGAAACTTGGTATGTGAACAATAAAAGTTAACTACTTAAAATAACATTATTCTAAAATTTCCATCTACAAATGGTGTATAAGTGAATCTTTTTTTAGAGCTATTTTCAAAAATTTCATTAGCTAAAATTCTTTTATGTAGAAAATATTAAATAA
TTTTAATATTTGACAAGGTATAAGTTGTGTTCTAATTAGTCAACATAAATATAAAATGTTCAAAAACTTCAAAATACAACAGTGTAAAATTGCTAATTCTTGTTTAGACAAATATCTATCCATTGGTTTTTCTTACTGTTTGTCAATAATATTCTATAGATTTGATGTCTAATTTTAACAAAACGATCACACAAAAAAGA
TCATAATACATATATAAAACCTGAATCCCTTATGGAAGACCATGCTCACTATGAGCTTCTTCCATTTTTGATTTTCCATGGCCCTGTAAGTCTCGCATCTTTTTGCTATCCCAGTCCACTTTGTGTCCCTCTACTTCTTTTTGCACTGTCAAGTCTTGCATGCATACCTTGACTGATCCTATGGAATCTGAGGGCCTGTC
CACCATTGACTGTGAACTTCTAGCAAAACCAAGTATTAGTTATAATGCATGTACACCACAAAGACCAATTTATCCACCCATCTTCTTTGAGCTTCAATTTTAGTGTCCATGTCATCATATTGAGCTTGTTGGGTATCAATATGGTTCACACTGCTTTGATTTCGATGAAGAATCACACATCTTGTAATGCATCGAATTGC
TTAACCAATGACCTTAAAATTTTTCTAAGATCAAGGACCTCACACAAAACACATTTCCCAATGTGATTATGCTCCACCATAGAATCGCCTAGAAGATGTCGAAAGCCTGTCTGCAGAGCAATTATTTTATCCAATTGACTTTTGTTGACAAATCTCAGGTGAATAGGCTCATGTATACCAGAGGAATCCACATGGAAAAA
AACAATTGGACCCCAAAGACCTAAATTGCACAAAGACAAGGCTTATATTGGGTCAAATGCTCTCATTTGTTATCCCACCTTGAATGTCTTTTAATCCACAACATTCCCAAAAGCAAACAGGCTTTGCTTAACACACCCTGGATCATTGCACTAGAGTGAGAACAACCTTCATGAAACAAACAACAAAATCCACCACCTAG
GAAACCCAAATTATCTCGCATGCAACGAATGCACCCATCGCATCCACCATAATTTCACCCCTACAACATATTGAATGGAATGATGGGTACATGGTATGGGGGTGGCATTAACTGCCCGTGCTCGAAATTCTCCCTTTTCTAAGTGTCCATCATTGATCAAATTGAAATATTAGTAATATTGTAGTTTAGTGACCTCATGG
AATTAAACATGGGGTGGGGTCACCCCCTTTTTGAACCATCACTCCTTTTGTTAGATTTACCGTTGAAGTAAGCATAGCATAAGATTGGACATTACAACCTCGAAGGATATAAAATTCAATATGTTCAAAGCAAATGATCATATCCCTAATTCGTGTGGAATATCTACTACTCCATAACATTCCTAGAAGAAAACAATCCT
TGCCTAACACACTCAGAATCACTATACTAGAGTGAAAACAACCTGCACGGAACAAACAACAAAAACCCCCCACCTAGGAAACCCAAATTATCCCACATGCATGCACCCATAGTATCCACCATAACTCCCCCCTACAACAGATTGAATACAATGGTGGGTATGTGGGATGGGGGTTGCATAACTCCCTGTGCTCAAAATTC
TCTCTTTGGCAATTGTACATCATTGATTAAAATGAAATATGACTAAGGCTGCAGTTCAATAACCTCATGGAATTAAACAAGGGGTGACCCCACCCTCATTTTGAACCATCACACTTTTTGCTAGATTCACTAATAAAATACCCATATCATCGTGCTAATATCATACCCCTAATTTGCGTTAAGTACTTGGAAAGGGGTAA
TGAGAAATATAAGCTTGCTAACCTAATTTGTCCAATAATAAGCAAGGAATCGCGAAAGATTGAGATCCTTTTTGCTTCCTTGACCTGCAACATCATTGAACCTTGGTATAATGCAAGAACTTTTGCTTTATTGTTCGTGATCACTCCTTGCTCCCATGCAAATGCTCTTTATTCTTATCCATCAAGATTAATGGTACCCC
ACACCTATCACTCATATATATATTCTTATTCTTAGATATATTCTTATACATATATATTACGGAAAGGAGCAGACTCTTCATAAGTAATTCCTATATCAGGAAGTCCGAGGCAAACACTATACAAGCTTATCTACTAAACTATAGATTGGCTTGAAGCTGGTTGATCAAGACAAAATACCACACGGTAATGATCAAAGCAA
AGTTGTAAAATATGCCCGAGTCATTCAGATTCAGGTTTTGATTATATTGAGAGCATGGAGTTTATGATTGTTTGAGATGTTATAACCTTTTATATATATATACATTTAAAATTATTGAGCAATAATATATATATTGGTTAAATTTTAAATTTCATATAACTACCAAAAAACTAAATTCAATATAGAGAGCAAGGTTTCCA
CGGCCTCATAAAGATGTTAAACTTATACCCATTGTTGCAGTAATTAACAACTACAGAACTTTGTTTGCTAGAAAAGAAACTCCGTATAAATGGATTTGGATAGAAATTCATGGGATGGAAATGTATAAATGGTTGGCAACTTGGCCATCTTCACCACAAACCTCGACTGCCCGAACAATTCTGTTACTTGTGGTCTTCAC
CCTTAGTTACATAAATACCACCAAATTTTATCCTGGTTATCGTTACTTTCCATCCTGTAGTAGCTGCGATCAAAGCCTACCAATGAAGTAGTAAGAAAAACCATCCTACTAATAACTGACAAAATAATTTCCAACTGTTTGTCATAAGTTAATAGACAACAATTCTTCCAATTGCATATCTCTAACCTTTATTAATTCCG
AATCTCTCTGCTTTCTTCAGGCAGCAGAAGATCTTTTCAGCTCAAGTTTTTGAACTTCACCGACTTCTGAAGgtgtggacatgtttttcaagcttatcttgtgttgacaaatatgttatgtagaaatgcatatcctgtgtggcattttctaatattgctggaagacttctaacgttaaaaatcactggacagGTCCAGAA
ACTGATAACTATCTCGTTGGACTTGCTGACTGAGGATAATGCGTATGAGAGTATGCCTGTTTGCACATCAGAGGAACAGTGTGTACATACTATCAATCCCGAGATTGCCAAAATCATCCTCAGTCCATGGCTATCACAATTCTGAAATTGTATTAAATAAAGGAAAACTGGGTAGTAATGAAGCATTAACACATTCTAGC
ATACCATCTCAACCATCATCTGGTGGAAGTGTTCAACCGCTAGCCCATGATACAAAGGATTGGTTGAATTCTTCTCTAGTTGCCACTTTTGTTCCTATCAGTTAGTGCATGGGGTTATCCTGTTCATGAACAAAATCTAGGTTCTATGCCTGTTATCATCCTCACCCATTCAACCAACTGGGAACTCCAGGGACAGTGTT
GGGCATACCTTGTCCCTTGGAGGGAAATTCCACGAGTTCCAAATCTCCACGAATGTCAACATCAGTCTTAGCGTTCAGCTGAGTACCAAGGAAATGTCCAAGGGCATTTCTCAAAATAGTAATACTCTACTACAGAACCCATCCATCGAATCTTTCGAACAGACAATAGAGAATCCTATTATCTCTCTGAAGGAGGACTA
AGTGTGGGAATGCGTCGAGGGAAGAATCTGGTTTGAAGCAAACGAAATACATAACATACCTTTCGGCT